View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17324_low_4 (Length: 532)

Name: NF17324_low_4
Description: NF17324
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17324_low_4
NF17324_low_4
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (8-514)||(25809184-25809690)
[»] chr3 (15 HSPs)
chr3 (8-514)||(5446122-5446628)
chr3 (8-357)||(5490015-5490367)
chr3 (38-352)||(5454843-5455160)
chr3 (15-301)||(5502886-5503173)
chr3 (15-355)||(20343459-20343803)
chr3 (27-263)||(5854109-5854348)
chr3 (27-290)||(5484688-5484954)
chr3 (15-290)||(5525734-5526010)
chr3 (15-299)||(5828067-5828355)
chr3 (15-357)||(5848796-5849142)
chr3 (8-220)||(5802392-5802607)
chr3 (382-450)||(5489948-5490016)
chr3 (409-514)||(5454704-5454810)
chr3 (475-508)||(20343363-20343396)
chr3 (337-414)||(5502802-5502877)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 478; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 478; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 514
Target Start/End: Original strand, 25809184 - 25809690
Alignment:
Q  8 acatcatcatcatggtataacaagatcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgttctgcatatgcaactttagatatca 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25809184 acatcatcatcatggtataacaagatcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgttctgcatatgcaactttagatatca 25809283  T
Q  108 gatatggtagtggctgcttactctggtttgacgacattgttgacatgagaaaacatcaagaccaaggacaagacatttacatacggctggcatcttcaga 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25809284 gatatggtagtggctgcttactctggtttgacgacattgttgacatgagaatacatcaagaccaaggacaagacatttacatacggctggcatcttcaga 25809383  T
Q  208 acttggtattttcatttgttattacatattttgtcctttcagttagatatatagcataaatttacatatttcaccatttgtgttgatattattaagtatc 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  25809384 acttggtattttcatttgttattacatattttgtcctttcagttagatatatagcataaatttacatatttcaccatttgtgttgatattattaagcatc 25809483  T
Q  308 cttgaaaacttgaaattacgtgacactattaaattctcttttcacttttatgtaagtatatacctgagcttttctaagaagaagaagttgtgttcaactt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25809484 cttgaaaacttgaaattacgtgacactattaaattctcttttcacttttatgtaagtatatacctgagcttttctaagaagaagaagttgtgttcaactt 25809583  T
Q  408 ccaaatgatcatgaatcaactcccaaatggaagctgtgttctccatagatgnnnnnnncttctctttagtaagcttctataccagcttgttgactgacat 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25809584 ccaaatgatcatgaatcaactcccaaatggaagctgtgttctccatagatgtttttttcttctctttagtaagcttctataccagcttgttgactgacat 25809683  T
Q  508 taacttc 514  Q
    |||||||    
T  25809684 taacttc 25809690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 478; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 478; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 5446628 - 5446122
Alignment:
Q  8 acatcatcatcatggtataacaagatcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgttctgcatatgcaactttagatatca 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5446628 acatcatcatcatggtataacaagatcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgttctgcatatgcaactttagatatca 5446529  T
Q  108 gatatggtagtggctgcttactctggtttgacgacattgttgacatgagaaaacatcaagaccaaggacaagacatttacatacggctggcatcttcaga 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5446528 gatatggtagtggctgcttactctggtttgacgacattgttgacatgagaatacatcaagaccaaggacaagacatttacatacggctggcatcttcaga 5446429  T
Q  208 acttggtattttcatttgttattacatattttgtcctttcagttagatatatagcataaatttacatatttcaccatttgtgttgatattattaagtatc 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  5446428 acttggtattttcatttgttattacatattttgtcctttcagttagatatatagcataaatttacatatttcaccatttgtgttgatattattaagcatc 5446329  T
Q  308 cttgaaaacttgaaattacgtgacactattaaattctcttttcacttttatgtaagtatatacctgagcttttctaagaagaagaagttgtgttcaactt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5446328 cttgaaaacttgaaattacgtgacactattaaattctcttttcacttttatgtaagtatatacctgagcttttctaagaagaagaagttgtgttcaactt 5446229  T
Q  408 ccaaatgatcatgaatcaactcccaaatggaagctgtgttctccatagatgnnnnnnncttctctttagtaagcttctataccagcttgttgactgacat 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5446228 ccaaatgatcatgaatcaactcccaaatggaagctgtgttctccatagatgtttttttcttctctttagtaagcttctataccagcttgttgactgacat 5446129  T
Q  508 taacttc 514  Q
    |||||||    
T  5446128 taacttc 5446122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 8 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 5490367 - 5490015
Alignment:
Q  8 acatcatcatcatggtataacaagatcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgttctgcatatgcaactttagatatca 107  Q
    ||||||||||| |  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||| || ||||||||    
T  5490367 acatcatcatcgtattataacaagagcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgtacttgcactgcatatgcaaattcagatatca 5490268  T
Q  108 gatatggt---agtggctgcttactctggtttgacgacattgttgacatgagaaaacatcaagaccaaggacaagacatttacatacggctggcatcttc 204  Q
     | |||||   ||||||||| |||| |||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  5490267 aagatggtgggagtggctgcatactttggtttaacaacattgtggacatgagaaaacatcaagaccaaggacaagacatttacatacggatggcatcttc 5490168  T
Q  205 agaacttggtattttcatttgttattacatattttgtcctttcagttagatatatagcataaatttacatatttcaccatttgtgttgatattattaagt 304  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||     
T  5490167 agaacttggtattttcatttcttattacatattttgtcttttcagttagatatatagcataaattta-atatttcaccatttgtgttgatattattaagc 5490069  T
Q  305 a-tccttgaaaacttgaaattacgtgacactattaaattctcttttcactttta 357  Q
    | |  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5490068 actgtttgaaaacttgaaattacgtgacactagtaaattctcttttcactttta 5490015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 38 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 5455160 - 5454843
Alignment:
Q  38 agccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgttctgcatatgcaactttagatatcagatatggt---agtggctgcttactctggt 134  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||||||||||| ||| |   ||||||||| |||| ||||    
T  5455160 agccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgtacttgcaatgcatatgcaactttagatatcagagatgatgggagtggctgcatactttggt 5455061  T
Q  135 ttgacgacattgttgacatgagaaaacatcaagaccaaggacaagacatttacatacggctggcatcttcagaacttggtattttcatttgttattacat 234  Q
    || || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  5455060 ttcacaacattgtggacatgagaaaacatcaagaccaaggacaagacatttacatacggatggcatcttcagaacttggtattttcttttcttattacat 5454961  T
Q  235 attttgtcctttcagttagatatatagcataaatttacatatttcaccatttgtgttgatattattaagtatccttgaaaacttgaaattacgtgacact 334  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||   ||||||||||||||||||| |||||    
T  5454960 attttgtcttttcagttagatatatagcataaacttatatatttcaccatttgtcttgatattattaagcattgctgaaaacttgaaattacgtcacact 5454861  T
Q  335 attaaattctcttttcac 352  Q
    | ||||||||||||||||    
T  5454860 agtaaattctcttttcac 5454843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 15 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 5503173 - 5502886
Alignment:
Q  15 catcatggtataacaagatcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgttctgcatatgcaactttagatatcagatatgg 114  Q
    |||| |||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| || |||||||||| ||||    
T  5503173 catcttggtatgacaggagcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgcactgcatatgcaaattcagatatcagagatgg 5503074  T
Q  115 t---agtggctgcttactctggtttgacgacattgttgacatgagaaaacatcaagaccaaggacaagacatttacatacggctggcatcttcagaactt 211  Q
    |   |||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  5503073 tgggagtggctgcttactttggtttgacaacattgtcgacatgagaaaacatccagaccaaggacaagacatttacatacggctggcatcttcagagctt 5502974  T
Q  212 ggtattttcatttgttattacatattttgtcctttcagttagatatatagcataaatttacatatttcaccatttgtgttgatattatta 301  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5502973 ggtattttcatttgctattacatattttgtcctttcagttaga--tatagcataaatttacatatttcaccatttgtgttgatattatta 5502886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 148; E-Value: 7e-78
Query Start/End: Original strand, 15 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 20343803 - 20343459
Alignment:
Q  15 catcatggtataacaagatcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgttctgcatatgcaactttagatatcagatatgg 114  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||| |||  |||  |||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  20343803 catcatggtatgacaagagcttgagccttcaggaatgtaagacgacgtgtttgaaaaattgtaattgcactgcatatgcaaatttagatatcagagatgg 20343704  T
Q  115 t---agtggctgcttactctggtttgacgacattgttgacatgagaaaacatcaagaccaaggacaagacatttacatacggctggcatcttcagaactt 211  Q
    |   ||||| |||||||| ||||||||| | ||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  20343703 tgggagtggttgcttactttggtttgacaatattttggacatgagaaaacatcgagaccaaggacaagacatttatatacggctagcatcttcagaactt 20343604  T
Q  212 ggtattttcatttgttattacatattttgtcctttc-agttagatatatagcataaattt-acatatttcaccatttgtgttgatattattaagtatcct 309  Q
    |||||||||||||  |||||||| |||| ||||||| |||||||||||| ||| |||||| | |||||||| ||||| | |||||| ||||||||    |    
T  20343603 ggtattttcatttcctattacatctttt-tcctttccagttagatatattgcacaaatttcatatatttcagcatttatcttgatagtattaagtcctgt 20343505  T
Q  310 tgaaaacttgaaattacgtgacactattaaattctcttttcacttt 355  Q
    |||| | ||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  20343504 tgaatagttgaaatcatgtgacactaataaattctcttttcacttt 20343459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 27 - 263
Target Start/End: Original strand, 5854109 - 5854348
Alignment:
Q  27 acaagatcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgttctgcatatgcaactttagatatcagatatggt---agtggctg 123  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||| |   ||||||||    
T  5854109 acaagagcttgagccttgaggaatgtatgacagtgtgtttgaaaaactgttcttgcactgcatatgcaaatttagatatcagatatgttggaagtggctg 5854208  T
Q  124 cttactctggtttgacgacattgttgacatgagaaaacatcaagaccaaggacaagacatttacatacggctggcatcttcagaacttggtattttcatt 223  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5854209 cttactttggtttgacaacattgttgatatgagaaaacatccagaccaaggacaagacattttcatacggctggcatcttcagaacttggtatttacatt 5854308  T
Q  224 tgttattacatattttgtcctttcagttagatatatagca 263  Q
    |  |||||||| ||||| | |||||||  |||||||||||    
T  5854309 tcctattacatcttttgccttttcagtctgatatatagca 5854348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 27 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 5484954 - 5484688
Alignment:
Q  27 acaagatcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgttctgcatatgcaactttagatatcagatatggt---agtggctg 123  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||| |||||   ||||||||    
T  5484954 acaagagcttgagccttaaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgcactgcatatgcaaatttagatatcagagatggtgggagtggctg 5484855  T
Q  124 cttactctggtttgacgacattgttgacatgagaaaacatcaagaccaaggacaagacatttacatacggctggcatcttcagaacttggtattttcatt 223  Q
    |||||| ||||||| | ||||||| ||||||||||||||||  |||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5484854 cttactttggtttggcaacattgtggacatgagaaaacatcctgacgtaggacaagaaatttacatacggctggcatcttcagaacttggtattttcatt 5484755  T
Q  224 tgttattacatattttgtcctttcagttagatatatagcataaatttacatatttcaccatttgtgt 290  Q
    |   |  ||||||||| ||  |||||| |||||||||||| |||||||  ||||||| |||||||||    
T  5484754 tccaaagacatattttatctcttcagtcagatatatagcacaaatttatttatttcatcatttgtgt 5484688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 15 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 5526010 - 5525734
Alignment:
Q  15 catcatggtataacaagatcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgttctgcatatgcaactttagatatcagatatgg 114  Q
    |||| |||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||| || |||| ||||| ||||    
T  5526010 catcttggtatgacaagagcttgagcctcgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaattgttcttgcactgcatatgcaaattcagatgtcagagatgg 5525911  T
Q  115 t---agtggctgcttactctggtttgacgacattgttgacatgagaaaacatcaagaccaaggacaagacatttacatacggctggcatcttcagaactt 211  Q
    |   |||||||||||||| |||||| || ||||||| ||||||||||||||||  |||  |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  5525910 tgggagtggctgcttactttggtttaacaacattgtggacatgagaaaacatcctgacgtaggacaagacatttacatacgattggcatcttcagaactt 5525811  T
Q  212 ggtattttcatttgttattacatattttgtcctttcagttagatatatagcataaatttacatatttcaccatttgtgt 290  Q
    |||||||| | ||  ||| |||||||||  | |||||||||||||||||||  | ||||| |||||||| |||||||||    
T  5525810 ggtattttaacttcctatcacatatttttccttttcagttagatatatagc--acatttatatatttcatcatttgtgt 5525734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 115; E-Value: 4e-58
Query Start/End: Original strand, 15 - 299
Target Start/End: Original strand, 5828067 - 5828355
Alignment:
Q  15 catcatggtataacaagatcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgttctgcatatgcaactttagatatcagatatgg 114  Q
    |||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| ||  ||||||||| ||||    
T  5828067 catcttggtatgacaagaacttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgcattgcatatgcaaattctgatatcagagatgg 5828166  T
Q  115 t---agtggctgcttactctggtttgacgacattgttgacatgagaaaacatcaagaccaaggacaagacatttacatacggctggcatcttcagaactt 211  Q
    |   |||||||||||||| |||||| || | ||||| ||||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||    
T  5828167 tgggagtggctgcttactttggtttaacaatattgtggacatgagaaaacatcctgacgtaggacaagacatttacatacgactcgcatcttccgaactt 5828266  T
Q  212 ggtattttcatttgttattacatattttgtcctttcagttagatatatagcataaatttacatat-ttcaccatttgtgttgatattat 299  Q
    |||||||||||||   |  |||||||||  |  |||||||||||  |||| | ||||||| |||| |||| ||||||| ||||||||||    
T  5828267 ggtattttcatttccaaagacatattttacctcttcagttagatgcataggacaaatttatatatattcagcatttgtcttgatattat 5828355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 15 - 357
Target Start/End: Original strand, 5848796 - 5849142
Alignment:
Q  15 catcatggtataacaagatcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgttctgcatatgcaactttagatatcagatatgg 114  Q
    |||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||  |||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  5848796 catcttggtatgacaagagcttgagccttgaggaatgtaagacactgtgcttgaaaaactgtacttgcactgcatatgcaaatttagatatcagagatgg 5848895  T
Q  115 t---agtggctgcttactctggtttgacgacattgttgacatgagaaaacatcaagaccaaggacaagacatttacatacggctggcatcttcagaactt 211  Q
    |   |||||||||||||| |||||| || ||||||| ||||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||     
T  5848896 tgggagtggctgcttactttggtttaacaacattgtggacatgagaaaacatcctgacataggacaagacatttacatacgactcgcatcttcagaactc 5848995  T
Q  212 ggta-ttttcatttgttattacatattttgtcctttcagttag--atatatagcataaatttacatatttcaccatttgtgttgatattattaagtatcc 308  Q
    |||| ||||  | |  |||||||| ||||| | | ||||| ||  |||||||||| || |  | |||||||| ||||| | || ||||||||||| |       
T  5848996 ggtattttttgtatcctattacatcttttgccttgtcagtgagatatatatagcacaagtgcatatatttcagcatttttcttcatattattaagcactg 5849095  T
Q  309 ttgaaaacttgaaattacgtgacactattaaattctcttttcactttta 357  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||  |||||||||||| ||| |||||    
T  5849096 ttgtaaacttgaaattaggtgacac--ttaaattctcttgtcattttta 5849142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 8 - 220
Target Start/End: Original strand, 5802392 - 5802607
Alignment:
Q  8 acatcatcatcatggtataacaagatcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgttctgcatatgcaactttagatatca 107  Q
    ||||||||||| |  |||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||| || ||||||||    
T  5802392 acatcatcatcgtattataacaagagctttagccttgaagaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgcaccgcatatgcaaattcagatatca 5802491  T
Q  108 gata---tggtagtggctgcttactctggtttgacgacattgttgacatgagaaaacatcaagaccaaggacaagacatttacatacggctggcatcttc 204  Q
    |  |   |||||||||||||||||| |||||| || | ||| | |||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  5802492 gggatggtggtagtggctgcttactttggtttaacaatattatggacatgagaaaacatccagacgtaggacaagacatttacatacgactcgcatcttc 5802591  T
Q  205 agaacttggtattttc 220  Q
    ||||||||||||||||    
T  5802592 agaacttggtattttc 5802607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 382 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 5490016 - 5489948
Alignment:
Q  382 taagaagaagaagttgtgttcaacttccaaatgatcatgaatcaactcccaaatggaagctgtgttctc 450  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||    
T  5490016 taagaagaagaagttgtgttcaacttccaaatgatcatgaataaactcccaaatggaagttgtgctctc 5489948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 409 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 5454810 - 5454704
Alignment:
Q  409 caaatgatcatgaatcaactcccaaatggaagctgtgttctccatagatgnnnnnnncttctctttagtaagcttctataccagcttg-ttgactgacat 507  Q
    ||||||||||| |||||||| ||| ||||||| ||||||||| |||||||       ||||| |||||||||||||||||||  |||| |||||||||||    
T  5454810 caaatgatcataaatcaacttccagatggaagttgtgttctctatagatgcatttctcttctttttagtaagcttctataccttcttgtttgactgacat 5454711  T
Q  508 taacttc 514  Q
    |||||||    
T  5454710 taacttc 5454704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 475 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 20343396 - 20343363
Alignment:
Q  475 agtaagcttctataccagcttgttgactgacatt 508  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  20343396 agtaagcttctatacctgcttgttgactgacatt 20343363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 337 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 5502877 - 5502802
Alignment:
Q  337 taaattctcttttcacttttatgtaagtatatacctgagct-tttctaagaagaagaagttgtgttcaacttccaaatg 414  Q
    ||||||||| ||||||||| | |||| ||| |||| ||||| |||||||||| |||   ||||||||||||||||||||    
T  5502877 taaattctcatttcactttcaagtaactatttaccagagctatttctaagaaaaag---ttgtgttcaacttccaaatg 5502802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University