View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17260_low_48 (Length: 338)

Name: NF17260_low_48
Description: NF17260
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17260_low_48
NF17260_low_48
[»] chr2 (17 HSPs)
chr2 (18-320)||(15019765-15020067)
chr2 (26-316)||(14528799-14529095)
chr2 (26-316)||(14543025-14543321)
chr2 (26-315)||(14512349-14512644)
chr2 (18-317)||(15007863-15008162)
chr2 (26-320)||(15003869-15004162)
chr2 (26-318)||(14547172-14547464)
chr2 (18-316)||(14520181-14520479)
chr2 (26-317)||(14567421-14567712)
chr2 (33-316)||(14850329-14850612)
chr2 (26-320)||(14534033-14534324)
chr2 (34-319)||(31969206-31969491)
chr2 (34-318)||(15013289-15013570)
chr2 (33-317)||(15023815-15024099)
chr2 (33-306)||(14552389-14552662)
chr2 (195-280)||(14847655-14847740)
chr2 (194-317)||(14525112-14525235)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 271; Significance: 1e-151; HSPs: 17)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 18 - 320
Target Start/End: Original strand, 15019765 - 15020067
Alignment:
Q  18 aactgcacaccctagaattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctctttctgaattattaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcatt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15019765 aactgcacaccctagaattttacaaggtagcttggagagacgaataatccctttttttgaattattaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcatt 15019864  T
Q  118 gtttgcttaattcgatattggactgcattttctaataatccctatcaccgtattgtgtctaatatcaatttgatggttgattttggattttctgattcta 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15019865 gtttgcttaattcgatattggactgcattttctactaatccccatgaccgtattgtgtctaatatcaatttgatggttgattttggattttctgattcta 15019964  T
Q  218 ccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcattggaggaaattaagggtttagggtttaacccttcaac 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  15019965 ccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagttattggaggaaattaagggtttagggtttaaaccttcaac 15020064  T
Q  318 gac 320  Q
    |||    
T  15020065 gac 15020067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 26 - 316
Target Start/End: Original strand, 14528799 - 14529095
Alignment:
Q  26 accctagaattttacaaagtagc------ttggagagacgaataatccctctttctgaattattaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgt 119  Q
    ||||||||||||||| |||||||      ||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  14528799 accctagaattttacgaagtagcctggacttggagaaacaaataatccctctttttgaattattaagtaggttcttgaaaaccaacaaggatatcattct 14528898  T
Q  120 ttgcttaattcgatattggactgcattttctaataatccctatcaccgtattgtgtctaatatcaatttgatggttgattttggattttctgattctacc 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||  |       
T  14528899 ttgcttaattcgatattggactgcatttgctactaatccctatcaccttattgtgtctaatatcaatttgatgtctgattttggagtttctgataatgtt 14528998  T
Q  220 attgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcattggaggaaattaagggtttagggtttaacccttcaa 316  Q
    |||| ||| |||||||   ||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| | |||||||    
T  14528999 attggtagtttgcttcagtcaaggccgtctatatttggttcaaaggatttgattaagtcattggaggaagttaaggatttagggtttcatccttcaa 14529095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 26 - 316
Target Start/End: Original strand, 14543025 - 14543321
Alignment:
Q  26 accctagaattttacaaagtagc------ttggagagacgaataatccctctttctgaattattaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgt 119  Q
    ||||||||||||||| |||||||      ||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  14543025 accctagaattttacgaagtagcctggacttggagaaacaaataatccctctttttgaattattaagtaggttcttgaaaaccaacaaggatatcattct 14543124  T
Q  120 ttgcttaattcgatattggactgcattttctaataatccctatcaccgtattgtgtctaatatcaatttgatggttgattttggattttctgattctacc 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||  |       
T  14543125 ttgcttaattcgatattggactgcatttgctactaatccctatcaccttattgtgtctaatatcaatttgatgtctgattttggagtttctgataatgtt 14543224  T
Q  220 attgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcattggaggaaattaagggtttagggtttaacccttcaa 316  Q
    |||| ||| |||||||   ||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| | |||||||    
T  14543225 attggtagtttgcttcagtcaaggccgtctatatttggttcaaaggatttgattaagtcattggaggaagttaaggatttagggtttcatccttcaa 14543321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 153; E-Value: 5e-81
Query Start/End: Original strand, 26 - 315
Target Start/End: Original strand, 14512349 - 14512644
Alignment:
Q  26 accctagaattttacaaagtagcttgga------gagacgaataatccctctttctgaattattaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgt 119  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||      || || |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  14512349 accctagaattttacgaagtagcttggacttggagaaacaaataatccctctttttgaattattaagtaggttcttgaaaaccaacaaggatatcattct 14512448  T
Q  120 ttgcttaattcgatattggactgcattttctaataatccctatcaccgtattgtgtctaatatcaatttgatggttgattttggattttctgattctacc 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||  |       
T  14512449 ttgcttaattcgatattggactgcatttgctactaatccctatcaccttattgtgtctaatatcaatttgatgtctgattttggagtttctgataatgtt 14512548  T
Q  220 attgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcattggaggaaattaagggtttagggtttaacccttca 315  Q
    |||| ||| |||||||   ||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||| | ||||||    
T  14512549 attggtagtttgcttcagtcaaggccgtctatatttggttcaaaggatttgattaagtcattagaggaagttaaggatttagggtttcatccttca 14512644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 18 - 317
Target Start/End: Original strand, 15007863 - 15008162
Alignment:
Q  18 aactgcacaccctagaattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctctttctgaattattaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcatt 117  Q
    ||||||| |||||| |||||||| |||||||||||  | ||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  15007863 aactgcaaaccctacaattttacgaagtagcttgggcaaacgaataatccctctttttgaattgttaagtaggttctttaaaaccaacaaggatatcatt 15007962  T
Q  118 gtttgcttaattcgatattggactgcattttctaataatccctatcaccgtattgtgtctaatatcaatttgatggttgattttggattttctgattcta 217  Q
    ||||||||| ||||| |||  |   | |||  || ||  || ||||||| ||||||| ||||||||||||||||   || ||||||| ||||||||||||    
T  15007963 gtttgcttacttcgacattcaatgtcgtttattattagcccatatcaccttattgtggctaatatcaatttgataactggttttggagtttctgattcta 15008062  T
Q  218 ccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcattggaggaaattaagggtttagggtttaacccttcaac 317  Q
    ||||||||| ||||||||  | ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||| | ||||||||    
T  15008063 ccattgctaaattgcttcagaaaaggccatctatatttggttcaactgatttgattaagtcattagaggaagttaagcgtttagggtttcatccttcaac 15008162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 26 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 15004162 - 15003869
Alignment:
Q  26 accctagaattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctctttctgaattattaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgtttgctt 125  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||| |||| |||||  | |||| |||||||||||| ||||||| ||||    
T  15004162 accctcgaattttacaaagtagcttggagaatcgaataatccctctttttgaattgttaaataggttttcgaaa-ccaacaaggataccattgttggctt 15004064  T
Q  126 aattcgatattggactgcattttctaataatccctatcaccgtattgtgtctaatatcaatttgatggttgattttggattttctgattctaccattgct 225  Q
    |||||||||||  |   | ||| ||  | |||||||||||  | | | | ||||||||||||||||||| |||||||   ||||||||||||||||||||    
T  15004063 aattcgatattcaagatcgtttactttttatccctatcactttctagaggctaatatcaatttgatggtggattttgatgtttctgattctaccattgct 15003964  T
Q  226 agattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcattggaggaaattaagggtttagggtttaacccttcaacgac 320  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||    
T  15003963 agattgcttcaaaaaaggccatctatatttggttcaaaggatttgattatgtcattggaggaagttaagtgtttagggtttgacgcttcaacgac 15003869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 121; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 26 - 318
Target Start/End: Original strand, 14547172 - 14547464
Alignment:
Q  26 accctagaattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctctttctgaattattaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgtttgctt 125  Q
    ||||| ||||||| | |||||||||||||| |||||| |||||||||| | |||| |||||||| | ||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  14547172 accctcgaattttgcgaagtagcttggagaaacgaattatccctctttttcaattgttaagtagcttcttgaaaaccaacaaggatgtcattctttgctt 14547271  T
Q  126 aattcgatattggactgcattttctaataatccctatcaccgtattgtgtctaatatcaatttgatggttgattttggattttctgattctaccattgct 225  Q
    | ||||| ||| ||||    || ||  |||| ||||||||| | |||   |||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  14547272 acttcgacattcgacttatgttacttttaattcctatcaccttgttgccgctaatatcaatttgatgactgattttggagtttctgattctgtcattgct 14547371  T
Q  226 agattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcattggaggaaattaagggtttagggtttaacccttcaacg 318  Q
    || ||||||| || ||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | |||||||||    
T  14547372 agcttgcttcaaaaaaggccatctatatttggttcgactgatttgattaagtcattggaggaagttaagtgtttagggtttgatccttcaacg 14547464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 18 - 316
Target Start/End: Original strand, 14520181 - 14520479
Alignment:
Q  18 aactgcacaccctagaattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctctttctgaattattaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcatt 117  Q
    ||||||| | |||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| | |||| |||| |||||  | ||||||||||||||||| ||||    
T  14520181 aactgcaaatcctaaaattttacaaagtagtttggagaaacgaataatccctctttttcaattgttaaataggttttcgaaaaccaacaaggataccatt 14520280  T
Q  118 gtttgcttaattcgatattggactg-cattttctaataatccctatcaccgtattgtgtctaatatcaatttgatggttgattttggattttctgattct 216  Q
    ||||||||||||||| |||  |||  | |||  || | ||||||||||   | | | | ||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||    
T  14520281 gtttgcttaattcgaaattc-actatcgtttattatttatccctatcatgttctagaggctaatatcaatttgatgattgaatttggagtttctgattct 14520379  T
Q  217 accattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcattggaggaaattaagggtttagggtttaacccttcaa 316  Q
    | ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||| | |||||||    
T  14520380 aacattgctagattgcttcaaacaaggtcatctatatttggttcaactgatttgattaagtcattagaggaagttaagtgtttagggtttcatccttcaa 14520479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 26 - 317
Target Start/End: Original strand, 14567421 - 14567712
Alignment:
Q  26 accctagaattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctctttctgaattattaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgtttgctt 125  Q
    |||||| |||||| || | ||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||| || ||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  14567421 accctataattttgcatattagtttggagaaacgaataatccctctttttgaattgttaagtaagttcttgaaaaccaacaaagatatcattatttgctt 14567520  T
Q  126 aattcgatattggactgcattttctaataatccctatcaccgtattgtgtctaatatcaatttgatggttgattttggattttctgattctaccattgct 225  Q
    ||||||  |||  |||||||||||||  ||| ||||||||| |||| ||  |||| |||||||||||  |||||||||| ||||||||  |  |||||||    
T  14567521 aattcggcattcaactgcattttctatgaattcctatcaccttattatggataatgtcaatttgatgtctgattttggagtttctgataatgtcattgct 14567620  T
Q  226 agattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcattggaggaaattaagggtttagggtttaacccttcaac 317  Q
    || |||||||   |||||||||||||| |||||||||| ||  |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | ||||||||    
T  14567621 agtttgcttcagtcaaggccatctatagttggttcaaaggaattgattaagtcattggaggaagttaagagtttagggtttgatccttcaac 14567712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 33 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 14850612 - 14850329
Alignment:
Q  33 aattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctctttctgaattattaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgtttgcttaattcga 132  Q
    ||||||||||  |||||| || | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||| |||| | ||||||||||||    
T  14850612 aattttacaatatagcttagacaaacgaataatccctctttttgaattattaagtaggttcttgaaatccagcaaggataccattctctgcttaattcga 14850513  T
Q  133 tattggactgcattttctaataatccctatcaccgtattgtgtctaatatcaatttgatggttgattttggattttctgattctaccattgctagattgc 232  Q
    | ||  ||||||||| |||  |||||||||| |  ||||||| |||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||  |  |||||||||  |||    
T  14850512 tgttccactgcatttactataaatccctatcgcattattgtggctaatatcaatttgatgactgattttggagtttctgataatgtcattgctagtatgc 14850413  T
Q  233 ttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcattggaggaaattaagggtttagggtttaacccttcaa 316  Q
    |||   || |||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | |||||||    
T  14850412 ttcagtcatggccatctgtatttggttcaaaggatttgattaagtcattggaggaagttaagtgtttagggtttgatccttcaa 14850329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 26 - 320
Target Start/End: Original strand, 14534033 - 14534324
Alignment:
Q  26 accctagaattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctctttctgaattattaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgtttgctt 125  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| | ||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||  |||| |||||||    
T  14534033 accctcgaattttacgaagtagcttggagaaacaaataatccctctttttcaattattaagtaggtgcttaaaaaccaacagggatgccattatttgctt 14534132  T
Q  126 aattcgatattggactgcattttctaataatccctatcaccgtattgtgtctaatatcaatttgatggttgattttggattttctgattctaccattgct 225  Q
    |||   | |||||||| ||||| ||| | ||   ||||||| ||||||| |||||||||||||||||  |||||||||| || || |||||  |||||||    
T  14534133 aataaaacattggactacatttactatttat---tatcaccttattgtggctaatatcaatttgatgactgattttggaattcctcattctgtcattgct 14534229  T
Q  226 agattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcattggaggaaattaagggtttagggtttaacccttcaacgac 320  Q
    |||||| ||||| | || |||| | || || ||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  14534230 agattgattcgatctagaccatttttaatttgttcaaaggatttgattaattcattggaggaaattaagggtttagggtttgatccttcaacgac 14534324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 34 - 319
Target Start/End: Original strand, 31969206 - 31969491
Alignment:
Q  34 attttacaaagtagcttggagagacgaataatccctctttctgaattattaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgtttgcttaattcgat 133  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| | |||| |||| |||||  | |||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||     
T  31969206 attttacaaagtagcttggacaaacgaataatccctctttttcaattgttaaataggttttcgaaaaccaacaaggatactattgtttacttaattcgac 31969305  T
Q  134 attggactgcattttctaataatccctatcaccgtattgtgtctaatatcaatttgatggttgattttggattttctgattctaccattgctagattgct 233  Q
    |||  |   | |||  |  | |||||  | ||| | | | | ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  31969306 attcaaggtcgtttattgtttatccccttaaccttctagaggctaatatcaatttgatggttgattttggagtttatgattctgccattgctagattgct 31969405  T
Q  234 tcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcattggaggaaattaagggtttagggtttaacccttcaacga 319  Q
    |||||| |||  |||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  31969406 tcgaactaggaaatctatatcttgttcaaatgatttgattaagtcattggaggacgttaagggtttagggtttgacccttcaacga 31969491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 109; E-Value: 8e-55
Query Start/End: Original strand, 34 - 318
Target Start/End: Original strand, 15013289 - 15013570
Alignment:
Q  34 attttacaaagtagcttggagagacgaataatccctctttctgaattattaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgtttgcttaattcgat 133  Q
    |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||| | ||||||||| |||||  |||||||||||||||||||  ||||||| |||||||| |     
T  15013289 attttacaaagtagcttggacaaacggataatccctctttttcaattattaaataggtttttgaaaaccaacaaggatactattgtttacttaattctaa 15013388  T
Q  134 attggactgcattttctaataa-tccctatcaccgtattgtgtctaatatcaatttgatggttgattttggattttctgattctaccattgctagattgc 232  Q
    |||  |   | |||    |||| ||||  ||||| | | | | ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||    
T  15013389 attcaaggtcgttt----ataactccccttcaccttctagaggctaatatcaatttgatggttgattttggagtttgtgattctgccattgctagattgc 15013484  T
Q  233 ttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcattggaggaaattaagggtttagggtttaacccttcaacg 318  Q
    ||||||| |||  |||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  15013485 ttcgaactaggaaatctatatattgttcaaatgatttgattaagtcattggaggacgttaagggtttagggtttgacccttcaacg 15013570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 33 - 317
Target Start/End: Original strand, 15023815 - 15024099
Alignment:
Q  33 aattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctctttctgaattattaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgtttgcttaattcga 132  Q
    ||||||||||| |||||| ||||  |||||||||||||||| | ||||  |||  |||| ||| ||||| ||||||||||  |||||||||||||||| |    
T  15023815 aattttacaaactagctttgagaatcgaataatccctctttttaaattgctaacaaggttctttaaaactaacaaggatactattgtttgcttaattcaa 15023914  T
Q  133 tattggactgcattttctaataatccctatcaccgtattgtgtctaatatcaatttgatggttgattttggattttctgattctaccattgctagattgc 232  Q
     ||| ||      || ||| | ||||| |||||| ||||||| ||| ||||||| ||||   |||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||    
T  15023915 cattcgaaatgggttactagtcatccccatcaccttattgtggctagtatcaatctgatttctgattttggagtttctgattctgtcattgctagattgc 15024014  T
Q  233 ttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcattggaggaaattaagggtttagggtttaacccttcaac 317  Q
    ||| ||  | ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | ||||||||    
T  15024015 ttcaaaataagccatctatatttggttcaaaggatttgattaagtcattggaggaagttaagagtttagggtttgatccttcaac 15024099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 33 - 306
Target Start/End: Original strand, 14552389 - 14552662
Alignment:
Q  33 aattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctctttctgaattattaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgtttgcttaattcga 132  Q
    |||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||| |||||| ||||| | || ||| ||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  14552389 aattttacaaagtagcctggacaaacgaataatccctctttttgaattgttaagaatgttctttaaaactaacaaggatacaattgtttgcttaattcga 14552488  T
Q  133 tattggactgcattttctaataatccctatcaccgtattgtgtctaatatcaatttgatggttgattttggattttctgattctaccattgctagattgc 232  Q
     ||| ||      || ||| | ||||| |||||| ||||||| ||||||| ||| |||||  |||||||||  | ||| |||||  ||||||||||||||    
T  14552489 cattcgaaatgggttgctagttatccccatcaccttattgtggctaatattaatctgatgtctgattttggcgtgtctcattctgtcattgctagattgc 14552588  T
Q  233 ttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcattggaggaaattaagggtttagggttt 306  Q
    ||| ||  |  |||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  14552589 ttcaaattaaaccatctatattttgttcaaaggatttgattaagtcattggaggaagttaaaggtttagggttt 14552662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 195 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 14847740 - 14847655
Alignment:
Q  195 tgattttggattttctgattctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcat 280  Q
    |||||||||| |||  ||||||||||||| ||||||||||| || |||| ||||||||||||||  || || | ||||||||||||    
T  14847740 tgattttggagtttgcgattctaccattgatagattgcttcaaaaaaggtcatctatatttggtcaaactggtttgattaagtcat 14847655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 194 - 317
Target Start/End: Original strand, 14525112 - 14525235
Alignment:
Q  194 ttgattttggattttctgattctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcattggaggaaattaa 293  Q
    |||||| |||| ||| ||||||  | |||||||||||||||   ||||| ||| ||||| |||| |||| |||| | ||||   | ||||||||| ||||    
T  14525112 ttgattatggagtttgtgattccgctattgctagattgcttttgacaagaccagctatacttggatcaattgatttcattagtactttggaggaagttaa 14525211  T
Q  294 gggtttagggtttaacccttcaac 317  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||    
T  14525212 gggtttagggtttcacctttcaac 14525235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University