View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1731_low_15 (Length: 424)

Name: NF1731_low_15
Description: NF1731
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1731_low_15
NF1731_low_15
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (16-414)||(35754518-35754916)
chr5 (19-414)||(35376113-35376508)
chr5 (19-414)||(35423372-35423767)
chr5 (31-414)||(35366579-35366962)
chr5 (77-414)||(35370007-35370349)
chr5 (24-227)||(35406304-35406507)
chr5 (233-411)||(35410594-35410772)
chr5 (262-414)||(35385962-35386114)
chr5 (130-414)||(35436831-35437115)
chr5 (179-269)||(35385214-35385304)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (19-414)||(10415775-10416170)
chr1 (31-414)||(10420662-10421045)
chr1 (162-414)||(10410084-10410336)
chr1 (29-142)||(10410332-10410447)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (34-414)||(29623216-29623596)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (19-414)||(30662729-30663124)
chr2 (66-414)||(30671456-30671804)
chr2 (66-414)||(30625825-30626173)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (164-414)||(13564482-13564732)
chr8 (333-410)||(28605597-28605674)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (353-414)||(1153787-1153848)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 379; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 379; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 414
Target Start/End: Original strand, 35754518 - 35754916
Alignment:
Q  16 cattgtacttggtggggttttgatctctttcatagcttttataaatgttcattttctcatgagaaagtccaaaaagttgccttcttcaccatcgttgcga 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  35754518 cattgtacttggtggggttttgatctctttcatagcttctataactgttcattttctcatgagaaagtccaaaaagttgccttcttcaccatctttgcga 35754617  T
Q  116 aatgagaagttgagggttacttatggagagctatatgaagcaactgatggattttcttcagccaatttggttggaacaggaagctttggatctgtttata 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35754618 aatgagaagttgagggttacttatggagagctatatgaagcaactgatggattttcttcagccaatttggttggaacaggaagctttggatctgtttata 35754717  T
Q  216 aaggatctcttctcaactttgaaagacctattgttgtaaaggtgttaaatcttgaaacacgtggagcaacaaaaagtttcatagcggaatgcaatgcatt 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35754718 aaggatctcttctcaactttgaaagacctattgttgtaaaggtgttgaatcttgaaacacgtggagcaacaaaaagtttcatagcggaatgcaatgcatt 35754817  T
Q  316 gggaaagatgaagcaccggaatcttgtcaagattctaacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaagatttcaaagctattgtttttgagttcat 414  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35754818 gggaaagatgaagcaccggaatcttgtcaagattttaacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaagatttcaaagctattgtttttgagttcat 35754916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 19 - 414
Target Start/End: Original strand, 35376113 - 35376508
Alignment:
Q  19 tgtacttggtggggttttgatctctttcatagcttttataaatgttcattttctcatgagaaagtccaaaaagttgccttcttcaccatcgttgcgaaat 118  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||  ||||| ||||||| ||||||| |||||| |||  ||||||||||||| |||  |||     
T  35376113 tgtaattggtggggttgtgatctctgtcatagcttttacaatcgttcactttctcacgagaaagcccaaaaggttatcttcttcaccatctttgataaac 35376212  T
Q  119 gagaagttgagggttacttatggagagctatatgaagcaactgatggattttcttcagccaatttggttggaacaggaagctttggatctgtttataaag 218  Q
    | ||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||| || |||||||| ||||    
T  35376213 gggagcttgagggttacttatggagagctacatgaagcaaccaatggattttcttcatccaatttggtcggtacaggaagcttcggttctgtttacaaag 35376312  T
Q  219 gatctcttctcaactttgaaagacctattgttgtaaaggtgttaaatcttgaaacacgtggagcaacaaaaagtttcatagcggaatgcaatgcattggg 318  Q
    ||||| ||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| || ||    
T  35376313 gatctattctctactttgaaaaacctattgctgtaaaggtgttgaatcttgaaacacgtggagcagcaaagagtttcattgcggaatgcaatgctttagg 35376412  T
Q  319 aaagatgaagcaccggaatcttgtcaagattctaacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaagatttcaaagctattgtttttgagttcat 414  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||    
T  35376413 aaagatgaagcaccgtaatcttgtcaaaatcctaacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaagattttaaggccattgtttttgagttcat 35376508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 19 - 414
Target Start/End: Original strand, 35423372 - 35423767
Alignment:
Q  19 tgtacttggtggggttttgatctctttcatagcttttataaatgttcattttctcatgagaaagtccaaaaagttgccttcttcaccatcgttgcgaaat 118  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||| || |||||| ||||||| ||||||| |||||| |||  ||||||||||||| |||  |||     
T  35423372 tgtaattggtggggttgtgatctctgtcatagcttttacaattgttcactttctcacgagaaagcccaaaaggttatcttcttcaccatctttgataaac 35423471  T
Q  119 gagaagttgagggttacttatggagagctatatgaagcaactgatggattttcttcagccaatttggttggaacaggaagctttggatctgtttataaag 218  Q
    | ||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||| || |||||||| ||||    
T  35423472 gggagcttgagggttacttatggagagctacatgaagcaaccaatggattttcttcatccaatttggtcggtacaggaagcttcggttctgtttacaaag 35423571  T
Q  219 gatctcttctcaactttgaaagacctattgttgtaaaggtgttaaatcttgaaacacgtggagcaacaaaaagtttcatagcggaatgcaatgcattggg 318  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||| | |||||||||||| || ||    
T  35423572 gatctcttctctactttgaaaaacctattgctgtaaaggtgttgaatcttgaaacacgtggagcagcaaagagtttcatggtggaatgcaatgctttagg 35423671  T
Q  319 aaagatgaagcaccggaatcttgtcaagattctaacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaagatttcaaagctattgtttttgagttcat 414  Q
    ||||||||||||||| |||||||| || || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||    
T  35423672 aaagatgaagcaccgtaatcttgtgaaaatcctaacttgctgttcaagtgttgattataatggtgaagattttaaggccattgtttttgagttcat 35423767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 31 - 414
Target Start/End: Original strand, 35366579 - 35366962
Alignment:
Q  31 ggttttgatctctttcatagcttttataaatgttcattttctcatgagaaagtccaaaaagttgccttcttcaccatcgttgcgaaatgagaagttgagg 130  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| | | ||||||||    |||||| |||||| ||| |||||||||||||| |||| ||| | ||| |||| |    
T  35366579 ggttttgatctctttcatagtttttataattttccattttcttccaagaaagaccaaaatgttaccttcttcaccatctttgcaaaaagggaatttgatg 35366678  T
Q  131 gttacttatggagagctatatgaagcaactgatggattttcttcagccaatttggttggaacaggaagctttggatctgtttataaaggatctcttctca 230  Q
     |||||||| |||||||| |||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  35366679 attacttatagagagctacatgaagcaaccgatggcttttcttcatccaatttggttggaacaggaagttttggttctgtttacaaaggatctcttctca 35366778  T
Q  231 actttgaaagacctattgttgtaaaggtgttaaatcttgaaacacgtggagcaacaaaaagtttcatagcggaatgcaatgcattgggaaagatgaagca 330  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||| ||||||| ||| |||||  | ||  | ||||||||||||||    
T  35366779 actttgaaaaacccattgttgtaaaggtgttgaatcttaaaacacgtggagcagcaaagagtttcaaagcagaatgtgaagctctaggaaagatgaagca 35366878  T
Q  331 ccggaatcttgtcaagattctaacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaagatttcaaagctattgtttttgagttcat 414  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  35366879 ccgaaatcttgtcaagatcctaacttgttgttcaagcattgattataagggtgaagagttcaaggctattgtttttgagttcat 35366962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 77 - 414
Target Start/End: Original strand, 35370007 - 35370349
Alignment:
Q  77 agaaagtccaaaaagttgccttcttcaccatcgttgcgaaatgagaagttgagggttacttat--ggagagctatatgaagcaactgatggattttcttc 174  Q
    |||||| |||||| ||| |||||||||||||| |||  ||| | ||  ||||||||||| |||  ||||||||| ||||||||||   ||| ||||||||    
T  35370007 agaaagcccaaaaggttaccttcttcaccatctttgataaacgggagcttgagggttacctatatggagagctacatgaagcaaccattgggttttcttc 35370106  T
Q  175 agccaatttggttggaacaggaagctttggatctgtttataaaggatctcttctcaactttgaaagacctattgttgtaaaggtgttaaatcttgaaaca 274  Q
    | ||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||    
T  35370107 atccaatttggttggtacatgaagctttggctctgtttacaaaggatctcttccaaactttgaaagacctattgtgttaaaggtgttgaatcttgaaaca 35370206  T
Q  275 cgtggagcaacaaaaagtttcatagcgga--atgcaatgcattgggaaagatgaagcaccggaatcttgtcaagattctaacttgttgttcaagtgttga 372  Q
    ||||||||| |||| |||||||| |||||  ||||||||| || |||||||||| |||||| ||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||    
T  35370207 cgtggagcagcaaagagtttcattgcggaatatgcaatgctttaggaaagatgaggcaccgtaatcttgtcaaaatcctaacgtgttgctcaagtgttga 35370306  T
Q  373 ttataatggtgaaga-tttcaaagctattgtttttgagttcat 414  Q
    ||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||    
T  35370307 ttataatggtgaagagttccaaggctattgtttttgagttcat 35370349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 24 - 227
Target Start/End: Original strand, 35406304 - 35406507
Alignment:
Q  24 ttggtggggttttgatctctttcatagcttttataaatgttcattttctcatgagaaagtccaaaaagttgccttcttcaccatcgttgcgaaatgagaa 123  Q
    |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||| || ||||||||||| ||||||||||||||    
T  35406304 ttggtgggtttgtgatctctgtcataacttttataattgttcattttctcacgagaaagtccaaaaggttaccatcttcaccatctttgcgaaatgagaa 35406403  T
Q  124 gttgagggttacttatggagagctatatgaagcaactgatggattttcttcagccaatttggttggaacaggaagctttggatctgtttataaaggatct 223  Q
     |||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||| ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  35406404 attgagggttacttatggagagctacatgaagcaaccaatggtttttcttcttccaatttggtaggaacaggaagctttggctctgtttacaaaggatct 35406503  T
Q  224 cttc 227  Q
    ||||    
T  35406504 cttc 35406507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 233 - 411
Target Start/End: Original strand, 35410594 - 35410772
Alignment:
Q  233 tttgaaagacctattgttgtaaaggtgttaaatcttgaaacacgtggagcaacaaaaagtttcatagcggaatgcaatgcattgggaaagatgaagcacc 332  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||  ||||||||| |||||    
T  35410594 tttgaaagacctattgttgtaaaggtgttgaatcttgaaacacgtgaagcaacaaagagtttcatggcggaatgcaatgctttaagaaagatgaggcacc 35410693  T
Q  333 ggaatcttgtcaagattctaacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaagatttcaaagctattgtttttgagtt 411  Q
    | ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  35410694 gtaatcttgtcaaaatcctaacgtgttgttcaagtgttgattataatggtgaagagttcaaggctattgtttttgagtt 35410772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 262 - 414
Target Start/End: Original strand, 35385962 - 35386114
Alignment:
Q  262 aaatcttgaaacacgtggagcaacaaaaagtttcatagcggaatgcaatgcattgggaaagatgaagcaccggaatcttgtcaagattctaacttgttgt 361  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| |||||||| || |||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||| ||||||    
T  35385962 aaatcttgaaacacgtggagcagcaaagagtttcatggcagaatgcaatgctctgggaaagatgaagcaccagaatcttgtcaaggtcctaacctgttgt 35386061  T
Q  362 tcaagtgttgattataatggtgaagatttcaaagctattgtttttgagttcat 414  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  35386062 tcaagtgttgattataagggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcat 35386114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 130 - 414
Target Start/End: Original strand, 35436831 - 35437115
Alignment:
Q  130 ggttacttatggagagctatatgaagcaactgatggattttcttcagccaatttggttggaacaggaagctttggatctgtttataaaggatctcttctc 229  Q
    |||||||||||  ||  || ||||||||||  | |||||||||||| |||| ||||| ||  ||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||     
T  35436831 ggttacttatgaggatttacatgaagcaaccaacggattttcttcatccaacttggtaggcgcaggaagttttggttctgtatacaaaggatctcttctt 35436930  T
Q  230 aactttgaaagacctattgttgtaaaggtgttaaatcttgaaacacgtggagcaacaaaaagtttcatagcggaatgcaatgcattgggaaagatgaagc 329  Q
    || |||||| |||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| ||| |||| |||||  | || ||||| || | | ||| ||||||||| |    
T  35436931 aaatttgaaggacctattgtagtaaaggtgttgaaacttgaaacacgtggggcatcaaagagttttgtggctgaatgtaaagtactggaaaagatgaaac 35437030  T
Q  330 accggaatcttgtcaagattctaacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaagatttcaaagctattgtttttgagttcat 414  Q
    ||   || ||| | ||| | |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||    
T  35437031 acaaaaaccttctgaagctcctaactttctgttcaagtattgattataatggtgaagttttcaaggctatagtttttgaattcat 35437115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 179 - 269
Target Start/End: Original strand, 35385214 - 35385304
Alignment:
Q  179 aatttggttggaacaggaagctttggatctgtttataaaggatctcttctcaactttgaaagacctattgttgtaaaggtgttaaatcttg 269  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||| || |||||||    
T  35385214 aatttggttggagcaggaagctttggatctgtttataaaggatctcttctcaactttgaaagccctattgctataaaggtcttgaatcttg 35385304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 240; Significance: 1e-133; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 19 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 10416170 - 10415775
Alignment:
Q  19 tgtacttggtggggttttgatctctttcatagcttttataaatgttcattttctcatgagaaagtccaaaaagttgccttcttcaccatcgttgcgaaat 118  Q
    |||| |||||||| || |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||  || || ||||||||||| ||||||||     
T  10416170 tgtaattggtgggtttgtgatctctgtcatagcttttataattgttcattttctcacaagaaagtccaaaagcttaccatcttcaccatctttgcgaaac 10416071  T
Q  119 gagaagttgagggttacttatggagagctatatgaagcaactgatggattttcttcagccaatttggttggaacaggaagctttggatctgtttataaag 218  Q
    | ||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||  |||| ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  10416070 gggaaattgagggttacttatggagagctacatgaatcaaccaatggtttttcttcttccaatttggtaggaacaggaagctttggctctgtttacaaag 10415971  T
Q  219 gatctcttctcaactttgaaagacctattgttgtaaaggtgttaaatcttgaaacacgtggagcaacaaaaagtttcatagcggaatgcaatgcattggg 318  Q
    |||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||| | |||||||||||| || ||    
T  10415970 gatctcttccaagctttgaaagacctattgttgtaaaggtgttgaatcttgaaacacgtggagcagcaaagagtttcatggaggaatgcaatgctttagg 10415871  T
Q  319 aaagatgaagcaccggaatcttgtcaagattctaacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaagatttcaaagctattgtttttgagttcat 414  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10415870 aaagatgaagcaccgtaatcttgtcaaaatcctaacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcat 10415775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 31 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 10421045 - 10420662
Alignment:
Q  31 ggttttgatctctttcatagcttttataaatgttcattttctcatgagaaagtccaaaaagttgccttcttcaccatcgttgcgaaatgagaagttgagg 130  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| | |  |||||||    |||||| |||||| ||| |||||||||||||| | || ||| | ||| |||| |    
T  10421045 ggttttgatctctttcatagtttttataattttctattttctttcaagaaagaccaaaatgttaccttcttcaccatcttcgcaaaaagggaatttgatg 10420946  T
Q  131 gttacttatggagagctatatgaagcaactgatggattttcttcagccaatttggttggaacaggaagctttggatctgtttataaaggatctcttctca 230  Q
     |||||||| |||||||| ||||||||||  |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| |    
T  10420945 attacttatagagagctacatgaagcaaccaatgggttttcttcatccaatttggttggaacaggaagttttggttctgtttacaaaggatctcttctta 10420846  T
Q  231 actttgaaagacctattgttgtaaaggtgttaaatcttgaaacacgtggagcaacaaaaagtttcatagcggaatgcaatgcattgggaaagatgaagca 330  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||| || |||||| ||||| |||||| | |||| ||||||| ||| ||| || | ||  | ||||||||||| ||    
T  10420845 actttgaaaaacccattgttgtaaaggtattgaatcttaaaacatgtggaggagcaaagagtttcaaagcagaacgcgaagctctaggaaagatgaaaca 10420746  T
Q  331 ccggaatcttgtcaagattctaacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaagatttcaaagctattgtttttgagttcat 414  Q
    ||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  10420745 ccgaaaccttgtcaagatcctaacttgttgttcaagcgttgattataagggtgaagagttcaaggctattgtttttgagttcat 10420662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 153; E-Value: 6e-81
Query Start/End: Original strand, 162 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 10410336 - 10410084
Alignment:
Q  162 atggattttcttcagccaatttggttggaacaggaagctttggatctgtttataaaggatctcttctcaactttgaaagacctattgttgtaaaggtgtt 261  Q
    |||||||||||||| |||||||||| || | |||| | ||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10410336 atggattttcttcatccaatttggtaggtagaggaggatttggttctgtttacaaaggatctcttctctactttgaaagacctattgttgtaaaggtgtt 10410237  T
Q  262 aaatcttgaaacacgtggagcaacaaaaagtttcatagcggaatgcaatgcattgggaaagatgaagcaccggaatcttgtcaagattctaacttgttgt 361  Q
     ||||||||||||| |||||||  ||| |||||| | | ||||||||| ||  ||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  10410236 gaatcttgaaacacctggagcagtaaagagtttcgtggtggaatgcaaagctctgggaaacatgaagcaccggaatcttgttaagatcctaacttgttgt 10410137  T
Q  362 tcaagtgttgattataatggtgaagatttcaaagctattgtttttgagttcat 414  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10410136 tcaagtgttgattataaaggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcat 10410084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 29 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 10410447 - 10410332
Alignment:
Q  29 ggggttttgatctctttcatagcttttataaatgttcattttctcatgagaaagtccaaaaa-gttgc--cttcttcaccatcgttgcgaaatgagaagt 125  Q
    |||||| |||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||| ||| |  ||||||||||||  |||  ||||| ||  |    
T  10410447 ggggttgtgatttctgtcatagcttttataattgttcattttctcacgagaaa-tccaaaaaggttacctcttcttcaccatttttgataaatgggagct 10410349  T
Q  126 tgagggttacttatgga 142  Q
    |||||||||||||||||    
T  10410348 tgagggttacttatgga 10410332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 193; Significance: 1e-105; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 34 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 29623596 - 29623216
Alignment:
Q  34 tttgatctctttcatagcttttataaatgttcattttctcatgagaaagtccaaaaagttgccttcttcaccatcgttgcgaaatgagaagttgagggtt 133  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||  ||||||||||  |||||| |||||| ||| || ||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||    
T  29623596 tttgatatctttcatagcttttataattgcccattttctcacaagaaagcccaaaaggttaccctcttcaccatctttgcaaaatgagaatttgagggtt 29623497  T
Q  134 acttatggagagctatatgaagcaactgatggattttcttcagccaatttggttggaacaggaagctttggatctgtttataaaggatctcttctcaact 233  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||  |||||| ||||||| | |||||| | ||| ||||||||||||||||||| || | ||||||||||| |||||    
T  29623496 acttatggagacctacatgaagcaaccaatggatattcttcatctaatttgttaggagcaggaagctttggatctgtctacataggatctcttcccaact 29623397  T
Q  234 ttgaaagacctattgttgtaaaggtgttaaatcttgaaacacgtggagcaacaaaaagtttcatagcggaatgcaatgcattgggaaagatgaagcaccg 333  Q
    ||  |||||||||||   |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||| || ||||| ||  |  | ||||||||||| |||||    
T  29623396 ttcgaagacctattgccataaaggtgttgaatcttgaaacacgtggagcagcaaagagtttcattgcagaatgtaaatctctaggaaagatgaaacaccg 29623297  T
Q  334 gaatcttgtcaagattctaacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaagatttcaaagctattgtttttgagttcat 414  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  29623296 gaatcttgtcaagatcctaacttgttgttcaagtgttgattataaaggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcat 29623216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 156; Significance: 1e-82; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 19 - 414
Target Start/End: Original strand, 30662729 - 30663124
Alignment:
Q  19 tgtacttggtggggttttgatctctttcatagcttttataaatgttcattttctcatgagaaagtccaaaaagttgccttcttcaccatcgttgcgaaat 118  Q
    |||| ||||||| ||||| |||||||||  || ||| || | | || ||||||||  |||||||||||||| | | ||| ||| |||||| |||  ||||    
T  30662729 tgtagttggtggcgttttaatctctttcgcagttttgattattctttattttctcgcgagaaagtccaaaaggctacctactttaccatctttgaaaaat 30662828  T
Q  119 gagaagttgagggttacttatggagagctatatgaagcaactgatggattttcttcagccaatttggttggaacaggaagctttggatctgtttataaag 218  Q
    | ||| || |||||||||||||| ||| || |||| || ||  |||| ||||||||| |||||||||| || |||||||||||||  || ||||| ||||    
T  30662829 gggaacttcagggttacttatggtgagatacatgaggccaccaatgggttttcttcatccaatttggtagggacaggaagctttgcctccgtttacaaag 30662928  T
Q  219 gatctcttctcaactttgaaagacctattgttgtaaaggtgttaaatcttgaaacacgtggagcaacaaaaagtttcatagcggaatgcaatgcattggg 318  Q
    ||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||| ||||| ||||||| ||| |||||||| || |||||    
T  30662929 gatctctcctttactttgaaagacctattgttgtaaaggtgttgaatcttcaagcacgtggagctacaaagagtttcacagctgaatgcaaagctttggg 30663028  T
Q  319 aaagatgaagcaccggaatcttgtcaagattctaacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaagatttcaaagctattgtttttgagttcat 414  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||    
T  30663029 aaagatgaagcaccgaaatcttgtcaagattcttacatgttgttcaagcgtagattataagggtgacgagttcaaggctattgtttttgagttcat 30663124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 66 - 414
Target Start/End: Original strand, 30671456 - 30671804
Alignment:
Q  66 attttctcatgagaaagtccaaaaagttgccttcttcaccatcgttgcgaaatgagaagttgagggttacttatggagagctatatgaagcaactgatgg 165  Q
    ||||||||  |||||||||||||| | | ||| ||| |||||| | |  ||||| ||| || |||||||||||||| ||| || |||| || ||  ||||    
T  30671456 attttctcgcgagaaagtccaaaaggctacctactttaccatcttcgaaaaatgggaacttcagggttacttatggtgagatacatgaggccaccaatgg 30671555  T
Q  166 attttcttcagccaatttggttggaacaggaagctttggatctgtttataaaggatctcttctcaactttgaaagacctattgttgtaaaggtgttaaat 265  Q
     ||||||||| | |||||||| || |||||||||||||  |||||||| ||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  30671556 gttttcttcatcaaatttggtagggacaggaagctttgcctctgtttacaaaggatctctcctttactttgaaagacctattgttgtaaaggtgttgaat 30671655  T
Q  266 cttgaaacacgtggagcaacaaaaagtttcatagcggaatgcaatgcattgggaaagatgaagcaccggaatcttgtcaagattctaacttgttgttcaa 365  Q
    ||| || |||||||||| ||||| ||||||| ||| |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  30671656 cttcaagcacgtggagctacaaagagtttcacagctgaatgcaaagctttgggaaagatgaagcaccgaaatcttgtcaagattcttacatgttgttcaa 30671755  T
Q  366 gtgttgattataatggtgaagatttcaaagctattgtttttgagttcat 414  Q
    | || |||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||    
T  30671756 gcgtagattataagggtgacgagttcaaggctattgtttttgagttcat 30671804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 66 - 414
Target Start/End: Original strand, 30625825 - 30626173
Alignment:
Q  66 attttctcatgagaaagtccaaaaagttgccttcttcaccatcgttgcgaaatgagaagttgagggttacttatggagagctatatgaagcaactgatgg 165  Q
    ||||||||  |||||||||||||| | | ||| ||| |||||| | |  ||||| ||| || |||||||||||||| ||| || |||| || ||  ||||    
T  30625825 attttctcgcgagaaagtccaaaaggctacctactttaccatcttagaaaaatgggaacttcagggttacttatggtgagatacatgaggccaccaatgg 30625924  T
Q  166 attttcttcagccaatttggttggaacaggaagctttggatctgtttataaaggatctcttctcaactttgaaagacctattgttgtaaaggtgttaaat 265  Q
     ||||||||| | |||||||| || |||||||||||||  |||||||| ||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  30625925 gttttcttcatcaaatttggtagggacaggaagctttgcctctgtttacaaaggatctctcctttactttgaaagacctattgttgtaaaggtgttgaat 30626024  T
Q  266 cttgaaacacgtggagcaacaaaaagtttcatagcggaatgcaatgcattgggaaagatgaagcaccggaatcttgtcaagattctaacttgttgttcaa 365  Q
    ||| || |||||||||| ||||| ||||||| ||| |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  30626025 cttcaagcacgtggagctacaaagagtttcacagctgaatgcaaagctttgggaaagatgaagcaccgaaatcttgtcaagattcttacatgttgttcaa 30626124  T
Q  366 gtgttgattataatggtgaagatttcaaagctattgtttttgagttcat 414  Q
    |  | |||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||    
T  30626125 gaatagattataagggtgacgagttcaaggctattgtttttgagttcat 30626173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 95; Significance: 2e-46; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 164 - 414
Target Start/End: Original strand, 13564482 - 13564732
Alignment:
Q  164 ggattttcttcagccaatttggttggaacaggaagctttggatctgtttataaaggatctcttctcaactttgaaagacctattgttgtaaaggtgttaa 263  Q
    |||||||||||| ||||| || | || |||  ||||||||| |||||||| ||||||||| ||  | | ||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  13564482 ggattttcttcatccaatctgataggtacaataagctttggttctgtttacaaaggatctatttcctattttgaaagacctattgttgtaaaagtgttga 13564581  T
Q  264 atcttgaaacacgtggagcaacaaaaagtttcatagcggaatgcaatgcattgggaaagatgaagcaccggaatcttgtcaagattctaacttgttgttc 363  Q
    |||||||||||||| ||||| | || ||||| |  || |||||||| || || ||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||  |||  |||||    
T  13564582 atcttgaaacacgttgagcagcgaagagttttacggctgaatgcaaagctttaggaaagatgaagcaccgaaatcgtgttaagattcttccttaatgttc 13564681  T
Q  364 aagtgttgattataatggtgaagatttcaaagctattgtttttgagttcat 414  Q
    |||| ||||| |||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  13564682 aagtattgataataagggtgacgatttcaaggctattgtttttgagttcat 13564732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 333 - 410
Target Start/End: Original strand, 28605597 - 28605674
Alignment:
Q  333 ggaatcttgtcaagattctaacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaagatttcaaagctattgtttttgagt 410  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||||||| | ||||| |||||| | || ||||||||| | ||||||||||    
T  28605597 ggaatcttgtcaagattttaacatgttgttcaagtatggattacaatggtaatgaattcaaagctttagtttttgagt 28605674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000002; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 353 - 414
Target Start/End: Original strand, 1153787 - 1153848
Alignment:
Q  353 acttgttgttcaagtgttgattataatggtgaagatttcaaagctattgtttttgagttcat 414  Q
    |||||||| |||||| ||||||  || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  1153787 acttgttgctcaagtattgattgcaaaggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcat 1153848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University