View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17287_low_1 (Length: 980)

Name: NF17287_low_1
Description: NF17287
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17287_low_1
NF17287_low_1
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (73-902)||(4903301-4904132)
chr8 (455-614)||(1557161-1557320)
chr8 (18-73)||(9336312-9336367)
chr8 (94-201)||(1556798-1556905)
chr8 (281-348)||(1556987-1557054)
chr8 (653-768)||(1557359-1557474)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (73-885)||(22153441-22154235)
chr7 (73-885)||(22209356-22210150)
chr7 (480-529)||(41450779-41450828)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (141-763)||(53561813-53562433)
chr4 (447-766)||(38185265-38185584)
chr4 (142-342)||(34821645-34821847)
chr4 (449-629)||(34821358-34821538)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (663-697)||(43073753-43073787)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 761; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 761; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 73 - 902
Target Start/End: Original strand, 4903301 - 4904132
Alignment:
Q  73 ttacttcttcatgatttgctcgaggatttgaatgggtttgtcttgggcgaggagggggatgattggatttggaggttggaagaggaaggtgctttttcgg 172  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4903301 ttacttcttcatgatttgctcgaggatttgaatgggtttgtcttgggcgaggagggggatgattggatttggaggttggatgaggaaggtgctttttcgg 4903400  T
Q  173 taaaatcaatgtattctaaattggaaacattgatgataagggaggaaggtcttgatggtctcccgaggagggttttctcgcatatttggaagagcccggc 272  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4903401 taaaatcaatgtattctaaattggaaacattgatgataagggaggaagatcttgatggtctcccgaggaaggttttctcgcatatttggaagagcccggc 4903500  T
Q  273 --cgtcgaaagtggtggtttttacttggaaacttcttcatgatagaatcccaacaaagatcaaccttgctataagaaactcgctcccaccggatagctct 370  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4903501 accgtcgaaagtggtggtttttacttggaaacttcttcacgatagaatcccaacaaagatcaaccttgctataagaaactcgctcccaccggatagctct 4903600  T
Q  371 ctacagtgtgtttggtgcaataattcgattgaagattcatcacatctttttcttcattgcgaaggggttggtaaggtctggagtaagcttatggagtggt 470  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  4903601 ctacagtgtgtttggtgcaataattcgattgaagattcaacacatatttttcttcattgcgaaggggttggtaaggtctggtgtaagcttatggagtggt 4903700  T
Q  471 tggaatttaattttttaattcctcctaatctgtttattatgtgggaatgttggaatggtgagtttttgaataaaaagctgcgcaggggtggtagattaat 570  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4903701 tggaatttaattttttaattcctcctaatctgtttattatgtggcaatgttggaatggtgagtttttgaacaaaaagctgcgcaggggtggtagattaat 4903800  T
Q  571 ttggcatgctgcaatttggagtatttggaaagcgaggaatgacagaattttcaacaatgttgtgacagatgtggaggagttgttggaatctgttaaggtg 670  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4903801 ttggcatgctgcaatttggagtatttggaaagcgaggaatgacagaattttcaacaatgttgtgacagatgtggaggagctgttggaatctgttaaggtg 4903900  T
Q  671 ttgtcttggaggtggtttttgggtaggttgaattcatacgcgtgtttgttttatgagtggaattggaatccgaaggattgtttgttgcggtgatgctggc 770  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4903901 ttgtcttggagatggtttttgggtaggttgaattcgtacgcgtttttgttttatgagtggaattggaatctgaaggattgtttgttgcggtgatgctggc 4904000  T
Q  771 ttctttggctgtgtggctgtttggtggccttctggttgttctgtagtcgtgtttctctggcttaacagtctgttgcggtgctggttttcggttctggtgt 870  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4904001 ttctttggctgtgtggctgtttggtggccttctggttgttctgtagtcgtgtttctctggtttaacagtctgttgcggtgctggttttcggttctggtgt 4904100  T
Q  871 aggcagttagcttctaagctgcttctttagga 902  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4904101 aggcagttagcttctaagctgcttctttagga 4904132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 455 - 614
Target Start/End: Original strand, 1557161 - 1557320
Alignment:
Q  455 aagcttatggagtggttggaatttaattttttaattcctcctaatctgtttattatgtgggaatgttggaatggtgagtttttgaataaaaagctgcgca 554  Q
    ||||||||||| ||| |||| |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||| ||| |   || | ||||||||| | || |    
T  1557161 aagcttatggactggctggactttaattttttaatccccccaaatctgtttattatgtgggaatgttggattggagctgttgtcaataaaaagattcgga 1557260  T
Q  555 ggggtggtagattaatttggcatgctgcaatttggagtatttggaaagcgaggaatgaca 614  Q
     |||||  ||  | |||||||||||  | |||||||  ||||||||||| ||||||||||    
T  1557261 agggtgtgaggcttatttggcatgccaccatttggaacatttggaaagcaaggaatgaca 1557320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 18 - 73
Target Start/End: Complemental strand, 9336367 - 9336312
Alignment:
Q  18 ctaaccaaatatccctcaataatgaatacatgacacgtatacttataccagggact 73  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  9336367 ctaaccaaatatccctcaacaatgaatacatgacacatatacttataccagagact 9336312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 94 - 201
Target Start/End: Original strand, 1556798 - 1556905
Alignment:
Q  94 gaggatttgaatgggtttgtcttgggcgaggagggggatgattggatttggaggttggaagaggaaggtgctttttcggtaaaatcaatgtattctaaat 193  Q
    |||||||||||||| ||||  || |  || |||| |||| ||||||  ||||||||||| ||||| || ||||| ||||| |||||||||||||| ||||    
T  1556798 gaggatttgaatggttttggttttgtggaagaggaggatcattggaagtggaggttggaggaggacggagctttctcggtcaaatcaatgtattcaaaat 1556897  T
Q  194 tggaaaca 201  Q
    ||||||||    
T  1556898 tggaaaca 1556905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 281 - 348
Target Start/End: Original strand, 1556987 - 1557054
Alignment:
Q  281 gtggtggtttttacttggaaacttcttcatgatagaatcccaacaaagatcaaccttgctataagaaa 348  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| || |||||||| || ||||||| ||||||||| || |||||    
T  1556987 gtggtggttttttcttggaaacttctccacgatagaattcctacaaagaccaaccttgcaattagaaa 1557054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 653 - 768
Target Start/End: Original strand, 1557359 - 1557474
Alignment:
Q  653 ttggaatctgttaaggtgttgtcttggaggtggtttttgggtaggttgaattcatacgcgtgtttgttttatgagtggaattggaatccgaaggattgtt 752  Q
    ||||||||  ||||||| ||||| |||||||||| ||||||||| ||||  |     || ||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||     
T  1557359 ttggaatcaattaaggtattgtcgtggaggtggtgtttgggtagattgagcttgccagcttgtttgttttacgaatggaattggaatccgaagaattgtc 1557458  T
Q  753 tgttgcggtgatgctg 768  Q
    ||||||| ||| ||||    
T  1557459 tgttgcgttgaggctg 1557474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 525; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 525; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 73 - 885
Target Start/End: Complemental strand, 22154235 - 22153441
Alignment:
Q  73 ttacttcttcatgatttgctcgaggatttgaatgggtttgtcttgggcgaggagggggatgattggatttggaggttggaagaggaaggtgctttttcgg 172  Q
    ||||||||||| |||||| | || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||      
T  22154235 ttacttcttcacgatttgttagaagatttgaatgggtttgtgttgggcgaggagggggatgattggatttggaggttggatgaggaaggtgctttgtcaa 22154136  T
Q  173 taaaatcaatgtattctaaattggaaacattgatgataagggaggaaggtcttgatggtctcccgaggagggttttctcgcatatttggaagagcccggc 272  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22154135 taaaataaatttattctaaattggaaacattgatgataagggaggatggtcttgatggtctcccgacgaaggttttttcgcatatttggaagagcccggc 22154036  T
Q  273 --cgtcgaaagtggtggtttttacttggaaacttcttcatgatagaatcccaacaaagatcaaccttgctataagaaactcgctcccaccggatagctct 370  Q
      ||||| ||||| |||||||||                     ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  22154035 accgtcggaagtgatggttttta---------------------gaatcccaacaaagatcaaccttgctataaggaactcgctcccaccggatagctct 22153957  T
Q  371 ctacagtgtgtttggtgcaataattcgattgaagattcatcacatctttttcttcattgcgaaggggttggtaaggtctggagtaagcttatggagtggt 470  Q
    || ||||||||||||||||| ||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22153956 cttcagtgtgtttggtgcaacaattcgattaaagatttaacacatctttttcttcattgcgaaggggttggtaaggtctggtgtaagcttatggagtggt 22153857  T
Q  471 tggaatttaattttttaattcctcctaatctgtttattatgtgggaatgttggaatggtgagtttttgaataaaaagctgcgcaggggtggtagattaat 570  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  22153856 tggaatttaattttttaatccctcttaatctgtttattatgcgggaatgttggaatggtgagtttttgaacaaaaagctgcgctggggtggtagattaat 22153757  T
Q  571 ttggcatgctgcaatttggagtatttggaaagcgaggaatgacagaattttcaacaatgttgtgacagatgtggaggagttgttggaatctgttaaggtg 670  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||    
T  22153756 ttggcatgccgcaatttggagtatttggaaagcgaggaatgacataattttcaacaatattgtgacagatgtggagaagctgttggaatcttttaaggtg 22153657  T
Q  671 ttgtcttggaggtggtttttgggtaggttgaattcatacgcgtgtttgttttatgagtggaattggaatccgaaggattgtttgttgcggtgatgctggc 770  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22153656 ttgtcttggaggtgatttttgggtaggttgaattcgcacgcgtgtttgttttatgagtggaattggaatccgaaggtttgtttgttgcggtgatgctggc 22153557  T
Q  771 ttctttggctgtgtggctgtttggtggccttctggttgttctgtagtcgtgtttctctggct-taacagtctgttgcggtgctggttttcggttctggtg 869  Q
    |||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||||| | ||||||||| ||| ||||||||||||| ||| |||||    
T  22153556 ttctttggttgtgcggctgtttggtcgccttctggttgttatgcagtcgcgtttctctggttataacagtctattgtggtgctggttttcagttatggtg 22153457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 525; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 73 - 885
Target Start/End: Complemental strand, 22210150 - 22209356
Alignment:
Q  73 ttacttcttcatgatttgctcgaggatttgaatgggtttgtcttgggcgaggagggggatgattggatttggaggttggaagaggaaggtgctttttcgg 172  Q
    ||||||||||| |||||| | || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||      
T  22210150 ttacttcttcacgatttgttagaagatttgaatgggtttgtgttgggcgaggagggggatgattggatttggaggttggatgaggaaggtgctttgtcaa 22210051  T
Q  173 taaaatcaatgtattctaaattggaaacattgatgataagggaggaaggtcttgatggtctcccgaggagggttttctcgcatatttggaagagcccggc 272  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22210050 taaaataaatttattctaaattggaaacattgatgataagggaggatggtcttgatggtctcccgacgaaggttttttcgcatatttggaagagcccggc 22209951  T
Q  273 --cgtcgaaagtggtggtttttacttggaaacttcttcatgatagaatcccaacaaagatcaaccttgctataagaaactcgctcccaccggatagctct 370  Q
      ||||| ||||| |||||||||                     ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  22209950 accgtcggaagtgatggttttta---------------------gaatcccaacaaagatcaaccttgctataaggaactcgctcccaccggatagctct 22209872  T
Q  371 ctacagtgtgtttggtgcaataattcgattgaagattcatcacatctttttcttcattgcgaaggggttggtaaggtctggagtaagcttatggagtggt 470  Q
    || ||||||||||||||||| ||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22209871 cttcagtgtgtttggtgcaacaattcgattaaagatttaacacatctttttcttcattgcgaaggggttggtaaggtctggtgtaagcttatggagtggt 22209772  T
Q  471 tggaatttaattttttaattcctcctaatctgtttattatgtgggaatgttggaatggtgagtttttgaataaaaagctgcgcaggggtggtagattaat 570  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  22209771 tggaatttaattttttaatccctcttaatctgtttattatgcgggaatgttggaatggtgagtttttgaacaaaaagctgcgctggggtggtagattaat 22209672  T
Q  571 ttggcatgctgcaatttggagtatttggaaagcgaggaatgacagaattttcaacaatgttgtgacagatgtggaggagttgttggaatctgttaaggtg 670  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||    
T  22209671 ttggcatgccgcaatttggagtatttggaaagcgaggaatgacataattttcaacaatattgtgacagatgtggagaagctgttggaatcttttaaggtg 22209572  T
Q  671 ttgtcttggaggtggtttttgggtaggttgaattcatacgcgtgtttgttttatgagtggaattggaatccgaaggattgtttgttgcggtgatgctggc 770  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22209571 ttgtcttggaggtgatttttgggtaggttgaattcgcacgcgtgtttgttttatgagtggaattggaatccgaaggtttgtttgttgcggtgatgctggc 22209472  T
Q  771 ttctttggctgtgtggctgtttggtggccttctggttgttctgtagtcgtgtttctctggct-taacagtctgttgcggtgctggttttcggttctggtg 869  Q
    |||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||||| | ||||||||| ||| ||||||||||||| ||| |||||    
T  22209471 ttctttggttgtgcggctgtttggtcgccttctggttgttatgcagtcgcgtttctctggttataacagtctattgtggtgctggttttcagttatggtg 22209372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 480 - 529
Target Start/End: Original strand, 41450779 - 41450828
Alignment:
Q  480 attttttaattcctcctaatctgtttattatgtgggaatgttggaatggt 529  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||| | ||| ||||||||||||||    
T  41450779 attttttaattcctccaaatttgtttattctttggcaatgttggaatggt 41450828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 81; Significance: 1e-37; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 141 - 763
Target Start/End: Original strand, 53561813 - 53562433
Alignment:
Q  141 ttggaggttggaagaggaaggtgctttttcggtaaaatcaatgtattctaaattggaaacattgatgataagggaggaaggtcttgatggtctcccgagg 240  Q
    |||||| ||||||||||| ||| |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||  | |||||||  ||   ||||    
T  53561813 ttggagtttggaagaggacggtactttttcggttaaatctatgtattccaaattggaaacattgatggtgagggaagagagccttgatgaactagagagg 53561912  T
Q  241 agggttttctcgcatatttggaagagcccg--gccgtcgaaagtggtggtttttacttggaaacttcttcatgatagaatcccaacaaagatcaaccttg 338  Q
    ||||| ||   ||||||||||||||| |||  |||||| || || || || ||  | |||||||| || ||||||||||| || || ||||| || || |    
T  53561913 agggtgtttaagcatatttggaagagtccggcgccgtccaaggtcgttgtcttctcgtggaaactcctccatgatagaattcctacgaagattaatctag 53562012  T
Q  339 ctataagaaactcgctcccaccggatagctctctacagtgtgtttggtgcaataattcgattgaagattcatcacatctttttcttcattgcgaaggggt 438  Q
    |||| || || |   ||||||||||||  |||    ||||||| ||||| |||||  ||  ||||||| |  | ||| | ||||||||||| ||||||||    
T  53562013 ctattaggaattgtttcccaccggatacatcttatgagtgtgtgtggtgtaataacacggctgaagatgctactcatttatttcttcattgtgaaggggt 53562112  T
Q  439 tggtaaggtctggagtaagcttatggagtggttggaatttaattttttaattcctcctaatctgtttattatgtgggaatgttggaatggtgagtttttg 538  Q
          ||| ||| ||||| | ||||| |||||||| ||||||||| ||||||| || ||||| |||||| ||||||||||||||||||| |   ||||     
T  53562113 gaaggtggtttggtgtaagatcatggaatggttggactttaattttataattccaccgaatctttttattttgtgggaatgttggaatggagctgtttta 53562212  T
Q  539 aataaaaagctgcgcaggggtggtagattaatttggcatgctgcaatttggagtatttggaaagcgaggaatgacagaattttcaacaatgttgtgacag 638  Q
    ||||| |||   || |  |||| |||| | |||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||| |  |    
T  53562213 aataataagacccgtaaaggtgttagaattatttggcatgctgttatttggagtatatggaaagcgaggaacgacagaattttcaataatgctgttattg 53562312  T
Q  639 atgtggaggagttgttggaatctgttaaggtgttgtcttggaggtggtttttgggtaggttgaattcatacgcgtgtttgttttatgagtggaattggaa 738  Q
    | || |||||  |||||    | || ||||| |||||||||||||||  |||||| || || || |     |||| |||||| || |||||||| |||||    
T  53562313 aggttgaggatctgttg----cagtcaaggttttgtcttggaggtggagtttgggaagattaaagttgccggcgtttttgttctacgagtggaagtggaa 53562408  T
Q  739 tccgaaggattgtttgttgcggtga 763  Q
    ||| ||||| |||||| ||||||||    
T  53562409 tcccaaggactgtttgatgcggtga 53562433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 447 - 766
Target Start/End: Complemental strand, 38185584 - 38185265
Alignment:
Q  447 tctggagtaagcttatggagtggttggaatttaattttttaattcctcctaatctgtttattatgtgggaatgttggaatggtgagtttttgaataaaaa 546  Q
    ||||| || |||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||| || ||||||||||| | |||||||||||||||| | | | |||  ||||||||    
T  38185584 tctggcgtgagcttatggagtggctggaattcaattttataattccaccgaatctgtttatcacgtgggaatgttggaattgagcggtttataataaaaa 38185485  T
Q  547 gctgcgcaggggtggtagattaatttggcatgctgcaatttggagtatttggaaagcgaggaatgacagaattttcaacaatgttgtgacagatgtggag 646  Q
    | |  | | ||| |  ||  | ||||||||||| || |||||||| || |||||||| |||||||| | || ||| || ||||  |||   |||   |||    
T  38185484 gatttgtaagggagtgaggcttatttggcatgccgccatttggagcatatggaaagctaggaatgatataacttttaataatgcagtgttggattgtgag 38185385  T
Q  647 gagttgttggaatctgttaaggtgttgtcttggaggtggtttttgggtaggttgaattcatacgcgtgtttgttttatgagtggaattggaatccgaagg 746  Q
    |  ||| |||||||| ||||||||||| | |||||||||| ||| |||||  | || |     || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  38185384 gcattgctggaatctattaaggtgttggcctggaggtggtgttttggtagaataaacttgccggcatgtttgttttacgagtggaattggaatccgaagg 38185285  T
Q  747 attgtttgttgcggtgatgc 766  Q
    | || |||||||||||||||    
T  38185284 aatgcttgttgcggtgatgc 38185265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 142 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 34821847 - 34821645
Alignment:
Q  142 tggaggttggaagaggaaggtgctttttcggtaaaatcaatgtattctaaattggaaacattgatgataagggaggaaggtcttgatggtctcccgagga 241  Q
    ||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |   ||  ||   |||| | | |     |||||    
T  34821847 tggaggttggaggaggatggggccttttcggtaaaatcaatgtattctagattggaaacattgatggtgccggttgacaatcttcaagatggggagagga 34821748  T
Q  242 gggttttctcgcatatttggaagagcccggc--cgtcgaaagtggtggtttttacttggaaacttcttcatgatagaatcccaacaaagatcaaccttgc 339  Q
    |||| ||  |||| ||| |||||||  ||||  | || |||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  34821747 gggtgtttgcgcaaattcggaagagttcggctccatctaaagtggtcgtctttgcttggaaacttcttcatgatagaatcccaacaaaaatcaaccttgc 34821648  T
Q  340 tat 342  Q
    |||    
T  34821647 tat 34821645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 449 - 629
Target Start/End: Complemental strand, 34821538 - 34821358
Alignment:
Q  449 tggagtaagcttatggagtggttggaatttaattttttaattcctcctaatctgtttattatgtgggaatgttggaatggtgagtttttgaataaaaagc 548  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||  ||||| || |||| ||||| ||| ||||||| |||||| | ||||||||||||| | ||   |||||||||     
T  34821538 tggagtaagctcatggagtggttagacattaatattataatccctccgaatttgtttatcatgtggaattgttggaatggtgcggttcacaataaaaaga 34821439  T
Q  549 tgcgcaggggtggtagattaatttggcatgctgcaatttggagtatttggaaagcgaggaatgacagaattttcaacaatg 629  Q
    | || | ||| |  ||  | |||||||| || || |||||||| || ||||||||||||||||| |  ||||| |||||||    
T  34821438 ttcgtaagggagtgaggcttatttggcacgccgcgatttggagcatatggaaagcgaggaatgatattatttttaacaatg 34821358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000009; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 663 - 697
Target Start/End: Complemental strand, 43073787 - 43073753
Alignment:
Q  663 ttaaggtgttgtcttggaggtggtttttgggtagg 697  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  43073787 ttaaggtgttgtcttggaggtggttgttgggtagg 43073753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University