View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17266_high_9 (Length: 344)

Name: NF17266_high_9
Description: NF17266
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17266_high_9
NF17266_high_9
[»] scaffold0491 (2 HSPs)
scaffold0491 (23-324)||(1139-1440)
scaffold0491 (23-324)||(6026-6327)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (23-324)||(18739260-18739561)
chr8 (23-324)||(18744224-18744525)
chr8 (23-324)||(18749185-18749486)
chr8 (23-324)||(18723533-18723834)
chr8 (165-214)||(18732996-18733045)
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (23-324)||(1595896-1596197)
chr7 (23-324)||(1105839-1106140)
chr7 (23-324)||(1541489-1541790)
chr7 (23-324)||(1557433-1557734)
chr7 (34-324)||(1604237-1604527)
chr7 (23-324)||(1088490-1088791)
chr7 (23-324)||(1550723-1551024)
chr7 (23-321)||(2329530-2329828)
chr7 (23-323)||(2321032-2321332)
chr7 (23-321)||(2337429-2337727)
chr7 (23-325)||(3955480-3955782)
chr7 (23-324)||(9532075-9532375)
chr7 (23-324)||(30792145-30792447)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (23-324)||(19250247-19250547)
chr1 (45-318)||(41668820-41669093)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (45-318)||(42977746-42978019)
chr4 (45-317)||(54122784-54123056)
chr4 (45-286)||(48712437-48712677)
chr4 (21-217)||(16880134-16880331)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (45-286)||(31657883-31658124)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (76-286)||(36620505-36620712)
chr5 (45-286)||(8873098-8873340)
chr5 (76-286)||(39102292-39102501)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (45-318)||(1257677-1257950)


Alignment Details
Target: scaffold0491 (Bit Score: 270; Significance: 1e-151; HSPs: 2)
Name: scaffold0491
Description:

Target: scaffold0491; HSP #1
Raw Score: 270; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 23 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 1440 - 1139
Alignment:
Q  23 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttg 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  1440 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 1341  T
Q  123 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagcagaggttccatcttttgatgagagtttcagaaacgaagtgaggatattatcagaattaaagcaccgaca 222  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  1340 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 1241  T
Q  223 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcagtacatggagaaaggaagcctgttctctgtcttgtatgatgat 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1240 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagaaaggaagcttgttctctgtcttgtatgatgat 1141  T
Q  323 gt 324  Q
    ||    
T  1140 gt 1139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0491; HSP #2
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 23 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 6327 - 6026
Alignment:
Q  23 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttg 122  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  6327 gacataatcaaagcgacagaagactttgacatgagatattgtattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 6228  T
Q  123 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagcagaggttccatcttttgatgagagtttcagaaacgaagtgaggatattatcagaattaaagcaccgaca 222  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||| ||||| ||||||||  |||    
T  6227 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagcagaggttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgagaattttaacagaaataaagcacaaaca 6128  T
Q  223 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcagtacatggagaaaggaagcctgttctctgtcttgtatgatgat 322  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  6127 tatcgtgaagctttatggtttctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggatagaggaagcttattctctgtcttgtatgatgat 6028  T
Q  323 gt 324  Q
    ||    
T  6027 gt 6026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 270; Significance: 1e-151; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 270; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 23 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 18739561 - 18739260
Alignment:
Q  23 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttg 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  18739561 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 18739462  T
Q  123 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagcagaggttccatcttttgatgagagtttcagaaacgaagtgaggatattatcagaattaaagcaccgaca 222  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  18739461 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 18739362  T
Q  223 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcagtacatggagaaaggaagcctgttctctgtcttgtatgatgat 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  18739361 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagaaaggaagcttgttctctgtcttgtatgatgat 18739262  T
Q  323 gt 324  Q
    ||    
T  18739261 gt 18739260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 270; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 23 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 18744525 - 18744224
Alignment:
Q  23 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttg 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  18744525 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 18744426  T
Q  123 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagcagaggttccatcttttgatgagagtttcagaaacgaagtgaggatattatcagaattaaagcaccgaca 222  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  18744425 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 18744326  T
Q  223 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcagtacatggagaaaggaagcctgttctctgtcttgtatgatgat 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  18744325 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagaaaggaagcttgttctctgtcttgtatgatgat 18744226  T
Q  323 gt 324  Q
    ||    
T  18744225 gt 18744224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 238; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 23 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 18749486 - 18749185
Alignment:
Q  23 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttg 122  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  18749486 gacataatcaaagcgacagaagactttgacatgagatattgtattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 18749387  T
Q  123 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagcagaggttccatcttttgatgagagtttcagaaacgaagtgaggatattatcagaattaaagcaccgaca 222  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||| ||||| ||||||||  |||    
T  18749386 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagcagaggttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgagaattttaacagaaataaagcacaaaca 18749287  T
Q  223 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcagtacatggagaaaggaagcctgttctctgtcttgtatgatgat 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  18749286 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggatagaggaagcttattctctgtcttgtatgatgat 18749187  T
Q  323 gt 324  Q
    ||    
T  18749186 gt 18749185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 23 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 18723834 - 18723533
Alignment:
Q  23 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttg 122  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  18723834 gacataatcaaagcgacagaagactttgacatgagatattgtattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 18723735  T
Q  123 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagcagaggttccatcttttgatgagagtttcagaaacgaagtgaggatattatcagaattaaagcaccgaca 222  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||| ||||| ||||||||  |||    
T  18723734 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagcagaggttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgagaattttaacagaaataaagcacaaaca 18723635  T
Q  223 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcagtacatggagaaaggaagcctgttctctgtcttgtatgatgat 322  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  18723634 tatagtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggatagaggaagcttattctctgtcttgtatgatgat 18723535  T
Q  323 gt 324  Q
    ||    
T  18723534 gt 18723533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 165 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 18733045 - 18732996
Alignment:
Q  165 cttttgatgagagtttcagaaacgaagtgaggatattatcagaattaaag 214  Q
    |||||||| ||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| |||||    
T  18733045 cttttgattagagttttagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaag 18732996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 262; Significance: 1e-146; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 23 - 324
Target Start/End: Original strand, 1595896 - 1596197
Alignment:
Q  23 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttg 122  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||    
T  1595896 gacataatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacgggagcatatggaagtgtttacagggcacaattaccaagtggaaaggttg 1595995  T
Q  123 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagcagaggttccatcttttgatgagagtttcagaaacgaagtgaggatattatcagaattaaagcaccgaca 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  1595996 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagccgaggttccatcttttgatgagagtttcaaaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 1596095  T
Q  223 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcagtacatggagaaaggaagcctgttctctgtcttgtatgatgat 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1596096 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcagtacatggagaaaggaagcctgttctctgtcttgtatgatgat 1596195  T
Q  323 gt 324  Q
    ||    
T  1596196 gt 1596197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 23 - 324
Target Start/End: Original strand, 1105839 - 1106140
Alignment:
Q  23 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttg 122  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  1105839 gacataatcaaagcaacggaagactttgacatgagatattgcattggaactggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 1105938  T
Q  123 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagcagaggttccatcttttgatgagagtttcagaaacgaagtgaggatattatcagaattaaagcaccgaca 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  1105939 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagtcgaggttccatcttttgatgagagtttcaaaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 1106038  T
Q  223 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcagtacatggagaaaggaagcctgttctctgtcttgtatgatgat 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  1106039 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcagtacatggagaaaggaagcctgttctctatcttgtatgatgat 1106138  T
Q  323 gt 324  Q
    ||    
T  1106139 gt 1106140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 23 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 1541790 - 1541489
Alignment:
Q  23 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttg 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  1541790 gacatcatcaaagcaacagaagacttcgacatgagatattgcattggaaccggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggaaaggttg 1541691  T
Q  123 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagcagaggttccatcttttgatgagagtttcagaaacgaagtgaggatattatcagaattaaagcaccgaca 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  1541690 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagccgaggttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 1541591  T
Q  223 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcagtacatggagaaaggaagcctgttctctgtcttgtatgatgat 322  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  1541590 tattgtgaagctttatggattttgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagagaggaagcttattctctgtcttgtatgatgat 1541491  T
Q  323 gt 324  Q
    ||    
T  1541490 gt 1541489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 23 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 1557734 - 1557433
Alignment:
Q  23 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttg 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  1557734 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggtaatgttg 1557635  T
Q  123 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagcagaggttccatcttttgatgagagtttcagaaacgaagtgaggatattatcagaattaaagcaccgaca 222  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||  |||    
T  1557634 ttgctttaaagaaacttcacggctatgaagctgaggttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcacaaaca 1557535  T
Q  223 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcagtacatggagaaaggaagcctgttctctgtcttgtatgatgat 322  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1557534 tatcgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatatatcaatacatggagaaaggaagcttgttctctgtcttgtatgatgat 1557435  T
Q  323 gt 324  Q
    ||    
T  1557434 gt 1557433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 34 - 324
Target Start/End: Original strand, 1604237 - 1604527
Alignment:
Q  34 agcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttgttgccttaaag 133  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1604237 agcaacggaagacttcgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttgttgccttaaag 1604336  T
Q  134 aaacttcacggctatgaagcagaggttccatcttttgatgagagtttcagaaacgaagtgaggatattatcagaattaaagcaccgacatattgtgaagc 233  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1604337 aaacttcacggctatgaagaagaggttccatcttttgatgagagtttcaaaaatgaagtgaaaatattatcagaaataaagcaccgacatattgtgaagc 1604436  T
Q  234 tttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcagtacatggagaaaggaagcctgttctctgtcttgtatgatgatgt 324  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  1604437 tttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagaaaggaagcttgttctctgtcttgtatgatgatgt 1604527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 23 - 324
Target Start/End: Original strand, 1088490 - 1088791
Alignment:
Q  23 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttg 122  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  1088490 gacattattaaagcaacagaggactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatagaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 1088589  T
Q  123 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagcagaggttccatcttttgatgagagtttcagaaacgaagtgaggatattatcagaattaaagcaccgaca 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||| ||||||||  |||    
T  1088590 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagccgaggttccatcttttgatgagagtttcaaaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcacaaaca 1088689  T
Q  223 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcagtacatggagaaaggaagcctgttctctgtcttgtatgatgat 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1088690 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagaaaggaagcttgttctctgtcttgtatgatgat 1088789  T
Q  323 gt 324  Q
    ||    
T  1088790 gt 1088791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 23 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 1551024 - 1550723
Alignment:
Q  23 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttg 122  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1551024 gacattattaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaaccggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttg 1550925  T
Q  123 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagcagaggttccatcttttgatgagagtttcagaaacgaagtgaggatattatcagaattaaagcaccgaca 222  Q
    | ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||  ||||| |||||||||||||    
T  1550924 tcgccttaaagaaacttcatggctatgaagcagacgttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgagaatattgacagaaataaagcaccgaca 1550825  T
Q  223 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcagtacatggagaaaggaagcctgttctctgtcttgtatgatgat 322  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||| |||    
T  1550824 tattgtgaagcttcatggattctgcttgcacaagagaatcatgtttttgatctatcagtacatggagagaggaagcttgttcactgtcttgtatgacgat 1550725  T
Q  323 gt 324  Q
    ||    
T  1550724 gt 1550723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 23 - 321
Target Start/End: Original strand, 2329530 - 2329828
Alignment:
Q  23 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttg 122  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  2329530 gacatcattaaagcaacagaagactttgacattagatattgtattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggaaaagttg 2329629  T
Q  123 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagcagaggttccatcttttgatgagagtttcagaaacgaagtgaggatattatcagaattaaagcaccgaca 222  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||  |||||||||| ||    
T  2329630 ttgcaataaagaaacttcacggctatgaagcagaggttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagatataaagcaccggca 2329729  T
Q  223 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcagtacatggagaaaggaagcctgttctctgtcttgtatgatga 321  Q
    ||| ||||||||||||||||||||  | |||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  2329730 tatcgtgaagctttatggattctgtctccacagaagaatcatgtttttgatctacgagtacatggagaaaggtagcttgttctctgtcttgtatgatga 2329828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 23 - 323
Target Start/End: Original strand, 2321032 - 2321332
Alignment:
Q  23 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttg 122  Q
    |||||||| | |||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  2321032 gacatcattagagcaacggaagattttgacattagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggaaaagttg 2321131  T
Q  123 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagcagaggttccatcttttgatgagagtttcagaaacgaagtgaggatattatcagaattaaagcaccgaca 222  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||| |    
T  2321132 ttgccttgaagaaacttcacggctatgaagcagagctgccagcttttgatgaaagttttagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaaa 2321231  T
Q  223 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcagtacatggagaaaggaagcctgttctctgtcttgtatgatgat 322  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||  ||||||| |||||||||||||||    
T  2321232 tattgtgaagctttatggattttgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctaccattacatggagagaggaagtttgttctccgtcttgtatgatgat 2321331  T
Q  323 g 323  Q
    |    
T  2321332 g 2321332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 23 - 321
Target Start/End: Original strand, 2337429 - 2337727
Alignment:
Q  23 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttg 122  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||    
T  2337429 gacattattaaagcaacagaagactttgacattagatattgcattgggacaggagcatatggaagtgtttataaggcacaattaccatgtggaaaagttg 2337528  T
Q  123 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagcagaggttccatcttttgatgagagtttcagaaacgaagtgaggatattatcagaattaaagcaccgaca 222  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||  |||||||||||||    
T  2337529 ttgcaataaagaaacttcacggctatgaagcagaggttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgaaaatattatcagatataaagcaccgaca 2337628  T
Q  223 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcagtacatggagaaaggaagcctgttctctgtcttgtatgatga 321  Q
    ||| ||||||||||||||||||||  | |||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||    
T  2337629 tatcgtgaagctttatggattctgtctccacagaagaatcatgtttttgatctacgagtacatggagaaaggtagcttgttctctggcttgtatgatga 2337727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 23 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 3955782 - 3955480
Alignment:
Q  23 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttg 122  Q
    |||||||| | ||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||  |||    
T  3955782 gacatcattagagcaacaaaagactttgacattaaatattgcattggaaaaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggtaaatttg 3955683  T
Q  123 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagcagaggttccatcttttgatgagagtttcagaaacgaagtgaggatattatcagaattaaagcaccgaca 222  Q
    ||||  |||| ||||||||  |||| ||||||||||| |||||| ||||||| ||||| ||||| |||||||  |||||||||||| |||||||| || |    
T  3955682 ttgcactaaaaaaacttcatagctacgaagcagaggtgccatctcttgatgaaagttttagaaatgaagtgaaaatattatcagaaataaagcacagaaa 3955583  T
Q  223 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcagtacatggagaaaggaagcctgttctctgtcttgtatgatgat 322  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||| |||||| | |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||| |||||| ||||||||    
T  3955582 tattgtgaagctttatggattttgtttgcataaaagagttatgtttttgatctatcagtatatggaaaaaggaagcttgttctccgtcttgcatgatgat 3955483  T
Q  323 gtc 325  Q
    |||    
T  3955482 gtc 3955480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 23 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 9532375 - 9532075
Alignment:
Q  23 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttg 122  Q
    ||||| || ||||||| | || |||||||||| |||||||||||  | |||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||| ||| ||||    
T  9532375 gacattattaaagcaatacaacactttgacattagatattgcatatggacaggagcatatggaagtgtatacaagactcaattaccatgtgacaaagttg 9532276  T
Q  123 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagcagaggttccatcttttgatgagagtttcagaaacgaagtgaggatattatcagaattaaagcaccgaca 222  Q
    | ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||| |||| ||| ||||||| | || |||| |||  | |    
T  9532275 tcgccttaaagaaacttcacatctatgaagcagaggtgccatcttttgatgcgagtttcaaaaatgaagcgagaatattataaaaaataaatcacataaa 9532176  T
Q  223 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcagtacatggagaaaggaagcctgttctctgtcttgtatgatgat 322  Q
    |||||| |||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||  |||||||  | ||||||||||||    
T  9532175 tattgttaagctttatggattatgattgtacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacgt-gagaaaggaagtttgttctcgtttttgtatgatgat 9532077  T
Q  323 gt 324  Q
    ||    
T  9532076 gt 9532075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 23 - 324
Target Start/End: Original strand, 30792145 - 30792447
Alignment:
Q  23 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttg 122  Q
    ||||| || ||||||||| || |||||||||| ||||||| ||| |  ||| ||| | ||| |||||| |||||| | || ||| |||||||||| ||||    
T  30792145 gacattattaaagcaacataacactttgacattagatattacatcgagacatgaggacatgaaagtgtatacaagactcatttatcatgtggcaaagttg 30792244  T
Q  123 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagcagaggttccatcttttgatgagagtttcagaaacgaagtgaggatattatcagaattaaagcaccgaca 222  Q
    |||||||| |||||||||||  ||||||| || | ||  ||||||||| |   ||||||| ||| |||||||| ||||||||| || ||||||||  | |    
T  30792245 ttgccttatagaaacttcacaactatgaaacaaatgtgtcatcttttgttacaagtttcataaatgaagtgagaatattatcataaataaagcacataaa 30792344  T
Q  223 tattgtgaagctttatggattctgcttgcac-aaaagaatcatgtttttgatctatcagtacatggagaaaggaagcctgttctctgtcttgtatgatga 321  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||| | |||||| |||||  ||||| ||| |||||||||||    
T  30792345 tattgttaagctttatagattctgcttgcacaaaaagaatcgtgtttttgatctatcaatacgtagagaaaagaagctagttctttgttttgtatgatga 30792444  T
Q  322 tgt 324  Q
    |||    
T  30792445 tgt 30792447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 118; Significance: 4e-60; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 23 - 324
Target Start/End: Original strand, 19250247 - 19250547
Alignment:
Q  23 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttg 122  Q
    ||||| || ||||||||| || |||||||||| |||||||||||    |||||| |||||| |||||| |||||| | | |||||||||||| || ||||    
T  19250247 gacattattaaagcaacacaacactttgacattagatattgcatcatgacaggatcatatgaaagtgtatacaagactcgattaccatgtggtaaagttg 19250346  T
Q  123 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagcagaggttccatcttttgatgagagtttcagaaacgaagtgaggatattatcagaattaaagcaccgaca 222  Q
    | || ||||||||| |||||  |||||||| ||| || || |||||||||| |||||||||||  |||||||| ||||||||| |  |||| |||  | |    
T  19250347 tcgctttaaagaaatttcacaactatgaagtagatgtgccgtcttttgatgcgagtttcagaattgaagtgagaatattatcatatataaaacacataaa 19250446  T
Q  223 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcagtacatggagaaaggaagcctgttctctgtcttgtatgatgat 322  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||| ||||| ||||||| || ||||||||||||    
T  19250447 tattgttaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacat-gaaaaatgaagcttgttctcggttttgtatgatgat 19250545  T
Q  323 gt 324  Q
    ||    
T  19250546 gt 19250547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 45 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 41669093 - 41668820
Alignment:
Q  45 actttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttgttgccttaaagaaacttcacgg 144  Q
    |||||||||| ||||||||||| |  |||  ||||||||||||||| |||||| | |||||| ||||||||||  |||   |||||||||||||||||      
T  41669093 actttgacattagatattgcatcgtgacataagcatatggaagtgtatacaagactcaattatcatgtggcaaatttgccaccttaaagaaacttcacaa 41668994  T
Q  145 ctatgaagcagaggttccatcttttgatgagagtttcagaaacgaagtgaggatattatcagaattaaagcaccgacatattgtgaagctttatggattc 244  Q
    |||||||||||| ||  |||||||||||| |||||||||||  |||||||  ||||||| | || |||||||   | ||||||| ||||||||||||||     
T  41668993 ctatgaagcagatgtgtcatcttttgatgtgagtttcagaattgaagtgaaaatattataaaaaataaagcagataaatattgttaagctttatggattt 41668894  T
Q  245 tgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcagtacatggagaaaggaagcctgttctctgtcttgtatga 318  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||||  |||||| | |||| |||  ||||||| || ||||||||    
T  41668893 tgcttgcacaaaagaataatgtttttaatctatcgatacatgaaaaaagaaagtttgttctcagttttgtatga 41668820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 106; Significance: 5e-53; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 45 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 42978019 - 42977746
Alignment:
Q  45 actttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttgttgccttaaagaaacttcacgg 144  Q
    |||||||||| ||||||||||| |  |||  ||||||||||||||| |||||| | |||||| ||||||||||  |||   |||||||||||||||||      
T  42978019 actttgacattagatattgcatcgtgacataagcatatggaagtgtatacaagactcaattatcatgtggcaaatttgccaccttaaagaaacttcacaa 42977920  T
Q  145 ctatgaagcagaggttccatcttttgatgagagtttcagaaacgaagtgaggatattatcagaattaaagcaccgacatattgtgaagctttatggattc 244  Q
    |||||||||||| ||  |||||||||||| || ||||||||  |||||||| ||||||||| || |||||||   | ||||||| ||||||||||||||     
T  42977919 ctatgaagcagatgtgtcatcttttgatgcgaatttcagaattgaagtgagaatattatcaaaaataaagcagataaatattgttaagctttatggattt 42977820  T
Q  245 tgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcagtacatggagaaaggaagcctgttctctgtcttgtatga 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| | |||| |||  ||||||| || ||||||||    
T  42977819 tgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatctatcaatacatgaaaaaagaaagtttgttctcggttttgtatga 42977746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 45 - 317
Target Start/End: Original strand, 54122784 - 54123056
Alignment:
Q  45 actttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttgttgccttaaagaaacttcacgg 144  Q
    |||||||||| ||||||||||| |  |||  ||||||||||||||| |||||| | |||||| ||||||||||  |||   |||||||||||||||||      
T  54122784 actttgacattagatattgcatcgtgacataagcatatggaagtgtatacaagactcaattatcatgtggcaaatttgccaccttaaagaaacttcacaa 54122883  T
Q  145 ctatgaagcagaggttccatcttttgatgagagtttcagaaacgaagtgaggatattatcagaattaaagcaccgacatattgtgaagctttatggattc 244  Q
    |||||||||||| ||  |||||||||||| |||||||| ||  |||||||| ||||||| | || |||||||   | ||||  | |||||||||  |||     
T  54122884 ctatgaagcagatgtgtcatcttttgatgtgagtttcacaattgaagtgagaatattataaaaaataaagcagataaatatctttaagctttatatattt 54122983  T
Q  245 tgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcagtacatggagaaaggaagcctgttctctgtcttgtatg 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| | |||| |||  ||||||| || |||||||    
T  54122984 tgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatctatcaatacatgaaaaaagaaagtttgttctcagttttgtatg 54123056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 45 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 48712677 - 48712437
Alignment:
Q  45 actttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttgttgccttaaagaaacttcacgg 144  Q
    |||||||||| ||||||||||| |  |||  ||||||||||||||| |||||| | |||||| ||||||||||  |||   |||||||||||||||||      
T  48712677 actttgacattagatattgcatcgtgacataagcatatggaagtgtatacaagactcaattatcatgtggcaaatttgccaccttaaagaaacttcacaa 48712578  T
Q  145 ctatgaagcagaggttccatcttttgatgagagtttcagaaacgaagtgaggatattatcagaattaaagcaccgacatattgtgaagctttatggattc 244  Q
    |||| ||||||| ||  | |||||||||| || ||||||||  |||||||| ||||||||| || |||| ||   | ||||||| ||||||||||||||     
T  48712577 ctattaagcagatgtgtcttcttttgatgcgattttcagaattgaagtgagaatattatcaaaaataaa-cagataaatattgttaagctttatggattt 48712479  T
Q  245 tgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcagtacatg 286  Q
    |||||||||||||||||||| ||||  |||||||| ||||||    
T  48712478 tgcttgcacaaaagaatcatattttcaatctatcaatacatg 48712437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 21 - 217
Target Start/End: Original strand, 16880134 - 16880331
Alignment:
Q  21 tggacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggt 120  Q
    ||||||| || |||| |||| || |||||||||| ||||||||||| || ||| |||||||||||||||| |||||| | | |||||||| | |||| ||    
T  16880134 tggacattattaaagaaacacaacactttgacattagatattgcatcggcacaagagcatatggaagtgtatacaagactcgattaccatcttgcaaagt 16880233  T
Q  121 tgttgccttaaagaaacttcacggctatgaagcagaggttccatcttttgatgagagtttcagaaacgaa-gtgaggatattatcagaattaaagcac 217  Q
    ||  |||||||||||| |||||  |||||||| | | ||  |||||||||||| |||||||||||| ||| ||||| |||||||||||| ||||||||    
T  16880234 tgccgccttaaagaaatttcacaactatgaagtaaaagtgtcatcttttgatgcgagtttcagaaatgaatgtgagaatattatcagaaataaagcac 16880331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 90; Significance: 2e-43; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 45 - 286
Target Start/End: Original strand, 31657883 - 31658124
Alignment:
Q  45 actttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttgttgccttaaagaaacttcacgg 144  Q
    |||||||||| ||||||||||| |  |||  |||| |||||||||| |||||| | |||||| ||||||||||  ||||  |||||||||||||||||      
T  31657883 actttgacattagatattgcatcgtgacataagcacatggaagtgtatacaagactcaattatcatgtggcaaatttgtcaccttaaagaaacttcacaa 31657982  T
Q  145 ctatgaagcagaggttccatcttttgatgagagtttcagaaacgaagtgaggatattatcagaattaaagcaccgacatattgtgaagctttatggattc 244  Q
    ||| |||  ||| ||  |||||||||||| || ||||||||  |||||||| ||||||||| || |||||||   | ||||||| ||||||||||||||     
T  31657983 ctacgaaatagatgtgtcatcttttgatgcgaatttcagaattgaagtgagaatattatcaaaaataaagcagataaatattgttaagctttatggattt 31658082  T
Q  245 tgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcagtacatg 286  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  31658083 tgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatctatcaatacatg 31658124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 85; Significance: 2e-40; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 76 - 286
Target Start/End: Original strand, 36620505 - 36620712
Alignment:
Q  76 agcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttgttgccttaaagaaacttcacggctatgaagcagaggttccatcttttgatgag 175  Q
    ||||||||||||| | |||||| | |||||| ||||||||||  |||   |||||||||||||||||  |||| ||||||| ||   ||||||||||| |    
T  36620505 agcatatggaagtttatacaagactcaattatcatgtggcaaatttgccaccttaaagaaacttcacaactattaagcagatgt---atcttttgatgcg 36620601  T
Q  176 agtttcagaaacgaagtgaggatattatcagaattaaagcaccgacatattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatct 275  Q
    ||||||||||  |||||||| ||||||||| || |||||||   | ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  36620602 agtttcagaattgaagtgagaatattatcaaaaataaagcagataaatattgttaagctttatggattttgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatct 36620701  T
Q  276 atcagtacatg 286  Q
    |||| ||||||    
T  36620702 atcaatacatg 36620712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 45 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 8873340 - 8873098
Alignment:
Q  45 actttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttgttgccttaaagaaacttcacgg 144  Q
    |||||||||| ||||||||||| |  |||  ||||||||||||||| |||||| | |||||| ||||||||||  |||   |||||||||||||||||      
T  8873340 actttgacattagatattgcatcgtgacataagcatatggaagtgtatacaagactcaattatcatgtggcaaatttgcgaccttaaagaaacttcacaa 8873241  T
Q  145 ctatgaagcagaggttccatcttttgatgagagtttcagaaacgaagtgaggatattatcagaattaaagcaccgacatattgtgaagctttatgga-tt 243  Q
    |||||||||||| ||  |||| |||||||  ||||||||||  |||||||| ||||||| | || |||||||   | ||||| | |||||||||||| ||    
T  8873240 ctatgaagcagatgtgtcatcgtttgatgccagtttcagaattgaagtgagaatattataaaaaataaagcagataaatattattaagctttatggattt 8873141  T
Q  244 ctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcagtacatg 286  Q
     |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  8873140 ttgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatctatcaatacatg 8873098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 76 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 39102501 - 39102292
Alignment:
Q  76 agcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttgttgccttaaagaaacttcacggctatgaagcagaggttccatcttttgatgag 175  Q
    ||||||||||||| | |||||| | |||||| ||||||||||  |||   |||||||||| ||||||  |||| ||||||| ||  |||||||||||| |    
T  39102501 agcatatggaagtttatacaagactcaattatcatgtggcaaatttgcctccttaaagaa-cttcacaactattaagcagatgtgtcatcttttgatgcg 39102403  T
Q  176 agtttcagaaacgaagtgaggatattatcagaattaaagcaccgacatattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatct 275  Q
    ||||| ||||  |||||||| ||||||||| || |||||||   | ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| || |    
T  39102402 agttttagaattgaagtgagaatattatcaaaaataaagcagataaatattgttaagctttatggattttgcttgcacaaaagaagcatgtttttaatat 39102303  T
Q  276 atcagtacatg 286  Q
    |||| ||||||    
T  39102302 atcaatacatg 39102292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 82; Significance: 1e-38; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 45 - 318
Target Start/End: Original strand, 1257677 - 1257950
Alignment:
Q  45 actttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttgttgccttaaagaaacttcacgg 144  Q
    |||||||||| ||||||||||| |  |||  |||||||| |||||| |||||| | |||||| |||||||| |  |||   |||||||||||||||||      
T  1257677 actttgacattagatattgcatcgtgacataagcatatgaaagtgtatacaagactcaattatcatgtggccaatttgccaccttaaagaaacttcacaa 1257776  T
Q  145 ctatgaagcagaggttccatcttttgatgagagtttcagaaacgaagtgaggatattatcagaattaaagcaccgacatattgtgaagctttatggattc 244  Q
     ||||||||||| ||  ||| |||||||| |||||||||||  |||||||| ||||||||| || |||||||   | ||||||| || ||||||| |||     
T  1257777 atatgaagcagatgtgtcattttttgatgcgagtttcagaattgaagtgagaatattatcaaaaataaagcagataaatattgttaaactttatgaattt 1257876  T
Q  245 tgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcagtacatggagaaaggaagcctgttctctgtcttgtatga 318  Q
    || ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| | |||| |||  ||||||| || ||||||||    
T  1257877 tgtttgcacaaaagaatcatgtttttaatctatcaatacatgaaaaaagaaagtttgttctcggttttgtatga 1257950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University