View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17316_high_5 (Length: 411)

Name: NF17316_high_5
Description: NF17316
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17316_high_5
NF17316_high_5
[»] chr6 (39 HSPs)
chr6 (12-394)||(29826556-29826938)
chr6 (87-394)||(29843217-29843524)
chr6 (12-241)||(29845847-29846062)
chr6 (174-344)||(28140267-28140437)
chr6 (173-390)||(26937760-26937977)
chr6 (179-337)||(26724305-26724463)
chr6 (187-393)||(26975696-26975902)
chr6 (157-331)||(27705697-27705871)
chr6 (187-393)||(26950488-26950694)
chr6 (209-385)||(26636413-26636589)
chr6 (209-385)||(26742379-26742555)
chr6 (183-387)||(31285300-31285504)
chr6 (157-331)||(26803161-26803335)
chr6 (187-385)||(26849457-26849655)
chr6 (187-394)||(25074612-25074819)
chr6 (179-310)||(26618377-26618507)
chr6 (179-394)||(28243532-28243747)
chr6 (260-394)||(28296970-28297104)
chr6 (260-394)||(28514969-28515103)
chr6 (187-318)||(26812273-26812404)
chr6 (157-332)||(27697878-27698053)
chr6 (157-271)||(27604057-27604171)
chr6 (157-271)||(27610473-27610587)
chr6 (157-271)||(27717852-27717966)
chr6 (209-394)||(28235332-28235517)
chr6 (12-65)||(29843532-29843585)
chr6 (175-271)||(29477421-29477517)
chr6 (157-332)||(26623986-26624161)
chr6 (157-332)||(26729963-26730138)
chr6 (167-271)||(27676973-27677077)
chr6 (187-393)||(26959871-26960075)
chr6 (202-337)||(31289028-31289163)
chr6 (167-271)||(27592374-27592478)
chr6 (203-319)||(28097748-28097864)
chr6 (204-338)||(29522792-29522926)
chr6 (263-393)||(26892821-26892951)
chr6 (157-295)||(28793074-28793212)
chr6 (260-393)||(28181935-28182068)
chr6 (239-319)||(26824616-26824696)
[»] scaffold0237 (1 HSPs)
scaffold0237 (12-241)||(2052-2267)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (173-393)||(16691598-16691818)
chr5 (173-219)||(17790839-17790885)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (179-393)||(26136625-26136839)
chr1 (157-296)||(267668-267807)
chr1 (183-393)||(28126906-28127116)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (185-394)||(3280402-3280611)
chr2 (209-394)||(17992445-17992630)
[»] scaffold0019 (1 HSPs)
scaffold0019 (170-394)||(57524-57748)
[»] scaffold0038 (2 HSPs)
scaffold0038 (179-394)||(43694-43909)
scaffold0038 (209-394)||(35494-35679)
[»] scaffold0349 (1 HSPs)
scaffold0349 (157-271)||(2892-3006)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (168-324)||(29273138-29273294)
chr8 (203-333)||(31905812-31905942)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (183-271)||(18698749-18698837)
chr4 (183-271)||(18678909-18678997)
chr4 (183-295)||(18723410-18723522)
chr4 (183-271)||(18730853-18730941)
[»] scaffold0419 (1 HSPs)
scaffold0419 (157-271)||(8202-8316)
[»] scaffold0277 (2 HSPs)
scaffold0277 (157-271)||(13028-13142)
scaffold0277 (183-271)||(4065-4153)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 371; Significance: 0; HSPs: 39)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 371; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 394
Target Start/End: Original strand, 29826556 - 29826938
Alignment:
Q  12 atgaatatgaatacgagtttattgtgaagatagtcaatgaagtttccaacaagactgagcgtgtccctcttcatgttgcggattaccctgttggaatcga 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29826556 atgaatatgaatacgagtttattgtgaagatagtcaaagaagtttccaacaagactgagcgtgtccctcttcatgttgcggattaccctgttggaatcga 29826655  T
Q  112 atatcgattgctaaaagtaaagtcgtatcttttagatacaaaatttgatgatcgagtccagatggtggggatttatggaattggcggattgggtaaaaca 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29826656 atatcgattgctaaaagtaaagtcgtatcttttagatacaaaatttgacgatcgagtccagatggtggggatttatggaattggcggattgggtaaaaca 29826755  T
Q  212 acacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaatgcttgtgttttcttcatgacgtgagagaaagttcagctaaacatggcttagaac 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29826756 acacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaatgcttgtgttttcttcatgacttgagagaaagttcagctaaacatggcttagaac 29826855  T
Q  312 atctccaacagaagcttctttccaaaacagttgaattggacactaagctaggagatgttaacgaaggaattccaataataaag 394  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29826856 atctccaacagaagcttctttccaaaacagttgaattggacactaagctaggagatgttaacgaaggaattccaataataaag 29826938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 87 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 29843524 - 29843217
Alignment:
Q  87 ttgcggattaccctgttggaatcgaatatcgattgctaaaagtaaagtcgtatcttttagatacaaaatttgatgatcgagtccagatggtggggattta 186  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29843524 ttgcggattaccctgttggaaccgaatatcgattgctaaacgtaaagtcgtatctttttgatgcaaaatttgatgatcgagtccagatggtggggattta 29843425  T
Q  187 tggaattggcggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaatgcttgtgttttcttcatgacgtgagagaa 286  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||    
T  29843424 tggaattggtggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatttgattgctgataaatttgaatgtttgtgttttcttcacgacgggagagaa 29843325  T
Q  287 agttcagctaaacatggcttagaacatctccaacagaagcttctttccaaaacagttgaattggacactaagctaggagatgttaacgaaggaattccaa 386  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  29843324 agttcagctaaacatggcttagagcatctccaagagaagcttctttccaaaacagttgatttggacattaagctaggagatgttaatgaaggaattccaa 29843225  T
Q  387 taataaag 394  Q
    ||||||||    
T  29843224 taataaag 29843217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 143; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 12 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 29846062 - 29845847
Alignment:
Q  12 atgaatatgaatacgagtttattgtgaagatagtcaatgaagtttccaacaagactgagcgtgtccctcttcatgttgcggattaccctgttggaatcga 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||| | | |||              |||||||||||||||||||| |||    
T  29846062 atgaatatgaatacgagtttattgtgaagataatcaaagaagtttccaaaaagatttaccgt--------------tgcggattaccctgttggaaccga 29845977  T
Q  112 atatcgattgctaaaagtaaagtcgtatcttttagatacaaaatttgatgatcgagtccagatggtggggatttatggaattggcggattgggtaaaaca 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  29845976 atatcgattgctaaaagtaaagtcgtatcttttagatgcaaaatttgatgatcgagtccagatggtggggatttatggaattggtggattgggtaaaaca 29845877  T
Q  212 acacttgctcgagcaatttataatatgatt 241  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  29845876 acacttgctcgagcaatttataatttgatt 29845847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 174 - 344
Target Start/End: Original strand, 28140267 - 28140437
Alignment:
Q  174 tggtggggatttatggaattggcggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaatgcttgtgttttcttca 273  Q
    |||| ||||||||||| || || || | |||||||||||||||||| | ||||||||||||| | ||||  ||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  28140267 tggtcgggatttatgggatgggagggtcgggtaaaacaacacttgcacaagcaatttataattttattgccgatcaatttgaatgtttgtgttttcttca 28140366  T
Q  274 tgacgtgagagaaagttcagctaaacatggcttagaacatctccaacagaagcttctttccaaaacagttg 344  Q
    | | |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| | || || ||||| ||||||||||    
T  28140367 taatgtgagagaaatttcagctaaacatggcttagaagatctccaagaaaaactcctttctaaaacagttg 28140437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 173 - 390
Target Start/End: Original strand, 26937760 - 26937977
Alignment:
Q  173 atggtggggatttatggaattggcggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaatgcttgtgttttcttc 272  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||||||| | |||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| | |||||||||||||    
T  26937760 atggtagggatctatgggattggcggaattggtaaatcaacacttgcacgagcaatttataatttgattggtgatcaatttgaaagtttgtgttttcttc 26937859  T
Q  273 atgacgtgagagaaagttcagctaaacatggcttagaacatctccaacagaagcttctttccaaaacagttgaattggacactaagctaggagatgttaa 372  Q
    || | ||  |||||| | || |||||||||| ||| || | |||||  ||||||| |||||| ||||||||| | | | || |||  ||||| |||| |     
T  26937860 ataatgtacgagaaaatgcaactaaacatggtttacaaaacctccaggagaagctcctttccgaaacagttggacttgccattaaattaggacatgtcag 26937959  T
Q  373 cgaaggaattccaataat 390  Q
     |||||||||||||||||    
T  26937960 tgaaggaattccaataat 26937977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 179 - 337
Target Start/End: Original strand, 26724305 - 26724463
Alignment:
Q  179 gggatttatggaattggcggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaatgcttgtgttttcttcatgacg 278  Q
    ||||| ||||||| ||| |||||||||||||| |||||| |||||||| ||||| || |||||| |||| |||||||| | |||||||| |||||  | |    
T  26724305 gggatatatggaagtggaggattgggtaaaacgacacttactcgagcagtttatgatttgattgctgatcaatttgaagggttgtgtttccttcacaatg 26724404  T
Q  279 tgagagaaagttcagctaaacatggcttagaacatctccaacagaagcttctttccaaa 337  Q
    ||||||||| ||||  |||| ||||||||||| |||||||| ||||||| || ||||||    
T  26724405 tgagagaaaattcaattaaatatggcttagaatatctccaagagaagctcctctccaaa 26724463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 187 - 393
Target Start/End: Original strand, 26975696 - 26975902
Alignment:
Q  187 tggaattggcggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaatgcttgtgttttcttcatgacgtgagagaa 286  Q
    ||||| ||| ||| ||||||| ||||||||||||| |||| |||||||| |||||| | || ||||||||||    ||||| ||||| || |||||||||    
T  26975696 tggaactgggggaatgggtaagacaacacttgctcaagcagtttataatttgattgctaatcaatttgaatgtaactgtttccttcacgatgtgagagaa 26975795  T
Q  287 agttcagctaaacatggcttagaacatctccaacagaagcttctttccaaaacagttgaattggacactaagctaggagatgttaacgaaggaattccaa 386  Q
    | ||||| |||||||||||||||  |||||||| || | || || |||||| || | | ||| || |||||| | ||| ||||||| |||||||||||||    
T  26975796 aattcagttaaacatggcttagagtatctccaagagcaactcctctccaaatcaatcggatttgaaactaagtttggacatgttaatgaaggaattccaa 26975895  T
Q  387 taataaa 393  Q
    | |||||    
T  26975896 tcataaa 26975902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 157 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 27705871 - 27705697
Alignment:
Q  157 tgatgatcgagtccagatggtggggatttatggaattggcggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaa 256  Q
    ||||||| | ||||| ||||| || |||| ||| ||||| || ||||||||| ||||||||||  |||||||||||||| |  ||| |||| ||||||||    
T  27705871 tgatgatggggtccatatggttggaatttttggcattggaggcttgggtaaatcaacacttgcaagagcaatttataattttgttgctgatcaatttgaa 27705772  T
Q  257 tgcttgtgttttcttcatgacgtgagagaaagttcagctaaacatggcttagaacatctccaacagaagcttctt 331  Q
     | || |||||||||||||| |||||||| | ||||||| || ||| |||  ||||||||||| |||||||||||    
T  27705771 ggtttatgttttcttcatgatgtgagagagaattcagctcaaaatgacttgaaacatctccaagagaagcttctt 27705697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 187 - 393
Target Start/End: Original strand, 26950488 - 26950694
Alignment:
Q  187 tggaattggcggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaatgcttgtgttttcttcatgacgtgagagaa 286  Q
    ||||| ||| ||| |||| || ||||||||||||| |||| |||||||  |||||| | || |||||||||||   |||||||||||  | |||||||||    
T  26950488 tggaactgggggaatgggaaagacaacacttgctcaagcagtttataacttgattgctaatcaatttgaatgcaaatgttttcttcacaatgtgagagaa 26950587  T
Q  287 agttcagctaaacatggcttagaacatctccaacagaagcttctttccaaaacagttgaattggacactaagctaggagatgttaacgaaggaattccaa 386  Q
    | |||||  ||||||||||||||  |||||||| || |||| || |||||| || | | ||| || |||||| | ||| ||||||| |||||||||||||    
T  26950588 aattcagtaaaacatggcttagagtatctccaagagcagctcctctccaaatcaatcggatttgaaactaagtttggacatgttaatgaaggaattccaa 26950687  T
Q  387 taataaa 393  Q
    | |||||    
T  26950688 tcataaa 26950694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 209 - 385
Target Start/End: Original strand, 26636413 - 26636589
Alignment:
Q  209 acaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaatgcttgtgttttcttcatgacgtgagagaaagttcagctaaacatggcttag 308  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||| |||||  | || |||||||||| |||||||| |||||  | |||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  26636413 acaaaacttgctcaagcaatttataatttgatttctaatcaatttgaatgtttgtgtttccttcacaatgtgagagaaaattcagttaaacatggcttag 26636512  T
Q  309 aacatctccaacagaagcttctttccaaaacagttgaattggacactaagctaggagatgttaacgaaggaattcca 385  Q
    |  |||||||| || || | || |||||| || | | ||| || |||||| | ||| ||||||| ||||||||||||    
T  26636513 agtatctccaagagcagatcctctccaaatcaatcggatttgaaactaagtttggacatgttaatgaaggaattcca 26636589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 209 - 385
Target Start/End: Original strand, 26742379 - 26742555
Alignment:
Q  209 acaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaatgcttgtgttttcttcatgacgtgagagaaagttcagctaaacatggcttag 308  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||| |||||  | || |||||||||| |||||||| |||||  | |||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  26742379 acaaaacttgctcaagcaatttataatttgatttctaatcaatttgaatgtttgtgtttccttcacaatgtgagagaaaattcagttaaacatggcttag 26742478  T
Q  309 aacatctccaacagaagcttctttccaaaacagttgaattggacactaagctaggagatgttaacgaaggaattcca 385  Q
    |  |||||||| || || | || |||||| || | | ||| || |||||| | ||| ||||||| ||||||||||||    
T  26742479 agtatctccaagagcagatcctctccaaatcaatcggatttgaaactaagtttggacatgttaatgaaggaattcca 26742555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 183 - 387
Target Start/End: Original strand, 31285300 - 31285504
Alignment:
Q  183 tttatggaattggcggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaatgcttgtgttttcttcatgacgtgag 282  Q
    ||||||| || || || ||||||||| ||||||||||  ||||||| |||||| | ||||||||| |||||||  | || |||||||||||||| |||||    
T  31285300 tttatgggataggaggcttgggtaaatcaacacttgcaagagcaatctataattttattggtgatcaatttgacggattatgttttcttcatgatgtgag 31285399  T
Q  283 agaaagttcagctaaacatggcttagaacatctccaacagaagcttctttccaaaacagttgaattggacactaagctaggagatgttaacgaaggaatt 382  Q
    ||| | |||||||||| ||  |||  ||||||||||| ||||||| ||||  |||||| ||| |||||| | |||| |||   ||||||  || ||||||    
T  31285400 agagaattcagctaaaaataacttgaaacatctccaagagaagctccttttgaaaacaattggattggaaattaagttagaccatgttagtgagggaatt 31285499  T
Q  383 ccaat 387  Q
    |||||    
T  31285500 ccaat 31285504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 157 - 331
Target Start/End: Original strand, 26803161 - 26803335
Alignment:
Q  157 tgatgatcgagtccagatggtggggatttatggaattggcggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaa 256  Q
    ||||||| | ||||| ||||| || |||||||| ||||| || ||||||||| || |||||||  ||||||| |||||| |  ||| |||| ||||||||    
T  26803161 tgatgatggggtccatatggttggaatttatgggattggaggcttgggtaaatcagcacttgcaagagcaatctataattttgttgctgatcaatttgaa 26803260  T
Q  257 tgcttgtgttttcttcatgacgtgagagaaagttcagctaaacatggcttagaacatctccaacagaagcttctt 331  Q
     | || |||||||||||||| |||||||| | ||||||| || ||  |||  ||||||||||| |||||||||||    
T  26803261 ggtttatgttttcttcatgatgtgagagagaattcagctcaaaataacttgaaacatctccaagagaagcttctt 26803335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 187 - 385
Target Start/End: Original strand, 26849457 - 26849655
Alignment:
Q  187 tggaattggcggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaatgcttgtgttttcttcatgacgtgagagaa 286  Q
    ||||| ||| ||| |||| |||||||||||||||| |||| ||||||||  ||||| |||| ||||||||||   |||||| ||||| || |||||||||    
T  26849457 tggaactggaggaatgggaaaaacaacacttgctcaagcagtttataattcgattgctgatcaatttgaatgtaagtgtttccttcacgatgtgagagaa 26849556  T
Q  287 agttcagctaaacatggcttagaacatctccaacagaagcttctttccaaaacagttgaattggacactaagctaggagatgttaacgaaggaattcca 385  Q
    | ||||  |||||||||||||||   ||||||| || |||| || |||||| || |   ||| || |||||| | ||| ||||||| ||||||||||||    
T  26849557 aattcacttaaacatggcttagagtttctccaagagcagctcctctccaaatcaatcagatttgaaactaagtttggacatgttaatgaaggaattcca 26849655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 187 - 394
Target Start/End: Original strand, 25074612 - 25074819
Alignment:
Q  187 tggaattggcggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaatgcttgtgttttcttcatgacgtgagagaa 286  Q
    ||||| ||| ||| |||| || ||||| ||||||| ||||||||||||| |||||| | || ||||||||||   |||||| |||||  | |||||||||    
T  25074612 tggaactggtggaatgggcaagacaactcttgctcaagcaatttataatttgattgctaatcaatttgaatgtaagtgtttccttcacaatgtgagagaa 25074711  T
Q  287 agttcagctaaacatggcttagaacatctccaacagaagcttctttccaaaacagttgaattggacactaagctaggagatgttaacgaaggaattccaa 386  Q
    | ||||| | |||||||||||||  |||| ||| || ||||||| |  ||| || | | ||| || |||||| | ||| ||||||| |||||||||||||    
T  25074712 aattcagttcaacatggcttagagtatcttcaagagcagcttctctttaaatcaatcggatttgaaactaagtttggacatgttaatgaaggaattccaa 25074811  T
Q  387 taataaag 394  Q
    | ||||||    
T  25074812 tcataaag 25074819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 179 - 310
Target Start/End: Original strand, 26618377 - 26618507
Alignment:
Q  179 gggatttatggaattggcggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaatgcttgtgttttcttcatgacg 278  Q
    ||||| ||||||| ||| |||||||||||||| |||||| |||||||| ||||| || |||||| |||| |||||||| | |||||||| |||||  | |    
T  26618377 gggatatatggaagtggaggattgggtaaaacgacacttactcgagcagtttatgatttgattgctgatcaatttgaagggttgtgtttccttcacaatg 26618476  T
Q  279 tgagagaaagttcagctaaacatggcttagaa 310  Q
    ||||||||| ||||  |||| |||||||||||    
T  26618477 tgagagaaa-ttcaattaaatatggcttagaa 26618507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 179 - 394
Target Start/End: Original strand, 28243532 - 28243747
Alignment:
Q  179 gggatttatggaattggcggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaatgcttgtgttttcttcatgacg 278  Q
    ||||| ||||| | ||| ||| |||| || |||||||||||  ||||| ||||||||   || | |||| ||||||| || || ||||||||||| || |    
T  28243532 gggatctatgggactggtggaatgggaaagacaacacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgattgtttatgttttcttcacgatg 28243631  T
Q  279 tgagagaaagttcagctaaacatggcttagaacatctccaacagaagcttctttccaaaacagttgaattggacactaagctaggagatgttaacgaagg 378  Q
    | || |||| |||| ||||| |||| ||||| ||||| ||  | ||||| |||||||||  |||||||||||||| | || | |||||| | ||||| ||    
T  28243632 taagggaaaattcaactaaatatggtttagagcatctacaggaaaagctcctttccaaattagttgaattggacattgagttgggagatatcaacgaggg 28243731  T
Q  379 aattccaataataaag 394  Q
    ||||||||||||||||    
T  28243732 aattccaataataaag 28243747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 260 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 28297104 - 28296970
Alignment:
Q  260 ttgtgttttcttcatgacgtgagagaaagttcagctaaacatggcttagaacatctccaacagaagcttctttccaaaacagttgaattggacactaagc 359  Q
    ||||||||||||||  | || || |||| |||||||||| |||| ||||| ||||| ||  | ||||| |||||||||  |||||||||||||  ||||     
T  28297104 ttgtgttttcttcacaatgtaagggaaaattcagctaaatatggtttagagcatctacaggaaaagctcctttccaaattagttgaattggacgttaagt 28297005  T
Q  360 taggagatgttaacgaaggaattccaataataaag 394  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||    
T  28297004 taggagatgtcaacgagggaattccaatcataaag 28296970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 260 - 394
Target Start/End: Original strand, 28514969 - 28515103
Alignment:
Q  260 ttgtgttttcttcatgacgtgagagaaagttcagctaaacatggcttagaacatctccaacagaagcttctttccaaaacagttgaattggacactaagc 359  Q
    ||||||||||||||  | || || |||| |||||||||| |||| ||||| ||||| ||  | ||||| |||||||||  |||||||||||||  ||||     
T  28514969 ttgtgttttcttcacaatgtaagggaaaattcagctaaatatggtttagagcatctacaggaaaagctcctttccaaattagttgaattggacgttaagt 28515068  T
Q  360 taggagatgttaacgaaggaattccaataataaag 394  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||    
T  28515069 taggagatgtcaacgagggaattccaatcataaag 28515103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 187 - 318
Target Start/End: Original strand, 26812273 - 26812404
Alignment:
Q  187 tggaattggcggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaatgcttgtgttttcttcatgacgtgagagaa 286  Q
    ||||| ||| |||||||||||||| |||||| |||| ||| |||||||| |||||| |||| |||||||  | |||||||| |||||    ||| |||||    
T  26812273 tggaagtggaggattgggtaaaacgacacttactcgtgcactttataatttgattgctgatcaatttgatggtttgtgtttccttcacagtgtgcgagaa 26812372  T
Q  287 agttcagctaaacatggcttagaacatctcca 318  Q
    | ||||  |||| |||||||||||||||||||    
T  26812373 aattcaattaaatatggcttagaacatctcca 26812404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 157 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 27698053 - 27697878
Alignment:
Q  157 tgatgatcgagtccagatggtggggatttatggaattggcggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaa 256  Q
    ||||||| | ||||| ||||| || |||| ||| ||||| || ||||| ||| ||||||||||  ||||||| |||||| || ||| |||| ||||||||    
T  27698053 tgatgatggggtccatatggttggaatttttgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcaagagcaatctataatttggttgctgatcaatttgaa 27697954  T
Q  257 tgcttgtgttttcttcatgacgtgagagaaagttcagctaaacatggcttagaacatctccaacagaagcttcttt 332  Q
     | || |||||||||||| | ||||||   | |||||||||| ||  ||| |||||||||||| ||||||| ||||    
T  27697953 ggtttatgttttcttcataatgtgagaatgaattcagctaaaaataacttggaacatctccaagagaagctccttt 27697878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 157 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 27604171 - 27604057
Alignment:
Q  157 tgatgatcgagtccagatggtggggatttatggaattggcggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaa 256  Q
    ||||||| ||||||| ||||| ||  ||||||| | ||| |||||||||||| ||||||||||   ||||||||||||| | |||| |||| ||||||||    
T  27604171 tgatgatggagtccacatggtaggactttatggtactggaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaa 27604072  T
Q  257 tgcttgtgttttctt 271  Q
    ||||  |||||||||    
T  27604071 tgctcatgttttctt 27604057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 157 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 27610587 - 27610473
Alignment:
Q  157 tgatgatcgagtccagatggtggggatttatggaattggcggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaa 256  Q
    ||||||| ||||||| ||||| ||  ||||||| | ||| |||||||||||| ||||||||||   ||||||||||||| | |||| |||| ||||||||    
T  27610587 tgatgatggagtccacatggtaggactttatggtactggaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaa 27610488  T
Q  257 tgcttgtgttttctt 271  Q
    ||||  |||||||||    
T  27610487 tgctcatgttttctt 27610473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 157 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 27717966 - 27717852
Alignment:
Q  157 tgatgatcgagtccagatggtggggatttatggaattggcggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaa 256  Q
    ||||||| ||||||| ||||| ||  ||||||| | ||| |||||||||||| ||||||||||   ||||||||||||| | |||| |||| ||||||||    
T  27717966 tgatgatggagtccacatggtaggactttatggtactggaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaa 27717867  T
Q  257 tgcttgtgttttctt 271  Q
    ||||  |||||||||    
T  27717866 tgctcatgttttctt 27717852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 209 - 394
Target Start/End: Original strand, 28235332 - 28235517
Alignment:
Q  209 acaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaatgcttgtgttttcttcatgacgtgagagaaagttcagctaaacatggcttag 308  Q
    |||||||||||  ||||| ||||||||   || | |||| |||||||  | |||||||||||||| ||||| || |||| |||| ||||| |||| ||||    
T  28235332 acaacacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgatggtttgtgttttcttcacgacgtaagggaaaattcatctaaatatggtttag 28235431  T
Q  309 aacatctccaacagaagcttctttccaaaacagttgaattggacactaagctaggagatgttaacgaaggaattccaataataaag 394  Q
    | ||||| ||    ||||| |||||||||  |||||||||||||  | || |||||||||| || || ||||||||||| ||||||    
T  28235432 agcatctacagggaaagctcctttccaaattagttgaattggacgttgagttaggagatgtcaatgagggaattccaatcataaag 28235517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 12 - 65
Target Start/End: Complemental strand, 29843585 - 29843532
Alignment:
Q  12 atgaatatgaatacgagtttattgtgaagatagtcaatgaagtttccaacaaga 65  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||    
T  29843585 atgaatatgaatacgagtttattgtgaagataatcaaagaagtttccaaaaaga 29843532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 175 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 29477517 - 29477421
Alignment:
Q  175 ggtggggatttatggaattggcggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaatgcttgtgttttctt 271  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||| | || ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||   ||| ||||||||  || ||||||||||    
T  29477517 ggtggggatctatgggattggcggaatagggaaaacaacacttgctcgagcagtttataatacgatttcggatcaatttgaaacctcgtgttttctt 29477421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 157 - 332
Target Start/End: Original strand, 26623986 - 26624161
Alignment:
Q  157 tgatgatcgagtccagatggtggggatttatggaattggcggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaa 256  Q
    ||||||| | ||||| ||||| || || ||||| ||||| || ||||| ||| ||||||||||  ||||||| |||||  |  ||| |||| ||||||||    
T  26623986 tgatgatggggtccatatggttggaatgtatgggattggaggcttgggcaaatcaacacttgcaagagcaatctataactttgttgctgatcaatttgaa 26624085  T
Q  257 tgcttgtgttttcttcatgacgtgagagaaagttcagctaaacatggcttagaacatctccaacagaagcttcttt 332  Q
     | || |||||||||||||| |||||||| | ||||||| || ||  |||  ||||||||||| ||||||| ||||    
T  26624086 ggtttatgttttcttcatgatgtgagagagaattcagctcaaaataacttgaaacatctccaagagaagctccttt 26624161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 157 - 332
Target Start/End: Original strand, 26729963 - 26730138
Alignment:
Q  157 tgatgatcgagtccagatggtggggatttatggaattggcggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaa 256  Q
    ||||||| | ||||| ||||| || || ||||| ||||| || ||||| ||| ||||||||||  ||||||| |||||  |  ||| |||| ||||||||    
T  26729963 tgatgatggggtccatatggttggaatgtatgggattggaggcttgggcaaatcaacacttgcaagagcaatctataactttgttgctgatcaatttgaa 26730062  T
Q  257 tgcttgtgttttcttcatgacgtgagagaaagttcagctaaacatggcttagaacatctccaacagaagcttcttt 332  Q
     | || |||||||||||||| |||||||| | ||||||| || ||  |||  ||||||||||| ||||||| ||||    
T  26730063 ggtttatgttttcttcatgatgtgagagagaattcagctcaaaataacttgaaacatctccaagagaagctccttt 26730138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 167 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 27677077 - 27676973
Alignment:
Q  167 gtccagatggtggggatttatggaattggcggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaatgcttgtgtt 266  Q
    ||||| ||||| || |||||||| ||||| || ||||| ||| ||||||||||   ||||||||||||| | |||| |||| ||||||||||||  ||||    
T  27677077 gtccatatggttggaatttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgtt 27676978  T
Q  267 ttctt 271  Q
    |||||    
T  27676977 ttctt 27676973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 187 - 393
Target Start/End: Original strand, 26959871 - 26960075
Alignment:
Q  187 tggaattggcggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaatgcttgtgttttcttcatgacgtgagagaa 286  Q
    ||||| ||| ||| |||| || ||||||||| ||| |||| ||||||||  ||||| | || |||||||||    |||||| |||||  | |||||||||    
T  26959871 tggaactggaggaatgggaaagacaacactttctcaagcagtttataattcgattgttcatcaatttgaatttaagtgtttccttcacaatgtgagagaa 26959970  T
Q  287 agttcagctaaacatggcttagaacatctccaacagaagcttctttccaaaacagttgaattggacactaagctaggagatgttaacgaaggaattccaa 386  Q
    | ||||| |||||||||||||||  |||||||  ||| | | || |||||| || | | ||| || |||||| | ||| ||||||| |||||||||||||    
T  26959971 aattcagttaaacatggcttagagtatctcca--agaggatcctctccaaatcaatcggatttgaaactaagtttggacatgttaatgaaggaattccaa 26960068  T
Q  387 taataaa 393  Q
    | |||||    
T  26960069 tcataaa 26960075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 202 - 337
Target Start/End: Original strand, 31289028 - 31289163
Alignment:
Q  202 gggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaatgcttgtgttttcttcatgacgtgagagaaagttcagctaaacat 301  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||||||  ||||  |||| ||||||||||   |||||| |||||    |||||||||| | | | |||||||    
T  31289028 gggtaaaacaacactttctcaagcaatttataattcgattattgatcaatttgaatgtaagtgtttccttcacattgtgagagaaaatgctgttaaacat 31289127  T
Q  302 ggcttagaacatctccaacagaagcttctttccaaa 337  Q
    ||||||||  |||||||| || |||| || ||||||    
T  31289128 ggcttagagtatctccaagagcagctcctctccaaa 31289163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 167 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 27592478 - 27592374
Alignment:
Q  167 gtccagatggtggggatttatggaattggcggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaatgcttgtgtt 266  Q
    ||||| ||||| || |||||||| ||||| || ||||| ||| ||||||||||   ||||||||||||  | |||| |||| ||||||||||||  ||||    
T  27592478 gtccatatggttggaatttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataactttattgctgatcaatttgaatgctcatgtt 27592379  T
Q  267 ttctt 271  Q
    |||||    
T  27592378 ttctt 27592374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #34
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 203 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 28097864 - 28097748
Alignment:
Q  203 ggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaatgcttgtgttttcttcatgacgtgagagaaagttcagctaaacatg 302  Q
    ||||| |||||||||||   |||  |||||||| | |||| || | ||||||||||  | ||||| |||||  | |||||||||| |||||| |||||||    
T  28097864 ggtaagacaacacttgcaaaagcggtttataatttcattgctggtcaatttgaatgtgtctgtttccttcacaatgtgagagaaaattcagcaaaacatg 28097765  T
Q  303 gcttagaacatctccaa 319  Q
    ||||||| |||||||||    
T  28097764 gcttagagcatctccaa 28097748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #35
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 204 - 338
Target Start/End: Original strand, 29522792 - 29522926
Alignment:
Q  204 gtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaatgctt-gtgttttcttcatgacgtgagagaaagttcagctaaacatg 302  Q
    ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||  ||  |||||||| |||| |||||||||| |||| || || |||| ||||  ||||||||    
T  29522792 gtaaaacaaaacttgctcgagcggtttataatatgattgcagaccaatttgaa-gcttcgtgttttcttgatgatgtcagtgaaaattcaaataaacatg 29522890  T
Q  303 gcttagaacatctccaacagaagcttctttccaaaa 338  Q
    | ||||  || |||||| | | ||||||||| ||||    
T  29522891 gattagtgcacctccaaaatatgcttctttctaaaa 29522926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #36
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 263 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 26892951 - 26892821
Alignment:
Q  263 tgttttcttcatgacgtgagagaaagttcagctaaacatggcttagaacatctccaacagaagcttctttccaaaacagttgaattggacactaagctag 362  Q
    |||||||||||  |||||||||||| ||| || || ||||| |||||| | |||||| ||||||| || || |||||| ||| |||| | | || | |||    
T  26892951 tgttttcttcacaacgtgagagaaaattccgcaaagcatggtttagaaaacctccaagagaagctcctctcaaaaacaattggattgaatattaggttag 26892852  T
Q  363 gagatgttaacgaaggaattccaataataaa 393  Q
    |||||||  | ||||||||| |||| |||||    
T  26892851 gagatgtggatgaaggaatttcaatcataaa 26892821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #37
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 157 - 295
Target Start/End: Original strand, 28793074 - 28793212
Alignment:
Q  157 tgatgatcgagtccagatggtggggatttatggaattggcggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaa 256  Q
    ||||||| ||||||  ||||| ||  ||||||| | ||| || ||||||||| |||||||||    ||||||||||||| | |||  |||| ||||||||    
T  28793074 tgatgatggagtccgcatggtaggactttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttggaaaagcaatttataattttatttctgatcaatttgaa 28793173  T
Q  257 tgcttgtgttttcttcatgacgtgagagaaagttcagct 295  Q
    ||||  ||||||||| |  | |||||||| |||||||||    
T  28793174 tgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagagttcagct 28793212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #38
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 260 - 393
Target Start/End: Original strand, 28181935 - 28182068
Alignment:
Q  260 ttgtgttttcttcatgacgtgagagaaagttcagctaaacatggcttagaacatctccaacagaagcttctttccaaaacagttgaattggacactaagc 359  Q
    |||||||||||| | ||| | || | || |||||||||| |||| ||||| ||||| ||  | || || |||||||||  || ||||||||||  ||||     
T  28181935 ttgtgttttcttaacgacataagggcaaattcagctaaatatggtttagagcatctacaggaaaatctcctttccaaattagctgaattggacgttaagt 28182034  T
Q  360 taggagatgttaacgaaggaattccaataataaa 393  Q
    |||||||||| ||||| |||| |||||| |||||    
T  28182035 taggagatgtcaacgagggaactccaatcataaa 28182068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #39
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 239 - 319
Target Start/End: Original strand, 26824616 - 26824696
Alignment:
Q  239 attggtgataaatttgaatgcttgtgttttcttcatgacgtgagagaaagttcagctaaacatggcttagaacatctccaa 319  Q
    |||| |||||||||||||   || ||||||||| |  |||||||||| | ||||||||| |||||||| ||| ||||||||    
T  26824616 attgctgataaatttgaagttttttgttttcttgagaacgtgagagagaattcagctaagcatggcttggaaaatctccaa 26824696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0237 (Bit Score: 143; Significance: 5e-75; HSPs: 1)
Name: scaffold0237
Description:

Target: scaffold0237; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 12 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 2267 - 2052
Alignment:
Q  12 atgaatatgaatacgagtttattgtgaagatagtcaatgaagtttccaacaagactgagcgtgtccctcttcatgttgcggattaccctgttggaatcga 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||| | | |||              |||||||||||||||||||| |||    
T  2267 atgaatatgaatacgagtttattgtgaagataatcaaagaagtttccaaaaagatttaccgt--------------tgcggattaccctgttggaaccga 2182  T
Q  112 atatcgattgctaaaagtaaagtcgtatcttttagatacaaaatttgatgatcgagtccagatggtggggatttatggaattggcggattgggtaaaaca 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2181 atatcgattgctaaaagtaaagtcgtatcttttagatgcaaaatttgatgatcgagtccagatggtggggatttatggaattggtggattgggtaaaaca 2082  T
Q  212 acacttgctcgagcaatttataatatgatt 241  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2081 acacttgctcgagcaatttataatttgatt 2052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 117; Significance: 2e-59; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 173 - 393
Target Start/End: Original strand, 16691598 - 16691818
Alignment:
Q  173 atggtggggatttatggaattggcggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaatgcttgtgttttcttc 272  Q
    ||||| |||||  |||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||| |||||||||||||    
T  16691598 atggttgggatccatggaattggaggaatcggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatttgattgctgatcaatttgaatgtttgtgttttcttc 16691697  T
Q  273 atgacgtgagagaaagttcagctaaacatggcttagaacatctccaacagaagcttctttccaaaacagttgaattggacactaagctaggagatgttaa 372  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||| | | ||| |||||||||||  ||| ||| |||| |||| ||||| ||||||     
T  16691698 atgacgtgagagaaaattcatctaaacatggcttagaacatcttcaagaaaggctcctttccaaaaccattggattagacattaagttaggacatgttag 16691797  T
Q  373 cgaaggaattccaataataaa 393  Q
     ||||||||||||||||||||    
T  16691798 tgaaggaattccaataataaa 16691818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 173 - 219
Target Start/End: Original strand, 17790839 - 17790885
Alignment:
Q  173 atggtggggatttatggaattggcggattgggtaaaacaacacttgc 219  Q
    |||||||||||||||||||| || || || |||||||||||||||||    
T  17790839 atggtggggatttatggaatgggtgggttaggtaaaacaacacttgc 17790885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 63; Significance: 3e-27; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 179 - 393
Target Start/End: Original strand, 26136625 - 26136839
Alignment:
Q  179 gggatttatggaattggcggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaatgcttgtgttttcttcatgacg 278  Q
    ||||| ||||||| ||| ||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||  ||| |||||||| | ||||| || |||||  | |    
T  26136625 gggatatatggaagtggaggattaggtaaaacaacacttactcgagcagtttataatttgattgcggatcaatttgaaggattgtgcttccttcacaatg 26136724  T
Q  279 tgagagaaagttcagctaaacatggcttagaacatctccaacagaagcttctttccaaaacagttgaattggacactaagctaggagatgttaacgaagg 378  Q
    || |||||| ||||| |||| ||||||||||| |||||||| || |||| || |||||| || | | |||||| | |||| ||||| ||||||   ||||    
T  26136725 tgcgagaaaattcagttaaatatggcttagaatatctccaagagcagctcctctccaaatcaatcggattggagattaagttaggacatgttagtaaagg 26136824  T
Q  379 aattccaataataaa 393  Q
    ||||||||| |||||    
T  26136825 aattccaatcataaa 26136839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 157 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 267807 - 267668
Alignment:
Q  157 tgatgatcgagtccagatggtggggatttatggaattggcggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaa 256  Q
    ||||||| | ||||| ||||| || |||||||| ||||| || ||||||||| |||| |||||  ||||||| |||||| | |||| |||| ||||||||    
T  267807 tgatgatggggtccatatggttggaatttatgggattggaggcttgggtaaatcaacccttgcaagagcaatctataattttattgctgatcaatttgaa 267708  T
Q  257 tgcttgtgttttcttcatgacgtgagagaaagttcagcta 296  Q
     | || |||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  267707 ggattatgttttcttcatgatgtgagagaaaattcagcta 267668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 183 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 28127116 - 28126906
Alignment:
Q  183 tttatggaattggcggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaatgcttgtgttttcttcatgacgtgag 282  Q
    ||||||| ||||| || ||||||||| ||||||||||   ||||||||||||| | |||| |||| |||||||| | || ||||||||  | || |||||    
T  28127116 tttatggtattggaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgag 28127017  T
Q  283 agaaagttcagctaaacatggcttagaacatctccaacagaagcttctttccaaaacagttgaattggacactaagctaggagatgttaacgaaggaatt 382  Q
    ||| | |||| ||  | ||   ||  ||||||||||| | ||||| ||||  |||||||||| |||||||| |||| |||||| |||||  || ||||||    
T  28127016 agagatttcaactccatataatttgaaacatctccaagaaaagctccttttgaaaacagttggattggacattaagttaggaggtgttagtgagggaatt 28126917  T
Q  383 ccaataataaa 393  Q
     |||| |||||    
T  28126916 gcaatcataaa 28126906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 58; Significance: 3e-24; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 185 - 394
Target Start/End: Original strand, 3280402 - 3280611
Alignment:
Q  185 tatggaattggcggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaatgcttgtgttttcttcatgacgtgagag 284  Q
    |||||| |||| ||| ||||||| ||||| |||||  ||||| |||||||| | |||| | || ||||||||||  | |||||||||||  | |||||||    
T  3280402 tatggacttggaggaatgggtaagacaactcttgcaagagcagtttataatttcattgctaatcaatttgaatgtgtatgttttcttcacaatgtgagag 3280501  T
Q  285 aaagttcagctaaacatggcttagaacatctccaacagaagcttctttccaaaacagttgaattggacactaagctaggagatgttaacgaaggaattcc 384  Q
    ||| |||||| ||||||||  |||| ||||||||| || |  ||||||||||||| |||| |||||||| |||| ||||||||  ||  || ||||||||    
T  3280502 aaaattcagcaaaacatggtctagagcatctccaaaaggattttctttccaaaactgttggattggacattaagttaggagatagtagtgagggaattcc 3280601  T
Q  385 aataataaag 394  Q
    ||| ||||||    
T  3280602 aatcataaag 3280611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 209 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 17992630 - 17992445
Alignment:
Q  209 acaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaatgcttgtgttttcttcatgacgtgagagaaagttcagctaaacatggcttag 308  Q
    ||||| ||||||| |||| |||||||| || ||| | || ||||| ||||   |||||| |||||  | |||||||||| |||||  |||||||||||||    
T  17992630 acaactcttgctcaagcagtttataatttggttgctaatcaatttcaatgtaagtgtttccttcacaatgtgagagaaaattcagtcaaacatggcttag 17992531  T
Q  309 aacatctccaacagaagcttctttccaaaacagttgaattggacactaagctaggagatgttaacgaaggaattccaataataaag 394  Q
    |  |||| ||| || ||||||| |||||| || | | ||| |  |||||  | ||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||    
T  17992530 agtatcttcaagagcagcttctctccaaatcaatcggatttgtaactaaatttggacatgttaatgaaggtattccaatcataaag 17992445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 53; Significance: 3e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 170 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 57748 - 57524
Alignment:
Q  170 cagatggtggggatttatggaattggcggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaatgcttgtgttttc 269  Q
    |||||| | ||||| || |||||||| ||| |||| || |||||||||||| ||||| ||| ||||   || |  ||| |||||||    ||||||||||    
T  57748 cagatgctagggatctacggaattggaggaatgggaaagacaacacttgctagagcagtttttaattccatagccgatcaatttgatgatttgtgttttc 57649  T
Q  270 ttcatgacgtgagagaaagttcagctaaacatggcttagaacatctccaacagaagcttctttccaaaacagttgaattggacactaagctaggagatgt 369  Q
    |||| ||||| || |||| |||||||||| |||| ||||| ||||| ||    || ||||||||||||  |||||||||||||| |||| ||| ||||||    
T  57648 ttcacgacgtaagggaaaattcagctaaatatggtttagagcatctgcagggaaaacttctttccaaattagttgaattggacattaagttagtagatgt 57549  T
Q  370 taacgaaggaattccaataataaag 394  Q
     ||||| ||||||||||| ||||||    
T  57548 caacgagggaattccaatcataaag 57524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038 (Bit Score: 48; Significance: 3e-18; HSPs: 2)
Name: scaffold0038
Description:

Target: scaffold0038; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 179 - 394
Target Start/End: Original strand, 43694 - 43909
Alignment:
Q  179 gggatttatggaattggcggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaatgcttgtgttttcttcatgacg 278  Q
    ||||| ||||| | ||| ||| |||| || |||||||||||  ||||| ||||||||   || | |||| ||||||| || || ||||||||||| || |    
T  43694 gggatctatgggactggtggaatgggaaagacaacacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgattgtttatgttttcttcacgatg 43793  T
Q  279 tgagagaaagttcagctaaacatggcttagaacatctccaacagaagcttctttccaaaacagttgaattggacactaagctaggagatgttaacgaagg 378  Q
    | || |||| |||| ||||| |||| ||||| ||||| ||  | ||||| |||||||||  |||||||||||||| | || | |||||| | ||||| ||    
T  43794 taagggaaaattcaactaaatatggtttagagcatctacaggaaaagctcctttccaaattagttgaattggacattgagttgggagatatcaacgaggg 43893  T
Q  379 aattccaataataaag 394  Q
    ||||||||||||||||    
T  43894 aattccaataataaag 43909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 209 - 394
Target Start/End: Original strand, 35494 - 35679
Alignment:
Q  209 acaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaatgcttgtgttttcttcatgacgtgagagaaagttcagctaaacatggcttag 308  Q
    |||||||||||  ||||| ||||||||   || | |||| |||||||  | |||||||||||||| ||||| || |||| |||| ||||| |||| ||||    
T  35494 acaacacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgatggtttgtgttttcttcacgacgtaagggaaaattcatctaaatatggtttag 35593  T
Q  309 aacatctccaacagaagcttctttccaaaacagttgaattggacactaagctaggagatgttaacgaaggaattccaataataaag 394  Q
    | ||||| ||    ||||| |||||||||  |||||||||||||  | || |||||||||| || || ||||||||||| ||||||    
T  35594 agcatctacagggaaagctcctttccaaattagttgaattggacgttgagttaggagatgtcaatgagggaattccaatcataaag 35679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0349 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0349
Description:

Target: scaffold0349; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 157 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 3006 - 2892
Alignment:
Q  157 tgatgatcgagtccagatggtggggatttatggaattggcggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaa 256  Q
    ||||||| ||||||| ||||| ||  ||||||| | ||| |||||||||||| ||||||||||   ||||||||||||| | |||| |||| ||||||||    
T  3006 tgatgatggagtccacatggtaggactttatggtactggaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaa 2907  T
Q  257 tgcttgtgttttctt 271  Q
    ||||  |||||||||    
T  2906 tgctcatgttttctt 2892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000004; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 168 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 29273294 - 29273138
Alignment:
Q  168 tccagatggtggggatttatggaattggcggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaatgcttgtgttt 267  Q
    |||| ||||| || |||||||| ||||| || ||||||||| |||| |||||  ||||||| |||||| |  ||| |||| ||||||||   || |||||    
T  29273294 tccatatggttggaatttatgggattggtggcttgggtaaatcaacccttgcaagagcaatctataatttttttgctgatcaatttgaagatttatgttt 29273195  T
Q  268 tcttcatgacgtgagagaaagttcagctaaacatggcttagaacatctccaacagaa 324  Q
    ||||||||| |||||||| | |||||||||| ||  |||  ||||||||||| ||||    
T  29273194 tcttcatgatgtgagagagaattcagctaaaaataacttgaaacatctccaagagaa 29273138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 203 - 333
Target Start/End: Original strand, 31905812 - 31905942
Alignment:
Q  203 ggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaatgcttgtgttttcttcatgacgtgagagaaagttcagctaaacatg 302  Q
    |||||||||||||||||||  ||  |||||||| ||||||  ||| | ||||||   |||||||||||| |  | |||||||||| ||||  |||||| |    
T  31905812 ggtaaaacaacacttgctctggctgtttataatctgattgccgatcactttgaagctttgtgttttcttgaaaatgtgagagaaaattcaaataaacacg 31905911  T
Q  303 gcttagaacatctccaacagaagcttctttc 333  Q
    | ||| ||||||||||| |||  ||||||||    
T  31905912 ggttacaacatctccaaaagattcttctttc 31905942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 183 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 18698837 - 18698749
Alignment:
Q  183 tttatggaattggcggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaatgcttgtgttttctt 271  Q
    ||||||| ||||| ||  |||||||| ||||||||||   ||||||||||||| | |||| |||| ||||||||||||  |||||||||    
T  18698837 tttatggcattggaggcatgggtaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttctt 18698749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 183 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 18678997 - 18678909
Alignment:
Q  183 tttatggaattggcggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaatgcttgtgttttctt 271  Q
    ||||||| ||||| ||  ||||||||  |||||||||   ||||||||||||| | |||| |||| ||||||||||||  |||||||||    
T  18678997 tttatggcattggaggcatgggtaaattaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttctt 18678909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 183 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 18723522 - 18723410
Alignment:
Q  183 tttatggaattggcggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaatgcttgtgttttcttcatgacgtgag 282  Q
    ||||||| ||||| ||  |||| ||| ||||||||||   || |||||||||| | |||| |||| ||||||||||||  ||||||||| |  |||||||    
T  18723522 tttatggtattggaggcatgggaaaatcaacacttgcaaaaggaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaacgtgag 18723423  T
Q  283 agaaagttcagct 295  Q
    ||| | |||||||    
T  18723422 agagaattcagct 18723410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 183 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 18730941 - 18730853
Alignment:
Q  183 tttatggaattggcggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaatgcttgtgttttctt 271  Q
    ||||||| ||||| ||  |||| ||| |||||||||||  || |||||||||| | |||| |||| ||||||||||||  |||||||||    
T  18730941 tttatggtattggaggcatgggaaaatcaacacttgctaaagtaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttctt 18730853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0419 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0419
Description:

Target: scaffold0419; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 157 - 271
Target Start/End: Original strand, 8202 - 8316
Alignment:
Q  157 tgatgatcgagtccagatggtggggatttatggaattggcggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaa 256  Q
    ||||||| ||||||| ||||| ||  ||||||| | ||| || ||||||||| |||||||||    ||||||||||||| | |||  |||| ||||||||    
T  8202 tgatgatggagtccacatggtaggactttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttggaaaagcaatttataattttatttctgatcaatttgaa 8301  T
Q  257 tgcttgtgttttctt 271  Q
    ||||  |||||||||    
T  8302 tgctcatgttttctt 8316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000004; HSPs: 2)
Name: scaffold0277
Description:

Target: scaffold0277; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 157 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 13142 - 13028
Alignment:
Q  157 tgatgatcgagtccagatggtggggatttatggaattggcggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaa 256  Q
    ||||||| ||||||| ||||| ||  ||||||| | ||| || ||||||||| |||||||||    ||||||||||||| | |||  |||| ||||||||    
T  13142 tgatgatggagtccacatggtaggactttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttggaaaagcaatttataattttatttctgatcaatttgaa 13043  T
Q  257 tgcttgtgttttctt 271  Q
    ||||  |||||||||    
T  13042 tgctcatgttttctt 13028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 183 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 4153 - 4065
Alignment:
Q  183 tttatggaattggcggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaatgcttgtgttttctt 271  Q
    ||||||| | ||| || ||||||||| |||||||||    ||||||||||||| | |||| |||| ||||||||||||  |||||||||    
T  4153 tttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttggaaaagcaatttataattttattgctgatgaatttgaatgctcatgttttctt 4065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University