View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF1732-Insertion-10 (Length: 760)
Name: NF1732-Insertion-10
Description: NF1732
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1732-Insertion-10 |
 | |
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| [»] scaffold0062 (4 HSPs) |
| |
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Alignment Details
Target: scaffold0062 (Bit Score: 661; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: scaffold0062
Description:
Target: scaffold0062; HSP #1
Raw Score: 661; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 760
Target Start/End: Complemental strand, 16447 - 15718
Alignment:
| Q |
29 |
aatttgaaccataaaattatagatacaaatgacgagattaattaacttatgagtaggctttgcaaaatatcctctaaaatgaaaggtttattctcattgg |
128 |
Q |
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| T |
16447 |
aatttgacccataaaattatagatgcaaatgacgagattaattaacctatgaggaggctttgcaaaatatcctctaaaacgaaaggtttattctcattgg |
16348 |
T |
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| Q |
129 |
gtagaggaattgtagagtcatcagcgttccaaagaaaaacaccagggagtgatgctatctggaggagatgtctgcagccagcaatgaagtgctcccttgg |
228 |
Q |
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| T |
16347 |
gtagaggaattgtagagtcatcagcgttccaaagaaaaacaccagggagtgatgctatctggaggagatgtctgcagccagcaatgaagtgctcccttgg |
16248 |
T |
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| Q |
229 |
catcttgtctacataggctcaatgtgaagcttgtcggtgctaactcctggaaggactatactaggtttgtagtttcttgatacctggtcatagagtttta |
328 |
Q |
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| T |
16247 |
catcttgtctaca--ggctcaatgtgaagcttgtcggtgctaactcctggaaggactatactaggtttgtagtttcttgatacctggtcatagagtttta |
16150 |
T |
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| Q |
329 |
gaaagtcgtcaagtgtggatacagcattagattggttgtagaactggtagttaacccaatttatattggcctcattttgccaaaacaagttgcggtagtg |
428 |
Q |
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| T |
16149 |
gaaagtcgtcaagtgtggatacagctttagattggttgtagaactggtagttaacccaatttatattggcctcattttgccaaaacaagttgcggtagtg |
16050 |
T |
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| Q |
429 |
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528 |
Q |
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| T |
16049 |
gatttcattggtctcggatggagcaatggacacgatcttgatgcgtagataattatcattcttaagttgagttataacttcccctatgcacctggcaaaa |
15950 |
T |
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| Q |
529 |
cgaagcttacctgtgtcatttgtagtatggaagacgttaagataattaatgtcaatgccatcaattatgttgctggtttgatccttgtatttttggatga |
628 |
Q |
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| T |
15949 |
cgaagcttacctgtgtcatttgtagtatggaagacgttaagataattaatgtcaatgccatcaattatgttgccggtttgatccttgtatttttggatga |
15850 |
T |
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| Q |
629 |
tcactttgagtgaagacacagcccgcgtagtccagatattttcctcaacaggattgaatggagttttaacagtgtcattacctccaatgcttattatcac |
728 |
Q |
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| T |
15849 |
tcactttgagtgaagacacagcccgcgtaatccagatagtttcctcaacaggattgaatggagttttaacggtgtcattacctccaatgcttattaccac |
15750 |
T |
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| Q |
729 |
cgtcacatttggattatttcccttcgaatttc |
760 |
Q |
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| T |
15749 |
cttcacatttggattatttcccttcaaatttc |
15718 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0062; HSP #2
Raw Score: 661; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 760
Target Start/End: Complemental strand, 26615 - 25886
Alignment:
| Q |
29 |
aatttgaaccataaaattatagatacaaatgacgagattaattaacttatgagtaggctttgcaaaatatcctctaaaatgaaaggtttattctcattgg |
128 |
Q |
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| T |
26615 |
aatttgacccataaaattatagatgcaaatgacgagattaattaacctatgaggaggctttgcaaaatatcctctaaaacgaaaggtttattctcattgg |
26516 |
T |
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| Q |
129 |
gtagaggaattgtagagtcatcagcgttccaaagaaaaacaccagggagtgatgctatctggaggagatgtctgcagccagcaatgaagtgctcccttgg |
228 |
Q |
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| T |
26515 |
gtagaggaattgtagagtcatcagcgttccaaagaaaaacaccagggagtgatgctatctggaggagatgtctgcagccagcaatgaagtgctcccttgg |
26416 |
T |
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| Q |
229 |
catcttgtctacataggctcaatgtgaagcttgtcggtgctaactcctggaaggactatactaggtttgtagtttcttgatacctggtcatagagtttta |
328 |
Q |
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| T |
26415 |
catcttgtctaca--ggctcaatgtgaagcttgtcggtgctaactcctggaaggactatactaggtttgtagtttcttgatacctggtcatagagtttta |
26318 |
T |
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| Q |
329 |
gaaagtcgtcaagtgtggatacagcattagattggttgtagaactggtagttaacccaatttatattggcctcattttgccaaaacaagttgcggtagtg |
428 |
Q |
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| T |
26317 |
gaaagtcgtcaagtgtggatacagctttagattggttgtagaactggtagttaacccaatttatattggcctcattttgccaaaacaagttgcggtagtg |
26218 |
T |
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| Q |
429 |
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528 |
Q |
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| T |
26217 |
gatttcattggtctcggatggagcaatggacacgatcttgatgcgtagataattatcattcttaagttgagttataacttcccctatgcacctggcaaaa |
26118 |
T |
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| Q |
529 |
cgaagcttacctgtgtcatttgtagtatggaagacgttaagataattaatgtcaatgccatcaattatgttgctggtttgatccttgtatttttggatga |
628 |
Q |
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| T |
26117 |
cgaagcttacctgtgtcatttgtagtatggaagacgttaagataattaatgtcaatgccatcaattatgttgccggtttgatccttgtatttttggatga |
26018 |
T |
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| Q |
629 |
tcactttgagtgaagacacagcccgcgtagtccagatattttcctcaacaggattgaatggagttttaacagtgtcattacctccaatgcttattatcac |
728 |
Q |
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| T |
26017 |
tcactttgagtgaagacacagcccgcgtaatccagatagtttcctcaacaggattgaatggagttttaacggtgtcattacctccaatgcttattaccac |
25918 |
T |
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| Q |
729 |
cgtcacatttggattatttcccttcgaatttc |
760 |
Q |
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| T |
25917 |
cttcacatttggattatttcccttcaaatttc |
25886 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0062; HSP #3
Raw Score: 661; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 760
Target Start/End: Complemental strand, 36781 - 36052
Alignment:
| Q |
29 |
aatttgaaccataaaattatagatacaaatgacgagattaattaacttatgagtaggctttgcaaaatatcctctaaaatgaaaggtttattctcattgg |
128 |
Q |
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| T |
36781 |
aatttgacccataaaattatagatgcaaatgacgagattaattaacctatgaggaggctttgcaaaatatcctctaaaacgaaaggtttattctcattgg |
36682 |
T |
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| Q |
129 |
gtagaggaattgtagagtcatcagcgttccaaagaaaaacaccagggagtgatgctatctggaggagatgtctgcagccagcaatgaagtgctcccttgg |
228 |
Q |
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| T |
36681 |
gtagaggaattgtagagtcatcagcgttccaaagaaaaacaccagggagtgatgctatctggaggagatgtctgcagccagcaatgaagtgctcccttgg |
36582 |
T |
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| Q |
229 |
catcttgtctacataggctcaatgtgaagcttgtcggtgctaactcctggaaggactatactaggtttgtagtttcttgatacctggtcatagagtttta |
328 |
Q |
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| T |
36581 |
catcttgtctaca--ggctcaatgtgaagcttgtcggtgctaactcctggaaggactatactaggtttgtagtttcttgatacctggtcatagagtttta |
36484 |
T |
|
| Q |
329 |
gaaagtcgtcaagtgtggatacagcattagattggttgtagaactggtagttaacccaatttatattggcctcattttgccaaaacaagttgcggtagtg |
428 |
Q |
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| T |
36483 |
gaaagtcgtcaagtgtggatacagctttagattggttgtagaactggtagttaacccaatttatattggcctcattttgccaaaacaagttgcggtagtg |
36384 |
T |
|
| Q |
429 |
gatttcattggtctcggatggagcaatggacacgatcttgatgcgtagataattatcattcttaagttgggttataacttcctctatgcacctggcaaaa |
528 |
Q |
| |
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| T |
36383 |
gatttcattggtctcggatggagcaatggacacgatcttgatgcgtagataattatcattcttaagttgagttataacttcccctatgcacctggcaaaa |
36284 |
T |
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| Q |
529 |
cgaagcttacctgtgtcatttgtagtatggaagacgttaagataattaatgtcaatgccatcaattatgttgctggtttgatccttgtatttttggatga |
628 |
Q |
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| T |
36283 |
cgaagcttacctgtgtcatttgtagtatggaagacgttaagataattaatgtcaatgccatcaattatgttgccggtttgatccttgtatttttggatga |
36184 |
T |
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| Q |
629 |
tcactttgagtgaagacacagcccgcgtagtccagatattttcctcaacaggattgaatggagttttaacagtgtcattacctccaatgcttattatcac |
728 |
Q |
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| T |
36183 |
tcactttgagtgaagacacagcccgcgtaatccagatagtttcctcaacaggattgaatggagttttaacggtgtcattacctccaatgcttattaccac |
36084 |
T |
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| Q |
729 |
cgtcacatttggattatttcccttcgaatttc |
760 |
Q |
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| T |
36083 |
cttcacatttggattatttcccttcaaatttc |
36052 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0062; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 605 - 753
Target Start/End: Complemental strand, 5542 - 5397
Alignment:
| Q |
605 |
tttgatccttgtatttttggatgatcactttgagtgaagacacagcccgcgtagtccagatattttcctcaacaggattgaatggagttttaacagtgtc |
704 |
Q |
| |
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|
| T |
5542 |
tttgatccttgaatcttaggatgatcactttgagtgaagccacagctttctccgtccatatattatcctcagcaggattgaatggagttttttc---gtc |
5446 |
T |
|
| Q |
705 |
attacctccaatgcttattatcaccgtcacatttggattatttcccttc |
753 |
Q |
| |
|
| |||||||| |||||||| |||| |||||||| ||||||| ||||| |
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|
| T |
5445 |
acaacctccaaagcttattaccaccttcacatttttattattttccttc |
5397 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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