View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17275_high_15 (Length: 423)

Name: NF17275_high_15
Description: NF17275
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17275_high_15
NF17275_high_15
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (91-415)||(12250199-12250523)
chr2 (1-50)||(12250522-12250571)
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (98-415)||(42125378-42125695)
chr5 (97-415)||(42130603-42130921)
chr5 (98-415)||(41711694-41712011)
chr5 (19-414)||(34238683-34239081)
chr5 (32-346)||(42118846-42119175)
chr5 (19-346)||(34230628-34230970)
chr5 (98-346)||(41569924-41570172)
chr5 (4-57)||(42125742-42125795)
chr5 (105-181)||(41446233-41446309)
chr5 (4-67)||(42130954-42131017)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (98-414)||(25520930-25521246)
chr6 (4-73)||(25520821-25520890)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (98-415)||(8524833-8525150)
chr3 (4-73)||(8525199-8525268)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (100-346)||(11120221-11120467)
chr4 (4-67)||(11120518-11120581)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 280; Significance: 1e-156; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 280; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 91 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 12250523 - 12250199
Alignment:
Q  91 tctgaataaaacagcaacatggcaaaatgggaccgattgctgctcgtggcatggtgtcacatgtgacacaatctatggtcatgtgattggcctcgacctt 190  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12250523 tctgaataaaacagcaacatggcaaaatgggactgattgctgctcatggcatggtgtcacatgtgacacaatctatggtcatgtgattggcctcgacctt 12250424  T
Q  191 ggcgatgaaggccttgatggtatattacaacctaatagtacccttttcgatcttgctcatctccaaacactcaacctttcttccaatgatttctcaaact 290  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12250423 ggcgatgaaggccttgatggtatattacaacctaatagtacccttttcgatcttgctcatctccaaacactcaacctttcttccaatgatttctcaaact 12250324  T
Q  291 cccattttcattctaagtttggtggattctttagtcttacacatcttgacttgtctaattcnnnnnnnaaaggtgaagttccaactcaaatctcacacct 390  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12250323 cccattttcattctaagtttggtggattctttaatcttacacatcttgacttgtctaatagtttctttaaaggtgaagttccaactcaaatctcacacct 12250224  T
Q  391 taccaaattagaatcacttcatctc 415  Q
    | |||||||||||||||||||||||    
T  12250223 ttccaaattagaatcacttcatctc 12250199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 50
Target Start/End: Complemental strand, 12250571 - 12250522
Alignment:
Q  1 ttattctttcaatttttcatgtcatcaagacgagagctctgctctgcttc 50  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  12250571 ttattctttcaatttttcatgtcatcatgacgagagctctgctctgcttc 12250522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 129; Significance: 1e-66; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 98 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 42125695 - 42125378
Alignment:
Q  98 aaaacagcaacatggcaaaatgggaccgattgctgctcgtggcatggtgtcacatgtgacacaatctatggtcatgtgattggcctcgaccttggcgatg 197  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||| ||||| || |||  | |||| |||||||||||| | ||||||  ||    
T  42125695 aaaacagcaacatggaaaaatgggactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgtgataccatcactcgtcacgtgattggcctcaatcttggctgtg 42125596  T
Q  198 aaggccttgatggtatattacaacctaatagtacccttttcgatcttgctcatctccaaacactcaacctttcttccaatgatttctcaaactcccattt 297  Q
    |||||||| | |||| | |||| ||||| |||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||  |||| |||||    
T  42125595 aaggccttcaaggtaaactacatcctaacagtacccttttcaatcttgttcatcttcaaacactcaacctttctaacaatgatttctcttactctcattt 42125496  T
Q  298 tcattctaagtttggtggattctttagtcttacacatcttgacttgtctaattcnnnnnnnaaaggtgaagttccaactcaaatctcacaccttaccaaa 397  Q
    |||||||||||||||||| ||  | |||||| |||||||||||||||||  |         ||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||    
T  42125495 tcattctaagtttggtgggtttatgagtcttgcacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaattcaaatctcacacctttccaaa 42125396  T
Q  398 ttagaatcacttcatctc 415  Q
    ||| ||||||||||||||    
T  42125395 ttacaatcacttcatctc 42125378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 8e-65
Query Start/End: Original strand, 97 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 42130921 - 42130603
Alignment:
Q  97 taaaacagcaacatggcaaaatgggaccgattgctgctcgtggcatggtgtcacatgtgacacaatctatggtcatgtgattggcctcgaccttggcgat 196  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||| |||| ||||| ||||||||| ||| |||||| ||||||| |||| ||||||||  |    
T  42130921 taaaacagcaacatggaaaaatgggactgattgctgctcatggaatggcgtcacgtgtgacacagtctctggtcacgtgattgacctcaaccttggctgt 42130822  T
Q  197 gaaggccttgatggtatattacaacctaatagtacccttttcgatcttgctcatctccaaacactcaacctttcttccaatgatttctcaaactcccatt 296  Q
    |||||||||   |||| |||  | |||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||   |||| ||||    
T  42130821 gaaggccttacaggtacattcaatcctaatagtaccctttttcatcttgttcatctccaaacactcaacctttcttacaatgatttctttgactctcatt 42130722  T
Q  297 ttcattctaagtttggtggattctttagtcttacacatcttgacttgtctaattcnnnnnnnaaaggtgaagttccaactcaaatctcacaccttaccaa 396  Q
    |||||| ||||||| |||||||    |||||||||||||||||||||||| ||          |||||||| |||||||||||||||| |||||  ||||    
T  42130721 ttcattataagttttgtggatttcagagtcttacacatcttgacttgtctgatagtaacttagaaggtgaaattccaactcaaatctctcacctatccaa 42130622  T
Q  397 attagaatcacttcatctc 415  Q
    |||| ||||||||||||||    
T  42130621 attacaatcacttcatctc 42130603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 98 - 415
Target Start/End: Original strand, 41711694 - 41712011
Alignment:
Q  98 aaaacagcaacatggcaaaatgggaccgattgctgctcgtggcatggtgtcacatgtgacacaatctatggtcatgtgattggcctcgaccttggcgatg 197  Q
    |||||| |||||||| |||||| ||| ||||| ||||| ||||  |||||||||||||||||  |||||||||  ||| |||||||| ||||||||  ||    
T  41711694 aaaacaacaacatggaaaaatgagactgattgttgctcatggcccggtgtcacatgtgacaccgtctatggtcgcgtggttggcctcaaccttggctgtg 41711793  T
Q  198 aaggccttgatggtatattacaacctaatagtacccttttcgatcttgctcatctccaaacactcaacctttcttccaatgatttctcaaactcccattt 297  Q
    | |||||| | |||||||| || ||||||| ||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||    
T  41711794 atggccttcaaggtatattccatcctaataatactcttttccatcttgttcatctccaaacactcaacctttcttacaatgatttctcttactcccattt 41711893  T
Q  298 tcattctaagtttggtggattctttagtcttacacatcttgacttgtctaattcnnnnnnnaaaggtgaagttccaactcaaatctcacaccttaccaaa 397  Q
    |||||||||||||||| | || || |||||| ||||||||||| ||||| ||          |||||||| |||||| |||||||||||||||  |||||    
T  41711894 tcattctaagtttggtcggtttttgagtcttgcacatcttgacatgtcttatagttactttgaaggtgaaattccaattcaaatctcacacctctccaaa 41711993  T
Q  398 ttagaatcacttcatctc 415  Q
    ||| ||||||||||||||    
T  41711994 ttacaatcacttcatctc 41712011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 19 - 414
Target Start/End: Original strand, 34238683 - 34239081
Alignment:
Q  19 atgtcatcaagacgagagctctgctctgcttcagttcaagtcctccttcgctataggcgatagttatg---aatctctgaataaaacagcaacatggcaa 115  Q
    ||||||||| || ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    |  || ||   ||||||  |  ||||||||||||||| ||    
T  34238683 atgtcatcatgatgagagctttgctttgcttcagttcaagtcctccttcactatagatactccttgtgttaaatctcctatgaaaacagcaacatggaaa 34238782  T
Q  116 aatgggaccgattgctgctcgtggcatggtgtcacatgtgacacaatctatggtcatgtgattggcctcgaccttggcgatgaaggccttgatggtatat 215  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||  | | |||||| || ||||||||  |||||||   ||||||| || | ||||||     
T  34238783 aatgggactgattgctgctcatggcatggtgtcacgtgtgacaccgtatctggtcacgtcattggccttaaccttggttgtgaaggctttcaaggtatac 34238882  T
Q  216 tacaacctaatagtacccttttcgatcttgctcatctccaaacactcaacctttcttccaatgatttctcaaactcccattttcattctaagtttggtgg 315  Q
    | || |||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||     ||| ||||| |||||||||||||  |    
T  34238883 tccatcctaatagtacccttttcaatattgttcatctccaaacactcaacctttctaacaatggtttctatggttcctattttgattctaagtttggcag 34238982  T
Q  316 attctttagtcttacacatcttgacttgtctaattcnnnnnnnaaaggtgaagttccaactcaaatctcacaccttaccaaattagaatcacttcatct 414  Q
     ||    ||||||||||||||||||||||||||| |          |||||| ||||  ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||    
T  34238983 gtttacgagtcttacacatcttgacttgtctaatactcatgttggcggtgaaattccttctcaaatctcatacctttccaaattacaatcacttcatct 34239081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 32 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 42119175 - 42118846
Alignment:
Q  32 gagagctctgctctgcttcagttcaagtcctccttcgctataggcg------------atagttatgaatctctgaataaaacagcaacatggcaaaatg 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |            ||| || | || ||| || |||||| ||||||||| ||||||    
T  42119175 gagagctctgctctgcttcagttcaagtcctccttcactatagaagatattacttattatatttttaaacctccgagtaaaactgcaacatggaaaaatg 42119076  T
Q  120 ggaccgattgctgc---tcgtggcatggtgtcacatgtgacacaatctatggtcatgtgattggcctcgaccttggcgatgaaggccttgatggtatatt 216  Q
    |||| |||||||||   || |||||||||||| | |||| || | ||| |||||| |||||||| ||| ||||||||  | || |||||  ||||| |||    
T  42119075 ggactgattgctgctcatcatggcatggtgtcgcgtgtgtcagagtctctggtcacgtgattggtctcaaccttggcttttaacgccttactggtaaatt 42118976  T
Q  217 acaacctaatagtacccttttcgatcttgctcatctccaaacactcaacctttcttccaatgatttctcaaactcccattttcattctaagtttggtgga 316  Q
    ||| ||||| | |||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||| | |||||| |||||||    || | |||||||||||||||||||||     
T  42118975 acatcctaacaatacccttttccatcttgttcatctccaaacactaaaccttgcatccaataatttctccgcttctcgttttcattctaagtttggtggt 42118876  T
Q  317 ttctttagtcttacacatcttgacttgtct 346  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||    
T  42118875 tttttgagtcttacacatcttgacttgtct 42118846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 19 - 346
Target Start/End: Original strand, 34230628 - 34230970
Alignment:
Q  19 atgtcatcaagacgagagctctgctctgcttcagttcaagtcctccttcgctataggcgatagttatg---aatctctgaataaaacagcaacatggcaa 115  Q
    ||||||||| || ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    |  || ||   ||||||  |  ||||||||||||||| ||    
T  34230628 atgtcatcatgatgagagctttgctttgcttcagttcaagtcctccttcactatagatactccttgtgttaaatctcctatgaaaacagcaacatggaaa 34230727  T
Q  116 aatgggaccgattgctgctcgtggcatggtgtcacatgtgacacaatctatggtcatgtgattggcctcgaccttggcgatgaaggccttgatggtatat 215  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||  | | |||||| || ||||||||  ||||||||  ||||||| || | ||||||     
T  34230728 aatgggactgattgctgctcatggcatggtgtcacgtgtgacaccgtatctggtcacgtcattggccttaaccttggctgtgaaggctttcaaggtatac 34230827  T
Q  216 tacaacctaatagtacccttttcgatcttgctcatctccaaacactcaacctttcttccaatgatttctcaaa------------ctcccattttcattc 303  Q
    | || |||||||||||||||||| |||||||||| || ||||  |||||||||||   |||| ||||||| ||            |||||||||||||||    
T  34230828 tccatcctaatagtacccttttccatcttgctcaccttcaaatgctcaacctttcgaacaattatttctctaacgatttctctggctcccattttcattc 34230927  T
Q  304 taagtttggtggattctttagtcttacacatcttgacttgtct 346  Q
    ||||||||| || ||  | |||||||||||||| |||||||||    
T  34230928 taagtttggcgggtttatgagtcttacacatctcgacttgtct 34230970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 98 - 346
Target Start/End: Original strand, 41569924 - 41570172
Alignment:
Q  98 aaaacagcaacatggcaaaatgggaccgattgctgctcgtggcatggtgtcacatgtgacacaatctatggtcatgtgattggcctcgaccttggcgatg 197  Q
    |||||| |||||||| ||| || |||  |||| || || |||||||||||||| || ||| |  ||| |||||  |||||||| ||||||||||||  ||    
T  41569924 aaaacatcaacatggaaaattgagacaaattgttgttcatggcatggtgtcacgtgcgacgctgtctctggtcgcgtgattggtctcgaccttggctgtg 41570023  T
Q  198 aaggccttgatggtatattacaacctaatagtacccttttcgatcttgctcatctccaaacactcaacctttcttccaatgatttctcaaactcccattt 297  Q
    || ||||| | |||| | |  | ||||| |  || |||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||  |||||| ||||    
T  41570024 aatgccttcaaggtaaaatttatcctaacaacactctttttcatcttgctcatctccaatcactcaacctttctcacaatgatttcttcaactccaattt 41570123  T
Q  298 tcattctaagtttggtggattctttagtcttacacatcttgacttgtct 346  Q
     |||||| |||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||    
T  41570124 gcattctcagtttggtggatttaagagtcttacacatcttgacttgtct 41570172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 4 - 57
Target Start/End: Complemental strand, 42125795 - 42125742
Alignment:
Q  4 ttctttcaatttttcatgtcatcaagacgagagctctgctctgcttcagttcaa 57  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||    
T  42125795 ttctttcaatttttcatgtcatcatgatgagagctctgctttgcttcagttcaa 42125742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 105 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 41446309 - 41446233
Alignment:
Q  105 caacatggcaaaatgggaccgattgctgctcgtggcatggtgtcacatgtgacacaatctatggtcatgtgattggc 181  Q
    |||||||||||||||| || ||||| ||||| |||| ||||||||| ||||||||||| | |||||| || ||||||    
T  41446309 caacatggcaaaatggtacagattgttgctcatggcttggtgtcacctgtgacacaatttctggtcacgtaattggc 41446233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 4 - 67
Target Start/End: Complemental strand, 42131017 - 42130954
Alignment:
Q  4 ttctttcaatttttcatgtcatcaagacgagagctctgctctgcttcagttcaagtcctccttc 67  Q
    |||||||||||||||||| |||||  | || ||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  42131017 ttctttcaatttttcatgccatcataatgacagctctgctttgcttcagttcaagtcatccttc 42130954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 120; Significance: 3e-61; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 98 - 414
Target Start/End: Original strand, 25520930 - 25521246
Alignment:
Q  98 aaaacagcaacatggcaaaatgggaccgattgctgctcgtggcatggtgtcacatgtgacacaatctatggtcatgtgattggcctcgaccttggcgatg 197  Q
    ||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |  | |||||  |||||||||||| ||||||||  ||    
T  25520930 aaaacagcaacatggaaatatgggactgattgctgctcatggcatggtgtcacatgcgacaccacttttggtcgcgtgattggcctcaaccttggctgtg 25521029  T
Q  198 aaggccttgatggtatattacaacctaatagtacccttttcgatcttgctcatctccaaacactcaacctttcttccaatgatttctcaaactcccattt 297  Q
    |||||||  | |||||||| || ||||||||||| |||||| ||||||||||| | |||| |||||||||||||| |||||||||| |   |||||||||    
T  25521030 aaggcctccaaggtatattccatcctaatagtactcttttccatcttgctcatattcaaaaactcaacctttcttacaatgatttcactggctcccattt 25521129  T
Q  298 tcattctaagtttggtggattctttagtcttacacatcttgacttgtctaattcnnnnnnnaaaggtgaagttccaactcaaatctcacaccttaccaaa 397  Q
    |||| ||||||||||||| ||    ||||||||||||||| ||||||||  |         |||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  25521130 tcatgctaagtttggtgggtttcagagtcttacacatctttacttgtctggtagtttctttaaaggtaaaattccaactcaaatctcacacctttccaaa 25521229  T
Q  398 ttagaatcacttcatct 414  Q
    ||| |||||||||||||    
T  25521230 ttacaatcacttcatct 25521246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 4 - 73
Target Start/End: Original strand, 25520821 - 25520890
Alignment:
Q  4 ttctttcaatttttcatgtcatcaagacgagagctctgctctgcttcagttcaagtcctccttcgctata 73  Q
    |||||||||||||||||| ||||  || ||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||    
T  25520821 ttctttcaatttttcatgccatcgtgatgagagctctgctctgcttcagtttaaatcctccttcactata 25520890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 105; Significance: 3e-52; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 98 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 8525150 - 8524833
Alignment:
Q  98 aaaacagcaacatggcaaaatgggaccgattgctgctcgtggcatggtgtcacatgtgacacaatctatggtcatgtgattggcctcgaccttggcgatg 197  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||  ||||||||||| ||| |||||||||| |||||||| |||  |||||| |||||||||||| ||||||||  ||    
T  8525150 aaaacagcaacatggaaaaatgagattgattgctgctcatgggatggtgtcacgtgtgacaccatcagtggtcacgtgattggcctcaaccttggctgtg 8525051  T
Q  198 aaggccttgatggtatattacaacctaatagtacccttttcgatcttgctcatctccaaacactcaacctttcttccaatgatttctcaaactcccattt 297  Q
    |||| ||| | || ||| |  | ||||| |||||||||||| |||||||| || | |||| |||||||||| ||  ||||||||||||   |||  ||||    
T  8525050 aaggtcttcaaggcatactcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaaccttgctaacaatgatttctctggctcttattt 8524951  T
Q  298 tcattctaagtttggtggattctttagtcttacacatcttgacttgtctaattcnnnnnnnaaaggtgaagttccaactcaaatctcacaccttaccaaa 397  Q
    |||||| ||||||||||| || || ||||| |||||||||||||||||| ||         ||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||    
T  8524950 tcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcatagttaccttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaa 8524851  T
Q  398 ttagaatcacttcatctc 415  Q
    ||| ||||||||||||||    
T  8524850 ttacaatcacttcatctc 8524833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 4 - 73
Target Start/End: Complemental strand, 8525268 - 8525199
Alignment:
Q  4 ttctttcaatttttcatgtcatcaagacgagagctctgctctgcttcagttcaagtcctccttcgctata 73  Q
    ||||||||||||||| || |||||  | |||||||||||| ||||||| |||||||| |||||| |||||    
T  8525268 ttctttcaatttttcttgccatcattatgagagctctgctttgcttcatttcaagtcatccttcactata 8525199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 91; Significance: 6e-44; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 100 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 11120467 - 11120221
Alignment:
Q  100 aacagcaacatggcaaaatgggaccgattgctgctcgtggcatggtgtcacatgtgacacaatctatggtcatgtgattggcctcgaccttggcgatgaa 199  Q
    |||| |||||||| |||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||| || ||||| |||| |||||  |||||||||||| | ||||||  ||||    
T  11120467 aacaacaacatggaaaaatgggactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgcgacaccatctctggtcgcgtgattggcctcaatcttggctgtgaa 11120368  T
Q  200 ggccttgatggtatattacaacctaatagtacccttttcgatcttgctcatctccaaacactcaacctttcttccaatgatttctcaaactcccattttc 299  Q
    || ||| | || |||||||| || ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||   | |||| |||||||   ||| | |||||    
T  11120367 ggtcttcaaggcatattacatccgaatagtacccttttccatcttgttcatctccaaacactcaaccttgtatacaataatttctccggctctcgttttc 11120268  T
Q  300 attctaagtttggtggattctttagtcttacacatcttgacttgtct 346  Q
    |||||||||||||||| ||    ||||||||||||||| ||||||||    
T  11120267 attctaagtttggtgggtttcagagtcttacacatctttacttgtct 11120221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 4 - 67
Target Start/End: Complemental strand, 11120581 - 11120518
Alignment:
Q  4 ttctttcaatttttcatgtcatcaagacgagagctctgctctgcttcagttcaagtcctccttc 67  Q
    |||||||||||||||||| ||||| || ||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||    
T  11120581 ttctttcaatttttcatgccatcacgatgagagctttgctttgcttcagttcgagtcctccttc 11120518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University