View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17282_low_2 (Length: 764)

Name: NF17282_low_2
Description: NF17282
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17282_low_2
NF17282_low_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-747)||(54472112-54472871)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 611; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 611; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 747
Target Start/End: Original strand, 54472112 - 54472871
Alignment:
Q  1 ctcgaacaacggcaacaatacaaatgataacaatgggaatcaattgagcgtgggtggtataatagcagttgcaggtgcagcttgtataatcctccttgtc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472112 ctcgaacaacggcaacaatacaaatgataacaatgggaatcaattgagcgtgggtggtataatagcagttgcaggtgcagcttgtataatcctccttgtc 54472211  T
Q  101 attatcctactctgcgttatatgtacaagaaggaagaagagatcacaacctcatcacattcattactaccctactccagcacacggtatatatttttata 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472212 attatcctactctgcgttatatgtacaagaaggaagaagagatcacaacctcatcacattcattactaccctactccagcacacggtatatatttttata 54472311  T
Q  201 tatctcctatttcnnnnnnnaataggaatttgcaaataagcatgttatgaagtttagaatagttaatggaggaag------------ttaattaattaat 288  Q
    |||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||            |||||||||||||    
T  54472312 tatctcctatttctttttttaataggaatttgcaaataagcatgttatgaagtttagaatagttaatgggggaagctaattaattaattaattaattaat 54472411  T
Q  289 gattcatagcctattcttannnnnnngatcagaaatggatcctctaaagcttttgcatggtgccatagtcgacgcggtagaggatccaaatttgaatctt 388  Q
    |||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472412 gattcatagcctattcttatttttttgatcagaaatggatcctctaaagcttttgcatggtgccatagtcgacgcggtagaggatccaaatttgaatctt 54472511  T
Q  389 atgtagctacaatatggtgttgcaaatgtagaaaccgttagatatnnnnnnnnnn-gttatctttgaatttatcaatccctggtcataaaggatctaatt 487  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472512 atgtagctacaatatggtgttgcaaatgtagaaactgtaagatataaaaaaaaaatgttatctttgaatttatcaatccctggtcataaaggatctaatt 54472611  T
Q  488 tgttcaaatcatttgttaaaaggctagttgtatatgttgagtatgtcttataatgctaataagtgggagagtcaattaagcgaagcgagagtgacatgcc 587  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472612 tgttcaaatcatttgttaaaaggctagttgtatatgttgagtatgtgttataatgctaataagtgggagagtcaattaagcgaagcgagagtgacatgcc 54472711  T
Q  588 tttttgaaccaacacagttacacgaaggtaagttgcgtggggtgattaggggcgcgggtttgaagcctgaaccgtaatatataaatacaagttgtacaat 687  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472712 tttttgaaccaacacagttacacgaaggtaagttgcgaggggtgattagggacgcgggtttgaagcctgaaccgtaatatataaatacaagttgtacaat 54472811  T
Q  688 ttaaatcctaatcttttaagatgacgatgatagaaaggaactgcacaattggtataactt 747  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472812 ttaaatcctattcttttaagatgacgatgatagaaaggaactgcacaattggtataactt 54472871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University