View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17277_low_6 (Length: 691)

Name: NF17277_low_6
Description: NF17277
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17277_low_6
NF17277_low_6
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (10-675)||(1546461-1547128)
[»] scaffold0134 (1 HSPs)
scaffold0134 (132-675)||(39966-40509)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (132-640)||(24209162-24209670)
chr1 (141-640)||(45033799-45034298)
chr1 (132-675)||(45028943-45029482)
chr1 (350-671)||(19329440-19329750)
chr1 (132-267)||(9933100-9933235)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (141-675)||(33165187-33165721)
chr6 (133-635)||(16593814-16594318)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (132-635)||(40270988-40271492)
[»] scaffold0009 (1 HSPs)
scaffold0009 (132-675)||(31048-31591)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (567-665)||(33286936-33287034)
chr3 (132-267)||(48100382-48100517)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (567-665)||(16657238-16657336)
chr4 (571-649)||(19337262-19337340)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 621; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 621; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 675
Target Start/End: Complemental strand, 1547128 - 1546461
Alignment:
Q  10 aagaatatataaccatgttcctcagaaaactcagcatcattcttacacttaagagtgtctatcaaggaagaaacctactgatcttcaaaagcaactcgat 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1547128 aagaatatataaccatgttcctcagaaaactcagcatcattcttacacttaagagtgtctatcaaggaagaaacccactgatcttcaaaagcaactcgat 1547029  T
Q  110 ggattccacttttcagtgcagtgattatgtgtgtcgtttgaagaagtcactttatggtctcaagcaagcgcccagagcat--ggtaccaacgttttgctg 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  1547028 ggattccacttttcagtgcagtgattatgtgtgtcgtttgaagaagtcactttatggtctcaagcaagcgcccagagcatatggtaccaacgttttgctg 1546929  T
Q  208 actatgtatccaccaccggtttccgacatagcacatcataccactctctcttcatatatcaacaacagtctgacatggcctacagtcttctccatgtgga 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  1546928 actatgtatccaccaccggtttccgacatagcacatcataccactctctcttcatatatcaacaacagtctgacatcgcctacagtcttctctatgtgga 1546829  T
Q  308 cgacatcatacttatcacctcttctcatgcccttcacaaatcaattatgtcactcttagcatctgaatttgcgatgaaggacctggggcccttgagttat 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  1546828 cgacatcatacttatcacctcttctcatgcccttcacaaatcaattatgtcactcttagcatctgaatttgcgatgaaggacctgggacccttgagttat 1546729  T
Q  408 tttttgggtattgttgtatctcatcatcctggtggcctttttcttagtcaaagcacctatgcttctgagctcatcgagcatgctggcatgacatcttgca 507  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1546728 gttttgggtattgttgtatctcatcatcctggtggcctttttcttagtcaaagcacctatgcttctgagatcatcgagcatgctggcatgacatcttgca 1546629  T
Q  508 aaccgtctgccacacctgtcaataccaagaagaaactcagcacctcctctgatacactttatgaggatccttctttatatcgtagtcttgcaggagcttt 607  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1546628 aaccttctgccacacctgtcgataccaagaagaaactcagcacctcctctgatacactttatgaggatccttctttatatcgtagtcttgcaggagcttt 1546529  T
Q  608 acagtacctcacgttcactagacctgacatctcctattcagtttaaaaaatctgtcttcacatgcatg 675  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1546528 acagtacctcacgttcactagacccgacatctcctattcagtttaaaaaatctgtcttcacatgcatg 1546461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0134 (Bit Score: 268; Significance: 1e-149; HSPs: 1)
Name: scaffold0134
Description:

Target: scaffold0134; HSP #1
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 132 - 675
Target Start/End: Original strand, 39966 - 40509
Alignment:
Q  132 gattatgtgtgtcgtttgaagaagtcactttatggtctcaagcaagcgcccagagcatggtaccaacgttttgctgactatgtatccaccaccggtttcc 231  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||  || || |    
T  39966 gattatgtttgtcgtttgaagaagtcactttatggtctcaagcaagcgcctcgagcatggtaccaacgctttgctgactatgtaactaccattgggtttc 40065  T
Q  232 gacatagcacatcataccactctctcttcatatatcaacaacagtctgacatggcctacagtcttctccatgtggacgacatcatacttatcacctcttc 331  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||| ||||| |||||| |    
T  40066 gacatagcacatcagaccactctctcttcatatatcgacaacactctgacatggcctacattcttctctatgtggatgacatcatccttattacctctac 40165  T
Q  332 tcatgcccttcacaaatcaattatgtcactcttagcatctgaatttgcgatgaaggacctggggcccttgagttattttttgggtattgttgtatctcat 431  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| | ||| ||||||||||||||||||| ||| ||||      
T  40166 tcatgcccttcgcaaatcaattatgtcactcttagcatctgaatttgcaatgaaggatctgggtctcttaagttattttttgggtattgctgtctctcgc 40265  T
Q  432 catcctggtggcctttttcttagtcaaagcacctatgcttctgagctcatcgagcatgctggcatgacatcttgcaaaccgtctgccacacctgtcaata 531  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||  |||| || | ||| |  |||||||| |||| | | |||||||| |||||  | |    
T  40266 catcctggtggcatttttctaagtcaaagcacctatgcttctgaaatcattgaacgtgccgaaatgacatcctgcagatcatctgccacccctgtagaca 40365  T
Q  532 ccaagaagaaactcagcacctcctctgatacactttatgaggatccttctttatatcgtagtcttgcaggagctttacagtacctcacgttcactagacc 631  Q
    ||||| ||||||||||||| || ||||  || |  ||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||    
T  40366 ccaagcagaaactcagcacttcatctggcactccgtatgaggatccttctctctatcgcagtcttgcaggagcctcacagtacctcaccttcactagacc 40465  T
Q  632 tgacatctcctattcagtttaaaaaatctgtcttcacatgcatg 675  Q
     |||||||| ||| | ||| || || | ||||||||||||||||    
T  40466 cgacatctcttatgcggttcaacaagtttgtcttcacatgcatg 40509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 132 - 640
Target Start/End: Original strand, 24209162 - 24209670
Alignment:
Q  132 gattatgtgtgtcgtttgaagaagtcactttatggtctcaagcaagcgcccagagcatggtaccaacgttttgctgactatgtatccaccaccggtttcc 231  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||  ||||| |    
T  24209162 gattacgtttgtcgtttgaagaagtcgctttatggtctcaagcaagtgcctcgagcatggtaccaacgctttgctgactatgtaactaccattggttttc 24209261  T
Q  232 gacatagcacatcataccactctctcttcatatatcaacaacagtctgacatggcctacagtcttctccatgtggacgacatcatacttatcacctcttc 331  Q
    |||||||||||||| | || |||||||||||||| | ||| || || ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||| || ||||| || ||  |    
T  24209262 gacatagcacatcagatcattctctcttcatataccgacagcaatccgacatggcctacattctgctctatgtggacgacattatccttattacttccac 24209361  T
Q  332 tcatgcccttcacaaatcaattatgtcactcttagcatctgaatttgcgatgaaggacctggggcccttgagttattttttgggtattgttgtatctcat 431  Q
    ||||||||||| | |||| |||||||| ||||| ||||| || ||||| ||||||||  |||| ||| |||| ||||||||||||||||  || |||| |    
T  24209362 tcatgcccttcgccaatccattatgtccctcttggcatccgagtttgcaatgaaggatttgggtcccctgagctattttttgggtattgccgtctctcgt 24209461  T
Q  432 catcctggtggcctttttcttagtcaaagcacctatgcttctgagctcatcgagcatgctggcatgacatcttgcaaaccgtctgccacacctgtcaata 531  Q
    ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||  |||| || | |||||| |||  |||||||||| | |||||||| |||||  | |    
T  24209462 catcctggtggtctctttctcagtcaaagcacctatgcctctgaaatcattgaccgtgctgggatgcaatcttgcaaatcatctgccacccctgttgaca 24209561  T
Q  532 ccaagaagaaactcagcacctcctctgatacactttatgaggatccttctttatatcgtagtcttgcaggagctttacagtacctcacgttcactagacc 631  Q
    | ||  | ||||||||||| || || |  |||| |||||| ||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  24209562 ctaaacaaaaactcagcacttcatcaggcacaccttatgaagatccatctctctatcgtagtcttgcaggagctttacaatacctcacattcactagacc 24209661  T
Q  632 tgacatctc 640  Q
     ||||||||    
T  24209662 cgacatctc 24209670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 184; E-Value: 3e-99
Query Start/End: Original strand, 141 - 640
Target Start/End: Original strand, 45033799 - 45034298
Alignment:
Q  141 tgtcgtttgaagaagtcactttatggtctcaagcaagcgcccagagcatggtaccaacgttttgctgactatgtatccaccaccggtttccgacatagca 240  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||   ||||  | ||| ||||||||||    
T  45033799 tgtcgtttgaagaagtcgctttatggtctcaagcaagcgcctcgagcatggtaccaacgctttgctgactatgtaattaccattgtttttcgacatagca 45033898  T
Q  241 catcataccactctctcttcatatatcaacaacagtctgacatggcctacagtcttctccatgtggacgacatcatacttatcacctcttctcatgccct 340  Q
    ||||| | || |||||||||||||| | ||| || || ||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||| ||||| || ||  ||||||||||    
T  45033899 catcagatcattctctcttcatataccgacagcaatccgacatggcctacattctgctctatgtggacgacatcatccttattacttccactcatgccct 45033998  T
Q  341 tcacaaatcaattatgtcactcttagcatctgaatttgcgatgaaggacctggggcccttgagttattttttgggtattgttgtatctcatcatcctggt 440  Q
    || | |||| |||||||| ||||| ||||| || ||||| ||||||||  |||| ||| |||| ||||||||||||||||  || |||| ||||||||||    
T  45033999 tcgccaatccattatgtccctcttggcatccgagtttgcaatgaaggatttgggtcccctgagctattttttgggtattgccgtctctcgtcatcctggt 45034098  T
Q  441 ggcctttttcttagtcaaagcacctatgcttctgagctcatcgagcatgctggcatgacatcttgcaaaccgtctgccacacctgtcaataccaagaaga 540  Q
    || || ||||| ||||||||||||||||| |||||  |||| || | |||||| |||  |||||||||| | |||||||| |||||  | || ||  | |    
T  45034099 ggtctctttctcagtcaaagcacctatgcctctgaaatcattgaccgtgctgggatgcaatcttgcaaatcatctgccacccctgttgacactaaacaaa 45034198  T
Q  541 aactcagcacctcctctgatacactttatgaggatccttctttatatcgtagtcttgcaggagctttacagtacctcacgttcactagacctgacatctc 640  Q
    |||||||||| || || |  |||| |||||| ||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  45034199 aactcagcacttcatcaggcacaccttatgaagatccatctctctatcgtagtcttgcaggagctttacaatacctcacattcactagacccgacatctc 45034298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 171; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 132 - 675
Target Start/End: Original strand, 45028943 - 45029482
Alignment:
Q  132 gattatgtgtgtcgtttgaagaagtcactttatggtctcaagcaagcgcccagagcatggtaccaacgttttgctgactatgtatccaccaccggtttcc 231  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||  ||||| |    
T  45028943 gattacgtttgtcgtttgaagaagtcgctttatggtctcaagcaagtgcctcgagcatggtaccaacgctttgctgactatgtaactaccattggttttc 45029042  T
Q  232 gacatagcacatcataccactctctcttcatatatcaacaacagtctgacatggcctacagtcttctccatgtggacgacatcatacttatcacctcttc 331  Q
    |||||||||||||| | || |||||||||||||| | ||| || || ||||||||||||| ||| |    ||||||||||||||| ||||| || ||  |    
T  45029043 gacatagcacatcagatcattctctcttcatataccgacagcaatccgacatggcctacattctgc----tgtggacgacatcatccttattacttccac 45029138  T
Q  332 tcatgcccttcacaaatcaattatgtcactcttagcatctgaatttgcgatgaaggacctggggcccttgagttattttttgggtattgttgtatctcat 431  Q
    ||||||||||| | |||| |||||||| ||||| ||||| || ||||| ||||||||  |||| ||  |||| ||||||||||||||||  || |||| |    
T  45029139 tcatgcccttcgccaatccattatgtccctcttggcatccgagtttgcaatgaaggatttgggtcctctgagctattttttgggtattgccgtctctcgt 45029238  T
Q  432 catcctggtggcctttttcttagtcaaagcacctatgcttctgagctcatcgagcatgctggcatgacatcttgcaaaccgtctgccacacctgtcaata 531  Q
    ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||  |||| || | |||||| |||  |||||||||| | |||| ||| |||||  | |    
T  45029239 catcctggtggtctctttctcagtcaaagcacctatgcctctgaaatcattgaccgtgctgggatgcaatcttgcaaatcatctgtcacccctgttgaca 45029338  T
Q  532 ccaagaagaaactcagcacctcctctgatacactttatgaggatccttctttatatcgtagtcttgcaggagctttacagtacctcacgttcactagacc 631  Q
    | ||  | ||||||||||| || || |  |||| |||||| ||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  45029339 ctaaacaaaaactcagcacttcatcaggcacaccttatgaagatccatctctctatcgtagtcttgcaggagctttacaatacctcacattcactagacc 45029438  T
Q  632 tgacatctcctattcagtttaaaaaatctgtcttcacatgcatg 675  Q
     |||||||| ||  | |||||  || | ||||||||||||||||    
T  45029439 cgacatctcttacgctgtttagcaagtttgtcttcacatgcatg 45029482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 350 - 671
Target Start/End: Original strand, 19329440 - 19329750
Alignment:
Q  350 aattatgtcactcttagcatctgaatttgcgatgaaggacctggggcccttgagttattttttgggtattgttgtatctcatcatcctggtggccttttt 449  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||  |||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||   |||||    
T  19329440 aattatgtcactcctagcatctgagtttgcattgaaggacttggggcccctgagttcttttttgggtattgctgtatctcgtcatcctggtgcaattttt 19329539  T
Q  450 cttagtcaaagcacctatgcttctgagctcatcgagcatgctggcatgacatcttgcaaaccgtctgccacacctgtcaataccaagaagaaactcagca 549  Q
    || ||||||||||| || |||| |||| |||||||||| |||| || |||||||||||||||||  ||||| |||||  |||| ||| |||||||||| |    
T  19329540 ctcagtcaaagcacatacgcttttgagatcatcgagcaggctgacaggacatcttgcaaaccgttagccactcctgtggatactaagcagaaactcagta 19329639  T
Q  550 cctcctctgatacactttatgaggatccttctttatatcgtagtcttgcaggagctttacagtacctcacgttcactagacctgacatctcctattcagt 649  Q
    |||| ||||  | || ||| |||| ||||||||||||        ||||   ||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||| | ||    
T  19329640 cctcttctggcaaaccttacgaggttccttctttata--------ttgc---agccttacagtacctcacaatcactagacctgacatctcttatgccgt 19329728  T
Q  650 ttaaaaaatctgtcttcacatg 671  Q
    | ||||||| ||||||||||||    
T  19329729 tcaaaaaatttgtcttcacatg 19329750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 132 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 9933235 - 9933100
Alignment:
Q  132 gattatgtgtgtcgtttgaagaagtcactttatggtctcaagcaagcgcccagagcatggtaccaacgttttgctgactatgtatccaccaccggtttcc 231  Q
    |||||||||||||| |||   || ||||| |||||||| |||||||||||  | || |||||||| |||||||| |||| ||| |||||||  || ||||    
T  9933235 gattatgtgtgtcgcttgcgaaaatcactgtatggtctaaagcaagcgcctcgtgcctggtaccagcgttttgcagactttgtctccaccattggattcc 9933136  T
Q  232 gacatagcacatcataccactctctcttcatatatc 267  Q
      |||||||| ||| | ||||| || ||||| ||||    
T  9933135 agcatagcacttcagatcactcccttttcatctatc 9933100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 183; Significance: 1e-98; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 141 - 675
Target Start/End: Original strand, 33165187 - 33165721
Alignment:
Q  141 tgtcgtttgaagaagtcactttatggtctcaagcaagcgcccagagcatggtaccaacgttttgctgactatgtatccaccaccggtttccgacatagca 240  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||   ||||  | ||| ||||||||||    
T  33165187 tgtcgtttgaagaagtcgctttatggtctcaagcaagcgcctcgagcatggtaccaacgctttgctgactatgtaattaccattgtttttcgacatagca 33165286  T
Q  241 catcataccactctctcttcatatatcaacaacagtctgacatggcctacagtcttctccatgtggacgacatcatacttatcacctcttctcatgccct 340  Q
    ||||| | || |||||||||||||| | ||| || || ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||| || ||||| || ||  ||||||||||    
T  33165287 catcagatcattctctcttcatataccgacagcaatccgacatggcctacattctgctctatgtggacgacattatccttattacttccactcatgccct 33165386  T
Q  341 tcacaaatcaattatgtcactcttagcatctgaatttgcgatgaaggacctggggcccttgagttattttttgggtattgttgtatctcatcatcctggt 440  Q
    || | |||| |||||||| ||||| ||||| || ||||| ||||||||  |||| ||| |||| ||||||||||||||||  || |||| ||||||||||    
T  33165387 tcgccaatccattatgtccctcttggcatccgagtttgcaatgaaggatttgggtcccctgagctattttttgggtattgccgtctctcgtcatcctggt 33165486  T
Q  441 ggcctttttcttagtcaaagcacctatgcttctgagctcatcgagcatgctggcatgacatcttgcaaaccgtctgccacacctgtcaataccaagaaga 540  Q
    || || ||||| ||||||||||||||||| |||||  |||| || | |||||| |||  |||||||||| | |||||||| |||||  |||| ||  | |    
T  33165487 ggtctctttctcagtcaaagcacctatgcctctgaaatcattgatcgtgctgggatgcaatcttgcaaatcatctgccacccctgttgatactaaacaaa 33165586  T
Q  541 aactcagcacctcctctgatacactttatgaggatccttctttatatcgtagtcttgcaggagctttacagtacctcacgttcactagacctgacatctc 640  Q
    |||||||||  || || |  |||| |||||| ||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  33165587 aactcagcatttcatcaggcacaccttatgaagatccatctctctatcgtagtcttgcaggagctttacaatacctcacattcactagacccgacatctc 33165686  T
Q  641 ctattcagtttaaaaaatctgtcttcacatgcatg 675  Q
     ||  | |||||  || | ||||||||||||||||    
T  33165687 ttacgctgtttagcaagtttgtcttcacatgcatg 33165721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 133 - 635
Target Start/End: Original strand, 16593814 - 16594318
Alignment:
Q  133 attatgtgtgtcgtttgaagaagtcactttatggtctcaagcaagcgcccagagcatggtaccaacgttttgctgactatgtatccaccaccggtttccg 232  Q
    ||||||| ||||| || ||||||||  | |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||  || || ||    
T  16593814 attatgtctgtcgattaaagaagtccttgtatggtctcaagaaagcgcctagagcatggtaccaacgctttgctgactatgtcgccaccattggctttcg 16593913  T
Q  233 acatagcacatcataccactctctcttcatatatcaacaacagtctgacatggcctacagtcttctccatgtggacgacatcatacttatcacctcttct 332  Q
     |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||   || ||||||||||||| ||| ||  |||| ||||||||||| || ||||||||  ||    
T  16593914 ccatagcacatcagaccactctctcttcatatatcgacaaggttcagacatggcctacattctgctttatgtagacgacatcattctcatcacctccact 16594013  T
Q  333 catgcccttcacaaatcaattatgtcactcttagc--atctgaatttgcgatgaaggacctggggcccttgagttattttttgggtattgttgtatctca 430  Q
    || | ||| | |||||| |||||||| ||| ||||  |||||| ||||| ||||||||  |||| ||  | ||||| |||||||||||||  |||||||     
T  16594014 caggtcctccgcaaatccattatgtccctcctagcatatctgagtttgcaatgaaggatttgggtcctctaagttactttttgggtattgcagtatctcg 16594113  T
Q  431 tcatcctggtggcctttttcttagtcaaagcacctatgcttctgagctcatcgagcatgctggcatgacatcttgcaaaccgtctgccacacctgtcaat 530  Q
    ||||| || |||  | ||||| ||||||||||| |||||||| ||| |||| || | |||| ||||||| ||||| ||||| ||  |||| |||||  |     
T  16594114 tcatcttgatggtatatttctcagtcaaagcacttatgcttcagagatcattgaacgtgctagcatgacttcttgtaaaccatcaaccactcctgttgac 16594213  T
Q  531 accaagaagaaactcagcacctcctctgatacactttatgaggatccttctttatatcgtagtcttgcaggagctttacagtacctcacgttcactagac 630  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |  ||   ||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||  |  |||| ||||| |||||| |||    
T  16594214 accaagcagaaactcagcacctcctccggcacttcttatgaggatccttccttgtatcggagtcttgcaggggccctctagtatctcaccttcactcgac 16594313  T
Q  631 ctgac 635  Q
    |||||    
T  16594314 ctgac 16594318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 153; Significance: 1e-80; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 132 - 635
Target Start/End: Complemental strand, 40271492 - 40270988
Alignment:
Q  132 gattatgtgtgtcgtttgaagaagtcactttatggtctcaagcaagcgcccagagcatggtaccaacgttttgctgactatgtatccaccaccggtttcc 231  Q
    |||||||| ||||| |||||||| ||  | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||| ||  || || |    
T  40271492 gattatgtttgtcggttgaagaaatccttgtatggtctcaagcaagcgcctagagcatggtaccaacgctttgctgactatgtcgccatcattggctttc 40271393  T
Q  232 gacatagcacatcataccactctctcttcatatatcaacaacagtctgacatggcctacagtcttctccatgtggacgacatcatacttatcacctcttc 331  Q
    | |||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||   || ||||||||||||| ||| ||  |||| ||||||||||| || ||||||||  |    
T  40271392 gccatagcacatcagaccactccctcttcatatatcgacaaggttcagacatggcctacattctgctgtatgtagacgacatcatcctcatcacctccac 40271293  T
Q  332 tcatgcccttcacaaatcaattatgtcactcttagcatctga-atttgcgatgaaggacctggggcccttgagttattttttgggtattgttgtatctca 430  Q
    ||| | ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||  |||| ||  ||||||| ||| |||||||||  |||||||     
T  40271292 tcaggtcctccgcaaatcaattatgtcactcttagcatctgagttttgcaatgaaggatttgggccctctgagttactttctgggtattgcagtatctcg 40271193  T
Q  431 tcatcctggtggcctttttcttagtcaaagcacctatgcttctgagctcatcgagcatgctggcatgacatcttgcaaaccgtctgccacacctgtcaat 530  Q
    |||||||| |||| | ||||| |||||||| || |||||||| ||| |||| || | || ||||||||| ||||| ||||| || ||||| |||||  |     
T  40271192 tcatcctgatggcatatttctcagtcaaagtacttatgcttcagagatcattgaacgtgttggcatgacttcttgtaaaccatcggccactcctgttgac 40271093  T
Q  531 accaagaagaaactcagcacctcctctgatacactttatgaggatccttctttatatcgtagtcttgcaggagctttacagtacctcacgttcactagac 630  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |  ||   ||| |||||||||||||| ||||| ||||||||| | ||  |||| || ||||| |||||| |||    
T  40271092 accaagcagaaactcagcacctcctccggcacttcttacgaggatccttctttgtatcggagtcttgcaagggccctacaatatctcaccttcactcgac 40270993  T
Q  631 ctgac 635  Q
    |||||    
T  40270992 ctgac 40270988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009 (Bit Score: 136; Significance: 1e-70; HSPs: 1)
Name: scaffold0009
Description:

Target: scaffold0009; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 132 - 675
Target Start/End: Original strand, 31048 - 31591
Alignment:
Q  132 gattatgtgtgtcgtttgaagaagtcactttatggtctcaagcaagcgcccagagcatggtaccaacgttttgctgactatgtatccaccaccggtttcc 231  Q
    |||||||| |||||  ||||||||||  | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||   | || |    
T  31048 gattatgtatgtcggctgaagaagtccttgtatggtctcaagcaagcgcctagagcatggtaccaacgtttcgctgactatgtcaccaccattcgctttc 31147  T
Q  232 gacatagcacatcataccactctctcttcatatatcaacaacagtctgacatggcctacagtcttctccatgtggacgacatcatacttatcacctcttc 331  Q
    | |||||||||||| || ||||  |||||||||||| ||||   |  ||||||||||||| ||| ||  |||| ||||||| ||| || |||| |||  |    
T  31148 gccatagcacatcagacaactccatcttcatatatcgacaaggtttagacatggcctacattctgctgtatgtagacgacaccatcctcatcatctccac 31247  T
Q  332 tcatgcccttcacaaatcaattatgtcactcttagcatctgaatttgcgatgaaggacctggggcccttgagttattttttgggtattgttgtatctcat 431  Q
    ||| | |||    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||  |||| ||  ||||||| ||| ||||||||  |||||||| |    
T  31248 tcaggtcctctgtaaatcaattatgtcactcttagcatctgagtttgcaatgaaggatttgggccctctgagttactttctgggtatttctgtatctcgt 31347  T
Q  432 catcctggtggcctttttcttagtcaaagcacctatgcttctgagctcatcgagcatgctggcatgacatcttgcaaaccgtctgccacacctgtcaata 531  Q
    ||||||| |||| | ||||| ||||||||||| |||||||| ||| |||| || | | |||||||| | || || ||||| || ||||| |||||  | |    
T  31348 catcctgatggcatatttctcagtcaaagcacttatgcttcagagatcattgaacgtactggcatggcgtcctgtaaaccttcagccactcctgttgaca 31447  T
Q  532 ccaagaagaaactcagcacctcctctgatacactttatgaggatccttctttatatcgtagtcttgcaggagctttacagtacctcacgttcactagacc 631  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| || |    |||||||||| |||| || ||||| ||||||||||| ||  ||||||| ||||| ||||||  |||    
T  31448 ccaagcagaaactcagcacctcctccgacatttcttatgaggatacttccttgtatcggagtcttgcaggggccctacagtatctcaccttcactcaacc 31547  T
Q  632 tgacatctcctattcagtttaaaaaatctgtcttcacatgcatg 675  Q
    |||||| |||||| | ||| |  || | ||||||||||||||||    
T  31548 tgacatatcctatgctgttcagcaagtttgtcttcacatgcatg 31591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000003; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 567 - 665
Target Start/End: Original strand, 33286936 - 33287034
Alignment:
Q  567 tatgaggatccttctttatatcgtagtcttgcaggagctttacagtacctcacgttcactagacctgacatctcctattcagtttaaaaaatctgtctt 665  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||  | || || ||||| |||||  ||||||||||||| ||| | ||| || |||||||||||    
T  33286936 tatgaggatccatctctatatcgtagtcttgcaggtgcccttcaatatctcaccttcacacgacctgacatctcatatgctgttcaacaaatctgtctt 33287034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 132 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 48100517 - 48100382
Alignment:
Q  132 gattatgtgtgtcgtttgaagaagtcactttatggtctcaagcaagcgcccagagcatggtaccaacgttttgctgactatgtatccaccaccggtttcc 231  Q
    |||||||||||||| |||   || ||||| |||||||| |||||||||||  | || |||||||| |||||||| |||| ||| |||||||  || ||||    
T  48100517 gattatgtgtgtcgcttgcgaaaatcactgtatggtctaaagcaagcgcctcgtgcctggtaccagcgttttgcagactttgtctccaccattggattcc 48100418  T
Q  232 gacatagcacatcataccactctctcttcatatatc 267  Q
      |||||||| ||| | ||||| || ||||| ||||    
T  48100417 agcatagcacttcagatcactcccttttcatctatc 48100382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000006; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 567 - 665
Target Start/End: Complemental strand, 16657336 - 16657238
Alignment:
Q  567 tatgaggatccttctttatatcgtagtcttgcaggagctttacagtacctcacgttcactagacctgacatctcctattcagtttaaaaaatctgtctt 665  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||  | || || ||||| |||||  |||| |||||||| |||   |||||| |||||||||||    
T  16657336 tatgaggatccgtctctatatcgtagtcttgcaggtgcccttcaatatctcaccttcacacgaccagacatctcatatgttgtttaacaaatctgtctt 16657238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 571 - 649
Target Start/End: Complemental strand, 19337340 - 19337262
Alignment:
Q  571 aggatccttctttatatcgtagtcttgcaggagctttacagtacctcacgttcactagacctgacatctcctattcagt 649  Q
    ||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||| | || || ||||| |||||| ||||||| ||||||||| ||||    
T  19337340 aggatccatctctctatcgtagtctggcaggagctcttcaatatctcaccttcactcgacctgatatctcctatacagt 19337262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University