View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF1728-Insertion-4 (Length: 841)
Name: NF1728-Insertion-4
Description: NF1728
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1728-Insertion-4 |
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| [»] chr3 (2 HSPs) |
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| [»] chr6 (1 HSPs) |
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| [»] chr1 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 767; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 767; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 841
Target Start/End: Complemental strand, 32832966 - 32832132
Alignment:
| Q |
7 |
acattccaccaaaaacccaaaatattgaatccatcaaagaggctcacatggttattttccctatcatggatgatcttttcgcaaaaaccaatattttacc |
106 |
Q |
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| T |
32832966 |
acattccaccaaaaaccaaaactattgaatccatcaaagaggctcacatggttcttttccctatcatggatgatcttttcgcaaaaaccaatattttacc |
32832867 |
T |
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| Q |
107 |
tatagatatagacatgcttatcttaaattgcagtggcttttgtccctcaccttctttaacagctattgttgttaacaaatattatatgagaagtgacatt |
206 |
Q |
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| T |
32832866 |
tatcgatatagacatgcttatcttaaattgcagtggcttttgtccctcaccttctttaacagctattgttgttaacaaatattgtatgagaagtgacatt |
32832767 |
T |
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| Q |
207 |
aaaagctataatgtctctggtatggggtgcagtgctagtgctatttgtattgatttagctcataatcttctccgagttcacaaaaatgctaatgttattg |
306 |
Q |
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| T |
32832766 |
aaaagctataatgtctctggtatggggtgcagtgctagtgctatttgtattgatttagctcataatcttctccgagttcacaaaaatgctaatgttattg |
32832667 |
T |
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| Q |
307 |
ttctaagcacagagattctgtcaaatggttggtatcccggtaaagaaagatcaaagttgcatcttaactgtacctttagaatgggaagtgcagcaattct |
406 |
Q |
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| T |
32832666 |
ttctaagcacagagattctgtcaaatggttggtatcccggtaaagaaagatcaaagttgcatcttaactgtacctttagaatgggaagtgcagcaattct |
32832567 |
T |
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| Q |
407 |
tctctcaaacaaaaaagaagcaaggaaaagtgcaaaatacaagttagttaggtcgcttagaacacaaagagcctttgatgacaaggcttatttttcttgt |
506 |
Q |
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| T |
32832566 |
tctctcaaacaaaaaagaagcaagtaaaaccgcaaaatacaagttagttaggtcgcttagaacacaaagagcctttgatgacaaggcttatttttcttgt |
32832467 |
T |
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| Q |
507 |
agaagggaagaagattcagatggaaaacttggggtgacactcaataaagacgtagctcaggcagctggtgaaacacttctttcaaatatttccactttag |
606 |
Q |
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| T |
32832466 |
agaagggaagaagattcagatggaaaacttggggtgacactcaataaagacgtagctcaggcagctggtgaaacactcctttcaaatatttccactttag |
32832367 |
T |
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| Q |
607 |
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706 |
Q |
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| T |
32832366 |
gttcggaaatattgccactttcagagaagttttggtatgttgtttccatgataaaagagaggtttataaaatctgagggaatatatgtgcctgattttaa |
32832267 |
T |
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| Q |
707 |
gactgtgatacaacatttcatattgccttctccannnnnnnnagtgattagaggggtaggaaaaaggttgaaacttggggagagagatatggaagctgct |
806 |
Q |
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| T |
32832266 |
gactgtgatacaacatttcatattgccttctccagggaggggagtgattagaggggtaggaaaaaggttgaaacttggtgagagagatatggaagctgct |
32832167 |
T |
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| Q |
807 |
ttgatgacactacataggtttggaaaccaatcttc |
841 |
Q |
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| T |
32832166 |
ttgatgacactacataggtttggaaaccaatcttc |
32832132 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 767; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 841
Target Start/End: Complemental strand, 32846247 - 32845413
Alignment:
| Q |
7 |
acattccaccaaaaacccaaaatattgaatccatcaaagaggctcacatggttattttccctatcatggatgatcttttcgcaaaaaccaatattttacc |
106 |
Q |
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| T |
32846247 |
acattccaccaaaaaccaaaactattgaatccatcaaagaggctcacatggttcttttccctatcatggatgatcttttcgcaaaaaccaatattttacc |
32846148 |
T |
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| Q |
107 |
tatagatatagacatgcttatcttaaattgcagtggcttttgtccctcaccttctttaacagctattgttgttaacaaatattatatgagaagtgacatt |
206 |
Q |
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| T |
32846147 |
tatcgatatagacatgcttatcttaaattgcagtggcttttgtccctcaccttctttaacagctattgttgttaacaaatattgtatgagaagtgacatt |
32846048 |
T |
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| Q |
207 |
aaaagctataatgtctctggtatggggtgcagtgctagtgctatttgtattgatttagctcataatcttctccgagttcacaaaaatgctaatgttattg |
306 |
Q |
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| T |
32846047 |
aaaagctataatgtctctggtatggggtgcagtgctagtgctatttgtattgatttagctcataatcttctccgagttcacaaaaatgctaatgttattg |
32845948 |
T |
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| Q |
307 |
ttctaagcacagagattctgtcaaatggttggtatcccggtaaagaaagatcaaagttgcatcttaactgtacctttagaatgggaagtgcagcaattct |
406 |
Q |
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| T |
32845947 |
ttctaagcacagagattctgtcaaatggttggtatcccggtaaagaaagatcaaagttgcatcttaactgtacctttagaatgggaagtgcagcaattct |
32845848 |
T |
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| Q |
407 |
tctctcaaacaaaaaagaagcaaggaaaagtgcaaaatacaagttagttaggtcgcttagaacacaaagagcctttgatgacaaggcttatttttcttgt |
506 |
Q |
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| T |
32845847 |
tctctcaaacaaaaaagaagcaagtaaaaccgcaaaatacaagttagttaggtcgcttagaacacaaagagcctttgatgacaaggcttatttttcttgt |
32845748 |
T |
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| Q |
507 |
agaagggaagaagattcagatggaaaacttggggtgacactcaataaagacgtagctcaggcagctggtgaaacacttctttcaaatatttccactttag |
606 |
Q |
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| T |
32845747 |
agaagggaagaagattcagatggaaaacttggggtgacactcaataaagacgtagctcaggcagctggtgaaacactcctttcaaatatttccactttag |
32845648 |
T |
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| Q |
607 |
gttctgaaatattgccactttcagagaagttttggtatgttgtttccatgataaaagagaggtttataaaatctgagggaatatatgtgcctgattttaa |
706 |
Q |
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| T |
32845647 |
gttcggaaatattgccactttcagagaagttttggtatgttgtttccatgataaaagagaggtttataaaatctgagggaatatatgtgcctgattttaa |
32845548 |
T |
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| Q |
707 |
gactgtgatacaacatttcatattgccttctccannnnnnnnagtgattagaggggtaggaaaaaggttgaaacttggggagagagatatggaagctgct |
806 |
Q |
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| T |
32845547 |
gactgtgatacaacatttcatattgccttctccagggaggggagtgattagaggggtaggaaaaaggttgaaacttggtgagagagatatggaagctgct |
32845448 |
T |
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| Q |
807 |
ttgatgacactacataggtttggaaaccaatcttc |
841 |
Q |
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| T |
32845447 |
ttgatgacactacataggtttggaaaccaatcttc |
32845413 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 707; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 707; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 841
Target Start/End: Original strand, 17931677 - 17932511
Alignment:
| Q |
7 |
acattccaccaaaaacccaaaatattgaatccatcaaagaggctcacatggttattttccctatcatggatgatcttttcgcaaaaaccaatattttacc |
106 |
Q |
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| T |
17931677 |
acattccaccaaaaactcaaaatattgaatccatcaaagaggctcacatggttcttttccctatcatggatgatctttttgtaaaaaccaatattttacc |
17931776 |
T |
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| Q |
107 |
tatagatatagacatgcttatcttaaattgcagtggcttttgtccctcaccttctttaacagctattgttgttaacaaatattatatgagaagtgacatt |
206 |
Q |
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| T |
17931777 |
tattgatatagacatacttatcttaaattgcagtggcttttgtccctcgccttctttaacatctattgttgttaacaaatattgtatgagaagtgacatt |
17931876 |
T |
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| Q |
207 |
aaaagctataatgtctctggtatggggtgcagtgctagtgctatttgtattgatttagctcataatcttctccgagttcacaaaaatgctaatgttattg |
306 |
Q |
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| T |
17931877 |
aaaagctataatgtctctggtatggggtgcagtgctagtgttatttgtattgatttagctcataatcttctccgagttcacaaaaacgctaatgttattg |
17931976 |
T |
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| Q |
307 |
ttctaagcacagagattctgtcaaatggttggtatcccggtaaagaaagatcaaagttgcatcttaactgtacctttagaatgggaagtgcagcaattct |
406 |
Q |
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| T |
17931977 |
ttctaagcacagagattttgtcaaatggttggtatcccggtaaagaaagatcaaagttgcatcttaactgtagctttagaatgggtagtgcagcaattct |
17932076 |
T |
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| Q |
407 |
tctctcaaacaaaaaagaagcaaggaaaagtgcaaaatacaagttagttaggtcgcttagaacacaaagagcctttgatgacaaggcttatttttcttgt |
506 |
Q |
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| T |
17932077 |
tctctcaaacaaaaaagaagcaagtaaaaccgcaaaatacaagttagttaggtcgcttagaacacaaagagcctttgatgacaaggcttattttgcttgt |
17932176 |
T |
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| Q |
507 |
agaagggaagaagattcagatggaaaacttggggtgacactcaataaagacgtagctcaggcagctggtgaaacacttctttcaaatatttccactttag |
606 |
Q |
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| T |
17932177 |
agaagggaagaagattcagatggaatacttggggtgacactcaataaagacgtagttcaggcagctggtgaaatactcctttcaaatatttccactttag |
17932276 |
T |
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| Q |
607 |
gttctgaaatattgccactttcagagaagttttggtatgttgtttccatgataaaagagaggtttataaaatctgagggaatatatgtgcctgattttaa |
706 |
Q |
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| T |
17932277 |
gttctgaaatattgccagtttcagagaagttttggtatgttgtttctatgataaaagagaggtttataaaatctgagggaatatatgtgcctgattttaa |
17932376 |
T |
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| Q |
707 |
gactgtgatacaacatttcatattgccttctccannnnnnnnagtgattagaggggtaggaaaaaggttgaaacttggggagagagatatggaagctgct |
806 |
Q |
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| T |
17932377 |
gactgtgatacaacatttcatattgccttgtccagggaggggagtgattagaggggtaggaaaaaggttgaaacttggtgagagagatatggaagctgct |
17932476 |
T |
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| Q |
807 |
ttgatgacactacataggtttggaaaccaatcttc |
841 |
Q |
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| T |
17932477 |
ttgatgacactacataggtttggaaaccaatcttc |
17932511 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 338; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 841
Target Start/End: Original strand, 46188199 - 46189039
Alignment:
| Q |
7 |
acattccaccaaaaacccaaaatattgaatccatcaaagaggctcacatggttattttccctatcatggatgatcttttcgcaaaaaccaatattttacc |
106 |
Q |
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| T |
46188199 |
acattccaccaaaaacccatcattctgaatccatcaaagaacttcacatgcttcttttccctatcattgatgatctttttgcaaaaacaaagctttcacc |
46188298 |
T |
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| Q |
107 |
tatagatatagacatgcttatcttaaattgcagtggcttttgtccctcaccttctttaacagctattgttgttaacaaatattatatgagaagtgacatt |
206 |
Q |
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| T |
46188299 |
ttttgatatagacatacttatcttaaactgtagtggcttttgttcttcaccttctttaacttccattgtagttaacaaatatgctatgagaagtgacatt |
46188398 |
T |
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| Q |
207 |
aaaagctataatgtctctggtatggggtgcagtgctagtgctatttgtattgatttagctcataatcttctccgagttcacaaaaatgctaatgttattg |
306 |
Q |
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| T |
46188399 |
aaaagttataatgtctctggtatggggtgtagtgctagtgctatttgtattgatttagctcagaatcttctcaaagttcataaaaaatctaatgttattg |
46188498 |
T |
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| Q |
307 |
ttctaagcacagagattctgtcaaatggttggtatcccggtaaagaaagatcaaagttgcatcttaactgtacctttagaatgggaagtgcagcaattct |
406 |
Q |
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| T |
46188499 |
tcttaagcacagagattttgtcccacggttggtatccaggtaaggaaaaatcaaagttgcttattaactgtctctttagaatgggaagtgcagcaattct |
46188598 |
T |
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| Q |
407 |
tctctcaaacaaaaaagaagcaaggaaaagtgcaaaatacaagttagttaggtcgcttagaacacaaagagcctttgatgacaaggcttatttttcttgt |
506 |
Q |
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| T |
46188599 |
tctttcaaacaaaaaagaagcaagtaaaaatgcaaaatatttgttacttaggacacttagaacacaaagagcttttgatgataaagcttatttatcctgt |
46188698 |
T |
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| Q |
507 |
agaagggaagaagattcagatggaaaacttggggtgacactcaataaagacgtagctcaggcagctggtgaaacacttctttcaaatatttccactttag |
606 |
Q |
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| T |
46188699 |
ataagggaagaagattcagatggaaaacttggggtgacactcaagagggatgtgcttcatgtagctggtgaaacacttcgttcaaatatttcaatcattg |
46188798 |
T |
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| Q |
607 |
gttctgaaatattgccactttcagagaagttttggtatgttgtttccatgataaaagagag------gtttataaaatctgagggaatatatgtgcctga |
700 |
Q |
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gttctgaaatattgccagtttcagagaaattttggtatttagtttctgtgatgaaaaagaggtttgtgtttatgaaatgtgaagggatttatgtgcctga |
46188898 |
T |
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| Q |
701 |
ttttaagactgtgatacaacatttcatattgccttctccannnnnnnnagtgattagaggggtaggaaaaaggttgaaacttggggagagagatatggaa |
800 |
Q |
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| T |
46188899 |
ttttaagactgttatacaacatttttgtttgccatgttcagggaggggtgtgataagagaagtgggaaaagggttgaagcttggtgagaaagagattgaa |
46188998 |
T |
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801 |
gctgctttgatgacactacataggtttggaaaccaatcttc |
841 |
Q |
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| T |
46188999 |
cctgctttgatgacacttcataggtttggaaatcaatcttc |
46189039 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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