View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17260_low_26 (Length: 444)

Name: NF17260_low_26
Description: NF17260
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17260_low_26
NF17260_low_26
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (1-425)||(712803-713227)
chr6 (56-425)||(702266-702635)
chr6 (56-425)||(717568-717937)
chr6 (33-425)||(710512-710904)
chr6 (54-414)||(716672-717029)
chr6 (191-413)||(722554-722779)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (73-321)||(35313595-35313843)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (182-318)||(20353897-20354033)
chr5 (169-306)||(20357809-20357946)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (169-297)||(5278442-5278570)
chr4 (169-297)||(5286423-5286551)
chr4 (182-318)||(5282505-5282641)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (152-318)||(6235378-6235544)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 369; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 369; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 713227 - 712803
Alignment:
Q  1 aaagaacaaatttaacaataaatttagtgattcaagcacatatcacagcctgcaattctagttgttgtccacccagaattgtttttgaagattgtcaact 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  713227 aaagaacaaatttaacaataaatttagtgattcaagcacatatcacagcctgcaattctagttgttgtccacccagaattgtttttgaagattatccact 713128  T
Q  101 atattattgtcaacttgaaaagctttggtgagaacttctgaagagatttttggattagatccaaatacagcattagcaattgtgattacacctggatttt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  713127 atattattgtcaacttgaaaagctttggtgagaacttctgaagaaatttttggattagatccaaatacagcattagcaattgtgattacaccaggatttt 713028  T
Q  201 ggctgctaagtccagcaatagcaactgcatttccatatcccacattcaattggaagtgaatgagaccaattggaaacacaaaaacatctcctttgttcag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  713027 ggctgctaagtccagcaatagcaactgcatttccatacccaacattcaattgaaagtgaatgaggccaattggaaacacaaacacatctcctttgttcag 712928  T
Q  301 tacttttgtgatgagacggttttctggattagaagtaacaaacccgacatatagtgtaccctctaacactataagaatctcagtggctctaggatgagta 400  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  712927 tacttttgtaatgagacggttttctggattagaagtaacaaacccgacatagagagtaccctccaacactataagaatctcagtggctctagggtgagta 712828  T
Q  401 tgtggaggatttagtcccctagatg 425  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  712827 tgtggaggatttagtcccctagatg 712803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 56 - 425
Target Start/End: Original strand, 702266 - 702635
Alignment:
Q  56 ttctagttgttgtccacccagaattgtttttgaagattgtcaactatattattgtcaacttgaaaagctttggtgagaacttctgaagagatttttggat 155  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  702266 ttctagtagttgtccacccagaattgtttttgaagattgtccactatattattgtcaacttgaaaagctttggtgagaacttctgaagagatttttggat 702365  T
Q  156 tagatccaaatacagcattagcaattgtgattacacctggattttggctgctaagtccagcaatagcaactgcatttccatatcccacattcaattggaa 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  702366 tagatccaaatacagcattagcaattgtgattacacctggattttggctgctaagtccagcaatagcaactgcatttccatatcccacattcaattggaa 702465  T
Q  256 gtgaatgagaccaattggaaacacaaaaacatctcctttgttcagtacttttgtgatgagacggttttctggattagaagtaacaaacccgacatatagt 355  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  702466 gtgaatgagaccaattggaaacacaaacacatctcctttgttcagtacttttgtaatgagacggttttctggattagaagtaacaaacccgacatatagt 702565  T
Q  356 gtaccctctaacactataagaatctcagtggctctaggatgagtatgtggaggatttagtcccctagatg 425  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  702566 gtaccctctaacactataagtatctcagtggctctagggtgagtatgtggaggatttagtccccttgatg 702635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 56 - 425
Target Start/End: Original strand, 717568 - 717937
Alignment:
Q  56 ttctagttgttgtccacccagaattgtttttgaagattgtcaactatattattgtcaacttgaaaagctttggtgagaacttctgaagagatttttggat 155  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  717568 ttctagttgttgtccacccagaattgtttttgaagattgtccactatattattgtcaacttgaaaagctttggtgagaacttctgaagagatttttggat 717667  T
Q  156 tagatccaaatacagcattagcaattgtgattacacctggattttggctgctaagtccagcaatagcaactgcatttccatatcccacattcaattggaa 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  717668 tagatccaaatacagcattagcaattgtgattacaccaggattttggctgctaagtccagcaatagcaactgcatttccatatcccacattcaattggaa 717767  T
Q  256 gtgaatgagaccaattggaaacacaaaaacatctcctttgttcagtacttttgtgatgagacggttttctggattagaagtaacaaacccgacatatagt 355  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  717768 gtgaatgagaccaattggaaacacaaacacatctcctttgtttagtacttttgttatgagacggttttctggattagaagtaacaaacccgacatatagt 717867  T
Q  356 gtaccctctaacactataagaatctcagtggctctaggatgagtatgtggaggatttagtcccctagatg 425  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  717868 gtaccctctaacactataagtatctcagtggctctagggtgagtatgtggaggatttagtcccctagatg 717937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 33 - 425
Target Start/End: Original strand, 710512 - 710904
Alignment:
Q  33 caagcacatatcacagcctgcaattctagttgttgtccacccagaattgtttttgaagattgtcaactatattattgtcaacttgaaaagctttggtgag 132  Q
    |||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  710512 caagtacatatcacgacctgcaattctagttgttgtccacccaaaattgtttttgaagattgtccactatattattgtcaacttgaaaagctttggtgag 710611  T
Q  133 aacttctgaagagatttttggattagatccaaatacagcattagcaattgtgattacacctggattttggctgctaagtccagcaatagcaactgcattt 232  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  710612 aacttctgaagagatttttggattagatccaaatacagcattagcaattgtgattacaccaggattttggctgctaagtccagcaatagcaactgcattt 710711  T
Q  233 ccatatcccacattcaattggaagtgaatgagaccaattggaaacacaaaaacatctcctttgttcagtacttttgtgatgagacggttttctggattag 332  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  710712 ccatatcccacattcaattggaagtgaatgagaccaattggaaacacaaacacatctcctttgttcagtacttttgtgatgagacggttttctggattag 710811  T
Q  333 aagtaacaaacccgacatatagtgtaccctctaacactataagaatctcagtggctctaggatgagtatgtggaggatttagtcccctagatg 425  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  710812 aagtaacaaacccgacatagagagtaccctccaacactataagaatctcagtggctctagggtgagtatgtgggggatttagtccccttgatg 710904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 54 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 717029 - 716672
Alignment:
Q  54 aattctagttgttgtccacccagaattgtttttgaagattgtcaactatattattgtcaacttgaaaagctttggtgagaacttctgaagagatttttgg 153  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||| |||||||||| ||||||||| ||||   |    
T  717029 aattctaattgttgtccaaccagaattgtttctgaagattgtcaactatgttattgtccacttgaagagccttggtgagaagttctgaagaaattt---g 716933  T
Q  154 attagatccaaatacagcattagcaattgtgattacacctggattttggctgctaagtccagcaatagcaactgcatttccatatcccacattcaattgg 253  Q
    |||||| ||||||||  | |||  ||| ||||| || | || ||| |||||| ||||||||| |||  |||| ||||||||||  |||| |||   ||||    
T  716932 attagacccaaatacctccttaataatagtgataactcttgaattatggctgttaagtccagaaatgacaaccgcatttccatcccccatattatgttgg 716833  T
Q  254 aagtgaatgagaccaattggaaacacaaaaacatctcctttgttcagtacttttgtgatgagacggttttctggattagaagtaacaaacccgacatata 353  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||  |    
T  716832 aagtgaataagaccaattggaaacacaaagacatctcctttgttaagaacttttgtaatgagacggttttctgggttagaagtaacaaaaccgacattga 716733  T
Q  354 gtgtaccctctaacactataagaatctcagtggctctaggatgagtatgtggaggatttag 414  Q
    | |||||||| ||||||||||| |||||||  |||||||| |||| |||||||||||||||    
T  716732 gagtaccctccaacactataagtatctcagctgctctagggtgagcatgtggaggatttag 716672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 191 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 722779 - 722554
Alignment:
Q  191 cctggattttggctgctaagtccagcaatagcaactgcatttccatatcccacattcaattggaagtgaatgagaccaattggaaacacaaaaacatctc 290  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| ||| ||||| |||||||||| |||   |||    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  722779 cctggattttgactgctaaatccagaaattgcaaccgcatttccatctcctgtattatgctcgaagtgaatgagaccaattggaaacacaaaaacatctc 722680  T
Q  291 ctttgttcagtacttttgtgatgag---acggttttctggattagaagtaacaaacccgacatatagtgtaccctctaacactataagaatctcagtggc 387  Q
    ||||||| ||  ||||||| ||| |   ||   ||||| |||||||||||  ||| || ||||  || ||||| |||||||| ||||| |||||||||||    
T  722679 ctttgttgagatcttttgtaatgggagtactactttcttgattagaagtataaaagccaacattgagagtaccatctaacaccataagtatctcagtggc 722580  T
Q  388 tctaggatgagtatgtggaggattta 413  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||    
T  722579 tctagggtgagtgtgtggaggattta 722554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 89; Significance: 1e-42; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 73 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 35313843 - 35313595
Alignment:
Q  73 ccagaattgtttttgaagattgtcaactatattattgtcaacttgaaaagctttggtgagaacttctgaagagatttttggattagatccaaatacagca 172  Q
    ||||||||| |||||||||| ||| | || ||| || || |||||||| |||||||||||||||||  |||| |||  ||| ||||||||||| ||||||    
T  35313843 ccagaattgcttttgaagatagtcgattacatttttatccacttgaaaggctttggtgagaacttccaaagaaattggtggtttagatccaaacacagca 35313744  T
Q  173 ttagcaattgtgattacacctggattttggctgctaagtccagcaatagcaactgcatttccatatcccacattcaattggaagtgaatgagaccaattg 272  Q
    || ||||| || || || || || |||||||| ||||| |||||||| ||||  || |  ||||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  35313743 tttgcaatggtaatcactccagggttttggctactaagaccagcaatggcaatagcctccccataaccaacgttcaattggaagtgaatgagaccgattg 35313644  T
Q  273 gaaacacaaaaacatctcctttgttcagtacttttgtgatgagacggtt 321  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||| |||||| |||| |||||||||    
T  35313643 gaaacacaaatacatcacctttgttcaatactttggtgaagagacggtt 35313595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 69; Significance: 8e-31; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 182 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 20354033 - 20353897
Alignment:
Q  182 gtgattacacctggattttggctgctaagtccagcaatagcaactgcatttccatatcccacattcaattggaagtgaatgagaccaattggaaacacaa 281  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||| ||| || ||||| ||||||||||| |||||||    
T  20354033 gtgattactcctggattttgactgctaagtccagcaatagcaacagcgttgccatatcccacattcagttgaaaatgaataagaccaattgggaacacaa 20353934  T
Q  282 aaacatctcctttgttcagtacttttgtgatgagacg 318  Q
    | ||||| || ||||| || ||||| |||| ||||||    
T  20353933 acacatcacccttgttgagcactttggtgaagagacg 20353897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 169 - 306
Target Start/End: Original strand, 20357809 - 20357946
Alignment:
Q  169 agcattagcaattgtgattacacctggattttggctgctaagtccagcaatagcaactgcatttccatatcccacattcaattggaagtgaatgagacca 268  Q
    |||||| ||||  ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| || ||||| ||||||    
T  20357809 agcatttgcaacggtgataactcctggattttgactgctaagtccagcaatagcaacggcattgccatatcccacattcagttgaaaatgaataagacca 20357908  T
Q  269 attggaaacacaaaaacatctcctttgttcagtacttt 306  Q
    ||||| |||||||| ||||| || ||||| || |||||    
T  20357909 attgggaacacaaacacatcacccttgttgagcacttt 20357946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 61; Significance: 5e-26; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 169 - 297
Target Start/End: Original strand, 5278442 - 5278570
Alignment:
Q  169 agcattagcaattgtgattacacctggattttggctgctaagtccagcaatagcaactgcatttccatatcccacattcaattggaagtgaatgagacca 268  Q
    |||||| ||||  ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||| ||| || ||||| ||||||    
T  5278442 agcatttgcaacagtgataactcctggattttgactgctaagtccagcaatagcaacagcgttgccatatcccacattcagttgaaaatgaataagacca 5278541  T
Q  269 attggaaacacaaaaacatctcctttgtt 297  Q
    ||||| |||||||| ||||| || |||||    
T  5278542 attgggaacacaaacacatcacccttgtt 5278570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 169 - 297
Target Start/End: Original strand, 5286423 - 5286551
Alignment:
Q  169 agcattagcaattgtgattacacctggattttggctgctaagtccagcaatagcaactgcatttccatatcccacattcaattggaagtgaatgagacca 268  Q
    |||||| ||||  ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||| ||| || ||||| ||||||    
T  5286423 agcatttgcaacagtgataactcctggattttgactgctaagtccagcaatagcaacggcgttgccatatcccacattcagttgaaaatgaataagacca 5286522  T
Q  269 attggaaacacaaaaacatctcctttgtt 297  Q
    ||||| |||||||| ||||| || |||||    
T  5286523 attgggaacacaaacacatcacccttgtt 5286551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 182 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 5282641 - 5282505
Alignment:
Q  182 gtgattacacctggattttggctgctaagtccagcaatagcaactgcatttccatatcccacattcaattggaagtgaatgagaccaattggaaacacaa 281  Q
    ||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||  || || ||||| |||||||| || |||||||    
T  5282641 gtgataactcctgggttttgactgctaagtccagcaatagcaacagcgttgccatatcccacattcagctgaaaatgaataagaccaatcgggaacacaa 5282542  T
Q  282 aaacatctcctttgttcagtacttttgtgatgagacg 318  Q
    | ||||| || ||||| || ||||| |||| ||||||    
T  5282541 acacatcacccttgttgagcactttggtgaagagacg 5282505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 59; Significance: 8e-25; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 152 - 318
Target Start/End: Original strand, 6235378 - 6235544
Alignment:
Q  152 ggattagatccaaatacagcattagcaattgtgattacacctggattttggctgctaagtccagcaatagcaactgcatttccatatcccacattcaatt 251  Q
    |||||||||  ||| | |||||| ||||  ||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| | ||    
T  6235378 ggattagatttaaacaaagcatttgcaacggtgataactcctgggttttgactgctaagtccagcaatagcaacagcgttgccatatcccacatttagtt 6235477  T
Q  252 ggaagtgaatgagaccaattggaaacacaaaaacatctcctttgttcagtacttttgtgatgagacg 318  Q
    | || ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| || ||||| |||| ||||||    
T  6235478 gaaaatgaataagaccaattgggaacacaaacacatcacccttgtttagcactttggtgaagagacg 6235544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University