View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17265_low_30 (Length: 416)

Name: NF17265_low_30
Description: NF17265
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17265_low_30
NF17265_low_30
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (10-409)||(3221179-3221578)
chr3 (53-363)||(3357117-3357427)
chr3 (54-406)||(3303697-3304052)
chr3 (53-406)||(3721578-3721931)
chr3 (53-408)||(3200976-3201331)
chr3 (72-409)||(3198123-3198460)
chr3 (53-408)||(3321971-3322326)
chr3 (72-409)||(3310391-3310728)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (152-409)||(49386278-49386541)
chr1 (244-409)||(41947161-41947326)
chr1 (298-358)||(4255760-4255820)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 380; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 380; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 409
Target Start/End: Original strand, 3221179 - 3221578
Alignment:
Q  10 acaatgattctactacctttcttattattagacatagcatttacaatctcatcacaaaaaatttctttccaaacatcatcaaaaaacactaagtaccttt 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3221179 acaatgattctactacctttcttattattagacatagcatttacaatctcatcacaaaaaatttctttccaaacatcatcaaaaaacactaagtaccttt 3221278  T
Q  110 ttgattcaaggtattctctcacttgagcaatcaatgtaatgtcatccatctcctgcagaccctttggtgtaggctcattgctgtccttgcaaaacttctt 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3221279 ttgattcaaggtattctctcacttgagcaatcaatgtaatgtcatccatctcctgcagaccctttggtgtaggctcattgctgtccttgcaaaacttctt 3221378  T
Q  210 taccatatcaatcaacaactctttcatatcatacgattgagaaactgtgatgaaacatcgacaatcaaagtgctttttcacaaacttgttatcaaaaaca 309  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  3221379 taccatatcaatcaacaactccttcatatcatacgattgagaaactgtgatgaaacatcgacaatcaaagtgctttttcacaagcttgttatcaaaaaca 3221478  T
Q  310 tgcttagaaagagttgtttttcctagtcctcccataccaaccacagaaaccaacatgagctcattggttccctccaccaaacaactaaccaattcatctc 409  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3221479 tgcttagaaagagttgtttttccaagtcctcccataccaaccacagaaatcaacatgagctcatttgttccctccaccaaacaactaaccaattcatctc 3221578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 53 - 363
Target Start/End: Original strand, 3357117 - 3357427
Alignment:
Q  53 caatctcatcacaaaaaatttctttccaaacatcatcaaaaaacactaagtacctttttgattcaaggtattctctcacttgagcaatcaatgtaatgtc 152  Q
    ||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||| || || |||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||| |||||||||  ||||    
T  3357117 caatctcatcagaaaaattttcttcccaaacatcatcaaataaaaccaagtacctttttgactcaaggtattgtcttacttgagtaatcaatgttctgtc 3357216  T
Q  153 atccatctcctgcagaccctttggtgtaggctcattgctgtccttgcaaaacttctttaccatatcaatcaacaactctttcatatcatacgattgagaa 252  Q
    |||||||| | |||||||||||||  ||| ||||||| ||| | ||||| |  | ||||  ||||| |||| ||||||| |||||  ||| |||||||||    
T  3357217 atccatcttccgcagaccctttggaatagtctcattgttgttcgtgcaagatgtttttatgatatctatcagcaactctgtcatagtataggattgagaa 3357316  T
Q  253 actgtgatgaaacatcgacaatcaaagtgctttttcacaaacttgttatcaaaaacatgcttagaaagagttgtttttcctagtcctcccataccaacca 352  Q
    ||||| |||||| | || |||||||||||  ||||||| |||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| || | ||    
T  3357317 actgttatgaaagagcggcaatcaaagtggcttttcaccaactcgttatcaaagacatgcttagcaagagttgtttttccgagtcctcccatgcctagca 3357416  T
Q  353 cagaaaccaac 363  Q
    |||||||||||    
T  3357417 cagaaaccaac 3357427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 7e-65
Query Start/End: Original strand, 54 - 406
Target Start/End: Original strand, 3303697 - 3304052
Alignment:
Q  54 aatctcatcacaaaaaatttctttccaaacatcatcaaaaaacactaagtacctttttgattcaaggtattctctcacttgagcaatcaatgtaatgtca 153  Q
    |||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||| ||| ||||||| ||| ||||||  |||||||||  |||||    
T  3303697 aatctcatcagaaaatttttctttccaaacatcatcaaataaaaccaagtacctttttgtttcgaggtattgtcttacttgaataatcaatgttttgtca 3303796  T
Q  154 tccatctcctgcagaccctttggtgtaggctcattgctgtccttgcaaaacttctttaccatatcaatcaacaactctttcatatcatacgattgagaaa 253  Q
    ||||||| |||||||||||||||  |||| |||||  |||||||||| |||||||||| ||| ||  | ||||||||  |||||   || ||||||||||    
T  3303797 tccatcttctgcagaccctttggaataggatcattcttgtccttgcacaacttctttatcatttctgtaaacaactccctcatagtgtatgattgagaaa 3303896  T
Q  254 ctgtgatgaaacatcgacaatcaaagtgctttttcacaaacttgttatcaaaaacatgcttagaaagagttgtttttcctagtcctcccatac---caac 350  Q
    |||| |||||| | || |||||||||||  ||||||| || | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |   | ||    
T  3303897 ctgttatgaaagagcggcaatcaaagtggcttttcaccaaatcgttatcaaaaacatgcttagcaagagttgtttttccgagtcctcccatgcctaccac 3303996  T
Q  351 cacagaaaccaacatgagctcattggttccctccaccaaacaactaaccaattcat 406  Q
    ||||||||||||| || ||||||||  |||  ||||||||| || || ||||||||    
T  3303997 cacagaaaccaacgtgtgctcattgtctccacccaccaaacgacgaatcaattcat 3304052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 53 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 3721931 - 3721578
Alignment:
Q  53 caatctcatcacaaaaaatttctttccaaacatcatcaaaaaacactaagtacctttttgattcaaggtattctctcacttgagcaatcaatgtaatgtc 152  Q
    ||||||||||| ||||  |||||| ||||||||||||||| || || |||||||||||||| || ||||||| ||| ||| ||| |||||||||  ||||    
T  3721931 caatctcatcagaaaagttttcttcccaaacatcatcaaataaaaccaagtacctttttgactcgaggtattgtcttactcgagtaatcaatgttttgtc 3721832  T
Q  153 atccatctcctgcagaccctttggtgtaggctcattgctgtccttgcaaaacttctttaccatatcaatcaacaactctttcatatcatacgattgagaa 252  Q
    |||||||| | |||||||||||||  ||| ||||||| ||| | ||||| |    |||| || ||| |||||||||||  |||||   || |||||||||    
T  3721831 atccatcttccgcagaccctttggaatagtctcattgttgttcatgcaagatgattttatcacatctatcaacaactccgtcatagtgtaggattgagaa 3721732  T
Q  253 actgtgatgaaacatcgacaatcaaagtgctttttcacaaacttgttatcaaaaacatgcttagaaagagttgtttttcctagtcctcccataccaacca 352  Q
    ||||| |||||| | |  |||||||||||  ||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| || ||||    
T  3721731 actgttatgaaagagcagcaatcaaagtggcttttcaccaactggttatcaaaaacatgcttagcaagagttgtttttccgagtcctcccatgcctacca 3721632  T
Q  353 cagaaaccaacatgagctcattggttccctccaccaaacaactaaccaattcat 406  Q
    |||||||| |  || ||||||||| |||| ||||||||  ||||||||||||||    
T  3721631 cagaaacccatgtgcgctcattggctccccccaccaaaagactaaccaattcat 3721578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 53 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 3201331 - 3200976
Alignment:
Q  53 caatctcatcacaaaaaatttctttccaaacatcatcaaaaaacactaagtacctttttgattcaaggtattctctcacttgagcaatcaatgtaatgtc 152  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| || |  |||||||| ||||||| ||| | ||  || || |||| |||||||||  |||     
T  3201331 caatctcatcagaaaaactttctttccaaacatcatcaaacaaaagcaagtacctctttgattgaagatgttgccttacatgagtaatcaatgtgttgtt 3201232  T
Q  153 atccatctcctgcagaccctttggtgtaggctcattgctgtccttgcaaaacttctttaccatatcaatcaacaactctttcatatcatacgattgagaa 252  Q
    |||||||| |   |||  ||| ||  ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||  ||| |   || |||||||||    
T  3201231 atccatcttccatagaaacttgggaataggctcattgttgtccatgaaaaacttctttaccatatcaatcaacatctccctcagagtgtaggattgagaa 3201132  T
Q  253 actgtgatgaaacatcgacaatcaaagtgctttttcacaaacttgttatcaaaaacatgcttagaaagagttgtttttcctagtcctcccataccaacca 352  Q
    ||||||| |||| | |||||||||||||  |||||||||| || ||| | |||||||||  ||| |||||| ||||| || | ||||||||| ||||| |    
T  3201131 actgtgacgaaatagcgacaatcaaagtagtttttcacaacctggttttgaaaaacatggctagcaagagtagttttcccgattcctcccatgccaacaa 3201032  T
Q  353 cagaaaccaacatgagctcattggttccctccaccaaacaactaaccaattcatct 408  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| || |||||||||||||||    
T  3201031 cagaaaccaacatgagctcactggttccccccaccaagcatctaaccaattcatct 3200976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 72 - 409
Target Start/End: Original strand, 3198123 - 3198460
Alignment:
Q  72 ttctttccaaacatcatcaaaaaacactaagtacctttttgattcaaggtattctctcacttgagcaatcaatgtaatgtcatccatctcctgcagaccc 171  Q
    |||||||| ||||||||||||  |||  |||||||| ||||||||||||||| | ||||| |||| | |||||||||| |||| |||||||| |||||||    
T  3198123 ttctttccgaacatcatcaaaccacatcaagtacctctttgattcaaggtatgccctcacatgagtagtcaatgtaatatcatgcatctccttcagaccc 3198222  T
Q  172 tttggtgtaggctcattgctgtccttgcaaaacttctttaccatatcaatcaacaactctttcatatcatacgattgagaaactgtgatgaaacatcgac 271  Q
    |||||  |||||||||| || | ||   |||||||| ||| |||||||||||||||||| ||| ||   |  ||||||||| ||  |||| || | ||||    
T  3198223 tttggaataggctcattactatgctcataaaacttcgttatcatatcaatcaacaactccttcgtagtgttggattgagaagctaagatgtaaaaccgac 3198322  T
Q  272 aatcaaagtgctttttcacaaacttgttatcaaaaacatgcttagaaagagttgtttttcctagtcctcccataccaaccacagaaaccaacatgagctc 371  Q
    |||||||||| ||||||||    |  ||||||||||||| ||||| |||||| ||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||    
T  3198323 aatcaaagtggtttttcacctcatgtttatcaaaaacatacttagcaagagtcgttttaccgagtcctcccatgccaacaacagaaaccaacatgcgctc 3198422  T
Q  372 attggttccctccaccaaacaactaaccaattcatctc 409  Q
    | ||||||||||||||||  | ||||||||||||||||    
T  3198423 actggttccctccaccaagaatctaaccaattcatctc 3198460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 53 - 408
Target Start/End: Original strand, 3321971 - 3322326
Alignment:
Q  53 caatctcatcacaaaaaatttctttccaaacatcatcaaaaaacactaagtacctttttgattcaaggtattctctcacttgagcaatcaatgtaatgtc 152  Q
    ||||||||||| ||||  |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||  ||||||||||  ||| ||||    |||    
T  3321971 caatctcatcagaaaatttttcttcccaaacatcatcaaaaaacaccaagtacctccttgattcaaggtatcgtctcacttgattaatgaatgcttcgtc 3322070  T
Q  153 atccatctcctgcagaccctttggtgtaggctcattgctgtccttgcaaaacttctttaccatatcaatcaacaactctttcatatcatacgattgagaa 252  Q
    ||||||||   ||| |||||||||  || | |||| | ||||||||||||||||||||| ||| ||  ||||||| ||  | |||   || |||||||||    
T  3322071 atccatcttgagcaaaccctttggaatacgttcatcgttgtccttgcaaaacttctttatcatttctgtcaacaattcccttatagtgtatgattgagaa 3322170  T
Q  253 actgtgatgaaacatcgacaatcaaagtgctttttcacaaacttgttatcaaaaacatgcttagaaagagttgtttttcctagtcctcccataccaacca 352  Q
    ||||| |||||| | ||| ||| ||| || | |||||| |||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| || ||||    
T  3322171 actgttatgaaagagcgataattaaattggtctttcaccaactggttattaaaaacatgcttagcaagagttgtttttccgagtcctcccatgcctacca 3322270  T
Q  353 cagaaaccaacatgagctcattggttccctccaccaaacaactaaccaattcatct 408  Q
    ||| || ||||||  |||||||||||||| | ||||||| ||| ||||||||||||    
T  3322271 cagtaatcaacatccgctcattggttcccccaaccaaaccacttaccaattcatct 3322326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 72 - 409
Target Start/End: Original strand, 3310391 - 3310728
Alignment:
Q  72 ttctttccaaacatcatcaaaaaacactaagtacctttttgattcaaggtattctctcacttgagcaatcaatgtaatgtcatccatctcctgcagaccc 171  Q
    ||||||||||||||||||||| || |  |||||||| ||||||| ||| | ||  || || |||| |||||||||  ||| |||||||| |   |||  |    
T  3310391 ttctttccaaacatcatcaaacaaaagcaagtacctctttgattgaagatgttgccttacatgagtaatcaatgtgttgttatccatcttccatagagac 3310490  T
Q  172 tttggtgtaggctcattgctgtccttgcaaaacttctttaccatatcaatcaacaactctttcatatcatacgattgagaaactgtgatgaaacatcgac 271  Q
    || ||  ||||||||||  |||||  ||||||||| ||||||||||||||||||| || | ||| |   || || ||||||| ||||| |||| |  |||    
T  3310491 ttgggaataggctcattattgtccacgcaaaacttgtttaccatatcaatcaacatctttctcagagtgtaggactgagaaattgtgaagaaatagtgac 3310590  T
Q  272 aatcaaagtgctttttcacaaacttgttatcaaaaacatgcttagaaagagttgtttttcctagtcctcccataccaaccacagaaaccaacatgagctc 371  Q
    |||||||||||| ||||||| ||| ||||| |||||||| ||||| |||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||| |||||| || ||    
T  3310591 aatcaaagtgctctttcacatactggttattaaaaacatacttagcaagagtcgtttttccaagtcctcccatgccaacaacagaaatcaacatcaggtc 3310690  T
Q  372 attggttccctccaccaaacaactaaccaattcatctc 409  Q
    | |||||||   ||||||| |||||| |||||||||||    
T  3310691 actggttccggacaccaaataactaatcaattcatctc 3310728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 164; Significance: 2e-87; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 152 - 409
Target Start/End: Original strand, 49386278 - 49386541
Alignment:
Q  152 catccatctcctgcagaccctttggtgtaggctcattgctgtccttgcaaaacttctttaccatatcaatcaacaactctttcatatcatacgattgaga 251  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  49386278 catccatctcctgcagaccctttggtgtaggctcgttgttgtccttgcaaaaattctttaccatatcaatcaacaactctttcatattataggattgaga 49386377  T
Q  252 aactgtgatgaaacatcgacaatcaaagtg-ctttttcacaaacttgttat-----caaaaacatgcttagaaagagttgtttttcctagtcctcccata 345  Q
    |||| |||||||||| |  |||||||||||  |||||||||| |||| |||      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  49386378 aactatgatgaaacaccttcaatcaaagtgtttttttcacaagcttgatataaaaaaaaaaacatgcttagaaagagttgtttttccaagtcctcctata 49386477  T
Q  346 ccaaccacagaaaccaacatgagctcattggttccctccaccaaacaactaaccaattcatctc 409  Q
    |||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49386478 ccaaacacataaaccaacatgagcttattggttccctccaccaaacaactaaccaattcatctc 49386541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 244 - 409
Target Start/End: Original strand, 41947161 - 41947326
Alignment:
Q  244 gattgagaaactgtgatgaaacatcgacaatcaaagtgctttttcacaaacttgttatcaaaaacatgcttagaaagagttgtttttcctagtcctccca 343  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  41947161 gattgagaaactgtgatgaaacacctacaatcaaagtgcttttttacaagcttgttatcaaaaacatgcttagaaagagttgtttttcctagtcct---t 41947257  T
Q  344 taccaaccacagaaaccaacatgagctcattggttccctccaccaaacaacta---accaattcatctc 409  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||   |||||||||||||    
T  41947258 taccaaccacaaaaacaaacatgagctcattggttcccttcaccaatcaactaattaccaattcatctc 41947326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 298 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 4255820 - 4255760
Alignment:
Q  298 ttatcaaaaacatgcttagaaagagttgtttttcctagtcctcccataccaaccacagaaa 358  Q
    |||||||||||||  |||| |||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| ||||    
T  4255820 ttatcaaaaacatttttagcaagagttgttttcccaagtccccccattccaaccaccgaaa 4255760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University