View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF17285_low_2 (Length: 1000)
Name: NF17285_low_2
Description: NF17285
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF17285_low_2 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 848; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 848; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 96 - 990
Target Start/End: Original strand, 7633793 - 7634688
Alignment:
| Q |
96 |
gccaagagatcaatgatgatcctaagaagaatataagtaagcattttttgtgtgcgaaacagatatcttccgtagctcgtgtgcaattgtagatggtaaa |
195 |
Q |
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| T |
7633793 |
gccaagagatcaatgatgatcctaagaagaatataagtaagcattttttgtatgcgaaacagatatcttccgcagctcgtgtacaattgtagatagtaaa |
7633892 |
T |
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| Q |
196 |
ctctt-agtcggataaaatcacaatgggtacataactcccccgaatacaagttaacattataagatgaaaacatattacaagtctcttttaatcacttcc |
294 |
Q |
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| T |
7633893 |
ctcttgagtcggataaaatcacaatgggtacataactcccccaaatacaagttaacattataagatgaaaacatattacaagtctcttttaatcacttcc |
7633992 |
T |
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| Q |
295 |
caaattacaaatgaaaccattatcaattgatctagaaataatacaaactttgaggcatgcaaataacataactaattgtcaatagtacatatatcctatg |
394 |
Q |
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| T |
7633993 |
caaattacaaatgaaaccattatcaattgatctagaaataatacaaactttgaggcatgcaaataacataactaattgtcaatagtacatatatcctatg |
7634092 |
T |
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| Q |
395 |
gttttcttttcctaggaaaaaggcaaagatcaattttcttatgcatagttattcctggtttcacttttgtatccaacacttgttccttgtcaaaaccatg |
494 |
Q |
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| T |
7634093 |
gttttcttttcctaggaaaaaggcaaagatcaattttcttatgcatagttattcctggtttcacttttgtatccaacacttgttccttgtcaaaaccatg |
7634192 |
T |
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| Q |
495 |
aggcaacttccaatcaaaagagtgaagaagattagcaagtgtaagctcaacagtgaccactcccatgttcattgcaggacacattcttcttccacttcca |
594 |
Q |
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| T |
7634193 |
aggcaacttccaatcaaaagagtgaagaagattagcaagtgtaagctcaacagtgaccactcccatgttcattgcaggacacattcttcttccacttcca |
7634292 |
T |
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| Q |
595 |
aatggaattagctcaaaattattccctttaaagtccactgaactcataatgaacctttcaggataaaactcttcagggtcttttcaattctcaggatccc |
694 |
Q |
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| T |
7634293 |
aatggaattagctcaaaatttttccctttaaagtccactgaactcataatgaacctttcaggataaaactcttcagggtctttccaattctcaggatccc |
7634392 |
T |
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| Q |
695 |
ttcctatggcccatgcattaacatacactaaagtttttggtttaatctcataaccatctatgttacaattttctattgtttctcttggtactagtaatgg |
794 |
Q |
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| T |
7634393 |
ttcctatggcccatgcattaacatacactaaagtttttggtttaatctcataaccatctatgttacaattttctattgtttctcttggtactagtaatgg |
7634492 |
T |
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| Q |
795 |
tgatggtggaaataatctcattgtctctttcaccactgctttaagataaggtagcttttcaatatcatcttcatttataaaatctttgtcttcatataag |
894 |
Q |
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| T |
7634493 |
tgatggtggaaataatctcattgtctctttcaccactgctttaagataaggtagcttttcaatatcatcttcatttataaaatatttgtcttcatataag |
7634592 |
T |
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| Q |
895 |
tttctgatttccatttgaaccttgttcatcactctaggattgttcatcaatgttgtcatagcccaaaccactattgctgaacttgtctctgctcct |
990 |
Q |
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| T |
7634593 |
tttctgatttccatttgaaccttgttcatcactctaggattgttcatcaatgttgtcatagcccaaaccactattgctgaacttgtgtctgttcct |
7634688 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 516; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 290 - 990
Target Start/End: Original strand, 7622306 - 7623001
Alignment:
| Q |
290 |
cttcccaaattacaaatgaaaccattatcaattgatctagaaataatacaaactttgaggcatgcaaataacataactaattgtcaatagtacatatatc |
389 |
Q |
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| T |
7622306 |
cttcccaaattactaatgaacccattatcaattgatctagaaata---caaactttgaggcatgcaaataacataactaactgtcaatagtacacat--c |
7622400 |
T |
|
| Q |
390 |
ctatggttttcttttcctaggaaaaaggcaaagatcaattttcttatgcatagttattcctggtttcacttttgtatccaacacttgttccttgtcaaaa |
489 |
Q |
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| T |
7622401 |
ctatgtttttcttttcataggaacaaggtgaagatcaattttcttatgcatagttattcctggtttaacttgtgtatccagcacttgttccttgtcaaaa |
7622500 |
T |
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| Q |
490 |
ccatgaggcaacttccaatcaaaagagtgaagaagattagcaagtgtaagctcaacagtgaccactcccatgttcattgcaggacacattcttcttccac |
589 |
Q |
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| T |
7622501 |
ccatgaggcagattccaatcaaaagattgaagaagattagcaagtgtaagctcaacagtgaccactcccatgttcattgcaggacacattcttcttccac |
7622600 |
T |
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| Q |
590 |
ttccaaatggaattagctcaaaattattccctttaaagtccactgaactcataatgaacctttcaggataaaactcttcagggtcttttcaattctcagg |
689 |
Q |
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| T |
7622601 |
ttccaaatggaatcaactcaaaattcttccctttaaaatccactgaacttataatgaacctttcaggataaaactcttcagggtcattccaattctcagg |
7622700 |
T |
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| Q |
690 |
atcccttcctatggcccatgcattaacatacactaaagtttttggtttaatctcataaccatctatgttacaattttctattgtttctcttggtactagt |
789 |
Q |
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| T |
7622701 |
atcccttgctatggcccatgcattaacatagactagagtttttggtttaatctcataaccatctatgttacaactttctattgtttctcttggcaatagt |
7622800 |
T |
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| Q |
790 |
aatggtgatggtggaaataatctcattgtctctttcaccactgctttaagataaggtagcttttcaatatcatcttcatttataaaatctttgtcttcat |
889 |
Q |
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| T |
7622801 |
aatggtgatggagggaataatcttaatgtctctttcactactgatttaagataaggaagcttttcaatatcatcttcatttataaaatctttgtcttcat |
7622900 |
T |
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| Q |
890 |
ataagtttctgatttccatttgaaccttgttcatcactctaggattgttcatcaatgttgtcatagcccaaaccactattgctgaacttgtctctgctcc |
989 |
Q |
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| T |
7622901 |
ataagtttctgatttccatttgaaccttgttcatcactcttggattgttcatcaatgctgtcatagcccaaaccactactgctgaacttgtgtctgttcc |
7623000 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 469; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 390 - 990
Target Start/End: Original strand, 7626952 - 7627552
Alignment:
| Q |
390 |
ctatggttttcttttcctaggaaaaaggcaaagatcaattttcttatgcatagttattcctggtttcacttttgtatccaacacttgttccttgtcaaaa |
489 |
Q |
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| T |
7626952 |
ctatggttttcttttcttaggaacaaggtaaagatcaattttcttatgcatagttattcctggtttaacttgtgtatccaacacttgttccttgtcaaaa |
7627051 |
T |
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| Q |
490 |
ccatgaggcaacttccaatcaaaagagtgaagaagattagcaagtgtaagctcaacagtgaccactcccatgttcattgcaggacacattcttcttccac |
589 |
Q |
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| T |
7627052 |
ccatgaggcagcttccagtcaaaagagtgaagaagattagcaagtgtaagctcaacagtgaccactcccatgttcattgcaggacacattcttcttccac |
7627151 |
T |
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| Q |
590 |
ttccaaatggaattagctcaaaattattccctttaaagtccactgaactcataatgaacctttcaggataaaactcttcagggtcttttcaattctcagg |
689 |
Q |
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| T |
7627152 |
ttccaaatggaatcaactcaaaattcttccctttaaaatccactgaacttataatgaacctttcaggataaaactcttcagggtcattccaattctcagg |
7627251 |
T |
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| Q |
690 |
atcccttcctatggcccatgcattaacatacactaaagtttttggtttaatctcataaccatctatgttacaattttctattgtttctcttggtactagt |
789 |
Q |
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| T |
7627252 |
atcccttgctatggcccatgcattaacatagactagagtttttggtttaatctcataaccatctatgttacaactttctattgtttctcttggcaatagt |
7627351 |
T |
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| Q |
790 |
aatggtgatggtggaaataatctcattgtctctttcaccactgctttaagataaggtagcttttcaatatcatcttcatttataaaatctttgtcttcat |
889 |
Q |
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| T |
7627352 |
aatggtgatggagggaataatcttaatgtctctttcactactgatttaagataaggaagcttttcaatatcatcttcatttataaaatctttgtcttcat |
7627451 |
T |
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| Q |
890 |
ataagtttctgatttccatttgaaccttgttcatcactctaggattgttcatcaatgttgtcatagcccaaaccactattgctgaacttgtctctgctcc |
989 |
Q |
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| T |
7627452 |
ataagtttctgatttccatttgaaccttgttcatcactcttggattgttcatcaatgctgtcatagcccaaaccactgctgctgaacttgtgtctgttcc |
7627551 |
T |
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990 |
t |
990 |
Q |
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| T |
7627552 |
t |
7627552 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 17 - 97
Target Start/End: Original strand, 7633671 - 7633751
Alignment:
| Q |
17 |
cacaagcaacatcaaatcatgcaacaagtataaaagtcattgtagctcacatgtgaccaatggtaatgctctatattttgc |
97 |
Q |
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| T |
7633671 |
cacaagcaacatcaaatcatgcaacaagtataaaagtcattgtagctcacatgtgactaatgataatgctctatattttgc |
7633751 |
T |
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