View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17275_low_10 (Length: 530)

Name: NF17275_low_10
Description: NF17275
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17275_low_10
NF17275_low_10
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (16-516)||(3042604-3043104)
chr8 (16-511)||(3055429-3055924)
chr8 (24-511)||(3034567-3035054)
chr8 (16-312)||(25125170-25125466)
chr8 (16-511)||(3063367-3063862)
chr8 (16-463)||(3071045-3071489)
chr8 (172-511)||(3067559-3067898)
chr8 (168-492)||(3040439-3040763)
chr8 (297-511)||(3065767-3065978)
chr8 (25-114)||(3040794-3040883)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 501; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 501; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 3043104 - 3042604
Alignment:
Q  16 atcacctaacctgaaaatagccacagaacaatagcaatcttccatacaaactttcatacattgatcttcagtaaaaggcttttgaagcacagaatctgac 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3043104 atcacctaacctgaaaatagccacagaacaatagcaatcttccatacaaactttcatacattgatcttcagtaaaaggcttttgaagcacagaatctgac 3043005  T
Q  116 atagaccaatcaacgtcaatcaaagtctcaaactcatagagatcatttctgtttttacttagttcatcttctgcacatccttgcatgaagtttggctcgc 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3043004 atagaccaatcaacgtcaatcaaagtctcaaactcatagagatcatttctgtttttacttagttcatcttctgcacatccttgcatgaagtttggctcgc 3042905  T
Q  216 aagtaccaagtggatcatcggcatcaaccagtgagtaactttttggacactgacatgttggtcacttatcaactcccaaagtgcagaagctattatatcc 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3042904 aagtaccaagtggatcatcggcatcaaccagtgagtaactttttggacactgacatgttggtcacttatcaactcccaaagtgcagaagctattatatcc 3042805  T
Q  316 acaaacaccactacctgcactgacagtataagtacatatattatcaggcttagaccacacagtggtccaaccttcaccatcaattgaattcttcggatgc 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3042804 acaaacaccactacctgcactgacagtataagtacatatattatcaggcttagaccacacagtggtccaaccttcaccatcaattgaattcttcggatgc 3042705  T
Q  416 ttgtaaactgcgaacacaccatcaaaattaagagttgctctaagataataaagcgtggtagagactttactctcttcttctgacacattgtatttcgtat 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3042704 ttgtaaactgcgaacacaccatcaaaattaagagttgctctaagataataaagcgtggtagagactttactctcttcttctgacacattgtatttcgtat 3042605  T
Q  516 t 516  Q
    |    
T  3042604 t 3042604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 16 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 3055924 - 3055429
Alignment:
Q  16 atcacctaacctgaaaatagccacagaacaatagcaatcttccatacaaactttcatacattgatcttcagtaaaaggcttttgaagcacagaatctgac 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3055924 atcacctaacctgaaaatagccacagaacaaaagcaatcttccatacaagctttcatacattgatcttcagtaaaaggcttttgaagcacagaatctgac 3055825  T
Q  116 atagaccaatcaacgtcaatcaaagtctcaaactcatagagatcatttctgtttttacttagttcatcttctgcacatccttgcatgaagtttggctcgc 215  Q
    |||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||    
T  3055824 ataggccaatcaatgtcagtcaaagtctcaaactcatagagatcatttctgtttttacttagttcatcttctgcacatccttgtatgaagtctggcttgc 3055725  T
Q  216 aagtaccaagtggatcatcggcatcaaccagtgagtaactttttggacactgacatgttggtcacttatcaactcccaaagtgcagaagctattatatcc 315  Q
    |  |||||||||||||||| | ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3055724 agctaccaagtggatcatcaggatcaaccagtgagtatcgttttggacactgacatgttggtctcttatcaactcccaaagtgcagaagctattatatcc 3055625  T
Q  316 acaaacaccactacctgcactgacagtataagtacatatattatcaggcttagaccacacagtggtccaaccttcaccatcaattgaattcttcggatgc 415  Q
    |||||||||||| ||| || |  || ||||| |||||||||||||||| |||||||||||  |||||||| | ||||  ||| |||||||||| |||| |    
T  3055624 acaaacaccactcccttcattagcaatataattacatatattatcaggtttagaccacactatggtccaaacatcactctcagttgaattcttgggatac 3055525  T
Q  416 ttgtaaactgcgaacacaccatcaaaattaagagttgctctaagataataaagcgtggtagagactttactctcttcttctgacacattgtatttc 511  Q
    ||||||| || |||||| |||||||||||||||||||| |||| |||| |    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  3055524 ttgtaaagtgtgaacactccatcaaaattaagagttgccctaacataaaattcagtggtagagactttactctcttgctctgacacattgtatttc 3055429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 24 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 3035054 - 3034567
Alignment:
Q  24 acctgaaaatagccacagaacaatagcaatcttccatacaaactttcatacattgatcttcagtaaaaggcttttgaagcacagaatctgacatagacca 123  Q
    ||||||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||  || | ||||||| | |||| |||||||||||||||||||| |||||||   || |||    
T  3035054 acctgaaaatagccacataacacatgcaatcttccatacaagattccttacattgtttttcattaaaaggcttttgaagcacaaaatctgagtaaggcca 3034955  T
Q  124 atcaacgtcaatcaaagtctcaaactcatagagatcatttctgtttttacttagttcatcttctgcacatccttgcatgaagtttggctcgcaagtacca 223  Q
    ||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||  |||||    
T  3034954 atcaatgtcagtcatagtctcaaactcatagagatcatttctgtttttacttggttcatcttctgcacatccttgtatgaagtctggcttgcagctacca 3034855  T
Q  224 agtggatcatcggcatcaaccagtgagtaactttttggacactgacatgttggtcacttatcaactcccaaagtgcagaagctattatatccacaaacac 323  Q
    | |||||| || | ||||||||| ||||| | |||||||||||||||| | |||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  3034854 aatggatcttcaggatcaaccagcgagtatcgttttggacactgacatttcggtctcttatcaacttccaaagtgcataagctattatatccacaaacac 3034755  T
Q  324 cactacctgcactgacagtataagtacatatattatcaggcttagaccacacagtggtccaaccttcaccatcaattgaattcttcggatgcttgtaaac 423  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3034754 cactacctgcactaacaatataagtacatatattatcaggcttagaccacactgtggtccaaccttcaccatcaattgaattcttcggatgcttgtaaac 3034655  T
Q  424 tgcgaacacaccatcaaaattaagagttgctctaagataataaagcgtggtagagactttactctcttcttctgacacattgtatttc 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  3034654 tgcgaacacaccatcaaaattaagagttgctctaagataataaagagtggtagagactttactctcttgctctgacacattgtatttc 3034567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 16 - 312
Target Start/End: Original strand, 25125170 - 25125466
Alignment:
Q  16 atcacctaacctgaaaatagccacagaacaatagcaatcttccatacaaactttcatacattgatcttcagtaaaaggcttttgaagcacagaatctgac 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25125170 atcacctaacctgaaaatagccacagaacagaagcaatcttccatacactctttcatacattgttcttcagtaaaaggcttttgaagcacagaatctgac 25125269  T
Q  116 atagaccaatcaacgtcaatcaaagtctcaaactcatagagatcatttctgtttttacttagttcatcttctgcacatccttgcatgaagtttggctcgc 215  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||    
T  25125270 atagaccaatcaacggcaatcaaagtctcaaactcatagagatcatttctgtttttacttagttcatcttctccacatccttgcatgaagtcttgctcgc 25125369  T
Q  216 aagtaccaagtggatcatcggcatcaaccagtgagtaactttttggacactgacatgttggtcacttatcaactcccaaagtgcagaagctattata 312  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25125370 aagtaccaagtggatcatcgggatcaaccagtgagtaactttttggacactgacatgttggtctcttatcaactcccaaagtgcagaagctattata 25125466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 16 - 511
Target Start/End: Original strand, 3063367 - 3063862
Alignment:
Q  16 atcacctaacctgaaaatagccacagaacaatagcaatcttccatacaaactttcatacattgatcttcagtaaaaggcttttgaagcacagaatctgac 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||  |||| |||| || ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||     
T  3063367 atcacctaacctgaaaatagccacagaacacaagcaatcatccatacaagatttcctacactgttcttcagtaaaaggcctttgaagcacataatctgat 3063466  T
Q  116 atagaccaatcaacgtcaatcaaagtctcaaactcatagagatcatttctgtttttacttagttcatcttctgcacatccttgcatgaagtttggctcgc 215  Q
    | || |||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||| |||||||||| | ||| | ||||| ||    
T  3063467 agaggccaatcagtgtcaatcaaaatctcaaactcatagagatcatttctctttttacttggatcatcttctccacatccttggacgaaatctggcttgc 3063566  T
Q  216 aagtaccaagtggatcatcggcatcaaccagtgagtaactttttggacactgacatgttggtcacttatcaactcccaaagtgcagaagctattatatcc 315  Q
    |  | |||  ||||||||  | ||||| |||||||||   |||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3063567 agctgccatatggatcattaggatcaatcagtgagtactgttttggacactgacattttggtctcttatcatctcccaaagtgcagaagctattatatcc 3063666  T
Q  316 acaaacaccactacctgcactgacagtataagtacatatattatcaggcttagaccacacagtggtccaaccttcaccatcaattgaattcttcggatgc 415  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   ||||||||||| || ||||||||||||||||  | | ||||| |||| ||||||    
T  3063667 acaaacaccactacctgcactaacagtataagtacatatattaaagggcttagaccatactgtggtccaaccttcactcttagttgaactcttaggatgc 3063766  T
Q  416 ttgtaaactgcgaacacaccatcaaaattaagagttgctctaagataataaagcgtggtagagactttactctcttcttctgacacattgtatttc 511  Q
    ||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |  | ||||| ||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  3063767 ttgtaaagtgtgaacactccatcaaaattaagagttgctctaagataaaattgtgtggtcgagacgttactctcttcttcgaacacattgtatttc 3063862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 16 - 463
Target Start/End: Original strand, 3071045 - 3071489
Alignment:
Q  16 atcacctaacctgaaaatagccacagaacaatagcaatcttccatacaaactttcatacattgatcttcagtaaaaggcttttgaagcacagaatctgac 115  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||   |||||||||||||| | ||||| ||||||| || || |||||| || || ||||||| | ||||||     
T  3071045 atcacctaacctccaaatagccacagaacacatgcaatcttccatactagctttcctacattgttcatctgtaaaacgcgttagaagcacggcatctgat 3071144  T
Q  116 atagaccaatcaacgtcaatcaaagtctcaaactcatagagatcatttctgtttttacttagttcatcttctgcacatccttgcatgaagtttggctcgc 215  Q
    | || |||||||  |||| |||||  || ||||||||| ||||| ||| |   ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| | ||||| ||    
T  3071145 agaggccaatcagtgtcattcaaaacctgaaactcatatagatcctttgt---tttactttgttcatcttctgcacatccttgtatgaaatctggcttgc 3071241  T
Q  216 aagtaccaagtggatcatcggcatcaaccagtgagtaactttttggacactgacatgttggtcacttatcaactcccaaagtgcagaagctattatatcc 315  Q
    |  ||||| |||||||||| | ||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||    
T  3071242 agctaccatgtggatcatcaggatcaagcagtgagtaacgttttggacaccgacatgttggtctcttatcatctcccaaagtgcagatggtattatatcc 3071341  T
Q  316 acaaacaccactacctgcactgacagtataagtacatatattatcaggcttagaccacacagtggtccaaccttcaccatcaattgaattcttcggatgc 415  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||| ||||   ||||||||| | ||| | ||||||||| || ||||||  | ||| |||| |||| ||||| ||||||    
T  3071342 acaaacaccactacctgaactaacaatatattgacatatatttttaggatgagaccacactgtagtccaatttccactatcagttgagttctttggatgc 3071441  T
Q  416 ttgtaaactgcgaacacaccatcaaaattaagagttgctctaagataa 463  Q
    ||| ||  ||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3071442 ttgaaaggtgaaaacactccatcaaaattaagagttgctctaagataa 3071489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 172 - 511
Target Start/End: Original strand, 3067559 - 3067898
Alignment:
Q  172 acttagttcatcttctgcacatccttgcatgaagtttggctcgcaagtaccaagtggatcatcggcatcaaccagtgagtaactttttggacactgacat 271  Q
    ||||||||||||||||||| |||| || |||| || ||||| |||  |||||| |||||| || | ||| |||||||||||||||||| ||||| ||| |    
T  3067559 acttagttcatcttctgcatatccatgtatgaggtctggcttgcagctaccaaatggatcgtcaggatccaccagtgagtaactttttcgacaccgacgt 3067658  T
Q  272 gttggtcacttatcaactcccaaagtgcagaagctattatatccacaaacaccactacctgcactgacagtataagtacatatattatcaggcttagacc 371  Q
    ||||| | |||||   |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    |   |  ||||  ||||||||| ||||||| |||||    
T  3067659 gttggcctcttattctctcccaaagtgcagtagctattatatccacaaacaccactacctaatttaggaaaataatgacatatattttcaggctgagacc 3067758  T
Q  372 acacagtggtccaaccttcaccatcaattgaattcttcggatgcttgtaaactgcgaacacaccatcaaaattaagagttgctctaagataataaagcgt 471  Q
    ||||  | ||||||||| ||| |||| ||||| |||| ||||||||   || || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||   ||    
T  3067759 acactatagtccaacctccactatcagttgaactctttggatgcttaagaagtgtgaacactccatcaaaattaagagttgctctaagataaaaattagt 3067858  T
Q  472 ggtagagactttactctcttcttctgacacattgtatttc 511  Q
     || |||||||||  || ||||| |||||||| |||||||    
T  3067859 agtggagactttaaccttttcttttgacacatagtatttc 3067898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 168 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 3040763 - 3040439
Alignment:
Q  168 ttttacttagttcatcttctgcacatccttgcatgaagtttggctcgcaagtaccaagtggatcatcggcatcaaccagtgagtaactttttggacactg 267  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| | ||| | ||||| |||  |||||   ||||  || | |||||| ||||||||||| | ||||||| |    
T  3040763 ttttacatagttcatcttctgcacatccttgtacgaaatctggcttgcagctaccataaggatagtcaggatcaactagtgagtaactatctggacaccg 3040664  T
Q  268 acatgttggtcacttatcaactcccaaagtgcagaagctattatatccacaaacaccactacctgcactgacagtataagtacatatattatcaggctta 367  Q
    | ||| ||||| | ||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| || | |||  ||||  |||||||||   ||| | |    
T  3040663 aaatgctggtctcgtatcatctcccaaagtgcatatgctattatatccacaaacaccactaccttcagtaacaaaataatgacatatatttcgaggatga 3040564  T
Q  368 gaccacacagtggtccaaccttcaccatcaattgaattcttcggatgcttgtaaactgcgaacacaccatcaaaattaagagttgctctaagataataaa 467  Q
    |||||||| || ||||||  | ||  |||| |||||||||||||||||||| ||| ||  ||||| |||||||||||||  ||||||||||||||| ||     
T  3040563 gaccacactgtagtccaatttccaatatcagttgaattcttcggatgcttgaaaagtgaaaacactccatcaaaattaattgttgctctaagataaaaat 3040464  T
Q  468 gcgtggtagagactttactctcttc 492  Q
      || || |||||||||||||||||    
T  3040463 cagttgtggagactttactctcttc 3040439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 297 - 511
Target Start/End: Original strand, 3065767 - 3065978
Alignment:
Q  297 tgcagaagctattatatccacaaacaccactacctgcactgacagtataagtacatatattatcaggcttagaccacacagtggtccaaccttcaccatc 396  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||  ||| ||| ||||  |||| ||  ||||||| ||||| |||||  || ||||||||||||  ||    
T  3065767 tgcagaagctgttatatccataaacaccactacctaaactaacaatatat-tacacat--tatcaggtttagatcacactatgatccaaccttcactctc 3065863  T
Q  397 aattgaattcttcggatgcttgtaaactgcgaacacaccatcaaaattaagagttgctctaagataataaagcgtggtagagactttactctcttcttct 496  Q
    | | ||| |||| ||||||||||||| ||  ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||| || | ||| | || ||||||||||||| ||||    
T  3065864 agtcgaactctttggatgcttgtaaagtgtaaacaccccgtcaaaattaagagttgctctaagttaaaaatgtgtgtttgaaactttactctctttttct 3065963  T
Q  497 gacacattgtatttc 511  Q
     ||||||||||||||    
T  3065964 tacacattgtatttc 3065978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 25 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 3040883 - 3040794
Alignment:
Q  25 cctgaaaatagccacagaacaatagcaatcttccatacaaactttcatacattgatcttcagtaaaaggcttttgaagcacagaatctga 114  Q
    |||||||||||||||||||||  | ||||||||||| ||| ||||||| ||| | |||||||||||||||| | ||||||| | ||||||    
T  3040883 cctgaaaatagccacagaacacaaacaatcttccatgcaagctttcatgcatcgttcttcagtaaaaggctctagaagcacggcatctga 3040794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University