View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17314_low_1 (Length: 900)

Name: NF17314_low_1
Description: NF17314
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17314_low_1
NF17314_low_1
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (18-885)||(53561682-53562557)
chr4 (459-761)||(38185268-38185570)
chr4 (445-761)||(34821223-34821540)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (447-761)||(4903679-4903993)
chr8 (459-739)||(1557167-1557447)
chr8 (148-214)||(4903369-4903435)
chr8 (149-218)||(1556846-1556915)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (447-761)||(22153564-22153878)
chr7 (447-761)||(22209479-22209793)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 756; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 756; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 885
Target Start/End: Original strand, 53561682 - 53562557
Alignment:
Q  18 agtggcagggtgggaggtaattgggattttagttggagaagggatctttt-gtgtgggaggaggatcttgttgatgcaatgttggaggatttgaatggtt 116  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53561682 agtggcggggtgggaggtaattgggattttagttggagaagggatctttttgtgtgggaggaggatcttgttgatgcaatgttggaggatttgaatggtt 53561781  T
Q  117 ttgtgttttcggatgttgaagacgattggcgttggagtttggaagaggacggtactttttcggttaaatctatgtattccaaattggaaacattgatggt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53561782 ttgtgttttcggatgttgaagacgattggcgttggagtttggaagaggacggtactttttcggttaaatctatgtattccaaattggaaacattgatggt 53561881  T
Q  217 gagggaagagagccttcatgaactagagaggagggtgtttaagcatatttggaagagtccggcgc-gaccaaggtcgttgtcttctcgtggaaactcctc 315  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53561882 gagggaagagagccttgatgaactagagaggagggtgtttaagcatatttggaagagtccggcgccgtccaaggtcgttgtcttctcgtggaaactcctc 53561981  T
Q  316 tatgatagaattcctacaaagattaatctagctattaggaattgtttcccgccggatacatcttatgagtg----------aataacgcggctgaagatg 405  Q
     |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||          |||||| ||||||||||||    
T  53561982 catgatagaattcctacgaagattaatctagctattaggaattgtttcccaccggatacatcttatgagtgtgtgtggtgtaataacacggctgaagatg 53562081  T
Q  406 ctactcatttatttcttcattgtgaaggggtgaaggtggtttggtgtaagatcatggaatggttggactttaattttataattccaccgaatctttttat 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53562082 ctactcatttatttcttcattgtgaaggggtgaaggtggtttggtgtaagatcatggaatggttggactttaattttataattccaccgaatctttttat 53562181  T
Q  506 tttgtgggaatgttggaatggagatgttttaaataataagatccgtaaaggtgttggaattatttggcatgctgttatttggagtatatggaaagcgagg 605  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53562182 tttgtgggaatgttggaatggagctgttttaaataataagacccgtaaaggtgttagaattatttggcatgctgttatttggagtatatggaaagcgagg 53562281  T
Q  606 aacgacagaattttcaataatgctgttattgaggttgaggatctgttggaatctgtcaaggttttgtcttggaggtggagtttgggaagattaaagttgc 705  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53562282 aacgacagaattttcaataatgctgttattgaggttgaggatctgttg----cagtcaaggttttgtcttggaggtggagtttgggaagattaaagttgc 53562377  T
Q  706 cggcgtttttgttctacgagtggacgtggaatcccaaggactgtttgatgcggtgaggttgttttgtttgggagagctgctgctgcgtggtgtctggctg 805  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53562378 cggcgtttttgttctacgagtggaagtggaatcccaaggactgtttgatgcggtgaggttgttttgtttgggagagctgctgctgcgtggtgtctggctg 53562477  T
Q  806 tgttcattgaggttgtgcagttctgttgtggtgctgctggtttttctgtttgcagcagctcttatgctttctgtgctgct 885  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  53562478 tgttcattgaggctgtgcagttctgttgtggtgctgctggtttttctgtttgcagcagctcttatgctttctgtgttgct 53562557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 459 - 761
Target Start/End: Complemental strand, 38185570 - 38185268
Alignment:
Q  459 atggaatggttggactttaattttataattccaccgaatctttttattttgtgggaatgttggaatggagatgttttaaataataagatccgtaaaggtg 558  Q
    ||||| ||| |||| || ||||||||||||||||||||||| |||||   |||||||||||||||| |||  ||||  ||||| |||||  |||| || |    
T  38185570 atggagtggctggaattcaattttataattccaccgaatctgtttatcacgtgggaatgttggaattgagcggtttataataaaaagatttgtaagggag 38185471  T
Q  559 ttggaattatttggcatgctgttatttggagtatatggaaagcgaggaacgacagaattttcaataatgctgttattgaggttgaggatctgttggaatc 658  Q
    |  |  ||||||||||||| |  |||||||| ||||||||||| ||||| || | || ||| |||||||| ||  | ||   |||||   || |||||||    
T  38185470 tgaggcttatttggcatgccgccatttggagcatatggaaagctaggaatgatataacttttaataatgcagtgttggattgtgaggcattgctggaatc 38185371  T
Q  659 tgtcaaggttttgtcttggaggtggagtttgggaagattaaagttgccggcgtttttgttctacgagtggacgtggaatcccaaggactgtttgatgcgg 758  Q
    | | ||||| ||| | ||||||||| |||| || ||| |||| |||||||| | |||||| ||||||||||  |||||||| ||||| || ||| |||||    
T  38185370 tattaaggtgttggcctggaggtggtgttttggtagaataaacttgccggcatgtttgttttacgagtggaattggaatccgaaggaatgcttgttgcgg 38185271  T
Q  759 tga 761  Q
    |||    
T  38185270 tga 38185268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 445 - 761
Target Start/End: Complemental strand, 34821540 - 34821223
Alignment:
Q  445 tttggtgtaagatcatggaatggttggactttaattttataattccaccgaatctttttattttgtgggaatgttggaatggagatgttttaaataataa 544  Q
    ||||| ||||| ||||||| ||||| ||| ||||| ||||||| || |||||| | |||||  ||||| | ||||||||||| |  |||   ||||| ||    
T  34821540 tttggagtaagctcatggagtggttagacattaatattataatccctccgaatttgtttatcatgtggaattgttggaatggtgcggttcacaataaaaa 34821441  T
Q  545 gatccgtaaaggtgttggaattatttggcatgctgttatttggagtatatggaaagcgaggaacgacagaattttcaataatgctgttattgaggttgag 644  Q
    ||| ||||| || ||  |  |||||||||| || |  |||||||| ||||||||||||||||| || |  ||||| || ||||||||| | ||  |||||    
T  34821440 gattcgtaagggagtgaggcttatttggcacgccgcgatttggagcatatggaaagcgaggaatgatattatttttaacaatgctgttttagattttgag 34821341  T
Q  645 gatctgttggaatctgtcaaggttttgtcttggaggtggagtttgggaagattaaagttgccggcgtttttgttctacgagtggacgtggaatcccaagg 744  Q
    |  |||||||||||  | ||||||||||  ||||||||| |||| ||  ||||  |  ||||| | | |||||| ||||| ||||  |||||||| ||||    
T  34821340 gcactgttggaatcaataaaggttttgtggtggaggtggtgtttaggtcgattggatgtgccgtcttgtttgttttacgaatggagctggaatccaaagg 34821241  T
Q  745 a-ctgtttgatgcggtga 761  Q
    |  |||||||||||||||    
T  34821240 atttgtttgatgcggtga 34821223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 83; Significance: 8e-39; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 447 - 761
Target Start/End: Original strand, 4903679 - 4903993
Alignment:
Q  447 tggtgtaagatcatggaatggttggactttaattttataattccaccgaatctttttattttgtgggaatgttggaatggagatgttttaaataataaga 546  Q
    ||||||||| | ||||| |||||||| ||||||||| ||||||| || ||||| |||||| ||||| ||||||||||||| ||  |||| || || |||     
T  4903679 tggtgtaagcttatggagtggttggaatttaattttttaattcctcctaatctgtttattatgtggcaatgttggaatggtgagtttttgaacaaaaagc 4903778  T
Q  547 tccgtaaaggtgttggaattatttggcatgctgttatttggagtatatggaaagcgaggaacgacagaattttcaataatgctgttattgaggttgagga 646  Q
    | || |  |||| | || | |||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||| |  || || |||||    
T  4903779 tgcgcaggggtggtagattaatttggcatgctgcaatttggagtatttggaaagcgaggaatgacagaattttcaacaatgttgtgacagatgtggagga 4903878  T
Q  647 tctgttggaatctgtcaaggttttgtcttggaggtggagtttgggaagattaaagttgccggcgtttttgttctacgagtggacgtggaatcccaaggac 746  Q
     |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||  |||||| || || || | |   ||||||||||| || |||||||  |||||||  |||||     
T  4903879 gctgttggaatctgttaaggtgttgtcttggagatggtttttgggtaggttgaattcgtacgcgtttttgttttatgagtggaattggaatctgaaggat 4903978  T
Q  747 tgtttgatgcggtga 761  Q
    |||||| ||||||||    
T  4903979 tgtttgttgcggtga 4903993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 459 - 739
Target Start/End: Original strand, 1557167 - 1557447
Alignment:
Q  459 atggaatggttggactttaattttataattccaccgaatctttttattttgtgggaatgttggaatggagatgttttaaataataagatccgtaaaggtg 558  Q
    ||||| ||| |||||||||||||| |||| || || ||||| |||||| ||||||||||||||| ||||| |||| | ||||| ||||| || || ||||    
T  1557167 atggactggctggactttaattttttaatccccccaaatctgtttattatgtgggaatgttggattggagctgttgtcaataaaaagattcggaagggtg 1557266  T
Q  559 ttggaattatttggcatgctgttatttggagtatatggaaagcgaggaacgacagaattttcaataatgctgttattgaggttgaggatctgttggaatc 658  Q
    |  |  |||||||||||||    |||||||  || |||||||| ||||| ||||   | |||||||||||   | | ||  |||| | ||| ||||||||    
T  1557267 tgaggcttatttggcatgccaccatttggaacatttggaaagcaaggaatgacattgtgttcaataatgcgactttagaccttgaagctctcttggaatc 1557366  T
Q  659 tgtcaaggttttgtcttggaggtggagtttgggaagattaaagttgccggcgtttttgttctacgagtggacgtggaatcc 739  Q
      | ||||| ||||| ||||||||| ||||||| ||||| |  ||||| || | |||||| ||||| ||||  ||||||||    
T  1557367 aattaaggtattgtcgtggaggtggtgtttgggtagattgagcttgccagcttgtttgttttacgaatggaattggaatcc 1557447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 148 - 214
Target Start/End: Original strand, 4903369 - 4903435
Alignment:
Q  148 ttggagtttggaagaggacggtactttttcggttaaatctatgtattccaaattggaaacattgatg 214  Q
    |||||| ||||| ||||| ||| |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  4903369 ttggaggttggatgaggaaggtgctttttcggtaaaatcaatgtattctaaattggaaacattgatg 4903435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 149 - 218
Target Start/End: Original strand, 1556846 - 1556915
Alignment:
Q  149 tggagtttggaagaggacggtactttttcggttaaatctatgtattccaaattggaaacattgatggtga 218  Q
    ||||| ||||| ||||||||  |||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||  ||||||||    
T  1556846 tggaggttggaggaggacggagctttctcggtcaaatcaatgtattcaaaattggaaacaaggatggtga 1556915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 51; Significance: 9e-20; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 447 - 761
Target Start/End: Complemental strand, 22153878 - 22153564
Alignment:
Q  447 tggtgtaagatcatggaatggttggactttaattttataattccaccgaatctttttattttgtgggaatgttggaatggagatgttttaaataataaga 546  Q
    ||||||||| | ||||| |||||||| ||||||||| |||| || |  ||||| |||||| || |||||||||||||||| ||  |||| || || |||     
T  22153878 tggtgtaagcttatggagtggttggaatttaattttttaatccctcttaatctgtttattatgcgggaatgttggaatggtgagtttttgaacaaaaagc 22153779  T
Q  547 tccgtaaaggtgttggaattatttggcatgctgttatttggagtatatggaaagcgaggaacgacagaattttcaataatgctgttattgaggttgagga 646  Q
    | ||    |||| | || | ||||||||||| |  ||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||| |||  ||| |  || || ||| |    
T  22153778 tgcgctggggtggtagattaatttggcatgccgcaatttggagtatttggaaagcgaggaatgacataattttcaacaatattgtgacagatgtggagaa 22153679  T
Q  647 tctgttggaatctgtcaaggttttgtcttggaggtggagtttgggaagattaaagttgccggcgtttttgttctacgagtggacgtggaatcccaaggac 746  Q
     |||||||||||| | ||||| ||||||||||||||   |||||| || || || | ||  |||| |||||| || |||||||  |||||||| ||||      
T  22153678 gctgttggaatcttttaaggtgttgtcttggaggtgatttttgggtaggttgaattcgcacgcgtgtttgttttatgagtggaattggaatccgaaggtt 22153579  T
Q  747 tgtttgatgcggtga 761  Q
    |||||| ||||||||    
T  22153578 tgtttgttgcggtga 22153564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 447 - 761
Target Start/End: Complemental strand, 22209793 - 22209479
Alignment:
Q  447 tggtgtaagatcatggaatggttggactttaattttataattccaccgaatctttttattttgtgggaatgttggaatggagatgttttaaataataaga 546  Q
    ||||||||| | ||||| |||||||| ||||||||| |||| || |  ||||| |||||| || |||||||||||||||| ||  |||| || || |||     
T  22209793 tggtgtaagcttatggagtggttggaatttaattttttaatccctcttaatctgtttattatgcgggaatgttggaatggtgagtttttgaacaaaaagc 22209694  T
Q  547 tccgtaaaggtgttggaattatttggcatgctgttatttggagtatatggaaagcgaggaacgacagaattttcaataatgctgttattgaggttgagga 646  Q
    | ||    |||| | || | ||||||||||| |  ||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||| |||  ||| |  || || ||| |    
T  22209693 tgcgctggggtggtagattaatttggcatgccgcaatttggagtatttggaaagcgaggaatgacataattttcaacaatattgtgacagatgtggagaa 22209594  T
Q  647 tctgttggaatctgtcaaggttttgtcttggaggtggagtttgggaagattaaagttgccggcgtttttgttctacgagtggacgtggaatcccaaggac 746  Q
     |||||||||||| | ||||| ||||||||||||||   |||||| || || || | ||  |||| |||||| || |||||||  |||||||| ||||      
T  22209593 gctgttggaatcttttaaggtgttgtcttggaggtgatttttgggtaggttgaattcgcacgcgtgtttgttttatgagtggaattggaatccgaaggtt 22209494  T
Q  747 tgtttgatgcggtga 761  Q
    |||||| ||||||||    
T  22209493 tgtttgttgcggtga 22209479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University