View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17263_low_1 (Length: 721)

Name: NF17263_low_1
Description: NF17263
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17263_low_1
NF17263_low_1
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (12-705)||(720728-721418)
chr1 (12-615)||(38880040-38880642)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (12-593)||(37144954-37145535)
chr3 (12-589)||(53606574-53607151)
chr3 (211-613)||(17716828-17717230)
chr3 (211-613)||(19018057-19018459)
chr3 (547-590)||(23425799-23425842)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (12-593)||(45211096-45211677)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (12-615)||(23946051-23946654)
chr5 (12-159)||(42690064-42690211)
chr5 (61-201)||(16781215-16781355)
chr5 (236-300)||(10115868-10115932)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (16-593)||(33805273-33805850)
chr4 (85-613)||(11239460-11239988)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (12-589)||(46830723-46831300)
chr7 (24-284)||(48953130-48953390)
chr7 (532-590)||(23206660-23206718)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (61-302)||(8684298-8684539)
chr6 (244-288)||(4839599-4839643)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (523-589)||(42402010-42402076)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 553; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 553; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 705
Target Start/End: Complemental strand, 721418 - 720728
Alignment:
Q  12 tgagatgaacaagcctgcactattacggagaatactactgtaaccggtgcgggaaggagtgcctaagcagctgccatcaacattaagaatgtagtcaacg 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  721418 tgagatgaacaagcctgcactattacggagaataccactgtaaccagtgcgggaaggagtgcctaagcagctgccatcaacattaagaatgtagtcaagg 721319  T
Q  112 tgatttctgttgttccatttcacgaaacggtcggaatgattcacattttcctcactatcaaaggccgaattgatatctgcagctgctgaaacgacattgt 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  721318 tgatttctgttgttccatttcacgaaacggtcataatgattcacattttcctcactatcaaaggccgaattgatatctgcagctgctgaaacgatattgt 721219  T
Q  212 tgcacagccgaatgagagacatgttttcattattaaggcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaaggccagcgaaaaagatattcggaaggga 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  721218 tgcacagccgaatgagagacatgttttcattattaagtcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaaggccagcgaaaaagatattcggaaggga 721119  T
Q  312 gccagacatgccgatcttgatccaatcgtgagctgatgtagctgtgaagaaatcattacctataaacccaattttctgccatatgcttctagaaaaatga 411  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  721118 gccagacataccgatcttgatccaatcgtgagctgatgtagctgtgaagaaatcattacctgtaaacccaatttcctgccatatgcttctagaaaaatga 721019  T
Q  412 cagtccctgacaaagtgcaggaaggtttcatcttcttctctgcatcaagcgcaggagggagagggagctatgtttctacggtggagcaaggaaagagttg 511  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  721018 cagtccctgacacagtgtaggaaggtttcatcttcttctccgcatcgagcgcaggagggagagggggctatgtttctgtggtggagcaaggaaagagttg 720919  T
Q  512 gtacaacattttgacaagcaagccagatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaagagggatgaagaatgggatcagc 611  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  720918 gtacaacattttgacaagcgagccagatgagaaacttgtacttttccaggacctgcaaattccaaattcaagaccaagaggggtgaggaatgggatcagc 720819  T
Q  612 tgccatatattagtgaatatatttattatttaatttacacctaatcacta-nnnnnnncttcaagtaatcacgaatttttgaacagcaaataaag 705  Q
    |||||||||||||||||||    |||||||||||||| ||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  720818 tgccatatattagtgaata----tattatttaatttaaacctaatcactattttttttcttcaagtaatcacgaatttttgaacagcaaataaag 720728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 468; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 615
Target Start/End: Complemental strand, 38880642 - 38880040
Alignment:
Q  12 tgagatgaacaagcctgcactattacggagaatactactgtaaccggtgcgggaaggagtgcctaagcagctgccatcaacattaagaatgtagtcaacg 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  38880642 tgagatgaacaagcctgcactattacggagaataccaccgtaaccagtgcgggaaggagtacctaagcagctgccatcaacattaagaatgtagtcaatg 38880543  T
Q  112 tgatttctgttgttccatttcacgaaacggtcggaatgattcacattttcctcactatcaaaggccgaattgatatctgcagctgctgaaacgacattgt 211  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||    
T  38880542 tgatttttgttgttccatttcacaaaacggtcagaatgattcacattttcctcactattaaaggccgaattgatatctacagctgttgaaacgatattgt 38880443  T
Q  212 tgcacagccgaatgagagacatgttttcattattaaggcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaaggccagcgaaaaagatattcggaaggga 311  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  38880442 tgcacagtcgaatgagagacatgttttcattattaaggcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaaggccaacgaaaaagatattcggaaggga 38880343  T
Q  312 gccagacatgccgatcttgatccaatcgtgagctgatgtagctgtgaagaaatcattacctataaacccaattttctgccatatgcttctagaaaaatga 411  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  38880342 gccagacataccgatcttgatccaatcgtgagatgatgtagctgtgaagaaatcattacctgtaaacccaatgttctgccatatgcttctagaaaaatga 38880243  T
Q  412 cagtccctgacaaagtgcaggaaggtttcatcttcttctctgcatcaagcgcaggagggagagggagctatgtttctacggtggagcaaggaaagagttg 511  Q
    || ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  38880242 caatccctgacacagtgcagaaaggtttcatcttcttctccgcatcgagcgcaggagggagagggagctatgtttctgtggtggagcaaggaaagagttg 38880143  T
Q  512 gtacaacattttgacaagcaagccagatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaagagggatgaagaatgggatcagc 611  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||    
T  38880142 gtacaacattttgacaagcaagccagat-aaaaacttgtactttttcagaacttgcaaattccaaatccaagaccaagaggggtgaggaatgagatcagc 38880044  T
Q  612 tgcc 615  Q
    ||||    
T  38880043 tgcc 38880040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 430; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 430; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 593
Target Start/End: Complemental strand, 37145535 - 37144954
Alignment:
Q  12 tgagatgaacaagcctgcactattacggagaatactactgtaaccggtgcgggaaggagtgcctaagcagctgccatcaacattaagaatgtagtcaacg 111  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||  |    
T  37145535 tgagatgagcaagcctgcactattacggagaatatcaccgtaaccggtgcgtgagggagtgcctaagcagctgccatccacattaagaatatggtcatgg 37145436  T
Q  112 tgatttctgttgttccatttcacgaaacggtcggaatgattcacattttcctcactatcaaaggccgaattgatatctgcagctgctgaaacgacattgt 211  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  37145435 tgattcctgttgttccatttcacgaaacggtcagaatggttcacattttcctcgctatcaaaggcagaattgatatctgcagctgctgaaacgatattgt 37145336  T
Q  212 tgcacagccgaatgagagacatgttttcattattaaggcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaaggccagcgaaaaagatattcggaaggga 311  Q
    |||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||    
T  37145335 tgcacaaccgaaaaagagacatgttttcattattaaggcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaagaccagcgaaaaagatatccgggaggga 37145236  T
Q  312 gccagacatgccgatcttgatccaatcgtgagctgatgtagctgtgaagaaatcattacctataaacccaattttctgccatatgcttctagaaaaatga 411  Q
    ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37145235 gctggacataccgatcttgaaccaatcgtgagctgatgtagctgtgaagaaatcattacatgtaaacccaattttctgccatatgcttctagaaaaatga 37145136  T
Q  412 cagtccctgacaaagtgcaggaaggtttcatcttcttctctgcatcaagcgcaggagggagagggagctatgtttctacggtggagcaaggaaagagttg 511  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||| |||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  37145135 cagtccctgacacagtgcaggaaggtttcatcttcttctccgcatcgagcacaggtgggagatggcgctatgtttctgcggtggagcaaggaaagagttg 37145036  T
Q  512 gtacaacattttgacaagcaagccagatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaagaggg 593  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37145035 gtacaacattttgacaagcgagccagatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaagaggg 37144954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 8e-60
Query Start/End: Original strand, 12 - 589
Target Start/End: Original strand, 53606574 - 53607151
Alignment:
Q  12 tgagatgaacaagcctgcactattacggagaatactactgtaaccggtgcgggaaggagtgcctaagcagctgccatcaacattaagaatgtagtcaacg 111  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| || || | || || |||||||||||| | ||| || || | ||||||||||||||||||||||||| | ||   |    
T  53606574 tgagataaacaaacctgcactattgcgtaggacaccaccgtaaccggtgcgtggaggggttccaatgcagctgccatcaacattaagaatgaaatcttgg 53606673  T
Q  112 tgatttctgttgttccatttcacgaaacggtcggaatgattcacattttcctcactatcaaaggccgaattgatatctgcagctgctgaaacgacattgt 211  Q
    || ||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||     |||||| ||||  |  || ||||| |||    |  |||||||||||| ||  ||||    
T  53606674 tggtttctattgttccatttcaccaatcggtctgaatgagggggattttcttcaccgttgaatgccgagttggctgcatcagctgctgaaatgatgttgt 53606773  T
Q  212 tgcacagccgaatgagagacatgttttcattattaaggcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaaggccagcgaaaaagatattcggaaggga 311  Q
    |||||| |||||  | |||||   |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||| | | | | ||    
T  53606774 tgcacaaccgaaataaagacaaagtttcattattaaggcacattaagttacggtgtctccaaacccaccaaaggccggctaaaaagatactagaacgtga 53606873  T
Q  312 gccagacatgccgatcttgatccaatcgtgagctgatgtagctgtgaagaaatcattacctataaacccaattttctgccatatgcttctagaaaaatga 411  Q
    |||||| || || | ||| |||||||| | || ||  | || ||||| |||||| |||| | |||| |||||||||||||| |||    ||||||||  |    
T  53606874 gccagaaataccaagctttatccaatcataagttgtagcagttgtgacgaaatcgttacttgtaaaaccaattttctgccagatgtccttagaaaaacaa 53606973  T
Q  412 cagtccctgacaaagtgcaggaaggtttcatcttcttctctgcatcaagcgcaggagggagagggagctatgtttctacggtggagcaaggaaagagttg 511  Q
    |||||||||||| | ||||  ||||||||||||||||||| |||   || |||   |||||||||||| ||| ||||  |||  |||| ||||||||| |    
T  53606974 cagtccctgacacaatgcataaaggtttcatcttcttctccgcaatgagtgcaaatgggagagggagccatgcttctgtggtaaagcagggaaagagtgg 53607073  T
Q  512 gtacaacattttgacaagcaagccagatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaag 589  Q
    | ||  |||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||  |   ||||||||||||||||||    
T  53607074 gaaccgcattttgacacgccagccagataagaaacttgtacttttccggaacctttagtctccaaatccaagaccaag 53607151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 211 - 613
Target Start/End: Original strand, 17716828 - 17717230
Alignment:
Q  211 ttgcacagccgaatgagagacatgttttcattattaaggcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaaggccagcgaaaaagatattcggaaggg 310  Q
    |||||||||||||  |||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||| | ||||||||| | | | |    
T  17716828 ttgcacagccgaaatagagacaaattctcattattaaggcacattaagtttcgatgtctccaaacccaccaaagactagctagaaagatatttgaacgag 17716927  T
Q  311 agccagacatgccgatcttgatccaatcgtgagctgatgtagctgtgaagaaatcattacctataaacccaattttctgccatatgcttctagaaaaatg 410  Q
      ||| |||  || | |||||||||||| |||||||| |  ||||||  ||| |||||||    ||| |||| | | ||||| || |||||||||||  |    
T  17716928 taccaaacaaaccaaacttgatccaatcatgagctgaagcggctgtggtgaactcattacaataaaagccaaatgtttgccagatacttctagaaaagcg 17717027  T
Q  411 acagtccctgacaaagtgcaggaaggtttcatcttcttctctgcatcaagcgcaggagggagagggagctatgtttctacggtggagcaaggaaagagtt 510  Q
    ||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||| || | | |||||| |||||| || ||||||||||   |||| || | ||||||||||    
T  17717028 acaatccctaacacagtgcaggaatgtttcatcttcttctctacaacgaccgcaggtgggagaaggggctatgtttcggtggtgaagaagggaaagagtt 17717127  T
Q  511 ggtacaacattttgacaagcaagccagatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaagagggatgaagaatgggatcag 610  Q
    |||||  |||| ||||| || |||||||| || ||||| || |||||| |||| |  |   |||||||| ||||||||||| |||||  | |||||||||    
T  17717128 ggtactgcattgtgacaggcgagccagataaggaacttatatttttccagaacatttagtctccaaatcaaagaccaagagagatgagaagtgggatcag 17717227  T
Q  611 ctg 613  Q
    |||    
T  17717228 ctg 17717230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 211 - 613
Target Start/End: Original strand, 19018057 - 19018459
Alignment:
Q  211 ttgcacagccgaatgagagacatgttttcattattaaggcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaaggccagcgaaaaagatattcggaaggg 310  Q
    |||||||||||||  |||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||| | ||||||||| | | | |    
T  19018057 ttgcacagccgaaatagagacaaattctcattattaaggcacattaagtttcgatgtctccaaacccaccaaagactagctagaaagatatttgaacgag 19018156  T
Q  311 agccagacatgccgatcttgatccaatcgtgagctgatgtagctgtgaagaaatcattacctataaacccaattttctgccatatgcttctagaaaaatg 410  Q
      ||| |||  || | |||||||||||| |||||||| |  ||||||  ||| |||||||    ||| |||| | | ||||| || |||||||||||  |    
T  19018157 taccaaacaaaccaaacttgatccaatcatgagctgaagcggctgtggtgaactcattacaataaaagccaaatgtttgccagatacttctagaaaagcg 19018256  T
Q  411 acagtccctgacaaagtgcaggaaggtttcatcttcttctctgcatcaagcgcaggagggagagggagctatgtttctacggtggagcaaggaaagagtt 510  Q
    ||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||| || | | |||||| |||||| || ||||||||||   |||| || | ||||||||||    
T  19018257 acaatccctaacacagtgcaggaatgtttcatcttcttctctacaacgaccgcaggtgggagaaggggctatgtttcggtggtgaagaagggaaagagtt 19018356  T
Q  511 ggtacaacattttgacaagcaagccagatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaagagggatgaagaatgggatcag 610  Q
    |||||  |||| ||||| || |||||||| || ||||| || |||||| |||| |  |   |||||||| ||||||||||| |||||  | |||||||||    
T  19018357 ggtactgcattgtgacaggcgagccagataaggaacttatatttttccagaacatttagtctccaaatcaaagaccaagagagatgagaagtgggatcag 19018456  T
Q  611 ctg 613  Q
    |||    
T  19018457 ctg 19018459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 547 - 590
Target Start/End: Complemental strand, 23425842 - 23425799
Alignment:
Q  547 ttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaaga 590  Q
    |||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  23425842 ttgtacttctccggaacctgcaatgtccaaatccaagaccaaga 23425799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 406; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 406; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 593
Target Start/End: Original strand, 45211096 - 45211677
Alignment:
Q  12 tgagatgaacaagcctgcactattacggagaatactactgtaaccggtgcgggaaggagtgcctaagcagctgccatcaacattaagaatgtagtcaacg 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||  |    
T  45211096 tgagatgaacaagcctgcactattacggagaataccaccgtaaccggtgcgtgagggagtgcctaagcagctgccatccacattaagaatatggtcatgg 45211195  T
Q  112 tgatttctgttgttccatttcacgaaacggtcggaatgattcacattttcctcactatcaaaggccgaattgatatctgcagctgctgaaacgacattgt 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| || |||||||||||||| |||||    
T  45211196 tgatttctgttgttccatttcacgaaacggtcagaatggttcacattttcctcgctatcaaaggcagacttgatatatgtagctgctgaaacgatattgt 45211295  T
Q  212 tgcacagccgaatgagagacatgttttcattattaaggcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaaggccagcgaaaaagatattcggaaggga 311  Q
    |||||| |||||  ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||  || |||||    
T  45211296 tgcacaaccgaaaaagagacattgtttcattattaaggcacattaagttacggtgtctccaagcccaccaaagaccaccgaaaaagatatctgggaggga 45211395  T
Q  312 gccagacatgccgatcttgatccaatcgtgagctgatgtagctgtgaagaaatcattacctataaacccaattttctgccatatgcttctagaaaaatga 411  Q
    ||  ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45211396 gctggacataccgatcttgaaccaatcatgagctgatgtagctgtgaagaaatcattacctgtaaacccgattttctgccatatgcttctagaaaaatga 45211495  T
Q  412 cagtccctgacaaagtgcaggaaggtttcatcttcttctctgcatcaagcgcaggagggagagggagctatgtttctacggtggagcaaggaaagagttg 511  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45211496 cagtccctgacacagtgcaggaaggtttcatcttcttctccgcatcgagcacaggtgggagatggcgctatgtttctacggtggagcaaggaaagagttg 45211595  T
Q  512 gtacaacattttgacaagcaagccagatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaagaggg 593  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45211596 gtacaacattttgacaagcgagccagatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaagaggg 45211677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 400; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 400; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 615
Target Start/End: Complemental strand, 23946654 - 23946051
Alignment:
Q  12 tgagatgaacaagcctgcactattacggagaatactactgtaaccggtgcgggaaggagtgcctaagcagctgccatcaacattaagaatgtagtcaacg 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||  |    
T  23946654 tgagatgaacaagcctgcactattacggagaataccaccgtaactggtgcgtgagggagtacctaagcagctgccatccacattaagaatatggtcatgg 23946555  T
Q  112 tgatttctgttgttccatttcacgaaacggtcggaatgattcacattttcctcactatcaaaggccgaattgatatctgcagctgctgaaacgacattgt 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| || |||||||||||||| |||||    
T  23946554 tgatttctgttgttccatttcacgaaacggtcagaatggttcacattttcctcgctatcaaaggcagacttgatatttgtagctgctgaaacgatattgt 23946455  T
Q  212 tgcacagccgaatgagagacatgttttcattattaaggcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaaggccagcgaaaaagatattcggaaggga 311  Q
    |||||| |||||  ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||  || |||||    
T  23946454 tgcacaaccgaaaaagagacattgtttcattattaaggcacattaagttacggtgtctccaagcccaccaaagaccaccgaaaaagatatctgggaggga 23946355  T
Q  312 gccagacatgccgatcttgatccaatcgtgagctgatgtagctgtgaagaaatcattacctataaacccaattttctgccatatgcttctagaaaaatga 411  Q
    ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23946354 gctggacataccgatcttgaaccaatcgtgagctgatgtagctgtgaagaaatcattacctgtaaacccaattttctgccatatgcttctagaaaaatga 23946255  T
Q  412 cagtccctgacaaagtgcaggaaggtttcatcttcttctctgcatcaagcgcaggagggagagggagctatgtttctacggtggagcaaggaaagagttg 511  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||  |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23946254 cagtccctgacacagtgcaggaaggtttcatcttcttctccgcatcgagcacagatgggagatggtgctatgtttctacggtggagcaaggaaagagttg 23946155  T
Q  512 gtacaacattttgacaagcaagccagatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaagagggatgaagaatgggatcagc 611  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||  ||||||    
T  23946154 gtacagcattttgacaagcgagccagatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaagaggggtgagggatgatatcagc 23946055  T
Q  612 tgcc 615  Q
    ||||    
T  23946054 tgcc 23946051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 12 - 159
Target Start/End: Original strand, 42690064 - 42690211
Alignment:
Q  12 tgagatgaacaagcctgcactattacggagaatactactgtaaccggtgcgggaaggagtgcctaagcagctgccatcaacattaagaatgtagtcaacg 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |    
T  42690064 tgagatgaacaagcctgcactattacggagaataccaccgtaaccggtgcgtgagggagtgcctaagcagctgccatcaacattaagaatgtggtcatgg 42690163  T
Q  112 tgatttctgttgttccatttcacgaaacggtcggaatgattcacattt 159  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  42690164 tgatttctgttgttgcatttcacgaaacggtcagaatgattcacattt 42690211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 61 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 16781355 - 16781215
Alignment:
Q  61 cgggaaggagtgcctaagcagctgccatcaacattaagaatgtagtcaacgtgatttctgttgttccatttcacgaaacggtcggaatgattcacatttt 160  Q
    ||||||||||| || | |||||||||||||||||| ||||||| |||   |||||||||| ||||||||||||| || ||||| | |||| |   | | |    
T  16781355 cgggaaggagttccaatgcagctgccatcaacattgagaatgttgtctttgtgatttctgctgttccatttcacaaagcggtcagcatgaattgaaatgt 16781256  T
Q  161 cctcactatcaaaggccgaattgatatctgcagctgctgaa 201  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  16781255 cctcactaccgaaggccgaattgatatcagaagctgctgaa 16781215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 236 - 300
Target Start/End: Original strand, 10115868 - 10115932
Alignment:
Q  236 tttcattattaaggcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaaggccagcgaaaaagata 300  Q
    |||||| ||||||||||| || ||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| | |||||||    
T  10115868 tttcataattaaggcacactaggtttcgatgcctccaaacccaccaaagaccagcaagaaagata 10115932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 390; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 390; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 593
Target Start/End: Complemental strand, 33805850 - 33805273
Alignment:
Q  16 atgaacaagcctgcactattacggagaatactactgtaaccggtgcgggaaggagtgcctaagcagctgccatcaacattaagaatgtagtcaacgtgat 115  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||  |||||    
T  33805850 atgaacaagcctgcactattgcggagaataccaccgtaaccggtgcgtgagggagtgcctaagcagctgccatccacattaagaatatggtcatggtgat 33805751  T
Q  116 ttctgttgttccatttcacgaaacggtcggaatgattcacattttcctcactatcaaaggccgaattgatatctgcagctgctgaaacgacattgttgca 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  33805750 ttctgttgttccatttcacgaaacggtcagaatggttcacattttcctcgctatcaaaggcagacttgatatctgtagctgctgaaacgatattgttgca 33805651  T
Q  216 cagccgaatgagagacatgttttcattattaaggcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaaggccagcgaaaaagatattcggaagggagcca 315  Q
    || |||||  ||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||  || |||||||      
T  33805650 caaccgaaaaagagaaattgtttcattattaaggcacattaagttacggtgtctccaagcccaccaaagaccaccgaaaaagatatctgggagggagctg 33805551  T
Q  316 gacatgccgatcttgatccaatcgtgagctgatgtagctgtgaagaaatcattacctataaacccaattttctgccatatgcttctagaaaaatgacagt 415  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33805550 gacataccgatcttgaaccaatcgtgagctgatgtagctgtgaagaaattattacctgtaaacccgattttctgccatatgcttctagaaaaatgacagt 33805451  T
Q  416 ccctgacaaagtgcaggaaggtttcatcttcttctctgcatcaagcgcaggagggagagggagctatgtttctacggtggagcaaggaaagagttggtac 515  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  33805450 ccctgacacagtgcaggaaggtttcatcttcttctccgcatcgagcacaggtgggagatggcgctatgtttctacggtggagcaatgaaagagttggtac 33805351  T
Q  516 aacattttgacaagcaagccagatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaagaggg 593  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33805350 aacattttgacaagcgagccaaatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaagaggg 33805273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 6e-76
Query Start/End: Original strand, 85 - 613
Target Start/End: Complemental strand, 11239988 - 11239460
Alignment:
Q  85 ccatcaacattaagaatgtagtcaacgtgatttctgttgttccatttcacgaaacggtcggaatgattcacattttcctcactatcaaaggccgaattga 184  Q
    ||||||||||||||||||| |||  | |||||| || ||||| |||| || || |||||||  ||||||  ||| ||||||||||||||  ||||| |||    
T  11239988 ccatcaacattaagaatgtggtcctcatgatttatgctgttcaatttaacaaagcggtcgggctgattcgaattgtcctcactatcaaaaaccgaactga 11239889  T
Q  185 tatctgcagctgctgaaacgacattgttgcacagccgaatgagagacatgttttcattattaaggcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaag 284  Q
    |||| |  |||||||| | ||  ||| |||||| |||  | ||||||| || ||  ||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  11239888 tatcggtggctgctgagatgatgttgctgcacaaccggtttagagacaagtgtttgttactaaggcacattaagtttcgatgtctctaaacccaccaaag 11239789  T
Q  285 gccagcgaaaaagatattcggaagggagccagacatgccgatcttgatccaatcgtgagctgatgtagctgtgaagaaatcattacctataaacccaatt 384  Q
     ||||| |||||  |||||| | | | || |||||  |||| ||||||||| || |  ||||| |  ||||||| |||||||||||   |||| ||||||    
T  11239788 accagctaaaaatgtattcgaacgagggctagacaatccgagcttgatccagtcataggctgaagcggctgtgacgaaatcattacaagtaaaaccaatt 11239689  T
Q  385 ttctgccatatgcttctagaaaaatgacagtccctgacaaagtgcaggaaggtttcatcttcttctctgcatcaagcgcaggagggagagggagctatgt 484  Q
    |||||||| |||||| | |||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||| | |||||| | ||||||| ||| | |||    
T  11239688 ttctgccagatgcttatggaaaagcgacagtccctgacacagtgcaggaaggtttcatcttcctcgctgcagcgagcgcaagtgggagagtgagttttgt 11239589  T
Q  485 ttctacggtggagcaaggaaagagttggtacaacattttgacaagcaagccagatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaaga 584  Q
    ||||| |||| ||||  || ||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||  ||||| ||||||||||| ||||  ||  |||||||||||||    
T  11239588 ttctatggtgaagcagtgagagagtaggtacaacattttgacaggcgagccaaatgaagaacttatacttttccgggacctttaacctccaaatccaaga 11239489  T
Q  585 ccaagagggatgaagaatgggatcagctg 613  Q
    ||||||| ||||| ||||||||| |||||    
T  11239488 ccaagagtgatgaggaatgggattagctg 11239460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 126; Significance: 1e-64; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 12 - 589
Target Start/End: Complemental strand, 46831300 - 46830723
Alignment:
Q  12 tgagatgaacaagcctgcactattacggagaatactactgtaaccggtgcgggaaggagtgcctaagcagctgccatcaacattaagaatgtagtcaacg 111  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| ||||| | || || |||||||||||| | ||| || || | ||||||||||||||||||||||||| | ||   |    
T  46831300 tgagataaacaaacctgcactattgcggaggacaccaccgtaaccggtgcgtggaggggttccaatgcagctgccatcaacattaagaatgaaatcttgg 46831201  T
Q  112 tgatttctgttgttccatttcacgaaacggtcggaatgattcacattttcctcactatcaaaggccgaattgatatctgcagctgctgaaacgacattgt 211  Q
    || ||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||     |||||| ||||  |  || ||||| |||    |  |||||||||||| ||  ||||    
T  46831200 tggtttctattgttccatttcaccaatcggtctgaatgagggggattttcttcaccgttgaatgccgagttggctgcatcagctgctgaaatgatgttgt 46831101  T
Q  212 tgcacagccgaatgagagacatgttttcattattaaggcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaaggccagcgaaaaagatattcggaaggga 311  Q
    |||||| |||||  | |||||   |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||| | | | | ||    
T  46831100 tgcacaaccgaaataaagacaaagtttcattattaaggcacattaagttacggtgtctccaaacccaccaaaggccggctaaaaagatactagaacgtga 46831001  T
Q  312 gccagacatgccgatcttgatccaatcgtgagctgatgtagctgtgaagaaatcattacctataaacccaattttctgccatatgcttctagaaaaatga 411  Q
    |||||| || || | ||| |||||||| | || ||  | || ||||| |||||| |||| | |||| |||||||||||||| |||    ||||||||  |    
T  46831000 gccagaaataccaagctttatccaatcataagttgtagcagttgtgacgaaatcgttacttgtaaaaccaattttctgccagatgtccttagaaaaacaa 46830901  T
Q  412 cagtccctgacaaagtgcaggaaggtttcatcttcttctctgcatcaagcgcaggagggagagggagctatgtttctacggtggagcaaggaaagagttg 511  Q
    |||||||||||| | ||||  ||||||||||||||||||| ||| | || |||   |||||||||||| ||| ||||  |||  |||| ||||||||| |    
T  46830900 cagtccctgacacaatgcataaaggtttcatcttcttctccgcaacgagtgcaaatgggagagggagccatgcttctgtggtaaagcagggaaagagtgg 46830801  T
Q  512 gtacaacattttgacaagcaagccagatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaag 589  Q
    | ||  |||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||  |   ||||||||||||||||||    
T  46830800 gaaccgcattttgacacgccagccagataagaaacttgtacttttccggaacctttagtctccaaatccaagaccaag 46830723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 24 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 48953390 - 48953130
Alignment:
Q  24 gcctgcactattacggagaatactactgtaaccggtgcgggaaggagtgcctaagcagctgccatcaacattaagaatgtagtcaacgtgatttctgttg 123  Q
    |||||| ||||| ||||||| |||||  ||||| ||||||| |||||  ||||||| | |||||||||||||||||||||| ||   ||| |||||||||    
T  48953390 gcctgcgctattgcggagaacactaccataaccagtgcggggaggagatcctaagcggttgccatcaacattaagaatgtaatcttggtggtttctgttg 48953291  T
Q  124 ttccatttcacgaaacggtcggaatgattcacattttcctcactatcaaaggccgaattgatatctgcagctgctgaaacgacattgttgcacagccgaa 223  Q
    |||||||| || || ||||| ||||   ||  |||  | |||||  |||| || ||||||||  |  | | || || |  ||  ||||||||||| | ||    
T  48953290 ttccatttgacaaagcggtctgaatttgtcgaattaccttcacttccaaaagctgaattgattgcatctgatgatgcagtgatgttgttgcacagtcaaa 48953191  T
Q  224 tgagagacatgttttcattattaaggcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaag 284  Q
      || |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  48953190 atagggacaagttttcattattaaggcacattaagtttcgatgtcgccaaacccaccaaag 48953130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 532 - 590
Target Start/End: Original strand, 23206660 - 23206718
Alignment:
Q  532 agccagatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaaga 590  Q
    ||||| || ||||| |||||||| ||||| ||||||| | |||||||||||||||||||    
T  23206660 agccaaatcagaaatttgtacttctccggtacctgcagagtccaaatccaagaccaaga 23206718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 54; Significance: 1e-21; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 61 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 8684539 - 8684298
Alignment:
Q  61 cgggaaggagtgcctaagcagctgccatcaacattaagaatgtagtcaacgtgatttctgttgttccatttcacgaaacggtcggaatgattcacatttt 160  Q
    ||||||||||| || | |||||||||||||||||| | ||||  | |   ||||||||||   |||||||||||||| |||||   |||| |   | | |    
T  8684539 cgggaaggagttccaatgcagctgccatcaacattgataatgctgcctttgtgatttctgccattccatttcacgaagcggtcttcatgaattgtagtgt 8684440  T
Q  161 cctcactatcaaaggccgaattgatatctgcagctgctgaaacgacattgttgcacagccgaatgagagacatgttttcattattaaggcacattaagtt 260  Q
    || ||||||  ||||||||| ||||||| | ||| ||| ||  ||  || |||||||||||||  |||||||  || |||||||||||||||||||||||    
T  8684439 ccgcactatggaaggccgaagtgatatcagaagccgctaaagtgatgttattgcacagccgaaatagagacaaattctcattattaaggcacattaagtt 8684340  T
Q  261 acgatgtctccaaacccaccaaaggccagcgaaaaagatatt 302  Q
     ||||||||||||||||||||||| | ||| | |||||||||    
T  8684339 tcgatgtctccaaacccaccaaagactagctagaaagatatt 8684298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 244 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 4839643 - 4839599
Alignment:
Q  244 ttaaggcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaaggcca 288  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4839643 ttaaggcacatcaaattacgatgtctccaaacccaccagaggcca 4839599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000007; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 523 - 589
Target Start/End: Original strand, 42402010 - 42402076
Alignment:
Q  523 tgacaagcaagccagatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaag 589  Q
    ||||| ||||||||||| || | |||||| ||||| ||||||| || || |||||||||||||||||    
T  42402010 tgacaggcaagccagattaggagcttgtatttttctggaaccttcagatgccaaatccaagaccaag 42402076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University