View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17267_low_2 (Length: 509)

Name: NF17267_low_2
Description: NF17267
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17267_low_2
NF17267_low_2
[»] chr3 (34 HSPs)
chr3 (1-509)||(9838999-9839507)
chr3 (1-509)||(9849877-9850385)
chr3 (1-509)||(10363221-10363729)
chr3 (1-509)||(10527496-10528004)
chr3 (1-509)||(10433467-10433975)
chr3 (1-502)||(10663671-10664172)
chr3 (1-509)||(10195811-10196319)
chr3 (1-509)||(10088928-10089436)
chr3 (1-502)||(10032148-10032649)
chr3 (1-509)||(10127066-10127574)
chr3 (1-509)||(11769372-11769880)
chr3 (1-507)||(10260838-10261344)
chr3 (1-509)||(10375268-10375776)
chr3 (1-509)||(10580739-10581256)
chr3 (5-507)||(10077409-10077911)
chr3 (5-509)||(10184380-10184884)
chr3 (1-505)||(11781405-11781909)
chr3 (1-505)||(10517627-10518131)
chr3 (1-507)||(13171171-13171677)
chr3 (1-507)||(13333044-13333550)
chr3 (1-507)||(13344229-13344735)
chr3 (1-202)||(10672127-10672328)
chr3 (1-507)||(8861426-8861932)
chr3 (1-507)||(11159440-11159946)
chr3 (1-509)||(13161118-13161626)
chr3 (1-509)||(13289803-13290311)
chr3 (235-507)||(11130683-11130955)
chr3 (1-507)||(11148277-11148783)
chr3 (235-507)||(10889446-10889718)
chr3 (1-509)||(10500712-10501220)
chr3 (327-503)||(11153523-11153698)
chr3 (1-94)||(10889859-10889952)
chr3 (1-72)||(11246044-11246115)
chr3 (1-79)||(11130449-11130527)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-507)||(26907037-26907543)
[»] scaffold0002 (3 HSPs)
scaffold0002 (1-507)||(135311-135817)
scaffold0002 (1-507)||(145362-145868)
scaffold0002 (1-350)||(153667-154016)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (5-505)||(31679160-31679660)
[»] scaffold0083 (1 HSPs)
scaffold0083 (1-284)||(57834-58126)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (1-509)||(11485176-11485684)
chr8 (1-352)||(44957112-44957462)
chr8 (405-505)||(44957515-44957615)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (5-505)||(17852350-17852850)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-458)||(826100-826548)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (421-507)||(29836783-29836869)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 337; Significance: 0; HSPs: 34)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 9839507 - 9838999
Alignment:
Q  1 catcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaattgaag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||    
T  9839507 catcttttcaaatgagagggaagatattgataactcaaatgcaatgcaggaagaatattatcatttgataagttccatatgtcgctgttcaaaattgaag 9839408  T
Q  101 tccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttcttgccgatttc 200  Q
    |||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  9839407 tccactcacttatgtctacctttgaacgtagaagtcctcctattgttttagcagctattggcaatcctccacactttcttgcaatcttcctgcctatttc 9839308  T
Q  201 ttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggttctaattta 300  Q
    |||||||  |||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||    
T  9839307 ttcaagggctgtgtttgaactatggtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcttcatttgatagaagatctaattta 9839208  T
Q  301 tgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaagggacttactagct 400  Q
    || || |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  9839207 tgtattggaaatgtgtgtgccacctcagcaactttttgttggcgcgttgttataatcaccatgcttccgggttttccatcaatgaagggacttactagtt 9839108  T
Q  401 catcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcgaagaaaatcaag 500  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||  |||||||||| | ||||||    
T  9839107 caccccaatcattataattgtcattccacaaatcatccaacacaaacaaaaatcttttctcccttgagtttttctttaacgcaactcgaaggacatcaag 9839008  T
Q  501 attattgct 509  Q
    |||||||||    
T  9839007 attattgct 9838999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 9850385 - 9849877
Alignment:
Q  1 catcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaattgaag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||  ||||||||||||||||    
T  9850385 catcttttcaaatgagagggaagatattgataactcaaatgcaatgcaggaagaatattatcatttgataagttccatatgtcactgttcaaaattgaag 9850286  T
Q  101 tccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttcttgccgatttc 200  Q
    |||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  9850285 tccactcacttatgtctacctttgaacgtagaagtcctcctattgttttagcagctattggcaatcctccacactttcttgcaatcttcctgcctatttc 9850186  T
Q  201 ttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggttctaattta 300  Q
    |||||||  |||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||    
T  9850185 ttcaagggctgtgtttgaactatggtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcttcatttgatagaagatctaattta 9850086  T
Q  301 tgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaagggacttactagct 400  Q
    || || |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  9850085 tgtattggaaatgtgtgtgccacctcagcaactttttgttggcgtgttgttataatcaccatgcttccgggttttccatcaatgaagggacttactagtt 9849986  T
Q  401 catcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcgaagaaaatcaag 500  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||  |||||||||| | ||||||    
T  9849985 caccccaatcattataattgtcattccacaaatcatccaacacaaacaaaaatcttttctcccttgagtttttctttaacgcaactcgaaggacatcaag 9849886  T
Q  501 attattgct 509  Q
    |||||||||    
T  9849885 attattgct 9849877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 509
Target Start/End: Original strand, 10363221 - 10363729
Alignment:
Q  1 catcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaattgaag 100  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  10363221 catcttttcaagtgagagggaagatattgataactcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttcgcaagttccatatgttgctgttcaaaattgaag 10363320  T
Q  101 tccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttcttgccgatttc 200  Q
    |||||||  ||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  10363321 tccactctgttatgtctacctttgaacggagaagtcctcctagtgttttagcagcaattggcaatcctccacactttcttgcaatcttcctgcctatttc 10363420  T
Q  201 ttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggttctaattta 300  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| | |||||||||    
T  10363421 ttcaagggttgtgtttgtactattgtgaaactcatcatttcccagtgcatgctttgagagtaaagtccaacaatcttcatttgatagaagatctaattta 10363520  T
Q  301 tgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaagggacttactagct 400  Q
    || ||||||||||||||||| ||||| || ||||||| || ||| ||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  10363521 tgtataggaaatgtgtgtgccacctcagctactttttcttggcgcgttgttataatcaccatgcttccaggttttccatcaatgaaggggcttactagtt 10363620  T
Q  401 catcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcgaagaaaatcaag 500  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||| | ||||||    
T  10363621 caccccaatcattataattgtcattccacagatcgtccaacacaaacaaatatcttttctccctcgagattttctttaactcaactcgaaggacatcaag 10363720  T
Q  501 attattgct 509  Q
    |||||||||    
T  10363721 attattgct 10363729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 10528004 - 10527496
Alignment:
Q  1 catcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaattgaag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  10528004 catcttttcaaatgagagggaagatattgataactcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttgataagttccatacgttgctgttcaaaattgaag 10527905  T
Q  101 tccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttcttgccgatttc 200  Q
    |||||||  ||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||  |||| |||||    
T  10527904 tccactctgttatgtctacctttgaacgtagaagtcctcctattgttttagcagctattggcaatcctccatactttcttgcaatctttctgcctatttc 10527805  T
Q  201 ttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggttctaattta 300  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||| || ||||    
T  10527804 ttcaagggttgtgtttgtactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcttcatttgataaaagttttagttta 10527705  T
Q  301 tgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaagggacttactagct 400  Q
    || |||||||||||| |||| ||||| ||||||||| ||| | | ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  10527704 tgtataggaaatgtgcgtgccacctcagcaacttttcgttggtgggttgttataatcaccatacttccaggttttccatcaatgagtggacttactagct 10527605  T
Q  401 catcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcgaagaaaatcaag 500  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||| | ||| |||||||||| | ||||||||| | ||||||    
T  10527604 catcccaatcattgtaattgtcattccatagatcatccaacacaaacaaaaatctcttctcccttgagattttctttaactgaactcgaaggatatcaag 10527505  T
Q  501 attattgct 509  Q
    |||||||||    
T  10527504 attattgct 10527496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 317; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 1 - 509
Target Start/End: Original strand, 10433467 - 10433975
Alignment:
Q  1 catcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaattgaag 100  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  10433467 catcttttcaaacgagagggaagatattgataactcaaatgcaatgcaggaagaatattatcatttgataagttccatacgttgctgttcaaaattgaag 10433566  T
Q  101 tccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttcttgccgatttc 200  Q
    |||||||  |||| |||||  ||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||| | |||| |||||    
T  10433567 tccactctgttatatctacctttgaacgtaaaagtcctcctattgttttagcagcaattggcaatcctccacactttcttgcaatctccctgcctatttc 10433666  T
Q  201 ttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggttctaattta 300  Q
    ||||||| |||||||| || |   ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  10433667 ttcaagggttgtgtttgtattgaggtgaaactcatcactgcccaatgcatgcttcgagagtaaagaccaacaatcttcatttgatagaagttctaattta 10433766  T
Q  301 tgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaagggacttactagct 400  Q
    || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  10433767 tgtataggaaatgtgtgtgccacctcagcaactttttgttggcgcgttgttataatcaccatgcttccgggttttccatcaatgaagggacttactagtt 10433866  T
Q  401 catcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcgaagaaaatcaag 500  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||| ||||| | ||||||    
T  10433867 caccccaatcattataattgtcattccacagatcgtccaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagtttttctttaactcaacacgaaggacatcaag 10433966  T
Q  501 attattgct 509  Q
    |||||||||    
T  10433967 attattgct 10433975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 314; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 1 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 10664172 - 10663671
Alignment:
Q  1 catcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaattgaag 100  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||  | |||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  10664172 catctcttcaaatgagagggaagatattgataactcaaatgcaatgcaggaagaatattatcattgcgcaagttccatatgttgctgttcaaaattgaag 10664073  T
Q  101 tccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttcttgccgatttc 200  Q
    |||||||  ||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||  ||||    
T  10664072 tccactctgttatgtctacctttgaacgtagaagtcctcctaatgttttagcagctattggcaatcctccacactttcttgcaatcttcctgcctgtttc 10663973  T
Q  201 ttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggttctaattta 300  Q
    ||||||| ||||||||  ||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  10663972 ttcaagggttgtgtttgaactatggtgaaactcgtcgcttcccaatgcatgctttgaaagtaaggaccaacaatcttcatttgatagaagttctaattta 10663873  T
Q  301 tgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaagggacttactagct 400  Q
    || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  10663872 tgtataggaaatgtgtgtgccacctcagcaactttttgttcgcgcgttgttataatcaccatgcttccaggttttccatcaatgaagggacttgctagtt 10663773  T
Q  401 catcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcgaagaaaatcaag 500  Q
    ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||| | ||||||    
T  10663772 cactccaatcattataattgtcattccacagatcatcgaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagattttctttaactcaactcgaaggacatcaag 10663673  T
Q  501 at 502  Q
    ||    
T  10663672 at 10663671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 1 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 10196319 - 10195811
Alignment:
Q  1 catcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaattgaag 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||    
T  10196319 catcttttcaaatgacagggaagatattgataactcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttgataagttccatatgtcgctgttcaaaattgaag 10196220  T
Q  101 tccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttcttgccgatttc 200  Q
    |||||||  |||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||  ||| ||| |    
T  10196219 tccactctgttatttctacctttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcaatcctccacacttccttgcaatcttcaggccaattgc 10196120  T
Q  201 ttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggttctaattta 300  Q
    ||||||| |||||||| |||||| | |||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||| |||||||||||    
T  10196119 ttcaagggttgtgtttgtactatggggaaacttatcattgcccaatgcatgctttgagagtaaagtccaacaatcttcatttgacagaagttctaattta 10196020  T
Q  301 tgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaagggacttactagct 400  Q
    || ||||||||||||||||| ||||| || ||||||| || ||| ||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  10196019 tgtataggaaatgtgtgtgccacctcagctactttttcttggcgcgttgttataatcaccatgcttccaggttttccatcaatgaagggacttactagtg 10195920  T
Q  401 catcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcgaagaaaatcaag 500  Q
    ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||| |||| | | ||||    
T  10195919 caatccaatcattataattgtcattccacagatcatccaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagtttttctttaactcaacttgaaggacaccaag 10195820  T
Q  501 attattgct 509  Q
    || ||||||    
T  10195819 atcattgct 10195811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 297; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 1 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 10089436 - 10088928
Alignment:
Q  1 catcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaattgaag 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||    
T  10089436 catcttttcaaatgacagggaagatattgataactcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttgataagttccatatgtcgctgttcaaaattgaag 10089337  T
Q  101 tccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttcttgccgatttc 200  Q
    |||||||  |||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||  ||| ||| |    
T  10089336 tccactctgttatttctacctttgaacgtagaagtcctcctagtgttttggcagctattggcaatcctccacacttccttgcaatcttccggccaattgc 10089237  T
Q  201 ttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggttctaattta 300  Q
    ||||||| |||||||| |||||| | |||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||| |||||||||||    
T  10089236 ttcaagggttgtgtttgtactatggggaaacttatcattgcccaatgcatgctttgagagtaaagtccaacaatcttcatttgacagaagttctaattta 10089137  T
Q  301 tgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaagggacttactagct 400  Q
    || ||||||||||||||||| ||||| || ||||||| || ||| ||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  10089136 tgtataggaaatgtgtgtgccacctcagctactttttcttggcgcgttgttataatcaccatgcttccaggttttccatcaatgaagggacttactagtg 10089037  T
Q  401 catcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcgaagaaaatcaag 500  Q
    ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||| |||| | | ||||    
T  10089036 caatccaatcattataattgtcattccacagatcatccaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagtttttctttaactcaacttgaaggacaccaag 10088937  T
Q  501 attattgct 509  Q
    || ||||||    
T  10088936 atcattgct 10088928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 1 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 10032649 - 10032148
Alignment:
Q  1 catcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaattgaag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||    
T  10032649 catcttttcaaatgagagggaagatattgataactcaaatgcaatgcaggaagaatattatcatttgataagttccatatgtcgctgttcaaaattgaag 10032550  T
Q  101 tccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttcttgccgatttc 200  Q
    |||||||  ||||||||||  ||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||  ||||    
T  10032549 tccactctgttatgtctacctttgaacgtagaagccctccaagtgttttggcagctattggcaatcctccacactttcttgcaatcttcctgcctgtttc 10032450  T
Q  201 ttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggttctaattta 300  Q
    |||||||  ||| |||  | |||  |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| || || |    
T  10032449 ttcaagggctgtatttgcattatgctgaatctcatcactgcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcttcatttgatagaagttttagttca 10032350  T
Q  301 tgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaagggacttactagct 400  Q
    || ||||||||||||  ||| ||||| ||||||||| ||| ||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  10032349 tgtataggaaatgtgcatgccacctcagcaacttttcgttggcgtgttgttataatcaccatgcttccaggttttccatcaatgaagggacttactagtt 10032250  T
Q  401 catcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcgaagaaaatcaag 500  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||| | ||||||    
T  10032249 caccccaatcattataattgtcattccacagatcatccaaaacaaacaaaaatcttttctccctcgagattttctttaactcaactcgaaggacatcaag 10032150  T
Q  501 at 502  Q
    ||    
T  10032149 at 10032148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 1 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 10127574 - 10127066
Alignment:
Q  1 catcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaattgaag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||| ||||| |||| |||||||||||||||    
T  10127574 catcttttcaaatgagagggaagatattgataactcaaatgcaatgcaggaagaatattatcatttcgcaagttccatatgttgttgttcaaaattgaag 10127475  T
Q  101 tccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttcttgccgatttc 200  Q
    |||||||  ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||  ||||    
T  10127474 tccactctgttatgtctacctttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcaatcctccacactttcttgcaatcttcctgcctgtttc 10127375  T
Q  201 ttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggttctaattta 300  Q
    |||||||  ||| ||| || |||  |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||   || || || |    
T  10127374 ttcaagggctgtatttgtattatgctgaatctcatcacttcccaatgcatgctttgatagtaaagaccaacaatcttcatctgatagtacttttagttca 10127275  T
Q  301 tgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaagggacttactagct 400  Q
    || |||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10127274 tgtataggaaatgtgcgtgccacctcagcaactttttgttggcgcgttgttataatcaccatgcttccaggttttccattaatgaagggacttactagct 10127175  T
Q  401 catcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcgaagaaaatcaag 500  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||  |||||||||| | ||||||    
T  10127174 catcccaatcattacaattgtcattccatagatcgtccaacacaaacaaaaatcttttttccctcgagattttctttaacgcaactcgaaggacatcaag 10127075  T
Q  501 attattgct 509  Q
    |||||||||    
T  10127074 attattgct 10127066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 1 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 11769880 - 11769372
Alignment:
Q  1 catcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaattgaag 100  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||   |||| ||||||| ||    
T  11769880 catcttttcaagtgagatggaagatattgataacttaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttgataagttccatatgtcattgtttaaaattgcag 11769781  T
Q  101 tccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttcttgccgatttc 200  Q
    |||||||  |||| |||||  ||||||||||||| ||||||| |||| |||| || ||||||| ||| ||||||||||||||||||||| | || |||||    
T  11769780 tccactctgttatatctacctttgaacgtagaagccctcctattgttatagcggcaattggcaatcctccacactttcttgcaatcttccttcctatttc 11769681  T
Q  201 ttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggttctaattta 300  Q
    ||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||| |    
T  11769680 ttcaagggttgtgtttgtactatggtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcttcatttgatagaagttttaattca 11769581  T
Q  301 tgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaagggacttactagct 400  Q
    || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||| ||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||| | |||||||||||||||| |    
T  11769580 tgtataggaaatgtgtgtgccacctcagcaacttttcgttggcgtgttgttataatcaccatgcttccaggttttccattactgaagggacttactagtt 11769481  T
Q  401 catcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcgaagaaaatcaag 500  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||| || || |||||||||| ||||||||||| | ||||||    
T  11769480 caccccaatcattataattgtcattccacatatcatctaacacaaacaaaaatcttttctccctcaagtttttctttaactcaactcgaaggatatcaag 11769381  T
Q  501 attattgct 509  Q
    |||||||||    
T  11769380 attattgct 11769372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 1 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 10261344 - 10260838
Alignment:
Q  1 catcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaattgaag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||    
T  10261344 catcttttcaaatgagagggaagatattgataactcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttgataagttccatatgtcgctgttcaaaattgaag 10261245  T
Q  101 tccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttcttgccgatttc 200  Q
    |||||||  ||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||  ||||    
T  10261244 tccactctgttatgtctacctttgaacgtagaagtcctccaagtgttttggcagctattggcaatcctccacactttcttgcaatcttcctgcctgtttc 10261145  T
Q  201 ttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggttctaattta 300  Q
    |||||||  ||| ||| || |||  |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||| ||| || || |    
T  10261144 ttcaagggctgtatttgtattatgctgaatctcatcactgcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacagtcttcattcgatagaagttttagttca 10261045  T
Q  301 tgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaagggacttactagct 400  Q
    || ||||||||||||  ||| ||||| |||||||||||||  || ||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |    
T  10261044 tgtataggaaatgtgcatgccacctcagcaactttttgttgccgcgttgttataatcaccatgcttccaggttttccatcaacgaaggggcttactagtt 10260945  T
Q  401 catcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcgaagaaaatcaag 500  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||| |  |||||    
T  10260944 caccccaatcattataattgtcattccacagatcgtccaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagattttctttaactcaactcgaaggatgtcaag 10260845  T
Q  501 attattg 507  Q
    |||||||    
T  10260844 attattg 10260838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 1 - 509
Target Start/End: Original strand, 10375268 - 10375776
Alignment:
Q  1 catcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaattgaag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||| |||||  |||||||||||||| || |    
T  10375268 catcttttcaaatgagagggaagatattgataactcaaatgcaaagcaggaagaatgtaatcattaggtaagttccatacattgctgttcaaaatggatg 10375367  T
Q  101 tccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttcttgccgatttc 200  Q
    |||||||  |||  |||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  10375368 tccactctgttacatctacctttgaacgtagaagtcctcctattgttttagcagctattggcaatcctccacactttcttgcaatcttcctgcctatttc 10375467  T
Q  201 ttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggttctaattta 300  Q
    ||||||| ||||||||  ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||| ||| || || |    
T  10375468 ttcaagggttgtgtttgaactatggtgaaactcatcactacccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacagtcttcattcgatagaagttttagttca 10375567  T
Q  301 tgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaagggacttactagct 400  Q
    || ||||||||||||  ||||||||  ||||||||| ||| ||| ||||||| ||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  10375568 tgtataggaaatgtgcatgctaccttagcaacttttcgttggcgcgttgttataatcaccatgcttccgggttttccatcaatgaagggacttactagtt 10375667  T
Q  401 catcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcgaagaaaatcaag 500  Q
    || ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| | ||  ||||||||||  |||||||||| | ||||||    
T  10375668 caccccaatcataataattgtcattccacaaatcatccaacacaaacaaaaatcttttctcccttgattttttctttaacgcaactcgaaggacatcaag 10375767  T
Q  501 attattgct 509  Q
    |||||||||    
T  10375768 attattgct 10375776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 1 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 10581256 - 10580739
Alignment:
Q  1 catcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaattgaa- 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||| ||||| | |||||||||||||||||     
T  10581256 catcttttcaaatgagagggaagatattgataactcaaatgcaatgcaggaagaatattatcatttcgcaagttccatatgctgctgttcaaaattgaaa 10581157  T
Q  100 --------gtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttctt 191  Q
            |||||||   ||||||||||  ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||| |    
T  10581156 aaattgaagtccactttgttatgtctacctttgaagggagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcaatcccccacaccttcttgcaatcttcct 10581057  T
Q  192 gccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggt 291  Q
    ||| ||||||||||||  ||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  10581056 gccaatttcttcaagggctgtatttgtactatggtgaaactcatcacttcccaatgcatagtttgagagtaaagaccaacaatcttcatttgatagaggt 10580957  T
Q  292 tctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaagggac 391  Q
    ||||| ||||| | || |||  ||||||| | || || ||||||||||| ||| ||||||| ||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||    
T  10580956 tctaaattatgtacagcaaacatgtgtgccatctttgtaactttttgttggcgcgttgttataatcaccatgcttccaggttttccattaatgaagggac 10580857  T
Q  392 ttactagctcatcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcgaag 491  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||| ||||| |||||    
T  10580856 ttactagctcatcccaatcattacaattgtcattccacagatcatccaacacaaacaaaaatcttttctcccttgagattttctttaactcaacacgaag 10580757  T
Q  492 aaaatcaagattattgct 509  Q
     | |||||||||||||||    
T  10580756 gacatcaagattattgct 10580739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 275; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 5 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 10077911 - 10077409
Alignment:
Q  5 ttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaattgaagtcca 104  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||  || || ||||||||||  |||||    
T  10077911 ttttcaaatgagagggaagacattgataactcaaatgcaaagcaggaagaattttatcatttggtaagttccatacattactattcaaaattgttgtcca 10077812  T
Q  105 ctcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttcttgccgatttcttca 204  Q
    |||  |||| |||||  |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  10077811 ctctattatatctacctttgaacctagaagtcctcctattgttttagcagctattggcaatcctccacactttcttgcaatcttcctgcctatttcttca 10077712  T
Q  205 aggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggttctaatttatgaa 304  Q
    ||| ||| |||| |||||| |||||||||| ||  || ||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||| |||| |    
T  10077711 agggttgagtttgtactatggtgaaactcaccaactctcaatgcatgctttgaaagtaaataccaacaatcttcatttgataaaggttctaatatatgta 10077612  T
Q  305 taggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaagggacttactagctcatc 404  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| | |||||| | ||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  10077611 taggaaatgtgcgtgccacctctgcaactttttgttggcgtgttgttataatcaccatgcttccatgctttccatcaatgaagggacttacaagttcatc 10077512  T
Q  405 ccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcgaagaaaatcaagatta 504  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||| ||| ||||| |||| ||||| ||||||||||| | |||||||| |    
T  10077511 ccaatcactataattgtcattccacatatcatctaacacaaacaaaaatcttttatccctcgagtttttttttaactcaactcgaaggacatcaagatca 10077412  T
Q  505 ttg 507  Q
    |||    
T  10077411 ttg 10077409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 5 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 10184884 - 10184380
Alignment:
Q  5 ttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaattgaagtcca 104  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||  ||||| ||||||||||  |||||    
T  10184884 ttttcaaatgagagggaagacattgataactcaaatgcaaagtaggaagaattttatcatttggtaagttccatacattgctattcaaaattgttgtcca 10184785  T
Q  105 ctcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttcttgccgatttcttca 204  Q
    |||  |||| |||||  | |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  10184784 ctctattatatctaccttcgaacctagaagtcctcctattgttttagcagctattggcaatcctccacactttcttgcaatcttcctgcctatttcttca 10184685  T
Q  205 aggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggttctaatttatgaa 304  Q
    | | ||| |||| || ||  |||||||||| ||  || ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||| || || ||| |    
T  10184684 aaggttgagtttctagtacggtgaaactcaccaactctcaatgcatgctttgagagtaacgaccaacaatcttcatttgatagaagttttagttcatgta 10184585  T
Q  305 taggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaagggacttactagctcatc 404  Q
    |||||||||||||||| ||||| || ||||||| || ||| ||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10184584 taggaaatgtgtgtgccacctcagctactttttcttggcgcgttgttataatcaccatgcttccaggttttccatcaatgaagggacttactagctcatc 10184485  T
Q  405 ccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcgaagaaaatcaagatta 504  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| | ||   ||||||||| ||||||||||| | ||||||||||    
T  10184484 ccaatcatcataactgtcattccacagatcatccaatacaaacaaaaatcttttctcccttgaatgtttctttaactcaactcgaaggacatcaagatta 10184385  T
Q  505 ttgct 509  Q
    |||||    
T  10184384 ttgct 10184380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 505
Target Start/End: Original strand, 11781405 - 11781909
Alignment:
Q  1 catcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaattgaag 100  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||  ||||||||| |||||| |||||  |||||||| | ||||||||    
T  11781405 catcttttcaaatgagaaggaagatattgataactcaaatgcaaagcaggcaaaactttatcatttcgtaagttccatatattgctgttgagaattgaag 11781504  T
Q  101 tccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttcttgccgatttc 200  Q
    ||||||| |||    ||||  ||||||| | ||||||||| ||||| || ||||||||||||| ||| ||||| ||| | ||||||||| |||| || ||    
T  11781505 tccactccttttcaactacctttgaacgcataagtcctccaagtgtcttggcagctattggcaatccaccacattttttagcaatcttcctgccaatctc 11781604  T
Q  201 ttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggttctaattta 300  Q
    ||| ||| ||| || |||||     | | | || | ||| || |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||  |    
T  11781605 ttctaggtttgggtatttacggcgatcacagtccttactaccaaatgcatgtttcgagagtaaagaccaacaatcttcatgagatagaggttctaatgca 11781704  T
Q  301 tgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaagggacttactagct 400  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||  ||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||    
T  11781705 tgaataggaaatgtgtgtgccacctctgcaactttttgttggcgagttgttataatcaccgaacttccaggttttccatcattgagtggacttactagct 11781804  T
Q  401 catcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcgaagaaaatcaag 500  Q
    ||  ||||||||| ||||  |||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||| ||||| | || || |||||||||||||| | ||||||    
T  11781805 caagccaatcattgtaatcatcattccacaaatcatctaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagttctttttcaattcaactcgaaggatatcaag 11781904  T
Q  501 attat 505  Q
    |||||    
T  11781905 attat 11781909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 10518131 - 10517627
Alignment:
Q  1 catcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaattgaag 100  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| ||||||||| |||||| ||||| ||||||||| | ||||||||    
T  10518131 catcttttcaaatgagaaggaagatattgataactcaaatgcaaagcaggcaaaattttatcatttcgtaagttccatatgttgctgtttagaattgaag 10518032  T
Q  101 tccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttcttgccgatttc 200  Q
     |||||| |||    ||||  ||||||| | ||||||||| |||||||| ||||||||||| |  || ||||| ||| | ||||||||| |||| || ||    
T  10518031 accactccttttcaactacctttgaacgcataagtcctccaagtgttttggcagctattggtaacccaccacattttttagcaatcttcctgccaatctc 10517932  T
Q  201 ttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggttctaattta 300  Q
    ||||||  ||| || |||||| |  | |   || | ||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||      
T  10517931 ttcaagatttgggtatttactgtgatcactgtccttactaccaaatgcatgttttgagagtaaagaccaacaatcttcatgagatagaggttctaattcc 10517832  T
Q  301 tgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaagggacttactagct 400  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||  ||| || |||||||||||| |||  ||||||||||| |    
T  10517831 tgaataggaaatgtgtgtgccacctctgcaactttttgttggcgcgttgttataatcaccgaactcccgggttttccatcattgagtggacttactagtt 10517732  T
Q  401 catcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcgaagaaaatcaag 500  Q
    ||  ||||||||| ||||  |||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||| ||||| | || || |||||||||||||| | ||||||    
T  10517731 caagccaatcattgtaatcatcattccacaaatcatctaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagttctttttcaattcaactcgaaggatatcaag 10517632  T
Q  501 attat 505  Q
    |||||    
T  10517631 attat 10517627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 163; E-Value: 8e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 13171677 - 13171171
Alignment:
Q  1 catcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaattgaag 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| || | | |||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||| ||  || || | ||||| ||    
T  13171677 catcttttcaaatgtgagggaagatattgataacttagacgcaaagcaggtaaaatattatcatttggtaagttccatatgtcactatttagaattgcag 13171578  T
Q  101 tccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttcttgccgatttc 200  Q
    ||||||| |||   |||||  ||||||| | || |||||| |||||||||| |||||| |||| ||| ||||||||| | ||||||||  | || |||||    
T  13171577 tccactcttttgcatctacctttgaacgcaaaattcctccgagtgttttaggagctatgggcaatccaccacactttttggcaatctttctaccaatttc 13171478  T
Q  201 ttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggttctaattta 300  Q
    ||| ||  ||| ||  || |||    ||   || |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||| |||     
T  13171477 ttctagatttgggtactttctacctcgacggtcttcacttccgaatgcatgctttgaaagtaacgaccaacagtcatcatctgatagaggatctactttg 13171378  T
Q  301 tgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaagggacttactagct 400  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| |  |||||| ||||||| | ||| || | ||| || ||| |||||| ||    
T  13171377 tgaataggaaacgtgtgtgcaacctccgcaactttttgttggcgtgttgtgatgatcaccatacttcccgttttgccgttaatcaatggagttactaact 13171278  T
Q  401 catcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcgaagaaaatcaag 500  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||| || || |||  || |||||||||||||||||||||||    
T  13171277 catcccaatcattataactatcattccacagatcgtccagcactaacaaaaatcttttatccctcaagttttgattcaattcaactcgaagaaaatcaag 13171178  T
Q  501 attattg 507  Q
    |||||||    
T  13171177 attattg 13171171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 163; E-Value: 8e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 13333550 - 13333044
Alignment:
Q  1 catcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaattgaag 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| || | | |||||||||| | |||  ||||||||||||||| ||||| ||  || || | ||||| ||    
T  13333550 catcttttcaaatgtgagggaagatattgataacttagacgcaaagcaggtaaaattgtatcatttggtaagttccatatgtcactatttagaattgcag 13333451  T
Q  101 tccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttcttgccgatttc 200  Q
    ||||||| |||   |||||  ||||||| | || |||||| ||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| | ||||||||  | || |||||    
T  13333450 tccactcttttgcatctacctttgaacgcaaaattcctccgagtgttttagcagctatgggcaatccaccacactttttggcaatctttctaccaatttc 13333351  T
Q  201 ttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggttctaattta 300  Q
    ||| ||  ||| ||  || |||    ||   || |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||| |||     
T  13333350 ttctagatttgggtactttctacctcgacggtcttcacttccgaatgcatgctttgaaagtaacgaccaacagtcatcatctgatagaggatctactttg 13333251  T
Q  301 tgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaagggacttactagct 400  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| |  ||||||||||||||   ||| || | ||| |  ||| |||||| ||    
T  13333250 tgaataggaaacgtgtgtgcaacctccgcaactttttgttggcgtgttgtgatgatcaccctacttccttttttgccgttaatcagtggagttactaact 13333151  T
Q  401 catcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcgaagaaaatcaag 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||| ||| || || |||| || |||||||||||||||||||||||    
T  13333150 catcccaatcattataattgtcattccacaggtcatccaacactaacaaaaatcttttatccctcaagtttttattcaattcaactcgaagaaaatcaag 13333051  T
Q  501 attattg 507  Q
    |||||||    
T  13333050 attattg 13333044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 163; E-Value: 8e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 13344735 - 13344229
Alignment:
Q  1 catcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaattgaag 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| || | | | |||||||| | |||||||||||||||||||| ||||| ||  || || | ||||| ||    
T  13344735 catcttttcaaatgtgagggaagatattgataacttagacgtaaagcaggtaaaatattatcatttggtaagttccatatgtcactatttagaattgcag 13344636  T
Q  101 tccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttcttgccgatttc 200  Q
    ||||||| |||   |||||  ||||||| | || |||||| ||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| | ||||||||  | || |||||    
T  13344635 tccactcttttgcatctacctttgaacgcaaaattcctccgagtgttttagcagctatgggcaatccaccacactttttggcaatctttctaccaatttc 13344536  T
Q  201 ttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggttctaattta 300  Q
    ||| ||  ||| ||  || |||    ||   || |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||| |||     
T  13344535 ttctagatttgggtactttctacctcgacggtcttcacttccgaatgcatgctttgaaagtaacgaccaacagtcatcatctgatagaggatctactttg 13344436  T
Q  301 tgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaagggacttactagct 400  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| |  |||||| ||||||| | ||| || | ||| || ||| |||||| ||    
T  13344435 tgaataggaaacgtgtgtgcaacctccgcaactttttgttggcgtgttgtgatgatcaccatacttcccgttttgccgttaatcaatggagttactaact 13344336  T
Q  401 catcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcgaagaaaatcaag 500  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||| || || |||  || |||||||||||||||||||||||    
T  13344335 catcccaatcattataactatcattccacagatcgtccagcactaacaaaaatcttttatccctcaagttttgattcaattcaactcgaagaaaatcaag 13344236  T
Q  501 attattg 507  Q
    |||||||    
T  13344235 attattg 13344229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 10672328 - 10672127
Alignment:
Q  1 catcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaattgaag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||  |||| ||||||||||||||||||||    
T  10672328 catcttttcaaatgagagggaagatattgataactcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttcgcaagtttcatatgttgctgttcaaaattgaag 10672229  T
Q  101 tccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttcttgccgatttc 200  Q
    |||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  10672228 tccactcagttatgtctacctttgaacgtagaagtcctcctattgttttagcagctattggcaatcctccacactttcttgcaatcttcctgcctatttc 10672129  T
Q  201 tt 202  Q
    ||    
T  10672128 tt 10672127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 8861932 - 8861426
Alignment:
Q  1 catcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaattgaag 100  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||| | |||| ||||| | || ||| ||||||||||||| |||||  ||| ||||||||| |  ||    
T  8861932 catcttttcaattgggagggaagatattgataactcagaagcaatgcaggtaaaacattgtcatttggtaagttccatattttgttgttcaaaacttcag 8861833  T
Q  101 tccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttcttgccgatttc 200  Q
    ||||||| ||    |||    | ||||| |  | |||||| |||||||| |||||||| ||||  ||  |||||||||||||||||||  | || ||| |    
T  8861832 tccactctttggcatctcttttcgaacgcaatactcctccaagtgtttttgcagctatgggcaacccagcacactttcttgcaatctttctaccaattgc 8861733  T
Q  201 ttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggttctaattta 300  Q
    ||| ||| ||| |  |||| | |    ||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||| |||| |  ||||||||||    
T  8861732 ttctaggtttgagcatttattgtcacaaaagttttcacttccaaatgcatgctttgagagtaaagaccatgtatcttcattagataaaacttctaattta 8861633  T
Q  301 tgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaagggacttactagct 400  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || || ||||| ||||||   ||||||| ||| || ||| |||| || |    
T  8861632 tgaataggaaatgtatgtgcaacctctgcaactttttgttggcgtgttgtgacgatgaccctgcttccactgtttccattaatcaaaggagttacaagtt 8861533  T
Q  401 catcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcgaagaaaatcaag 500  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||| ||  || |  ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  8861532 catcccactcattataattgtcattccataggtcatccaacacaaacaaaaatcttttgtctctcaatgttttctttagttcaactcgaagaaaatcaag 8861433  T
Q  501 attattg 507  Q
    |||||||    
T  8861432 attattg 8861426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 507
Target Start/End: Original strand, 11159440 - 11159946
Alignment:
Q  1 catcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaattgaag 100  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||| | |||| ||||| | || ||| ||||||||||||| |||||  ||| ||||||||| |  ||    
T  11159440 catcttttcaattgggagggaagatattgataactcagaagcaatgcaggtaaaacattgtcatttggtaagttccatattttgttgttcaaaacttcag 11159539  T
Q  101 tccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttcttgccgatttc 200  Q
    ||||||| ||    |||    | ||||| |  | |||||| |||||||| |||||||| ||||  ||  ||||||||||||||||||   | || ||| |    
T  11159540 tccactctttggcatctcttttcgaacgcaatactcctccaagtgtttttgcagctatgggcaacccagcacactttcttgcaatctgtctaccaattgc 11159639  T
Q  201 ttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggttctaattta 300  Q
    ||| ||| ||| |  |||| | |    ||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||| |||| |  ||||||||||    
T  11159640 ttctaggtttgagcctttattgtcacaaaagttttcacttccaaatgcatgctttgagagtaaagaccatgtatcttcattagataaaacttctaattta 11159739  T
Q  301 tgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaagggacttactagct 400  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || || ||||| ||||||   ||||||| ||| || ||| |||| || |    
T  11159740 tgaataggaaatgtatgtgcaacctctgcaactttttgttggcgtgttgtgacgatgaccctgcttccactgtttccattaatcaaaggagttacaagtt 11159839  T
Q  401 catcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcgaagaaaatcaag 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||| ||  || |  ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  11159840 catcccaatcattataattgtcattccaaaggtcatccaacacaaacaaaaatcttttgtcgctcaaagttttctttagttcaactcgaagaaaatcaag 11159939  T
Q  501 attattg 507  Q
    |||||||    
T  11159940 attattg 11159946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 13161626 - 13161118
Alignment:
Q  1 catcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaattgaag 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| || | | |||||||||| | ||||| |||||||||||||| ||||| ||  || || | ||||| |     
T  13161626 catcttttcaaatgtgagggaagatattgataacttagacgcaaagcaggtaaaatatgatcatttggtaagttccatatgtcactatttagaattgtac 13161527  T
Q  101 tccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttcttgccgatttc 200  Q
    ||||||| ||    |||||  ||||||| | || ||| || || |||||||||||||| ||||  || ||||| ||| | || |||||  | || |||||    
T  13161526 tccactctttagcatctacctttgaacgcaaaattccaccgagcgttttagcagctatgggcaacccaccacattttttggcgatctttctaccaatttc 13161427  T
Q  201 ttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggttctaattta 300  Q
    ||| ||  ||| |  |||||||     |    | |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||| |||     
T  13161426 ttccagatttgggcatttactaccaccacggacttcacttccaaatgcatgctttgaaagtaacgaccaacagtcatcatctgatagaggatctactttg 13161327  T
Q  301 tgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaagggacttactagct 400  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| |  |||||||||||||| | ||| || | ||| || ||| |||||| ||    
T  13161326 tgaataggaaacgtgtgtgcaacctccgcaactttttgttggcgtgttgtgatgatcaccctacttcccgttttgccgttaatcaatggagttactaact 13161227  T
Q  401 catcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcgaagaaaatcaag 500  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||| || || |||| || || |||||||||||| |||||||    
T  13161226 catcccaatcattataactatcattccacagatcgtccagcactaacaaaaatcttttatccctcaagtttttattcaactcaactcgaagagaatcaag 13161127  T
Q  501 attattgct 509  Q
    |||||||||    
T  13161126 attattgct 13161118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 13290311 - 13289803
Alignment:
Q  1 catcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaattgaag 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| || | | |||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||| ||  || || | ||||| |     
T  13290311 catcttttcaaatgtgagggaagatattgataacttagacgcaaagcaggtaaaatattatcatttggtaagttccatatgtcactatttagaattgtac 13290212  T
Q  101 tccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttcttgccgatttc 200  Q
    ||||||| ||    |||||  ||||||| | || ||| || || |||||||||||||| ||||  || ||||| ||| | || |||||  | || |||||    
T  13290211 tccactctttagcatctacctttgaacgcaaaattccaccgagcgttttagcagctatgggcaacccaccacattttttggcgatctttctaccaatttc 13290112  T
Q  201 ttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggttctaattta 300  Q
    ||| ||  ||| |  |||||||     |    | |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||| |||     
T  13290111 ttccagatttgggcatttactaccaccacggacttcacttccaaatgcatgctttgaaagtaacgaccaacagtcatcatctgatagaggatctactttg 13290012  T
Q  301 tgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaagggacttactagct 400  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| |  |||||||||||||| | ||| || | ||| || ||| |||||| ||    
T  13290011 tgaataggaaacgtgtgtgcaacctccgcaactttttgttggcgtgttgtgatgatcaccctacttcctgttttgccgttaatcaatggagttactaact 13289912  T
Q  401 catcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcgaagaaaatcaag 500  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||| || || |||  || | ||||||||||||| |||||||    
T  13289911 catcccaatcattataactatcattccacagatcgtccagcaccaacaaaaatcttttatccctcaagttttgattcagttcaactcgaagagaatcaag 13289812  T
Q  501 attattgct 509  Q
    |||||||||    
T  13289811 attattgct 13289803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 235 - 507
Target Start/End: Original strand, 11130683 - 11130955
Alignment:
Q  235 tcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactt 334  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||| |||| |  |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  11130683 tcacttccaaatgcatgctttgagagtaaagaccatgtatcttcattagataaaacttctaatttatgaataggaaatgtatgtgcaacctctgcaactt 11130782  T
Q  335 tttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaagggacttactagctcatcccaatcattataattgtcattccacagatc 434  Q
    |||||| ||||||||| || || ||||| ||||||   ||||||| ||| || ||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  11130783 tttgttggcgtgttgtgacgatgaccctgcttccattgtttccattaatcaaaggagttacaagttcatcccaatcattataattgtcattccataggtc 11130882  T
Q  435 atccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcgaagaaaatcaagattattg 507  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||  || |  ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  11130883 atccaacacaaacaaaaatcttttgtctctcaaagttttcttcagttcaactcgaagaaaatcaagattattg 11130955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 123; E-Value: 6e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 507
Target Start/End: Original strand, 11148277 - 11148783
Alignment:
Q  1 catcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaattgaag 100  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||| | |||| ||||| |  | ||| ||||||||||||| |||||  ||| ||||||||| |  ||    
T  11148277 catcttttcaattgggagggaagatattgataactcagaagcaatgcaggtaacacattgtcatttggtaagttccatattttgttgttcaaaacttcag 11148376  T
Q  101 tccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttcttgccgatttc 200  Q
    ||||||| ||    |||    ||||||| |  | |||||| |||||||| |||||||| ||||  ||  |||||||||||||||||||  | || ||| |    
T  11148377 tccactctttggcatctctttttgaacgcaatactcctccaagtgtttttgcagctatgggcaacccaacacactttcttgcaatctttctaccaattgc 11148476  T
Q  201 ttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggttctaattta 300  Q
    ||| ||| ||| |  |||| | |    ||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||| |||| |  ||||||||||    
T  11148477 ttctaggtttgagcatttattgtcacaaaagttttcacttccaaatgcatgctttgagagtaaagaccatgtatcttcattagataaaacttctaattta 11148576  T
Q  301 tgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaagggacttactagct 400  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || || ||||| ||||||   ||||||| ||| || ||  |||| || |    
T  11148577 tgaataggaaatgtatgtgcaacctctgcaactttttgttggcgtgttgtgacgatgaccctgcttccactgtttccattaatcaaaggtgttacaagtt 11148676  T
Q  401 catcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcgaagaaaatcaag 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||| ||||||||||||||||||  |  || |  ||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  11148677 catcccaatcattataattgtcattccataagtcatccaacacaaacaaaaatcttttggctctcaaagttttcttcagttcaactcgaagaaaatcaag 11148776  T
Q  501 attattg 507  Q
    |||||||    
T  11148777 attattg 11148783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 235 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 10889718 - 10889446
Alignment:
Q  235 tcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactt 334  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||| |||| |  ||||||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||||    
T  10889718 tcacttccaaatgcatgctttgagagtaaagaccatgtatcttcattagataaaacttctaatttgtgaataggatacgtgtgtgcaacctctgcaactt 10889619  T
Q  335 tttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaagggacttactagctcatcccaatcattataattgtcattccacagatc 434  Q
    |||| | ||||||||| |  |  ||||| ||||||   ||||||| ||| || ||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  10889618 tttgctggcgtgttgtgatgacgaccctgcttccactgtttccattaatcaaaggagttacaagttcatcccaatcattataattgtcattccataggtc 10889519  T
Q  435 atccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcgaagaaaatcaagattattg 507  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||  || |  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  10889518 atccaacacaaacaaaaatcttttgtctctcaaagttttctttagttcaactcgaagaaaatctagattattg 10889446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 10501220 - 10500712
Alignment:
Q  1 catcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaattgaag 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||  || | |||  ||||||||  ||||| ||||| || ||| |||| ||||| ||    
T  10501220 catctttttaaatgagagggaagatattgataactcaaatacaaagtgggcaaaattgtatcatttcttaagttccatatgtcgctattcagaattgcag 10501121  T
Q  101 tccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttcttgccgatttc 200  Q
    ||||||| |||    |  |  ||||||| |  |||||||| |||| ||| |||||||| |||| ||| ||||||||||| ||||||||| |||| || ||    
T  10501120 tccactctttttcaaccgcctttgaacgcaatagtcctccaagtgcttttgcagctatcggcaatccaccacactttctagcaatcttcctgccaatctc 10501021  T
Q  201 ttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggttctaattta 300  Q
    ||| ||  ||| || ||||| |     | | || |||   || ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  10501020 ttctagctttgggtatttaccacgaacatagtcttcatcaccaaatgcatgcttcgagagtaaagtccaacaatcatcatcagatagaggttctaattta 10500921  T
Q  301 tgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaagggacttactagct 400  Q
    |||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||  | | ||| | || ||  | | | |||||| ||| || ||    
T  10500920 tgaataggaaatgtgcatgcgacctctgcaactttttgttcgcgtgttgttattatcactttgcctcctgtttctctgttagtcaagggagttattaact 10500821  T
Q  401 catcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcgaagaaaatcaag 500  Q
    ||||||| |||  |||| ||||||||||||  || |||| |||||||||||||||| | ||| || |   |||| |||| |||||| |||| | ||||||    
T  10500820 catcccagtcaacataactgtcattccacatgtcgtccaacacaaacaaaaatcttctatccatcaaatgtttcattaactcaacttgaaggatatcaag 10500721  T
Q  501 attattgct 509  Q
    |||||||||    
T  10500720 attattgct 10500712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 327 - 503
Target Start/End: Original strand, 11153523 - 11153698
Alignment:
Q  327 tgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaagggacttactagctcatcccaatcattataattgtcattc 426  Q
    ||||||||||| || ||||||||| |  ||||| || ||||||  |||||||| ||| || ||| |||| || |||||  |||| |||||||| ||||||    
T  11153523 tgcaactttttcttggcgtgttgtgatgatcactctgcttccactttttccataaatcaatggagttacaagttcatctgaatcgttataattatcattc 11153622  T
Q  427 cacagatcatccagcacaaacaaaaatcttt-tctccttcgagcttttctttaattcaactcgaagaaaatcaagatt 503  Q
    || |  ||||||| |||||  |||||||||| ||||  ||    |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  11153623 cataagtcatccaacacaacaaaaaatctttgtctc--tcagaattttctttaactcaactcgaagaaaatcaagatt 11153698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 94
Target Start/End: Complemental strand, 10889952 - 10889859
Alignment:
Q  1 catcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaa 94  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||| | |||| ||||| | || ||| ||||||||||||| |||||  ||| |||||||||    
T  10889952 catcttttcaattgggagggaagatattgataactcagaagcaatgcaggtaaaacattgtcatttggtaagttccatattttgttgttcaaaa 10889859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #33
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 72
Target Start/End: Original strand, 11246044 - 11246115
Alignment:
Q  1 catcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaag 72  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||| | |||| ||||| |  || |||||||||||||||    
T  11246044 catcttttcaattgagaggaaagatattgatagctcagaagcaatgcaggcaatatgttatcatttggtaag 11246115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #34
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 79
Target Start/End: Original strand, 11130449 - 11130527
Alignment:
Q  1 catcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccata 79  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||| | |||| ||||| |  | ||| ||||||||||||| |||||    
T  11130449 catcttttcaattgggagggaagatattgataactcagaagcaatgcaggtaacacattgtcatttggtaagttccata 11130527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 307; Significance: 1e-173; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 307; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 1 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 26907543 - 26907037
Alignment:
Q  1 catcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaattgaag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||| || | |||||||||||||||    
T  26907543 catcttttcaaatgagagggaaggtattgataactcaaatgcaaagctggaagaatattatcatttcgtaagttccatacgtcgttgttcaaaattgaag 26907444  T
Q  101 tccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttcttgccgatttc 200  Q
    |||||||  ||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  26907443 tccactctgttatgtctacctttgaacgtagaattcctcctagtgttttagcagcaattggcaatcctccacactttcttgcaatcttcctgccaatttc 26907344  T
Q  201 ttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggttctaattta 300  Q
    ||| ||| |||||||  |||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  26907343 ttcgagggttgtgttaatactatggtgaaactctttacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcttcagttgatagaggttctaattta 26907244  T
Q  301 tgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaagggacttactagct 400  Q
    || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||| || |    
T  26907243 tgtataggaaatgtatgtgccacctctgcaactttttgttggcgcgttgttataatcaccatgcttccaggttttccatgaatgaagggacttacaagtt 26907144  T
Q  401 catcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcgaagaaaatcaag 500  Q
    | ||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| | ||| ||||| |||| ||||||||||| | ||||||    
T  26907143 cttcccaatcactataattgtcgttccacaggtcatccaacacaaacaaaaatcttttctcccttgagtttttccttaactcaactcgaaggacatcaag 26907044  T
Q  501 attattg 507  Q
    |||||||    
T  26907043 attattg 26907037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 163; Significance: 8e-87; HSPs: 3)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 8e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 507
Target Start/End: Original strand, 135311 - 135817
Alignment:
Q  1 catcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaattgaag 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| || | | |||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||| ||  || || | ||||| ||    
T  135311 catcttttcaaatgtgagggaagatattgataacttagacgcaaagcaggtaaaatattatcatttggtaagttccatatgtcactatttagaattgcag 135410  T
Q  101 tccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttcttgccgatttc 200  Q
    ||||||| |||   |||||  ||||||| | || |||||| |||||||||| |||||| |||| ||| ||||||||| | ||||||||  | || |||||    
T  135411 tccactcttttgcatctacctttgaacgcaaaattcctccgagtgttttaggagctatgggcaatccaccacactttttggcaatctttctaccaatttc 135510  T
Q  201 ttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggttctaattta 300  Q
    ||| ||  ||| ||  || |||    ||   || |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||| |||     
T  135511 ttctagatttgggtactttctacctcgacggtcttcacttccgaatgcatgctttgaaagtaacgaccaacagtcatcatctgatagaggatctactttg 135610  T
Q  301 tgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaagggacttactagct 400  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| |  |||||| ||||||| | ||| || | ||| || ||| |||||| ||    
T  135611 tgaataggaaacgtgtgtgcaacctccgcaactttttgttggcgtgttgtgatgatcaccatacttcccgttttgccgttaatcaatggagttactaact 135710  T
Q  401 catcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcgaagaaaatcaag 500  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||| || || |||  || |||||||||||||||||||||||    
T  135711 catcccaatcattataactatcattccacagatcgtccagcactaacaaaaatcttttatccctcaagttttgattcaattcaactcgaagaaaatcaag 135810  T
Q  501 attattg 507  Q
    |||||||    
T  135811 attattg 135817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #2
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 507
Target Start/End: Original strand, 145362 - 145868
Alignment:
Q  1 catcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaattgaag 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| || | | |||||||||| | |||  ||||||||||||||| ||||| ||  || || | ||||| ||    
T  145362 catcttttcaaatgtgagggaagatattgataacttagacgcaaagcaggtaaaattgtatcatttggtaagttccatatgtcactatttagaattgcag 145461  T
Q  101 tccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttcttgccgatttc 200  Q
    ||||||| |||   |||||  ||||||| | || |||||| ||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| | ||||||||  | || |||||    
T  145462 tccactcttttgcatctacctttgaacgcaaaattcctccgagtgttttagcagctatgggcaatccaccacactttttggcaatctttctaccaatttc 145561  T
Q  201 ttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggttctaattta 300  Q
    ||| ||  ||| ||  || |||    ||   || |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||| |||     
T  145562 ttctagatttgggtactttctacctcgacggtcttcacttccgaatgcatgctttgaaagtaacgaccaacagtcatcatctgatagaggatctactttg 145661  T
Q  301 tgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaagggacttactagct 400  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| |  |||||| ||||||| | ||| || | ||| || ||| |||||| ||    
T  145662 tgaataggaaacgtgtgtgcaacctccgcaactttttgttggcgtgttgtgatgatcaccatacttcccgttttgccgttaatcaatggagttactaact 145761  T
Q  401 catcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcgaagaaaatcaag 500  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||| || || |||  || |||||||||||||||||||||||    
T  145762 catcccaatcattataactatcattccacagatcgtccagcactaacaaaaatcttttatccctcaagttttgattcaattcaactcgaagaaaatcaag 145861  T
Q  501 attattg 507  Q
    |||||||    
T  145862 attattg 145868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 5e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 350
Target Start/End: Original strand, 153667 - 154016
Alignment:
Q  1 catcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaattgaag 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| || | | |||||||||| | |||  ||||||||||||||| ||||| ||  || || | ||||| ||    
T  153667 catcttttcaaatgtgagggaagatattgataacttagacgcaaagcaggtaaaattgtatcatttggtaagttccatatgtcactatttagaattgcag 153766  T
Q  101 tccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttcttgccgatttc 200  Q
    ||||||| |||   |||||  ||||||| | || |||||| ||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| | ||||||||  | || |||||    
T  153767 tccactcttttgcatctacctttgaacgcaaaattcctccgagtgttttagcagctatgggcaatccaccacactttttggcaatctttctaccaatttc 153866  T
Q  201 ttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggttctaattta 300  Q
    ||| ||  ||| ||  || |||    ||   || |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||| |||     
T  153867 ttctagatttgggtactttctacctcgacggtcttcacttccgaatgcatgctttgaaagtaacgaccaacagtcatcatctgatagaggatctactttg 153966  T
Q  301 tgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgt 350  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  153967 tgaataggaaacgtgtgtgcaacctccgcaactttttgttggcgtgttgt 154016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 161; Significance: 1e-85; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 5 - 505
Target Start/End: Original strand, 31679160 - 31679660
Alignment:
Q  5 ttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaattgaagtcca 104  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||| ||||| |||| |||||||||||| || | ||||| ||   |||| ||||||| | ||||    
T  31679160 ttttcaaatgagaaggaagatattgataactcaaaagcaaggcagggagaacattatcatttggaaaattccatatgtcattgtttaaaattgcactcca 31679259  T
Q  105 ctcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttcttgccgatttcttca 204  Q
    ||| ||    || ||  |||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||| | || ||| ||||     
T  31679260 ctctttcgcatccacttttgagcgtagaagtcctccaagtgttttggcagctattggcaatccgcaacacttttttgcaatcttcctaccaattgcttct 31679359  T
Q  205 aggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggttctaatttatgaa 304  Q
    ||| ||| || |||||       ||  || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||  |    
T  31679360 aggcttgggtatttacggccacaaagttcttcacttccaaatgcatgctttgagagtaaagaccagcaatcatcatctgatagaggttctaatttataga 31679459  T
Q  305 taggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaagggacttactagctcatc 404  Q
    ||||||| || || |  | ||| |||||||||| ||  |||||||| | ||||||||||||||||| || |||||||||||||||| | ||||| | ||     
T  31679460 taggaaaggtatgggtgaactcggcaactttttattgacgtgttgtgataatcaccctacttccagattctccatcaatgaagggagtgactagatgatg 31679559  T
Q  405 ccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcgaagaaaatcaagatta 504  Q
    ||||||||||||  | ||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||  ||||| || ||| ||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  31679560 ccaatcattatagctatcattccacatgtcatccaacacaaacaaaaatctttttcccttcaagttttgctttaatttgactcgaagaaaatcaagatta 31679659  T
Q  505 t 505  Q
    |    
T  31679660 t 31679660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 157; Significance: 3e-83; HSPs: 1)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Original strand, 57834 - 58126
Alignment:
Q  1 catcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaa------ 94  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||| | ||||||||||||          
T  57834 catcttttcaaatgagagggaagatattgataactcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttcgcaagttccatatgctgctgttcaaaattgaaa 57933  T
Q  95 ---ttgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttctt 191  Q
       ||||||||||||   ||||||||||  ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||| |    
T  57934 aaattgaagtccactatgttatgtctacctttgaaaggagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcaatcccccacaccttcttgcaatcttcct 58033  T
Q  192 gccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttga 284  Q
    ||| ||||||||||||  ||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  58034 gccaatttcttcaagggctgtatttgtactatggtgaaactcatcacttcccaatgcatagtttgagagtaaagaccaacaatcttcatttga 58126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 121; Significance: 9e-62; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 9e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 11485684 - 11485176
Alignment:
Q  1 catcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaattgaag 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || ||  ||||||||  ||||| ||||| || ||| | || ||||| ||    
T  11485684 catctttttaaatgagagggaagatattgataactcaaatgcaaagctggcaggattgtatcattttttaagttccatatgtcgctatgcagaattgtag 11485585  T
Q  101 tccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttcttgccgatttc 200  Q
    ||||||| |||    ||||  ||||| | |  |||||||| |||| ||| ||||| ||||||| ||| ||||||||||| ||||||||| |||| || ||    
T  11485584 tccactccttttcaactacctttgaatgcattagtcctccaagtgcttttgcagcaattggcaatccaccacactttctagcaatcttcctgccaatctc 11485485  T
Q  201 ttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggttctaattta 300  Q
    ||| ||| ||| || |||||      |||| || ||||  || ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||    
T  11485484 ttctaggtttgggtatttaccccgaagaaattcttcaccgccaaatgcatgcttcgagagtaaagaccaacaatcttcatcagatagaggttctaattta 11485385  T
Q  301 tgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaagggacttactagct 400  Q
    ||||||||||||| |  ||| |||||||||||||| | || |||||||||||  |||||| | ||| ||| || ||||| ||| |||||| ||| || |     
T  11485384 tgaataggaaatgcgcatgcgacctctgcaactttctcttcgcgtgttgttatgatcaccttgcttacagtttctccattaatcaagggagttattaacc 11485285  T
Q  401 catcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcgaagaaaatcaag 500  Q
     ||||||||||  ||||||||| ||||| |  || |||| ||||||||||| |||| | |||||| |    ||| ||||||||||| |||| | ||||||    
T  11485284 gatcccaatcaagataattgtcgttccatatgtcgtccaacacaaacaaaattcttctatccttcaaatgcttcattaattcaacttgaaggatatcaag 11485185  T
Q  501 attattgct 509  Q
    |||||||||    
T  11485184 attattgct 11485176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 8e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 352
Target Start/End: Original strand, 44957112 - 44957462
Alignment:
Q  1 catcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaattgaag 100  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||  |||||||| || ||| ||||| || ||| |||| ||||||||    
T  44957112 catcttttcaaatgagaaggaagatattgataactcaaatgcaaagcaggcaaaattgtatcatttcgttagttccatatgtcgctattcagaattgaag 44957211  T
Q  101 tccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttcttgccgatttc 200  Q
    ||||||| |||    |||   ||||||| | ||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| ||||| ||| | ||||||||| |||| || ||    
T  44957212 tccactccttttcaactatctttgaacgcataagtcctcccagtgttttggcagctattggcaatccaccacattttttagcaatcttcctgccaatctc 44957311  T
Q  201 ttcaaggattgtgtttttactattgtgaa-ac--tcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggttctaat 297  Q
    ||| ||| ||| || ||  ||    |||| ||  || || ||  | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||    
T  44957312 ttctaggtttgggtattacct----tgaacacggtcttcgctgtcaaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcttcatcagatagaggttctaat 44957407  T
Q  298 ttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgtta 352  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||  ||||||||||    
T  44957408 ttatgaatcggaaatgtgtgtgcaacctctgcaacgttttgttcacgtgttgtta 44957462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 405 - 505
Target Start/End: Original strand, 44957515 - 44957615
Alignment:
Q  405 ccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcgaagaaaatcaagatta 504  Q
    ||||||  |||||||||||||||| |  || |||| |||||||||||||||| | ||| || |   |||| ||||||||||| |||| | ||||||||||    
T  44957515 ccaatcgatataattgtcattccatatgtcgtccaacacaaacaaaaatcttctatccatcaaatgtttcattaattcaacttgaaggatatcaagatta 44957614  T
Q  505 t 505  Q
    |    
T  44957615 t 44957615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 109; Significance: 1e-54; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 5 - 505
Target Start/End: Original strand, 17852350 - 17852850
Alignment:
Q  5 ttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaattgaagtcca 104  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||| |||| | |||||  | ||| |||| ||||| ||||||    
T  17852350 ttttcaaatgagacggaagatattgataactcaaatgcaaagccgggagaattttatcattttgtaattgccatatatcgctattcagaattgcagtcca 17852449  T
Q  105 ctcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttcttgccgatttcttca 204  Q
    |||||||   |||||  | || || |  ||||| || |||| ||| |||||||||||||  ||  |||||||||| |  |||||| |||| ||| ||||     
T  17852450 ctcattttcatctaccttcgagcgcattagtccaccgagtgctttggcagctattggcaagccatcacactttctagatatcttcctgccaattgcttct 17852549  T
Q  205 aggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggttctaatttatgaa 304  Q
    |   ||| || |||||| |    ||  || |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||    
T  17852550 aaatttgagtatttactgtgaccaaggtcttcacctccaaatgcatgctttgagagcaaagaccaacaatcttcatcggatataggttctaatttatgaa 17852649  T
Q  305 taggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaagggacttactagctcatc 404  Q
    | ||||||||| |||| ||||| |||||||||| |  |||||||||||  || ||| | ||||||| |||||| | ||  |||||| |||||||||||      
T  17852650 ttggaaatgtgcgtgcaacctccgcaactttttttaggcgtgttgttatgatgaccttgcttccagcttttcccttaaacaagggagttactagctcact 17852749  T
Q  405 ccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcgaagaaaatcaagatta 504  Q
    |||||||   |||||||||||||| |  || |||| |||||||||||||||| | ||| || |   |||| ||||||||||||| || | ||||||||||    
T  17852750 ccaatcaacgtaattgtcattccataagtcgtccaacacaaacaaaaatcttctatccatcaattgtttcattaattcaactcggaggatatcaagatta 17852849  T
Q  505 t 505  Q
    |    
T  17852850 t 17852850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 90; Significance: 3e-43; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 826548 - 826100
Alignment:
Q  1 catcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaattgaag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||| |||||||||| ||||| |||| |||||||| || ||||| |||||||||||| |||   |    
T  826548 catcttttcaaatgagagggaaggtatagataactcaaaagcaaagcaggcagaatgttattatttggtatgttccatatgttgctgttcaagatttcgg 826449  T
Q  101 tccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttcttgccgatttc 200  Q
    ||||||| |||   | ||   |||| |  | ||| |||||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||| || ||| |    
T  826448 tccactcctttgcatttaactttgagctcaaaagccctcctagcgttttggcagctattggcaatccaccacacttttttgcaatcttcttcccaattgc 826349  T
Q  201 ttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggttctaattta 300  Q
    ||| | | ||| || |||| | |         || ||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||  || |  ||||||||||| ||||||    
T  826348 ttctaaggttgggtatttaatgt---------caccacttccaaatgcatacttggagagtaaagaccaacaatgttcgtccgatagaggttccaattta 826258  T
Q  301 tgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaagggacttactagct 400  Q
    ||||||||| | || ||||| |||||||||||| |||  | ||||||||| |  |||||||||||||||   ||||||| ||  || |||   | ||| |    
T  826257 tgaataggatacgtatgtgcaacctctgcaactctttcgtagcgtgttgtgatgatcaccctacttccacaatttccattaaccaatggagcaattagat 826158  T
Q  401 catcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatctttt 458  Q
    ||| ||| ||||||||| | |||||||| |   |||||| ||||||||||||||||||    
T  826157 catgccagtcattataactatcattccataagccatccaacacaaacaaaaatctttt 826100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000005; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 421 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 29836869 - 29836783
Alignment:
Q  421 tcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcgaagaaaatcaagattattg 507  Q
    |||||||| | ||||||||  |||| |||||||||||| |  ||| |  ||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  29836869 tcattccaaacatcatccaatacaatcaaaaatcttttgttgttcaaatttttcttcaattcaactcgaagaagatcaaggttattg 29836783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University