View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17260_high_11 (Length: 562)

Name: NF17260_high_11
Description: NF17260
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17260_high_11
NF17260_high_11
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (10-546)||(9258481-9259017)
chr2 (10-546)||(9268489-9269012)
chr2 (48-466)||(9237969-9238387)
chr2 (48-361)||(9250592-9250905)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 513; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 513; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 9259017 - 9258481
Alignment:
Q  10 agatgaaaaaggtcacgaagacgaaatcatcgaaattacaattcttcgtccgcatgatgtggaactgtaacaccttagtgattcgtgcttctagagaaaa 109  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9259017 agatgaaaaagatcacgaaaacgaaatcatcgaaattacaattcttcgtccgcatgatgtggaactgtaacaccttagtgattcgtgcttctagagaaaa 9258918  T
Q  110 aacagttgaatcgcttctcgaacaaatttcatctaaaaccagaattccgattcaacatcaacgattaatttacgaaggaaaacagcttactctagaacag 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9258917 aacagttgaatcgcttctcgaacaaatttcgtctaaaaccagaattccgattcaacatcaacgattaatttacgaaggaaaacagcttactctagaacag 9258818  T
Q  210 agtctctgcgaatgcggcatcgaaaacgatgcaaatcttcaattggttggtcgcttgaggagtatagcgtgtcccaaagtgtggaaagccacacaatata 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  9258817 agtctctgcgaatgcggcatcgaaaacgatgcaaatcttcaattggttggtcgcttgaggagtatagcgtgtcctaaagtgtggaaagccacacaatata 9258718  T
Q  310 ttgtttctttgattctcaggctctgtagaggtgaattggtgattgatgcttcgagaattattgatgatcaccttacatattacatcaatgattctgaata 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9258717 ttgtttctttgattctcaggctctgtagaggtgaattggtgattggtgcttcgagaattattgatgatcaccttacatattacatcaatgattctgaata 9258618  T
Q  410 tttttctgttttcatgtttatggaaattccttcactgttggtagctctttatatgtcacagtatgcaaatgcgtgtgttgctgattccgtgattaaggat 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9258617 tttttctgttttcatgtttatggaaattccttcactgttggtagctctttatatgtcacggtatgcaaatgcgtgtgttgctgattccgtgattaaggat 9258518  T
Q  510 tttgtgagaatttgtttagatttgaaggacaaaaagt 546  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9258517 tttgtgagaatttgtttagatttgaaggacaaaaagt 9258481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 10 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 9269012 - 9268489
Alignment:
Q  10 agatgaaaaaggtcacgaagacgaaatcatcgaaattacaattcttcgtccgcatgatgtggaactgtaacaccttagtgattcgtgcttctagagaaaa 109  Q
    |||||||||||||| |  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  9269012 agatgaaaaaggtctcagaaacgaaatcatcgaaattacaattcttcgtccgcatg---tggaacagtaacaccttagtgattcgtgcttctagcgaaaa 9268916  T
Q  110 aaca--gttgaatcgcttctcgaacaaatttcatctaaaaccagaattccgattcaacatcaacgattaatttacgaaggaaaacagcttactctagaac 207  Q
    || |  |||||||| |||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||   ||||||     
T  9268915 aaaaaagttgaatcccttctcgaacaaatttcattcaaaaccaaaattccgattgaacatcaacgattaatatacgaagcaaaacagcttcagctagaat 9268816  T
Q  208 agagtctctgcgaatgcggcatcgaaaacgatgcaaatcttcaattggttggtcgcttgaggagtatagcgtgtcccaaagtgtggaaagccacacaata 307  Q
    |||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||  ||||| |||||||||||||||| ||| ||    
T  9268815 agagtcttcgcgaatgtggcatcgaaaacgatgcaaatctccaattggttggacgattgaggagtatagtttgtcctaaagtgtggaaagccaaacatta 9268716  T
Q  308 tattgtttctttgattctcaggctctgtagaggtgaattggtgattgatgcttcgagaattattgatgatcaccttacatattacatcaatgattctgaa 407  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||| |||||||| |||||||| |||||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||||||    
T  9268715 tattgtttctttgattctcaggctttgtacaggtaaatcggtgattggtgcttcgacaattattgatgattgctttacaaattacatcaatgattctgaa 9268616  T
Q  408 tatttttctgttttcatgtttatggaaattccttcactgttggtagctctttatatgtcacagtatgcaaatgcgtgtgttgctgattccgtgattaagg 507  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||            |||||||||| | || ||||| |||| ||||||||||    
T  9268615 tatttttctgtttccatgtttatggaaattccttcactgttggtagatctt------------tatgcaaatgggcgtattgcttattctgtgattaagg 9268528  T
Q  508 attttgtgagaatttgtttagatttgaaggacaaaaagt 546  Q
    ||||||||| |||||| ||| ||| ||||||||||||||    
T  9268527 attttgtgaaaatttgcttaaattcgaaggacaaaaagt 9268489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 111; E-Value: 9e-56
Query Start/End: Original strand, 48 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 9238387 - 9237969
Alignment:
Q  48 caattcttcgtccgcatgatgtggaactgtaacaccttagtgattcgtgcttctagagaaaaaacagttgaatcgcttctcgaacaaatttcatctaaaa 147  Q
    |||||||| || |||||||||||||| ||||||||| |||| ||||  ||||| |||||| | ||||| |||||  ||||| ||||||||||||| ||||    
T  9238387 caattctttgttcgcatgatgtggaaatgtaacaccatagtcattcacgcttcaagagaagacacagtggaatctattctccaacaaatttcatccaaaa 9238288  T
Q  148 ccagaattccgattcaacatcaacgattaatttacgaaggaaaacagcttactctagaacagagtctctgcgaatgcggcatcgaaaacgatgcaaatct 247  Q
    ||| |||||| ||| || |||||||||| || ||| | ||||||||||||   | | ||||||||||| || ||||||||||||||||||| || |||||    
T  9238287 ccaaaattcctattgaatatcaacgattgatctacaatggaaaacagcttcagcaacaacagagtctcagccaatgcggcatcgaaaacgacgccaatct 9238188  T
Q  248 tcaattggttggtcgcttgaggagtatagcgtgtcccaaagtgtggaaagccacacaatatattgtttctttgattctcaggctctgtagaggtgaattg 347  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||| | || |   |||||||||  |  || |  ||||||||||  |||||||||  ||||||||||| |||| |    
T  9238187 tcaattggttggtcaattgaggagtatagggcgttctgtagtgtggaattctgcagatgatattgtttcaatgattctcaacctctgtagaggcgaatcg 9238088  T
Q  348 gtgattgatgcttcgagaattattgatgatcaccttacatattacatcaatgattctgaatatttttctgttttcatgtttatggaaattccttcactgt 447  Q
     ||| || ||| || |  |||||| || ||||| || || | || || ||| ||| ||||||||||| | |||||| ||| ||| |||||||||| ||||    
T  9238087 ctgaatggtgcctccatgattattcataatcactttgcaaagtatatgaataattttgaatatttttattttttcaagttaatgaaaattccttctctgt 9237988  T
Q  448 tggtagctctttatatgtc 466  Q
    ||||||| |||||||||||    
T  9237987 tggtagcactttatatgtc 9237969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 5e-48
Query Start/End: Original strand, 48 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 9250905 - 9250592
Alignment:
Q  48 caattcttcgtccgcatgatgtggaactgtaacaccttagtgattcgtgcttctagagaaaaaacagttgaatcgcttctcgaacaaatttcatctaaaa 147  Q
    |||||||| || |||||||||||||| ||||||||| |||| ||||  ||||| |||||| | ||||| |||||  ||||| ||||||||||||| ||||    
T  9250905 caattctttgttcgcatgatgtggaaatgtaacaccatagtcattcacgcttcaagagaagacacagtggaatctattctccaacaaatttcatccaaaa 9250806  T
Q  148 ccagaattccgattcaacatcaacgattaatttacgaaggaaaacagcttactctagaacagagtctctgcgaatgcggcatcgaaaacgatgcaaatct 247  Q
    ||| |||||| ||| || |||||||||| || ||| | ||||||||||||   | | ||||||||||| || ||||||||||||||||||| || |||||    
T  9250805 ccaaaattcctattgaatatcaacgattgatctacaatggaaaacagcttcagcaacaacagagtctcagccaatgcggcatcgaaaacgacgccaatct 9250706  T
Q  248 tcaattggttggtcgcttgaggagtatagcgtgtcccaaagtgtggaaagccacacaatatattgtttctttgattctcaggctctgtagaggtgaattg 347  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||| | || |   |||||||||  | ||| |  ||||||||||  |||||||||  |||||||||||||||       
T  9250705 tcaattggttggtcaattgaggagtatagtgcgttctgtagtgtggaattctacagatgatattgtttcaatgattctcaaactctgtagaggtgaacca 9250606  T
Q  348 gtgattgatgcttc 361  Q
    ||||||| ||||||    
T  9250605 gtgattggtgcttc 9250592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University