View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17303_low_10 (Length: 509)

Name: NF17303_low_10
Description: NF17303
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17303_low_10
NF17303_low_10
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-493)||(44902905-44903397)
[»] chr7 (24 HSPs)
chr7 (1-493)||(26203558-26204041)
chr7 (1-493)||(26223196-26223679)
chr7 (3-490)||(26190932-26191410)
chr7 (3-489)||(26154871-26155348)
chr7 (3-489)||(26128235-26128712)
chr7 (1-493)||(26178747-26179230)
chr7 (10-493)||(19103556-19104030)
chr7 (1-486)||(26242068-26242544)
chr7 (73-493)||(26301475-26301886)
chr7 (1-464)||(26250538-26250992)
chr7 (278-493)||(26082394-26082609)
chr7 (278-493)||(26106181-26106396)
chr7 (1-193)||(26297400-26297592)
chr7 (324-464)||(26297138-26297278)
chr7 (409-493)||(26207099-26207183)
chr7 (403-492)||(26259564-26259653)
chr7 (3-176)||(26087753-26087926)
chr7 (3-176)||(26111541-26111714)
chr7 (72-191)||(26226927-26227046)
chr7 (421-493)||(26184936-26185008)
chr7 (409-492)||(26226635-26226718)
chr7 (289-413)||(26240031-26240155)
chr7 (72-191)||(26207392-26207511)
chr7 (85-275)||(26259772-26259962)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 469; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 469; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 44903397 - 44902905
Alignment:
Q  1 caaggaatagtaaacttctgtgtatcagaaactaaatgatcatgaggtctatactttctaacaaaataacatgcacaattggagaagtagcttgagctgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44903397 caaggaatagtaaacttctgtgtatcagaaactaaatgatcatgaggtctatactttctaacaaaataacatgcacaattggagaagtagcttgagctgt 44903298  T
Q  101 aataataaagcctaggaatgcttagttttgcagctgattgcacagttcaaggaatcatcatatcagttactatacaatctggttgaagatcttgaagcat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  44903297 aataataaagcctaggaatgcttagttttgcagctgattccacagtccaaggaatcatcatatcagttactatacaatctggttgaagatcttgaaacat 44903198  T
Q  201 tacctcaataggatctctgagcattaacattccatgactgattttaccaagcatttctgaggatgttccatctttaacatctttgacattttcaattcca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44903197 tacctcaataggatctctgagcattaacattccatgactgattttaccaagcatttctggggatgttccatctttaacatctttgacattttcaattcca 44903098  T
Q  301 tcaggaagaccaacttgggatgaagggaactgaataagctgagttttgatagagtatcctgaattgaagtcactgtctatagattcttggaatgttgaag 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  44903097 tcaggaagaccaacttgggatgaagggaactgaataagctgagttttgatagagtatcctgaattgaagtcactgtctatggattcttggaaagttgaag 44902998  T
Q  401 cgttggcatgtgtagtgatgatggtaacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtctaccatgggaatcatatggccaggagttg 493  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44902997 cgttggcatgtgtagtgatgatggtaacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtctaccatgggaatcatatggccaggagttg 44902905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 221; Significance: 1e-121; HSPs: 24)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 1 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 26204041 - 26203558
Alignment:
Q  1 caaggaatagtaaacttctgtgtatcagaaactaaatgatcatgaggtctatactttctaacaaaataacatgcacaattggagaagtagcttgagctgt 100  Q
    |||||||  ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  26204041 caaggaacggtaaatttctgtgtatcagaaactaaattatcatgaggtctatactttctaacaaaatagctcgcacaattggagaagtagcttgagctgt 26203942  T
Q  101 aataataaagcctaggaatgcttagttttgcagctgattgcacagttcaaggaatcatcatatcagttactatacaatctggttgaagatcttgaagcat 200  Q
    || | |||| ||| |||||| ||||||||||||||||||  || || ||||||    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||     
T  26203941 aaaagtaaatccttggaatgtttagttttgcagctgattcaactgtccaaggataagtcatatcagttattatacaatctggttgaagatcttgaaacag 26203842  T
Q  201 tacctcaataggatctctgagcattaacattccatgactgattttaccaagcatttctgaggatgttccatctttaacatctttgacattttcaattcca 300  Q
     |  |||||  |||||   ||||| |  ||||| |||   ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||         || ||||||||  |||    
T  26203841 aatttcaatttgatcttgaagcatcattattccttgagctattttaccaagaatttctgaggaagttccatcttt---------gagattttcaacacca 26203751  T
Q  301 tcaggaagaccaacttgggatgaagggaactgaataagctgagttttgatagagtatcctgaattgaagtcactgtctatagattcttggaatgttgaag 400  Q
    || ||||||| |||||| | |||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||| |||||||    
T  26203750 tctggaagacaaacttgagctgaagggaactgaataagatgagtcttgatggagtatcctgaattgaagtcactgtctatcgctttttggaaggttgaag 26203651  T
Q  401 cgttggcatgtgtagtgatgatggtaacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtctaccatgggaatcatatggccaggagttg 493  Q
    | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  26203650 cattagcatgtgtagtgatgatggtaacattaacaccatgtttggcaaatagtcttgctgtgtctatcataggaatcatatggccaggagttg 26203558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 26223679 - 26223196
Alignment:
Q  1 caaggaatagtaaacttctgtgtatcagaaactaaatgatcatgaggtctatactttctaacaaaataacatgcacaattggagaagtagcttgagctgt 100  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  26223679 caaggaacagtaaatttctgtgtatcagaaactaaattatcatgaggtctatactttctaacaaaatagcttgcacaattggagaagtagcttgagctgt 26223580  T
Q  101 aataataaagcctaggaatgcttagttttgcagctgattgcacagttcaaggaatcatcatatcagttactatacaatctggttgaagatcttgaagcat 200  Q
    || | |||| ||| |||||| ||||||||||||||||||  || || ||||||    ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||     
T  26223579 aaaagtaaatccttggaatgtttagttttgcagctgattcaactgtccaaggataagtcatatccgttattatacaatctggttgaagatcttgaaacag 26223480  T
Q  201 tacctcaataggatctctgagcattaacattccatgactgattttaccaagcatttctgaggatgttccatctttaacatctttgacattttcaattcca 300  Q
     |  |||||  |||||   ||||| |  |||||||||   ||||| ||||| ||||||  ||  |||||||||||         ||  |||||||| |||    
T  26223479 aatttcaatttgatcttgaagcatcattattccatgagaaattttcccaagaatttctctggtagttccatcttt---------gatgttttcaatacca 26223389  T
Q  301 tcaggaagaccaacttgggatgaagggaactgaataagctgagttttgatagagtatcctgaattgaagtcactgtctatagattcttggaatgttgaag 400  Q
    ||||| ||||| || || | |||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| ||||    
T  26223388 tcagggagacctacctgagctgaagggaactgtataagatgagttttgatggagtatcctgaattgaagtcacagtctacagatttttggaatgtggaag 26223289  T
Q  401 cgttggcatgtgtagtgatgatggtaacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtctaccatgggaatcatatggccaggagttg 493  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| | ||| | ||||||||| ||||||||||    
T  26223288 cattggcatgtgtagtgatgatggtaacattaacaccatgtttggcaaatagtcttgctgtgtcaatcattgaaatcatatgaccaggagttg 26223196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 3 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 26191410 - 26190932
Alignment:
Q  3 aggaatagtaaacttctgtgtatcagaaactaaatgatcatgaggtctatactttctaacaaaataacatgcacaattggagaagtagcttgagctgtaa 102  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||  | | ||||| | | |||||  |||||||||| |||||||| |||    
T  26191410 aggaatagtaaatttctgtgtatcagaaactaaattatcatgaggcctatatttcatgataaaatgaaaggcacagctggagaagtaacttgagctataa 26191311  T
Q  103 taataaagcctaggaatgcttagttttgcagctgattgcacagttcaaggaatcatcatatcagttactatacaatctggttgaagatcttgaagcatta 202  Q
     | | || ||| |||||| ||||||||||||||| || ||| || ||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||  |    
T  26191310 aagtgaatccttggaatgtttagttttgcagctgcttccactgtccaaggatacatcatatcagtgactatacaatctggttgaagatctttaaacagaa 26191211  T
Q  203 cctcaataggatctctgagcattaacattccatgactgattttaccaagcatttctgaggatgttccatctttaacatctttgacattttcaattccatc 302  Q
    ||||||| |||||||  |||||  | |||||| |  ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||         || ||||||||  |||||    
T  26191210 cctcaatcggatctcgaagcatcgatattccacggttgattttactaagaatttctgaggatgttccatcttt---------gagattttcaacaccatc 26191120  T
Q  303 aggaagaccaacttgggatgaagggaactgaataagctgagttttgatagagtatcctgaattgaagtcactgtctatagattcttggaatgttgaagcg 402  Q
     |||||||||||||| | ||||||||| | |||||| ||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||| | || |||||||||||||||     
T  26191119 tggaagaccaacttgagctgaagggaattcaataagatgagttttgatggagtatcctaaactgaagtcactgtctatggttttttggaatgttgaagca 26191020  T
Q  403 ttggcatgtgtagtgatgatggtaacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtctaccatgggaatcatatggccaggag 490  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || || ||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  26191019 ttggcatgtgtagtaatgatggttacattaacaccatgtttggctaatagtcttgcagtgtcaatcataggaatcatatggccaggag 26190932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 3 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 26155348 - 26154871
Alignment:
Q  3 aggaatagtaaacttctgtgtatcagaaactaaatgatcatgaggtctatactttctaacaaaataacatgcacaattggagaagtagcttgagctgtaa 102  Q
    |||||| ||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  | |  |||| |   ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26155348 aggaattgtaaatttgtgtgtatcagaaactaaattatcatgaggtctatacttcatgatcaaatgagcagcacaattggagaagtagcttgagctgtaa 26155249  T
Q  103 taataaagcctaggaatgcttagttttgcagctgattgcacagttcaaggaatcatcatatcagttactatacaatctggttgaagatcttgaagcatta 202  Q
    |||| ||  || ||||| | |||| ||||||||| ||  || || ||||||| ||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||| ||       
T  26155248 taatgaattcttggaatacctagtcttgcagctgcttcgaccgtccaaggaaacatcatatctgtcactatacaatcaggttgaaggtcttgaaacaaag 26155149  T
Q  203 cctcaataggatctctgagcattaacattccatgactgattttaccaagcatttctgaggatgttccatctttaacatctttgacattttcaattccatc 302  Q
    ||||||| ||||||  ||||||  | |||||| | | ||||||||| || |||||  | || ||||||||||| |      ||   |||||||  |||||    
T  26155148 cctcaatcggatcttggagcatggatattccaaggccgattttacctagtatttcaaatgaagttccatctttca------tg---ttttcaacaccatc 26155058  T
Q  303 aggaagaccaacttgggatgaagggaactgaataagctgagttttgatagagtatcctgaattgaagtcactgtctatagattcttggaatgttgaagcg 402  Q
    ||| ||||||||||| | |||||||||||  ||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||     
T  26155057 agggagaccaacttgagctgaagggaacttgataagatgtgttttgatagggtatcctgaattgaagtcactgtctatggatttttggaatgttgaagca 26154958  T
Q  403 ttggcatgtgtagtgatgatggtaacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtctaccatgggaatcatatggccagga 489  Q
    || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| ||| ||||||||||||||    
T  26154957 ttagcatgcgtagtgatgatggtcacattaacaccatgctttgcaaatagtctagctgtgtcaatcataggattcatatggccagga 26154871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 3 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 26128712 - 26128235
Alignment:
Q  3 aggaatagtaaacttctgtgtatcagaaactaaatgatcatgaggtctatactttctaacaaaataacatgcacaattggagaagtagcttgagctgtaa 102  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||  | | |||||    |||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  26128712 aggaattgtaaatttctgtgtatcagaaactaaattatcatttggtctatacttcatgataaaatgttctgcacagttggagaagtagcttgagctgtta 26128613  T
Q  103 taataaagcctaggaatgcttagttttgcagctgattgcacagttcaaggaatcatcatatcagttactatacaatctggttgaagatcttgaagcatta 202  Q
    |||| ||  || ||||| | |||||||||||||| ||  || || ||||||| ||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||| ||       
T  26128612 taatgaattcttggaatacctagttttgcagctgcttcgaccgtccaaggaagcatcatatctgtcactatacaatcaggttgaaggtcttgaaacaaag 26128513  T
Q  203 cctcaataggatctctgagcattaacattccatgactgattttaccaagcatttctgaggatgttccatctttaacatctttgacattttcaattccatc 302  Q
    ||||| | ||||||   |||||| | |||||| | | |||||||||||  |||||||  || ||||||||||| |      ||   |||||||  |||||    
T  26128512 cctcagttggatcttgaagcattgatattccaaggccgattttaccaataatttctgttgaagttccatctttca------tg---ttttcaacaccatc 26128422  T
Q  303 aggaagaccaacttgggatgaagggaactgaataagctgagttttgatagagtatcctgaattgaagtcactgtctatagattcttggaatgttgaagcg 402  Q
    ||| ||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||| || ||  |||||||||||| | || |||||||||||| ||     
T  26128421 agggagaccaacttgagctgaagggaactgaataagttgagttttaatggagtatcctaaactggtgtcactgtctatggctttttggaatgttgaggca 26128322  T
Q  403 ttggcatgtgtagtgatgatggtaacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtctaccatgggaatcatatggccagga 489  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| | ||| ||| ||||||||||||||    
T  26128321 ttagcatgtgtagtgatgatggtaacattaacaccatgcatggcaaatagtcttgctgtgtcaatcataggattcatatggccagga 26128235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 26179230 - 26178747
Alignment:
Q  1 caaggaatagtaaacttctgtgtatcagaaactaaatgatcatgaggtctatactttctaacaaaataacatgcacaattggagaagtagcttgagctgt 100  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||  | |  |||| |    |||||||||||||||||||||||||||    
T  26179230 caaggaattgtaaatttctgtgtatcagaaactaaattatcatttggtctatacttcatgatcaaatgagcaacacaattggagaagtagcttgagctgt 26179131  T
Q  101 aataataaagcctaggaatgcttagttttgcagctgattgcacagttcaaggaatcatcatatcagttactatacaatctggttgaagatcttgaagcat 200  Q
    |||||| ||  || ||||| | |||||||||||||| || ||| || || |||  |  ||||||||| || |||||||| |||||||||||||||| ||     
T  26179130 aataatgaattcttggaatacctagttttgcagctgcttccactgtccacggatacgacatatcagtgacaatacaatcaggttgaagatcttgaaacaa 26179031  T
Q  201 tacctcaataggatctctg-agcattaacattccatgactgattttaccaagcatttctgaggatgttccatctttaacatctttgacattttcaattcc 299  Q
     | |||||| |||| |||| ||||| |  ||| |  |  |||||||||| || |||||  | ||  |||||||||| |      ||   |||||||  ||    
T  26179030 aatctcaattggat-tctggagcataattattgcgcgggtgattttacctagtatttcaaatgaaattccatctttca------tg---ttttcaacacc 26178941  T
Q  300 atcaggaagaccaacttgggatgaagggaactgaataagctgagttttgatagagtatcctgaattgaagtcactgtctatagattcttggaatgttgaa 399  Q
    |||||| ||||| || || | |||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  26178940 atcagggagacctacctgagctgaagggaactgtataagatgagttttgatggagtatcctgaattgaagtcactgtctatagatttttggaatgttgaa 26178841  T
Q  400 gcgttggcatgtgtagtgatgatggtaacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtctaccatgggaatcatatggccaggagttg 493  Q
    || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||    
T  26178840 gcattggcatgtgtagcgatgatggtaacattaacaccatgcatggcgaatagtcttgctgtgtctatcataggaatcatatgaccaggagttg 26178747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 148; E-Value: 7e-78
Query Start/End: Original strand, 10 - 493
Target Start/End: Original strand, 19103556 - 19104030
Alignment:
Q  10 gtaaacttctgtgtatcagaaactaaatgatcatgaggtctatactttctaacaaaataacatgcacaattggagaagtagcttgagctgtaataataaa 109  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||  | | |||||   |  |||| |||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  19103556 gtaaatttctgcgtatcagaaactaaattattatgaggtctatacttcatgataaaatggaaaacacagttggagaagtagcttgagctgtaatagtgaa 19103655  T
Q  110 gcctaggaatgcttagttttgcagctgattgcacagttcaaggaatcatcatatcagttactatacaatctggttgaagatcttgaagcattacctcaat 209  Q
      || ||||| | |||||||||||||| ||  || || |||| |  ||||  |||||| ||||||||||||||| ||||||| |||| ||    ||| ||    
T  19103656 ttcttggaatacctagttttgcagctgcttcgacggtccaagcatacatctgatcagtaactatacaatctggtcgaagatcgtgaaacagattctcgat 19103755  T
Q  210 aggatctctgagcattaacattccatgactgattttaccaagcatttctgaggatgttccatctttaacatctttgacattttcaattccatcaggaaga 309  Q
    |||||||  |||||| || ||||||   ||||||||||||||||||||    || |||||||||||         ||  |||||||  ||||| ||||||    
T  19103756 aggatcttggagcatcaatattccactgctgattttaccaagcatttcaagtgaagttccatcttt---------gatgttttcaacaccatctggaaga 19103846  T
Q  310 ccaacttgggatgaagggaactgaataagctgagttttgatagagtatcctgaattgaagtcactgtctatagattcttggaatgttgaagcgttggcat 409  Q
    |||||||| | |||||||||  ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||| |||||||    
T  19103847 ccaacttgagctgaagggaagggaataagttgagttttgatggagtatcctgaattgaagtcactgtctatggatttttggaatgtggaagcattggcat 19103946  T
Q  410 gtgtagtgatgatggtaacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtctaccatgggaatcatatggccaggagttg 493  Q
    | ||||  ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||    
T  19103947 gagtagcaatgattgtaacattaacaccatgtttggcaaatagtcttgctgtgtctatcataggaatcatatggcctggagttg 19104030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 486
Target Start/End: Complemental strand, 26242544 - 26242068
Alignment:
Q  1 caaggaatagtaaacttctgtgtatcagaaactaaatgatcatgaggtctatactttctaacaaaataacatgcacaattggagaagtagcttgagctgt 100  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| || ||| ||| |||| |||||||||||||||  | |||| | |||||||||||||||||||     
T  26242544 caaggaattgtaaatttctgtgtatcagaaactaaattataatggggtttatattttctaacaaaataaattccacagtcggagaagtagcttgagctgc 26242445  T
Q  101 aataataaagcctaggaatgcttagttttgcagctgattgcacagttcaaggaatcatcatatcagttactatacaatctggttgaagatcttgaagcat 200  Q
    || | | || ||| |||||  |||||||||||||||||| |||||| ||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||     
T  26242444 aaaagtgaatccttggaatatttagttttgcagctgattccacagtccaaggatacatcatatcagtgactatacaatctggttgaagatctttaaacag 26242345  T
Q  201 tacctcaataggatctctgagcattaacattccatgactgattttaccaagcatttctgaggatgttccatctttaacatctttgacattttcaattcca 300  Q
     || |||| || |||| |||||||  | | |||| || ||| ||||| ||||||||||   || ||  |||| ||  |||        |||||||| ||     
T  26242344 aacttcaaaagaatctttgagcatccatactccacgagtgactttactaagcatttctcgtgaagtggcatcgtt--cat-------gttttcaatacct 26242254  T
Q  301 tcaggaagaccaacttgggatgaagggaactgaataagctgagttttgatagagtatcctgaattgaagtcactgtctatagattcttggaatgttgaag 400  Q
    ||||| ||||||||||| |  ||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||| || |||  ||||| ||||| |||| ||||||  ||||||    
T  26242253 tcagggagaccaacttgagcagaagggaactgaagaagttgagttttgatggagtatcctaaactgacatcactatctatggatttttggaaccttgaag 26242154  T
Q  401 cgttggcatgtgtagtgatgatggtaacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtctaccatgggaatcatatggcca 486  Q
    | ||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| ||  |||||||||||    
T  26242153 cattggcatgtgtaagtatgatggtaacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgcagtgtcaatcatagggttcatatggcca 26242068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 73 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 26301886 - 26301475
Alignment:
Q  73 gcacaattggagaagtagcttgagctgtaataataaagcctaggaatgcttagttttgcagctgattgcacagttcaaggaatcatcatatcagttacta 172  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| | || | ||| |||||| | ||||||| ||||||||  || || ||||||  || |||||| || ||||    
T  26301886 gcacagttggagaagtagcttgagctgtaaaagtacatcctcggaatgttcagttttgaagctgattcaactgtccaaggatacagcatatcggtgacta 26301787  T
Q  173 tacaatctggttgaagatcttgaagcattacctcaataggatctctgagcattaacattccatgactgattttaccaagcatttctgaggatgttccatc 272  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||  ||||| || | ||||  ||||||    || | | | |||||||||||||| |||||    || ||||||||    
T  26301786 tacaatctggttgaagttcttgaaacaaaacctcgattgaatcttggagcatcggtatccgacggctgattttaccaagtatttcaagtgaagttccatc 26301687  T
Q  273 tttaacatctttgacattttcaattccatcaggaagaccaacttgggatgaagggaactgaataagctgagttttgatagagtatcctgaattgaagtca 372  Q
     ||         ||  |||||||  |||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  26301686 att---------gaagttttcaacaccatcagggagaccaacttgagctgaagggaactgaataagttgagttttaatagggtatcctgaattgaagtca 26301596  T
Q  373 ctgtctatagattcttggaatgttgaagcgttggcatgtgtagtgatgatggtaacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtctaccatgg 472  Q
      ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||| |    
T  26301595 tcgtctatagatttttggaatgttgaagcattggcatgtgtagtgatgatggtaacattaacaccatgtttggcaaatagtcttgctgtgtctatcatag 26301496  T
Q  473 gaatcatatggccaggagttg 493  Q
    || ||||||| ||||||||||    
T  26301495 gattcatatgaccaggagttg 26301475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 26250992 - 26250538
Alignment:
Q  1 caaggaatagtaaacttctgtgtatcagaaactaaatgatcatgaggtctatactttctaacaaaataacatgcacaattggagaagtagcttgagctgt 100  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| || ||| ||| |||| |||||||||||||||  |||||| | |||||||||||||||||||     
T  26250992 caaggaattgtaaatttctgtgtatcagaaactaaattataatggggtttatattttctaacaaaataaattgcacattcggagaagtagcttgagctgc 26250893  T
Q  101 aataataaagcctaggaatgcttagttttgcagctgattgcacagttcaaggaatcatcatatcagttactatacaatctggttgaagatcttgaagcat 200  Q
    || | |||| ||| |||||| ||||||||||||||||||  ||||| ||||||  | ||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||  |     
T  26250892 aaaagtaaatccttggaatgtttagttttgcagctgattctacagtccaaggatacttcatatctgtcactatacaatctggttgaagttcttgaaataa 26250793  T
Q  201 tacctcaataggatctctgagcattaacattccatgactgattttaccaagcatttctgaggatgttccatctttaacatctttgacattttcaattcca 300  Q
     || ||||||| ||||||||||||  | | |||| || ||| ||||| |||||||||   ||| |         || |||| ||    |||||||  ||     
T  26250792 aacttcaatagaatctctgagcatccatactccacgagtgactttactaagcatttcacgggaag---------tagcatcgttcgagttttcaacaccg 26250702  T
Q  301 tcaggaagaccaacttgggatgaagggaactgaataagctgagttttgatagagtatcctgaattgaagtcactgtctatagattcttggaatgttgaag 400  Q
    ||||| ||||||||||| | |||||| ||||||| ||| ||||||||||| ||||||||| || ||| |||||| ||||| |||| ||||||  ||||||    
T  26250701 tcaggtagaccaacttgagctgaaggaaactgaagaagttgagttttgatggagtatcctaaactgatgtcactatctatggatttttggaaccttgaag 26250602  T
Q  401 cgttggcatgtgtagtgatgatggtaacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtc 464  Q
    | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||    
T  26250601 cattagcatgtgtagtgatgatggtaacattaacaccatgtttagcaaatagtcttgcagtgtc 26250538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 278 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 26082609 - 26082394
Alignment:
Q  278 catctttgacattttcaattccatcaggaagaccaacttgggatgaagggaactgaataagctgagttttgatagagtatcctgaattgaagtcactgtc 377  Q
    |||||||||  |||||||  |||||||| ||||| || || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  26082609 catctttgaggttttcaacaccatcagggagacctacctgagatgacgggaactgaataagctgagttttgatggagtatcctgaattgaagtcactgtc 26082510  T
Q  378 tatagattcttggaatgttgaagcgttggcatgtgtagtgatgatggtaacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtctaccatgggaatc 477  Q
     || | || ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||| ||| ||| ||    
T  26082509 aatggctttttgaaatgttgaagcattggcatgtgtagtgatgatggtaacattaacaccatgcatggcaaatagtcttgctgtggctatcattggattc 26082410  T
Q  478 atatggccaggagttg 493  Q
    ||||||||||||||||    
T  26082409 atatggccaggagttg 26082394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 278 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 26106396 - 26106181
Alignment:
Q  278 catctttgacattttcaattccatcaggaagaccaacttgggatgaagggaactgaataagctgagttttgatagagtatcctgaattgaagtcactgtc 377  Q
    |||||||||  |||||||  |||||||| ||||| || || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  26106396 catctttgaggttttcaacaccatcagggagacctacctgagatgacgggaactgaataagctgagttttgatggagtatcctgaattgaagtcactgtc 26106297  T
Q  378 tatagattcttggaatgttgaagcgttggcatgtgtagtgatgatggtaacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtctaccatgggaatc 477  Q
     || | || ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||| ||| ||| ||    
T  26106296 aatggctttttgaaatgttgaagcattggcatgtgtagtgatgatggtaacattaacaccatgcatggcaaatagtcttgctgtggctatcattggattc 26106197  T
Q  478 atatggccaggagttg 493  Q
    ||||||||||||||||    
T  26106196 atatggccaggagttg 26106181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 26297592 - 26297400
Alignment:
Q  1 caaggaatagtaaacttctgtgtatcagaaactaaatgatcatgaggtctatactttctaacaaaataacatgcacaattggagaagtagcttgagctgt 100  Q
    |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||| || ||| ||| |||| |||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  26297592 caaggaattgtaaatttctgtgtttcagaaactaaattataatggggtttatattttctaacaaaataaattgcacaataggagaagtagcttgagctgt 26297493  T
Q  101 aataataaagcctaggaatgcttagttttgcagctgattgcacagttcaaggaatcatcatatcagttactatacaatctggttgaagatctt 193  Q
    || | | || ||| |||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||     ||||||| || |||||||||||||||||||| ||||    
T  26297492 aaaagtcaatccttggaatgtttagttttgcagctgattccacagtccaagggtatttcatatctgtcactatacaatctggttgaagttctt 26297400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 81; E-Value: 7e-38
Query Start/End: Original strand, 324 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 26297278 - 26297138
Alignment:
Q  324 agggaactgaataagctgagttttgatagagtatcctgaattgaagtcactgtctatagattcttggaatgttgaagcgttggcatgtgtagtgatgatg 423  Q
    ||||||||||| ||| | ||||||||| ||||||||| || ||| |||||| ||||| |||| ||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  26297278 agggaactgaagaagtttagttttgatggagtatcctaaactgatgtcactatctatggatttttggaaccttgaagcattggcatgtgtagtgatgatg 26297179  T
Q  424 gtaacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtc 464  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26297178 gttacatcaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtc 26297138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 409 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 26207183 - 26207099
Alignment:
Q  409 tgtgtagtgatgatggtaacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtctaccatgggaatcatatggccaggagttg 493  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||  ||||||||||||||||||    
T  26207183 tgtgtagtgatgatggtaacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtcaatcatagggttcatatggccaggagttg 26207099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 403 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 26259653 - 26259564
Alignment:
Q  403 ttggcatgtgtagtgatgatggtaacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtctaccatgggaatcatatggccaggagtt 492  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||  |||||||||||||||||    
T  26259653 ttggcatgtgtagtgataatggtaacattaataccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtcaatcatagggttcatatggccaggagtt 26259564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 3 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 26087926 - 26087753
Alignment:
Q  3 aggaatagtaaacttctgtgtatcagaaactaaatgatcatgaggtctatactttctaacaaaataacatgcacaattggagaagtagcttgagctgtaa 102  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||  | | |||||    |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  26087926 aggaacagtaaatttctgtgtatcagaaaccaaattatcatgaggtctatacttcatgataaaatgttctgcacagttggagaagtagcttgagctgtaa 26087827  T
Q  103 taataaagcctaggaatgcttagttttgcagctgattgcacagttcaaggaatcatcatatcagttactataca 176  Q
    || | ||  || ||||| | |||||||||||||| ||  || || ||||||| ||||||||  || ||||||||    
T  26087826 tagtgaattcttggaatacctagttttgcagctgcttcgaccgtccaaggaaacatcatatttgtcactataca 26087753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 3 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 26111714 - 26111541
Alignment:
Q  3 aggaatagtaaacttctgtgtatcagaaactaaatgatcatgaggtctatactttctaacaaaataacatgcacaattggagaagtagcttgagctgtaa 102  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||  | | |||||    |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  26111714 aggaacagtaaatttctgtgtatcagaaaccaaattatcatgaggtctatacttcatgataaaatgttctgcacagttggagaagtagcttgagctgtaa 26111615  T
Q  103 taataaagcctaggaatgcttagttttgcagctgattgcacagttcaaggaatcatcatatcagttactataca 176  Q
    || | ||  || ||||| | |||||||||||||| ||  || || ||||||| ||||||||  || ||||||||    
T  26111614 tagtgaattcttggaatacctagttttgcagctgcttcgaccgtccaaggaaacatcatatttgtcactataca 26111541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 72 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 26227046 - 26226927
Alignment:
Q  72 tgcacaattggagaagtagcttgagctgtaataataaagcctaggaatgcttagttttgcagctgattgcacagttcaaggaatcatcatatcagttact 171  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   ||||||||||||||||||| || |||||||  | |||||| |  |||    
T  26227046 tgcacaacttgagaagtagcttgagctgtaatagtaaagcctaggaatgccgcgttttgcagctgattgcactgtccaaggaaataacatatctgagact 26226947  T
Q  172 atacaatctggttgaagatc 191  Q
    ||||||||| |||| |||||    
T  26226946 atacaatcttgttggagatc 26226927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 421 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 26185008 - 26184936
Alignment:
Q  421 atggtaacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtctaccatgggaatcatatggccaggagttg 493  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  26185008 atggtgacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgatgtggctatcatgggattcatatggccaggagttg 26184936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 409 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 26226718 - 26226635
Alignment:
Q  409 tgtgtagtgatgatggtaacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtctaccatgggaatcatatggccaggagtt 492  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||| ||  ||||||| |||||||||    
T  26226718 tgtgtagtgatgatggtaacatcaacaccatgctttgcaaatagccttgctgtgtcaatcatagggttcatatgaccaggagtt 26226635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 289 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 26240155 - 26240031
Alignment:
Q  289 ttttcaattccatcaggaagaccaacttgggatgaagggaactgaataagctgagttttgatagagtatcctgaattgaagtcactgtctatagattctt 388  Q
    |||||||  |||||||| ||||||||||  | ||||||||| |||| ||| || ||||| |||| |||| |||||||||||||||| ||||| | || ||    
T  26240155 ttttcaacaccatcagggagaccaacttaagttgaagggaattgaagaagttgggttttaatagggtatgctgaattgaagtcactctctatggcttttt 26240056  T
Q  389 ggaatgttgaagcgttggcatgtgt 413  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||    
T  26240055 ggaatgttgaagcattgacatgtgt 26240031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 72 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 26207511 - 26207392
Alignment:
Q  72 tgcacaattggagaagtagcttgagctgtaataataaagcctaggaatgcttagttttgcagctgattgcacagttcaaggaatcatcatatcagttact 171  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||  |||||||||||||||| ||| || || |||   | |||||| |  |||    
T  26207511 tgcacaacttgagaagtagcttgagctgtaatagtaaagccttggaatgccgagttttgcagctgattccactgtccatggatataacatatctgagact 26207412  T
Q  172 atacaatctggttgaagatc 191  Q
    |||||||||||||| |||||    
T  26207411 atacaatctggttggagatc 26207392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 85 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 26259962 - 26259772
Alignment:
Q  85 aagtagcttgagctgtaataataaagcctaggaatgcttagttttgcagctgattgcacagttcaaggaatcatcatatcagttactatacaatctggtt 184  Q
    |||||||||||||||||||| || | ||| ||||  |  ||||| || |||||||  || || ||||||   | ||||||||  ||||| ||||| ||||    
T  26259962 aagtagcttgagctgtaatagtagatccttggaacaccgagtttcgctgctgattcaactgtccaaggatagaacatatcagagactatgcaatcaggtt 26259863  T
Q  185 gaagatcttgaagcattacctcaataggatctctgagcattaacattccatgactgattttaccaagcatttctgaggatgttccatcttt 275  Q
    |||||||||||| ||  |  |||||  |||||   |||| | | |||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  26259862 gaagatcttgaaacagaatttcaatttgatcttgaagcaatgaaattccatgaccgattttaccaagcatttctaaggaagttccatcttt 26259772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University