View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF17326_high_49 (Length: 236)
Name: NF17326_high_49
Description: NF17326
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF17326_high_49 |
 | |
|
| [»] scaffold0111 (2 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0161 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0115 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0032 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0186 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0123 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0174 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0024 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 164; Significance: 9e-88; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 49 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 17124474 - 17124303
Alignment:
| Q |
49 |
tgtagggctctggttaggatgtctgtcttttgttagttatgttttatgactttatgagatttatcactcagtatgttgagatttggagatttattttggt |
148 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17124474 |
tgtagggctctgattaggatgtctgtcttttgttagttatgttttatgactttatgagatttatcactcagtttgttgagatttggagatttattttggt |
17124375 |
T |
|
| Q |
149 |
gatgtatgatgatatatgtggcatggctactttggagattttatttatctgttgatgagatgttatgatatt |
220 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17124374 |
gatgtatgatgatatatgtggcatggctactttggagattttatttatctgttgatgagatgttatgatatt |
17124303 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 90 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 16227778 - 16227651
Alignment:
| Q |
90 |
ttttatgactttatgagatttatcactcagtatgttgagatttggagatttattttggtgatgtatgatgatatatgtggcatggctactttggagattt |
189 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| || ||||||| |
|
|
| T |
16227778 |
ttttatgactttatgagatttatcactcagtatgttgagatt-ggagatttattttggtgatgtattatgatatatgtggcatgtctac-ttagagattt |
16227681 |
T |
|
| Q |
190 |
tatttatctgttgatgagatgttatgatatt |
220 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||| || || ||||||| |
|
|
| T |
16227680 |
ta-ttatctgttgatgatatattttgatatt |
16227651 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 53 - 220
Target Start/End: Original strand, 14400356 - 14400524
Alignment:
| Q |
53 |
gggctctggttaggatgtctgtcttttgttagttatgtttt-atgactttatgagatttatcactcagtatgttgagatttggagatttattttggtgat |
151 |
Q |
| |
|
|||||||| ||| ||||| ||||| ||||| ||||||||| || || ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14400356 |
gggctctgattatgatgtatgtctgttgttttttatgtttttatcacattatgagatttatcactcaatttgttgagatttggagatttattttggtgat |
14400455 |
T |
|
| Q |
152 |
gtatgatgatatatgtggcatggctactttggagattttatttatctgttgatgagatgttatgatatt |
220 |
Q |
| |
|
|||| |||| ||||||| |||||||||||| || ||||| |||| |||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
14400456 |
gtattatgagatatgtgacatggctactttagatatttttattatatgttgatgagatactatgatatt |
14400524 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 62 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 25261474 - 25261317
Alignment:
| Q |
62 |
ttaggatgtctgtcttttgttagttatgttttatgactttatgagatttatcactcagtatgttgagatttggagatttattttggtgatgtatgatgat |
161 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||| | |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
25261474 |
ttaggatgtatgtctgtcgttatttatgttttatgtctttatgagatttatcatttagtatattcagatt-ggagatttattttggtgatgtattatgag |
25261376 |
T |
|
| Q |
162 |
atatgtggcatggctactttggagattttatttatctgttgatgagatgttatgatatt |
220 |
Q |
| |
|
||| || ||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25261375 |
atacatgtcatggctactttgtagatttttattatctgttaatgagatgttatgatatt |
25261317 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 53 - 220
Target Start/End: Original strand, 17984641 - 17984805
Alignment:
| Q |
53 |
gggctctggttaggatgtctgtcttttgttagttatgttttatgactttatgagatttatcactcagtatgttgagatttggagatttattttggtgatg |
152 |
Q |
| |
|
||||| || ||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
17984641 |
gggctttgattaagatgtctgtctta-gttatttatgttttatgacttcatgagattcatcattcagtttgttgagatttggagatttattttggtcttg |
17984739 |
T |
|
| Q |
153 |
tatgatgatatatgtggcatggctactttggagattttatttatctgttgatgagatgttatgatatt |
220 |
Q |
| |
|
||| |||||| || || |||| || |||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
17984740 |
tattatgatacatatgacatgactgttttggaga--ttaattatctgttgatgagatattatgatatt |
17984805 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 118 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 23539022 - 23538929
Alignment:
| Q |
118 |
agtatgttgagatttggagatttattttggtgatgtatgatgatatatgtggcatggctactttggagattttatttatctgttgatgagatgtt |
212 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||| |
|
|
| T |
23539022 |
agtatattgagatttg-agttttattttggtgatgtattatgatatatgtgacatggctactttggagatttattttatctgttgttgcgatgtt |
23538929 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 151 - 220
Target Start/End: Original strand, 38492557 - 38492626
Alignment:
| Q |
151 |
tgtatgatgatatatgtggcatggctactttggagattttatttatctgttgatgagatgttatgatatt |
220 |
Q |
| |
|
||||| |||| | ||||| ||| |||| |||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
38492557 |
tgtattatgaaacatgtgacatagctattttggagatttttattatttgttgatgagatgatatgatatt |
38492626 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 108; Significance: 2e-54; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 53 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 20146844 - 20146679
Alignment:
| Q |
53 |
gggctctggttaggatgtctgtcttttgttagttatgttttatgactttatgagatttatcactcagtatgttgagatttggagatttattttggtgatg |
152 |
Q |
| |
|
||||| || ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| || ||| |
|
|
| T |
20146844 |
gggctttgattaggatgtctgtgttttgttatttatgttttatgacttcatgaaatttatcactcagtatgttgaga-ttgaagatttatttttgtaatg |
20146746 |
T |
|
| Q |
153 |
tatgatgatatatgtggcatggctactttggagattttatttatctgttgatgagatgttatgatatt |
220 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20146745 |
tattatgatatatgtggcatggctaatttggagatttta-ttatctgttgatgagatgttatgatatt |
20146679 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 55 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 16088552 - 16088388
Alignment:
| Q |
55 |
gctctggttaggatgtctgtcttttgttagttatgttttatgactttatgagatttatcactcagtatgttgagatttggagatttattttggtgatgta |
154 |
Q |
| |
|
|||||| ||||| ||||||||| ||| || |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
16088552 |
gctctgattagggtgtctgtctgttgatatttatgttttatgaccttatgagatttaccactcagtatgttgagatt-ggagatttaatttggtgatgta |
16088454 |
T |
|
| Q |
155 |
tgatgatatatgtggcatggctactttggagattttatttatctgttgatgagatgttatgatatt |
220 |
Q |
| |
|
| | || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||| |
|
|
| T |
16088453 |
ttacgagatatgtggcatggatactttggagattttatttatctgttgttcagacgttatgatatt |
16088388 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 85 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 16195249 - 16195114
Alignment:
| Q |
85 |
ttatgttttatgactttatgagatttat-cactcagtatgttgagatttggagatttattttgg-tgatgtatgatgatatatgtggcatggctactttg |
182 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| | |||||| |||||| |||||||| ||| |||||||| |||| | |||| | |
|
|
| T |
16195249 |
ttatattttatgactttatgagatttattcactcagtatgctgagatt-gaagattttttttgggtgatgtattatggtatatgtgacatgacaactt-g |
16195152 |
T |
|
| Q |
183 |
gagattttatttatctgttgatgagatgttatgatatt |
220 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
16195151 |
gagattttatttaattgttgatgagatattatgatatt |
16195114 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 109 - 219
Target Start/End: Original strand, 18083406 - 18083516
Alignment:
| Q |
109 |
ttatcactcagtatgttgagatttggagatttat-tttggtgatgtatgatgatatatgtggcatggctactttggagattttatttatctgttgatgag |
207 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||| | ||||| |||||||| |||||| |||||||||||| || |
|
|
| T |
18083406 |
ttatcactcagtatgttgagatttg-agatttatatttggtgatgtattatgatatattttgcatgactactttgaggatttttattatctgttgataag |
18083504 |
T |
|
| Q |
208 |
atgttatgatat |
219 |
Q |
| |
|
|| ||||||||| |
|
|
| T |
18083505 |
attttatgatat |
18083516 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 113 - 218
Target Start/End: Original strand, 20376925 - 20377026
Alignment:
| Q |
113 |
cactcagtatgttgagatttggagatttat-tttggtgatgtatgatgatatatgtggcatggctactttggagattttatttatctgttgatgagatgt |
211 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||| |||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
20376925 |
cactcagtatgttgagacttg-agatttatatttggtgatgtattatgatacatgtggaatggctattttggagattttatt----tgttgatgagatgt |
20377019 |
T |
|
| Q |
212 |
tatgata |
218 |
Q |
| |
|
||||||| |
|
|
| T |
20377020 |
tatgata |
20377026 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 113 - 194
Target Start/End: Original strand, 20376582 - 20376663
Alignment:
| Q |
113 |
cactcagtatgttgagatttggagatttat-tttggtgatgtatgatgatatatgtggcatggctactttggagattttattt |
194 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||| |||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
20376582 |
cactcagtatgttgagacttg-agatttatatttggtgatgtattatgatacatgtggaatggctattttggagattttattt |
20376663 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 92 - 220
Target Start/End: Original strand, 17151547 - 17151673
Alignment:
| Q |
92 |
ttatgactttatgagatttatcactcagtatgttgagatttggagatt-tattttggtgatgtatgatgatatatgtggcatggctactttggagatttt |
190 |
Q |
| |
|
||||| ||| ||||||||| | ||||| ||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||| |||||| ||||| ||||| ||||||||| | | | |
|
|
| T |
17151547 |
ttatgccttgatgagatttgttactcaatatgttgagattt-gagattatatttt-gtgatgtattatgatacatgtgacatgggtactttggaaagtgt |
17151644 |
T |
|
| Q |
191 |
atttatctgttgatgagatgttatgatatt |
220 |
Q |
| |
|
| ||| |||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
17151645 |
a-gtatgtgttgatgtgatgttatgatatt |
17151673 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 51 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 8250144 - 8250041
Alignment:
| Q |
51 |
tagggctctggttaggatgtctgtcttttgttagttatgttttatgactttatgagatttatcactcagtatgttgagatttggagatttattttggtga |
150 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||| ||| ||||||||| | ||| ||| ||| ||||||||||||| | ||||| |||||||||| ||| |||||| |||||||| |
|
|
| T |
8250144 |
tagggctctgattagagtgttagtcttttgtcatttacttttaatgtctttatgagatttgttactcattatgttgaga-ttgaagattttatttggtga |
8250046 |
T |
|
| Q |
151 |
tgtat |
155 |
Q |
| |
|
||||| |
|
|
| T |
8250045 |
tgtat |
8250041 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0111 (Bit Score: 91; Significance: 3e-44; HSPs: 2)
Name: scaffold0111
Description:
Target: scaffold0111; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 78 - 220
Target Start/End: Original strand, 35529 - 35669
Alignment:
| Q |
78 |
ttgttagttatgttttatgactttatgagatttatcactcagtatgttgagatttggagatttattttggtgatgtatgatgatatatgtggcatggcta |
177 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
35529 |
ttgttatttatgtttcatgactttatgagatttatcacccagtttgttgagattag-agatttattttggtgatgtattatgatatatgtggcatggata |
35627 |
T |
|
| Q |
178 |
ctttggagattttatttatctgttgatgagatgttatgatatt |
220 |
Q |
| |
|
| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35628 |
c-ttgaagattttatttaactgttgatgagatgttatgatatt |
35669 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0111; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 109 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 28428 - 28318
Alignment:
| Q |
109 |
ttatcactcagtatgttgagatttggagatttatttt-ggtgatgtatgatgatatatgtggcatggctactttggagattttatttatctgttgatgag |
207 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||| |||||| ||| |||||| ||||| |||||||| |||||| |||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
28428 |
ttatcacttagtatgttaagatttg-agatttatttttggtgatatattatgatacatgtgacatggctattttggatattttatt-atctgttgatgat |
28331 |
T |
|
| Q |
208 |
atgttatgatatt |
220 |
Q |
| |
|
|| |||||||||| |
|
|
| T |
28330 |
atattatgatatt |
28318 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 85; Significance: 1e-40; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 53 - 220
Target Start/End: Original strand, 40355383 - 40355550
Alignment:
| Q |
53 |
gggctctggttaggatgtctgtcttttgttagttatgttttatgactttatgagatttat-cactcagtatgttgagatttggagatttattttggtgat |
151 |
Q |
| |
|
|||||||| ||| ||||| ||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40355383 |
gggctctgattatgatgtttgtctgttgttatttacattttatgactttatgagatttattcactcaatatgttgagatt-ggagatttattttggtgat |
40355481 |
T |
|
| Q |
152 |
gtatgatgatatatgtggcatggctactttggagattttatttatctgttgatgagatgttatgatatt |
220 |
Q |
| |
|
|||| |||| |||||||||||| |||||||| ||||||| |||| | |||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
40355482 |
gtattatgagatatgtggcatgactactttgaagatttttattattttttgatgagatattatgatatt |
40355550 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 100 - 220
Target Start/End: Original strand, 25487860 - 25487976
Alignment:
| Q |
100 |
ttatgagatttatcactcagtatgttgagatttggagatttat-tttggtgatgtatgatgatatatgtggcatggctactttggagattttatttatct |
198 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||| |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||| ||||| ||||| ||||| | |||||| ||||||||| |
|
|
| T |
25487860 |
ttatgagatctatcacttagtatgttgaaatttg-agatttatatttggtgatgtattgtgatacatgtgacatggtcattttggatattttattt---- |
25487954 |
T |
|
| Q |
199 |
gttgatgagatgttatgatatt |
220 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
25487955 |
gttgataagatgttatgatatt |
25487976 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 108 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 19707498 - 19707389
Alignment:
| Q |
108 |
tttatcactcagtatgttgagatttggagatttattttggtgatgtatgatgatatatgtggcatggctactttggagattttatttatctgttgatgag |
207 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||| | || |||||| ||||||||||| | ||| ||| ||||||| | |||||||||||| |||||| ||||| |||| |
|
|
| T |
19707498 |
tttattactcagtatgttgagatgtc-agctttattatggtgatgtattacgat-tat-tggcatgaccactttggagattctatttaattgttgttgag |
19707402 |
T |
|
| Q |
208 |
atgttatgatatt |
220 |
Q |
| |
|
|||| |||||||| |
|
|
| T |
19707401 |
atgtgatgatatt |
19707389 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 80; Significance: 1e-37; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 53 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 23292777 - 23292611
Alignment:
| Q |
53 |
gggctctggttaggatgtctgtcttttgttagttatgttttatgactttatgagatttatcactcagtatgttgagatttggagatttattttggtgatg |
152 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||| ||||| | |||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| |||||| |
|
|
| T |
23292777 |
gggctctgattaggatgtatgtctgtcgttatttatgttttatgtctttatgagattaatcactcagtatgatgaga-ttgaggatttattttagtgatg |
23292679 |
T |
|
| Q |
153 |
tatgatgatatatgtggcatggctactttggag-attttatttatctgttgatgagatgttatgatat |
219 |
Q |
| |
|
||| |||| ||||||| ||||||||| |||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23292678 |
tattatgagatatgtgtcatggctaccttggagaattcttattatctgttgatgagatgttatgatat |
23292611 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 90 - 220
Target Start/End: Original strand, 16165933 - 16166064
Alignment:
| Q |
90 |
ttttatgactttatgagattt-atcactcagtatgttgagatttggagatttattttggtgatgtatgatgatatatgtggcatggctactttggagatt |
188 |
Q |
| |
|
||||||||| | ||||||||| ||||| |||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16165933 |
ttttatgacatgatgagattttatcacccagtttattgagatttggaaatttattttggtgatgtattatgatatatgtggcatggctactttggagatt |
16166032 |
T |
|
| Q |
189 |
ttatttatctgttgatgagatgttatgatatt |
220 |
Q |
| |
|
|| |||| |||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
16166033 |
tttattataaattgatgcgatgttatgatatt |
16166064 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 92 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 12484551 - 12484426
Alignment:
| Q |
92 |
ttatgactttatgagatttat-cactcagtatgttgagatttggagatttattttggtgatgtatgatgatatatgtggcatggctactttggagatttt |
190 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12484551 |
ttatgactttacgagatttattcactcaatatgttgagatt-ggagatttattttggtgatgtattatgtt-tatgtggcatggctactttggagatttt |
12484454 |
T |
|
| Q |
191 |
atttatctgttgatgagatgttatgatatt |
220 |
Q |
| |
|
| |||| |||||||||| || ||||||||| |
|
|
| T |
12484453 |
a-ttatatgttgatgagttg-tatgatatt |
12484426 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 110 - 220
Target Start/End: Original strand, 12478701 - 12478809
Alignment:
| Q |
110 |
tatcactcagtatgttgagatttggagatttattttggtgatgtatgatgatatatgtggcatggctactttggagattttatttatctgttgatgagat |
209 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| ||||| ||||| |||| ||||||||| || |
|
|
| T |
12478701 |
tatcactcagcatgttgagatt-ggagatttattttggtgatgtattatgat-tatgtggcatgtctattttgggaattttcattatttgttgatgatat |
12478798 |
T |
|
| Q |
210 |
gttatgatatt |
220 |
Q |
| |
|
|||||| |||| |
|
|
| T |
12478799 |
gttatgttatt |
12478809 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 108 - 220
Target Start/End: Original strand, 23295401 - 23295511
Alignment:
| Q |
108 |
tttatcactcagtatgttgagatttggagatttattttggtgatgtatgatgatatatgtggcatggctactttggagatttt-atttatctgttgatga |
206 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||| || ||||||| ||||| |||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
23295401 |
tttatcactcaatatgttgaggtttc-agatttattctgtagatgtattatgat-tatgtggcatagctactt-ggagatttttatttatctgttgatga |
23295497 |
T |
|
| Q |
207 |
gatgttatgatatt |
220 |
Q |
| |
|
||| |||||||||| |
|
|
| T |
23295498 |
gatattatgatatt |
23295511 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 90 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 24216919 - 24216794
Alignment:
| Q |
90 |
ttttatgactttatgagatttatcactcagtatgttgagatttggagatttattttggtgatgtatgatgatatatgtggcatggctactttggagattt |
189 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||| |||||| ||| || || || |||| |||||| | ||| |
|
|
| T |
24216919 |
ttttatgtctttatgagatttgtcactcattatgttgagattt-gagattttatttggttatgtattatggtacatatgacatgactacttacatggttt |
24216821 |
T |
|
| Q |
190 |
tatttatctgttgatgagatgttatgat |
217 |
Q |
| |
|
|| |||| || ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24216820 |
ta-ttatgtgatgatgagatgttatgat |
24216794 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 85 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 6777574 - 6777441
Alignment:
| Q |
85 |
ttatgttttatgactttatgagattt--atcactcagtatgttgagatttggagatttattttggtgatgtatgatgatatatgtggcatggctactttg |
182 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| || |||| |||||| ||||| ||||| |||||| |||| |||||||| |
|
|
| T |
6777574 |
ttatgttttatgacttgttgagatttttatcactcaatatgttgagat---gatattttatttggttatgtagtatgat-tatgtgacatgactactttg |
6777479 |
T |
|
| Q |
183 |
ga-gattttatttatctgttgatgagatgttatgatatt |
220 |
Q |
| |
|
|| ||||||| |||||||||| |||||| || ||||||| |
|
|
| T |
6777478 |
gaggatttta-ttatctgttgttgagatattgtgatatt |
6777441 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0161 (Bit Score: 58; Significance: 2e-24; HSPs: 1)
Name: scaffold0161
Description:
Target: scaffold0161; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 108 - 193
Target Start/End: Original strand, 4803 - 4887
Alignment:
| Q |
108 |
tttatcactcagtatgttgagatttggagatttattttggtgatgtatgatgatatatgtggcatggctactttggagattttatt |
193 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4803 |
tttatcactcagtatgttgagatt-gaagatttattttggtgatgtactatgatttatgtggcatgactactttggagattttatt |
4887 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 56; Significance: 2e-23; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 51 - 220
Target Start/End: Original strand, 20846717 - 20846886
Alignment:
| Q |
51 |
tagggctctggttaggatgtctgtcttttgttagttatgttttatgactttatgagattt-atcactcagtatgttgagatttggagatttatttt-ggt |
148 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||| | |||| | ||| |||| ||||||| || ||||| |||| ||||||||||||||||||||| | | ||||||||| ||| |
|
|
| T |
20846717 |
tagggctctgattaggatatatgtccgtcgttgcttatattttatgtctgtatgaaattttatcactcagtatgttgagattag-atatttatttttggt |
20846815 |
T |
|
| Q |
149 |
gatgtatgatgatatatgtggcatggctactttggagattttatttatctgttgatgagatgttatgatatt |
220 |
Q |
| |
|
||||||| |||||| | |||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20846816 |
gatgtattgtgatatctatggcatggctactttgaaga-tttatttatctgtcaatgagatgttatgatatt |
20846886 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 85 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 37277653 - 37277523
Alignment:
| Q |
85 |
ttatgttttatgactttatgagatttatcactcagtatgttgagatttggagatttat-tttggtgatgtatgatgatatatgtggcatggctactttgg |
183 |
Q |
| |
|
|||||||| |||| || |||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||| |||||| ||||| |||||||| ||||| |
|
|
| T |
37277653 |
ttatgtttcatgatttgatgagatt-attactcagtatgttgagattt-gagatttatatttagtgatgtattatgatacatgtgacatggctattttgg |
37277556 |
T |
|
| Q |
184 |
agattttatttatctgttgatgagatgttatgatatt |
220 |
Q |
| |
|
||| |||||| | |||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
37277555 |
aga----atttatgtattgatgagatattatgatatt |
37277523 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 96 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 17362306 - 17362196
Alignment:
| Q |
96 |
gactttatgagatttat-cactcagtatgttgagatttggagatttattttggtgatgtatgatgatatatgtggcatggctactttggagattttattt |
194 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| || |
|
|
| T |
17362306 |
gactttatgagacttattcactcagt-tgttgagatttggagttttattttgttgatgtagtatgat-tatgtaacatggctactttggagaattttatt |
17362209 |
T |
|
| Q |
195 |
atctgttgatgag |
207 |
Q |
| |
|
||| ||||||||| |
|
|
| T |
17362208 |
atccgttgatgag |
17362196 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 90 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 26724946 - 26724821
Alignment:
| Q |
90 |
ttttatgactttatgagattt--atcactcagtatgttgagatttggagatttattttggtgatgtatgatgatatatgtggcatggctactttggagat |
187 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||| | ||||||||| ||||||||||| ||||| ||| || |||| |||| ||||||| |
|
|
| T |
26724946 |
ttttatgacttgttgagatttttatcactcggtatgttgagatgtt-agatttattatggtgatgtattatgat-tat-tgacatgactaccttggagac |
26724850 |
T |
|
| Q |
188 |
tttatttatctgttgatgagatgttatga |
216 |
Q |
| |
|
||||| | ||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
26724849 |
tttatgcagttgttgttgagatgttatga |
26724821 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0115 (Bit Score: 52; Significance: 6e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0115
Description:
Target: scaffold0115; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 51 - 220
Target Start/End: Original strand, 41552 - 41716
Alignment:
| Q |
51 |
tagggctctggttaggatgtctgtcttttgttagttatgttttatgactttatgagatttatcactcagtatgttgagatttggagatttat-tttggtg |
149 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||| |||| ||||||| | | |||| ||| ||| || |||||||| ||||||||||||||| | |||| |||||||| ||||||| |
|
|
| T |
41552 |
tagggctctgattagg-tgtcagtcttttttcatttatttttcatgttttgatgagatt-atcactcagtatgttaaagtttg-agatttatatttggtg |
41648 |
T |
|
| Q |
150 |
atgtatgatgatatatgtggcatggctactttggagattttatttatctgttgatgagatgttatgatatt |
220 |
Q |
| |
|
|||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
41649 |
atgtattatgatacatga--catggctactttggagatttta-ttatttgttgatgagatgttatgatatt |
41716 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 52; Significance: 6e-21; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 90 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 17739199 - 17739070
Alignment:
| Q |
90 |
ttttatgactttatgagatttat-cactcagtatgttgagatttggagatttattttggtgatgtatgatgatatatgtggcatggctactttggagatt |
188 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||| | |
|
|
| T |
17739199 |
ttttatgactttataagacttattcactcagt-tgttgagatttggagatttattttgttgatgtagtatgat-tatgtgacatggctactttggaggat |
17739102 |
T |
|
| Q |
189 |
ttatttatctgttgatgagatgttatgatatt |
220 |
Q |
| |
|
|| |||| ||||| |||||| || ||||||| |
|
|
| T |
17739101 |
tttgttatatgttgttgagatattgtgatatt |
17739070 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 112 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 18928347 - 18928242
Alignment:
| Q |
112 |
tcactcagtatgttgagatttggagatttattttggtgatgtatgatgatatatgtggcatggctactttggagattttatttatctgttgatgagatgt |
211 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||| |||| |||||| |||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||| || |
|
|
| T |
18928347 |
tcactcagtatgttgagatt-ggagattatttatggtgatgtattatgac-tatgtgacatggctattttggagatttttattatctgctgatgagttg- |
18928251 |
T |
|
| Q |
212 |
tatgatatt |
220 |
Q |
| |
|
||||||||| |
|
|
| T |
18928250 |
tatgatatt |
18928242 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 122 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 19290515 - 19290460
Alignment:
| Q |
122 |
tgttgagatttggagatttattttggtgatgtatgatgatatatgtggcatggctac |
178 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
19290515 |
tgttgagatttggagatttatattggtaatgtagtatgat-tatgtggcatggctac |
19290460 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 84 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 27498374 - 27498297
Alignment:
| Q |
84 |
gttatgttttatgactttatgaga-tttatcactcagtatgttgagatttggagatttattttggtgatgtatgatgat |
161 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
27498374 |
gttatgctttatgactttatgatattttatcactcattatgttgaga-atggagattgtttatggtgatgtattatgat |
27498297 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 51; Significance: 2e-20; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 100 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 11251958 - 11251843
Alignment:
| Q |
100 |
ttatgagatttatcactcagtatgttgagatttggagatttat-tttggtgatgtatgatgatatatgtggcatggctactttggagattttatttatct |
198 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||| ||| ||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
11251958 |
ttatgagatt-atcactcagtatgttgagatttgaa-atttatatttagtgatgtatcatgatacatgtgacatggctatgttggagatttta-ttatct |
11251862 |
T |
|
| Q |
199 |
gttgatgagatgttatgat |
217 |
Q |
| |
|
||| ||||| ||||||||| |
|
|
| T |
11251861 |
gtttatgagttgttatgat |
11251843 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 90 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 19075996 - 19075883
Alignment:
| Q |
90 |
ttttatgactttatgagattta--tcactcagtatgttgagatttggagatttattttggtgatgtatgatgatatatgtggcatggctactttggagat |
187 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
19075996 |
ttttatgacttgttgagattttattcacttagtatgttgagatt-ggagatttattttggtgatgtatcatgat-tgtttgacatagctactttggagat |
19075899 |
T |
|
| Q |
188 |
tttatttatctgttga |
203 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||| |
|
|
| T |
19075898 |
ttttattatctgttga |
19075883 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 93 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 31933441 - 31933323
Alignment:
| Q |
93 |
tatgactttatgagattt-atcactcagtatgttgagatttggagatttattttggtgatgtatgatgatatatgtggcatggctactttggaga--ttt |
189 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||| | ||| ||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| |
|
|
| T |
31933441 |
tatgaatttatgagattttattactcagtatgttgagatgt-cagaattattttggagatgtattctgata-atgtggcatggctac-ttggagattttt |
31933345 |
T |
|
| Q |
190 |
tatttatctgttgatgagatgt |
211 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
31933344 |
tatttagttgttgatgagatgt |
31933323 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 108 - 209
Target Start/End: Original strand, 12452951 - 12453048
Alignment:
| Q |
108 |
tttatcactcagtatgttgagatttggagatttattttggtgatgtatgatgatatatgtggcatggctactttggagattttatttatctgttgatgag |
207 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| | | ||||||| ||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| ||||||| |||| ||||||||||| |
|
|
| T |
12452951 |
tttatcactcagtatgttgaggtgt-cagattta-tttggagatgtattatgat-tatgtggcatggctac-ttgtagattttttttaactgttgatgag |
12453046 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 85 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 17957205 - 17957068
Alignment:
| Q |
85 |
ttatgttttatgactttatgagattt-atcactcagtatgttgagatttggagattt-at-tttggtgatgtatgatgatatatgtggcatggctacttt |
181 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| | ||| |||| |||||| ||| ||||||||| ||||||| || |||||||||||| || || |||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
17957205 |
ttatgttttatgactatttgatattttatcactgagtctgttgagat---gagattttatatttggtgatgtagtataat-tatgtggcatggttacttt |
17957110 |
T |
|
| Q |
182 |
ggaga--ttttatttatctgttgatgagatgttatgatattc |
221 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||| |||| |||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
17957109 |
ggagatgttttatttagttgttaatgatatgttatgatattc |
17957068 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 110 - 220
Target Start/End: Original strand, 18421018 - 18421131
Alignment:
| Q |
110 |
tatcactcagtatgttgagatttggagatttattttggtgatgtatgatgatatatgtggcatggctactttggagattttat----ttatctgttgatg |
205 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||| |||| |||||| || || ||||||||| |||| |||| | |||| ||| |||| |
|
|
| T |
18421018 |
tatcactcagtatgttgaga-ttggatattttatttggtgaagtattatgatacatatgatatggctactcaggagttttttttttattatttgtcgatg |
18421116 |
T |
|
| Q |
206 |
agatgttatgatatt |
220 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |
|
|
| T |
18421117 |
agatgttatgatatt |
18421131 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0032 (Bit Score: 44; Significance: 4e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0032
Description:
Target: scaffold0032; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 91 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 80365 - 80276
Alignment:
| Q |
91 |
tttatgactttatgagatttat-cactcagtatgttgagatttggagatttattttggtgatgtatgatgatatatgtggcatggctacttt |
181 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| | ||||||| |
|
|
| T |
80365 |
tttatgactttatgatatttgttcactcagt-tgttgagatttggagatttattttggtgatgtaatatgat-tatgtggcacgactacttt |
80276 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0186 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0186
Description:
Target: scaffold0186; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 110 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 10704 - 10634
Alignment:
| Q |
110 |
tatcactcagtatgttgagatttggagatttattttggtgatgtatgatgatatatgtggcatggctactttg |
182 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
10704 |
tatcactcagtatgttgagattag-agatttattttggtgatgtattgtgata-atgtgacatggctactttg |
10634 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000001; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 122 - 207
Target Start/End: Original strand, 15807316 - 15807400
Alignment:
| Q |
122 |
tgttgagatttggagatttattttggtgatgtatgatgatatatgtggcatggctactttggagattttatttatctgttgatgag |
207 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||| |||||| |||| ||||||| |||| ||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
15807316 |
tgttgagatttggagatttagtttggtgttgtagtatgat-tatgtgacatgactactttagagaattttattatctgttgatgag |
15807400 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0123 (Bit Score: 35; Significance: 0.00000000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0123
Description:
Target: scaffold0123; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 84 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 32958 - 32825
Alignment:
| Q |
84 |
gttatgttttatgactttatga-gatttatcactcagtatgttgagatttggagatttattttggtgatgtatgatgatatatgtggcatggctactttg |
182 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| | ||| | ||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||| || |||| |||||| |||||| |
|
|
| T |
32958 |
gttatgttttatgactatttgatgttttatcattcagtatgttgagatgtc-agatttattttggtgatgtagtatg--atttgtgacatggcgactttg |
32862 |
T |
|
| Q |
183 |
gagattttatttatctgttgatgagatgttatgatatt |
220 |
Q |
| |
|
|| |||| |||| |||||||||| || ||||||||| |
|
|
| T |
32861 |
aaggatttaattatttgttgatgagttg-tatgatatt |
32825 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0174 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0174
Description:
Target: scaffold0174; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 93 - 217
Target Start/End: Original strand, 24135 - 24254
Alignment:
| Q |
93 |
tatgactttatgagatttatcactcagtatgttgagatttggaga-tttattttggtgatgtatgatgatatatgtggcatggctactttggagatttta |
191 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||| ||||| | || ||||||||| ||||| ||||||||| |||||||| || || |||| |||||||| |||||||| |||| |
|
|
| T |
24135 |
tatgtctttatgagatttttcactgattaagttgagatt-ggagaatttattttg-tgatgtattatagtacttgtgacatggctattttggagaattta |
24232 |
T |
|
| Q |
192 |
tttatctgttgatgagatgttatgat |
217 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24233 |
ttt----gttgatgagatgttatgat |
24254 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0024 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0024
Description:
Target: scaffold0024; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 99 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 64280 - 64189
Alignment:
| Q |
99 |
tttatgagatttatcactcagtatgttgagatttggagatt---tattttggtgatgtatgatga-tatatgtggcatggctactttggagatt |
188 |
Q |
| |
|
||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||| |||| || ||||| |||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
64280 |
tttatgagatttacctctcagtatgttgagatt--gagattttatattttgatgatgtattatgattagatgtgacatgactactttggagatt |
64189 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University