View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17265_low_5 (Length: 670)

Name: NF17265_low_5
Description: NF17265
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17265_low_5
NF17265_low_5
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-653)||(28467548-28468204)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 560; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 560; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 653
Target Start/End: Original strand, 28467548 - 28468204
Alignment:
Q  1 ttcaaaatacaccatgggatttggaaatcagcattaaaattcatagcacaaattgatgaattctgcattttggcgcaagatgctgtcatgctgcagcagt 100  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  28467548 ttcaaaatacaacatgggatttggaaatcagcattaaaattagtagcacaaattgatgaattctgcattttggcgcaagatgctgtcatggtgcagcagt 28467647  T
Q  101 agctgcatttatcagttggatagaagctgtagcagtttcatacatgttgctgcaacatatatggggagatgacttgtaaatcttgtacaaaaggatccat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  28467648 agctgcatttatcagttggatagaagctgtaacagtttcatacatgttgctgcaacatatatggggagatgacttgtaaatcttgtacaaaaagatccat 28467747  T
Q  201 aaatctatttcacatattgactagacactagatatgctacttagagaaattaattccatagagtcggtgacttctcattataaaacattattagtaatag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  28467748 aaatctatttcacatattgactagacactggatatgctacttagaaaaattaattccatagagttggtgacttctcattataaaacattcttagtaatag 28467847  T
Q  301 aggaacacatattgataaatgattatggtggaaaagtgcatttaaaaataatttgaaataccaacgacgacggattcttcacttaatcnnnnnnnnnnnn 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                
T  28467848 aggaacacatattgataaatgattatggtggaaaagtgcatttaaaaataatttgaaataccaacgacgacggattcttcacttaatcaaaaaaaaaaaa 28467947  T
Q  401 gcttaatcattgttctcaagatcgtgagaacaattagttatattggtgttacttctacctaaacaaagggaagcggatatgagttacattttgatacgta 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28467948 gcttaatcattgttctcaagatcgtgagaacaattagttacattggtgttacttctacctaaacaaagggaagcggatatgagttacattttgatacgta 28468047  T
Q  501 gttcacattatctttttcaaccattctctcttcccccgtgtctctctgaccaaactcttcttcaaacaaatcgatttgcgaagctatacaagcatcaata 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28468048 gttcacattatctttttcaaccattctctcttcccccgtgtctctctgaccaaactcttcttcaaacaaatcgatttgcgaagctatacaagcatcaata 28468147  T
Q  601 ttcataaacacaac----cattaaccatattacccttcgatgttgcagcaatgaagg 653  Q
    ||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28468148 ttcataaacacaaccatgcattaaccatattacccttcgatgttgcagcaatgaagg 28468204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University