View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17295_low_1 (Length: 588)

Name: NF17295_low_1
Description: NF17295
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17295_low_1
NF17295_low_1
[»] chr5 (23 HSPs)
chr5 (5-588)||(20829924-20830481)
chr5 (466-588)||(20808671-20808793)
chr5 (378-541)||(32485927-32486091)
chr5 (414-544)||(30695341-30695471)
chr5 (319-544)||(43385000-43385224)
chr5 (378-539)||(19502362-19502524)
chr5 (378-511)||(36632383-36632517)
chr5 (384-541)||(26336753-26336912)
chr5 (439-544)||(7099374-7099482)
chr5 (439-544)||(7103943-7104051)
chr5 (439-544)||(12018780-12018888)
chr5 (439-544)||(12023338-12023446)
chr5 (439-544)||(16794157-16794265)
chr5 (439-544)||(16798718-16798826)
chr5 (414-511)||(40367590-40367688)
chr5 (450-541)||(40371750-40371841)
chr5 (439-544)||(10274594-10274698)
chr5 (483-544)||(10277252-10277313)
chr5 (439-501)||(37658814-37658878)
chr5 (439-501)||(37682118-37682182)
chr5 (508-588)||(34224444-34224526)
chr5 (529-580)||(5732969-5733019)
chr5 (436-472)||(5733078-5733114)
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (323-540)||(11004292-11004508)
chr3 (414-544)||(21847159-21847289)
chr3 (414-544)||(21850249-21850379)
chr3 (383-523)||(43547794-43547935)
chr3 (383-541)||(9697638-9697798)
chr3 (397-541)||(9105326-9105471)
chr3 (398-516)||(43554645-43554764)
chr3 (439-544)||(54171924-54172032)
chr3 (439-544)||(38175790-38175894)
chr3 (439-544)||(54167344-54167452)
chr3 (439-544)||(39399127-39399231)
chr3 (381-528)||(755894-756042)
[»] chr8 (17 HSPs)
chr8 (378-541)||(33071969-33072133)
chr8 (397-541)||(42234655-42234800)
chr8 (398-544)||(28644610-28644757)
chr8 (414-540)||(30405799-30405925)
chr8 (414-544)||(30410308-30410438)
chr8 (439-544)||(43807485-43807592)
chr8 (439-544)||(43812044-43812151)
chr8 (398-511)||(38757072-38757186)
chr8 (439-544)||(197684-197792)
chr8 (439-544)||(202202-202310)
chr8 (439-544)||(312521-312629)
chr8 (439-544)||(317039-317147)
chr8 (497-580)||(31474644-31474726)
chr8 (515-580)||(1286632-1286696)
chr8 (529-580)||(1291338-1291388)
chr8 (399-468)||(27435154-27435223)
chr8 (496-565)||(2245792-2245861)
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (398-544)||(12999426-12999573)
chr2 (414-544)||(8055440-8055570)
chr2 (415-544)||(8050887-8051016)
chr2 (414-511)||(6463417-6463514)
chr2 (439-544)||(36670552-36670660)
chr2 (439-544)||(36675100-36675208)
chr2 (430-511)||(13270980-13271061)
chr2 (439-544)||(35950443-35950547)
chr2 (439-541)||(41093875-41093976)
chr2 (439-523)||(34590284-34590366)
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (323-541)||(35705685-35705902)
chr7 (398-544)||(22901203-22901351)
chr7 (378-511)||(7466465-7466599)
chr7 (395-544)||(47419537-47419687)
chr7 (414-544)||(27761445-27761575)
chr7 (414-559)||(733645-733790)
chr7 (414-544)||(27756894-27757024)
chr7 (439-544)||(7940083-7940191)
chr7 (439-544)||(7944636-7944744)
chr7 (420-559)||(13828087-13828226)
chr7 (514-579)||(1879927-1879992)
chr7 (444-559)||(8674998-8675113)
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (414-541)||(17096253-17096380)
chr6 (378-541)||(14531729-14531893)
chr6 (378-541)||(17895665-17895829)
chr6 (414-544)||(27552089-27552219)
chr6 (414-544)||(8315482-8315613)
chr6 (395-541)||(17779966-17780113)
chr6 (414-544)||(8320021-8320151)
chr6 (414-541)||(17886827-17886948)
chr6 (414-501)||(27574717-27574804)
chr6 (439-544)||(6440865-6440969)
chr6 (489-559)||(7888212-7888283)
chr6 (531-580)||(3595291-3595340)
chr6 (508-544)||(27574800-27574836)
[»] chr4 (18 HSPs)
chr4 (398-544)||(31670139-31670286)
chr4 (397-541)||(10317024-10317169)
chr4 (378-541)||(8892562-8892726)
chr4 (414-544)||(53722055-53722185)
chr4 (383-521)||(27186217-27186356)
chr4 (414-511)||(50627921-50628018)
chr4 (378-496)||(35842843-35842962)
chr4 (414-501)||(43683653-43683740)
chr4 (439-544)||(3770891-3770999)
chr4 (439-544)||(44147072-44147180)
chr4 (439-544)||(44151607-44151715)
chr4 (439-544)||(41884973-41885076)
chr4 (439-544)||(31359199-31359303)
chr4 (439-544)||(49274517-49274620)
chr4 (443-558)||(45976176-45976291)
chr4 (529-580)||(31285941-31285991)
chr4 (531-580)||(29258399-29258448)
chr4 (439-544)||(31354726-31354829)
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (398-544)||(16588440-16588587)
chr1 (414-544)||(39793879-39794009)
chr1 (378-523)||(43591763-43591909)
chr1 (414-511)||(26311591-26311688)
chr1 (414-511)||(26316082-26316179)
chr1 (439-541)||(10504487-10504588)
chr1 (514-580)||(15756970-15757035)
chr1 (516-580)||(36164457-36164520)
chr1 (498-580)||(41879834-41879915)
chr1 (531-580)||(42295165-42295214)
chr1 (436-472)||(41879941-41879977)
[»] scaffold0440 (2 HSPs)
scaffold0440 (439-544)||(3029-3137)
scaffold0440 (439-541)||(7558-7662)
[»] scaffold0044 (2 HSPs)
scaffold0044 (439-544)||(44865-44973)
scaffold0044 (439-544)||(49445-49553)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 360; Significance: 0; HSPs: 23)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 360; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 588
Target Start/End: Original strand, 20829924 - 20830481
Alignment:
Q  5 gccacttgatagaaataaagggcttgattgcacgtcggttgcacagtcatgatatcattgtgagcttatttttgactctaagtagcannnnnnnnnngtc 104  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||          |||    
T  20829924 gccactggatagaaataaagggcttaattgcaagtcggttgaacagtcatgatatcattgtgagcttctttttcactctaagtagcattttttttt-gtc 20830022  T
Q  105 ttacaagtattagttatggatgctgagagcgaagagaaaaagccacaatgtggctacgaggatttgagggcaagtggtggcatttaaaggggtgaaataa 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||      
T  20830023 ttacaagtattagttatggatgctgagagcgaagagaaaaggccacaatgtggctacgaggattttagggtaagtggtggcatttaaaggggtgaaat-- 20830120  T
Q  205 aagtcttttcaacacaagattttagtgggaggatttagatagttacaagtgttagtgcaactatgaaaacttgttgcctaaccaactgattttgtgtttc 304  Q
            ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  20830121 --------tcaacacaagattttagagggaggatttagatagttacaagtgttagcgcaactatgaaaacttgttgcctaagcaactgattttgtgtttc 20830212  T
Q  305 tagggtttgtgtgtgttttgtgaattagaaagaatgagaagaattataagagatgatagaattgaaaagtgagaattgttattgatactaacgaaaatat 404  Q
     | ||                |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  20830213 catgga---------------gaattagagagaatgagaagaattataagagatgatagaattgaaaagtgagaattgttattgatactgatgaaaatat 20830297  T
Q  405 acaagaagatagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaacaaacttgta 504  Q
    | ||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  20830298 ataagtaggtagcttatatacaatgtctagttaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacacttgatcttatttgctaatctctaacaaacttgta 20830397  T
Q  505 actaacttcataacaaactgaaactaaatgtgattaaccaactaaacatgattatatcactaacaaacttgaattagcaaaaca 588  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  20830398 acaaacttcataacaaactgaaactaaatgtgattaaccaactaaacatgattatagcactaacaaacttgaattagcaaaaca 20830481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 466 - 588
Target Start/End: Original strand, 20808671 - 20808793
Alignment:
Q  466 aacactagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaaatgtgattaaccaactaaacatgattatatcact 565  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20808671 aacactagatcttatttgttaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaaatgtgattaaccaactaaacatgattatatcact 20808770  T
Q  566 aacaaacttgaattagcaaaaca 588  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  20808771 aacaaacttgaattagcaaaaca 20808793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 378 - 541
Target Start/End: Original strand, 32485927 - 32486091
Alignment:
Q  378 aattgttattgatactaacgaaaatatacaa-gaagatagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatc 476  Q
    |||||||||||||  ||| ||||||||| || | || ||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  32485927 aattgttattgattttaatgaaaatatataaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaaggaggttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatc 32486026  T
Q  477 ttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaaatgtgattaa 541  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  32486027 ttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaa 32486091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 414 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 30695471 - 30695341
Alignment:
Q  414 tagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttc 513  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  30695471 tagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatatactaacctctaacaaacttgtaacaaacttc 30695372  T
Q  514 ataacaaactgaaactaaatgtgattaacca 544  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  30695371 ataacaaactaaaacaaaatgtgattaacca 30695341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 101; E-Value: 9e-50
Query Start/End: Original strand, 319 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 43385224 - 43385000
Alignment:
Q  319 gttttgtgaattagaaagaatgagaagaattataagagatgatagaattgaaaagtgagaattgttattg-atactaacgaaaatatacaagaagatagc 417  Q
    ||||||||| ||||| ||||| ||||||   | ||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||| ||  | | | |||||| |||| || ||||    
T  43385224 gttttgtgatttagagagaattagaagag--agaagagatgatagaattgaaaa-tgaaagttgttattggatgatgatggaaatattcaaggaggtagc 43385128  T
Q  418 tt-atatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcata 516  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  43385127 tttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcata 43385028  T
Q  517 acaaactgaaactaaatgtgattaacca 544  Q
    ||||||| |||  |||||||||||||||    
T  43385027 acaaactaaaagcaaatgtgattaacca 43385000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 378 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 19502524 - 19502362
Alignment:
Q  378 aattgttattgatactaacgaaaatatacaa-gaagatagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatc 476  Q
    ||||||||||||| || | ||||||||| || | || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||    
T  19502524 aattgttattgattcttatgaaaatatataaaggaggtagcttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctatatc 19502425  T
Q  477 ttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaaatgtgatt 539  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  19502424 ttattttctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgatt 19502362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 378 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 36632517 - 36632383
Alignment:
Q  378 aattgttattgatactaacgaaaatatacaa-gaagatagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatc 476  Q
    ||||||||||||| || | |||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  36632517 aattgttattgatgcttatgaaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatc 36632418  T
Q  477 ttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaact 511  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  36632417 ttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaact 36632383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 96; E-Value: 9e-47
Query Start/End: Original strand, 384 - 541
Target Start/End: Original strand, 26336753 - 26336912
Alignment:
Q  384 tattgatactaacgaaaatatacaa-gaagatagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttattt 482  Q
    ||||||| |||| |||||||||||| | || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  26336753 tattgattctaatgaaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagttaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttattt 26336852  T
Q  483 gctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaact-gaaactaaatgtgattaa 541  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||  |||| ||||||||||||    
T  26336853 gctaacctctaacaaacatgtaacaaacatcataacaaactaaaaacaaaatgtgattaa 26336912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 439 - 544
Target Start/End: Original strand, 7099374 - 7099482
Alignment:
Q  439 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaa-atgt 535  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||   | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||  |||    
T  7099374 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 7099473  T
Q  536 gattaacca 544  Q
    |||||||||    
T  7099474 gattaacca 7099482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 439 - 544
Target Start/End: Original strand, 7103943 - 7104051
Alignment:
Q  439 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaa-atgt 535  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||   | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||  |||    
T  7103943 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 7104042  T
Q  536 gattaacca 544  Q
    |||||||||    
T  7104043 gattaacca 7104051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 439 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 12018888 - 12018780
Alignment:
Q  439 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaa-atgt 535  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||   | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||  |||    
T  12018888 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 12018789  T
Q  536 gattaacca 544  Q
    |||||||||    
T  12018788 gattaacca 12018780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 439 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 12023446 - 12023338
Alignment:
Q  439 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaa-atgt 535  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||   | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||  |||    
T  12023446 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 12023347  T
Q  536 gattaacca 544  Q
    |||||||||    
T  12023346 gattaacca 12023338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 439 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 16794265 - 16794157
Alignment:
Q  439 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaa-atgt 535  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||   | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||  |||    
T  16794265 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 16794166  T
Q  536 gattaacca 544  Q
    |||||||||    
T  16794165 gattaacca 16794157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 439 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 16798826 - 16798718
Alignment:
Q  439 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaa-atgt 535  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||   | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||  |||    
T  16798826 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 16798727  T
Q  536 gattaacca 544  Q
    |||||||||    
T  16798726 gattaacca 16798718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 414 - 511
Target Start/End: Original strand, 40367590 - 40367688
Alignment:
Q  414 tagcttatatacaatgtctagctaagtt-gcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaact 511  Q
    ||||||||||||||| |||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  40367590 tagcttatatacaatatctaaccaagtttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactagcctctaacaaacttgtaacaaact 40367688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 450 - 541
Target Start/End: Original strand, 40371750 - 40371841
Alignment:
Q  450 cacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaaatgtgattaa 541  Q
    ||||| |||||||| |||| ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  40371750 cacaaacaatgtaataaactctagatcttatctactagcctctaacaaacttgtaacaatcttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaa 40371841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 439 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 10274698 - 10274594
Alignment:
Q  439 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaaatgtgat 538  Q
    ||||||||||| |||||| |  |||||||| ||| | |||||  ||||| ||||||| |||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||    
T  10274698 gttgcttgaagtacaagctaaataacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgat 10274600  T
Q  539 taacca 544  Q
    ||||||    
T  10274599 taacca 10274594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 483 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 10277313 - 10277252
Alignment:
Q  483 gctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaaatgtgattaacca 544  Q
    ||||| ||||||| |||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10277313 gctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgattaacca 10277252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 439 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 37658878 - 37658814
Alignment:
Q  439 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacacta--gatcttatttgctaacctctaacaaactt 501  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||   | ||||||||||||||||||||||||||    
T  37658878 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaactt 37658814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 439 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 37682182 - 37682118
Alignment:
Q  439 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacacta--gatcttatttgctaacctctaacaaactt 501  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||   | ||||||||||||||||||||||||||    
T  37682182 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaactt 37682118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 508 - 588
Target Start/End: Original strand, 34224444 - 34224526
Alignment:
Q  508 aacttcataacaaactgaaacta--aatgtgattaaccaactaaacatgattatatcact-aacaaacttgaattagcaaaaca 588  Q
    |||||||||||||||| |||||   ||||||||||||||||||   |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  34224444 aacttcataacaaactaaaactcctaatgtgattaaccaactagt-atgattatatcacttaacaaacttgaattagcaaaaca 34224526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 529 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 5733019 - 5732969
Alignment:
Q  529 taaatgtgattaaccaactaaacatgattatatcactaacaaacttgaatta 580  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5733019 taaatgtgattaaccaactaa-catgattaaatcactaacaaacttgaatta 5732969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 436 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 5733114 - 5733078
Alignment:
Q  436 taagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacacta 472  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  5733114 taagttgcttgaagcacaagcaaagtaacaaacccta 5733078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 120; Significance: 4e-61; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 323 - 540
Target Start/End: Original strand, 11004292 - 11004508
Alignment:
Q  323 tgtgaattagaaagaatgagaagaattataagagatgatagaattgaaaagtgagaattgttattgatactaacgaaaatatacaa-gaagatagcttat 421  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||   | ||||||| || |||||||||| ||| |||||||||||||||| | |||||||||||| | || ||||||||    
T  11004292 tgtgaattagagagaatgaaaagag--agaagagataatggaattgaaaaatgaaaattgttattgatacttatgaaaatatacaaaggaggtagcttat 11004389  T
Q  422 atacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaa 521  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||     
T  11004390 atacaatgtctagctaggttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaatcttcataacaag 11004489  T
Q  522 ctgaaactaaatgtgatta 540  Q
    || |||| |||||||||||    
T  11004490 ctaaaacaaaatgtgatta 11004508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 414 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 21847289 - 21847159
Alignment:
Q  414 tagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttc 513  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  21847289 tagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttc 21847190  T
Q  514 ataacaaactgaaactaaatgtgattaacca 544  Q
    |||||||||| |||| || ||||||||||||    
T  21847189 ataacaaactaaaacaaactgtgattaacca 21847159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 414 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 21850379 - 21850249
Alignment:
Q  414 tagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttc 513  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  21850379 tagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttc 21850280  T
Q  514 ataacaaactgaaactaaatgtgattaacca 544  Q
    |||||||||| |||| || ||||||||||||    
T  21850279 ataacaaactaaaacaaactgtgattaacca 21850249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 383 - 523
Target Start/End: Complemental strand, 43547935 - 43547794
Alignment:
Q  383 ttattgatactaacgaaaatatacaa-gaagatagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatt 481  Q
    |||||||| || | |||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  43547935 ttattgattctgatgaaaatatacaaaggagatagcttatatacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatt 43547836  T
Q  482 tgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaact 523  Q
    || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  43547835 tgttaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaact 43547794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 383 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 9697798 - 9697638
Alignment:
Q  383 ttattgatactaacgaaaatatacaa-gaagatagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatt 481  Q
    |||||||| || | |||||||||||| | ||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  9697798 ttattgattctcatgaaaatatacaaaggaggcagcttatatacaatgtctagctaagtttcttgaagcacaagcaatgttacaaactctagatcttatt 9697699  T
Q  482 tgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaact-gaaactaaatgtgattaa 541  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||| ||||||||||||    
T  9697698 tgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtgattaa 9697638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 397 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 9105471 - 9105326
Alignment:
Q  397 gaaaatatacaa-gaagatagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaac 495  Q
    |||||||||||| | || ||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  9105471 gaaaatatacaaaggaggtagctcatatacaatgtctagttaggttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctctaac 9105372  T
Q  496 aaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaaatgtgattaa 541  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||| || | ||||||||||||    
T  9105371 aaacttgtaacatacttcataacaaactaaagcaaaatgtgattaa 9105326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 398 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 43554764 - 43554645
Alignment:
Q  398 aaaatatacaaga-agatagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaaca 496  Q
    ||||||||||| | || ||||| |||||||||||||  |||||||||||||| || ||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  43554764 aaaatatacaaaagaggtagctcatatacaatgtcttactaagttgcttgaaacagaagcaatgtaataaactctagatcttatttgttaacctctaaca 43554665  T
Q  497 aacttgtaactaacttcata 516  Q
    |||||||||| |||||||||    
T  43554664 aacttgtaacaaacttcata 43554645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 439 - 544
Target Start/End: Original strand, 54171924 - 54172032
Alignment:
Q  439 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaa-atgt 535  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||   | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||  |||    
T  54171924 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 54172023  T
Q  536 gattaacca 544  Q
    |||||||||    
T  54172024 gattaacca 54172032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 439 - 544
Target Start/End: Original strand, 38175790 - 38175894
Alignment:
Q  439 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaaatgtgat 538  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| |||||||  ||||| ||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  38175790 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-atcttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaaactaaatgtgat 38175888  T
Q  539 taacca 544  Q
    ||||||    
T  38175889 taacca 38175894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 439 - 544
Target Start/End: Original strand, 54167344 - 54167452
Alignment:
Q  439 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatc--ttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaa-atgt 535  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||   |  ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||  |||    
T  54167344 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacacccttatttggtaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 54167443  T
Q  536 gattaacca 544  Q
    |||||||||    
T  54167444 gattaacca 54167452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 439 - 544
Target Start/End: Original strand, 39399127 - 39399231
Alignment:
Q  439 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaaatgtgat 538  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||  ||||| ||||||| |||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||    
T  39399127 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgat 39399225  T
Q  539 taacca 544  Q
    ||||||    
T  39399226 taacca 39399231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 381 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 756042 - 755894
Alignment:
Q  381 tgttattgatactaacgaaaatatacaa-gaagatagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacact-agatctt 478  Q
    ||||||||| ||||| || ||| ||||| |||| |||||||||||||   ||||| || || ||||||||||||||||||||||||||| || |  | ||    
T  756042 tgttattga-actaatgagaatttacaatgaaggtagcttatatacaccatctagttaggtagcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctaacctttt 755944  T
Q  479 atttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaac 528  Q
    ||| | ||  |||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||    
T  755943 attagttacactctaacaaacttgtaacaaacttcaaaacaaactaaaac 755894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 113; Significance: 6e-57; HSPs: 17)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 378 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 33072133 - 33071969
Alignment:
Q  378 aattgttattgatactaacgaaaatatacaa-gaagatagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatc 476  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  33072133 aattgttattgatgctaatgaaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatc 33072034  T
Q  477 ttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaaatgtgattaa 541  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||  || |||||||||    
T  33072033 ttatttgctaacctccaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaagaaagtgtgattaa 33071969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 397 - 541
Target Start/End: Original strand, 42234655 - 42234800
Alignment:
Q  397 gaaaatatacaa-gaagatagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaac 495  Q
    |||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  42234655 gaaaatatacaaagaaggtagtttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaac 42234754  T
Q  496 aaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaaatgtgattaa 541  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||| || |||||||||    
T  42234755 aaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaagtgtgattaa 42234800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 398 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 28644757 - 28644610
Alignment:
Q  398 aaaatatacaa-gaagatagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaaca 496  Q
    ||||||||||| | || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  28644757 aaaatatacaaaggaggtagcttatatacactgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaaca 28644658  T
Q  497 aacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaaatgtgattaacca 544  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  28644657 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaacca 28644610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 414 - 540
Target Start/End: Original strand, 30405799 - 30405925
Alignment:
Q  414 tagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttc 513  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  30405799 tagcttatatacaatatctagctaggttgcttgaagtacaagcaatgtaacaaattctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttc 30405898  T
Q  514 ataacaaactgaaactaaatgtgatta 540  Q
    |||||||||| ||||  ||||||||||    
T  30405899 ataacaaactaaaacagaatgtgatta 30405925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 414 - 544
Target Start/End: Original strand, 30410308 - 30410438
Alignment:
Q  414 tagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttc 513  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  30410308 tagcttatatacaatatctagctaggttgcttgaagtacaagcaatgtaacaaaatctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttc 30410407  T
Q  514 ataacaaactgaaactaaatgtgattaacca 544  Q
    |||||||| | ||||  ||||||||||||||    
T  30410408 ataacaaattaaaacagaatgtgattaacca 30410438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 439 - 544
Target Start/End: Original strand, 43807485 - 43807592
Alignment:
Q  439 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaaatgtg 536  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||   | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||  ||||||    
T  43807485 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacagaatgtg 43807584  T
Q  537 attaacca 544  Q
    ||||||||    
T  43807585 attaacca 43807592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 439 - 544
Target Start/End: Original strand, 43812044 - 43812151
Alignment:
Q  439 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaaatgtg 536  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||   | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||  ||||||    
T  43812044 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacagaatgtg 43812143  T
Q  537 attaacca 544  Q
    ||||||||    
T  43812144 attaacca 43812151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 398 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 38757186 - 38757072
Alignment:
Q  398 aaaatatacaa-gaagatagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaaca 496  Q
    ||||||||||| | || ||||||||||||||| ||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||    
T  38757186 aaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatatctggctaggttgcttgaatcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 38757087  T
Q  497 aacttgtaactaact 511  Q
    |||||||||| ||||    
T  38757086 aacttgtaacaaact 38757072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 439 - 544
Target Start/End: Original strand, 197684 - 197792
Alignment:
Q  439 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaa-atgt 535  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||   | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||  |||    
T  197684 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 197783  T
Q  536 gattaacca 544  Q
    |||||||||    
T  197784 gattaacca 197792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 439 - 544
Target Start/End: Original strand, 202202 - 202310
Alignment:
Q  439 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaa-atgt 535  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||   | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||  |||    
T  202202 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 202301  T
Q  536 gattaacca 544  Q
    |||||||||    
T  202302 gattaacca 202310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 439 - 544
Target Start/End: Original strand, 312521 - 312629
Alignment:
Q  439 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaa-atgt 535  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||   | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||  |||    
T  312521 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 312620  T
Q  536 gattaacca 544  Q
    |||||||||    
T  312621 gattaacca 312629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 439 - 544
Target Start/End: Original strand, 317039 - 317147
Alignment:
Q  439 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaa-atgt 535  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||   | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||  |||    
T  317039 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 317138  T
Q  536 gattaacca 544  Q
    |||||||||    
T  317139 gattaacca 317147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 497 - 580
Target Start/End: Original strand, 31474644 - 31474726
Alignment:
Q  497 aacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaaatgtgattaaccaactaaacatgattatatcactaacaaacttgaatta 580  Q
    ||||||||||||| |  |||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  31474644 aacttgtaactaa-tcaataacaaactaaaatcaaatgtgattaaccaactaaacatgattacatcactaacaaactttaatta 31474726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 515 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 1286696 - 1286632
Alignment:
Q  515 taacaaactgaaactaaatgtgattaaccaactaaacatgattatatcactaacaaacttgaatta 580  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1286696 taacaaactaaaagtaaatgtgattaaccaactaag-atgattatatcactaacaaacttgaatta 1286632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 529 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 1291388 - 1291338
Alignment:
Q  529 taaatgtgattaaccaactaaacatgattatatcactaacaaacttgaatta 580  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1291388 taaatgtgattaaccaactaa-catgattatatcactaacaaaattgaatta 1291338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 399 - 468
Target Start/End: Original strand, 27435154 - 27435223
Alignment:
Q  399 aaatatacaagaagatagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaac 468  Q
    ||||||||||||   ||||||||||||||| ||||  || |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  27435154 aaatatacaagagtttagcttatatacaatatctacttaggttgcttgaagcacaagctatgtaacaaac 27435223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 496 - 565
Target Start/End: Original strand, 2245792 - 2245861
Alignment:
Q  496 aaacttgtaactaacttcataacaaactgaaacta-aatgtgattaaccaactaaacatgattatatcact 565  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||  ||||||| ||||||    
T  2245792 aaacttgtaactaa-tccataacaaactaaaactctaatgtgattaaccaactaagtatgattacatcact 2245861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 112; Significance: 2e-56; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 398 - 544
Target Start/End: Original strand, 12999426 - 12999573
Alignment:
Q  398 aaaatatacaa-gaagatagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaaca 496  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  12999426 aaaatatacaaaggagatagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagtaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaaca 12999525  T
Q  497 aacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaaatgtgattaacca 544  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  12999526 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaacca 12999573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 414 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 8055570 - 8055440
Alignment:
Q  414 tagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttc 513  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  8055570 tagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgcaacaaacttc 8055471  T
Q  514 ataacaaactgaaactaaatgtgattaacca 544  Q
    |||||||||| |||   ||||||||||||||    
T  8055470 ataacaaactaaaatagaatgtgattaacca 8055440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 415 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 8051016 - 8050887
Alignment:
Q  415 agcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttca 514  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  8051016 agcttatatacaatatctagctaggttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttca 8050917  T
Q  515 taacaaactgaaactaaatgtgattaacca 544  Q
    ||||||||| |||   ||||||||||||||    
T  8050916 taacaaactaaaatagaatgtgattaacca 8050887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 414 - 511
Target Start/End: Original strand, 6463417 - 6463514
Alignment:
Q  414 tagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaact 511  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  6463417 tagcttatatacaatatctagctaggttgcttgaagcacaaataatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaact 6463514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 439 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 36670660 - 36670552
Alignment:
Q  439 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaa-atgt 535  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||   | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||  |||    
T  36670660 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 36670561  T
Q  536 gattaacca 544  Q
    |||||||||    
T  36670560 gattaacca 36670552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 439 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 36675208 - 36675100
Alignment:
Q  439 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaa-atgt 535  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||   | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||  |||    
T  36675208 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 36675109  T
Q  536 gattaacca 544  Q
    |||||||||    
T  36675108 gattaacca 36675100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 430 - 511
Target Start/End: Original strand, 13270980 - 13271061
Alignment:
Q  430 tctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaact 511  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||    
T  13270980 tctagctaagttgcttgaagcaaaaacaatgtaacaaactttagatcttatttactaacctctaacaaacttataacaaact 13271061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 439 - 544
Target Start/End: Original strand, 35950443 - 35950547
Alignment:
Q  439 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaaatgtgat 538  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | ||||   ||||| ||||||| |||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||    
T  35950443 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttacgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaacctaaatgtgat 35950541  T
Q  539 taacca 544  Q
    ||||||    
T  35950542 taacca 35950547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 439 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 41093976 - 41093875
Alignment:
Q  439 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaaatgtgat 538  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||  ||||| ||||||| || ||||||| || |||||||||||||||| |||||| ||||    
T  41093976 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaatttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatatgat 41093878  T
Q  539 taa 541  Q
    |||    
T  41093877 taa 41093875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 439 - 523
Target Start/End: Complemental strand, 34590366 - 34590284
Alignment:
Q  439 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaact 523  Q
    ||||||| |||||||||| || |||||||| |||  ||| || |||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  34590366 gttgcttaaagcacaagctatataacaaaccctaactct-atatgctaatctctaacaaacttgtaac-aaattcataacaaact 34590284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 108; Significance: 6e-54; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 323 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 35705902 - 35705685
Alignment:
Q  323 tgtgaattagaaagaatgagaagaattataagagatgatagaattgaaaagtgagaattgttattgatactaacgaaaatatacaag--aagatagctta 420  Q
    |||||||| || ||||||||||||   | |||||||||| ||| |||||||||| | |||||||||||||| | ||||||||||||   ||| |||||||    
T  35705902 tgtgaattggagagaatgagaagag--agaagagatgatggaaatgaaaagtga-acttgttattgatacttatgaaaatatacaaagaaaggtagctta 35705806  T
Q  421 tatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcat-aaca 519  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||    
T  35705805 tatacaatgtctagctg-gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaactccataaaca 35705707  T
Q  520 aactgaaactaaatgtgattaa 541  Q
    |||| |||| ||||||||||||    
T  35705706 aactaaaacaaaatgtgattaa 35705685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 9e-50
Query Start/End: Original strand, 398 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 22901351 - 22901203
Alignment:
Q  398 aaaatatacaa-gaagatagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaaca 496  Q
    ||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  22901351 aaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaaca 22901252  T
Q  497 aacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaa-atgtgattaacca 544  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| |||| ||  ||||||||||||    
T  22901251 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaacca 22901203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 378 - 511
Target Start/End: Original strand, 7466465 - 7466599
Alignment:
Q  378 aattgttattgatactaacgaaaatatacaa-gaagatagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatc 476  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  7466465 aattgttattgatacttatgaaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatc 7466564  T
Q  477 ttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaact 511  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7466565 ttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaact 7466599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 395 - 544
Target Start/End: Original strand, 47419537 - 47419687
Alignment:
Q  395 acgaaaatatacaa-gaagatagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctcta 493  Q
    |||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||    
T  47419537 acgaaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaaacacaaacaatgtaacaaactctagatattatctgctaacctcta 47419636  T
Q  494 acaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaaatgtgattaacca 544  Q
    | ||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  47419637 agaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaacca 47419687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 414 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 27761575 - 27761445
Alignment:
Q  414 tagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttc 513  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | | ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  27761575 tagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctacaaacctctaacaaacttgtaacaaacttc 27761476  T
Q  514 ataacaaactgaaactaaatgtgattaacca 544  Q
    |||||||||| ||||  ||||||||||||||    
T  27761475 ataacaaactaaaacagaatgtgattaacca 27761445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 414 - 559
Target Start/End: Original strand, 733645 - 733790
Alignment:
Q  414 tagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttc 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||    
T  733645 tagcttatatacaatgtctagctaagttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaaattgtaacaaatttc 733744  T
Q  514 ataacaaactgaaactaaatgtgattaaccaactaaacatgattat 559  Q
    |||||||||| |    | |||||||||||||  |||||||||||||    
T  733745 ataacaaactaactgaatatgtgattaaccatttaaacatgattat 733790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 414 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 27757024 - 27756894
Alignment:
Q  414 tagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttc 513  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | | ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  27757024 tagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctacaaacctctaacaaacttgtaacaaacttc 27756925  T
Q  514 ataacaaactgaaactaaatgtgattaacca 544  Q
    |||||||||| ||||  |||| |||||||||    
T  27756924 ataacaaactaaaacagaatgcgattaacca 27756894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 439 - 544
Target Start/End: Original strand, 7940083 - 7940191
Alignment:
Q  439 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaa-atgt 535  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||   | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||  |||    
T  7940083 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 7940182  T
Q  536 gattaacca 544  Q
    |||||||||    
T  7940183 gattaacca 7940191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 439 - 544
Target Start/End: Original strand, 7944636 - 7944744
Alignment:
Q  439 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaa-atgt 535  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||   | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||  |||    
T  7944636 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 7944735  T
Q  536 gattaacca 544  Q
    |||||||||    
T  7944736 gattaacca 7944744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 420 - 559
Target Start/End: Original strand, 13828087 - 13828226
Alignment:
Q  420 atatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataaca 519  Q
    ||||||| | ||||| || || |||||||||||||||||||||||| || |||  | ||||| | ||  |||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  13828087 atatacactatctagttaggtagcttgaagcacaagcaatgtaacagaccctaactattattagatacactctaacaaacttgtaacaaacttcagaaca 13828186  T
Q  520 aactgaaactaaatgtgattaaccaactaaacatgattat 559  Q
    |||  ||   ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13828187 aacaaaatgaaaatgtgattaaccaactaaacatgattat 13828226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 514 - 579
Target Start/End: Original strand, 1879927 - 1879992
Alignment:
Q  514 ataacaaactgaaactaaatgtgattaaccaactaaacatgattatatcactaacaaacttgaatt 579  Q
    |||||||||| |||   ||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  1879927 ataacaaactaaaaactaatgtgattaacctactaaatatgattacatcactaacaaacttgaatt 1879992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 444 - 559
Target Start/End: Complemental strand, 8675113 - 8674998
Alignment:
Q  444 ttgaagcacaagcaat-gtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaaa-tgtgattaa 541  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||    ||||| ||||  ||||||||| || ||||| ||||||| ||||||||  |||| || |||||||||    
T  8675113 ttgaagcacaagcaattgtaacaaactctaacaattattagctacactctaacaacctagtaacaaacttcaaaacaaact--aactgaagtgtgattaa 8675016  T
Q  542 ccaactaaacatgattat 559  Q
    |||  |||||||||||||    
T  8675015 ccatttaaacatgattat 8674998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 104; Significance: 1e-51; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 414 - 541
Target Start/End: Original strand, 17096253 - 17096380
Alignment:
Q  414 tagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttc 513  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  17096253 tagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactatagatcttatctgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttc 17096352  T
Q  514 ataacaaactgaaactaaatgtgattaa 541  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||    
T  17096353 ataacaaactaaaacaaaatgtgattaa 17096380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 9e-50
Query Start/End: Original strand, 378 - 541
Target Start/End: Original strand, 14531729 - 14531893
Alignment:
Q  378 aattgttattgatactaacgaaaatatacaa-gaagatagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatc 476  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||| |  | |||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  14531729 aattgttattgattctaatgaaaatatacaaaggtggtagagtatatacaatgtctagctaagttgcttcaagcacaagcaatgtaacaaactctagatc 14531828  T
Q  477 ttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaaatgtgattaa 541  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||| |||| ||||||||||||    
T  14531829 ttatttgctaacctctaacaaacctgtaacaaacttcataacgaactaaaacaaaatgtgattaa 14531893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 378 - 541
Target Start/End: Original strand, 17895665 - 17895829
Alignment:
Q  378 aattgttattgatactaacgaaaatatacaa-gaagatagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatc 476  Q
    |||||||||| || || | ||||| |||||| | || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  17895665 aattgttatttattcttatgaaaaaatacaaaggaggtagcttatatacaatgcctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaattctagatc 17895764  T
Q  477 ttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaaatgtgattaa 541  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||  ||||||||||||    
T  17895765 ttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcagaacaaactaaaataaaatgtgattaa 17895829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 414 - 544
Target Start/End: Original strand, 27552089 - 27552219
Alignment:
Q  414 tagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttc 513  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| | |||||||| |||||| ||||||    
T  27552089 tagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacgtttaacaaacctgtaacaaacttc 27552188  T
Q  514 ataacaaactgaaactaaatgtgattaacca 544  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  27552189 ataacaaactaaaacaaaatgtgattaacca 27552219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 414 - 544
Target Start/End: Original strand, 8315482 - 8315613
Alignment:
Q  414 tagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttc 513  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  8315482 tagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttc 8315581  T
Q  514 ataacaaactgaaactaa-atgtgattaacca 544  Q
    |||||||||| |||| ||  ||||||||||||    
T  8315582 ataacaaactaaaacaaacttgtgattaacca 8315613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 395 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 17780113 - 17779966
Alignment:
Q  395 acgaaaatatacaa-gaagatagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctcta 493  Q
    |||||||| ||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| | ||| ||||||    
T  17780113 acgaaaatgtacaaaggagatagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaaatcttatctactagcctcta 17780014  T
Q  494 acaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaaatgtgattaa 541  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  17780013 acaaacttttaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaa 17779966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 414 - 544
Target Start/End: Original strand, 8320021 - 8320151
Alignment:
Q  414 tagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttc 513  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  8320021 tagcttatatacaatatctagctaagtttcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttc 8320120  T
Q  514 ataacaaactgaaactaaatgtgattaacca 544  Q
    |||||||||| ||||  | ||||||||||||    
T  8320121 ataacaaactaaaacatattgtgattaacca 8320151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 81; E-Value: 8e-38
Query Start/End: Original strand, 414 - 541
Target Start/End: Original strand, 17886827 - 17886948
Alignment:
Q  414 tagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttc 513  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||      | ||||     
T  17886827 tagcttatatacaatgtctagctaagctgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaact------ttacttt 17886920  T
Q  514 ataacaaactgaaactaaatgtgattaa 541  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||    
T  17886921 ataacaaactaaaacaaaatgtgattaa 17886948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 414 - 501
Target Start/End: Original strand, 27574717 - 27574804
Alignment:
Q  414 tagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaacaaactt 501  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  27574717 tagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactttagatcttatctgctaacctctaacaaactt 27574804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 439 - 544
Target Start/End: Original strand, 6440865 - 6440969
Alignment:
Q  439 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaaatgtgat 538  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||  ||||| ||||||| |||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||    
T  6440865 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgat 6440963  T
Q  539 taacca 544  Q
    ||||||    
T  6440964 taacca 6440969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 489 - 559
Target Start/End: Original strand, 7888212 - 7888283
Alignment:
Q  489 ctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaaa-tgtgattaaccaactaaacatgattat 559  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||| |||||||| |||  ||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  7888212 ctctaacaaagttgtaacaaacttcaaaacaaactaaaatcaaagtgtgattaatcaactaaacatgattat 7888283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 531 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 3595340 - 3595291
Alignment:
Q  531 aatgtgattaaccaactaaacatgattatatcactaacaaacttgaatta 580  Q
    |||||||||||||||  |||| |||||| ||||||||| |||||||||||    
T  3595340 aatgtgattaaccaaacaaacttgattaaatcactaactaacttgaatta 3595291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 508 - 544
Target Start/End: Original strand, 27574800 - 27574836
Alignment:
Q  508 aacttcataacaaactgaaactaaatgtgattaacca 544  Q
    |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  27574800 aacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaacca 27574836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 104; Significance: 1e-51; HSPs: 18)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 398 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 31670286 - 31670139
Alignment:
Q  398 aaaatatacaa-gaagatagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaaca 496  Q
    ||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  31670286 aaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcagaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaaca 31670187  T
Q  497 aacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaaatgtgattaacca 544  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| |||| || ||||||||||||    
T  31670186 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaactgtgattaacca 31670139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 397 - 541
Target Start/End: Original strand, 10317024 - 10317169
Alignment:
Q  397 gaaaatatacaa-gaagatagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaac 495  Q
    |||||||||||| | || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  10317024 gaaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagttaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaac 10317123  T
Q  496 aaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaaatgtgattaa 541  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||  ||| || |||||||||    
T  10317124 aaacttgtaacaaacttcataacaaactacaacaaagtgtgattaa 10317169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 9e-50
Query Start/End: Original strand, 378 - 541
Target Start/End: Original strand, 8892562 - 8892726
Alignment:
Q  378 aattgttattgatactaacgaaaatatacaa-gaagatagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatc 476  Q
    ||||||||||||||||   |||||||||||| | || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||    
T  8892562 aattgttattgatacttgtgaaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagttaagttgcttgaagcacaagcgatgtaacaaactctatatc 8892661  T
Q  477 ttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaaatgtgattaa 541  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  8892662 ttatttgctaatctctaacaaatttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaa 8892726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 414 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 53722185 - 53722055
Alignment:
Q  414 tagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttc 513  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  53722185 tagcttatatacaatatatagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctagcctctaacaaacttgtaacaaacttc 53722086  T
Q  514 ataacaaactgaaactaaatgtgattaacca 544  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  53722085 ataacaaactaaaacaaaatgtgattaacca 53722055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 383 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 27186356 - 27186217
Alignment:
Q  383 ttattgatactaacgaaaatatacaa-gaagatagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatt 481  Q
    |||||||| || | |||||||||||| | ||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  27186356 ttattgattctcatgaaaatatacaaaggaggcagcttatatacaatgtctagctaagtttcttgaagcacaagcaatgttacaaactctagatcttatt 27186257  T
Q  482 tgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaa 521  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  27186256 tgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaa 27186217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 414 - 511
Target Start/End: Original strand, 50627921 - 50628018
Alignment:
Q  414 tagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaact 511  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  50627921 tagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagtacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaact 50628018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 378 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 35842962 - 35842843
Alignment:
Q  378 aattgttattgatactaacgaaaatatacaa-gaagatagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatc 476  Q
    ||||||||||||| || | |||||||||||| | || ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  35842962 aattgttattgatgcttatgaaaatatacaaaggaggtagtttatatacaatgtctaactaagttgcttgaagcacaagcattgtaacaaactctagatc 35842863  T
Q  477 ttatttgctaacctctaaca 496  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  35842862 ttatttgctaacctctaaca 35842843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 414 - 501
Target Start/End: Original strand, 43683653 - 43683740
Alignment:
Q  414 tagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaacaaactt 501  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  43683653 tagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctatatcttatttgctaacctctaacaaactt 43683740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 439 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 3770999 - 3770891
Alignment:
Q  439 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaa-atgt 535  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||   | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||  |||    
T  3770999 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 3770900  T
Q  536 gattaacca 544  Q
    |||||||||    
T  3770899 gattaacca 3770891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 439 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 44147180 - 44147072
Alignment:
Q  439 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaa-atgt 535  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||   | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||  |||    
T  44147180 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 44147081  T
Q  536 gattaacca 544  Q
    |||||||||    
T  44147080 gattaacca 44147072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 439 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 44151715 - 44151607
Alignment:
Q  439 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaa-atgt 535  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||   | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||  |||    
T  44151715 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 44151616  T
Q  536 gattaacca 544  Q
    |||||||||    
T  44151615 gattaacca 44151607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 439 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 41885076 - 41884973
Alignment:
Q  439 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaaatgtgat 538  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| |||||||  ||||| ||||||| |||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||    
T  41885076 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-atcttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaa-ttcataacaaactgaatctaaatgtgat 41884979  T
Q  539 taacca 544  Q
    ||||||    
T  41884978 taacca 41884973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 439 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 31359303 - 31359199
Alignment:
Q  439 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaaatgtgat 538  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||  ||||| ||||||| |||||||||| || |||||| ||||||||| |||||||||||    
T  31359303 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcatagcaaactgaatctaaatgtgat 31359205  T
Q  539 taacca 544  Q
    ||||||    
T  31359204 taacca 31359199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 439 - 544
Target Start/End: Original strand, 49274517 - 49274620
Alignment:
Q  439 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaaatgtgat 538  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||  ||||| ||||||| |||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||    
T  49274517 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaa-ttcataacaaactgaatctaaatgtgat 49274614  T
Q  539 taacca 544  Q
    ||||||    
T  49274615 taacca 49274620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 443 - 558
Target Start/End: Original strand, 45976176 - 45976291
Alignment:
Q  443 cttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaac-ctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaaatgtgattaa 541  Q
    ||||||||||||| || ||||||| | |||  |||||||| ||||  |||||| ||||||||||| ||||||| |||||||| |||| | ||||||||||    
T  45976176 cttgaagcacaagtaaagtaacaacc-ctaactcttattttctaaaactctaaaaaacttgtaacaaacttcaaaacaaactaaaacaagatgtgattaa 45976274  T
Q  542 ccaactaaacatgatta 558  Q
     ||||||| ||||||||    
T  45976275 tcaactaagcatgatta 45976291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 529 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 31285991 - 31285941
Alignment:
Q  529 taaatgtgattaaccaactaaacatgattatatcactaacaaacttgaatta 580  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||| ||||||||||||||    
T  31285991 taaatgtgattaaccaact-aacgtgattaaatcacttacaaacttgaatta 31285941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 531 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 29258448 - 29258399
Alignment:
Q  531 aatgtgattaaccaactaaacatgattatatcactaacaaacttgaatta 580  Q
    |||||||||||||||  |||| |||||| ||||||||| |||||||||||    
T  29258448 aatgtgattaaccaaacaaacttgattaaatcactaactaacttgaatta 29258399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 439 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 31354829 - 31354726
Alignment:
Q  439 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaaatgtgat 538  Q
    ||||||||| | |||||| | ||||||||| ||| | |||||  ||||| | ||||  |||||||||| || |||||||||| ||||| |||||||||||    
T  31354829 gttgcttgacgtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatccctaagtaacttgtaacaaaattcataacaa-ctgaatctaaatgtgat 31354732  T
Q  539 taacca 544  Q
    ||||||    
T  31354731 taacca 31354726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 100; Significance: 4e-49; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 398 - 544
Target Start/End: Original strand, 16588440 - 16588587
Alignment:
Q  398 aaaatatacaa-gaagatagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaaca 496  Q
    ||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||    
T  16588440 aaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttaaaacacaagcaatgtaacaaactctagatcttatatgataacctctaaca 16588539  T
Q  497 aacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaaatgtgattaacca 544  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  16588540 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaacca 16588587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 414 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 39794009 - 39793879
Alignment:
Q  414 tagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttc 513  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  39794009 tagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttc 39793910  T
Q  514 ataacaaactgaaactaaatgtgattaacca 544  Q
    |||||||||| ||||  |||| |||||||||    
T  39793909 ataacaaactaaaacagaatgagattaacca 39793879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 378 - 523
Target Start/End: Original strand, 43591763 - 43591909
Alignment:
Q  378 aattgttattgatactaacgaaaatatacaa-gaagatagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatc 476  Q
    ||||||||||||| || | |||||||||||| | || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  43591763 aattgttattgatgcttatgaaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagccaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatt 43591862  T
Q  477 ttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaact 523  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||    
T  43591863 ttatttgctaacctctaacaatattgtaacaaacttcataacaaact 43591909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 414 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 26311688 - 26311591
Alignment:
Q  414 tagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaact 511  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26311688 tagcttatatacaatatctagctaggttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaact 26311591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 414 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 26316179 - 26316082
Alignment:
Q  414 tagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaact 511  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26316179 tagcttatatacaatatctagctaggttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaact 26316082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 439 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 10504588 - 10504487
Alignment:
Q  439 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaaatgtgat 538  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||  ||||| ||||||| |||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||    
T  10504588 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgat 10504490  T
Q  539 taa 541  Q
    |||    
T  10504489 taa 10504487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 514 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 15757035 - 15756970
Alignment:
Q  514 ataacaaactgaaactaaatgtgattaaccaactaaacatgattatatcactaacaaacttgaatta 580  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  15757035 ataacaaactaaaactaa-tgtgattaaccaactaaacatgattacatcaataacaaacttgaatta 15756970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 516 - 580
Target Start/End: Original strand, 36164457 - 36164520
Alignment:
Q  516 aacaaactgaaactaaatgtgattaaccaactaaacatgattatatcactaacaaacttgaatta 580  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  36164457 aacaaactaaaagtaaatgtgattaaccaactaa-catgattaaatcactaacaaacttgaatta 36164520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 498 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 41879915 - 41879834
Alignment:
Q  498 acttgtaactaacttcataacaaactgaaactaaatgtgattaaccaactaaacatgattatatcactaacaaacttgaatta 580  Q
    |||||||||||||    ||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||| ||||||||    
T  41879915 acttgtaactaaccaagtaacaaactaaaagtaaatgtgattaaccaact-aacataattaaatcactaacaaatttgaatta 41879834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 531 - 580
Target Start/End: Original strand, 42295165 - 42295214
Alignment:
Q  531 aatgtgattaaccaactaaacatgattatatcactaacaaacttgaatta 580  Q
    |||||||||||||||  || | |||||| |||||||||||||||||||||    
T  42295165 aatgtgattaaccaaacaagcttgattagatcactaacaaacttgaatta 42295214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 436 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 41879977 - 41879941
Alignment:
Q  436 taagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacacta 472  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  41879977 taagttgcttgaagcacaagcaaagtaacaaacccta 41879941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0440 (Bit Score: 62; Significance: 2e-26; HSPs: 2)
Name: scaffold0440
Description:

Target: scaffold0440; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 439 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 3137 - 3029
Alignment:
Q  439 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaa-atgt 535  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||   | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||  |||    
T  3137 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 3038  T
Q  536 gattaacca 544  Q
    |||||||||    
T  3037 gattaacca 3029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0440; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 439 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 7662 - 7558
Alignment:
Q  439 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaaatgtg 536  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| |||   | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| || ||||    
T  7662 gttgcttgaaacacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaattgtg 7563  T
Q  537 attaa 541  Q
    |||||    
T  7562 attaa 7558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0044 (Bit Score: 62; Significance: 2e-26; HSPs: 2)
Name: scaffold0044
Description:

Target: scaffold0044; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 439 - 544
Target Start/End: Original strand, 44865 - 44973
Alignment:
Q  439 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaa-atgt 535  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||   | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||  |||    
T  44865 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 44964  T
Q  536 gattaacca 544  Q
    |||||||||    
T  44965 gattaacca 44973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0044; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 439 - 544
Target Start/End: Original strand, 49445 - 49553
Alignment:
Q  439 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacactag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaa-atgt 535  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||   | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||  |||    
T  49445 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 49544  T
Q  536 gattaacca 544  Q
    |||||||||    
T  49545 gattaacca 49553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University