View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17281_low_1 (Length: 804)

Name: NF17281_low_1
Description: NF17281
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17281_low_1
NF17281_low_1
[»] chr4 (53 HSPs)
chr4 (14-787)||(27425830-27426601)
chr4 (582-779)||(27412690-27412887)
chr4 (582-787)||(27415639-27415845)
chr4 (582-780)||(27420433-27420631)
chr4 (583-780)||(27569967-27570164)
chr4 (430-787)||(27565714-27566073)
chr4 (614-763)||(27503964-27504113)
chr4 (614-763)||(27475528-27475677)
chr4 (609-780)||(27468271-27468442)
chr4 (588-764)||(27423263-27423439)
chr4 (609-780)||(27514916-27515087)
chr4 (625-763)||(27524566-27524704)
chr4 (614-761)||(27508896-27509043)
chr4 (582-787)||(27497239-27497444)
chr4 (609-787)||(27478827-27479005)
chr4 (88-205)||(27416260-27416377)
chr4 (617-763)||(27563298-27563444)
chr4 (99-202)||(27420803-27420906)
chr4 (609-780)||(27506723-27506894)
chr4 (669-787)||(27489978-27490096)
chr4 (88-203)||(27569459-27569575)
chr4 (664-787)||(27485942-27486065)
chr4 (626-763)||(27585730-27585867)
chr4 (656-763)||(27411447-27411554)
chr4 (685-779)||(27527187-27527281)
chr4 (665-770)||(27444794-27444899)
chr4 (656-780)||(27424505-27424629)
chr4 (665-770)||(27431148-27431253)
chr4 (656-763)||(27567297-27567404)
chr4 (665-763)||(27414304-27414402)
chr4 (665-763)||(27479943-27480041)
chr4 (665-770)||(27557524-27557629)
chr4 (666-770)||(27498450-27498554)
chr4 (627-763)||(27571665-27571801)
chr4 (655-782)||(17970322-17970449)
chr4 (665-763)||(27526112-27526210)
chr4 (665-743)||(27559240-27559318)
chr4 (84-149)||(27413358-27413423)
chr4 (432-497)||(27415940-27416005)
chr4 (665-770)||(27460513-27460618)
chr4 (665-782)||(27487006-27487123)
chr4 (380-492)||(27423534-27423637)
chr4 (666-770)||(27473927-27474031)
chr4 (667-779)||(27501343-27501455)
chr4 (667-782)||(27502809-27502924)
chr4 (353-505)||(27412970-27413115)
chr4 (665-763)||(27505702-27505800)
chr4 (430-504)||(27569811-27569885)
chr4 (666-763)||(27419072-27419169)
chr4 (665-770)||(27500338-27500443)
chr4 (665-713)||(27495628-27495676)
chr4 (665-763)||(27476729-27476827)
chr4 (152-194)||(27565598-27565640)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (614-787)||(1756706-1756879)
chr5 (586-775)||(1754718-1754906)
chr5 (667-782)||(1754243-1754358)
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (586-782)||(55084809-55085005)
chr3 (655-780)||(50909985-50910110)
chr3 (664-782)||(38024874-38024992)
chr3 (664-782)||(38031326-38031444)
chr3 (655-774)||(48840702-48840820)
chr3 (661-782)||(38043926-38044047)
chr3 (665-758)||(50904792-50904885)
chr3 (664-761)||(50911868-50911965)
chr3 (586-761)||(38028687-38028862)
chr3 (586-761)||(38040002-38040177)
chr3 (664-760)||(38036792-38036888)
chr3 (586-782)||(38033696-38033896)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (664-782)||(21607295-21607413)
chr8 (586-761)||(21604675-21604850)
chr8 (655-740)||(21634608-21634693)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (655-782)||(3073592-3073719)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 685; Significance: 0; HSPs: 53)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 685; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 787
Target Start/End: Complemental strand, 27426601 - 27425830
Alignment:
Q  14 attattctaaaacaccatgtggaggttcgtgagccattgtctcatactaaaccctgtcatataaaatagcctactaagtactaaccattcaactctttaa 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27426601 attattctaaaacaccatgtggaggttcgtgagccattgtctcatactaaaccctgtcatataatatagcctactaagtactaaccattcaactctttaa 27426502  T
Q  114 ataaggatatcctaacagggaccatggaatgaggcctctgtcattcagtgaaataattgaccttgttactgaattgttattgtgcacttgttgtttatga 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  27426501 ataaggatatcctaacagggaccatggaatgaggcctgtgtcattcagtgaaataattgaccttgttactgaattgttattgtgcacttgttctttatga 27426402  T
Q  214 agggaagttacctcatgtctatgttatgtagttattaaaaagaaaagtttgtaaatttatgtatcacctttgtcctatgaaaattaattttgctataccc 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27426401 agggaagttacctcatgtctatgttatgtagttattaaaaagaaaactttgtaaatttatgtttcacctttgtcctatgaaaattaattttgctataccc 27426302  T
Q  314 ttgctaggaatcatgtgttctggtcctgctttgaaatgtttcagaatacaaagtattttttccttttagcaaacaacattactcatatagtcgtatttca 413  Q
    ||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27426301 ttg-taggaat-atgtgttctagtcctgctttgaaatgtttcagaatacaaagtatttttgtcttttagtaaacaacattactcatatagtcgtatttca 27426204  T
Q  414 taagtttataagttcattaagtgcgataaaccaaaaacgtagaagagctgcttgagtagttgaattcattctcattaaacaaaacatatttacaatttgc 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27426203 taagtttataagttcattaagtgcgataaaccaaaaacgtaaaagagctgcttgagtagttgaattcattctcattaaacaaaacatatttacaatttgc 27426104  T
Q  514 caatctaatggtcatttccttctcatcttttagaatttgatgagataactagaatacnnnnnnntatttctactaaactatgtcagtctgttttggtgtc 613  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27426103 taatctaatggtcatttccttctcatcttttagaatttgatgagataactagaatacaaaaaaatatttctactaaactatgtcagtctgttttggtgtc 27426004  T
Q  614 agattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttc 713  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27426003 agattcataggccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttc 27425904  T
Q  714 ctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgcttttgtt 787  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  27425903 ctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggatcacataccgcttttgtt 27425830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 582 - 779
Target Start/End: Complemental strand, 27412887 - 27412690
Alignment:
Q  582 tctactaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgagg 681  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||    
T  27412887 tctactaaactatgtcagtttcttttggtgtcagattcatagcccattcgagcgagatgttatatgttgaaagacatcttccgtgcaaggaatggtgagg 27412788  T
Q  682 ccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccg 779  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  27412787 ccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatattgggatcacaaaccg 27412690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 123; E-Value: 9e-63
Query Start/End: Original strand, 582 - 787
Target Start/End: Complemental strand, 27415845 - 27415639
Alignment:
Q  582 tctactaaactatgtcagtctgttttg-gtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgag 680  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||  |||| ||||||||| ||| |||||||||||||| || |||||||| ||||| || |||||||||||||||||    
T  27415845 tctactaaactatgtcagtctcttttttgtgttagattcatattccgttcaagcgagatgttatgtgttgaaagacatcttctgtgcaaggaatggtgag 27415746  T
Q  681 gccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgc 780  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | |||    
T  27415745 gccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagtatgatatggggatcacaaatcgc 27415646  T
Q  781 ttttgtt 787  Q
    |||||||    
T  27415645 ttttgtt 27415639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 582 - 780
Target Start/End: Complemental strand, 27420631 - 27420433
Alignment:
Q  582 tctactaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgagg 681  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||| ||||| |||| ||| || ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||    
T  27420631 tctactaaactatgtcagactcttttggtctcagattcatagcccattgaagcaagaagttatatgttgaaagacatcttccgtgcaaggaatggtgagg 27420532  T
Q  682 ccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgc 780  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||| |||||||||| |||||| ||||||||||||  ||||||| |||||||    
T  27420531 ccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaacttgactcagcaagccttgaaatgaaggttggctcaagtatgatacggggattaaataccgc 27420433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 110; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 583 - 780
Target Start/End: Original strand, 27569967 - 27570164
Alignment:
Q  583 ctactaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggc 682  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||  || |||| ||||||||| ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||    
T  27569967 ctactaaactatgtcagtctcttctggtgttagattcatatcccgttcatgcgagatgttatatgttgaaagatatcttcggtgcaaggaatggtgaggc 27570066  T
Q  683 cacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgc 780  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||  |||||||||||||| |||||| | ||||||||||  ||||| |||||||||    
T  27570067 cacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatacggggatcacataccgc 27570164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 430 - 787
Target Start/End: Original strand, 27565714 - 27566073
Alignment:
Q  430 ttaagtgcgataaaccaaaaacgtagaagagctgcttgagtagttgaattcattctcattaaacaaaacatatttacaatttgccaatctaatggtcatt 529  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||| || ||||||||||   || ||||||||  ||||||||||||||||    
T  27565714 ttaagtgcaataaaccaaaaacatagaagagctgcttgaatagtcgaattcattgtcgttaaacaaaattgatatacaatttatcaatctaatggtcatt 27565813  T
Q  530 tccttctcatcttttagaatttgatgagataactagaatacnnnnnnntattt----ctactaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtc 625  Q
    |  ||  ||||||| | |||||||| ||||  ||||  |||       ||  |    ||||||||||||||||||||  |||||||| || |||||||||    
T  27565814 tttttg-catcttt-acaatttgataagatgcctagtttacaaaaaaataaatatccctactaaactatgtcagtctaatttggtgttaggttcatagtc 27565911  T
Q  626 cattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgact 725  Q
    ||||||||| ||| || |||||||| || ||||| |||   ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||| |||  |    
T  27565912 cattcaagcaagaagttatatgttggaagacatcttcgccacaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccatgctcttcctcaacttgtat 27566011  T
Q  726 caataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgcttttgtt 787  Q
    ||  |||||||||||  |||||||||||| ||||||||| ||||| ||| | ||||||||||    
T  27566012 cagcaagtcttgaaacaatggttggttcaggtatgatatggggatcacaaatcgcttttgtt 27566073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 98; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 614 - 763
Target Start/End: Complemental strand, 27504113 - 27503964
Alignment:
Q  614 agattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttc 713  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| || || ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27504113 agattcatagtccattcaagcaagaagttatgtgttggaagacatcttcggtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttc 27504014  T
Q  714 ctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 763  Q
    |||   ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  27504013 ctcggcttgactcaacaagtcttgaaatgaaggttggttcaagtatgata 27503964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 614 - 763
Target Start/End: Original strand, 27475528 - 27475677
Alignment:
Q  614 agattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttc 713  Q
    |||||||||| |||||||||| ||| || |||||||| || ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27475528 agattcatagcccattcaagcaagaagttatatgttggaagacatcttcggagcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttc 27475627  T
Q  714 ctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 763  Q
    |||   ||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  27475628 ctcggcttgactcaacaagtcttgaaatgaaggttgattcaagtatgata 27475677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 609 - 780
Target Start/End: Original strand, 27468271 - 27468442
Alignment:
Q  609 gtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaac 708  Q
    |||| ||||||||||||||||||||  |||  | |||||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  27468271 gtgtaagattcatagtccattcaaggaagaaattatatgttggaagacatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaat 27468370  T
Q  709 tcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgc 780  Q
    ||||||||  |||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||  |||| |||| |||||    
T  27468371 tcttcctcggattgactcaacaagtcttgaaatgaaggttggtttaagtatgatacagggactacaaaccgc 27468442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 588 - 764
Target Start/End: Complemental strand, 27423439 - 27423263
Alignment:
Q  588 aaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccaccc 687  Q
    |||||| || ||||| |||||||||  ||||||||||||||||||| |||| || |||||||| || ||||| || |||||||||| |||||||||||||    
T  27423439 aaactacgttagtctattttggtgtttgattcatagtccattcaagtgagaagttatatgttggaaaacatcttccgtgcaaggaacggtgaggccaccc 27423340  T
Q  688 atgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatat 764  Q
    ||||||||||  || ||||||||||||||   ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  27423339 atgggatgattgtaaccaaactcttcctcggcttgactcaacaattcttgaaatgaaggttggttcaagtatgatat 27423263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 609 - 780
Target Start/End: Complemental strand, 27515087 - 27514916
Alignment:
Q  609 gtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaac 708  Q
    |||| ||||||||||||||||||||  |||  | ||||| || || ||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  27515087 gtgtaagattcatagtccattcaaggaagaaattatatgctggaagacatcttctgtacaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaat 27514988  T
Q  709 tcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgc 780  Q
    ||||||||  |||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||  |||| |||| |||||    
T  27514987 tcttcctcggattgactcaacaagtcttgaaatgaaggttgattcaagtatgatacagggactacaaaccgc 27514916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 625 - 763
Target Start/End: Complemental strand, 27524704 - 27524566
Alignment:
Q  625 ccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgac 724  Q
    ||||||||||  || || |||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||     
T  27524704 ccattcaagcatgaagttatatgttggaagacatcttcggtgcacggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgat 27524605  T
Q  725 tcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 763  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  27524604 tcaacaagtcttgaaatgaaggttggttcaaatatgata 27524566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 614 - 761
Target Start/End: Complemental strand, 27509043 - 27508896
Alignment:
Q  614 agattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttc 713  Q
    |||||||||||||||| |||| ||| || |||||||| || ||||| |||| ||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  27509043 agattcatagtccattgaagcaagaagttatatgttggaacacatcttcggagcatggaatggtgaggccacccgttggatgatcatatccaaactcttc 27508944  T
Q  714 ctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatga 761  Q
    ||||   ||| |||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  27508943 ctcagcctgattcaacaagtcttgaaatgaaggttggttcaaatatga 27508896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 582 - 787
Target Start/End: Original strand, 27497239 - 27497444
Alignment:
Q  582 tctactaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgagg 681  Q
    |||||||||||| |||||||| |||    || | ||| |||| |||||||||||||| || ||  |||| || ||||  || ||||||||||||||||||    
T  27497239 tctactaaactacgtcagtctctttccacgtgaaatttatagcccattcaagcgagaagttatgcgttggaagacattttcagtgcaaggaatggtgagg 27497338  T
Q  682 ccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgct 781  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| || | ||||||  |||||||||| |||||||| || ||||| ||| ||||||    
T  27497339 ccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatattgaaacaatggttggtttaagtatgagatagggatcacaaaccgct 27497438  T
Q  782 tttgtt 787  Q
    ||||||    
T  27497439 tttgtt 27497444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 609 - 787
Target Start/End: Original strand, 27478827 - 27479005
Alignment:
Q  609 gtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaac 708  Q
    |||| ||| |||||| |||||||||| ||| || |||||||| || ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  27478827 gtgtaagaatcatagcccattcaagcaagaagttatatgttggaacacatcttcggagcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaat 27478926  T
Q  709 tcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgcttttgtt 787  Q
    ||||| ||   ||||   |  || ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||| ||||    
T  27478927 tcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgatattgggacaacaaaccgcttctgtt 27479005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 88 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 27416377 - 27416260
Alignment:
Q  88 taagtactaaccattcaactctttaaataaggatatcctaacagggaccatggaatgaggcctctgtcattcagtgaaataattgaccttgttactgaat 187  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||  |||||    
T  27416377 taagtactaaccattcaattctttagataaggatatcctaacaggaaccatataatgaggcctatgtcattcagtgaaataatttcccttgttgatgaat 27416278  T
Q  188 tgttattgtgcacttgtt 205  Q
    || ||||||| |||||||    
T  27416277 tggtattgtgtacttgtt 27416260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 617 - 763
Target Start/End: Original strand, 27563298 - 27563444
Alignment:
Q  617 ttcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctc 716  Q
    |||||||  ||||||||||||| || |||||||||||  |||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  27563298 ttcatagctcattcaagcgagaagttatatgttgaaaggcatcttcagtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttc 27563397  T
Q  717 aaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 763  Q
       ||||||||  || ||||||||  ||| |||||||||||||||||    
T  27563398 ggcttgactcagcaaatcttgaaacaatgtttggttcaagtatgata 27563444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 99 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 27420906 - 27420803
Alignment:
Q  99 cattcaactctttaaataaggatatcctaacagggaccatggaatgaggcctctgtcattcagtgaaataattgaccttgttactgaattgttattgtgc 198  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||  |||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  27420906 cattcaattctttagataaggatatcctaacaggcaccatagaatgcagcctatgtcattcagtgaaacaattgactttgttactgaattgttattgtac 27420807  T
Q  199 actt 202  Q
    ||||    
T  27420806 actt 27420803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 609 - 780
Target Start/End: Complemental strand, 27506894 - 27506723
Alignment:
Q  609 gtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaac 708  Q
    |||||||||| || |  ||||||||| ||| || || |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  27506894 gtgtcagatttatggctcattcaagcaagaagttatgtgttgaaagacatcttcagtgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaat 27506795  T
Q  709 tcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgc 780  Q
    ||||| ||   ||||   |  || ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||    
T  27506794 tcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaaccgc 27506723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 669 - 787
Target Start/End: Complemental strand, 27490096 - 27489978
Alignment:
Q  669 aggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattggg 768  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||   |||| |||| || |||||||||||||||| ||| |||||||| |  |||    
T  27490096 aggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcctcggcttgattcaacaaatcttgaaatgatggtttgtttaagtatgacacaggg 27489997  T
Q  769 attacataccgcttttgtt 787  Q
    | |||| |||| |||||||    
T  27489996 actacaaaccgtttttgtt 27489978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 88 - 203
Target Start/End: Original strand, 27569459 - 27569575
Alignment:
Q  88 taagtactaaccattcaactctttaaataaggatatcctaacagggaccatggaatgaggcctctgtcattcagtgaaataattgaccttgttact-gaa 186  Q
    |||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||  | ||||||| |||| |||||||||| |||||||| | |    
T  27569459 taagtagtaaccattcaattctttagataaggatatcctaacaggaaccatagaatgaggaatgtgtcattaagtggaataattgactttgttactggca 27569558  T
Q  187 ttgttattgtgcacttg 203  Q
    |||| ||||||||||||    
T  27569559 ttgtaattgtgcacttg 27569575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 664 - 787
Target Start/End: Original strand, 27485942 - 27486065
Alignment:
Q  664 gtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 763  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||   ||||   |  || ||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  27485942 gtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgata 27486041  T
Q  764 ttgggattacataccgcttttgtt 787  Q
    ||||||  ||| ||||||| ||||    
T  27486042 ttgggacaacaaaccgcttctgtt 27486065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 626 - 763
Target Start/End: Complemental strand, 27585867 - 27585730
Alignment:
Q  626 cattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgact 725  Q
    ||||||||||| | || |||||||  ||  |||| || ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| ||   ||||||    
T  27585867 cattcaagcgataagttatatgtttgaaggcatcttctgtgcaaggaatggtgagacctcccattggatgatcatatccaaactcttcttcggcttgact 27585768  T
Q  726 caataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 763  Q
    ||  || ||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  27585767 catcaaatcttgaaacaatggttggttcaagtatgata 27585730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 656 - 763
Target Start/End: Original strand, 27411447 - 27411554
Alignment:
Q  656 catcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaa 755  Q
    |||||||| |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||   |||| | | ||| |||||||| ||||||||||||||    
T  27411447 catcctcgctgcaaggaattgtgagaccacccataggatgatcatatccaaattcttcttctgcttgatttagtaattcttgaaacgatggttggttcaa 27411546  T
Q  756 gtatgata 763  Q
    ||||||||    
T  27411547 gtatgata 27411554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 685 - 779
Target Start/End: Complemental strand, 27527281 - 27527187
Alignment:
Q  685 cccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccg 779  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||  || ||| |||| ||||||||||| |||| |||||||||||| ||| ||||    
T  27527281 cccatgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcagcaactctagaaacgatggttggtttaagtgtgatattgggatcacaaaccg 27527187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 665 - 770
Target Start/End: Original strand, 27444794 - 27444899
Alignment:
Q  665 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatat 764  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| || | ||||||   |||| ||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  27444794 tgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgattggctcaagtatgatat 27444893  T
Q  765 tgggat 770  Q
    ||||||    
T  27444894 tgggat 27444899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 656 - 780
Target Start/End: Original strand, 27424505 - 27424629
Alignment:
Q  656 catcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaa 755  Q
    |||||||| |||| |||||||| || |||||||| ||||||||||||||| | ||||| ||| ||||| | |  || ||||||||||| |||||||||||    
T  27424505 catcctcgctgcacggaatggtaagaccacccattggatgatcatatccatattcttcttcagattgatttagcaattcttgaaatgaaggttggttcaa 27424604  T
Q  756 gtatgatattgggattacataccgc 780  Q
    |||||||| ||| || ||| |||||    
T  27424605 gtatgatactggaatcacaaaccgc 27424629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 665 - 770
Target Start/End: Original strand, 27431148 - 27431253
Alignment:
Q  665 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatat 764  Q
    |||||||||| ||||| |||||  | ||||| ||||||||||| | ||||||   |||| |||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  27431148 tgcaaggaattgtgagaccaccggttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggttggttcaagtatgatat 27431247  T
Q  765 tgggat 770  Q
    ||||||    
T  27431248 tgggat 27431253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 656 - 763
Target Start/End: Complemental strand, 27567404 - 27567297
Alignment:
Q  656 catcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaa 755  Q
    |||| ||| |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||   |||| | | ||| |||||||| ||||||||||||||    
T  27567404 catcttcgctgcaaggaattgtgagaccacccattggatgatcataaccaaattcttcttctgtttgatttagtaattcttgaaacgatggttggttcaa 27567305  T
Q  756 gtatgata 763  Q
    ||||||||    
T  27567304 gtatgata 27567297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 665 - 763
Target Start/End: Original strand, 27414304 - 27414402
Alignment:
Q  665 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 763  Q
    |||| ||||| || || |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||  ||||| | | ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  27414304 tgcacggaattgtaagaccacccattggatgatcatatccaaattcttcttctgattgatttagtaattcttgaaatgagggttggttcaagtatgata 27414402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 665 - 763
Target Start/End: Complemental strand, 27480041 - 27479943
Alignment:
Q  665 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 763  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| | |||||||  |||  |||| || | ||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  27480041 tgcaaggaatggtgagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcagcttggttcaacaacttttggaatgatgtttggttcaagtatgata 27479943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 665 - 770
Target Start/End: Complemental strand, 27557629 - 27557524
Alignment:
Q  665 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatat 764  Q
    |||| ||||| ||||| |||||||| |||||| ||||| |||| | |||||||  |||| |||  || |||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  27557629 tgcatggaatagtgagaccacccattggatgaacatattcaaattgttcctcagcttgattcagcaattcttgaaatgatggttggtttaagtatgacat 27557530  T
Q  765 tgggat 770  Q
    ||||||    
T  27557529 tgggat 27557524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 666 - 770
Target Start/End: Complemental strand, 27498554 - 27498450
Alignment:
Q  666 gcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatatt 765  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| | || | ||||||   |||  |||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||     
T  27498554 gcaaggaatagtgagaccacccattggatgatcatattcgaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttggaacgatggttggttcaagtatgatata 27498455  T
Q  766 gggat 770  Q
    |||||    
T  27498454 gggat 27498450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 627 - 763
Target Start/End: Complemental strand, 27571801 - 27571665
Alignment:
Q  627 attcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactc 726  Q
    |||||||||||| || | || | | ||| ||||||||  ||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||  ||||| |     
T  27571801 attcaagcgagaagtaagatttaggaattcatcctcgccgcaaggaattgtgagaccacccattggatgatcatatccaaattcttcttctgattgattt 27571702  T
Q  727 aataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 763  Q
    | ||| |||||||| ||||| ||| |||| |||||||    
T  27571701 agtaattcttgaaacgatggctggctcaaatatgata 27571665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #35
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 655 - 782
Target Start/End: Complemental strand, 17970449 - 17970322
Alignment:
Q  655 acatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttca 754  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||     ||||||  |||| ||||||||| | ||||||||    
T  17970449 acatcttctgtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcgtatccgaattcttcctctgcccgactcagcaagtattgaaatgaagtttggttca 17970350  T
Q  755 agtatgatattgggattacataccgctt 782  Q
    |||||||  | ||||| ||| |||||||    
T  17970349 agtatgacgtagggatcacaaaccgctt 17970322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #36
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 665 - 763
Target Start/End: Original strand, 27526112 - 27526210
Alignment:
Q  665 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 763  Q
    |||||||||| ||||| |||||| | |||||||||||| |||| | |||||||  ||| ||||| || ||||| ||||| | |||||||||||||||||    
T  27526112 tgcaaggaatagtgagaccacccgttggatgatcatattcaaattgttcctcagcttggctcaacaattcttggaatgaggtttggttcaagtatgata 27526210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #37
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 665 - 743
Target Start/End: Original strand, 27559240 - 27559318
Alignment:
Q  665 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatga 743  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  |||| || ||||| | |||||||||    
T  27559240 tgcaaggaattgtgagaccacccattggatgatcatatccaaactcttcttctgattggcttaataactattgaaatga 27559318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #38
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 84 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 27413423 - 27413358
Alignment:
Q  84 ctactaagtactaaccattcaactctttaaataaggatatcctaacagggaccatggaatgaggcc 149  Q
    ||||| |||| ||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  27413423 ctactcagtaataaccattcaattcttaagataaggatatcctaacaggaaccatagaatgaggcc 27413358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #39
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 432 - 497
Target Start/End: Complemental strand, 27416005 - 27415940
Alignment:
Q  432 aagtgcgataaaccaaaaacgtagaagagctgcttgagtagttgaattcattctcattaaacaaaa 497  Q
    |||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||| || ||| |||||||||    
T  27416005 aagtgcaataaaccaaaaaagtagaggagctgcttgagtagtcgaattcgttttcactaaacaaaa 27415940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #40
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 665 - 770
Target Start/End: Complemental strand, 27460618 - 27460513
Alignment:
Q  665 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatat 764  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| | |||||||  ||| ||||  || ||||| ||||||  ||| ||||| ||||||||    
T  27460618 tgcaaggaatggtgagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcactttggctcagcaattcttggaatgatttttgcttcaaatatgatat 27460519  T
Q  765 tgggat 770  Q
     |||||    
T  27460518 agggat 27460513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #41
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 665 - 782
Target Start/End: Complemental strand, 27487123 - 27487006
Alignment:
Q  665 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatat 764  Q
    |||||||||| || || |||||||| |||||||||||| |||| | ||| |||  |||  |||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||||     
T  27487123 tgcaaggaatagtaagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcttcagcttggttcaacaattcttgaaacgatggttggtttaagtatgataa 27487024  T
Q  765 tgggattacataccgctt 782  Q
     ||||| ||| |||||||    
T  27487023 agggatcacaaaccgctt 27487006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #42
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 380 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 27423637 - 27423534
Alignment:
Q  380 tagcaaacaacattactcatatagtcgtatttcataagtttataagttcattaagtgcgataaaccaaaaacgtagaagagctgcttgagtagttgaatt 479  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||         |||||||| |||||||||||||  | | ||| || ||||||||| |||||    
T  27423637 tagcaagcaacattactcatatagtcatatttcataagttt---------ttaagtgcaataaaccaaaaacacaaaggagatgtttgagtagtcgaatt 27423547  T
Q  480 cattctcattaaa 492  Q
    |||| ||||||||    
T  27423546 cattgtcattaaa 27423534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #43
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 666 - 770
Target Start/End: Complemental strand, 27474031 - 27473927
Alignment:
Q  666 gcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatatt 765  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| | |||||||  ||| ||||  || ||||| ||||||  ||| ||||| ||||||||     
T  27474031 gcaaggaatggtgagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcactttggctcagcaattcttggaatgatttttgcttcaaatatgatata 27473932  T
Q  766 gggat 770  Q
    |||||    
T  27473931 gggat 27473927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #44
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 667 - 779
Target Start/End: Complemental strand, 27501455 - 27501343
Alignment:
Q  667 caaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattg 766  Q
    |||||||| ||||| |||||| | |||||||| ||| |||| | ||||||   |||  |||| |||||||||||  |||||||||| |||||||||||||    
T  27501455 caaggaatagtgagaccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattg 27501356  T
Q  767 ggattacataccg 779  Q
    |||| ||| ||||    
T  27501355 ggatcacaaaccg 27501343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #45
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 667 - 782
Target Start/End: Original strand, 27502809 - 27502924
Alignment:
Q  667 caaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattg 766  Q
    |||||||| || || |||||||| ||||| ||||||||||| |||||| ||  ||| ||||  |||||||||||||| | ||| ||||| ||||| ||||    
T  27502809 caaggaatagtaagaccacccattggatggtcatatccaaattcttccacagcttggctcagcaagtcttgaaatgaagtttgattcaaatatgacattg 27502908  T
Q  767 ggattacataccgctt 782  Q
    | || ||| |||||||    
T  27502909 gaatcacaaaccgctt 27502924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #46
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 353 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 27413115 - 27412970
Alignment:
Q  353 ttcagaatacaaagt-attttttccttttagcaaacaacattactcatatagtcgtatttcataagtttataagttcattaagtgcgataaaccaaaaac 451  Q
    |||||||||| |||| |||||||  || |||||| ||| ||||||||||||||| |||||| |||||||          ||||||| |||||||||||||    
T  27413115 ttcagaataccaagtcattttttaattatagcaagcaatattactcatatagtcctatttcttaagttt---------ctaagtgcaataaaccaaaaac 27413025  T
Q  452 gtagaagagctgcttgagtagttgaattcattctcatta-aacaaaacatattta 505  Q
     |||||||| | ||||| |||| |||||| || |||||| ||||||| |||||||    
T  27413024 atagaagagttacttgaatagtcgaattcgttttcattataacaaaaaatattta 27412970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #47
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 665 - 763
Target Start/End: Original strand, 27505702 - 27505800
Alignment:
Q  665 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 763  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||| |||| | |||||||  |||  |||| || ||||| ||||| | |||||||||||||||||    
T  27505702 tgcaaggaatagtgagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcagcttggttcaacaattcttggaatgaggtttggttcaagtatgata 27505800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #48
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 430 - 504
Target Start/End: Original strand, 27569811 - 27569885
Alignment:
Q  430 ttaagtgcgataaaccaaaaacgtagaagagctgcttgagtagttgaattcattctcattaaacaaaacatattt 504  Q
    |||||||| |||||||||||||  ||| ||| |  ||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  27569811 ttaagtgcaataaaccaaaaacagagaggagatatttgagtagtcgaattcattgtcattaaacaaaatatattt 27569885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #49
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 666 - 763
Target Start/End: Original strand, 27419072 - 27419169
Alignment:
Q  666 gcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 763  Q
    ||||||||| || || |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||  ||||| | | ||| |||||||| ||||| ||| |||| |||||||    
T  27419072 gcaaggaattgtaagaccacccattggatgatcatatccaaattcttcttctgattgatttagtaattcttgaaacgatggctggctcaaatatgata 27419169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #50
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 665 - 770
Target Start/End: Original strand, 27500338 - 27500443
Alignment:
Q  665 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatat 764  Q
    |||||||||| |||| ||||||||| ||||| |||||||| |||| ||| ||| |||| ||||  || ||||| |||||   |||||| |||||||||||    
T  27500338 tgcaaggaatagtgatgccacccattggatggtcatatccgaactgttcttcagattggctcagcaattcttggaatgaactttggtttaagtatgatat 27500437  T
Q  765 tgggat 770  Q
     |||||    
T  27500438 agggat 27500443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #51
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 665 - 713
Target Start/End: Complemental strand, 27495676 - 27495628
Alignment:
Q  665 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttc 713  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||||| | |||||||||||||    
T  27495676 tgcaaggaatggtgagaccacccattggatgattaaatccaaactcttc 27495628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #52
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 665 - 763
Target Start/End: Complemental strand, 27476827 - 27476729
Alignment:
Q  665 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 763  Q
    |||||||||| || || |||||||| |||||||||||| |||| | |||||||  ||| ||||  |  ||||| ||||| | |||||||||||||||||    
T  27476827 tgcaaggaatagttagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcactttggctcagcagttcttggaatgaggtttggttcaagtatgata 27476729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #53
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 152 - 194
Target Start/End: Original strand, 27565598 - 27565640
Alignment:
Q  152 tgtcattcagtgaaataattgaccttgttactgaattgttatt 194  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  27565598 tgtcattcagtaaaatagtttaccttgttactgaattgttatt 27565640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 98; Significance: 8e-48; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 614 - 787
Target Start/End: Original strand, 1756706 - 1756879
Alignment:
Q  614 agattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttc 713  Q
    |||||||||| |||||||||| ||| || |||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  1756706 agattcatagcccattcaagcaagaggtaatatgttggaaggcatcttcggtgcaaggaatggtgaggccacccatggggtgatcatatccaaattcttc 1756805  T
Q  714 ctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgcttttgtt 787  Q
     |||  ||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||    
T  1756806 ttcagcttgactcaacaagtattgaaacgatggttggttcaagtatgatattgggatcacaaaccgcttctgtt 1756879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 586 - 775
Target Start/End: Complemental strand, 1754906 - 1754718
Alignment:
Q  586 ctaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccac 685  Q
    ||||||||||||| ||| ||||| | | | ||| |||| ||||| |||| ||| || |||| ||  || ||||| || |||||| |||||||||||||||    
T  1754906 ctaaactatgtcactctcttttg-tatgaaatttatagcccatttaagctagaagttatattttcgaagacatcttctgtgcaaagaatggtgaggccac 1754808  T
Q  686 ccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacat 775  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||| |||  |||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  1754807 ccattggatgatcatatccaaactcttccgcagcttgactcaacaaggattgaaacgatggttgattcaagtatgatattgggatcacat 1754718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 667 - 782
Target Start/End: Original strand, 1754243 - 1754358
Alignment:
Q  667 caaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattg 766  Q
    |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| |||||| ||||||| |||   | |  || | ||||||||| | |||||||||||||||||  |    
T  1754243 caaggaatagtgagaccacccatcggatgatcatattcaaactgttcctcagatttgtttagcaatttttgaaatgacgattggttcaagtatgatacgg 1754342  T
Q  767 ggattacataccgctt 782  Q
    |||| ||| |||||||    
T  1754343 ggatcacaaaccgctt 1754358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 65; Significance: 4e-28; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 586 - 782
Target Start/End: Complemental strand, 55085005 - 55084809
Alignment:
Q  586 ctaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccac 685  Q
    |||| |||||||| ||| |||  |||| ||||| ||||| |||| |||||||| || |||||    || ||||| || ||||||||||| ||||||||||    
T  55085005 ctaatctatgtcaatctctttcagtgtaagatttatagttcattgaagcgagaagtaatatgaaagaaaacatcttctgtgcaaggaattgtgaggccac 55084906  T
Q  686 ccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgctt 782  Q
    |||| |||||||| |||||||| ||||||||     ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||| |||||||    
T  55084905 ccattggatgatcgtatccaaattcttcctccgcccgactcaacaagtcttgaaatgatggttggttcaagtaagacatagggatcacaaaccgctt 55084809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 655 - 780
Target Start/End: Complemental strand, 50910110 - 50909985
Alignment:
Q  655 acatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttca 754  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| | |||| |||| |||| ||||||||| | ||||||||    
T  50910110 acatcttctgtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcatatccaaattcttcctccacttgattcaacaagttttgaaatgaagcttggttca 50910011  T
Q  755 agtatgatattgggattacataccgc 780  Q
    ||||||| || ||||| ||| |||||    
T  50910010 agtatgacatggggataacaaaccgc 50909985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 664 - 782
Target Start/End: Original strand, 38024874 - 38024992
Alignment:
Q  664 gtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 763  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||   |||||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |    
T  38024874 gtgcaaggaatcgtgaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaataagttttgaaaggaagcttggttcaagtatgaca 38024973  T
Q  764 ttgggattacataccgctt 782  Q
    | ||||| ||| |||||||    
T  38024974 tggggataacaaaccgctt 38024992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 664 - 782
Target Start/End: Original strand, 38031326 - 38031444
Alignment:
Q  664 gtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 763  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||   |||||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |    
T  38031326 gtgcaaggaatcgtgaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaataagttttgaaaggaagcttggttcaagtatgaca 38031425  T
Q  764 ttgggattacataccgctt 782  Q
    | ||||| ||| |||||||    
T  38031426 tggggataacaaaccgctt 38031444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 655 - 774
Target Start/End: Original strand, 48840702 - 48840820
Alignment:
Q  655 acatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttca 754  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| | || |||||| |||||||||||||| | ||||||||    
T  48840702 acatcttctgtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcatatccaaattctttctccactt-actcaacaagtcttgaaatgaggcttggttca 48840800  T
Q  755 agtatgatattgggattaca 774  Q
    ||||||  || |||||||||    
T  48840801 agtatggcatggggattaca 48840820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 661 - 782
Target Start/End: Complemental strand, 38044047 - 38043926
Alignment:
Q  661 tcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatg 760  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||   ||||||||  ||||||||||| || | ||| ||||||||||    
T  38044047 tcggtgcaaggaattgtgaggccgcccattggatgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcagcaagtcttgaaacgaagtttgattcaagtatg 38043948  T
Q  761 atattgggattacataccgctt 782  Q
    | || ||||| ||| |||||||    
T  38043947 acatagggatcacaaaccgctt 38043926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 665 - 758
Target Start/End: Original strand, 50904792 - 50904885
Alignment:
Q  665 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagta 758  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || |||||   | ||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||    
T  50904792 tgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccgaattcatcctctgctcgactcaacaagtcttgaaatgaagtttggttcaagta 50904885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 664 - 761
Target Start/End: Original strand, 50911868 - 50911965
Alignment:
Q  664 gtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatga 761  Q
    ||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||   ||||||||| |||| ||||||||| | |||||||||||||||    
T  50911868 gtgcaaggaattgttaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaacaagttttgaaatgaagcttggttcaagtatga 50911965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 586 - 761
Target Start/End: Original strand, 38028687 - 38028862
Alignment:
Q  586 ctaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccac 685  Q
    |||| ||||||||||||  ||| |||| ||||| |||| ||||| ||| |||| || |||||    || || || || ||||||||||| |||||||| |    
T  38028687 ctaatctatgtcagtctcctttagtgtaagatttatagcccattgaagtgagaagtaatatgcaagaaaacgtcttctgtgcaaggaattgtgaggccgc 38028786  T
Q  686 ccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatga 761  Q
    |||| ||||| ||||||||||| ||||||||   ||||||||| | || ||||||||| | |||||||||||||||    
T  38028787 ccattggatggtcatatccaaattcttcctcggcttgactcaacaggttttgaaatgaagcttggttcaagtatga 38028862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 586 - 761
Target Start/End: Original strand, 38040002 - 38040177
Alignment:
Q  586 ctaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccac 685  Q
    |||| ||||||||||||  ||| |||| ||||| |||| ||||| ||| |||| || |||||    || || || || ||||||||||| |||||||| |    
T  38040002 ctaatctatgtcagtctcctttagtgtaagatttatagcccattgaagtgagaagtaatatgcaagaaaacgtcttctgtgcaaggaattgtgaggccgc 38040101  T
Q  686 ccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatga 761  Q
    |||| ||||| |||||||| || ||||||||   ||||||||| | || ||||||||| | |||||||||||||||    
T  38040102 ccattggatggtcatatccgaattcttcctcggcttgactcaacaggttttgaaatgaagcttggttcaagtatga 38040177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 664 - 760
Target Start/End: Original strand, 38036792 - 38036888
Alignment:
Q  664 gtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatg 760  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||||||   ||||||||| || | ||||||||| | ||||||||||||||    
T  38036792 gtgcaaggaattgtgaggccgcccattggatggtcatatccgaattcttcctcggcttgactcaacaaattttgaaatgaagcttggttcaagtatg 38036888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 586 - 782
Target Start/End: Original strand, 38033696 - 38033896
Alignment:
Q  586 ctaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccac 685  Q
    |||| ||||||||||||  ||| |||| ||||| |||| ||||| |||||||| || |||||    || ||||| || ||||| ||||| |||| ||| |    
T  38033696 ctaatctatgtcagtctcctttagtgtaagatttatagcccattgaagcgagaagtaatatgcaagaaaacatcttctgtgcagggaattgtgatgccgc 38033795  T
Q  686 ccatg----ggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgct 781  Q
    ||||     ||||| ||||||||||| ||||||||   ||||||||| |||| ||||||||| | |||||||||||||||  | ||||| ||| ||||||    
T  38033796 ccattaattggatggtcatatccaaattcttcctcggcttgactcaacaagttttgaaatgaagcttggttcaagtatgacgtggggataacaaaccgct 38033895  T
Q  782 t 782  Q
    |    
T  38033896 t 38033896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 51; Significance: 8e-20; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 664 - 782
Target Start/End: Original strand, 21607295 - 21607413
Alignment:
Q  664 gtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 763  Q
    ||||||||||  |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||   |||||||||||||| |||||| || | | ||||||||||||| |    
T  21607295 gtgcaaggaaccgtgaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaataagttttgaaaggaagctcggttcaagtatgaca 21607394  T
Q  764 ttgggattacataccgctt 782  Q
    | ||||| ||| |||||||    
T  21607395 tggggataacaaaccgctt 21607413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 586 - 761
Target Start/End: Original strand, 21604675 - 21604850
Alignment:
Q  586 ctaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccac 685  Q
    |||| ||||||||||||  ||| |||| ||||| |||| ||||| ||| |||| || |||||    || || || || ||||||||||| |||||||| |    
T  21604675 ctaatctatgtcagtctcctttagtgtaagatttatagcccattgaagtgagaagtaatatgcaagaaaacgtcttctgtgcaaggaattgtgaggccgc 21604774  T
Q  686 ccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatga 761  Q
    |||| ||||| |||||||| || ||||||||   ||||||||| | || ||||||||| | |||||||||||||||    
T  21604775 ccattggatggtcatatcctaattcttcctcgtcttgactcaacatgttttgaaatgaagcttggttcaagtatga 21604850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 655 - 740
Target Start/End: Complemental strand, 21634693 - 21634608
Alignment:
Q  655 acatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaa 740  Q
    ||||| |||||||||||||| |||| ||| |||||  |||||||||||||||| ||||||||   ||||||||  |||||||||||    
T  21634693 acatcttcggtgcaaggaattgtgaagccgcccattcgatgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcagcaagtcttgaaa 21634608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000003; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 655 - 782
Target Start/End: Complemental strand, 3073719 - 3073592
Alignment:
Q  655 acatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttca 754  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||     ||||||  |||| ||||||||| | ||||||||    
T  3073719 acatcttctgtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcgtatccgaattcttcctctgcccgactcagcaagtattgaaatgaagtttggttca 3073620  T
Q  755 agtatgatattgggattacataccgctt 782  Q
    |||||||  | ||||| ||| |||||||    
T  3073619 agtatgacgtagggatcacaaaccgctt 3073592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University