View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1731-Insertion-6 (Length: 924)

Name: NF1731-Insertion-6
Description: NF1731
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1731-Insertion-6
NF1731-Insertion-6
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (500-924)||(26711596-26712020)
chr2 (176-500)||(26711984-26712302)
chr2 (709-924)||(26715514-26715729)
chr2 (10-100)||(26712378-26712468)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 385; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 500 - 924
Target Start/End: Complemental strand, 26712020 - 26711596
Alignment:
Q  500 atattttgtattcttgccaagtaaatgttctttctgaggttgattaagaggcctccatctagacctcaatatttattattaatatgaagattagagaaga 599  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  26712020 atattttgtattcttgccaagtaaatgttctttctgaggttgattaagaggcctccatctagacctcaatatttattattaataagaagattagaaaaga 26711921  T
Q  600 aataactgaaggagaaaaacattgtcaatgtcttcaatgattggttcaatgtttatgtcttttataatatttctcaacattttgctttcaaaaggaaagg 699  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26711920 aataactgaaggagaaaaacattgtcaatgtcttcaatgattggttcaatgtttatgtcttttataatatttctcaacattttgctttcaaaaggaaagg 26711821  T
Q  700 ttggacctaacccatatgttggtggagtcagtatgataattataaatggtgggtatgaaacaatttggccagttatctatacaaggtcagggccaaaagt 799  Q
     |  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  26711820 ctaaacctaacccatatgttggtggagtcagtatgctaattataaatggtgggtatgaaacaatttggccagctatctatacaaggtcagggccaaaagt 26711721  T
Q  800 gtttccatctgggatcaaattggaacctgaagaacaatatgatctcaaagtccctgattcatggtcaggaacaatatgggtaagaactggatgtagtgga 899  Q
    | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26711720 ggttccatctggtatcaaattggaacctgaagaacaatatgatctcaaagtccctgattcatggtcaggcacaatatgggtaagaactggatgtagtgga 26711621  T
Q  900 aaccctaatagtaactttcattgtg 924  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  26711620 aaccctaatagtaactttcattgtg 26711596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 176 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 26712302 - 26711984
Alignment:
Q  176 ccaggacatactaggtaggcttggcatgtagtatatcattagagagatgttgcttaatat--tgcatactatgtaagcatattatatatgacatattatg 273  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26712302 ccaggacatactaggtaggcttggcatgtagtat--cattagagagatgttgcttaatatattgcatactatgtaagcatattatatatgacatattatg 26712205  T
Q  274 tactatcttttattccattccatttattttgatttgtaaattatgtaattccttgggtgttatacctannnnnnngacagaaaccttgtgatttattact 373  Q
    |||||||||||||||     ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||    
T  26712204 tactatcttttattc-----catttatttcgatttgtaaattatgtaattccttgggtgttataccta-ttttttgacagaaaccttgtgatttattact 26712111  T
Q  374 cgattaataaaaatttattgaaaacattatgttatggcatttaacttccttttattttgttagagacttgatagggtcaannnnnnngccatattttgta 473  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||       |||||||||||||    
T  26712110 cgattggtaaaaatttattgaaaacattatgttatggcatttaactttcttttattttgttagagacttgatatggtcaatttttttgccatattttgta 26712011  T
Q  474 ttcttgccacgtatactttctttctga 500  Q
    ||||||||| ||| |  ||||||||||    
T  26712010 ttcttgccaagtaaatgttctttctga 26711984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 709 - 924
Target Start/End: Complemental strand, 26715729 - 26715514
Alignment:
Q  709 acccatatgttggtggagtcagtatgataattataaatggtgggtatgaaacaatttggccagttatctatacaaggtcagggccaaaagtgtttccatc 808  Q
    |||||||||  |||||||| |||||| |||||| ||||||||| |||| |||||||||||||| ||| |||||   | ||| ||||| |||| |||||||    
T  26715729 acccatatgccggtggagtaagtatgttaattacaaatggtggttatggaacaatttggccagctatatataccgagacagagccaagagtgattccatc 26715630  T
Q  809 tgggatcaaattggaacctgaagaacaatatgatctcaaagtccctgattcatggtcaggaacaatatgggtaagaactggatgtagtggaaaccctaat 908  Q
    ||  ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  26715629 tgttatcaaattggaatatgaagaacaatatgatctcaaagtccctgattcatggtcgggaacaatatgggtaagaaccggatgtagtggaaaccctaac 26715530  T
Q  909 agtaactttcattgtg 924  Q
    |||| |||||||||||    
T  26715529 agtagctttcattgtg 26715514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 10 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 26712468 - 26712378
Alignment:
Q  10 tttaacttgattggtatattatgtgattctttgaactaaattgattggtaagactttcttaatatttctagaaggcatatagtataacacc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  26712468 tttaacttgattggtatattatgtgattctttgaactaaattgattggtaaaactttcttaatatttctagaaggcatataatataacacc 26712378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University