View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17297_low_1 (Length: 679)

Name: NF17297_low_1
Description: NF17297
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17297_low_1
NF17297_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (15-664)||(18926102-18926751)
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (15-477)||(4666039-4666501)
chr7 (15-481)||(4652624-4653090)
chr7 (13-458)||(4630011-4630456)
chr7 (15-470)||(4642808-4643263)
chr7 (15-472)||(4660908-4661365)
chr7 (15-493)||(4635961-4636439)
chr7 (15-469)||(4671744-4672198)
chr7 (15-469)||(4697748-4698202)
chr7 (15-470)||(4862993-4863448)
chr7 (15-460)||(4784402-4784847)
chr7 (65-469)||(4846579-4846983)
chr7 (88-460)||(4816831-4817203)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 589; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 589; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 18926751 - 18926102
Alignment:
Q  15 tatgttggtgcttttcacttcacgatgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacccaatacaatctcaagcctt 114  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18926751 tatgttggtgcttttcacatcacgatgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacccaatacaatctcaagcctt 18926652  T
Q  115 tgcttccaaagtaggggttggttattggaaccatatagatactcacaaagagtaccacgttgcatgaactcataaatcagaatcatctctttgttgtcgg 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  18926651 tgcttccaaagtaggggttggttattggaaccatatagatactcacaaagagtaccacgttgcatgaactcataaatcagaatcatctctttgttgccgt 18926552  T
Q  215 tgcagtacccgacgagggataccagatgaatgtggcgaagttgtgagagcaactcgatctcattcatgaactcgttggccccttgttgagagcctggttt 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18926551 tgcagtacccgacgagggataccagatgaatgtggcgaagttgagagagcaactcgatctcattcatgaactcgttggccccttgttgagagcctggttt 18926452  T
Q  315 taaacgttttaatgcaacgggtgtggatttatcgatgaaacctttatacacgttgccaaaccctccaactccgatgattaaatcatcatcaaagttattt 414  Q
     | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18926451 gagacgttttattgcaacgggtgtggatttatcgatgaaacctttatacacgttgccaaaccctccaactccgatgattaaatcatcatcaaagttattt 18926352  T
Q  415 gtggctgcttttatctttgcaattgtaaagtagcggcacaaatggggcggtaaagatggcaacccttcactctttgtttctgacgagttatcttccatag 514  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18926351 gtggctgcttttatctctgcaattgtaaagtagcggcacaaatggggcggtaaagatggcaacccttcactctttgtttctgacgagttatcttccatag 18926252  T
Q  515 aatcctcatcacgatatcgccattgccaataaatggtgaaacccaccataagtacactaacagaagctaaggtgatctctaaggaaactaagacaatctt 614  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18926251 aatcctcatcacgatatcgccattgccaataaatggtgaaacccaccataagcacactaacagaagctaaggtgatctctaaggaaactaagacaatctt 18926152  T
Q  615 atgnnnnnnngacgttttggttgacaatacttgatgcgggtgagatagat 664  Q
    ||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18926151 atatttttttgacgttttggttgacaatacttgatgcgggtgagatagat 18926102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 219; Significance: 1e-120; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 15 - 477
Target Start/End: Original strand, 4666039 - 4666501
Alignment:
Q  15 tatgttggtgcttttcacttcacgatgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacccaatacaatctcaagcctt 114  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||| | ||||||||||||     
T  4666039 tatgttggtgctcttcacgtcacggtgtattatcttctgtttcacctcagtatgaagataattcagccctctcgctgcacccaaaagaatctcaagcctc 4666138  T
Q  115 tgcttccaaagtaggggttggttattggaaccatatagatactcacaaagagtaccacgttgcatgaactcataaatcagaatcatctctttgttgtcgg 214  Q
    ||||||||   |||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||  | |||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||      
T  4666139 tgcttccatgataggggctggttattagaaccataaagatactcgcaaagagtaccgtgctgcatgaactcataaaccagaatcatctctgtgtcgtcat 4666238  T
Q  215 tgcagtacccgacgagggataccagatgaatgtggcgaagttgtgagagcaactcgatctcattcatgaactcgttggccccttgttgagagcctggttt 314  Q
    |||| || || || ||||||||||  |||||||||||||| || |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||    
T  4666239 tgcaatatcccacaagggataccaagtgaatgtggcgaagctgagagagcaattcgatttcgttcatgaactcgttggcaccttgttgagagcctgattt 4666338  T
Q  315 taaacgttttaatgcaacgggtgtggatttatcgatgaaacctttatacacgttgccaaaccctccaactccgatgattaaatcatcatcaaagttattt 414  Q
     |  |||||||  |||||  ||||||||  |||||   ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||    
T  4666339 gaggcgttttatggcaacaagtgtggatccatcgacacaacctttgtacacgttgccaaaccctccaactccgatgatgaaatcatcgtcaaagttgttt 4666438  T
Q  415 gtggctgcttttatctttgcaattgtaaagtagcggcacaaatggggcggtaaagatggcaac 477  Q
    ||||||||| | |||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  4666439 gtggctgctctgatctctgcaattgtaaaggaccggcacaaatggggcggcaaagatgacaac 4666501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 15 - 481
Target Start/End: Original strand, 4652624 - 4653090
Alignment:
Q  15 tatgttggtgcttttcacttcacgatgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacccaatacaatctcaagcctt 114  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||     
T  4652624 tatgttggtgctcttcacgtcacggtgtattatcttgtgtttcacctctgcatgaagataattcagccctctcgcggaacccaatagaatctcaagcctc 4652723  T
Q  115 tgcttccaaagtaggggttggttattggaaccatatagatactcacaaagagtaccacgttgcatgaactcataaatcagaatcatctctttgttgtcgg 214  Q
    | ||||||  ||| ||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||| || |||||| ||| |||  ||      
T  4652724 ttcttccacggtaagggctggttattagaaccataaagatactcacacagagtaccgtgttgcatgaactcataaaccaaaatcatttctgtgtcatcat 4652823  T
Q  215 tgcagtacccgacgagggataccagatgaatgtggcgaagttgtgagagcaactcgatctcattcatgaactcgttggccccttgttgagagcctggttt 314  Q
    |||| || || |||||||||||||  |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||    
T  4652824 tgcaatatcccacgagggataccaagtgaatgtggcgaagctgggagagtaactcgatctcattcatgaactcgttggcaccttgttgagagccagattt 4652923  T
Q  315 taaacgttttaatgcaacgggtgtggatttatcgatgaaacctttatacacgttgccaaaccctccaactccgatgattaaatcatcatcaaagttattt 414  Q
     |  |||||||  ||||| ||  |||||  ||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||| ||||||| |||||||||    
T  4652924 gaggcgttttatcgcaacaggcatggatccatcgatgcaacctttgtacacgttgccaaatcctccaacaccgatgatgaaaacatcatcgaagttattt 4653023  T
Q  415 gtggctgcttttatctttgcaattgtaaagtagcggcacaaatggggcggtaaagatggcaaccctt 481  Q
    ||||||||||| |||| ||| ||||| ||| |||| |||||||| || || ||||||| | ||||||    
T  4653024 gtggctgctttgatctctgcgattgtgaaggagcgacacaaatgtggtggcaaagatgacgaccctt 4653090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 13 - 458
Target Start/End: Original strand, 4630011 - 4630456
Alignment:
Q  13 agtatgttggtgcttttcacttcacgatgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacccaatacaatctcaagcc 112  Q
    |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||  ||||||||||    
T  4630011 agtatgttggtgctctttacgtcacgatgtattatcttgtgcttcacctcagaatgaagataattcagccctctcgctgcacccaataggatctcaagcc 4630110  T
Q  113 tttgcttccaaagtaggggttggttattggaaccatatagatactcacaaagagtaccacgttgcatgaactcataaatcagaatcatctctttgttgtc 212  Q
    | ||||||||  ||||||| || |||||||||||||| |||||||| || ||||||||  | |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  4630111 tctgcttccatggtaggggctgattattggaaccatacagatactcgcagagagtaccgtgctgcatgaactcataaaccagaatcatctctgtgttgtc 4630210  T
Q  213 ggtgcagtacccgacgagggataccagatgaatgtggcgaagttgtgagagcaactcgatctcattcatgaactcgttggccccttgttgagagcctggt 312  Q
      |||| || || || ||||| ||||  |||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |    
T  4630211 attgcaatatcctacaagggacaccaagtgaatgtggcgaagctgggagagcaactcgatttcgttcatgaactcgttggcaccttgttgagagcctgat 4630310  T
Q  313 tttaaacgttttaatgcaacgggtgtggatttatcgatgaaacctttatacacgttgccaaaccctccaactccgatgattaaatcatcatcaaagttat 412  Q
    || |  |||||||  ||||| |||||||||  |||||   ||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||  |||||||| |    
T  4630311 ttgaggcgttttatcgcaacaggtgtggatccatcgacacaacctttgtacacgttcccaaaccctccaaatccgatgatgaaatcattgtcaaagttgt 4630410  T
Q  413 ttgtggctgcttttatctttgcaattgtaaagtagcggcacaaatg 458  Q
    ||||||||||||| ||||  || |||||||||||||| ||||||||    
T  4630411 ttgtggctgctttgatctccgcgattgtaaagtagcgacacaaatg 4630456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 15 - 470
Target Start/End: Original strand, 4642808 - 4643263
Alignment:
Q  15 tatgttggtgcttttcacttcacgatgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacccaatacaatctcaagcctt 114  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||     
T  4642808 tatgttggtgctcttcacgtcacgatgtattattttgtgcttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacctaatagaatttcaagcctc 4642907  T
Q  115 tgcttccaaagtaggggttggttattggaaccatatagatactcacaaagagtaccacgttgcatgaactcataaatcagaatcatctctttgttgtcgg 214  Q
    ||| ||||| |||| || | |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||| || |||||||||| |||  |||     
T  4642908 tgcctccaaggtagtggctcgttattagaaccataaagatactcacaaagagtaccgtgctgcatgaactcataaaccaaaatcatctctgtgtcatcgt 4643007  T
Q  215 tgcagtacccgacgagggataccagatgaatgtggcgaagttgtgagagcaactcgatctcattcatgaactcgttggccccttgttgagagcctggttt 314  Q
    |||| || || |||||||| ||||  |||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||    
T  4643008 tgcaatatcccacgagggacaccaagtgaatgtggcgaagctgggagagcaactcgatttcattcatgaactcgttggcaccttgttgagagcccgattt 4643107  T
Q  315 taaacgttttaatgcaacgggtgtggatttatcgatgaaacctttatacacgttgccaaaccctccaactccgatgattaaatcatcatcaaagttattt 414  Q
     |  || || |  |||||  ||||||||  ||| |   ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||| |||    
T  4643108 gaggcgcttaaccgcaacaagtgtggatccatcaacacaacctttgtacacgttgccaaaccctccaactccgatgataaaagcatcatcgaagttgttt 4643207  T
Q  415 gtggctgcttttatctttgcaattgtaaagtagcggcacaaatggggcggtaaaga 470  Q
    || |||||||| |||| ||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||    
T  4643208 gtagctgctttgatctctgcgattgtaaaggagcggcacagatggggcggcaaaga 4643263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 15 - 472
Target Start/End: Original strand, 4660908 - 4661365
Alignment:
Q  15 tatgttggtgcttttcacttcacgatgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacccaatacaatctcaagcctt 114  Q
    |||||||||||| || || || || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| | ||||||||  ||||||||||||    
T  4660908 tatgttggtgctctttacgtcgcggtgtattattttgtgtttcacctcagcatgaagataatgcaaccctcttgctgaacccaataggatctcaagcctt 4661007  T
Q  115 tgcttccaaagtaggggttggttattggaaccatatagatactcacaaagagtaccacgttgcatgaactcataaatcagaatcatctctttgttgtcgg 214  Q
    ||| ||||| ||||||| |||||||| |||||||| |||| ||| || |||||||| || |||||||| ||||||| ||||||||||| | |||||||      
T  4661008 tgcctccaaggtaggggctggttattagaaccataaagatgctcgcagagagtaccgcgctgcatgaattcataaaccagaatcatctatgtgttgtcat 4661107  T
Q  215 tgcagtacccgacgagggataccagatgaatgtggcgaagttgtgagagcaactcgatctcattcatgaactcgttggccccttgttgagagcctggttt 314  Q
    | || || || | |||||| |||| ||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||| | |||||||||||||| | |||    
T  4661108 tacaatatcccatgagggacaccaaatgaatgtggcgaagctgggagagcaactcgatttcgttcatgaactcgttgacaccttgttgagagcccgattt 4661207  T
Q  315 taaacgttttaatgcaacgggtgtggatttatcgatgaaacctttatacacgttgccaaaccctccaactccgatgattaaatcatcatcaaagttattt 414  Q
     |  ||||| |  |||||  |||| |||  ||| |   ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||    
T  4661208 gaggcgtttaatcgcaacaagtgttgatccatcaacacaacctttgtacacgttgccaaaccctccaactccaatgatgaaatcatcatcaaagtttttt 4661307  T
Q  415 gtggctgcttttatctttgcaattgtaaagtagcggcacaaatggggcggtaaagatg 472  Q
    ||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4661308 gtggctgctctgatctctgcaattgtaaagtagcggcacaaatggggcggcaaagatg 4661365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 15 - 493
Target Start/End: Original strand, 4635961 - 4636439
Alignment:
Q  15 tatgttggtgcttttcacttcacgatgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacccaatacaatctcaagcctt 114  Q
    |||||||||||| || || ||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||| | ||| ||||||||     
T  4635961 tatgttggtgctctttacgtcacgatgtattatcttgtttttaacctcagtatgaagataattcagccctctagctgcacccaaaagaatttcaagcctc 4636060  T
Q  115 tgcttccaaagtaggggttggttattggaaccatatagatactcacaaagagtaccacgttgcatgaactcataaatcagaatcatctctttgttgtcgg 214  Q
    ||||||||  |||||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||||||  | |||||||||||||| | ||||||||||||| | ||||||     
T  4636061 tgcttccatggtaggggttggttattagaaccataaagatactcgcagagagtaccgtgctgcatgaactcatagaccagaatcatctctgtcttgtcgt 4636160  T
Q  215 tgcagtacccgacgagggataccagatgaatgtggcgaagttgtgagagcaactcgatctcattcatgaactcgttggccccttgttgagagcctggttt 314  Q
    |||| || || || ||||||||||  |||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||| |   |    
T  4636161 tgcaatatcccacaagggataccaagtgaatgtggcgaagctgggagagcaactcgatctcgttcatgaactcatttgcaccttgttgagagcccgacct 4636260  T
Q  315 taaacgttttaatgcaacgggtgtggatttatcgatgaaacctttatacacgttgccaaaccctccaactccgatgattaaatcatcatcaaagttattt 414  Q
     |  |||||||  |||||||||||||||  ||| ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||| ||||| ||    |||||||| ||||| |||    
T  4636261 gaggcgttttatcgcaacgggtgtggatccatcaatgaaacctttgtacacattcccaaaccccccaacaccgataatgttttcatcatcgaagtttttt 4636360  T
Q  415 gtggctgcttttatctttgcaattgtaaagtagcggcacaaatggggcggtaaagatggcaacccttcactctttgttt 493  Q
    ||||||||| | |||| ||| |||||||||||||||||||||| ||  ||||||| || | | |||||| |||||||||    
T  4636361 gtggctgctctgatctctgcgattgtaaagtagcggcacaaataggatggtaaagttgacgaaccttcattctttgttt 4636439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 175; E-Value: 7e-94
Query Start/End: Original strand, 15 - 469
Target Start/End: Original strand, 4671744 - 4672198
Alignment:
Q  15 tatgttggtgcttttcacttcacgatgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacccaatacaatctcaagcctt 114  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||| ||||||||||||     
T  4671744 tatgttggtgctcttcacgtcacgatgtattattttgtgcttcacctcagcatgaagataatttagccctctcgcagcacccaatagaatctcaagcctc 4671843  T
Q  115 tgcttccaaagtaggggttggttattggaaccatatagatactcacaaagagtaccacgttgcatgaactcataaatcagaatcatctctttgttgtcgg 214  Q
    ||| ||||| |||| || | |||||| |||||||| |||||||| |||||||||||  | ||||| ||||| |||| || |||||||| | |||  |||     
T  4671844 tgcctccaaggtagtggctcgttattagaaccataaagatactcgcaaagagtaccgtgctgcataaactcgtaaaccaaaatcatctatgtgtcatcgt 4671943  T
Q  215 tgcagtacccgacgagggataccagatgaatgtggcgaagttgtgagagcaactcgatctcattcatgaactcgttggccccttgttgagagcctggttt 314  Q
     ||| || || |||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||| | |||    
T  4671944 cgcaatatccaacgagggataccaagtgaatgtggcgaagttgagagagtaactcgatttcgttcatgaactcgttggcaccttgctgagagcccgattt 4672043  T
Q  315 taaacgttttaatgcaacgggtgtggatttatcgatgaaacctttatacacgttgccaaaccctccaactccgatgattaaatcatcatcaaagttattt 414  Q
     |  |||||||  |||||  ||||||||  |||||   ||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||  || ||||||| ||||| |||    
T  4672044 gagccgttttatggcaacaagtgtggatccatcgacacaacctttgtacaggtttccaaaccctccaactccgatgatagaagcatcatcgaagttgttt 4672143  T
Q  415 gtggctgcttttatctttgcaattgtaaagtagcggcacaaatggggcggtaaag 469  Q
    ||||||||||| |||| ||| ||||||||| | |||||||| |||||||| ||||    
T  4672144 gtggctgctttgatctctgcgattgtaaaggaacggcacaagtggggcggcaaag 4672198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 103; E-Value: 7e-51
Query Start/End: Original strand, 15 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 4698202 - 4697748
Alignment:
Q  15 tatgttggtgcttttcacttcacgatgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacccaatacaatctcaagcctt 114  Q
    ||||||||| || ||||| ||||| ||||| || ||||| ||| |  | |||||||||||||  || |||||||| || ||||||| |||||| || ||     
T  4698202 tatgttggtactcttcacatcacggtgtatgatattgtgcttcgcacctgcatgaagataatgtaggcctcttgctgcccccaatagaatctcgagtctc 4698103  T
Q  115 tgcttccaaagtaggggttggttattggaaccatatagatactcacaaagagtaccacgttgcatgaactcataaatcagaatcatctctttgttgtcgg 214  Q
    | |||||||   || |||| |||||  |||||||| ||||| |||| |||||| ||||||| |||||| || ||||  ||||||||||||      |||     
T  4698102 ttcttccaagtaagaggttcgttatccgaaccatagagatattcacgaagagtgccacgttccatgaagtcgtaaacgagaatcatctctgcaccttcgt 4698003  T
Q  215 tgcagtacccgacgagggataccagatgaatgtggcgaagttgtgagagcaactcgatctcattcatgaactcgttggccccttgttgagagcctggttt 314  Q
    |||| || || | ||| || ||||  |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||  | ||||||||||| || |||||    
T  4698002 tgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccttgttgagaacccggttt 4697903  T
Q  315 taaacgttttaatgcaacgggtgtggatttatcgatgaaacctttatacacgttgccaaaccctccaactccgatgattaaatcatcatcaaagttattt 414  Q
     |||||||||| ||| || |||||   || ||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||  ||| || ||||| |||    
T  4697902 caaacgttttattgctacaggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaaccctccaactccaatgataaaaatatcttcgaagttgttt 4697803  T
Q  415 gtggctgcttttatctttgcaattgtaaagtagcggcacaaatggggcggtaaag 469  Q
    || || ||| ||||||  || |||||||| ||||||||||||||||  |||||||    
T  4697802 gtagcggctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaag 4697748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 15 - 470
Target Start/End: Original strand, 4862993 - 4863448
Alignment:
Q  15 tatgttggtgcttttcacttcacgatgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacccaatacaatctcaagcctt 114  Q
    ||||||||| || ||||| ||||| ||||| || ||||| || ||  |||||||||||||||  | ||| ||||| || ||||| | ||||||||| ||     
T  4862993 tatgttggtactcttcacgtcacggtgtatgatattgtgctttacaccagcatgaagataatgtaacccccttgctgcccccaacagaatctcaagtctc 4863092  T
Q  115 tgcttccaaagtaggggttggttattggaaccatatagatactcacaaagagtaccacgttgcatgaactcataaatcagaatcatctctttgttgtcgg 214  Q
    | |||||||   || ||||  ||||  |||||||| ||||| ||||  ||||| |||||||||||||| |||||||  ||||||||||| |     |||     
T  4863093 ttcttccaagtaagaggttcattatccgaaccataaagatattcacggagagtgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctcctcaccttcgt 4863192  T
Q  215 tgcagtacccgacgagggataccagatgaatgtggcgaagttgtgagagcaactcgatctcattcatgaactcgttggccccttgttgagagcctggttt 314  Q
    |||| || || | ||| || ||||  ||||| || ||||| || ||||| || |||||||||||||||||||| ||    ||||||||||| ||||||||    
T  4863193 tgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagtaattcgatctcattcatgaactcatttataccttgttgagaacctggttt 4863292  T
Q  315 taaacgttttaatgcaacgggtgtggatttatcgatgaaacctttatacacgttgccaaaccctccaactccgatgattaaatcatcatcaaagttattt 414  Q
     | ||||||||  ||||| ||| ||  |  ||| ||  ||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||  ||| |||||||| |||    
T  4863293 aagacgttttatcgcaacaggtatgtctccatcaatataacctttgtacacgttgccgaaccctccaactccaatgatgaaaatatcgtcaaagttgttt 4863392  T
Q  415 gtggctgcttttatctttgcaattgtaaagtagcggcacaaatggggcggtaaaga 470  Q
    || || ||| |||||| ||  |||||||| ||||||||||||||||  ||||||||    
T  4863393 gtagcagctcttatctctgttattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaaga 4863448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 15 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 4784847 - 4784402
Alignment:
Q  15 tatgttggtgcttttcacttcacgatgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacccaatacaatctcaagcctt 114  Q
    |||||| || || ||||| ||||| ||||| || ||||| ||| |  | ||||| ||||||| || ||| |  |||||||| |||| ||||||||||||     
T  4784847 tatgtttgtactcttcacgtcacggtgtatgatattgtgcttcgcacctgcatgcagataatgcaacccccgcgcggcacctaatagaatctcaagcctc 4784748  T
Q  115 tgcttccaaagtaggggttggttattggaaccatatagatactcacaaagagtaccacgttgcatgaactcataaatcagaatcatctctttgttgtcgg 214  Q
    ||||||||    || |||| |||||  || ||||| ||||| ||||| ||| | |||||||||||||| |||||||  ||||||||||||      ||      
T  4784747 tgcttccaggtaagaggtttgttatctgatccataaagatattcacatagactgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctctacaccttcat 4784648  T
Q  215 tgcagtacccgacgagggataccagatgaatgtggcgaagttgtgagagcaactcgatctcattcatgaactcgttggccccttgttgagagcctggttt 314  Q
    |||| || || |  || || ||||  ||||| || ||||| || ||||||||||| |||||||||| |||||||||  | ||||||||||| ||||||||    
T  4784647 tgcaatatccaataagtgaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcaatctcattcaagaactcgttcacaccttgttgagaacctggttt 4784548  T
Q  315 taaacgttttaatgcaacgggtgtggatttatcgatgaaacctttatacacgttgccaaaccctccaactccgatgattaaatcatcatcaaagttattt 414  Q
     | ||||||||  ||||| |||||   |  ||| ||  ||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||  ||| || ||||| |||    
T  4784547 aagacgttttatcgcaactggtgtaactccatcaatataacctttgtacacattgccgaaccctccaaccccgatgataaaaatatcttcgaagttgttt 4784448  T
Q  415 gtggctgcttttatctttgcaattgtaaagtagcggcacaaatggg 460  Q
    || ||||||||||| |  || |||||||| ||||||||||||||||    
T  4784447 gtagctgcttttatttccgctattgtaaaatagcggcacaaatggg 4784402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 65 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 4846983 - 4846579
Alignment:
Q  65 catgaagataattcagccctcttgcggcacccaatacaatctcaagcctttgcttccaaagtaggggttggttattggaaccatatagatactcacaaag 164  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||| ||||| |||| |||||| || ||||| |||||    || ||||  ||||  |||||||| ||||  ||||  ||    
T  4846983 catgaagataattcaacccccttgctgcacctaatagaatctcgagtctttgattccacctaagaggttcattatccgaaccatagagatgttcactgag 4846884  T
Q  165 agtaccacgttgcatgaactcataaatcagaatcatctctttgttgtcggtgcagtacccgacgagggataccagatgaatgtggcgaagttgtgagagc 264  Q
    |||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||   |  ||| |||| || || | |||||| ||||  ||||| || ||||| || ||||||    
T  4846883 agtaccacgttgcatgaagtcataaactagaatcatctctgcatcttcgttgcaatatccaatgagggaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagc 4846784  T
Q  265 aactcgatctcattcatgaactcgttggccccttgttgagagcctggttttaaacgttttaatgcaacgggtgtggatttatcgatgaaacctttataca 364  Q
    | |||||| ||||||||||| || ||    |||| | |||| || |||||   ||||||||  ||||| ||||||  |  || |||| ||||||| ||||    
T  4846783 atctcgatttcattcatgaattcatttagaccttatcgagaacccggtttacgacgttttatcgcaacaggtgtgagtccattgatgtaacctttgtaca 4846684  T
Q  365 cgttgccaaaccctccaactccgatgattaaatcatcatcaaagttatttgtggctgcttttatctttgcaattgtaaagtagcggcacaaatggggcgg 464  Q
    ||||||| ||||||||| |||| ||||| |||  ||| || ||||| ||||| ||| || ||||||  || |||||||| |||||||||||||||| |||    
T  4846683 cgttgccgaaccctccagctccaatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagcttctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggacgg 4846584  T
Q  465 taaag 469  Q
    |||||    
T  4846583 taaag 4846579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 88 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 4817203 - 4816831
Alignment:
Q  88 gcggcacccaatacaatctcaagcctttgcttccaaagtaggggttggttattggaaccatatagatactcacaaagagtaccacgttgcatgaactcat 187  Q
    |||||||| |||| |||||||||||| ||||||||    || |||| |||||  || ||||| ||||| ||||| ||| | |||||||||||||| ||||    
T  4817203 gcggcacctaatagaatctcaagcctctgcttccaggtaagaggtttgttatctgatccataaagatattcacatagactgccacgttgcatgaagtcat 4817104  T
Q  188 aaatcagaatcatctctttgttgtcggtgcagtacccgacgagggataccagatgaatgtggcgaagttgtgagagcaactcgatctcattcatgaactc 287  Q
    |||  ||||||||||||      ||  |||| || || |  || || ||||  ||||| || ||||| || ||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  4817103 aaacgagaatcatctctacaccttcattgcaatatccaataagtgaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcaatctcattcaagaactc 4817004  T
Q  288 gttggccccttgttgagagcctggttttaaacgttttaatgcaacgggtgtggatttatcgatgaaacctttatacacgttgccaaaccctccaactccg 387  Q
    |||  | ||||||||||| || ||||| | ||||||||  ||||| |||||   |  ||| ||  ||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||    
T  4817003 gttaacaccttgttgagaaccaggtttaagacgttttatcgcaactggtgtaactccatcaatataacctttgtacacattgccgaaccctccaaccccg 4816904  T
Q  388 atgattaaatcatcatcaaagttatttgtggctgcttttatctttgcaattgtaaagtagcggcacaaatggg 460  Q
    ||||| |||  ||| || ||||| ||||| ||||||||||| |  || |||||||| ||||||||||||||||    
T  4816903 atgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagctgcttttatttccgctattgtaaaatagcggcacaaatggg 4816831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University