View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17257_high_3 (Length: 656)

Name: NF17257_high_3
Description: NF17257
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17257_high_3
NF17257_high_3
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-642)||(41604202-41604837)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 594; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 594; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 642
Target Start/End: Complemental strand, 41604837 - 41604202
Alignment:
Q  1 aaggaagagaaaagagtcaatgaggtttgatcaagaaatacatgaactttgggctaaagaaaaagcatgggttgaagcaagagattctgcattgttagaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41604837 aaggaagagaaaagagtcaatgaggtttgatcaagaaatacatgaactttgggctaaagaaaaagcatgggttgaagcaagagattctgcattgttagaa 41604738  T
Q  101 gttgtaagaaaacatattgggatacaacttgaagcaccaaataagagtaagagccaagaagcaaatgatacaacaaatcatgaatacccttttgaaagtg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  41604737 gttgtaagaaaacatattgggatacaacttgaagcaccaaataagagtaagagccaagaagcaaatgatacaacaaattatgaatacccttttgaaagtg 41604638  T
Q  201 tggataatattcatagatggacagaaatggagatttcaaatttgatacaactaaggagtggttttgaacatcaagtaagagaaaaaggatatttggatga 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  41604637 tggataatattcatagatggacagaaatggagatttcaaatttgatacaactaaggagtggttttgaacatcaagtaagagaaaagggatatttggatga 41604538  T
Q  301 tggtgtttgggatgaaataggtgaaagaatggtttatatgggatttaataggaatggagctgagtgcaagaaaatatgggatgatattagtatgtctcta 400  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41604537 cggtgtttgggatgaaataggtgaaagaatggtttatatgggatttaataggaatggagctgagtgcaagaaaatatgggatgatattagtatgtctcta 41604438  T
Q  401 agaaggacagtggactgtggagtcaaaaacacaaggccttggtgtttgggacttaaggtgacagatgatgacgacctttgacacaattaatgtaaaacac 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||    
T  41604437 agaaggacagtggactgtggagtcaaaaacacaaggccttggtgtttgggacttaaggtgacagatgatgacgacctttgacacaattcatgt--aacac 41604340  T
Q  501 atgcacatgaatcagagttttttggttctgagcatgaaaaagggtcattgacttgcaagtttggttcattgaaaatcacaaggtgtgtaagactctagct 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||    
T  41604339 atgcacatgaatcagagttttttggttctgagcatgaaaaagggtcattgacttgcaagtttggttcattgaaaatcacaaggtgtgtaagact----ct 41604244  T
Q  601 agctagaccatgtgttttataagtttaaataggttgtatgtg 642  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  41604243 agctagaccatgtcttttataagtttaaataggttgtatgtg 41604202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University