View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17277_low_39 (Length: 429)

Name: NF17277_low_39
Description: NF17277
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17277_low_39
NF17277_low_39
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (9-414)||(2621750-2622155)
chr6 (9-400)||(2590206-2590600)
chr6 (13-377)||(2642494-2642858)
chr6 (9-369)||(2570839-2571199)
chr6 (9-377)||(2674327-2674695)
chr6 (13-378)||(2449577-2449942)
chr6 (20-368)||(2436384-2436732)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 402; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 402; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 2622155 - 2621750
Alignment:
Q  9 cagaacctgtggaattttgatcttcatcaaaccaaccaacttcaaatgtgagtatcttagaaaacatcttttctctaatcctcttagtcaagtactctcc 108  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2622155 cagaacctgtagaattttgatcttcatcaaaccaaccaacttcaaatgtgagtatcttagaaaacatcttttctctaatcctcttagtcaagtactctcc 2622056  T
Q  109 catgtaagcaaagctataatgttgaagcacattaacaaccattgagataacagccaaccctagaaaacaaagtgcataaatcctaatttgcttcttgatc 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2622055 catgtaagcaaagctataatgttgaagcacattaacaaccattgagataacagccaaccctagaaaacaaagtgcataaatcctaatttgcttcttgatc 2621956  T
Q  209 tcatcatggttctccaaaaaataaaccgatataaccgaccccaatccaaatgaaaacacaggttgaattgcaccgactaaaatcgcatttatacagccca 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2621955 tcatcatggttctccaaaaaataaaccgatataaccgaccccaatccaaatgaaaacacaggttgaattgcaccgactaaaatcgcatttatacagccca 2621856  T
Q  309 agcatgtttgcttccactctggtccattcattgccaacaacctttgaaaggaaggaacctcaaccttcttgtttttactattatcatcatcaactacaaa 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2621855 agcatgtttgcttccactctggtccattcattgccaacaacctttgaaaggaaggaacctcaaccttcttgtttttactattatcatcatcaactacaaa 2621756  T
Q  409 tttagt 414  Q
    ||||||    
T  2621755 tttagt 2621750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 9 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 2590600 - 2590206
Alignment:
Q  9 cagaacctgtggaattttgatcttcatcaaaccaaccaacttcaaatgtgagtatcttagaaaacatcttttctctaatcctcttagtcaagtactctcc 108  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   |||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  2590600 cagaacctgtagaattttgatcttcatcaaaccaaccaacttcaaatgtgagtatcttggaaaacattcgttctctaaccctcttagtcaagtattctcc 2590501  T
Q  109 catgtaagcaaagctataatgttgaagcacattaacaaccattgagataacagccaaccctagaaaacaaagtgcataaatcctaatttgcttcttgatc 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2590500 catgtaagcaaagctataatgttgaagtacattaacaaccattgagataacagccaaccctagaaaacaaagtgcataaatcctaatttgcttcttgatc 2590401  T
Q  209 tcatcatggttctccaaaaaataaaccgatataaccgaccccaatccaaatgaaaacacaggttgaattgcaccgactaaaatcgcatttatacagccca 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||| ||||    
T  2590400 tcatcatggttctccaaaaaataaaccgatataaccgaccccaatccaaaagaatacacaggttgaattgcaccaaataaaaccgcatttatacaaccca 2590301  T
Q  309 agcatgtttgcttccactctggtccattcattgccaacaacctttgaaaggaaggaacctcaacct---tcttgtttttactattatcatcatca 400  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||   |||||| |||||||||||||| ||||    
T  2590300 aacatgtttgcttccactctggtccattcattgccaacaaccatttaaaggaaggaacctcaaccttcttcttgtctttactattatcattatca 2590206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 13 - 377
Target Start/End: Original strand, 2642494 - 2642858
Alignment:
Q  13 acctgtggaattttgatcttcatcaaaccaaccaacttcaaatgtgagtatcttagaaaacatcttttctctaatcctcttagtcaagtactctcccatg 112  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   |||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  2642494 acctgtagaattttgatcttcatcaaaccaaccaacttcaaatgtgagtatcttggaaaacattcgttctctaaccctcttagtcaagtattctcccatg 2642593  T
Q  113 taagcaaagctataatgttgaagcacattaacaaccattgagataacagccaaccctagaaaacaaagtgcataaatcctaatttgcttcttgatctcat 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  2642594 taagcaaagctataatgttgaagcacattaacaaccattgagataacagccaaccctagaaaacaaaatgcatagatcctaatttgcctcttgatctcat 2642693  T
Q  213 catggttctccaaaaaataaaccgatataaccgaccccaatccaaatgaaaacacaggttgaattgcaccgactaaaatcgcatttatacagcccaagca 312  Q
    ||||||  |||||||||||||| |||||||| ||||||| | | || ||| | |||||| |||| ||||||| ||||| |||||||||||| ||||| ||    
T  2642694 catggtcttccaaaaaataaactgatataactgaccccattgcgaacgaatatacaggtcgaatcgcaccgaataaaaccgcatttatacaacccaaaca 2642793  T
Q  313 tgtttgcttccactctggtccattcattgccaacaacctttgaaaggaaggaacctcaaccttct 377  Q
    || |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||  |||||||    
T  2642794 tgcttgcttccactctggcacattcattgccaacaacctttgaaacgaagaaaccttgaccttct 2642858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 9 - 369
Target Start/End: Original strand, 2570839 - 2571199
Alignment:
Q  9 cagaacctgtggaattttgatcttcatcaaaccaaccaacttcaaatgtgagtatcttagaaaacatcttttctctaatcctcttagtcaagtactctcc 108  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  2570839 cagaacctgtagaattttgatcttcatcaaaccaaccaacttcaaatgtgagtatcttagaaaacattttttctctaaccctcttagtcaaatactctcc 2570938  T
Q  109 catgtaagcaaagctataatgttgaagcacattaacaaccattgagataacagccaaccctagaaaacaaagtgcataaatcctaatttgcttcttgatc 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||   |||||||||||||||| |||||||||    
T  2570939 catgtaagcaaagctataatgttgaagcatattaataaccattgaaataacagccagccctagaaaacaaaaaccataaatcctaatttgtttcttgatc 2571038  T
Q  209 tcatcatggttctccaaaaaataaaccgatataaccgaccccaatccaaatgaaaacacaggttgaattgcaccgactaaaatcgcatttatacagccca 308  Q
    ||||| |||| ||| | ||||||||| |||||||||||||||| | |||| ||| ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| | ||| ||||    
T  2571039 tcatcgtggtcctcaataaaataaactgatataaccgaccccattgcaaacgaatacacaggttgaatcgcaccgaataaaaccgcattaaaacaaccca 2571138  T
Q  309 agcatgtttgcttccactctggtccattcattgccaacaacctttgaaaggaaggaacctc 369  Q
    | |||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| || ||||||||    
T  2571139 aacatgcttgcttccactctggcccattcatggccaacaaccttcgaaacgatggaacctc 2571199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 9 - 377
Target Start/End: Original strand, 2674327 - 2674695
Alignment:
Q  9 cagaacctgtggaattttgatcttcatcaaaccaaccaacttcaaatgtgagtatcttagaaaacatcttttctctaatcctcttagtcaagtactctcc 108  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2674327 cagaacctgtagaatttcgatcttcatcaaaccaaccaacttcaaaagtgagtatcttggaaaacatcctttctctaaccctcttagtcaagtactctcc 2674426  T
Q  109 catgtaagcaaagctataatgttgaagcacattaacaaccattgagataacagccaaccctagaaaacaaagtgcataaatcctaatttgcttcttgatc 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||||||| |||    
T  2674427 catgtaagcaaagctataatgttgaagtacattaacaaccaatgagataacagccaaccctagaaaacaaaacacatagatcctaatttgcttcttaatc 2674526  T
Q  209 tcatcatggttctccaaaaaataaaccgatataaccgaccccaatccaaatgaaaacacaggttgaattgcaccgactaaaatcgcatttatacagccca 308  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||| |||| ||||||||||||| |||| ||| | ||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||| ||||    
T  2674527 tcatcatggtcctccagaaaataaactgatacaaccgaccccaatgcaaacgaatatacaggttgaattgcaccgaataaaactgcatttatacaaccca 2674626  T
Q  309 agcatgtttgcttccactctggtccattcattgccaacaacctttgaaaggaaggaacctcaaccttct 377  Q
    | |||| ||||||||| || ||  ||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||  |||||||    
T  2674627 aacatgcttgcttccattcaggcacattcatagccaacaaccttcgaaacgaaggaaccttgaccttct 2674695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 131; E-Value: 8e-68
Query Start/End: Original strand, 13 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 2449942 - 2449577
Alignment:
Q  13 acctgtggaattttgatcttcatcaaaccaaccaacttcaaatgtgagtatcttagaaaacatcttttctctaatcctcttagtcaagtactctcccatg 112  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||   ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  2449942 acctgtagaattttgatcttcatcaaaccaaccaacttcaaaagtgagtatcttggaaaacactctttctctaaccctcttagttaagtactctcccatg 2449843  T
Q  113 taagcaaagctataatgttgaagcacattaacaaccattga-gataacagccaaccctagaaaacaaagtgcataaatcctaatttgcttcttgatctca 211  Q
    || ||||| | |||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||  || |||||||||||||||||   |||||||||||| |||||||||||||||    
T  2449842 tatgcaaaacaataatgctgaagcacattaaaaaccattgaggataa-ggctaaccctagaaaacaaagcatataaatcctaatctgcttcttgatctca 2449744  T
Q  212 tcatggttctccaaaaaataaaccgatataaccgaccccaatccaaatgaaaacacaggttgaattgcaccgactaaaatcgcatttatacagcccaagc 311  Q
    |||||||| |  | ||||||||| || |||   ||||||| | ||||||||||||  |||| ||  |||||   ||||| |||||| | | | ||||| |    
T  2449743 tcatggttgttaagaaaataaacagaaatagttgaccccattgcaaatgaaaacatcggttcaaccgcaccagataaaaccgcattcaaaaatcccaaac 2449644  T
Q  312 atgtttgcttccactctggtccattcattgccaacaacctttgaaaggaaggaacctcaaccttctt 378  Q
    | | ||||||||| |||||  |||||||||| ||||| ||| |||| ||||||||||  ||||||||    
T  2449643 acgcttgcttccattctggcacattcattgctaacaatcttcgaaatgaaggaacctttaccttctt 2449577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 20 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 2436732 - 2436384
Alignment:
Q  20 gaattttgatcttcatcaaaccaaccaacttcaaatgtgagtatcttagaaaacatcttttctctaatcctcttagtcaagtactctcccatgtaagcaa 119  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2436732 gaattttgatcctcatcaaaccaaccaacttcaaaagtgagtatcttggaaaacattctttctctaatcctcttagtcaagtactctcccatgtaagcaa 2436633  T
Q  120 agctataatgttgaagcacattaacaaccattgagataacagccaaccctagaaaacaaagtgcataaatcctaatttgcttcttgatctcatcatggtt 219  Q
    ||||||| |||| ||||| ||| | ||| || |||   | ||||||||||||||||||||  ||||| |||||||| |||||||| ||||||||| |||     
T  2436632 agctatactgttcaagcatattgaaaacaatagaggccaaagccaaccctagaaaacaaaaagcatacatcctaatctgcttcttcatctcatcacggtc 2436533  T
Q  220 ctccaaaaaataaaccgatataaccgaccccaatccaaatgaaaacacaggttgaattgcaccgactaaaatcgcatttatacagcccaagcatgtttgc 319  Q
     | || |||||||||||||  ||| | ||||  | ||||||   | | ||||||||  ||||||| |||||  | | | | ||| ||||| |||  ||||    
T  2436532 attcagaaaataaaccgatgcaactgcccccgttgcaaatgtggatataggttgaaccgcaccgaataaaactgaactcaaacaccccaaacatacttgc 2436433  T
Q  320 ttccactctggtccattcattgccaacaacctttgaaaggaaggaacct 368  Q
    ||||| |||||  |||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||    
T  2436432 ttccattctggagcattcattgccaacaatcttcgaaatgaaggaacct 2436384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University