View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17259_low_22 (Length: 443)

Name: NF17259_low_22
Description: NF17259
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17259_low_22
NF17259_low_22
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (17-430)||(30112203-30112612)
chr1 (17-430)||(30152856-30153265)
chr1 (307-430)||(30156487-30156610)
chr1 (17-105)||(30150162-30150249)
chr1 (184-255)||(30150427-30150498)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 384; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 384; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 430
Target Start/End: Original strand, 30112203 - 30112612
Alignment:
Q  17 atttccatgctttgcccaatctcttttcttatttatttttgttgtcttgcaacataaatgtaaatcacataggatgaagctgacctcaccttaagttgca 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30112203 atttccatgctttgcccaatctcttttcttatttatttt-gttgtcttgcaacataaatgtaaatcacataggatgaagctgacctcaccttaagttgca 30112301  T
Q  117 gggtacatacacactcgacagtcgataaaaatatacaaaaattcatcatatgcttcatacattatctgatggtgacaatagggattggtctcattaccac 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30112302 gggtacatacacactcgacagtcgataaaaatatacaaaaattcat---atgcttcatacattatctgatggtgacaatagggattggtctcattaccac 30112398  T
Q  217 tagcattaattatgcatgttaccagttgagatcaatgtagaaaaaactacgtaccatgaaaattcaagagttaggcggaaaacacatatcatgtagaaaa 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  30112399 tagcattaattatgcatgttaccagttgagatcaatgtagaaaaaactacgtaccatgaaaattcaagagttgggcggaaaacacatatcatgtagaaaa 30112498  T
Q  317 caacaaatgattgtgatacgttcttttttgcttttcaagggatgtgatacattcatttattgtcgtctaatactataagtctataacattcccttgataa 416  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30112499 caacaaatggttgtgatacgttcttttttgcttttcaagggatgtgatacattcatttattgtcgtctaatactataagtctataacattcccttgataa 30112598  T
Q  417 aaaacttaagtgta 430  Q
    ||||||||||||||    
T  30112599 aaaacttaagtgta 30112612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 384; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 430
Target Start/End: Original strand, 30152856 - 30153265
Alignment:
Q  17 atttccatgctttgcccaatctcttttcttatttatttttgttgtcttgcaacataaatgtaaatcacataggatgaagctgacctcaccttaagttgca 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30152856 atttccatgctttgcccaatctcttttcttatttatttt-gttgtcttgcaacataaatgtaaatcacataggatgaagctgacctcaccttaagttgca 30152954  T
Q  117 gggtacatacacactcgacagtcgataaaaatatacaaaaattcatcatatgcttcatacattatctgatggtgacaatagggattggtctcattaccac 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30152955 gggtacatacacactcgacagtcgataaaaatatacaaaaattcat---atgcttcatacattatctgatggtgacaatagggattggtctcattaccac 30153051  T
Q  217 tagcattaattatgcatgttaccagttgagatcaatgtagaaaaaactacgtaccatgaaaattcaagagttaggcggaaaacacatatcatgtagaaaa 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  30153052 tagcattaattatgcatgttaccagttgagatcaatgtagaaaaaactacgtaccatgaaaattcaagagttgggcggaaaacacatatcatgtagaaaa 30153151  T
Q  317 caacaaatgattgtgatacgttcttttttgcttttcaagggatgtgatacattcatttattgtcgtctaatactataagtctataacattcccttgataa 416  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30153152 caacaaatggttgtgatacgttcttttttgcttttcaagggatgtgatacattcatttattgtcgtctaatactataagtctataacattcccttgataa 30153251  T
Q  417 aaaacttaagtgta 430  Q
    ||||||||||||||    
T  30153252 aaaacttaagtgta 30153265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 307 - 430
Target Start/End: Original strand, 30156487 - 30156610
Alignment:
Q  307 atgtagaaaacaacaaatgattgtgatacgttcttttttgcttttcaagggatgtgatacattcatttattgtcgtctaatactataagtctataacatt 406  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30156487 atgtagaaaacaacaaatggttgtgatacgttcttttttgcttttcaagggatgtgatacattcatttattgtcgtctaatactataagtctataacatt 30156586  T
Q  407 cccttgataaaaaacttaagtgta 430  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  30156587 cccttgataaaaaacttaagtgta 30156610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 17 - 105
Target Start/End: Original strand, 30150162 - 30150249
Alignment:
Q  17 atttccatgctttgcccaatctcttttcttatttatttttgttgtcttgcaacataaatgtaaatcacataggatgaagctgacctcac 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30150162 atttccatgctttgcccaatctcttttcttatttatttt-gttgtcttgcaacataaatgtaaatcacataggatgaagctgacctcac 30150249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 184 - 255
Target Start/End: Original strand, 30150427 - 30150498
Alignment:
Q  184 gatggtgacaatagggattggtctcattaccactagcattaattatgcatgttaccagttgagatcaatgta 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30150427 gatggtgacaatagggattggtctcattaccacaagcattaattatgcatgttaccagttgagatcaatgta 30150498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University