View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17303_high_1 (Length: 767)

Name: NF17303_high_1
Description: NF17303
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17303_high_1
NF17303_high_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (8-751)||(46847414-46848155)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 622; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 622; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 751
Target Start/End: Original strand, 46847414 - 46848155
Alignment:
Q  8 gaggagcagagacaagggaggtgagtgaggacatagacaaatgaactagtacaacgatgttgtcaatacaaaataaaagtgaaaaatggtttctcgtaag 107  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  46847414 gaggagaagagacaagggaggtgagtgaggagatagacaaatgaactagtacaatgatgttgtcaatacaaaataaaagtgaaaaatggtttctcgtatg 46847513  T
Q  108 acaagggtgaagcacaagcacaaacaaccacactcagaaaataagagtaattacgaagagtaattaaaattaaggtatatacagtccccgcaaaatatta 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  46847514 acaagggtgaagcacaagcacaaacaaccacactcagaaaataagagtaattacgaagagtaattaaaattggggtatatacagtccccgcaaaatatta 46847613  T
Q  208 taaaaataaaacctatatttttaattgaaattctattatatctaatcgggttggctgaatttcaaattactaacccaacatttgacctattgattataag 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  46847614 taaaaataaaacctatatttttaattgaaattctattatatctaatcgggttggctgaatttcaaattactaacccaacatttaacctattgattataag 46847713  T
Q  308 ttgacnnnnnnnnngtgttaccggattaataca-ggaagaagatgcaacaacttataactcgttgataatataatagtaaaacaaacactaaattgtcta 406  Q
    |||||         ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  46847714 ttgacaaaaaaaaagtgttaccggattaatacatgaaagaagatgcaacaacttataactcgttgataatataatagtaaaataaacactaaattgtcta 46847813  T
Q  407 ctaagtgcaactcaagtggttgaatttatatattttgttgagttgaagaaagaggtctagagttcaatcacaaaactannnnnnnnnngaagaggccaat 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||    
T  46847814 ctaagtgcaactcaagtggttgaatttatacattttgttgagttgaagaaagaggtctagagttcaatcacaaaactaattttcttttgaagaggccaat 46847913  T
Q  507 cacaaactaattaataacatatctattataaaaactaacaattaacatccacaattgaagaagaagaatgcagaacagaaaactcaaatcctactgtcac 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46847914 cacaaactaattaataacatatctattataaaaactaacaattaacatccacaatt---gaagaagaatgcagaacagaaaactcaaatcctactgtcac 46848010  T
Q  607 gttgccaccacaaaaacgaagtccaatttgttgatcatattttagatctcttttccttatgatgtgtctaaatggttcaatagaataaacaaactctttt 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  46848011 gttgccaccacaaaaacgaagtccaatttgttgatcatattttagatctcttttccttatgatgtgtctaaatggttcaatagaataaaaaaactctttt 46848110  T
Q  707 cttgccttctccaaatcataacaaggtagctcccacattgtttct 751  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46848111 cttgccttctccaaatcataacaaggtagctcccacattgtttct 46848155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University