View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF17302_low_2 (Length: 841)
Name: NF17302_low_2
Description: NF17302
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF17302_low_2 |
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| [»] scaffold0027 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 704; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 704; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 824
Target Start/End: Original strand, 21324476 - 21325287
Alignment:
| Q |
1 |
tattcttagtaacatgggacttggtatatataacatgatcaagtggttgatgttaataagataaataaatatcacttaaaaatttaattaatgttttaat |
100 |
Q |
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| T |
21324476 |
tattcttagtaacatgggacttggtatatataacatgatcaagtggttgatgttaataagataaataaatatcacttaaaaatttaattaatgttttaat |
21324575 |
T |
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| Q |
101 |
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200 |
Q |
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| T |
21324576 |
gtttcagcctctatggcactgtttttagccatacacttgtatgtgtttatataagttgatacgatatatgtatggaccccagcttgatgttaaaccaatt |
21324675 |
T |
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| Q |
201 |
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300 |
Q |
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| T |
21324676 |
tttgagatttgcatatgatagtttcaaatcaagatgaagatttaagtataagtttgtgtggattcaaggaagatatttgaagcataatgctctaatctag |
21324775 |
T |
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| Q |
301 |
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400 |
Q |
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| T |
21324776 |
tg----------tggaagtttatattttcaattattacttggttcatattgtaataacaattttaatatagtgagtcattaagctacaattaaatctaag |
21324865 |
T |
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| Q |
401 |
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500 |
Q |
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| T |
21324866 |
atagactaaagtggattataatattgtcaaagataatggaagtatgtgaggtctcaaaagtgttttagaggatttctcaaaaatgatagcgtgcatggtt |
21324965 |
T |
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| Q |
501 |
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599 |
Q |
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| T |
21324966 |
tttgtagtgagtcgctctattgatatattctcaagaggaacataaacatacatactttgacagttgtacctttgtggtacaaaggtcaggtgaccacttg |
21325065 |
T |
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| Q |
600 |
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699 |
Q |
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| T |
21325066 |
att---gcttaaagggttcaaattgactctgagcgccttatttaatgttttgcatatctttgcgggcatatatgatatggagatgattttgaacgtctta |
21325162 |
T |
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| Q |
700 |
ttgaaccttagctttattagtcgactttgagtccgaggattgagcctcgactcattctagaacactttccaatacattagatcacgatatgttttttatt |
799 |
Q |
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| T |
21325163 |
ttgaaccttagctttattagtcaactttgagtccgaggattgggcctcgactcattctagaacactttccaatacattagatcacaatatgttttttatt |
21325262 |
T |
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| Q |
800 |
ctcccctaaagaacagatgttcatt |
824 |
Q |
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| T |
21325263 |
ctcccctaaagaacagatgttcatt |
21325287 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0027 (Bit Score: 550; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0027
Description:
Target: scaffold0027; HSP #1
Raw Score: 550; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 66357 - 65744
Alignment:
| Q |
1 |
tattcttagtaacatgggacttggtatatataacatgatcaagtggttgatgttaataagataaataaatatcacttaaaaatttaattaatgttttaat |
100 |
Q |
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| T |
66357 |
tattcttagtaacatgggacttggtatatataacatgatcaagtggttgatgttaataagataaataaatatcacttaaaaatttaattaatgttttaat |
66258 |
T |
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| Q |
101 |
gtttcagcctctatggcactgtttttagccatacacttgtatgtgtttatataagttgatacgatatatgtatggaccccagcttgatgttaaaccaatt |
200 |
Q |
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| T |
66257 |
gtttcagcctctatggcactgtttttagccatacacttgtatgtgtttatataagttgatacgatatatgtatggaccccagcttgatgttaaaccaaat |
66158 |
T |
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| Q |
201 |
tttgagatttgcatatgatagtttcaaatcaagatgaagatttaagtataagtttgtgtggattcaaggaagatatttgaagcataatgctctaatctag |
300 |
Q |
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| T |
66157 |
tttgagatttgcatatgatagtttcaaatcaagatgaagatttaagtataagtttgtgtggattcaaggaagatatttgaagcataatgctctaatctag |
66058 |
T |
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| Q |
301 |
tggttcttagtgtggaagtttatattttcaattattacttggttcattttgtaataacaattttaatatagtgagtcattaagctacaattaaatctaag |
400 |
Q |
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| T |
66057 |
tggttcttagtgtggaagtttatattttcaattattacttggttcatattgtaataacaattttaatatactgagtcattaagctacgattaaatctaag |
65958 |
T |
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| Q |
401 |
atagactaaagtggattacaatattgtcaaagataatggaagcatgtgaggtctcaaaagtgttttagaggatttctcaaaaataatagtgtgcatgg-t |
499 |
Q |
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| T |
65957 |
atagactaaagtggattacaatattgtcaaagataatggaagtatgtga--tctcaaaagtgttttagaggatttctcaaaaatgatagcgtgcatggtt |
65860 |
T |
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| Q |
500 |
tttgtagtgagtcgctctattgatatattctcaagaggaacattaacatacatactttgacagttgtacccttgtggtacaaaggtcaggtgaccacttg |
599 |
Q |
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| T |
65859 |
tttgtagtgagtcgctctattgatatattctcaagagaaacataaacatacatactttgacagttgtacccttgtggtacaaaggtcaggtgaccacttg |
65760 |
T |
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| Q |
600 |
attattgcttaaagggttc |
618 |
Q |
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| T |
65759 |
---attgcttaaagggttc |
65744 |
T |
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