View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17265_high_8 (Length: 570)

Name: NF17265_high_8
Description: NF17265
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17265_high_8
NF17265_high_8
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (10-556)||(48655568-48656113)
chr1 (228-556)||(48628118-48628446)
chr1 (235-556)||(48652320-48652641)
chr1 (193-556)||(48660734-48661091)
chr1 (228-556)||(48618814-48619142)
chr1 (228-556)||(48666361-48666683)
chr1 (228-555)||(11546424-11546751)
chr1 (228-556)||(48584535-48584866)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (283-556)||(19666170-19666443)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (228-556)||(27227348-27227676)
chr8 (228-547)||(27223157-27223476)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 494; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 494; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 556
Target Start/End: Original strand, 48655568 - 48656113
Alignment:
Q  10 atatcaaattatttattactttatgcttctactaaaataactactacattnnnnnnnnctactacatgagctctccacctaataagcagagtactttctc 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48655568 atatcaaattatttattactttatgcttctaataaaataactactacattaaaaaaa-ctactacatgagctctccacctaataagcagagtactttctc 48655666  T
Q  110 tttttggaattttcatacctaaatttattaacccctaggatagcatttgggtgacattgtttccgctatgggtagtttatcatatcttctgaaaattaac 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48655667 tttttggaattttcatacctaaatttattatcccctaggatagcacttgggtgaaattgtttcccctatgggtagtttatcatatcttctgaaaattaac 48655766  T
Q  210 agcgccttgtttcgcaacgtcttcgataaatgcatcaagatatcggtcggaggatccacctacggcaactgcatcctccgctgccttcttccacttgatt 309  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48655767 agcgccttgtttcgcaacttcttcgataaatgcatcaagatatcggtcggaggatccacctacggcaactgcatcctccgctgccttcttccacttgatt 48655866  T
Q  310 gcatttttcttcaactcctctgctttttcccctgttgtagcttccaacaagcacttcttcacctcatctcttgttatcaatctgttttcagctccactat 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48655867 gcatttttcttcaactcctctgctttttcccctgttgtagcttccaacaagcacttcttcacctcatctcttgttatcaatctgttttcagctccactat 48655966  T
Q  410 aacccaatctaatccctacaccaaaaacatctaccaagaactttgcatttgtaggttggtcaccaaatactggaaatgttaacactggaactcctgaagc 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48655967 aacccaatctaatccctacaccaaaaacatctaccaagaactttgcatttgtaggttggtcaccaaatactggaaatgttaacactggaactcctgaagc 48656066  T
Q  510 aagtgattcaatcgttgaattccaaccacaatgggttatgaaacatg 556  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48656067 aagtgattcaatcgttgaattccaaccacaatgggttatgaaacatg 48656113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 177; E-Value: 4e-95
Query Start/End: Original strand, 228 - 556
Target Start/End: Original strand, 48628118 - 48628446
Alignment:
Q  228 gtcttcgataaatgcatcaagatatcggtcggaggatccacctacggcaactgcatcctccgctgccttcttccacttgattgcatttttcttcaactcc 327  Q
    |||||| ||||||||||||||||  |  || ||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  48628118 gtcttccataaatgcatcaagattccaatcagaggatccaccaacggccactgcttcctctgcctccttcttccacttcattgcatttttcttcaactcc 48628217  T
Q  328 tctgctttttcccctgttgtagcttccaacaagcacttcttcacctcatctcttgttatcaatctgttttcagctccactataacccaatctaatcccta 427  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||      |||||||||||||||||||||||    
T  48628218 tctgctttttcccctgttgttgcttccaataagcacttcttcacctcatctcttgttaccaacttgttttccataagactataacccaatctaatcccta 48628317  T
Q  428 caccaaaaacatctaccaagaactttgcatttgtaggttggtcaccaaatactggaaatgttaacactggaactcctgaagcaagtgattcaatcgttga 527  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||    
T  48628318 caccaaaaacatctatcaaaaactttgcatttgtaaggtggtcaccaaatgctggaaatgccaacactggaactcctgaagcaattgcttccatcgttga 48628417  T
Q  528 attccaaccacaatgggttatgaaacatg 556  Q
    |||||| |||||||| || | ||||||||    
T  48628418 attccagccacaatgtgtcacgaaacatg 48628446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 235 - 556
Target Start/End: Original strand, 48652320 - 48652641
Alignment:
Q  235 ataaatgcatcaagatatcggtcggaggatccacctacggcaactgcatcctccgctgccttcttccacttgattgcatttttcttcaactcctctgctt 334  Q
    ||||||||||||||||   | || || |||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48652320 ataaatgcatcaagatgcagatcagatgatccacctatggcaaccgcatcctccgctgctttcttccacttgattgcatttttcttcaactcctctgctt 48652419  T
Q  335 tttcccctgttgtagcttccaacaagcacttcttcacctcatctcttgttatcaatctgttttcagctccactataacccaatctaatccctacaccaaa 434  Q
    ||||||| |   | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| | ||||||||   |||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  48652420 tttccccagccattgcttccaacaagcacttcttcacctcatctcttgtcaccaatttattttcagcatgactataacccaacctaatccctactccaaa 48652519  T
Q  435 aacatctaccaagaactttgcatttgtaggttggtcaccaaatactggaaatgttaacactggaactcctgaagcaagtgattcaatcgttgaattccaa 534  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||   ||| |||||  || |||||||||| |||| |||||||||  ||| ||||| ||| || | ||||||||||    
T  48652520 aacatctaccaagaattttgcatttgtgacttgatcaccccatgctggaaatgtcaacattggaactcccaaagaaagtgcttccattgatgaattccaa 48652619  T
Q  535 ccacaatgggttatgaaacatg 556  Q
    |||||||| |||||||| ||||    
T  48652620 ccacaatgtgttatgaagcatg 48652641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 193 - 556
Target Start/End: Original strand, 48660734 - 48661091
Alignment:
Q  193 atcttctgaaaattaacagcgccttgtttcgcaacgtcttcgataaatgcatcaagatatcggtcggaggatccacctacggcaactgcatcctccgctg 292  Q
    |||||||||| |||| ||| ||| ||||||  || ||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| || || |  |||||||| ||||    
T  48660734 atcttctgaatattaccagtgccatgtttcttaatgtcttggataaatgcatcaagatgtcggtccgaggaaccaccgactgccatcgcatcctctgctg 48660833  T
Q  293 ccttcttccacttgattgcatttttcttcaactcctctgctttttcccctgttgtagcttccaacaagcacttcttcacctcatctcttgttatcaatct 392  Q
    || |||||||||| ||||||||||  ||||||  ||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || | |    
T  48660834 ccgtcttccacttcattgcattttgtttcaacctctctgctttttcccctgttattgcttccaataagcacttcttcacctcatctcttgttaccagttt 48660933  T
Q  393 gttttcagctccactataacccaatctaatccctacaccaaaaacatctaccaagaactttgcatttgtaggttggtcaccaaatactggaaatgttaac 492  Q
     || |      ||| ||||||||||||||||||  | ||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||| | |||||||| |||    
T  48660934 cttat------caccataacccaatctaatcccagccccaaaaacatcgaccaagaactttgcgtttgtaagttggtcaccaaatgcaggaaatgtcaac 48661027  T
Q  493 actggaactcctgaagcaagtgattcaatcgttgaattccaaccacaatgggttatgaaacatg 556  Q
    | |||||||||| ||| || || ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48661028 attggaactcctaaagtaattgcttccatcgatgaattccaaccacaatgggttatgaaacatg 48661091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 145; E-Value: 5e-76
Query Start/End: Original strand, 228 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 48619142 - 48618814
Alignment:
Q  228 gtcttcgataaatgcatcaagatatcggtcggaggatccacctacggcaactgcatcctccgctgccttcttccacttgattgcatttttcttcaactcc 327  Q
    |||||| |||||| |||||||||  || || ||||||||||| | ||| ||||| || |||||   |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  48619142 gtcttccataaattcatcaagattccgatcagaggatccaccaatggccactgcttcatccgccttcttcttccacttcattgcatttttcttcaactcc 48619043  T
Q  328 tctgctttttcccctgttgtagcttccaacaagcacttcttcacctcatctcttgttatcaatctgttttcagctccactataacccaatctaatcccta 427  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||  ||| | ||||||     || ||||||||||||||||||||    
T  48619042 tctgctttttcccctgttgtagcttccaataaacactttttcacctcatctcttgttactaatttattttcaatcataccataacccaatctaatcccta 48618943  T
Q  428 caccaaaaacatctaccaagaactttgcatttgtaggttggtcaccaaatactggaaatgttaacactggaactcctgaagcaagtgattcaatcgttga 527  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| |||||  || |||||||||| |||| |||||||||  ||| ||||| ||| || | |||    
T  48618942 caccaaaaacatctaccaagaactttgcatttgtgacttgatcaccccatgctggaaatgtcaacattggaactcccaaagaaagtgcttccattgatga 48618843  T
Q  528 attccaaccacaatgggttatgaaacatg 556  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  48618842 attccaaccacaatgtgttatgaagcatg 48618814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 228 - 556
Target Start/End: Original strand, 48666361 - 48666683
Alignment:
Q  228 gtcttcgataaatgcatcaagatatcggtcggaggatccacctacggcaactgcatcctccgctgccttcttccacttgattgcatttttcttcaactcc 327  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| || || ||||| |||||||| ||||| ||| ||||| |||||||||||||||||  |    
T  48666361 gtcttccataaatgcatcaagatgtcggtccgaggaaccaccaaccgccactgcttcctccgccgcctttttcaacttggttgcatttttcttcaacgtc 48666460  T
Q  328 tctgctttttcccctgttgtagcttccaacaagcacttcttcacctcatctcttgttatcaatctgttttcagctccactataacccaatctaatcccta 427  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||| |  ||||||||| ||| || | |  |||||   ||||    | ||||||||||||| |    
T  48666461 tctgctttttcccctgttgtaacttccaataagcatttctttaaatcatctcttcttaccagtttcctttca---ccac---gagccaatctaatcccaa 48666554  T
Q  428 caccaaaaacatctaccaagaactttgcatttgtaggttggtcaccaaatactggaaatgttaacactggaactcctgaagcaagtgattcaatcgttga 527  Q
    | ||| ||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||  ||||||||| |||| |||||||||| ||| ||||| ||| || | |||    
T  48666555 ccccataaacatcaaccaagaactttgcgtttgtaagttggtcaccaaatgttggaaatgtcaacattggaactcctaaagtaagtgcttccattgatga 48666654  T
Q  528 attccaaccacaatgggttatgaaacatg 556  Q
     |||||||||||||| |||||||||||||    
T  48666655 gttccaaccacaatgtgttatgaaacatg 48666683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 228 - 555
Target Start/End: Original strand, 11546424 - 11546751
Alignment:
Q  228 gtcttcgataaatgcatcaagatatcggtcggaggatccacctacggcaactgcatcctccgctgccttcttccacttgattgcatttttcttcaactcc 327  Q
    |||||| | |||| |||||||||  || || ||||||||||| | ||| ||||| ||||| ||    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  11546424 gtcttccaaaaattcatcaagattccgatcagaggatccaccaatggccactgcttcctcagcctttttcttccactttattgcatttttcttcaaatcc 11546523  T
Q  328 tctgctttttcccctgttgtagcttccaacaagcacttcttcacctcatctcttgttatcaatctgttttcagctccactataacccaatctaatcccta 427  Q
    || |||||||||||| |||| ||||| || |||||||| |||||||||||||||||||  ||| | ||||||     || ||||||||||||||||||||    
T  11546524 tcagctttttcccctattgttgcttctaataagcactttttcacctcatctcttgttacaaatttattttcaatcataccataacccaatctaatcccta 11546623  T
Q  428 caccaaaaacatctaccaagaactttgcatttgtaggttggtcaccaaatactggaaatgttaacactggaactcctgaagcaagtgattcaatcgttga 527  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||   ||| |||||  || |||||||||| |||| |||||| ||| ||  |||||  || || |  ||    
T  11546624 caccaaaaacatctaccaaaaactttgcatttgtgacttgatcaccccatgctggaaatgtcaacattggaacacctaaactaagtgcctctattgaaga 11546723  T
Q  528 attccaaccacaatgggttatgaaacat 555  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11546724 attccaaccacaatgtgttatgaaacat 11546751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 106; E-Value: 9e-53
Query Start/End: Original strand, 228 - 556
Target Start/End: Original strand, 48584535 - 48584866
Alignment:
Q  228 gtcttcgataaatgcatcaagatatcggtcggaggatccacctacggcaactgcatcctccgctgccttcttccacttgattgcatttttcttcaactcc 327  Q
    |||||| |||||  |||||||||  || || ||||||||||| ||||| |  || ||||||||   ||||||||||||| ||||||||| |||||||| |    
T  48584535 gtcttccataaactcatcaagattccgatcagaggatccaccaacggccaaagcttcctccgccttcttcttccacttgtttgcattttgcttcaacttc 48584634  T
Q  328 tctgctttttcccctgttgtagcttccaacaagcacttcttcacctcatctcttgttatcaat---ctgttttcagctccactataacccaatctaatcc 424  Q
    ||||||||||| ||| |||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||    | ||| |||| | || |  ||||| | |||| |    
T  48584635 tctgctttttcacctattgttgcttccaataaacacttcttcacctcatctcttgttaccaatttattatttacagcccaaccactacccattttaattc 48584734  T
Q  425 ctacaccaaaaacatctaccaagaactttgcatttgtaggttggtcaccaaatactggaaatgttaacactggaactcctgaagcaagtgattcaatcgt 524  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||   |  ||||||||| ||||| ||||||||| ||| ||| | |||||| |     
T  48584735 ctaccccaaaaacatcaaccaagaattttgcatttgtaagttggtcacctcttgatggaaatgtcaacacaggaactcctaaagaaagagcttcaattga 48584834  T
Q  525 tgaattccaaccacaatgggttatgaaacatg 556  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  48584835 tgaattccaaccacaatgtgttatgaaacatg 48584866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 118; Significance: 6e-60; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 283 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 19666443 - 19666170
Alignment:
Q  283 tcctccgctgccttcttccacttgattgcatttttcttcaactcctctgctttttcccctgttgtagcttccaacaagcacttcttcacctcatctcttg 382  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  19666443 tcctccgccgctttcttccacttgattgcattttgcttcaactcctctcctttttctcctattgttgcttccaataagcacttcttcacttcatctcttg 19666344  T
Q  383 ttatcaatctgttttcagctccactataacccaatctaatccctacaccaaaaacatctaccaagaactttgcatttgtaggttggtcaccaaatactgg 482  Q
    ||| |||| | || |||||   |||||||||||||||||| || || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||   ||| |||||  || ||||    
T  19666343 ttaccaatttattatcagcatgactataacccaatctaataccaactccaaaaacatcaaccaaaaactttgcatttgtgacttgatcaccccatgctgg 19666244  T
Q  483 aaatgttaacactggaactcctgaagcaagtgattcaatcgttgaattccaaccacaatgggttatgaaacatg 556  Q
    |||||| |||| |||||||||| ||  ||| | ||| ||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  19666243 aaatgtcaacattggaactcctaaactaagcgcttccatcgacgaattccaaccacaatgtgttatgaaacatg 19666170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 113; Significance: 6e-57; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 228 - 556
Target Start/End: Original strand, 27227348 - 27227676
Alignment:
Q  228 gtcttcgataaatgcatcaagatatcggtcggaggatccacctacggcaactgcatcctccgctgccttcttccacttgattgcatttttcttcaactcc 327  Q
    |||||| ||||||||||||| ||  || || ||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||  |    
T  27227348 gtcttccataaatgcatcaatatgccgatcagaggaaccacctaccgcaactgcagcctccgctgccttcttccacttgattgtgttttgcttcaacatc 27227447  T
Q  328 tctgctttttcccctgttgtagcttccaacaagcacttcttcacctcatctcttgttatcaatctgttttcagctccactataacccaatctaatcccta 427  Q
    |||||||||  |||||   | |||||||| ||||| |||||||||||||||||   || |||||| ||||| ||   ||||||||||||||| | |||||    
T  27227448 tctgcttttggccctgccattgcttccaataagcatttcttcacctcatctctacataccaatctattttccgcctgactataacccaatctgaccccta 27227547  T
Q  428 caccaaaaacatctaccaagaactttgcatttgtaggttggtcaccaaatactggaaatgttaacactggaactcctgaagcaagtgattcaatcgttga 527  Q
    |  ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||  || |||||||||||||||  || |||||| ||| |||||  || ||||  ||    
T  27227548 cctcaaaaacatctaccaagaactttgcatttgtaacttgatcaccccatgctggaaatgttaacatcggcactcctaaagtaagtgcctccatcgacga 27227647  T
Q  528 attccaaccacaatgggttatgaaacatg 556  Q
     |||||||||||||| || ||||||||||    
T  27227648 gttccaaccacaatgtgtcatgaaacatg 27227676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 228 - 547
Target Start/End: Original strand, 27223157 - 27223476
Alignment:
Q  228 gtcttcgataaatgcatcaagatatcggtcggaggatccacctacggcaactgcatcctccgctgccttcttccacttgattgcatttttcttcaactcc 327  Q
    |||||| |||||||||||||||| | | || ||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  27223157 gtcttccataaatgcatcaagatgttgatcagaggatccacctatggcaacagcagcctctgctgccttcttccacttgattgcgttttgcttcaactcc 27223256  T
Q  328 tctgctttttcccctgttgtagcttccaacaagcacttcttcacctcatctcttgttatcaatctgttttcagctccactataacccaatctaatcccta 427  Q
    |||||||||   ||||   | |||||  | ||||| |||||||||||||||||   || |||| ||||||||||   || | |||||||||| |||||||    
T  27223257 tctgcttttggtcctgccattgcttctgataagcatttcttcacctcatctctacataccaatttgttttcagcctgaccacaacccaatctgatcccta 27223356  T
Q  428 caccaaaaacatctaccaagaactttgcatttgtaggttggtcaccaaatactggaaatgttaacactggaactcctgaagcaagtgattcaatcgttga 527  Q
    | ||||||||||||||||| ||||||||||||||   ||| || ||  || |||||||||||||||  || |||||| ||| ||||| ||| ||||  ||    
T  27223357 ccccaaaaacatctaccaaaaactttgcatttgtgacttgatcgccccatgctggaaatgttaacatcggcactcctaaagtaagtgcttccatcgacga 27223456  T
Q  528 attccaaccacaatgggtta 547  Q
     |||||||||||||| ||||    
T  27223457 gttccaaccacaatgtgtta 27223476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University