View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17302_low_1 (Length: 1014)

Name: NF17302_low_1
Description: NF17302
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17302_low_1
NF17302_low_1
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (18-887)||(1329966-1330847)
chr2 (923-963)||(1330883-1330923)
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (621-887)||(22361019-22361297)
chr3 (621-887)||(22365406-22365684)
chr3 (673-837)||(23397192-23397357)
chr3 (959-1014)||(46790701-46790756)
chr3 (923-961)||(36028805-36028843)
chr3 (923-959)||(22361333-22361369)
chr3 (923-957)||(22365720-22365754)
chr3 (854-887)||(36028879-36028912)
chr3 (923-960)||(28784835-28784872)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (621-887)||(200603-200870)
chr5 (621-887)||(196224-196491)
chr5 (923-959)||(196152-196188)
chr5 (923-959)||(200538-200574)
chr5 (923-961)||(32800639-32800677)
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (621-887)||(7162477-7162758)
chr8 (621-887)||(30045121-30045403)
chr8 (621-887)||(30049524-30049806)
chr8 (923-961)||(30049843-30049881)
chr8 (923-960)||(30045440-30045477)
chr8 (189-301)||(1925689-1925801)
chr8 (923-956)||(7162795-7162828)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (621-887)||(3941379-3941661)
chr4 (621-887)||(3945778-3946060)
chr4 (923-960)||(3946092-3946129)
chr4 (923-959)||(3941693-3941729)
chr4 (923-962)||(22804932-22804971)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (621-887)||(39949376-39949652)
chr7 (621-887)||(39953768-39954044)
chr7 (923-959)||(39949304-39949340)
chr7 (923-959)||(39953696-39953732)
[»] scaffold1453 (2 HSPs)
scaffold1453 (780-887)||(1-108)
scaffold1453 (923-959)||(144-180)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 785; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 785; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 887
Target Start/End: Original strand, 1329966 - 1330847
Alignment:
Q  18 ggatggtatgtataaacaaggagaaatgaatgcagccatgcaaggagtgggatatggttgcagtggaagtgctagcagtgtagcacttggttcagccgga 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1329966 ggatggtatgtataaacaaggagaaatgaatgcagccatgcaaggagtgggatatggtggcagtggaagtgctagcagtgtagcacttggttcagccgga 1330065  T
Q  118 aggccagcaatgctagcattgccagcaccaccaacatcaggaactggagttaattctacttcaggatatgtagatccatttgcagcttcattggctatcg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1330066 aggccagcaatgctagcattgccagcaccaccaacatcaggaactggagttaattctacttcaggatatgtagatccatttgcagcttcattggctatcg 1330165  T
Q  218 caccaccgtcttacgttcaaatgtcagagatggagaagcagcaaaggctactagatgaagaacagctgatttggcagcaatatgaaagggatcgcgtaca 317  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1330166 caccgccgtcttacgttcaaatgtcagagatggagaagaagcaaaggttactagttgaagaacagctgatttggcagcaatatgaaagggatcgcgtaca 1330265  T
Q  318 aggacatgctgcacttaagcaacaacctggtagtaataactcctatatgggaggctatcaacagaactatggcaattaccaccgttgactagaataattt 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1330266 aggacatgctgcacttaagcaacaacctggtagtaataactcctatatgggaggctatcaacagaactatggcaattaccaccgttgactagaataattt 1330365  T
Q  418 tttattagttggaactctttttcttcattccaaggcaggcaattttatccaccttcattagaaaagcttgttctcaagtcttgttagaactttgaagatt 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1330366 tttattagttggaactctttttcttcattccaaggcaggcaattttatccaccttcattagaaaagcttgttctcaagtcttgttagaactttgaagatt 1330465  T
Q  518 aatgtgataacccctctcctaagaaacacttgtttttctttcttagtttctttgcccctttcagaaaactagtaaaaaattattcatcattgattagcaa 617  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1330466 aatgtgatatcccctctcctaagaaacacttgtttttctttcttagtttctttgcccctttcagaaaactagtaaaaaattattcatcattgattagcaa 1330565  T
Q  618 tattgttgactgattgacctataaaacttgtctgaatactttattgttta------------gcttatgtgtgtaatcattttaacttgttttatcagta 705  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  1330566 tattgttgactaattgacctataaaacttgtctgaatactttattgtttatgttactctattgcttatgtgtgtaatcattttaacttgttttgttagta 1330665  T
Q  706 aaactatgctgcacaagtaatgttatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagcaaagcataggctgagtcattactaagtatttggct 805  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||| ||    
T  1330666 aaactatactgcacaagtaatgttatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagcaaagtataggttgagtcattagtaagtatttgact 1330765  T
Q  806 ataagtatgtaagaaggatgtaaggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 887  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1330766 ataagtatgtaagaaggatgtaaggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 1330847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 923 - 963
Target Start/End: Original strand, 1330883 - 1330923
Alignment:
Q  923 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaacaaata 963  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1330883 gagcttattgtttctgctgccattacaaaagctaacaaata 1330923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 621 - 887
Target Start/End: Original strand, 22361019 - 22361297
Alignment:
Q  621 tgttgactgattgacctataaaacttgtctgaatactttattgttta------------gcttatgtgtgtaatcattttaacttgttttatcagtaaaa 708  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||            ||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||     
T  22361019 tgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaag 22361118  T
Q  709 ctatgctgcacaagtaatgttatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagcaaagcataggctgagtcattactaagtatttggctata 808  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22361119 ctatgctgcacaagtaaggttatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattactaagtatttggctata 22361218  T
Q  809 agtatgtaagaaggatgtaaggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 887  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22361219 agtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 22361297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 190; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 621 - 887
Target Start/End: Original strand, 22365406 - 22365684
Alignment:
Q  621 tgttgactgattgacctataaaacttgtctgaatactttattgttta------------gcttatgtgtgtaatcattttaacttgttttatcagtaaaa 708  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||            ||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||    
T  22365406 tgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaa 22365505  T
Q  709 ctatgctgcacaagtaatgttatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagcaaagcataggctgagtcattactaagtatttggctata 808  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22365506 ctatgctgcataagtaaggttatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcaactaagcataggctgagtcattactaagtatttggctata 22365605  T
Q  809 agtatgtaagaaggatgtaaggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 887  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22365606 agtatgtaagaaggatgtatggatgatatgtatcaaatttgcagtatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 22365684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 673 - 837
Target Start/End: Complemental strand, 23397357 - 23397192
Alignment:
Q  673 tgtgtgtaatcattttaactt-gttttatcagtaaaactatgctgcacaagtaatgttatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagca 771  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||| || |||| ||| | |||||||||||| ||  |||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||    
T  23397357 tgtgtgtaatgattttaacttagttttgtcggtaatactttcctgcacaagtaaggtgttctgtacaagttaaataggtttatgtcgtatgacatcaaca 23397258  T
Q  772 aagcataggctgagtcattactaagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtaaggatggtat 837  Q
    ||| ||| | |  |||||||||||||||||| || ||| |||||||||| |||||| |||||||||    
T  23397257 aagtataagttatgtcattactaagtatttgactctaaatatgtaagaaagatgtatggatggtat 23397192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 959 - 1014
Target Start/End: Complemental strand, 46790756 - 46790701
Alignment:
Q  959 aaataaccgttaacaattaacttctgaagaaatatatctcatgtttcaaacaatat 1014  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46790756 aaataaccgttaacaattaactcctgaagaaatatatctcatgtttcaaacaatat 46790701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 923 - 961
Target Start/End: Complemental strand, 36028843 - 36028805
Alignment:
Q  923 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaacaaa 961  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36028843 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaacaaa 36028805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 923 - 959
Target Start/End: Original strand, 22361333 - 22361369
Alignment:
Q  923 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaaca 959  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22361333 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaaca 22361369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 923 - 957
Target Start/End: Original strand, 22365720 - 22365754
Alignment:
Q  923 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaa 957  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22365720 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaa 22365754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 854 - 887
Target Start/End: Complemental strand, 36028912 - 36028879
Alignment:
Q  854 atagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 887  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36028912 atagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 36028879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 923 - 960
Target Start/End: Original strand, 28784835 - 28784872
Alignment:
Q  923 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaacaa 960  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  28784835 gagcttattgcttctgctgcctttgcaaaagctaacaa 28784872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 621 - 887
Target Start/End: Complemental strand, 200870 - 200603
Alignment:
Q  621 tgttgactgattgacctataaaacttgtctgaatact-ttattgtttagcttatgtgtgtaatcattttaacttgttttatcagtaaaactatgctgcac 719  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||||||  | ||| | | | | ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  200870 tgttgactaattgacctataaaacttttctgaattatgttactttattgtttatgtgtgtaatcattttaacttgttttgttagtaaaactatgctgcac 200771  T
Q  720 aagtaatgttatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagcaaagcataggctgagtcattactaagtatttggctataagtatgtaaga 819  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  200770 aagtaaggttatctgcacaagttaagtaggtttacctcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattactaagtatttggctataagtatgtaaga 200671  T
Q  820 aggatgtaaggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 887  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  200670 aggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 200603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 621 - 887
Target Start/End: Complemental strand, 196491 - 196224
Alignment:
Q  621 tgttgactgattgacctataaaacttgtctgaatact-ttattgtttagcttatgtgtgtaatcattttaacttgttttatcagtaaaactatgctgcac 719  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||||||  | ||| | | | | ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  196491 tgttgactaattgacctataaaacttttctgaattatgttactttattgtttatgtgtgtaatcattttaacttgttttgttagtaaaactatgctgcac 196392  T
Q  720 aagtaatgttatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagcaaagcataggctgagtcattactaagtatttggctataagtatgtaaga 819  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196391 aagtaaggttatctgcacgagttaagtaggtttacgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattactaagtatttggctataagtatgtaaga 196292  T
Q  820 aggatgtaaggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 887  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  196291 aggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtctctttctcttcca 196224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 923 - 959
Target Start/End: Complemental strand, 196188 - 196152
Alignment:
Q  923 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaaca 959  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196188 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaaca 196152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 923 - 959
Target Start/End: Complemental strand, 200574 - 200538
Alignment:
Q  923 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaaca 959  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  200574 gagcttattgcttctgctaccattacaaaagctaaca 200538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 923 - 961
Target Start/End: Original strand, 32800639 - 32800677
Alignment:
Q  923 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaacaaa 961  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  32800639 gagcttattgcttctgctgcctttgcaaaagctaacaaa 32800677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 621 - 887
Target Start/End: Original strand, 7162477 - 7162758
Alignment:
Q  621 tgttgactgattgacctataaaacttgtctgaatactttattgttta------------gcttatgtgtgtaatcattttaacttgttttatcagtaaaa 708  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||    
T  7162477 tgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaatcattttaacttattttgttagtaaaa 7162576  T
Q  709 ctatgctgcacaagtaat---gttatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagcaaagcataggctgagtcattactaagtatttggct 805  Q
    ||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7162577 ctatgctgcacaagtaataaggttatctgcacaagttaagcaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattactaagtatttggct 7162676  T
Q  806 ataagtatgtaagaaggatgtaaggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 887  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7162677 ataagtatgtaagaaggatgtatggatggtttgtattaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 7162758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 621 - 887
Target Start/End: Original strand, 30045121 - 30045403
Alignment:
Q  621 tgttgactgattgacctataaaacttgtctgaatactttattgttta------------gcttatgtgtgtaatcattttaacttgttttatcagtaaaa 708  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||            ||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||    
T  30045121 tgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaa 30045220  T
Q  709 ctatgctgcacaagtaatgttatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatat----gacatcagcaaagcataggctgagtcattactaagtatttggc 804  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  30045221 ctatgctgcacaagtaagattatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggc 30045320  T
Q  805 tataagtatgtaagaaggatgtaaggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 887  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30045321 tataagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 30045403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 185; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 621 - 887
Target Start/End: Original strand, 30049524 - 30049806
Alignment:
Q  621 tgttgactgattgacctataaaacttgtctgaatactttattgttta------------gcttatgtgtgtaatcattttaacttgttttatcagtaaaa 708  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||            ||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||    
T  30049524 tgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaa 30049623  T
Q  709 ctatgctgcacaagtaatgttatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatat----gacatcagcaaagcataggctgagtcattactaagtatttggc 804  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  30049624 ctatgctgcacaagtaagattatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggc 30049723  T
Q  805 tataagtatgtaagaaggatgtaaggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 887  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30049724 tataagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 30049806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 923 - 961
Target Start/End: Original strand, 30049843 - 30049881
Alignment:
Q  923 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaacaaa 961  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30049843 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaacaaa 30049881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 923 - 960
Target Start/End: Original strand, 30045440 - 30045477
Alignment:
Q  923 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaacaa 960  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30045440 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaacaa 30045477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 189 - 301
Target Start/End: Original strand, 1925689 - 1925801
Alignment:
Q  189 agatccatttgcagcttcattggctatcgcaccaccgtcttacgttcaaatgtcagagatggagaagcagcaaaggctactagatgaagaacagctgatt 288  Q
    ||||||||||||||| ||| ||  | | ||||||||  |||| |||||||||||||||||||||| |   ||||||||| ||| |||||||||    |||    
T  1925689 agatccatttgcagcatcaatgcttgtagcaccaccagcttatgttcaaatgtcagagatggagacgagacaaaggctattagctgaagaacaagcaatt 1925788  T
Q  289 tggcagcaatatg 301  Q
    |||||||||||||    
T  1925789 tggcagcaatatg 1925801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 923 - 956
Target Start/End: Original strand, 7162795 - 7162828
Alignment:
Q  923 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagcta 956  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7162795 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagcta 7162828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 185; Significance: 1e-99; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 621 - 887
Target Start/End: Original strand, 3941379 - 3941661
Alignment:
Q  621 tgttgactgattgacctataaaacttgtctgaatactttattgttta------------gcttatgtgtgtaatcattttaacttgttttatcagtaaaa 708  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||            ||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||    
T  3941379 tgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaa 3941478  T
Q  709 ctatgctgcacaagtaatgttatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatat----gacatcagcaaagcataggctgagtcattactaagtatttggc 804  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  3941479 ctatgctgcacaagtaagattatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggc 3941578  T
Q  805 tataagtatgtaagaaggatgtaaggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 887  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3941579 tataagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 3941661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 621 - 887
Target Start/End: Original strand, 3945778 - 3946060
Alignment:
Q  621 tgttgactgattgacctataaaacttgtctgaatactttattgttta------------gcttatgtgtgtaatcattttaacttgttttatcagtaaaa 708  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||            ||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||    
T  3945778 tgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaa 3945877  T
Q  709 ctatgctgcacaagtaatgttatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatat----gacatcagcaaagcataggctgagtcattactaagtatttggc 804  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  3945878 ctatgctgcacaagtaagattatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggc 3945977  T
Q  805 tataagtatgtaagaaggatgtaaggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 887  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3945978 tataagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 3946060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 923 - 960
Target Start/End: Original strand, 3946092 - 3946129
Alignment:
Q  923 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaacaa 960  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3946092 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaacaa 3946129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 923 - 959
Target Start/End: Original strand, 3941693 - 3941729
Alignment:
Q  923 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaaca 959  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3941693 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaaca 3941729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 923 - 962
Target Start/End: Original strand, 22804932 - 22804971
Alignment:
Q  923 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaacaaat 962  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  22804932 gagcttattgcttctgctgcctttgcaaaagctaacaaat 22804971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 163; Significance: 2e-86; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 621 - 887
Target Start/End: Complemental strand, 39949652 - 39949376
Alignment:
Q  621 tgttgactgattgacctataaaacttgtctgaatactttattgttta------------gcttatgtgtgtaatcattttaacttgttttatcagtaaaa 708  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||            ||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||    
T  39949652 tgttgactaattgacctataaaacttttctttatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaa 39949553  T
Q  709 ctatgctgcacaagtaatgttatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagcaaagcataggctgagtcattactaagtatttggctata 808  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  39949552 ctatgctgcacaagtaaggttatctgca--agttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaaacataggctgagttattactaagtatttggctata 39949455  T
Q  809 agtatgtaagaaggatgtaaggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 887  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39949454 agtatgtaagaaggatgtatggatgatatataaaaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 39949376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 159; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 621 - 887
Target Start/End: Complemental strand, 39954044 - 39953768
Alignment:
Q  621 tgttgactgattgacctataaaacttgtctgaatactttattgttta------------gcttatgtgtgtaatcattttaacttgttttatcagtaaaa 708  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||            ||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||    
T  39954044 tgttgactaattgacctataaaacttttctttatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaa 39953945  T
Q  709 ctatgctgcacaagtaatgttatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagcaaagcataggctgagtcattactaagtatttggctata 808  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  39953944 ctatgctgcacaagtaaggttatctgca--agttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaaacatagactgagttattactaagtatttggctata 39953847  T
Q  809 agtatgtaagaaggatgtaaggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 887  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39953846 agtatgtaagaaggatgtatggatgatatataaaaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 39953768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 923 - 959
Target Start/End: Complemental strand, 39949340 - 39949304
Alignment:
Q  923 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaaca 959  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39949340 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaaca 39949304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 923 - 959
Target Start/End: Complemental strand, 39953732 - 39953696
Alignment:
Q  923 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaaca 959  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39953732 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaaca 39953696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1453 (Bit Score: 104; Significance: 3e-51; HSPs: 2)
Name: scaffold1453
Description:

Target: scaffold1453; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 780 - 887
Target Start/End: Original strand, 1 - 108
Alignment:
Q  780 gctgagtcattactaagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtaaggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtcccttt 879  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1 gctgagtcattactaagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtcccttt 100  T
Q  880 ctcttcca 887  Q
    ||||||||    
T  101 ctcttcca 108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1453; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 923 - 959
Target Start/End: Original strand, 144 - 180
Alignment:
Q  923 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaaca 959  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  144 gagcttattgcttctgctgccattacaaaagctaaca 180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University