View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1728-Insertion-7 (Length: 763)

Name: NF1728-Insertion-7
Description: NF1728
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1728-Insertion-7
NF1728-Insertion-7
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (8-763)||(28331139-28331894)
chr7 (16-735)||(28296606-28297325)
chr7 (16-743)||(28320665-28321395)
chr7 (38-735)||(28310116-28310813)
chr7 (120-711)||(28287912-28288503)
chr7 (8-289)||(28304485-28304765)
chr7 (474-606)||(28336389-28336523)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 716; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 716; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 763
Target Start/End: Original strand, 28331139 - 28331894
Alignment:
Q  8 catgtaactggtcatctttgcatgcacaccttgtggatcaaagagacgaagaattggaaagaaatctgaaacattaggcttaccagcttcttccatgaaa 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28331139 catgtaactggtcatctttgcatgcacaccttgtggatcaaagggacgaagaattggaaagaaatctgaaacattaggcttaccagcttcttccatgaaa 28331238  T
Q  108 ctcccaataattttcttaaactcttgagacttttcatcgggtgtggaatgagccaaatcaatagagaacaaagtatttgaaattgaattaagaacagtat 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  28331239 ctcccaataattttcttaaactcttgagacttttcatcgggtgtggaatgagccaaatcaatagagaacaaagtatttgaaattgaattaagaacagtgt 28331338  T
Q  208 taaaaacagcctcaccaatatcaaaaacctctcctttgttgcttttttcattcacataatctaataattcttgcaacttttgttggcgaaggatttttgt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  28331339 taaaaacagcctcaccaatatcaaaaacctctcctttgttgcttttttcattcacataatctaataattcttgcaacttttgttgacgaaggatttttgt 28331438  T
Q  308 tgagtcaagcatttttgtagaaaatacttgtgtagcacaaattttccttagtttcttccacaaagctagtgttggaagtgtccctattgagaatttgtga 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  28331439 tgagtcaagcatttttgtagaaaatacttgtgtagcacaaattttccttagtttcttccacaaagctaatgttggaagtgttcctattgagaatttgtga 28331538  T
Q  408 tgatcaagtgcacaaattgcatccgagactactctattagagaatatttgggaattttcttgtaacacttgtttggctagttgtggtgatgagattacta 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28331539 tgatcaagtgcacaaattgcatccgagactactctattagagaatatttgggaattttcttgtaacacttgtttggctagttgtggtgatgagattacta 28331638  T
Q  508 tggttgttaatgttcctagttttaatgtcatgattggtccataggtttttgagagttttgtaagtgccttgtgtggatttttgccaagttctaagatgtt 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  28331639 tggttgttaatgttcctagttttaatgtcatgattggtccataggtttttgagagttttgtgagtgccttgtgtgggtttttgccaagttctaagatgtt 28331738  T
Q  608 tccaattatgggaaatgggtttggccctggtggaagcttagtggaattttgggtttgtctaacttttctaagaataaagatgagaatgcttgcacttgca 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  28331739 tccaattatgggaaatgggtttggccctggtggaagcttggtggaattttgggtttgtttaacttttctaataataaagatgagaatgcttgcacttgca 28331838  T
Q  708 aaggtaaccactagtagaagtgtttggtggttcatggctattttgtttttgaggga 763  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28331839 aaggtaaccactagtagaagtgtttggtggttcatggctattttgtttttgaggga 28331894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 428; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 735
Target Start/End: Original strand, 28296606 - 28297325
Alignment:
Q  16 tggtcatctttgcatgcacaccttgtggatcaaagagacgaagaattggaaagaaatctgaaacattaggcttaccagcttcttccatgaaactcccaat 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||| |||||| |||    
T  28296606 tggtcatctttgcatgcacaccttgtggatcaaaaggacgaagaattggaaagaaatctgaaatattaggcctaccagctgcttccatgtaactccaaat 28296705  T
Q  116 aattttcttaaactcttgagacttttcatcgggtgtggaatgagccaaatcaatagagaacaaagtatttgaaattgaattaagaacagtattaaaaaca 215  Q
    ||| |||| ||||||||||||||||| ||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  28296706 aatgttctcaaactcttgagactttttatcaggtttggaatcagccaaatcaatagagaacaaagtgtttgaaattgaattaagaacagtgttaaaaaca 28296805  T
Q  216 gcctcaccaatatcaaaaacctctcctttgttgcttttttcattcacataatctaataattcttgcaacttttgttggcgaaggatttttgttgagtcaa 315  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  28296806 gcctcaccaatatcaaaaacctcacctttgttgcttttttcattcacataatccaataattcttgcaacttttgttggcgaaggttttttgttgagtcaa 28296905  T
Q  316 gcatttttgtagaaaatacttgtgtagcacaaattttccttagtttcttccacaaagctagtgttggaagtgtccctattgagaatttgtgatgatcaag 415  Q
    |||||||| |||||||||| | ||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||   ||| ||||||||||||| ||||||||     
T  28296906 gcatttttttagaaaatacatttgtggcacaacttttccttagtttcttccataaagctaatgttggaagccacccaattgagaatttgtcatgatcaac 28297005  T
Q  416 tgcacaaattgcatccgagactactctattagagaatatttgggaattttcttgtaacacttgtttggctagttgtggtgatgagattactatggttgtt 515  Q
    ||||| || |||||  |  ||   |||||||||||| |||||||||||||| |||||  |||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||    
T  28297006 tgcactaagtgcatgtggaacagttctattagagaagatttgggaattttcatgtaaggcttgtttggctacttgtggagatgaaattactatggttgtt 28297105  T
Q  516 aatgttcctagttttaatgtcatgattggtccataggtttttgagagttttgtaagtgccttgtgtggatttttgccaagttctaagatgtttccaatta 615  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || |    
T  28297106 attgttcctagttttagtgtcatgattggtccatagttttgtgagagttttgtgagtgccttatgtgggtttttgccaagttctaagatgtttcctatga 28297205  T
Q  616 tgggaaatgggtttggccctggtggaagcttagtggaattttgggtttgtctaacttttctaagaataaagatgagaatgcttgcacttgcaaaggtaac 715  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  | | |||||||||||| |||||||||||| ||| ||    | ||||||     
T  28297206 tgggaagtgggtatggccctggtggaagtttagtagaattttgggtttggattaattttctaagaatgaagatgagaatggttgtacacaaagaggtaat 28297305  T
Q  716 cactagtagaagtgtttggt 735  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  28297306 cactagtagaagtgtttggt 28297325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 393; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 743
Target Start/End: Original strand, 28320665 - 28321395
Alignment:
Q  16 tggtcatctttgcatgcacaccttgtggatcaaagagacgaagaattggaaagaaatctgaaacattaggcttaccagcttcttccatgaaactcccaat 115  Q
    |||||||| |||||| || |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || || |||    
T  28320665 tggtcatccttgcatacaaaccttgtggatctaagggacgaagaattggaaagaaatctgaaatattaggcttaccagcttcttccatgataccccaaat 28320764  T
Q  116 aattttcttaaactcttgagacttttcatcgggt---gtggaatgagccaaatcaatagagaacaaagtatttgaaattgaattaagaacagtattaaaa 212  Q
    |||  ||||||| ||||||||||| ||||| |||   |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |  |||||    
T  28320765 aatggtcttaaattcttgagacttctcatcaggtactgtggaatgtgccaaatccatagagaacaaagtgtttgaaattgaattaaggacatttgtaaaa 28320864  T
Q  213 acagcctcaccaatatcaaaaacctctcctttgttgcttttttcattcacataatctaataattcttgcaacttttgttggcgaaggatttttgttgagt 312  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  28320865 acagcttcaccaatatcaaaaacctcacctttgttacttttttcattcacataatctaataattcttgcaacttttgttggcgaaggtttcttgttgagt 28320964  T
Q  313 caagcatttttgtagaaaatacttgtgtagcacaaattttccttagtttcttccacaaagctagtgttggaagtgtccctattgagaatttgtgatgatc 412  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||  || ||||||||    ||| | ||||||||||| ||||||    
T  28320965 caagcatttttgtagaaaatacttttgtagcacaacttttccttagtttcttccacaaatttaatgttggaacccacccaactgagaatttgtcatgatc 28321064  T
Q  413 aagtgcacaaattgcatccgagactactctattagagaatatttgggaattttcttgtaacacttgtttggctagttgtggtgatgagattactatggtt 512  Q
    || |||| | |||||||  | |||   |||||| || || ||||| ||||| || ||||| ||||||||||||| |||||| || ||||| |||||||||    
T  28321065 aactgcagagattgcatgtgggacagttctatttgaaaagatttgagaattgtcatgtaaaacttgtttggctacttgtggggaagagatcactatggtt 28321164  T
Q  513 gttaatgttcctagttttaatgtcatgattggtccataggtttttgagagttttgtaagtgccttgtgtggatttttgccaagttctaagatgtttccaa 612  Q
    ||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28321165 gttatgcttcctagttttaatgtcatgattggtccatagatttttgagagttttgttaatgccttgtgtggatttttgccaagttctaagatgtttccaa 28321264  T
Q  613 ttatgggaaatgggtttggccctggtggaagcttagtggaattttgggtttgtctaacttttctaagaataaagatgagaatgcttgcacttgcaaaggt 712  Q
    | ||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  |   |||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||     
T  28321265 tgatgggaagtggctttggccctggtggaagtttagtagaattttgggtttggtttgattttctaagaatgaagatgagaatggttgcacttacaaagga 28321364  T
Q  713 aaccactagtagaagtgtttggtggttcatg 743  Q
    || |||||||||||||||||| |||| ||||    
T  28321365 aatcactagtagaagtgtttgatggtccatg 28321395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 378; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 38 - 735
Target Start/End: Original strand, 28310116 - 28310813
Alignment:
Q  38 ttgtggatcaaagagacgaagaattggaaagaaatctgaaacattaggcttaccagcttcttccatgaaactcccaataattttcttaaactcttgagac 137  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  ||||  |||||||| |||||||||    
T  28310116 ttgtggatcaaaaggacgaagaattggaaagaaatctgaaacattaggcttaccagcttcttccatgataccccacataacgttcttaaattcttgagac 28310215  T
Q  138 ttttcatcgggtgtggaatgagccaaatcaatagagaacaaagtatttgaaattgaattaagaacagtattaaaaacagcctcaccaatatcaaaaacct 237  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||| | |||  ||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  28310216 ttttcatcaggtgttgaatgagccaaatccatagaacacaaagtgtttgaaattgaattaaggatagttgtaaaaacagccgcaccaatatcaaaaatct 28310315  T
Q  238 ctcctttgttgcttttttcattcacataatctaataattcttgcaacttttgttggcgaaggatttttgttgagtcaagcatttttgtagaaaatacttg 337  Q
    | ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||     
T  28310316 cacctttcttacttttttcattcacataatctaataattcttgcaacttttgttggcgaaggatttttgttgagtcaagtacttttgtagaaaatacttt 28310415  T
Q  338 tgtagcacaaattttccttagtttcttccacaaagctagtgttggaagtgtccctattgagaatttgtgatgatcaagtgcacaaattgcatccgagact 437  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||| |||||||||  |||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||  | |||     
T  28310416 tgtagcacaaaatttccttagtttcttccatgaagctaatgttggaagcatcccaattgataatttgtcatgatcaagtgcacaaagtgcatgtgggaca 28310515  T
Q  438 actctattagagaatatttgggaattttcttgtaacacttgtttggctagttgtggtgatgagattactatggttgttaatgttcctagttttaatgtca 537  Q
      |||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  28310516 gttctattagagaagatttgagaattttcatgtaaaacttgtttggctagttgaggtgatgagattactatggttgttaatgttcctagttttagtgtca 28310615  T
Q  538 tgattggtccataggtttttgagagttttgtaagtgccttgtgtggatttttgccaagttctaagatgtttccaattatgggaaatgggtttggccctgg 637  Q
    | |||||||||||| | |||||||| ||||| |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||| ||| |||||||||||    
T  28310616 taattggtccatagatgtttgagagatttgtgagtgtcctgtgtggatttttgccaagttgtaagatgtttcctatgatgggaagtggttttggccctgg 28310715  T
Q  638 tggaagcttagtggaattttgggtttgtctaacttttctaagaataaagatgagaatgcttgcacttgcaaaggtaaccactagtagaagtgtttggt 735  Q
    |||||| || || |||||||| |||||  | | |||| ||| ||| |||||||||||||| ||||    | |||||| ||| ||||||||||||||||    
T  28310716 tggaagttttgtagaattttgagtttggtttaattttttaaaaatgaagatgagaatgctcgcacacaaagaggtaatcaccagtagaagtgtttggt 28310813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 120 - 711
Target Start/End: Complemental strand, 28288503 - 28287912
Alignment:
Q  120 ttcttaaactcttgagacttttcatcgggtgtggaatgagccaaatcaatagagaacaaagtatttgaaattgaattaagaacagtattaaaaacagcct 219  Q
    |||| |||| ||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||||||| |||||  ||||||||||||    
T  28288503 ttctcaaacacttgagatttttcatcaggtgttgaatgagccaaatccatagagaagaaagtgtttgaaactgaattaaggacagttgtaaaaacagcct 28288404  T
Q  220 caccaatatcaaaaacctctcctttgttgcttttttcattcacataatctaataattcttgcaacttttgttggcgaaggatttttgttgagtcaagcat 319  Q
    |||||||||||||| | || |||||||||| |||||| || |||||||| |||||| |||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  28288403 caccaatatcaaaagcttcacctttgttgcatttttcctttacataatccaataatacttgtaacttttgttggcgaatgttttttgttgagtcaagcat 28288304  T
Q  320 ttttgtagaaaatacttgtgtagcacaaattttccttagtttcttccacaaagctagtgttggaagtgtccctattgagaatttgtgatgatcaagtgca 419  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   ||| | ||||||||||| |||||||||||||    
T  28288303 ttttgtagaaaatacttttgtagcacaaattttccttagtttcttccacaaagctaatgttggaagccacccaagtgagaatttgttatgatcaagtgca 28288204  T
Q  420 caaattgcatccgagactactctattagagaatatttgggaattttcttgtaacacttgtttggctagttgtggtgatgagattactatggttgttaatg 519  Q
       |||||||  | |||   |||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  28288203 tgtattgcatgtgggacagttctatttgagaagatttgagaattttcatgtaaaacttgtttggctaattgtggtgatgaaattactatggttgttaatg 28288104  T
Q  520 ttcctagttttaatgtcatgattggtccataggtttttgagagttttgtaagtgccttgtgtggatttttgccaagttctaagatgtttccaattatggg 619  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||||||| | |||||||| ||||| |||| | ||||||| ||||||||||||| |||||||||||| || |||||    
T  28288103 ttcctagttttagtgtcataattggtccatagatgtttgagagatttgtgagtgtcctgtgtgggtttttgccaagttgtaagatgtttcctatgatggg 28288004  T
Q  620 aaatgggtttggccctggtggaagcttagtggaattttgggtttgtctaacttttctaagaataaagatgagaatgcttgcacttgcaaagg 711  Q
    || ||| ||||||||||||||||| || || |||||||| |||||  | | |||||||||||| | |||||| |||||||||||| ||||||    
T  28288003 aagtggctttggccctggtggaagttttgtagaattttgagtttggtttaattttctaagaatgaggatgaggatgcttgcacttacaaagg 28287912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 152; E-Value: 4e-80
Query Start/End: Original strand, 8 - 289
Target Start/End: Original strand, 28304485 - 28304765
Alignment:
Q  8 catgtaactggtcatctttgcatgcacaccttgtggatcaaagagacgaagaattggaaagaaatctgaaacattaggcttaccagcttcttccatgaaa 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  28304485 catgtaactggtcatctttgcatgcacaccttgtggatcaaagggacgaagaattggaaagaaatctgaaacattaggcttaccagctttttccatgata 28304584  T
Q  108 ctcccaataattttcttaaactcttgagacttttcatcgggtgtggaatgagccaaatcaatagagaacaaagtatttgaaattgaattaagaacagtat 207  Q
    | || |||||| || | |||||||| ||||  ||||||  ||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  | |||      
T  28304585 ccccaaataatgttttcaaactctttagac--ttcatcatgtgttaaatgagccaaatcaatagagaacaaagtgtttgaaattgaattaaagaaagttg 28304682  T
Q  208 taaaaacagcctcaccaatatcaaaaacctctcctttgttgcttttttcattcacataatctaa-taattcttgcaacttttg 289  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||| || |||||| ||||||||||| || ||||||||  ||||||||    
T  28304683 taaaaacagcatcaccaatatcaaaaacttcacctttgtagcctttttctttcacataatccaattaattcttttaacttttg 28304765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 474 - 606
Target Start/End: Original strand, 28336389 - 28336523
Alignment:
Q  474 acttgtttggctagttgtggtgatgagattactatggttgttaatgtt-cctagttttaatgtcatgattggtccataggtttttgagag---ttttgta 569  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||| || ||||||| ||||||||||||||| ||| |||| |||||   ||||||     
T  28336389 acttgtttggttagttgtggggatgagattactatggatgtt-atgttgccaagttttagtgtcatgattggtccgtagattttagagagtttttttgtg 28336487  T
Q  570 agtgccttgtgtggatttttgccaagttctaagatgt 606  Q
    |||| ||||||||| ||||| | ||||||| ||||||    
T  28336488 agtgacttgtgtgggttttt-caaagttctgagatgt 28336523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University