View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1730-Insertion-4 (Length: 881)

Name: NF1730-Insertion-4
Description: NF1730
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1730-Insertion-4
NF1730-Insertion-4
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (7-881)||(19256362-19257212)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 607; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 607; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 881
Target Start/End: Original strand, 19256362 - 19257212
Alignment:
Q  7 agaagctgctcacttatatgacaggtactaccttgagttctataatgttattactaacagcttccgttttgataatcacggtgagaatatgcattacttt 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  19256362 agaagctgctcacttatatgacaggtactaccttgacttctataatgttattactaacagcttccgttttgataatcacggtgagagtatgcattccttt 19256461  T
Q  107 caatgtcaagttacctatttctgtcctcgacgattgaactcagtggtatgagttgggacactgaagtgatactaagacgaaggttcagggttcgatctcg 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  19256462 caatgtcaagttacctatttctgtcctcgacgattgaactcagtggtatgagttgggacactgaagtgatactaagacgaaggttcagggttcgatctct 19256561  T
Q  207 gctgccaccaaattttcacttcccctcaaattaaccactaaaa-tttccaacgaactgtagaaatctgttaatgct--cagaaaataaaatatcttgtcg 303  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||||  || |||| ||||||||||||||    
T  19256562 gctgccaacaaattttcacttcccctcaaattaaccactaaaattttcctacaaactgtagaaatctggtaatgctcacaaaaaaaaaaatatcttgtcg 19256661  T
Q  304 gtgtttgattttctcaaagaatgagagtataaatttggtgggacatgaaatgtgtccttccgttacagaaccatgacggttggtattgtaatgctcaagg 403  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||       |  | |   |     
T  19256662 gtgtttgattttctcaaagaatgagagtataaatttggtgggacatgaaatgtgtccttccgttacagaaccatgacgattg-------acggttggcga 19256754  T
Q  404 tctcttttaatttgctatattatgttaaccatgacctacttagtatgaaaaacatctctttttctttagggctgcattcatgtgtggtcgagagcccaat 503  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  19256755 tc-cttttaatttgctatattatgttaaccatgacctacttagtatgaaaaacatctctttttctttagggctgcattcatgtgtgggagagagcccaat 19256853  T
Q  504 ttcgatcttccagaagaagagaagcaggaactgcgcaaattcaaatgggatgatttcttggcgatgactcgacaagcaatcacacgtaaaagtaatcttt 603  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  19256854 ttcgatcttccagaagaagagaagcaggaactgcgcaaattcaaatgggatgatttcttggcgatgactcgacaagcaatcacacgcaaaagtaatcttt 19256953  T
Q  604 ctctttgaactatgccacgtgcttccttcgatagagtttaataactatacaccaacaataaaacactcgcgtctcaaatatggttattaaattcctgcta 703  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||  |||||||||||       |||| |            
T  19256954 ctctttgaattatgccacatgctttcttcgatagagtttaataattatacaccgacaataaaacaccggcgtctcaaat-------ttaatt-------- 19257038  T
Q  704 gatattacttattttaacaaaacttcaattcttttgtgcaaaaaa-tgtagagctcaagagaatgattagcccagaactgcctaatagttttgattggga 802  Q
       | ||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19257039 --gaatacttgttttaactaaactttaattcttttgtgcaaaaaattgtagagctcaagagaatgattagcccagaactgcctaatagttttgattggga 19257136  T
Q  803 aagcaagcaaggagtgagtggtttctctccttatgaagatgcagatcatcaggaaacatcaatgtcatgaaatttatga 881  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19257137 aagcaagcaaggagtgagtggtttctctccttatgaagatgcag---atcaggaaacatcaatgtcatgaaatttatga 19257212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University