View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF1732-Insertion-11 (Length: 697)
Name: NF1732-Insertion-11
Description: NF1732
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1732-Insertion-11 |
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| [»] chr4 (1 HSPs) |
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| [»] chr5 (1 HSPs) |
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| [»] scaffold0405 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 577; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 577; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 27 - 697
Target Start/End: Complemental strand, 50974144 - 50973467
Alignment:
| Q |
27 |
tttgtgtagtaatttactttaagcttatttgttgttctggtatggtactgagttggtgaaatcatgttgctatacaatttatttggttttttacactaca |
126 |
Q |
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| T |
50974144 |
tttgtgtagtaatttactttaagcttatgtgttgttctggtatggtactgagttggtgaaatcatgctgctatacaatttatttggttttttacattaca |
50974045 |
T |
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| Q |
127 |
tattatgacactaatttctttatggtgtttatgatgtt-ataatttgacaaatctcatcttattggaattgatatatatgtcgctaaagctaatgagttc |
225 |
Q |
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| T |
50974044 |
gattatgacactaatttctttatggtgtttatgatgtttataatttgacgaatctcatcttattggaattgatatatatgtcgctaaagctaatgagtta |
50973945 |
T |
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| Q |
226 |
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323 |
Q |
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| T |
50973944 |
tacctattttttaacaataaattcaatttaagggaagacataatcaaatttaaggacaaatttaaaactatttttattagtgatatgatatcttttacta |
50973845 |
T |
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| Q |
324 |
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423 |
Q |
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| T |
50973844 |
atattaggtgcaggaagaatgacacatatgttgtgaggacttggtcatccttttgagtgtgtttaaatctatggcgttggagcagactctaatgcaacca |
50973745 |
T |
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| Q |
424 |
tgctaaaatatataggttcaaaaacacatgaaaaatgatggctcataaggattacagtgagcggaaattgtggaagcctttatttcttgctattcaagaa |
523 |
Q |
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| T |
50973744 |
tgctaaaatatataggttcaaaaacacatgaacaatgatggctcataaggattacagtgagcggaaattgtggaatcctttatttcttgctattcaaaaa |
50973645 |
T |
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| Q |
524 |
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623 |
Q |
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| T |
50973644 |
tgggattgcagctggcgtggcaacgtaacaaaagttgtgtcgtaagagttggagggtgtctgtttatatggtttgataattgtgaagtagaatttaaaat |
50973545 |
T |
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| Q |
624 |
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697 |
Q |
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| T |
50973544 |
tcaaagatgtctataagtattctactttttgttctcattaaacattataaatgcatcgacacttgggtttgacttata |
50973467 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 557; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 557; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 27 - 697
Target Start/End: Complemental strand, 26839035 - 26838365
Alignment:
| Q |
27 |
tttgtgtagtaatttactttaagcttatttgttgttctggtatggtactgagttggtgaaatcatgttgctatacaatttatttggttttttacactaca |
126 |
Q |
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| T |
26839035 |
tttgtgtagtaatttactttaagcttatgtgttgttctggtatggtactgagttggtgaaat----atgctatacaatttatttggttttttacactaca |
26838940 |
T |
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| Q |
127 |
tattatgacactaatttctttatggtgtttatgatgttataatttgacaaatctcatcttattggaattgatatatatgtcgctaaagctaatgagttct |
226 |
Q |
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| T |
26838939 |
gattatgacactaatttctttatggtgtttatgatgttataatttgaagaatctcatcttattggaattgatatatatgtcgctgaagctaatgagttct |
26838840 |
T |
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| Q |
227 |
aacattttttaacaataaattcaatttaagggaagacataatcaaatttaaggacaaatttaaaacatttttattagtgatatgatatcttttactaata |
326 |
Q |
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| T |
26838839 |
accattttttaacaataaattcaatttaagggaagaaataatcaaatttaaggacaaatttaaaacatttttattagtgatatgatatcttttactaata |
26838740 |
T |
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| Q |
327 |
gtaggtgcaggaagaatgacacatatgttgtgaggacttggtcatccttttgagtgtgtttaaatctatggcgttggagcagactctaatgcaaccatgc |
426 |
Q |
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| T |
26838739 |
ttagatgcaggaagaatgacacacatgttgtgaggacttggtcatccttttgagtgtgtttaaatctatggcgttggagtagactctaatgcaaccatgc |
26838640 |
T |
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| Q |
427 |
taaaatatataggttcaaaaacacatgaaaaatgatggctcataaggattacagtgagcggaaattgtggaagcctttatttcttgctattcaagaatgg |
526 |
Q |
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| T |
26838639 |
taaaatatataggttcaaaaacacatgaaaaatgatggctcataaggattacaatgagcggaaattgtggaagcctttatttcttgctattcaaaaatgg |
26838540 |
T |
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| Q |
527 |
gattgcagctggcgtggcaacgtaacaaaagttgtgtcataagagttggagggtgtctgtttatatggtttgataattgtgaagtagaatttaaaattca |
626 |
Q |
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| T |
26838539 |
gattgcagctggcgtggcaacgtaacaaaagttgcgtcataagagttggagggtgtctgtttataaggtttgaaaattgtgaagtagaatttaaaattca |
26838440 |
T |
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| Q |
627 |
aagatg----taagtattctattttttgttctcactaaacattataaatgcatcgacactttggtttgacttata |
697 |
Q |
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| T |
26838439 |
aagatgtctataagtattctactttttgttctcattaaacattataaatgcatcgacacttgggtttggcttata |
26838365 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0405 (Bit Score: 135; Significance: 5e-70; HSPs: 1)
Name: scaffold0405
Description:
Target: scaffold0405; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 5e-70
Query Start/End: Original strand, 56 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 14244 - 14046
Alignment:
| Q |
56 |
tgttgttctggtatggtactgagttggtgaaatcatgttgctatacaatttatttggttttttacactacatattatgacactaatttctttatggtgtt |
155 |
Q |
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| T |
14244 |
tgtttttctggtatggtgctgagttggtgaaatcatgttgttatacaatatatttggttttttacactacagattatgacactaatttctttatgatgtg |
14145 |
T |
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| Q |
156 |
tatgatgttataatttgacaaatctcatcttattggaattgatatatatgtcgctaaagctaatgagttctaacattttttaacaataaattcaattta |
254 |
Q |
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| T |
14144 |
aatgatgcaataatttgaagaatctcatctcattggaattgatatatatgtcgctgaagctaatgagttctaccattctttaacaataaattcaattta |
14046 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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