View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17287_low_28 (Length: 405)

Name: NF17287_low_28
Description: NF17287
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17287_low_28
NF17287_low_28
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (1-393)||(48265705-48266097)
chr1 (1-385)||(21527930-21528314)
chr1 (1-378)||(36928943-36929320)
chr1 (1-375)||(36305563-36305937)
chr1 (179-385)||(4644782-4644987)
chr1 (56-344)||(37530376-37530664)
chr1 (56-344)||(48073473-48073762)
chr1 (59-372)||(32353342-32353655)
chr1 (56-344)||(14119575-14119869)
chr1 (56-372)||(3692409-3692725)
chr1 (322-375)||(47116067-47116120)
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (3-385)||(49731921-49732304)
chr3 (1-384)||(30167332-30167715)
chr3 (59-372)||(6176523-6176836)
chr3 (56-372)||(23601555-23601871)
chr3 (56-393)||(29309169-29309506)
chr3 (56-344)||(2813542-2813830)
chr3 (56-372)||(9378879-9379195)
chr3 (76-384)||(7146811-7147119)
chr3 (56-393)||(25873152-25873491)
chr3 (56-153)||(14904208-14904305)
chr3 (261-395)||(28675176-28675310)
chr3 (346-385)||(13448247-13448286)
chr3 (309-342)||(13797767-13797800)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (1-385)||(33629866-33630250)
chr6 (1-385)||(1682815-1683193)
chr6 (56-384)||(25317624-25317952)
chr6 (56-384)||(26205118-26205446)
chr6 (56-384)||(15673595-15673923)
chr6 (56-372)||(23347508-23347824)
chr6 (56-393)||(8872868-8873205)
chr6 (253-393)||(13755226-13755366)
[»] chr4 (10 HSPs)
chr4 (1-385)||(47540694-47541078)
chr4 (1-384)||(3129966-3130349)
chr4 (1-385)||(8655060-8655444)
chr4 (1-384)||(7663226-7663608)
chr4 (74-384)||(23279377-23279687)
chr4 (56-372)||(8487023-8487339)
chr4 (56-372)||(23873518-23873834)
chr4 (56-344)||(55298430-55298718)
chr4 (56-372)||(2631180-2631496)
chr4 (60-291)||(20674885-20675116)
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (1-377)||(19384697-19385073)
chr8 (1-375)||(7452131-7452505)
chr8 (56-375)||(35405484-35405803)
chr8 (56-384)||(2871960-2872288)
chr8 (56-372)||(16421052-16421367)
chr8 (238-344)||(412590-412696)
chr8 (52-129)||(12134353-12134430)
chr8 (305-342)||(39903523-39903560)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (1-384)||(10486907-10487276)
chr5 (56-384)||(32918087-32918416)
chr5 (75-393)||(15499707-15500025)
chr5 (56-393)||(6264240-6264577)
chr5 (56-393)||(34480717-34481054)
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (5-384)||(15653696-15654075)
chr7 (1-384)||(46623474-46623858)
chr7 (56-372)||(13439835-13440151)
chr7 (53-372)||(12378764-12379083)
chr7 (56-372)||(45235732-45236048)
chr7 (56-372)||(3104685-3105002)
chr7 (56-393)||(45942612-45942949)
chr7 (227-344)||(43105121-43105238)
[»] scaffold0418 (1 HSPs)
scaffold0418 (1-384)||(7445-7828)
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (1-384)||(45421288-45421672)
chr2 (56-372)||(31085679-31085995)
chr2 (56-384)||(13549894-13550222)
chr2 (56-372)||(33547654-33547970)
chr2 (56-393)||(22052388-22052725)
chr2 (56-384)||(43627269-43627597)
chr2 (56-393)||(9949306-9949643)
chr2 (227-372)||(26180139-26180283)
[»] scaffold0029 (1 HSPs)
scaffold0029 (166-385)||(134788-135007)
[»] scaffold0002 (2 HSPs)
scaffold0002 (166-385)||(312615-312834)
scaffold0002 (166-385)||(328069-328288)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 304; Significance: 1e-171; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 1 - 393
Target Start/End: Original strand, 48265705 - 48266097
Alignment:
Q  1 tgcttatcatgtgctaacctctcagtaccactctggtgcggctactgatgcggagttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  48265705 tgcttatcatgtgctaacctctcaggaccactctggtgcggctactgatgcggagttggtgtggcacaaacaggttcccttgaagattttagtttttgct 48265804  T
Q  101 tggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtgtgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  48265805 tggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgctcgacgggtgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctagttgcggtcatc 48265904  T
Q  201 cgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggcatttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataa 300  Q
    |  ||||||||||| |||       |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48265905 cagaaacggcccaatatctttttttgttgtgtaacacttttggttcgctttggcatttggtgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataa 48266004  T
Q  301 tatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctagacattcttttatgcaacttatttgtcttctcagtgtctg 393  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  || |||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  48266005 tatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtgatgctaagtctagatgttattttatgcaacttatttggcttctctgtgtctg 48266097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 280; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 1 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 21528314 - 21527930
Alignment:
Q  1 tgcttatcatgtgctaacctctcagtaccactctggtgcggctactgatgcggagttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  21528314 tgcttatcatgtgctaacctctcaggatcactcaggtgcggctactgatgcggagttggtgtggcacaaacaggttcccttgaagatttcagtttttgct 21528215  T
Q  101 tggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtgtgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatc 200  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||    
T  21528214 tggagactactccaagatcgtttaccgacaaagactaatttgattgctcgtcgggtgttatcgaatgacatgtccttatgtgccgctggttacggtcatc 21528115  T
Q  201 cgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggcatttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataa 300  Q
    || |||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  21528114 cggaaacggcccaacatctctttttgttgtgtaacacttttggttcgctttggtatatggtgcgtgattggattggttgctcgggggtgcatgctgataa 21528015  T
Q  301 tatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctagacattcttttatgcaacttatttgtcttctc 385  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  21528014 tatatctgaccattttcttcagtttattcatttgacaggtggtgctaagtctagacgttcttttatgcaacttatttggcttctc 21527930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 36929320 - 36928943
Alignment:
Q  1 tgcttatcatgtgctaacctctcagtaccactctggtgcggctactgatgcggagttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgct 100  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||| ||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||     
T  36929320 tgcttatcatgtgctaacctcttaggaccattctgacgcggctactgatgcggagttggtttggcacaaacaggttcccttgaaggtttcagtttttgca 36929221  T
Q  101 tggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtgtgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatc 200  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||||||| |||| ||||| | |  ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  36929220 tggagactcctcaaggatcggttaccaacgaagactaatttgattgctcgacgagtgttgttgcctgatatgtccttatgtgtcgctggttgcggtcatc 36929121  T
Q  201 cgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggcatttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataa 300  Q
    |  ||| ||| |||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  36929120 ctgaaatggctcaacatctctttttgttgtgtaacacttttggttcgctttggcatatggtgcgtgattggattggttgcacgggggtggatgccgataa 36929021  T
Q  301 tatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctagacattcttttatgcaacttatttg 378  Q
    ||| || || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||   ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  36929020 tatttcagatcattttcttcaatttacttatttgacaggtggtgctgtttctagacgttcttttatgcaacttatttg 36928943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 36305937 - 36305563
Alignment:
Q  1 tgcttatcatgtgctaacctctcagtaccactctggtgcggctactgatgcggagttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||     
T  36305937 tgcttatcatgtgctaacctctcaggaccattctgatgcagctactgatgcggagttggtttggcacaaacaggttcccttgaaggtttcagtttttgcg 36305838  T
Q  101 tggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtgtgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatc 200  Q
    ||||||||||||  |||||| ||||| |  |||||||||||||||||| |||  ||||| |||  ||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  36305837 tggagactcctcagggatcggttaccaatgaagactaatttgattgctcgacaggtgttgtcgcctgatatgtccttatgtgtcgctggttgcgatcatc 36305738  T
Q  201 cgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggcatttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataa 300  Q
    |  ||||||| |||||||       |||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  36305737 ctgaaacggctcaacatctctttttgttgtgtaacacttttggtttgctttggcatatgctgcgtgattggattggttgcacgggggtggatgccgataa 36305638  T
Q  301 tatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctagacattcttttatgcaacttat 375  Q
    ||| || || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||   ||||||| ||||||||||||||||||    
T  36305637 tatttcagatcattttcttcaatttacttatttgacaggtggtgctgtttctagacgttcttttatgcaacttat 36305563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 179 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 4644987 - 4644782
Alignment:
Q  179 tgtgtcgctgattgcggtcatccgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggcatttgatgcgtgattggattggtt 278  Q
    |||||||||| |||||||||||   ||||||| ||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  4644987 tgtgtcgctggttgcggtcatctagaaacggctcaacatttttttttgttgtgtaacacttttggttcgctttggcatatggtgcgtgattggattggtt 4644888  T
Q  279 gctcgggggtggatgctgataatatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctagacattcttttatgcaacttatttg 378  Q
    |||||||| ||||| |||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  4644887 gctcgggg-tggatactgataatatttcttaccattttctacagtttacttatttgacagatggtgctaattctagacgttcttttatgcaacttgtttg 4644789  T
Q  379 tcttctc 385  Q
     ||||||    
T  4644788 gcttctc 4644782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 56 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 37530664 - 37530376
Alignment:
Q  56 ttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgcttggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtg 155  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||| ||||| ||||| |  || |||||| |||||| ||| ||||||||| || |||| |    
T  37530664 ttggtgtggcacaaacaggttcccttgaaggtttccgtttttgcgtggaggctccttcgtgaccgtttatcgacaaggacgaatttgatttctagacggg 37530565  T
Q  156 tgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatccgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggca 255  Q
    || |||||  |||||||||||  || || |||| ||| ||||||||  || |||| ||||| |        |||||| | || ||||||||||| |||||    
T  37530564 tgctatcgcctgacatgtcctcgtgcgttgctggttgtggtcatcctgaatcggcacaacacctttttttattgtgtgatacctttggttcgctgtggca 37530465  T
Q  256 tttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataatatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtg 344  Q
    |||| |||| ||||||||||| ||||  |||||||| || |||||||| |  || |||||| | ||||| ||| |||||||||||||||    
T  37530464 tttggtgcgagattggattggatgctatggggtggacgcagataatattttcgatcattttttacagttcactcatttgacaggtggtg 37530376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 56 - 344
Target Start/End: Original strand, 48073473 - 48073762
Alignment:
Q  56 ttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgcttggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtg 155  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||| ||||| |||||||  ||||||||| | |||| ||| |||||||||||| |||| |    
T  48073473 ttggtgtggcacaaacaggttcccttgaaggtttccgtttttgcgtggaggctcctccgtgatcgtttaacaacaaggacaaatttgattgctcgacggg 48073572  T
Q  156 tgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatccgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggca 255  Q
    |||| |||  ||||||||| |  ||||| ||||  | |||||||||  || |||| | |||||        |||||| | ||||||||||| || |||||    
T  48073573 tgttgtcgtctgacatgtcttcgtgtgttgctggctacggtcatcctgaatcggctcgacatctatttttattgtgtgatacttttggttctctgtggca 48073672  T
Q  256 tttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataatatatctgaccattttctt-cagtttacttatttgacaggtggtg 344  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||  ||||||||  | |||||||| || |  |||||| || ||||| ||| |||||| ||||||||    
T  48073673 tttggtgcgtgattggatcggttgctttggggtggacacagataatatttcagctcatttttttacagttcactcatttgataggtggtg 48073762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 59 - 372
Target Start/End: Original strand, 32353342 - 32353655
Alignment:
Q  59 gtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgcttggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtgtgt 158  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||| ||||| ||| |||  ||||||||||| |||| ||| |||||||||||| |||| ||||    
T  32353342 gtgtggcacaaacaggttcccttgaaggtttccgtttttgcgtggaggctcatccgtgatcgtttaccaacaaggacaaatttgattgctagacgggtgt 32353441  T
Q  159 tatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatccgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggcattt 258  Q
    | |||  ||||||||| |   |||| ||||| || ||||||||  || |||  | |||||         ||||| | ||||||||||| || ||||||||    
T  32353442 tgtcgcctgacatgtcttcgagtgttgctgaatgtggtcatcctgaatcggatcgacatctatttttaatgtgtgatacttttggttctctgtggcattt 32353541  T
Q  259 gatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataatatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctagacat 358  Q
    | |||| |||||||| |||||||  ||||||||  | |||||||| || || |||||| |  |||| ||| |||||| |||||||| |    |||||| |    
T  32353542 ggtgcgagattggatcggttgctttggggtggacacagataatatttcagatcattttttatagttcactcatttgataggtggtggtgctgctagacgt 32353641  T
Q  359 tcttttatgcaact 372  Q
    ||||||||||||||    
T  32353642 tcttttatgcaact 32353655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 56 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 14119869 - 14119575
Alignment:
Q  56 ttggtgtggcacaaacatgttcccttg-aagatttcagtttttgcttggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgt 154  Q
    ||||||||||||||||| |||   ||| ||| |||  ||||| || ||||| ||| |||  ||||||||||| |||| ||| |||||||||||| ||||     
T  14119869 ttggtgtggcacaaacaggtttttttgtaaggtttttgttttcgcgtggaggctcatccgtgatcgtttaccaacaaggacaaatttgattgctagacgg 14119770  T
Q  155 gtgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatccgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggc 254  Q
    ||||| |||  |||||||||||  ||||| | || ||| ||||||||  || |||| |||||||        |||||||| ||||||||||| || ||||    
T  14119769 gtgttgtcgcctgacatgtcctcgtgtgttgttggttgtggtcatcctgaatcggcgcaacatctctttttattgtgtaatacttttggttctctgtggc 14119670  T
Q  255 atttgatgcgtgattggattgg-----ttgctcgggggtggatgctgataatatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtg 344  Q
    ||||| |||| |||||||||||     |||||  |||||||| || |||||||| || || |||||| | ||||||||| |||||||||||||||    
T  14119669 atttggtgcgagattggattggattggttgctatggggtggacgcagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttgacaggtggtg 14119575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 56 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 3692725 - 3692409
Alignment:
Q  56 ttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgcttggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtg 155  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||| |||  ||||||||  || | |||||||  ||||||||||| |||| ||| |||||||||||| |||| |    
T  3692725 ttggtgtggcaaaaacaggttcccttgaaggttttcgtttttgcgcggcggctcctccgtgatcgtttaccaacaaggacaaatttgattgctagacggg 3692626  T
Q  156 tgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatccgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggca 255  Q
    |||| |||   ||||||||||  ||||| ||||  || ||||||||  || |||| | |||||        ||| || | |||||||  || || |||||    
T  3692625 tgttgtcgccggacatgtcctcgtgtgttgctggctgtggtcatcctgaatcggcacgacatctatttttattgcgtgatacttttgactctctgtggca 3692526  T
Q  256 tttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataatatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctaga 355  Q
    |||| |||| | ||||||||||||||  ||||||||  | |||||||||||  | |||||| | ||||| ||| ||||||||||||||| |    |||||    
T  3692525 tttggtgcgagcttggattggttgctgtggggtggacaccgataatatatcatatcattttttccagttcactcatttgacaggtggtggtgctgctaga 3692426  T
Q  356 cattcttttatgcaact 372  Q
    | |||||||||||||||    
T  3692425 cgttcttttatgcaact 3692409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 322 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 47116120 - 47116067
Alignment:
Q  322 gtttacttatttgacaggtggtgctaagtctagacattcttttatgcaacttat 375  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  47116120 gtttacttatttgacaggtggtgttaattctagacgttcttttatgcaatttat 47116067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 303; Significance: 1e-170; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 3 - 385
Target Start/End: Original strand, 49731921 - 49732304
Alignment:
Q  3 cttatcatgtgctaacctctcagtaccactctggtgcggctactgatgcggagttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgcttg 102  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  49731921 cttatcatgtgctaacctctcaggaccactctggtgcggctactgatgcggagctggtgtggcacaaacaggttcccttgaagatttcagtttttgcttg 49732020  T
Q  103 gagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtgtgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatcc- 201  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  49732021 gagactcctccgggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgctcgacgggtgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctggttgcggtcatccg 49732120  T
Q  202 gaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggcatttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataat 301  Q
    |||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49732121 gaaaacggcccaacatctctttttgttgtgtaacacttttggttcgctttggcatgtggtacgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataat 49732220  T
Q  302 atatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctagacattcttttatgcaacttatttgtcttctc 385  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  49732221 atatccgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctagacgttcttttatgcaacttatttggcttctc 49732304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 9e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 384
Target Start/End: Original strand, 30167332 - 30167715
Alignment:
Q  1 tgcttatcatgtgctaacctctcagtaccactctggtgcggctactgatgcggagttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgct 100  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||| || | ||| ||  ||||  || |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||     
T  30167332 tgcttatcaggtgctaacctcgcaggactattctagtatggctcatgctgcggatttggtgtggcacaaacaggttcccttgaatgtttcagtttttgcg 30167431  T
Q  101 tggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtgtgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatc 200  Q
    |||||||||||||  ||||| ||||| || |||||||| ||||||||| || | |||||  ||| ||| || |||||||||||||||| ||||||||| |    
T  30167432 tggagactcctccgtgatcgattaccaacgaagactaacttgattgctcgaagggtgttgccgactgatatctccttatgtgtcgctggttgcggtcagc 30167531  T
Q  201 cgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggcatttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataa 300  Q
    |  || ||||   |||||       ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||    
T  30167532 ctgaatcggctacacatctttttttgttttgtaacacttttggttcgctttggcatttggtgcgtgattggattggttgtgcgggggtggatgcagataa 30167631  T
Q  301 tatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctagacattcttttatgcaacttatttgtcttct 384  Q
    ||| || || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||   ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  30167632 tatttccgatcattttcttcagtttacttatttgacgggtggtgctgtttctagacgttcttttatgcaacttatatggcttct 30167715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 59 - 372
Target Start/End: Original strand, 6176523 - 6176836
Alignment:
Q  59 gtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgcttggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtgtgt 158  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||| ||||| ||| |||  ||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||| ||||    
T  6176523 gtgtggcacaaacaggttcccttgaaggtttctgtttttgcatggaggctcatccgtgatcgtttaccaacaaggactaatttgattgctagacgggtgt 6176622  T
Q  159 tatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatccgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggcattt 258  Q
    | |||  |||||||||||  ||||| |||| ||| ||||||||  || |||| |  ||||        |||||| | |||||| |||| || ||||||||    
T  6176623 tgtcgcctgacatgtcctcgtgtgttgctggttgtggtcatcctgaatcggcacgccatctatttttattgtgtgatacttttagttctctgtggcattt 6176722  T
Q  259 gatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataatatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctagacat 358  Q
    | |||| ||||||||||||||||  ||||||||| | |||||||| || || |||||| | ||||| ||| ||||||||||||||| |    |||||| |    
T  6176723 ggtgcgagattggattggttgctatggggtggatacagataatatttcagatcattttttacagttcactcatttgacaggtggtggtgttgctagacgt 6176822  T
Q  359 tcttttatgcaact 372  Q
    ||||||||||||||    
T  6176823 tcttttatgcaact 6176836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 56 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 23601871 - 23601555
Alignment:
Q  56 ttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgcttggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtg 155  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| || |||| |||||||| ||||| ||| |||  ||||||||||| |||| ||| |||||||||||| |||| |    
T  23601871 ttggtgtggcacaaacaggttcccttggaggtttctgtttttgcgtggaggctcatccgtgatcgtttaccaacaaggacaaatttgattgctagacggg 23601772  T
Q  156 tgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatccgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggca 255  Q
    |||| |||  ||||||||| |  ||||| |||| ||| ||||||||  || |||  | |||||        |||||| | ||||||||||| || |||||    
T  23601771 tgttgtcgcctgacatgtcttcgtgtgttgctgtttgtggtcatcctgaatcggttcgacatctatttttattgtgtgatacttttggttctctgtggca 23601672  T
Q  256 tttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataatatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctaga 355  Q
    |||| |||| |||||||| |||||||  ||||||||  |||||||||| || || |||||| | ||||| ||| |||||| |||||||| |    |||||    
T  23601671 tttggtgcgagattggatcggttgctttggggtggacactgataatatttcagatcattttttacagttcactcatttgataggtggtggtgctgctaga 23601572  T
Q  356 cattcttttatgcaact 372  Q
    | |||||||||||||||    
T  23601571 cgttcttttatgcaact 23601555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 56 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 29309506 - 29309169
Alignment:
Q  56 ttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgcttggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtg 155  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||| | ||| | |||||||  ||||||||||| |||| ||| || ||||||||| |||| |    
T  29309506 ttggtgtggcacaaacaggttcccttgaaggtttccgtttttacgtggcggctcctccgtgatcgtttaccaacaaggacaaacttgattgctagacggg 29309407  T
Q  156 tgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatccgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggca 255  Q
    || | |||  |||||||||||  ||||| |||| ||| ||||||||  || |||| | |||||        |||||| | ||||||||||| || || ||    
T  29309406 tgctgtcgcctgacatgtcctcgtgtgttgctggttgtggtcatcctgaatcggcacgacatctatttttattgtgtgatacttttggttctctgtgaca 29309307  T
Q  256 tttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataatatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctaga 355  Q
    |||| |||| | ||||||||||||||  ||||||||  |  |||||||||| || |||||| | ||||| ||| ||||||||||||||| |    |||||    
T  29309306 tttggtgcgagcttggattggttgctgtggggtggacacaaataatatatcagatcattttttacagttcactcatttgacaggtggtggtgctgctaga 29309207  T
Q  356 cattcttttatgcaacttatttgtcttctcagtgtctg 393  Q
    | ||||||||||||||| || || |||||  |||||||    
T  29309206 cgttcttttatgcaactaatatgacttctatgtgtctg 29309169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 56 - 344
Target Start/End: Original strand, 2813542 - 2813830
Alignment:
Q  56 ttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgcttggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtg 155  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||| ||||| ||| |||  ||||||||||| |||| ||| |||||||||||| |||| |    
T  2813542 ttggtgtggcacaaacaggttcccttgaaggtttccgtttttgcgtggaggctcatccgtgatcgtttaccaacaaggacaaatttgattgctagacggg 2813641  T
Q  156 tgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatccgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggca 255  Q
    || | |||  |||||||||||  ||||| |||| ||| ||||||||  || |||| | |||||        |||||  | ||||||| ||| || |||||    
T  2813642 tgctgtcgcctgacatgtcctcgtgtgttgctggttgtggtcatcctgaatcggcacgacatctatttttattgtgcgatacttttgattctctgtggca 2813741  T
Q  256 tttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataatatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtg 344  Q
    |||| |||| ||||||||||| || |  ||||||||| | |||||||| ||  | |||||| | ||||| ||| |||||||||||||||    
T  2813742 tttggtgcgcgattggattgggtgatatggggtggatacagataatatttcaaatcattttttacagttcactcatttgacaggtggtg 2813830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 56 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 9379195 - 9378879
Alignment:
Q  56 ttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgcttggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtg 155  Q
    |||||||||||||  || |||  ||||||| | ||||||||||| ||||| ||| ||   ||||||||||| ||||| || |||||||||| | |||  |    
T  9379195 ttggtgtggcacagtcaggttttcttgaaggtatcagtttttgcgtggaggctcatctgtgatcgtttaccaacaaaaacaaatttgattgttagacagg 9379096  T
Q  156 tgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatccgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggca 255  Q
    |||| |||  | |||||||||| ||| | | || ||| ||||||||  ||||||| ||||| |        ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  9379095 tgttgtcgtcttacatgtccttgtgtattgatggttgtggtcatcctgaaacggcacaacacctctttttattgtgtaacacttttggttcgatttggca 9378996  T
Q  256 tttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataatatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctaga 355  Q
    | || ||||||||||||||||||||   |||||||| || |||||||| || ||||||||  | ||||||||| || ||||| |||||| |||   |||     
T  9378995 tatggtgcgtgattggattggttgcaatggggtggacgcggataatatttccgaccatttgttacagtttactcatatgacaagtggtggtaatgatagt 9378896  T
Q  356 cattcttttatgcaact 372  Q
    | |||||||||||||||    
T  9378895 cgttcttttatgcaact 9378879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 76 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 7147119 - 7146811
Alignment:
Q  76 tcccttgaagatttcagtttttgcttggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtgtgttatcgaatgacatgtcc 175  Q
    |||||| ||| |||| |||||||| ||||| ||| |||  ||||||||||| |||| ||| |||||||||||| |||| ||||| |||  |||||||||     
T  7147119 tcccttaaaggtttccgtttttgcgtggaggctcatccgtgatcgtttaccaacaaggacaaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtct 7147020  T
Q  176 ttatgtgtcgctgattgcggtcatccgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggcatttgatgcgtgattggattg 275  Q
    |  ||||| |||||||| ||||||||  || |||| | |||||        |||||| | ||||||||||| || ||||||||| ||||||| ||||| |    
T  7147019 tcgtgtgttgctgattgtggtcatcctgaatcggctcgacatctatttttattgtgtgatacttttggttctctgtggcatttggtgcgtgactggatcg 7146920  T
Q  276 gttgctcgggggtggatgctgataatatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctagacattcttttatgcaacttat 375  Q
     |||||  ||||||||  | |||||||| || || |||||| | ||||| ||| |||||| |||||||| |    |||||| ||||||| ||||||||||    
T  7146919 attgctttggggtggacacagataatatttcagatcattttttacagttcactcatttgataggtggtggtgctgctagacgttcttttttgcaacttat 7146820  T
Q  376 ttgtcttct 384  Q
     || |||||    
T  7146819 atggcttct 7146811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 56 - 393
Target Start/End: Original strand, 25873152 - 25873491
Alignment:
Q  56 ttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgcttggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtg 155  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||| ||||| ||||| |  || ||||||||||||| ||  ||||||||| || |||| |    
T  25873152 ttggtgtggcacaaacaggttcccttgaaggtttccgtttttgcgtggaggctccttcgtgaccgtttaccgacaaggataaatttgatttctagacggg 25873251  T
Q  156 tgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatccgaaaacggcccaacatc-nnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggc 254  Q
    ||||||||  ||||||||| |  ||||| ||||  || ||||||||  || |||| ||||| |         | |||| | || ||||||||| | ||||    
T  25873252 tgttatcgcttgacatgtcttcgtgtgttgctgggtgtggtcatcctgaatcggcacaacaccttttttttatcgtgtgatacctttggttcgatgtggc 25873351  T
Q  255 atttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataatatatctgaccattttctt-cagtttacttatttgacaggtggtgctaagtcta 353  Q
    ||||| |||| ||||||||||| ||||  |||||||| || |||||||| || || |||||| || ||||| ||| ||||| ||||||||| |    |||    
T  25873352 atttggtgcgagattggattggatgctatggggtggacgcagataatatttccgatcatttttttacagttcactcatttggcaggtggtggtgctgcta 25873451  T
Q  354 gacattcttttatgcaacttatttgtcttctcagtgtctg 393  Q
    | | ||||||||||||||| || || |||||  |||||||    
T  25873452 ggcgttcttttatgcaactcatatggcttctatgtgtctg 25873491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 56 - 153
Target Start/End: Original strand, 14904208 - 14904305
Alignment:
Q  56 ttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgcttggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacg 153  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||  ||||||| | ||| ||| |||  ||||||||||| |||| ||| |||||||||||| ||||    
T  14904208 ttggtgtggcacaaacaggttcccttgaaggtttccatttttgcgttgaggctcatccgtgatcgtttaccaacaaggacaaatttgattgctagacg 14904305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 261 - 395
Target Start/End: Original strand, 28675176 - 28675310
Alignment:
Q  261 tgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataatatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctagacattc 360  Q
    ||||||| ||||||||||| |   |||||||| || ||||||| || ||||||||  | || |||||| || ||| ||||| || |||  |||||| |||    
T  28675176 tgcgtgactggattggttgtttcagggtggatacttataatatttcggaccatttattgcaatttactcatatgataggtgatggtaaagctagacgttc 28675275  T
Q  361 ttttatgcaacttatttgtcttctcagtgtctgtg 395  Q
    |||||||||||| ||||| |||||  |||||||||    
T  28675276 ttttatgcaactcatttgacttctgtgtgtctgtg 28675310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 346 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 13448286 - 13448247
Alignment:
Q  346 taagtctagacattcttttatgcaacttatttgtcttctc 385  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  13448286 taagtctagacgttcttttatgcaacttatttggcttctc 13448247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 309 - 342
Target Start/End: Original strand, 13797767 - 13797800
Alignment:
Q  309 accattttcttcagtttacttatttgacaggtgg 342  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  13797767 accattttcttcagtttacttattcgacaggtgg 13797800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 292; Significance: 1e-164; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 1 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 33630250 - 33629866
Alignment:
Q  1 tgcttatcatgtgctaacctctcagtaccactctggtgcggctactgatgcggagttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgct 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33630250 tgcttataatgtgctaacctctcaggaccactctggtgcgactactgttgcggagttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgct 33630151  T
Q  101 tggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtgtgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatc 200  Q
    | |||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  33630150 tagagattcctccgagatcgtttaccgacaaagactaatttgattgctcgacgggtgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctggttgcggtcatc 33630051  T
Q  201 cgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggcatttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataa 300  Q
    || |||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33630050 cggaaacggcccaacatctctttttgttgtgtaacacttttggttcgctttggcatatggtgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataa 33629951  T
Q  301 tatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctagacattcttttatgcaacttatttgtcttctc 385  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  33629950 tttatctgaccattttcttcagtttacttatttgacagatggtgctaagtctagacgttcttttatgcaacttatttggcttctc 33629866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 265; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 1 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 1683193 - 1682815
Alignment:
Q  1 tgcttatcatgtgctaacctctcagtaccactctggtgcggctactgatgcggagttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  1683193 tgcttatcatgtgctaacctctcaggatcactctggtgcgactactgttgcggagttggtgtggtacaaacaggttcccttgaagatttcagtttttgct 1683094  T
Q  101 tggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtgtgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatc 200  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  1683093 tggagactcctccttgatcgtttaccgacaaagactaatttgattgctcgacgggtgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctggttgcggtcatt 1682994  T
Q  201 cgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggcatttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataa 300  Q
    || |||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1682993 cggaaacggcccaacatctctttttgttgtgtaacacttttggttcgctttgacatatggtgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataa 1682894  T
Q  301 tatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctagacattcttttatgcaacttatttgtcttctc 385  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  1682893 tttatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtg------ctagacgttcttttatgcaacttatttggcttctc 1682815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 56 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 25317952 - 25317624
Alignment:
Q  56 ttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgcttggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtg 155  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| | || |||||||| ||||| ||| |||  ||||||||||| | || |||||||||||||||| |||| |    
T  25317952 ttggtgtggcacaaacaggttcccttgaaggtgtccgtttttgcgtggaggctcatccgagatcgtttaccaaaaaggactaatttgattgctagacggg 25317853  T
Q  156 tgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatccgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggca 255  Q
    |||| |||  |||||||||||  ||||| |||| ||| ||||||||  || |||| |||||||        |||||||| ||||||||||| || |||||    
T  25317852 tgttgtcgcctgacatgtcctcgtgtgttgctggttgtggtcatcctgaatcggcgcaacatctctttttattgtgtaatacttttggttctctgtggca 25317753  T
Q  256 tttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataatatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctaga 355  Q
    | || |||| ||||||||||| ||||  ||||||||  | |||||||| |  || |||||| | ||||||||| ||||||||||||||| |    |||||    
T  25317752 tctggtgcgagattggattggctgctatggggtggacacagataatattttcgatcattttttacagtttactcatttgacaggtggtggtgttgctaga 25317653  T
Q  356 cattcttttatgcaacttatttgtcttct 384  Q
    | ||||||||||||||| ||||| |||||    
T  25317652 cgttcttttatgcaactaatttggcttct 25317624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 56 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 26205446 - 26205118
Alignment:
Q  56 ttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgcttggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtg 155  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| | || |||||||| ||||| ||| |||  ||||||||||| | || |||||||||||||||| |||| |    
T  26205446 ttggtgtggcacaaacaggttcccttgaaggtgtccgtttttgcgtggaggctcatccgagatcgtttaccaaaaaggactaatttgattgctagacggg 26205347  T
Q  156 tgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatccgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggca 255  Q
    |||| |||  |||||||||||  ||||| |||| ||| ||||||||  || |||| |||||||        |||||||| ||||||||||| || |||||    
T  26205346 tgttgtcgcctgacatgtcctcgtgtgttgctggttgtggtcatcctgaatcggcgcaacatctctttttattgtgtaatacttttggttctctgtggca 26205247  T
Q  256 tttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataatatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctaga 355  Q
    | || |||| ||||||||||| ||||  ||||||||  | |||||||| |  || |||||| | ||||||||| ||||||||||||||| |    |||||    
T  26205246 tctggtgcgagattggattggctgctatggggtggacacagataatattttcgatcattttttacagtttactcatttgacaggtggtggtgttgctaga 26205147  T
Q  356 cattcttttatgcaacttatttgtcttct 384  Q
    | ||||||||||||||| ||||| |||||    
T  26205146 cgttcttttatgcaactaatttggcttct 26205118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 56 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 15673923 - 15673595
Alignment:
Q  56 ttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgcttggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtg 155  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||   || |||||||| ||||| ||| ||| |||||||||||| |||| ||| |||||||||||| || | |    
T  15673923 ttggtgtggcacaagcaggttcccttgaaggggtccgtttttgcgtggaggctcatccgggatcgtttaccaacaaggacaaatttgattgctagaaggg 15673824  T
Q  156 tgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatccgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggca 255  Q
    |||| |||  |||||||||||  ||||| |||| ||| ||||||||  || |||| | ||||         |||||| | ||||||||||| || |||||    
T  15673823 tgttgtcgcctgacatgtcctcttgtgttgctggttgtggtcatcctgaatcggcacgacatttatttttattgtgtgatacttttggttctctgtggca 15673724  T
Q  256 tttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataatatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctaga 355  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||  ||||||||  | |||||||| || || |||||| | ||||| ||| ||||||||||||||| |    |||||    
T  15673723 tttggtgcgagattggattggttgctatggggtggacacagataatatttcagatcattttttacagttcactcatttgacaggtggtggtgttgctaga 15673624  T
Q  356 cattcttttatgcaacttatttgtcttct 384  Q
    | ||||||||||||||| ||||| |||||    
T  15673623 cgttcttttatgcaactaatttggcttct 15673595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 56 - 372
Target Start/End: Original strand, 23347508 - 23347824
Alignment:
Q  56 ttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgcttggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtg 155  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||  |||||||| ||||| ||| |||  ||||||||||| |||| ||| |||||||||||| |||| |    
T  23347508 ttggtgtggcacaaacaggttcccttgaaggttttcgtttttgcgtggaggctcatccgtgatcgtttaccaacaaggacaaatttgattgctagacggg 23347607  T
Q  156 tgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatccgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggca 255  Q
    ||  ||||  |||||||||||  ||||| |||| ||| ||||||||  || |||| | |||||        |||||| | ||||||||||| || |||||    
T  23347608 tgccatcgcctgacatgtcctcgtgtgttgctggttgtggtcatcctgaatcggcacgacatctatttttattgtgtgatacttttggttctctgtggca 23347707  T
Q  256 tttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataatatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctaga 355  Q
    |||| |||| ||||||||||| ||||  ||||||||| | |||||||| || || |||||| | ||||| ||| |||||||||| |||| |    |||||    
T  23347708 tttggtgcgagattggattggatgctatggggtggatacagataatatttcagatcattttttacagttcactcatttgacaggcggtggtgttgctaga 23347807  T
Q  356 cattcttttatgcaact 372  Q
    | |||||||||||||||    
T  23347808 cgttcttttatgcaact 23347824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 56 - 393
Target Start/End: Original strand, 8872868 - 8873205
Alignment:
Q  56 ttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgcttggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtg 155  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||| |||| ||||| || ||||| ||| |    |||||||||||||||| ||| ||||||||| || |||| |    
T  8872868 ttggtgtggcacaaactggttcccttgaaggtttccgttttcgcgtggaggctcatttgtgatcgtttaccgacaaggacaaatttgatttctagacggg 8872967  T
Q  156 tgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatccgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggca 255  Q
    |||| |||  |||||||||||  || || |||| ||| ||||||||  || |||| || ||||        |||||| ||||||||||||| || || ||    
T  8872968 tgttgtcgcctgacatgtcctcgtgcgttgctggttgtggtcatcccgaatcggcacatcatccttttttattgtgtgacacttttggttctctgtgaca 8873067  T
Q  256 tttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataatatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctaga 355  Q
    |||| |||| |||||||||| |||||  |||||||| || |||||||| |  || |||||| | ||||| ||| ||||||||||||||| |     ||||    
T  8873068 tttggtgcgagattggattgcttgctatggggtggacgcagataatattttcgatcattttttacagttcactcatttgacaggtggtggtgctgttaga 8873167  T
Q  356 cattcttttatgcaacttatttgtcttctcagtgtctg 393  Q
    | ||||||||||||||| || || |||||  |||||||    
T  8873168 cgttcttttatgcaactaatatggcttctatgtgtctg 8873205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 253 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 13755366 - 13755226
Alignment:
Q  253 gcatttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataatatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtct 352  Q
    ||||||| |||| | ||||||||||||||   |||||||  | ||||||||||| || |||||| | ||||| ||| ||||||||||||||| |    ||    
T  13755366 gcatttggtgcgagtttggattggttgctgtagggtggacacagataatatatcagatcattttttacagttcactcatttgacaggtggtggtgctgct 13755267  T
Q  353 agacattcttttatgcaacttatttgtcttctcagtgtctg 393  Q
    |||| ||||||||||||||| || || |||||  |||||||    
T  13755266 agacgttcttttatgcaactaatatgacttctatgtgtctg 13755226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 288; Significance: 1e-161; HSPs: 10)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 1 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 47541078 - 47540694
Alignment:
Q  1 tgcttatcatgtgctaacctctcagtaccactctggtgcggctactgatgcggagttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  47541078 tgcttatcatgtgctaacctctcaggaccactctggtgcgactactgatgcggagttggtgtggcacaaacaggttcccttgaagatttcagtttttgca 47540979  T
Q  101 tggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtgtgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatc 200  Q
    | |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  47540978 ttgagattcctccaggatcgtttactgacgaagactaatttgattgctcgacgggtgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctggatgcggtcatc 47540879  T
Q  201 cgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggcatttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataa 300  Q
    || |||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47540878 cggaaacggcccaacatctattcttgttgtgtaacacttttggttcgctttggcatatggtgcgtggttggattggttgctcgggggtggatgctgataa 47540779  T
Q  301 tatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctagacattcttttatgcaacttatttgtcttctc 385  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  47540778 tttatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctagacgttcttttatgcaacttatttggcttctc 47540694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 275; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 1 - 384
Target Start/End: Original strand, 3129966 - 3130349
Alignment:
Q  1 tgcttatcatgtgctaacctctcagtaccactctggtgcggctactgatgcggagttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgct 100  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  3129966 tgcttatcatgtgctaacctcttaggaccactctggcgcgactactgttgcggagttggtgtgacacaaacaggttcccttgaagatttcagtttttgct 3130065  T
Q  101 tggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtgtgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatc 200  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||    
T  3130066 tggagactcctccgagatcgtttaccgacaaagactaatttgattgctcgacgggtgttatcgaatgacatgtctttatgtgtagctggttgcggtcatc 3130165  T
Q  201 cgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggcatttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataa 300  Q
    |  |||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3130166 cagaaacggcccaacatctctttttgttgtgtaacacttttggttcgctttggcatatggtgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataa 3130265  T
Q  301 tatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctagacattcttttatgcaacttatttgtcttct 384  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  3130266 tttatctgaccattttcttcagtttacttagttgacaggtggtgctaagtctagacgttcttttatgcaacttatttggcttct 3130349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 1 - 385
Target Start/End: Original strand, 8655060 - 8655444
Alignment:
Q  1 tgcttatcatgtgctaacctctcagtaccactctggtgcggctactgatgcggagttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||  | |||||||| |||| || ||||| |||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  8655060 tgcttatcatgtgctaacctctcaagatcactctggggcggttattgatgtggagctggtgtggcacaatcaggttcccttgaagatttcagtttttgct 8655159  T
Q  101 tggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtgtgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatc 200  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||| | || ||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  8655160 tggagactcctccaggatcggttaccaacaaagattaatttgattgctcgtcgggtgttatcgcatcacatgtccttatgtgtcgctggttgtggtcatc 8655259  T
Q  201 cgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggcatttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataa 300  Q
     | ||||||| |||||||        | |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  8655260 tggaaacggctcaacatctctttttatcgtgtaacacttttggttcgctttggcatatggtgcgtgattggattggttgctcgggagtggatgctgataa 8655359  T
Q  301 tatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctagacattcttttatgcaacttatttgtcttctc 385  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| | ||||| |||||| ||| ||||| || | ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  8655360 tatatatgaccattttcttcagtttattcatttggcaggtgatgcaaagtcaaggcgttcttttatgcaacttatttggcttctc 8655444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 151; E-Value: 9e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 384
Target Start/End: Original strand, 7663226 - 7663608
Alignment:
Q  1 tgcttatcatgtgctaacctctcagtaccactctggtgcggctactgatgcggagttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgct 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| || | ||||||  |||| ||| |||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||| | |||||||||||     
T  7663226 tgcttatcaggtgctaacctctcaggactattctggtatggctcctgctgcggatttggtgtggcacaaacaggtttccttgaaggtatcagtttttgcg 7663325  T
Q  101 tggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtgtgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatc 200  Q
    ||||||||| |||  ||||||||||| || |||||||| ||||||||| || | |||||  ||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  7663326 tggagactcatccgagatcgtttaccaacgaagactaacttgattgctcgaagggtgttgccgactgatatgtccttatgtgtcgctggttgcggtcatc 7663425  T
Q  201 cgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggcatttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataa 300  Q
    |  || |||| ||||||         ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||    
T  7663426 ctgaatcggctcaacat-ttttttttttgtgcaacacttttggttcgctttggcatttggtgcgtgattggattggttgtgcgggggtggatgcagataa 7663524  T
Q  301 tatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctagacattcttttatgcaacttatttgtcttct 384  Q
    ||| || || |||||| |||| |||||||||||||||||||||  |   ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  7663525 tatttccgatcattttattcattttacttatttgacaggtggttttgtttctagacgttcttttatgcaacttatatggcttct 7663608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 74 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 23279687 - 23279377
Alignment:
Q  74 gttcccttgaagatttcagtttttgcttggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtgtgttatcgaatgacatgt 173  Q
    ||||| |||||| | | ||||||||  |||||||| |||| |||||| ||||| ||||||||||||||| ||| | |||| ||| | ||||||||  |||    
T  23279687 gttccattgaaggtcttagtttttgtgtggagacttctccgggatcgattaccaacaaagactaatttggttgatcgacgggtgctgtcgaatgatttgt 23279588  T
Q  174 ccttatgtgtcgctgattgcggtcatccgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggcatttgatgcgtgattggat 273  Q
    |||||||||| | ||  |||||||| ||  ||||| | |||||||        ||||||||| ||||  |||||||||||||| || |||||||||||||    
T  23279587 ccttatgtgttgttggctgcggtcaacctgaaacgacacaacatctctttttattgtgtaactctttaagttcgctttggcatatggtgcgtgattggat 23279488  T
Q  274 tggttgctcgggggtggatgctgataatatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctagacattcttttatgcaactt 373  Q
    |||||| |  |||||| ||| ||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||   |||||||||||||||    
T  23279487 tggttgttgtggggtgaatgttgataatatttctgaccattttttacagtttacttatttgacaggtagtgctcactctagatgctcttttatgcaactt 23279388  T
Q  374 atttgtcttct 384  Q
    || || |||||    
T  23279387 atatggcttct 23279377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 56 - 372
Target Start/End: Original strand, 8487023 - 8487339
Alignment:
Q  56 ttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgcttggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtg 155  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||| ||||| ||| |||  ||||||| ||| |||| ||| |||||||||||| |||| |    
T  8487023 ttggtgtggcacaaacaggttcccttgaaggtttctgtttttgcgtggaggctcatccgtgatcgttaaccaacaaggacaaatttgattgctagacggg 8487122  T
Q  156 tgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatccgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggca 255  Q
    |||| |||  |||||||||||  ||||| |||| ||| ||||||||  || |||| |  ||||        |||||| | ||||||||||| || ||| |    
T  8487123 tgttgtcgcctgacatgtcctcgtgtgttgctggttgtggtcatcctgaatcggcacgccatctatttttattgtgtgatacttttggttctctgtggta 8487222  T
Q  256 tttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataatatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctaga 355  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||  ||||||||| | |||||||| || || |||||  | ||||| ||||||||||||||||||| |    |||||    
T  8487223 tttggtgcgagattggattggttgctatggggtggatacagataatatttcagatcatttcttacagttcacttatttgacaggtggtggtgttgctaga 8487322  T
Q  356 cattcttttatgcaact 372  Q
    | |||||||||||||||    
T  8487323 cgttcttttatgcaact 8487339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 56 - 372
Target Start/End: Original strand, 23873518 - 23873834
Alignment:
Q  56 ttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgcttggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtg 155  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||| ||||| |||||||  ||||||||||| |||| ||| |||||||||||| |||| |    
T  23873518 ttggtgtggcacaaacaggttcccttgaaggtttccgtttttgcgtggaggctcctccgtgatcgtttaccaacaaggacaaatttgattgctcgacggg 23873617  T
Q  156 tgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatccgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggca 255  Q
    |||| |||  ||||||||| |  ||||| |||| ||||||||||||  || |||| |  ||||        |||||| | ||||||||||| || |||||    
T  23873618 tgttgtcgtctgacatgtcttcgtgtgttgctggttgcggtcatcctgaatcggctcgtcatctatttttattgtgtgatacttttggttctctgtggca 23873717  T
Q  256 tttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataatatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctaga 355  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||  ||||||||  | |||||||| || || |||||| | ||||| ||| |||||| |||||| | |    |||||    
T  23873718 tttggtgcgtgattggatcggttgctttggggtggacacagataatatttcagatcattttttacagttcactcatttgataggtggaggtgctgctaga 23873817  T
Q  356 cattcttttatgcaact 372  Q
    | |||||||||||||||    
T  23873818 cgttcttttatgcaact 23873834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 56 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 55298718 - 55298430
Alignment:
Q  56 ttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgcttggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtg 155  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||| ||||| |||||||  ||||||||||| |||| ||| |||||||||||| |||| |    
T  55298718 ttggtgtggcacaaacaggttcccttgaaggtttccgtttttgcgtggaggctcctccgtgatcgtttaccaacaaggacaaatttgattgctcgacggg 55298619  T
Q  156 tgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatccgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggca 255  Q
    |||| |||  ||||||||| |  ||||| ||||  |||||||||||  || |||| | |||||        |||||| | ||||||||||| || |||||    
T  55298618 tgttgtcgtctgacatgtcttcgtgtgttgctggctgcggtcatcctgaatcggctcgacatctatttttattgtgtgatacttttggttctctgtggca 55298519  T
Q  256 tttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataatatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtg 344  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||  ||||||||  | |||||||| || |  |||||| | ||||| ||| |||||| ||||||||    
T  55298518 tttggtgcgtgattggatcggttgctttggggtggacacagataatatttcagctcattttttacagttcactcatttgataggtggtg 55298430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 56 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 2631496 - 2631180
Alignment:
Q  56 ttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgcttggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtg 155  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||  ||| | |||||||  ||||||||||| |||| ||| |||||||||||| |||| |    
T  2631496 ttggtgtggcacaaacaggttcccttgaaggtttccgtttttgtgtggcggctcctccgtgatcgtttaccaacaaggacaaatttgattgctagacggg 2631397  T
Q  156 tgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatccgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggca 255  Q
    |||| |||   ||||||||||  ||||| | ||  || ||||||||  |  |||| | |||||        |||||| | ||||||||||| || |||||    
T  2631396 tgttgtcgccagacatgtcctcgtgtgttggtggatgtggtcatcctgagtcggcacgacatctatttttattgtgtgatacttttggttctctgtggca 2631297  T
Q  256 tttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataatatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctaga 355  Q
    |||| |||| | |||||||||||| |  ||||||||  | ||||||||||| || |||||| | ||||| ||| ||||||||||||||| |    |||||    
T  2631296 tttggtgcgagcttggattggttgttgtggggtggacaccgataatatatcagatcattttttccagttcactcatttgacaggtggtggtgctgctaga 2631197  T
Q  356 cattcttttatgcaact 372  Q
    | |||||||||||||||    
T  2631196 cgttcttttatgcaact 2631180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 60 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 20675116 - 20674885
Alignment:
Q  60 tgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgcttggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtgtgtt 159  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| |||  |||||||| ||||| ||| |||  ||||||||||| |||| ||| |||||||||||| || | ||| |    
T  20675116 tgtggcacaaacaggttcccttgaaggttttcgtttttgcgtggaggctcatccgtgatcgtttaccaacaaggacaaatttgattgctagatgggtgct 20675017  T
Q  160 atcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatccgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggcatttg 259  Q
     |||  ||||||||| |  ||||| |||| ||| ||||||||  || |||| | |||||        |||||| | ||||||||||| || |||||||||    
T  20675016 ttcgcctgacatgtcttcgtgtgttgctggttgtggtcatcctgaatcggcacgacatctatttttattgtgtgatacttttggttctctgtggcatttg 20674917  T
Q  260 atgcgtgattggattggttgctcgggggtgga 291  Q
     |||| ||||||||||||||||  ||||||||    
T  20674916 gtgcgagattggattggttgctatggggtgga 20674885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 280; Significance: 1e-157; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 280; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 1 - 377
Target Start/End: Original strand, 19384697 - 19385073
Alignment:
Q  1 tgcttatcatgtgctaacctctcagtaccactctggtgcggctactgatgcggagttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||     
T  19384697 tgcttatcatgtgctaacctctcaggaccactctggtgcgactactgatgcggagttggtgtggcacaaacaggttcccttgaagatctcagtttttgca 19384796  T
Q  101 tggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtgtgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatc 200  Q
    ||||||||| |||  |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  19384797 tggagactcttccgagatcgtttaccgacgaagactaatttgattgctcgacgggtgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctggttgcggtcatc 19384896  T
Q  201 cgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggcatttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataa 300  Q
    || |||||||||||||||       ||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19384897 cggaaacggcccaacatctattcttgttgtgtaatacttttggttcgctttggcatatggtgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataa 19384996  T
Q  301 tatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctagacattcttttatgcaacttattt 377  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  19384997 tttatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtccagacgttcttttatgcaacttattt 19385073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 1 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 7452505 - 7452131
Alignment:
Q  1 tgcttatcatgtgctaacctctcagtaccactctggtgcggctactgatgcggagttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||     
T  7452505 tgcttatcatgtgctaacctctcaggaccattctgacgcggctactgatgcggagttggtttggcacaaacaggttcccttgaaggtttcagtttttgca 7452406  T
Q  101 tggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtgtgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatc 200  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||||||| |||| ||||| | |  ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  7452405 tggagactcctcaaggatcggttaccaacgaagactaatttgattgctcgacgggtgttgttgcctgatatgtccttatgtgtcgctggttgcggtcatc 7452306  T
Q  201 cgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggcatttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataa 300  Q
    |  ||||||| |||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  7452305 ctgaaacggctcaacatctctttctgttgtgtaacacttttggttcgctttggcatatggtgcgtgattggattggttgcacgggggtggatgccgataa 7452206  T
Q  301 tatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctagacattcttttatgcaacttat 375  Q
    ||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| ||||||||||||||||||    
T  7452205 tatttcagatcattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctgtttctagacgttcttttatgcaacttat 7452131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 56 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 35405803 - 35405484
Alignment:
Q  56 ttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgcttggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtg 155  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||| |||  ||||| || ||||| ||| |||  ||||||||||| |||||||| |||||||||||  |||| |    
T  35405803 ttggtgtggcacaaacaggttctcttgaaggttttcgttttcgcgtggaggctcatccgtgatcgtttaccaacaaagacaaatttgattgcaagacggg 35405704  T
Q  156 tgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatccgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggca 255  Q
    |||| |||   ||||||||||  ||||| |||| ||| ||||||||  ||||||| |||||||        |||||||| | ||||||||| || |||||    
T  35405703 tgttgtcgcccgacatgtcctcgtgtgttgctggttgtggtcatcctgaaacggcacaacatctctttttattgtgtaatatttttggttctctgtggca 35405604  T
Q  256 tttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataatatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctaga 355  Q
    |||| |||  ||||||||||||||||  |||||||| || |||||||| || || |||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |    |||||    
T  35405603 tttggtgcaggattggattggttgctatggggtggacgcagataatatttccgatcatttttttcagtttactcatttgacaggtggtggtgttgctaga 35405504  T
Q  356 cattcttttatgcaacttat 375  Q
    | ||||||||||||||||||    
T  35405503 cgttcttttatgcaacttat 35405484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 56 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 2872288 - 2871960
Alignment:
Q  56 ttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgcttggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtg 155  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||| |||| |||||||| ||||| ||| |||  ||||||||||| |||| ||| |||||||||||| |||| |    
T  2872288 ttggtgtggcacaaacaggttcccttaaaggtttccgtttttgcgtggaggctcatccgtgatcgtttaccaacaaggacaaatttgattgctagacggg 2872189  T
Q  156 tgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatccgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggca 255  Q
    |||| |||  ||| ||||| |  ||||| |||||||| ||||||||  || |||| | |||||        |||||| | ||||||||||| || |||||    
T  2872188 tgttgtcgcctgatatgtcttcgtgtgttgctgattgtggtcatcctgaatcggctcgacatctatttttattgtgtgatacttttggttctctgtggca 2872089  T
Q  256 tttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataatatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctaga 355  Q
    |||| ||||||| ||||| |||||||  ||||||||  | |||||||| || || |||||| | ||||| ||| |||||| |||||||| |    || ||    
T  2872088 tttggtgcgtgactggatcggttgctttggggtggacacagataatatttcagatcattttttacagttcactcatttgataggtggtggtgttgctgga 2871989  T
Q  356 cattcttttatgcaacttatttgtcttct 384  Q
    | |||||||||||||||||| || |||||    
T  2871988 cgttcttttatgcaacttatatggcttct 2871960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 56 - 372
Target Start/End: Original strand, 16421052 - 16421367
Alignment:
Q  56 ttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgcttggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtg 155  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||| ||| | |||||||  ||||||||||| |||| ||| |||||||||||| |||| |    
T  16421052 ttggtgtggcacaaacaggttcccttgaaggtttccgtttttgcgtggcggctcctccgtgatcgtttaccaacaaggacaaatttgattgctagacggg 16421151  T
Q  156 tgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatccgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggca 255  Q
    |||| |||   ||||||||||  ||||| ||||  || ||||||||  || |||| | || ||       ||||||| | ||||||||||| || |||||    
T  16421152 tgttgtcgccggacatgtcctcgtgtgttgctggctgtggtcatcctgaatcggcacgacgtctatttttgttgtgtgatacttttggttctctgtggca 16421251  T
Q  256 tttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataatatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctaga 355  Q
    |||| |||| | |||||||||||| |  ||||||||  | ||||||||||| || |||||| | ||||| ||| ||||||||||||||| |    |||||    
T  16421252 tttggtgcgagcttggattggttgttgtggggtggacaccgataatatatcagatcatttt-tccagttcactcatttgacaggtggtggtgctgctaga 16421350  T
Q  356 cattcttttatgcaact 372  Q
    | |||||||||||||||    
T  16421351 cgttcttttatgcaact 16421367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 238 - 344
Target Start/End: Original strand, 412590 - 412696
Alignment:
Q  238 ttttggttcgctttggcatttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataatatatctgaccattttcttcagtttacttatttgaca 337  Q
    |||||| || || ||||||||| |||| ||||||||||||||||  |||||||| |  |||||||| || || |||||| | ||||| ||| |||||| |    
T  412590 ttttggctctctgtggcatttggtgcgagattggattggttgctatggggtggacgtagataatatttccgatcattttttacagttcactcatttgata 412689  T
Q  338 ggtggtg 344  Q
    |||||||    
T  412690 ggtggtg 412696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 52 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 12134430 - 12134353
Alignment:
Q  52 ggagttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgcttggagactcctccaggatcgtttaccgac 129  Q
    ||||||||| |||||  ||||||||||  ||||| | ||||||||||||||| | ||||| |||||||| ||||||||    
T  12134430 ggagttggtatggcatcaacatgttcctctgaaggtatcagtttttgcttggcggctcctgcaggatcgcttaccgac 12134353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 305 - 342
Target Start/End: Original strand, 39903523 - 39903560
Alignment:
Q  305 tctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtgg 342  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  39903523 tctgatcactttcttcagtttacttatttgacaggtgg 39903560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 256; Significance: 1e-142; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 1 - 384
Target Start/End: Original strand, 10486907 - 10487276
Alignment:
Q  1 tgcttatcatgtgctaacctctcagtaccactctggtgcggctactgatgcggagttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10486907 tgcttatcatgtgctaacctctcaggaccactctggtgcggctactgatgcggagctggtgtggcacaaacaggttcccttgaagatttcagtttttgct 10487006  T
Q  101 tggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtgtgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  10487007 tggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgctcgtcgggtgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctggttgcggtcatc 10487106  T
Q  201 cgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggcatttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataa 300  Q
    || |||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||              |||||||||||||    
T  10487107 cggaaacggcccaacatctctttttgttgtgtaacacttttggttcgctttggtatatggtgcgtgattggat--------------tggatgctgataa 10487192  T
Q  301 tatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctagacattcttttatgcaacttatttgtcttct 384  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  10487193 tatatctgaccattttcttcaatttatttatttgacaggtggtgctaagtctagacgttcttttatgcaacttatttggcttct 10487276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 56 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 32918416 - 32918087
Alignment:
Q  56 ttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgcttggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtg 155  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||| | || ||||| || ||||| ||| |||  ||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| |    
T  32918416 ttggtgtgacacaaacaggttcccttgaaggtgtccgttttcgcgtggaggctcatccgagatcgtttaccaacaaagacaaatttgattgctagacggg 32918317  T
Q  156 tgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatccgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaaca-cttttggttcgctttggc 254  Q
    |||| |||  |||||||||||| ||||| |||| ||| ||||||||  || |||| |||||||        |||||||| | ||||||||||  | || |    
T  32918316 tgttgtcgcctgacatgtccttgtgtgttgctggttgtggtcatcctgaatcggcgcaacatctctttttattgtgtaataccttttggttctatgtgcc 32918217  T
Q  255 atttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataatatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctag 354  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||  ||||||||  | |||||||| ||||| |||||| | ||||||||| ||||||||||||||| |    ||||    
T  32918216 atttggtgcgagattggattggttgctatggggtggacacagataatatttctgatcattttttacagtttactcatttgacaggtggtggtgttgctag 32918117  T
Q  355 acattcttttatgcaacttatttgtcttct 384  Q
    ||  |||||||||||||| ||||| |||||    
T  32918116 acggtcttttatgcaactaatttggcttct 32918087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 75 - 393
Target Start/End: Original strand, 15499707 - 15500025
Alignment:
Q  75 ttcccttgaagatttcagtttttgcttggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtgtgttatcgaatgacatgtc 174  Q
    ||||||||||  | || |||||||| ||||| ||| |||  ||| ||||||| |||| ||| |||||||||||| |||| |||||   |  |||||||||    
T  15499707 ttcccttgaaagtgtccgtttttgcgtggaggctcatccgtgattgtttaccaacaaggacaaatttgattgctagacgggtgttggtgcctgacatgtc 15499806  T
Q  175 cttatgtgtcgctgattgcggtcatccgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggcatttgatgcgtgattggatt 274  Q
    ||  ||||| |||| ||| ||||||||  || |||| |||||||        |||||||| ||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||    
T  15499807 ctcgtgtgttgctggttgtggtcatcctgaatcggcgcaacatctctttttattgtgtaatacttttggttctctgtggcatttggtgcgtgattggatt 15499906  T
Q  275 ggttgctcgggggtggatgctgataatatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctagacattcttttatgcaactta 374  Q
    |||||||  ||||||||  |  ||||||| || || |||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |    ||||||  |||||| ||||||| |    
T  15499907 ggttgctgtggggtggacacaaataatatttccgatcattttcttcagtttactcatttgtcaggtggtggtgttgctagacggtcttttttgcaactca 15500006  T
Q  375 tttgtcttctcagtgtctg 393  Q
    |||| |||||  |||||||    
T  15500007 tttggcttctatgtgtctg 15500025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 56 - 393
Target Start/End: Original strand, 6264240 - 6264577
Alignment:
Q  56 ttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgcttggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtg 155  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||| |||| ||||| || ||||| ||| | |  ||| |||||||||||| ||| ||||||||| || |||| |    
T  6264240 ttggtgtggcacaaacaggtttccttgaaggtttccgttttcgcatggaggctcattcgtgattgtttaccgacaaggacaaatttgatttctagacggg 6264339  T
Q  156 tgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatccgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggca 255  Q
    |||| |||  |||||||||||  | ||| |||| ||| ||||||||  || |||| |||||||        |||||| | ||||||| ||| || |||||    
T  6264340 tgttgtcgcctgacatgtcctcgtatgttgctggttgtggtcatcccgaatcggcacaacatctttttttattgtgtgatacttttgattctctatggca 6264439  T
Q  256 tttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataatatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctaga 355  Q
    |||| |||| ||||| ||||||||||  |||||||| || |||||||| |  || |||||| | ||||| ||| ||||||||||||||| |    ||| |    
T  6264440 tttggtgcgagattgtattggttgctatggggtggacgccgataatattttcgatcattttttacagttcactcatttgacaggtggtggtgctgctaaa 6264539  T
Q  356 cattcttttatgcaacttatttgtcttctcagtgtctg 393  Q
    | ||||||||||||||| || || |||||  |||||||    
T  6264540 cgttcttttatgcaactaatatggcttctatgtgtctg 6264577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 56 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 34481054 - 34480717
Alignment:
Q  56 ttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgcttggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtg 155  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||| ||||| ||||| |  || ||||||||||||| |   ||||||||| || |||| |    
T  34481054 ttggtgtggcacaaacaggttcccttgaaggtttccgtttttgcgtggaggctccttcgtgaccgtttaccgacaaggttaaatttgatttctagacggg 34480955  T
Q  156 tgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatccgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggca 255  Q
    || |||||  ||||||||| |  ||||| ||||   | ||| ||||  || |||||||||| |        | |||| | || ||||||||| | |||||    
T  34480954 tgctatcgcctgacatgtcttcgtgtgttgctgggggtggttatcctgaatcggcccaacaccttttcttatcgtgtgatacctttggttcgatgtggca 34480855  T
Q  256 tttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataatatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctaga 355  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||  ||||||||  | |||||||| ||  | |||||| | ||||| |||  |||| ||||||||| |    |||||    
T  34480854 tttggtgcgagattggattggttgctatggggtggacacagataatatttccaatcattttttacagttcactcttttggcaggtggtggtgctgctaga 34480755  T
Q  356 cattcttttatgcaacttatttgtcttctcagtgtctg 393  Q
    | |||||||||||||||||| || |||||  |||||||    
T  34480754 cgttcttttatgcaacttatatggcttctatgtgtctg 34480717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 223; Significance: 1e-122; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 5 - 384
Target Start/End: Original strand, 15653696 - 15654075
Alignment:
Q  5 tatcatgtgctaacctctcagtaccactctggtgcggctactgatgcggagttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgcttgga 104  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||| ||||    
T  15653696 tatcatgtgctaacctctcaggaccattctggtccggctcctgatgcggagttggtgtggcacaaacaggttcccttgaaggtatcagtttttgcgtgga 15653795  T
Q  105 gactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtgtgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatccgaa 204  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| |||||  ||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||  |    
T  15653796 gactcctccgggatcgtttaccaacaaagactaacttgattgctcgacgggtgttgccgactgatatgtccttatgtgtcgctggttgcggtcatcctga 15653895  T
Q  205 aacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggcatttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataatata 304  Q
    |||||| |||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||     
T  15653896 aacggctcaacatctctttttgttgtgtaacacttttggttcgctttggcatatggtgcgtgattggattggttgtgcgggggtggatgctgataatatt 15653995  T
Q  305 tctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctagacattcttttatgcaacttatttgtcttct 384  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  15653996 tccgaccattttcttcagtttacttatttgataggtggtgctgtttctagacgttcttttatgcaacttatatggcttct 15654075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 46623858 - 46623474
Alignment:
Q  1 tgcttatcatgtgctaacctctcagtaccactctggtgcggctactgatgcggagttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgct 100  Q
    ||||||| | ||||||||||||||| || | |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||     
T  46623858 tgcttataaggtgctaacctctcaggactattctggtacggctcctgatgcggagttggtgtggcacaaacaggttcccttgaaggtatcagtttttgcg 46623759  T
Q  101 tggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtgtgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatc 200  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||| || |||| ||| ||||||||| || | |||||  ||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  46623758 tggagactcatccgggatcgtttaccaacgaagaataacttgattgctcgaagggtgttgccgactgatatgtccttatgtgtcgctggttgcggtcatc 46623659  T
Q  201 cgaaaacggcccaacatc-nnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggcatttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgata 299  Q
    |  || |||| |||||||        ||| ||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  46623658 ctgaatcggctcaacatcttttttttgttatgtaacacttttggttcactttggcatatggtgcgtgattggattggttgtgcgggggtggatgctgata 46623559  T
Q  300 atatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctagacattcttttatgcaacttatttgtcttct 384  Q
    |||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  46623558 atattttcgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgttgtttctagacgttcttttatgcaacttatatggcttct 46623474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 56 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 13440151 - 13439835
Alignment:
Q  56 ttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgcttggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtg 155  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||| ||||| |||||||  ||||||||||| |||| ||| |||||||||||| |||| |    
T  13440151 ttggtgtggcacaaacaggttcccttgaaggtttccgtttttgcgtggaggctcctccgtgatcgtttaccaacaaggacaaatttgattgctcgacggg 13440052  T
Q  156 tgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatccgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggca 255  Q
    |||| |||  ||||||||| |  ||||| ||||  |||||||||||  || |||| | |||||        |||||| | ||||||||||| || |||||    
T  13440051 tgttgtcgtctgacatgtcttcgtgtgttgctggctgcggtcatcctgaatcggctcgacatctatttttattgtgtgatacttttggttctctgtggca 13439952  T
Q  256 tttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataatatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctaga 355  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||  ||||||||  | |||||||| || |  |||||| | ||||| ||| |||||| |||||||| |    |||||    
T  13439951 tttggtgcgtgattggatcggttgctttggggtggacacagataatatttcagctcattttttacagttcactcatttgataggtggtggtgctgctaga 13439852  T
Q  356 cattcttttatgcaact 372  Q
    | |||||||||||||||    
T  13439851 cgttcttttatgcaact 13439835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 53 - 372
Target Start/End: Original strand, 12378764 - 12379083
Alignment:
Q  53 gagttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgcttggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgac 152  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||| | ||||||||||  ||||||||| |||  ||||| ||||| |||||||  ||| |||||||| |||    
T  12378764 gagttggtgtggcacaaccaggttcccttgaaggtatcagtttttgtgtggagactcatccgtgatcggttaccaacaaagataaatctgattgctagac 12378863  T
Q  153 gtgtgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatccgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttg 252  Q
      |||||  ||| ||||||||| |  ||||| ||||  ||  | ||| |  ||||||| ||||| |        ||||||||||||||||||||  ||||    
T  12378864 aggtgttgacgactgacatgtcatcgtgtgttgctggctgtagacattctgaaacggcgcaacacctctttttattgtgtaacacttttggttcaatttg 12378963  T
Q  253 gcatttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataatatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtct 352  Q
    |||| || ||||||||||||| || ||||  |||||||| |||||||||||  | || |||||| | |||||||||||||| |||||||||| |||  ||    
T  12378964 gcatatggtgcgtgattggatagggtgctatggggtggaagctgataatattcccgaacattttttacagtttacttattttacaggtggtggtaaagct 12379063  T
Q  353 agacattcttttatgcaact 372  Q
    |||| |||||||||||||||    
T  12379064 agacgttcttttatgcaact 12379083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 56 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 45236048 - 45235732
Alignment:
Q  56 ttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgcttggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtg 155  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||| |||| ||||| || ||||| ||| |||  ||||||||||| |||||||  |||||||||||  |||| |    
T  45236048 ttggtgtgacacaaacaggttcccttgaaggtttccgttttcgcgtggaggctcatccgtgatcgtttaccaacaaagataaatttgattgcaagacggg 45235949  T
Q  156 tgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatccgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggca 255  Q
    || | |||  |||||||||||  ||||| | || ||| ||||||||  |||| |  |||||||        |||||||| ||||||||||| || || ||    
T  45235948 tgatgtcgcctgacatgtcctcgtgtgttgttggttgtggtcatcctgaaacagtacaacatctctttttattgtgtaatacttttggttctctgtgaca 45235849  T
Q  256 tttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataatatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctaga 355  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||  |||||||| || |||||||| |||||  |||||   ||||||||| |||||||||||||||  |   |||||    
T  45235848 tttggtgcgagattggattggttgctatggggtggacgcggataatatttctgataatttttgacagtttactcatttgacaggtggtggaattgctaga 45235749  T
Q  356 cattcttttatgcaact 372  Q
    | |||||||||||||||    
T  45235748 cgttcttttatgcaact 45235732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 56 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 3105002 - 3104685
Alignment:
Q  56 ttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgcttggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtg 155  Q
    |||||||||||||| || ||| |||||||| ||||||||||||  ||||  ||| |||  ||||||||||| |||||||| |||||||| ||| |||| |    
T  3105002 ttggtgtggcacaatcaggtttccttgaaggtttcagtttttgtgtggatgctcatccgtgatcgtttaccaacaaagacaaatttgatagctagacggg 3104903  T
Q  156 tgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatccgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggca 255  Q
    || |  ||  |||||||||||| ||||| | ||  ||||| |||||  ||||||  ||||| |        |||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  3104902 tgctggcggctgacatgtccttgtgtgttgttggctgcggacatcctgaaacgggacaacacctctttttattgtgtaatacttttggttccctttggca 3104803  T
Q  256 tttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataatatatctgaccattttctt--cagtttacttatttgacaggtggtgctaagtcta 353  Q
    | || | || ||||||||||| ||||  ||||||||  ||| |||||| || ||||||||| ||  ||||||| | |||||||| ||||||||||  |||    
T  3104802 tatgtt-cgcgattggattggctgctatggggtggacactggtaatatttccgaccattttttttacagtttattcatttgacaagtggtgctaatgcta 3104704  T
Q  354 gacattcttttatgcaact 372  Q
    ||| |||||||||||||||    
T  3104703 gacgttcttttatgcaact 3104685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 56 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 45942949 - 45942612
Alignment:
Q  56 ttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgcttggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtg 155  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| | || ||||| || ||||| ||| ||   ||||||||||| |||| ||||||||||||||||  ||| |    
T  45942949 ttggtgtggcacaaacaggttcccttgaaggtgtccgttttcgcgtggaggctcatctgagatcgtttaccaacaaggactaatttgattgctaaacggg 45942850  T
Q  156 tgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatccgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggca 255  Q
    |||| |||  |||||| ||||  ||||| | || ||| ||||||||  |  |||| |||||||        |||||||| |||||||| || || || ||    
T  45942849 tgttgtcgcctgacatatcctcgtgtgttgttggttgtggtcatcctgagtcggcgcaacatctctttttattgtgtaatacttttggctctctgtgcca 45942750  T
Q  256 tttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataatatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctaga 355  Q
    | || |||| |||| |||||||||||  ||||||||  |  ||||||| || || |||||| | ||||||||| ||||||||||||||| |    ||| |    
T  45942749 tctggtgcgagatttgattggttgctatggggtggacacaaataatatttccgatcattttttacagtttactcatttgacaggtggtggtgttgctaca 45942650  T
Q  356 cattcttttatgcaacttatttgtcttctcagtgtctg 393  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||  |||||||    
T  45942649 cattcttttatgcaactaatttggcttctttgtgtctg 45942612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 227 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 43105238 - 43105121
Alignment:
Q  227 ttgtgtaacacttttggttcgctttggcatttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataatatatctgaccattttcttcagttta 326  Q
    ||||| ||| |||||||||| |||||||| ||| |||| ||||||||||  || |  || ||  |  ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  43105238 ttgtgcaactcttttggttcactttggcacttggtgcgggattggattgagtgttgtggagtcaacactgataatatatctgaccattttctgcagttta 43105139  T
Q  327 cttatttgacaggtggtg 344  Q
    || |||||||||||||||    
T  43105138 ctcatttgacaggtggtg 43105121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0418 (Bit Score: 155; Significance: 4e-82; HSPs: 1)
Name: scaffold0418
Description:

Target: scaffold0418; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 7828 - 7445
Alignment:
Q  1 tgcttatcatgtgctaacctctcagtaccactctggtgcggctactgatgcggagttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgct 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| || | ||||||  |||| ||| |||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||| | |||||||||||     
T  7828 tgcttatcaggtgctaacctctcaggactattctggtatggctcctgctgcggatttggtgtggcacaaacaggtttccttgaaggtatcagtttttgcg 7729  T
Q  101 tggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtgtgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatc 200  Q
    ||||||||| |||  ||||||||||| || |||||||| ||||||||| || | |||||  ||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  7728 tggagactcatccgagatcgtttaccaacgaagactaacttgattgctcgaagggtgttgccgactgatatgtccttatgtgtcgctggttgcggtcatc 7629  T
Q  201 cgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggcatttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataa 300  Q
    |  || |||| ||||||         ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||    
T  7628 ctgaatcggctcaacattttttttttttgtgcaacacttttggttcgctttggcatttggtgcgtgattggattggttgtgcgggggtggatgcagataa 7529  T
Q  301 tatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctagacattcttttatgcaacttatttgtcttct 384  Q
    ||| || || |||||| |||| |||||||||||||||||||||  |   ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  7528 tatttccgatcattttattcattttacttatttgacaggtggttttgtttctagacgttcttttatgcaacttatatggcttct 7445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 136; Significance: 8e-71; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 8e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 45421672 - 45421288
Alignment:
Q  1 tgcttatcatgtgctaacctctcagtaccactctggtgcggctactgatgcggagttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgct 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| || | |||||| ||||| ||| |||||| |||||||| |||||||| |||||||||||| | ||||||||||      
T  45421672 tgcttatcaggtgctaacctctcaggactattctggtacggctcctgctgcggatttggtgtgacacaaacaggttcccttgaaggtatcagtttttgtg 45421573  T
Q  101 tggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtgtgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatc 200  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| || |||||||| ||||||||| || | |||||  ||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  45421572 tggagactcatccaggatcgtttaccaacgaagactaacttgattgctcgaagggtgttgccgactgatatgtccttatgtgtcgctggttgcggtcatc 45421473  T
Q  201 cgaaaacggcccaacat-cnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggcatttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgata 299  Q
    |  || ||||  |||||          || || |||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||    
T  45421472 ctgaatcggctaaacatattttttttattatgaaacacttttggttcgctttggcatttggagagtgattggattggttgtgcgggggtggatgcagata 45421373  T
Q  300 atatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctagacattcttttatgcaacttatttgtcttct 384  Q
    |||| |  || |||||| |||| |||||||||||||||||||||  |   ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  45421372 atatttacgatcattttattcaatttacttatttgacaggtggtaatgtttctagacgttcttttatgcaacttatatggcttct 45421288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 56 - 372
Target Start/End: Original strand, 31085679 - 31085995
Alignment:
Q  56 ttggtgtggcacaaacatgttcccttgaag-atttcagtttttgcttggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgt 154  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||  | ||| |||||||| ||||| ||| |||  ||||||||||| | |||||| |||||||||||| ||||     
T  31085679 ttggtgtggcacaaacaggttctcttgaaataattc-gtttttgcgtggaggctcatccgtgatcgtttaccaagaaagacaaatttgattgctagacgg 31085777  T
Q  155 gtgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatccgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggc 254  Q
    ||| | |||  |||||||||||  ||||| ||||  ||||| |||||  ||||||| |||||||        ||||| || |||||||||||||||||||    
T  31085778 gtgctgtcgtctgacatgtcctcgtgtgttgctgggtgcggacatcctgaaacggcacaacatctctttttattgtgaaatacttttggttcgctttggc 31085877  T
Q  255 atttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataatatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctag 354  Q
    ||||| || |||||||||| |||||||  |||||||| || |||||||| ||||| |||||| | ||||||||| ||||| ||||||||| |||  ||||    
T  31085878 atttggtgagtgattggatcggttgctatggggtggacgcggataatatttctgatcattttttacagtttactcatttgtcaggtggtggtaatgctag 31085977  T
Q  355 acattcttttatgcaact 372  Q
    || |||||||||||||||    
T  31085978 acgttcttttatgcaact 31085995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 56 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 13550222 - 13549894
Alignment:
Q  56 ttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgcttggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtg 155  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| | |  ||||| |  ||||| ||| |||  ||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||| |    
T  13550222 ttggtgtggcacaaacaggttcccttgaaggtgttcgttttcgtgtggaggctcatccgagatcgtttaccaacaaggactaatttgattgctagacggg 13550123  T
Q  156 tgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatccgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggca 255  Q
    |||| ||| ||||||||||||  |||||  ||| ||| ||||||||  || |||  |||||||        |||||||| |||||||| || || |||||    
T  13550122 tgttgtcgcatgacatgtcctcgtgtgttactggttgtggtcatcctgaatcggtgcaacatctctttttattgtgtaatacttttggctctctgtggca 13550023  T
Q  256 tttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataatatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctaga 355  Q
    | || |||||||||||||||||||||  ||||||||  |  ||||||| || || |||||| | ||||||||| ||||||||||||||| |    |||||    
T  13550022 tctggtgcgtgattggattggttgctatggggtggacacatataatatttccgatcattttttacagtttactcatttgacaggtggtggtgttgctaga 13549923  T
Q  356 cattcttttatgcaacttatttgtcttct 384  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||||    
T  13549922 cgttcttttatgcaacttatttggcttct 13549894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 56 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 33547970 - 33547654
Alignment:
Q  56 ttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgcttggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtg 155  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||| ||||| |||||||  ||||||||| | |||| ||| |||||||||||| |||| |    
T  33547970 ttggtgtggcacaaacaggttcccttgaaggtttccgtttttgcgtggaggctcctccgtgatcgtttatcaacaaggacaaatttgattgctcgacggg 33547871  T
Q  156 tgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatccgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggca 255  Q
    |||| |||  ||||||||| || ||||| ||||  |||||||||||  || |||| | |||||        |||||| | ||||||||||| || |||||    
T  33547870 tgttgtcgtctgacatgtctttgtgtgttgctggctgcggtcatcctgaatcggctcgacatctatttttattgtgtgatacttttggttctctgtggca 33547771  T
Q  256 tttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataatatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctaga 355  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||  ||||||||  |  ||||||| || |  |||||| | ||||| ||| |||||| |||||||| |    |||||    
T  33547770 tttggtgcgtgattggatcggttgctttggggtggacacaaataatatttcagctcattttttacagttcactcatttgataggtggtggtgctgctaga 33547671  T
Q  356 cattcttttatgcaact 372  Q
    | |||||||||||||||    
T  33547670 cgttcttttatgcaact 33547654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 56 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 22052725 - 22052388
Alignment:
Q  56 ttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgcttggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtg 155  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| | || ||||| || ||||| ||| |||  ||||||||||| |||| ||| |||||||||||| || | |    
T  22052725 ttggtgtggcacaaacaggttcccttgaaggtgtccgttttcgcgtggaggctcatccgtgatcgtttaccaacaaggacaaatttgattgctagaaggg 22052626  T
Q  156 tgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatccgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggca 255  Q
    ||||   |  ||| |||||||  ||||| |||| ||| ||||||||  || |||| |||||||        |||||||| ||||||||||| || |||||    
T  22052625 tgttggtgcctgatatgtcctcgtgtgttgctggttgtggtcatcctgaatcggcgcaacatctctttttattgtgtaatacttttggttctctgtggca 22052526  T
Q  256 tttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataatatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctaga 355  Q
    |||| |||||||||||||||||||||  ||||| ||  |  ||||||| || || |||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |    |||||    
T  22052525 tttggtgcgtgattggattggttgctgtggggtagacacaaataatatttccgatcattttcttcagtttactcatttgtcaggtggtggtgttgctaga 22052426  T
Q  356 cattcttttatgcaacttatttgtcttctcagtgtctg 393  Q
    |  |||||| ||||||| ||||| |||||  |||||||    
T  22052425 cggtcttttttgcaactcatttggcttctatgtgtctg 22052388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 56 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 43627597 - 43627269
Alignment:
Q  56 ttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgcttggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtg 155  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||| |||| |||||||| ||||| ||| |||  ||||||||||| |||| ||| |||||||||||| |||| |    
T  43627597 ttggtgtggcacaaacaggttcccttaaaggtttccgtttttgcgtggaggctcatccgtgatcgtttaccaacaaggacaaatttgattgctagacggg 43627498  T
Q  156 tgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatccgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggca 255  Q
    |||| |||  ||||||||| |   |||| |||||||| ||||||||  || |||| | |||||        |||||| | |||||||||||  | |||||    
T  43627497 tgttgtcgcctgacatgtcttcgcgtgttgctgattgtggtcatcctgaatcggctcgacatctatttttattgtgtgatacttttggttctttgtggca 43627398  T
Q  256 tttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataatatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctaga 355  Q
    |||| ||||||| ||||| |||||||  ||||||||  | |||||||| ||  | |||||| | ||||| ||| |||||| |||||||| |    |||||    
T  43627397 tttggtgcgtgactggatcggttgctttggggtggacacagataatatttcatatcattttttacagttcactcatttgataggtggtggtgctgctaga 43627298  T
Q  356 cattcttttatgcaacttatttgtcttct 384  Q
    | |||||||||||||||||| || |||||    
T  43627297 cgttcttttatgcaacttatatggcttct 43627269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 56 - 393
Target Start/End: Original strand, 9949306 - 9949643
Alignment:
Q  56 ttggtgtggcacaaacatgttcccttgaagatttcagtttttgcttggagactcctccaggatcgtttaccgacaaagactaatttgattgcttgacgtg 155  Q
    ||||||||||||||||| ||| | |||||| |||| |||||||| ||||| ||||| |  || ||||||||||||| |   ||||||||| || |||| |    
T  9949306 ttggtgtggcacaaacaggtttctttgaaggtttccgtttttgcgtggaggctccttcgtgaccgtttaccgacaaggttaaatttgatttctagacggg 9949405  T
Q  156 tgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatccgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggca 255  Q
    || |||||  ||||||||| |  ||||| ||||  || ||||||||  || |||||||||| |        | |||| | || ||||||||| | |||||    
T  9949406 tgctatcgcctgacatgtcttcgtgtgttgctgggtgtggtcatcctgaatcggcccaacaccttttcttatcgtgtgatacctttggttcgatgtggca 9949505  T
Q  256 tttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataatatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctaga 355  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||  ||||||||  | |||||||| || || |||||| | ||||| |||  |||| | ||||||| |    |||||    
T  9949506 tttggtgcgagattggattggttgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagttcactcttttggctggtggtggtgctgctaga 9949605  T
Q  356 cattcttttatgcaacttatttgtcttctcagtgtctg 393  Q
    | |||||||||||||||||| || |||||  |||||||    
T  9949606 cgttcttttatgcaacttatatggcttctatgtgtctg 9949643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 227 - 372
Target Start/End: Original strand, 26180139 - 26180283
Alignment:
Q  227 ttgtgtaacacttttggttcgctttggcatttgatgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataatatatctgaccattttcttcagttta 326  Q
    |||||||| || | |||||||||||||||  || | ||||||||||| || || |  |||||||| ||||||||||| ||  |||||||| | || ||||    
T  26180139 ttgtgtaatacatgtggttcgctttggcagatggttcgtgattggatcggatgttgtggggtggacgctgataatatttc-caccattttttacaattta 26180237  T
Q  327 cttatttgacaggtggtgctaagtctagacattcttttatgcaact 372  Q
    ||| |||| ||||||||| |||  |||| | ||||||| |||||||    
T  26180238 cttttttggcaggtggtggtaatgctaggcgttcttttctgcaact 26180283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0029 (Bit Score: 123; Significance: 4e-63; HSPs: 1)
Name: scaffold0029
Description:

Target: scaffold0029; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 166 - 385
Target Start/End: Original strand, 134788 - 135007
Alignment:
Q  166 tgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatccgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggcatttgatgcgt 265  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||| |||||||        ||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  134788 tgacatgtccttatgtgtcgctggttgtggtcatccggaaacggctcaacatctctttttattgtgtaacacgtttggttcgctttggcatatggtgcgt 134887  T
Q  266 gattggattggttgctcgggggtggatgctgataatatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctagacattctttta 365  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| | ||||| |||||||||| ||||| |||| ||||||||    
T  134888 gattggattggttgctcgggagtggatgatgataatatatgtgaccattttcgtcagtttattcatttggcaggtggtgcaaagtcaagacgttctttta 134987  T
Q  366 tgcaacttatttgtcttctc 385  Q
    ||||||||||||| ||||||    
T  134988 tgcaacttatttggcttctc 135007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 123; Significance: 4e-63; HSPs: 2)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 166 - 385
Target Start/End: Original strand, 312615 - 312834
Alignment:
Q  166 tgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatccgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggcatttgatgcgt 265  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||| |||||||        ||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  312615 tgacatgtccttatgtgtcgctggttgtggtcatccggaaacggctcaacatctctttttattgtgtaacacgtttggttcgctttggcatatggtgcgt 312714  T
Q  266 gattggattggttgctcgggggtggatgctgataatatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctagacattctttta 365  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| | ||||| |||||||||| ||||| |||| ||||||||    
T  312715 gattggattggttgctcgggagtggatgatgataatatatgtgaccattttcgtcagtttattcatttggcaggtggtgcaaagtcaagacgttctttta 312814  T
Q  366 tgcaacttatttgtcttctc 385  Q
    ||||||||||||| ||||||    
T  312815 tgcaacttatttggcttctc 312834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 166 - 385
Target Start/End: Original strand, 328069 - 328288
Alignment:
Q  166 tgacatgtccttatgtgtcgctgattgcggtcatccgaaaacggcccaacatcnnnnnnngttgtgtaacacttttggttcgctttggcatttgatgcgt 265  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||| |||||||        ||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  328069 tgacatgtccttatgtgtcgctggttgtggtcatccggaaacggctcaacatctctttttattgtgtaacacgtttggttcgctttggcatatggtgcgt 328168  T
Q  266 gattggattggttgctcgggggtggatgctgataatatatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctagacattctttta 365  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| | ||||| |||||||||| ||||| |||| ||||||||    
T  328169 gattggattggttgctcgggagtggatgatgataatatatgtgaccattttcgtcagtttattcatttggcaggtggtgcaaagtcaagacgttctttta 328268  T
Q  366 tgcaacttatttgtcttctc 385  Q
    ||||||||||||| ||||||    
T  328269 tgcaacttatttggcttctc 328288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University