View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17293_high_2 (Length: 806)

Name: NF17293_high_2
Description: NF17293
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17293_high_2
NF17293_high_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (15-789)||(44725201-44725991)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 702; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 702; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 789
Target Start/End: Original strand, 44725201 - 44725991
Alignment:
Q  15 aatattggcattactcgaaaataaccctagtttgagccaattaatcggatttgtgttggataagaactcggcattagagaagccaaaagcttgccaaaga 114  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44725201 aatattggcattacttgaaaataaccctagtttgagccaattaatcggatttgtgttggataagaactcggcattagagaagccaaaagcttgccaaaga 44725300  T
Q  115 gaacgagaggctaatggatctctaatgcactgaaggaaagattcttcttccgaattgaactgatggcaatgctattgggagccatgttacaatgatgaag 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44725301 gaacgagaggctaatggatctctaatgcactgaaggaaatattcttcttccgaattgaactgatggcaatgctattgggagccatgttacaatgatgaag 44725400  T
Q  215 caaaggaatcattgttacaaagttgttacaagtcaaccatacaagaaactagatcttttcaggcaaatggagtcgtcatatccaagactatgatagagta 314  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44725401 caaagggatcattgttacaaagttgttacaagtcaaccatacaagaaactagatcttttcaggcaaatgaagtcgtcatatccaagactatgatagagta 44725500  T
Q  315 gttgtattcatgtttcttttcttcaaaagccaagtttaaccaatattggtagtgtagaaaccattattgttatcacaacagatgaaaagatcttcaatgt 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44725501 gttgtattcatgtttcttttcttcaaaagccaagtttaaccaatattggtagtgtagaaaccattattgttatcacaacagatgaaaagatcttcaatgt 44725600  T
Q  415 ttgaattaattaaggtgaagatttagattatagattacatcgatgatgacttgaggtggctgggtatagagggcgttaaggtttggaagggaagattcac 514  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  44725601 ttgaattaattaaggtgaagatttagattatagattacatcgatgatgacttgaggtggctgggtatagaaggcgttaaggtttggaagggaagattcac 44725700  T
Q  515 tcacatatttgatttaaaaatcttggtcatttatgtgtacaaaaaggaacatt----------------tatgaggtcccgatgactattccagaaatga 598  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44725701 tcacatatttgatttaaaaatcttggtcatttatgtgtacaaaaaggaacattaaggcatatccggctaaatgaggtcccgatgactattccagaaatga 44725800  T
Q  599 taaaataccaaagtctgctcgcaaagtaaagccatatttgtgatatttttggcttttatgatggagctccgaatggaagaaacaatagcgttggtatatt 698  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44725801 taaaataccaaagtttgctcgcaaagtaaagccatatttgtgatatttttggcttttatgatggagctccgaatggaagaaacaatagcgttggtatatt 44725900  T
Q  699 agagaatatgtgcaccataagtgtattttcaaagcttgttgttagtgccttaaaagtataacaaacgagtttacaaataagggtggtgttt 789  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44725901 agagaatatgtgcgccataagtgtattttcaaagcttgttgttagtgccttaaacgtataacaaacgagtttacaaataagggtggtgttt 44725991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University