View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1729-Insertion-14 (Length: 861)

Name: NF1729-Insertion-14
Description: NF1729
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1729-Insertion-14
NF1729-Insertion-14
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (33-861)||(34329602-34330427)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 733; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 733; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 33 - 861
Target Start/End: Complemental strand, 34330427 - 34329602
Alignment:
Q  33 tagcagagtttcaccagtagtgatcaatgttaacaatgaaacagaaagcattgttataccagatacaacaagatactcatctgcttcatcaatggatggt 132  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34330427 tagcagagtttcaccagtagtgatcaatgttaacaatgaaacagaaagcattgttataccagatacaacaagatactcatctgcttcatcaatggatggt 34330328  T
Q  133 tatgcaaacatcagaaactatcgagctcgttctttccatgctgcaacaccaacagcttcatcagaagctagctggaacagtcaacaaggtttgttatcac 232  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34330327 tatgcaaacatcagaaactatcgagctcgttctttccatgctgcaacaccaacagcttcatcagaagctagctggaacagtcaacaaggtttgttatcac 34330228  T
Q  233 acccagcaggtgctatctcagttaacatcaaaaacccttcaaatccaaatcctaacaacagcaacaaacacaaatcatcactttctaaaccaaattggtt 332  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34330227 acccagcaggtgctatctcagttaacatcaaaaacccttcaaatccaaatcctaacaacagcaacaaacacaaatcatcactttctaaaccaaattggtt 34330128  T
Q  333 tttaaggagaaaatgtccctgcacaggtaaaaaatcagttcaagtcaatgnnnnnnnnttaacagaattacccaaaaacaatatcaaaattccttcacca 432  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34330127 tttaaggagaaaatgtccctgcacaggtaaaaaatcagttcaagtcaatgaaaaaaaattaacagaattacccaaaaacaatatcaaaattccttcacca 34330028  T
Q  433 atttnnnnnnnnnnnnnnnnnatgaacaacaattggattaaaaataacattgatcaaacacagaatcatgttgtaacgaaatctcaaaggtttcaaccag 532  Q
    ||||                 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34330027 atttcaccaccaccacca---atgaacaacaattggattaacaataacattgatcaaacacagaatcatgttgtaacgaaatctcaaaggtttcaaccag 34329931  T
Q  533 tggtaacaacaactgtaagagtgccttacaccgatggattcacatttccagtgttaaaccctaattcatcttcaacaacaacaaaactcaaaaacggcat 632  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34329930 tggtaacaacaactgtaagagtgccttacaccgatggattcacatttccagtgttaaaccctaattcatcttcaacaacaacaaaactcaaaaacggcat 34329831  T
Q  633 cgttttggaagatccaccgagagagtcactggaggttttccgaccaccggaagaactcaccgtcgatactaaaaccctcaatttccaattcccgccgggt 732  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34329830 cgttttggaagatccaccgagagagtcactggaggttttccgaccaccggaagaactcaccgtcgatactaaaaccctcaatttccaattcccgccgggt 34329731  T
Q  733 atatcacgaatcgtaatcgatgataacgacgcggctagtgatgctagctccgatttgttcgaaatcgaaagcttctcaactgcaacgcaatcgtcgtact 832  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  34329730 atatcacgaatcgtcatcgatgataacgacgcggctagtgatgctagctccgatttgttcgaaatcgaaagtttctcaactgcaacgcaatcgtcgtact 34329631  T
Q  833 ctgctgcggtgtaccggagaaatagcaga 861  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  34329630 ctgctgcggtgtaccggagaaacagcaga 34329602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University