View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17315_high_1 (Length: 767)

Name: NF17315_high_1
Description: NF17315
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17315_high_1
NF17315_high_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (12-751)||(3851771-3852506)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 649; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 649; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 751
Target Start/End: Original strand, 3851771 - 3852506
Alignment:
Q  12 gagcacagaaatggaattggaatatttcagtccttacaaacgtgaaaaaactgtttgatggtcggtcagtcaggtccacaaccaaatccccaacacacac 111  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  3851771 gagcacataaatggaattggaatatttcagtccttacaaacgtgaaaaaactgtttgatggtcggtcagtcaggtccacaaacaaatccccaacacagac 3851870  T
Q  112 atttttgcattgcaagtttgaaggcatctagtaagtgcttgtttggttacaagcttaaataaaatgaattataatatgaattttgatgtatgtgataata 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3851871 atttttgcattgcaagtttgaaggcatctagtaagtgcttgtttggttacaagcttaaataaaatgaattataatatgaattttgatgtatgtgataata 3851970  T
Q  212 tctttaggcttgtgacaaaggaagtatattgcttctagttggttagttactttgagaagagaagagaagccaaattaagtacaatgaagagaagccaaat 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3851971 tctttaggcttgtgacaaaggaagtatattgcttctagttggttagttactttgagaagagaagagaagccaaattaagtacaatgaagagaagccaaat 3852070  T
Q  312 taaatgccaccatacatcatcatactatacagttggtgaaaacatatatcataagttatgctactgataaagataatac-aatgcttttacctagctact 410  Q
    ||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  3852071 taaatgccaccata---catcatactatacagttggtgaaaacatatatcataagttatgctactgataaagataatacaaatgcttttacctagctact 3852167  T
Q  411 ttaaaac--nnnnnnnntaataatcatatactaactttacccaaatgtcataaagtaagaaaacaactactcaaatatatagtgatatccaattatccat 508  Q
    |||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3852168 ttaaaacaaaaaaaaaataataatcatatactaactttacccaaatgtcataaagtaagaaaacaactactcaaatatatagtgatatccaattatccat 3852267  T
Q  509 accacaccatcatcgtggtctggtctagcgcgatgtgtgtgagtgttgtaaactctaatgtaccgagttggattagtactcctaaaagaacttatagctt 608  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3852268 accacaccatcatcgtggtctggtctagcgcgatgtgtgtgagtgttgtaaactctaatgtaccaagttggattagtactcctaaaagaacttatagctt 3852367  T
Q  609 agttaggcatcgatcagaaagaacactaggatcatcttcttatgatgaaggtggcaagttgagatcgaaaaaacatagcttcttcttcttcttccaagat 708  Q
    ||||||||    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3852368 agttaggc----atcagaaagaacactaggatcaacttcttatgatgaaggtggcaagttgagatcgaaaaaacatagcttcttcttcttcttccaagat 3852463  T
Q  709 ggataaaggtgagattttttgtgaccacctaatgcttgataag 751  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3852464 ggataaaggtgagattttttgtgaccacctaatgcttgataag 3852506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University