View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17326_low_12 (Length: 528)

Name: NF17326_low_12
Description: NF17326
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17326_low_12
NF17326_low_12
[»] chr5 (19 HSPs)
chr5 (24-511)||(38452573-38453061)
chr5 (24-511)||(38182264-38182751)
chr5 (24-511)||(38188380-38188867)
chr5 (24-511)||(38209490-38209977)
chr5 (24-511)||(38169849-38170337)
chr5 (24-511)||(38215605-38216092)
chr5 (24-511)||(38185638-38186124)
chr5 (24-511)||(38212233-38212719)
chr5 (24-430)||(38219967-38220373)
chr5 (320-511)||(38220590-38220780)
chr5 (274-511)||(38156187-38156421)
chr5 (320-430)||(38220372-38220482)
chr5 (320-430)||(38220481-38220591)
chr5 (24-130)||(38443434-38443540)
chr5 (217-380)||(38443690-38443853)
chr5 (44-131)||(38155940-38156027)
chr5 (329-383)||(38443718-38443772)
chr5 (450-507)||(38443919-38443973)
chr5 (136-206)||(38443570-38443637)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 421; Significance: 0; HSPs: 19)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 421; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 38453061 - 38452573
Alignment:
Q  24 gagtatgatcatatgtgtcactttttacgaaagcctgcatggttgagggtcttcctcttccctgtccctgttaacaacaacaaggcatcttttgattctt 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38453061 gagtatgatcatatgtgtcacttttcacgaaagcctgcatggttgagggtcttcctcttccctgtccttgttaacaacaacaaggcatcttttgattctt 38452962  T
Q  124 tggcttccgccgactcgctcaattccgttcaagtttctccttttgaagaatattcatctcctcctactacgcctccacctccgttcatggcgactaagga 223  Q
    |  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38452961 taacttccgtcgactcgctcaattccgttcaagtttctccttttgaagaatattcatctcctcctactacgcctccacctccgttcatggcgactaagga 38452862  T
Q  224 cacggttacaaaagctgagatgaagaaatttcgcggactacatgttatggatgatgaatttgaagatattctaaaattgtatttgacgtgcaatttttct 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  38452861 cacggttacaaaagctgagatgaagaaatttcgcggactacatgttatgaatgatgaatttgaagatattctaaaattgtatttgacgtgcaatttttcc 38452762  T
Q  324 aaggcgaaggaatttcacggactgcatgtcgtgaatgatgaattcgaagatattctaaaatctttttggaagcgttgctttttgaaacctaatgtagttc 423  Q
    |||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  38452761 aaggtgaaggattttcacggactacatgtcgtgaatgatgaattcgaagatattctaaaatcgttttggaagcgttgctttttgaagcctaatgtagttc 38452662  T
Q  424 actaa-ttttcttttgaagtgtagtcaaattgtacggattcaaattgattaatatattggttcttttttatcatggatttgtctcctat 511  Q
     |||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38452661 tctaattttttttttgaagtgtagttaaattgtacggattcaaattgattaatatattggttcttttttatcatggatttgtctcctat 38452573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 368; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 38182751 - 38182264
Alignment:
Q  24 gagtatgatcatatgtgtcactttttacgaaagcctgcatggttgagggtcttcctcttccctgtccctgttaacaacaacaaggcatcttttgattctt 123  Q
    |||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38182751 gagtatgatcgtatgtgtcgcttttcacaaaagcctgcatggttgagggtcttcctcttcccggtccctattaacaacaacaaggcatcttttgattctt 38182652  T
Q  124 tggcttccgccgactcgctcaattccgttcaagtttctccttttgaagaatattcatctcctcctactacgcctccacctccgttcatggcgactaagga 223  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  38182651 tggcttccgtcgactcgctcaattccgttcaagtttttccttttgaagaatattcatctcctcctactacgcctccacatccgttcatggcgactaagga 38182552  T
Q  224 cacggttacaaaagctgagatgaagaaatttcgcggactacatgttatggatgatgaatttgaagatattctaaaattgtatttgacgtgcaatttttct 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||    
T  38182551 cacggttacaaaagctgagatgaagaaattttgcggaatacatgttgtgaatgatgaatttgaagatattctaaaattatatttgaagcgcaatttttct 38182452  T
Q  324 aaggcgaaggaatttcacggactgcatgtcgtgaatgatgaattcgaagatattctaaaatctttttggaagcgttgctttttgaaacctaatgtagttc 423  Q
    |||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||     
T  38182451 aaggtgaaggactttcaaggactgcatgtcgtgaacgatgaatttgaagatattctaaaatcgttttggaagcgttgctttttgaagcctaatatagttt 38182352  T
Q  424 actaattttcttttgaagtgtagtcaaattgtacggattcaaattgattaatatattggttcttttttatcatggatttgtctcctat 511  Q
     |||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38182351 tctaaattttttttgaagtgtagttaaattgtacggattcaaattgattaatacattggttcttttttatcatggatttgtctcctat 38182264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 368; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 511
Target Start/End: Original strand, 38188380 - 38188867
Alignment:
Q  24 gagtatgatcatatgtgtcactttttacgaaagcctgcatggttgagggtcttcctcttccctgtccctgttaacaacaacaaggcatcttttgattctt 123  Q
    |||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38188380 gagtatgatcgtatgtgtcgcttttcacaaaagcctgcatggttgagggtcttcctcttcccggtccctattaacaacaacaaggcatcttttgattctt 38188479  T
Q  124 tggcttccgccgactcgctcaattccgttcaagtttctccttttgaagaatattcatctcctcctactacgcctccacctccgttcatggcgactaagga 223  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  38188480 tggcttccgtcgactcgctcaattccgttcaagtttttccttttgaagaatattcatctcctcctactacgcctccacatccgttcatggcgactaagga 38188579  T
Q  224 cacggttacaaaagctgagatgaagaaatttcgcggactacatgttatggatgatgaatttgaagatattctaaaattgtatttgacgtgcaatttttct 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||    
T  38188580 cacggttacaaaagctgagatgaagaaattttgcggaatacatgttgtgaatgatgaatttgaagatattctaaaattatatttgaagcgcaatttttct 38188679  T
Q  324 aaggcgaaggaatttcacggactgcatgtcgtgaatgatgaattcgaagatattctaaaatctttttggaagcgttgctttttgaaacctaatgtagttc 423  Q
    |||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||     
T  38188680 aaggtgaaggactttcaaggactgcatgtcgtgaacgatgaatttgaagatattctaaaatcgttttggaagcgttgctttttgaagcctaatatagttt 38188779  T
Q  424 actaattttcttttgaagtgtagtcaaattgtacggattcaaattgattaatatattggttcttttttatcatggatttgtctcctat 511  Q
     |||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38188780 tctaaattttttttgaagtgtagttaaattgtacggattcaaattgattaatacattggttcttttttatcatggatttgtctcctat 38188867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 368; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 38209977 - 38209490
Alignment:
Q  24 gagtatgatcatatgtgtcactttttacgaaagcctgcatggttgagggtcttcctcttccctgtccctgttaacaacaacaaggcatcttttgattctt 123  Q
    |||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38209977 gagtatgatcgtatgtgtcgcttttcacaaaagcctgcatggttgagggtcttcctcttcccggtccctattaacaacaacaaggcatcttttgattctt 38209878  T
Q  124 tggcttccgccgactcgctcaattccgttcaagtttctccttttgaagaatattcatctcctcctactacgcctccacctccgttcatggcgactaagga 223  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  38209877 tggcttccgtcgactcgctcaattccgttcaagtttttccttttgaagaatattcatctcctcctactacgcctccacatccgttcatggcgactaagga 38209778  T
Q  224 cacggttacaaaagctgagatgaagaaatttcgcggactacatgttatggatgatgaatttgaagatattctaaaattgtatttgacgtgcaatttttct 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||    
T  38209777 cacggttacaaaagctgagatgaagaaattttgcggaatacatgttgtgaatgatgaatttgaagatattctaaaattatatttgaagcgcaatttttct 38209678  T
Q  324 aaggcgaaggaatttcacggactgcatgtcgtgaatgatgaattcgaagatattctaaaatctttttggaagcgttgctttttgaaacctaatgtagttc 423  Q
    |||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||     
T  38209677 aaggtgaaggactttcaaggactgcatgtcgtgaacgatgaatttgaagatattctaaaatcgttttggaagcgttgctttttgaagcctaatatagttt 38209578  T
Q  424 actaattttcttttgaagtgtagtcaaattgtacggattcaaattgattaatatattggttcttttttatcatggatttgtctcctat 511  Q
     |||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38209577 tctaaattttttttgaagtgtagttaaattgtacggattcaaattgattaatacattggttcttttttatcatggatttgtctcctat 38209490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 365; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 511
Target Start/End: Original strand, 38169849 - 38170337
Alignment:
Q  24 gagtatgatcatatgtgtcactttttacgaaagcctgcatggttgagggtcttcctcttccctgtccctgttaacaacaacaaggcatcttttgattctt 123  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38169849 gagtatgatcgtatgtgtcacttttcacgaaagcctgcatggctgagggtcttcctcttcccggtccctattaacaacaacaaggcatcttttgattctt 38169948  T
Q  124 tggcttccgccgactcgctcaattccgttcaagtttctccttttgaagaatattcatctcctcctactacgcctccacctccgttcatggcgactaagga 223  Q
    ||||||||| | | |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38169949 tggcttccgtcaaatcgctcaatttcgttcgagtttctccttttgaagaatattcatctcctcctactacgcctccacctccgttcatggcgactaagga 38170048  T
Q  224 cacggttacaaaagctgagatgaagaaatttcgcggactacatgttatggatgatgaatttgaagatattctaaaattgtatttgacgtgcaatttttct 323  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  38170049 cacggttacaaaagctgagatgaagaaatttcgcggactacatgttgtgaatgatgaatttgaagatattctaaaattgtatttgacgtgcaatttttcc 38170148  T
Q  324 aaggcgaaggaatttcacggactgcatgtcgtgaatgatgaattcgaagatattctaaaatctttttggaagcgttgctttttgaaacctaatgtagttc 423  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||    
T  38170149 aaggtgaaggattttcacggactgcatgtcgtgaatgatgaattcgaagatattctaaaatcgttttggaagcattgctttttgaaggctaatgtagttc 38170248  T
Q  424 act-aattttcttttgaagtgtagtcaaattgtacggattcaaattgattaatatattggttcttttttatcatggatttgtctcctat 511  Q
     || ||       |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  38170249 tctaaaaaaaaaattgaagtgtagttaaattgtacggattcaaattgattaatatattggttctattttatcatggatttgtctcctat 38170337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 360; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 511
Target Start/End: Original strand, 38215605 - 38216092
Alignment:
Q  24 gagtatgatcatatgtgtcactttttacgaaagcctgcatggttgagggtcttcctcttccctgtccctgttaacaacaacaaggcatcttttgattctt 123  Q
    |||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38215605 gagtatgatcgtatgtgtcgcttttcacaaaagcctgcatggttgagggtcttcctcttcccggtccctattaacaacaacaaggcatcttttgattctt 38215704  T
Q  124 tggcttccgccgactcgctcaattccgttcaagtttctccttttgaagaatattcatctcctcctactacgcctccacctccgttcatggcgactaagga 223  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  38215705 tggcttccgtcgactcgctcaattccgttcaagtttttccttttgaagaatattcatctcctcctactacgcctccacatccgttcatggcgagtaagga 38215804  T
Q  224 cacggttacaaaagctgagatgaagaaatttcgcggactacatgttatggatgatgaatttgaagatattctaaaattgtatttgacgtgcaatttttct 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| |    
T  38215805 cacggttacaaaagctgagatgaagaaattttgcggaatacatgttgtgaatgatgaatttgaagatattctaaaattatatttgaagcgcaattttttt 38215904  T
Q  324 aaggcgaaggaatttcacggactgcatgtcgtgaatgatgaattcgaagatattctaaaatctttttggaagcgttgctttttgaaacctaatgtagttc 423  Q
    |||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||     
T  38215905 aaggtgaaggactttcaaggactgcatgtcgtgaacgatgaatttgaagatattctaaaatcgttttggaagcgttgctttttgaagcctaatatagttt 38216004  T
Q  424 actaattttcttttgaagtgtagtcaaattgtacggattcaaattgattaatatattggttcttttttatcatggatttgtctcctat 511  Q
     |||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38216005 tctaaattttttttgaagtgtagttaaattgtacggattcaaattgattaatacattggttcttttttatcatggatttgtctcctat 38216092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 352; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 511
Target Start/End: Original strand, 38185638 - 38186124
Alignment:
Q  24 gagtatgatcatatgtgtcactttttacgaaagcctgcatggttgagggtcttcctcttccctgtccctgttaacaacaacaaggcatcttttgattctt 123  Q
    |||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38185638 gagtatgatcgtatgtgtcgcttttcacaaaagcctgcatggttgagagtcttcctcttcccggtccctattaacaacaacaaggcatcttttgattctt 38185737  T
Q  124 tggcttccgccgactcgctcaattccgttcaagtttctccttttgaagaatattcatctcctcctactacgcctccacctccgttcatggcgactaagga 223  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  38185738 tggcttccgtcgactcgctcaattccgttcaagtttttccttttgaagaatattcatctcctcctactacgcctccacatccgttcatggcgactaagga 38185837  T
Q  224 cacggttacaaaagctgagatgaagaaatttcgcggactacatgttatggatgatgaatttgaagatattctaaaattgtatttgacgtgcaatttttct 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||    
T  38185838 cacggttacaaaagctgagatgaagaaattttgcggaatacatgttgtgaatgatgaatttgaagatattctaaaattatatttgaagcgcaatttttct 38185937  T
Q  324 aaggcgaaggaatttcacggactgcatgtcgtgaatgatgaattcgaagatattctaaaatctttttggaagcgttgctttttgaaacctaatgtagttc 423  Q
    |||| |||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||| || ||     
T  38185938 aaggtgaaggactttcacggactg-atgtcgtgaacgatgaatttgaagatattctaaaattgttttggaagcgttgctttttgaagcctaatataattt 38186036  T
Q  424 actaattttcttttgaagtgtagtcaaattgtacggattcaaattgattaatatattggttcttttttatcatggatttgtctcctat 511  Q
     |||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38186037 tctaaattttttttgaagtgtagttaaattgtacggattcaaattgattaatacattggttcttttttatcatggatttgtctcctat 38186124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 352; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 38212719 - 38212233
Alignment:
Q  24 gagtatgatcatatgtgtcactttttacgaaagcctgcatggttgagggtcttcctcttccctgtccctgttaacaacaacaaggcatcttttgattctt 123  Q
    |||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38212719 gagtatgatcgtatgtgtcgcttttcacaaaagcctgcatggttgagagtcttcctcttcccggtccctattaacaacaacaaggcatcttttgattctt 38212620  T
Q  124 tggcttccgccgactcgctcaattccgttcaagtttctccttttgaagaatattcatctcctcctactacgcctccacctccgttcatggcgactaagga 223  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  38212619 tggcttccgtcgactcgctcaattccgttcaagtttttccttttgaagaatattcatctcctcctactacgcctccacatccgttcatggcgactaagga 38212520  T
Q  224 cacggttacaaaagctgagatgaagaaatttcgcggactacatgttatggatgatgaatttgaagatattctaaaattgtatttgacgtgcaatttttct 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||    
T  38212519 cacggttacaaaagctgagatgaagaaattttgcggaatacatgttgtgaatgatgaatttgaagatattctaaaattatatttgaagcgcaatttttct 38212420  T
Q  324 aaggcgaaggaatttcacggactgcatgtcgtgaatgatgaattcgaagatattctaaaatctttttggaagcgttgctttttgaaacctaatgtagttc 423  Q
    |||| |||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||| || ||     
T  38212419 aaggtgaaggactttcacggactg-atgtcgtgaacgatgaatttgaagatattctaaaattgttttggaagcgttgctttttgaagcctaatataattt 38212321  T
Q  424 actaattttcttttgaagtgtagtcaaattgtacggattcaaattgattaatatattggttcttttttatcatggatttgtctcctat 511  Q
     |||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38212320 tctaaattttttttgaagtgtagttaaattgtacggattcaaattgattaatacattggttcttttttatcatggatttgtctcctat 38212233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 343; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 430
Target Start/End: Original strand, 38219967 - 38220373
Alignment:
Q  24 gagtatgatcatatgtgtcactttttacgaaagcctgcatggttgagggtcttcctcttccctgtccctgttaacaacaacaaggcatcttttgattctt 123  Q
    |||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38219967 gagtatgatcgtatgtgtcgcttttcacgaaagcctgcatggttgagggtcttcctcttcccggtccctattaacaacaacaaggcatcttttgattctt 38220066  T
Q  124 tggcttccgccgactcgctcaattccgttcaagtttctccttttgaagaatattcatctcctcctactacgcctccacctccgttcatggcgactaagga 223  Q
    ||||||||  | | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  38220067 tggcttccatcaaatcgctcaattccgttcaagtctctccttttgaagaatattcatctcctcctactacgcctccacctccgtccatggcgactaagga 38220166  T
Q  224 cacggttacaaaagctgagatgaagaaatttcgcggactacatgttatggatgatgaatttgaagatattctaaaattgtatttgacgtgcaatttttct 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  38220167 cacggttacaaaagctgagatgaagaaatttcgcggactacatgttatgaatgatgaatttgaagatattctaaaattttatttgacgtgcaatttttct 38220266  T
Q  324 aaggcgaaggaatttcacggactgcatgtcgtgaatgatgaattcgaagatattctaaaatctttttggaagcgttgctttttgaaacctaatgtagttc 423  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  38220267 aaggcgaaggaatttcacggactgcatgtcgtgaatgatgaattcgaagatattctaaaatcgttttggaagtgttgctttttgaaacctaatgtagttc 38220366  T
Q  424 actaatt 430  Q
     ||||||    
T  38220367 tctaatt 38220373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 168; E-Value: 8e-90
Query Start/End: Original strand, 320 - 511
Target Start/End: Original strand, 38220590 - 38220780
Alignment:
Q  320 ttctaaggcgaaggaatttcacggactgcatgtcgtgaatgatgaattcgaagatattctaaaatctttttggaagcgttgctttttgaaacctaatgta 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  38220590 ttctaaggcgaaggaatttcacggactgcatgtcgtgaatgatgaattcgaagatattctaaaatcgttttggaagtgttgctttttgaaacctaatgta 38220689  T
Q  420 gttcactaattttcttttgaagtgtagtcaaattgtacggattcaaattgattaatatattggttcttttttatcatggatttgtctcctat 511  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  38220690 gttctctaattttcttttgaagtgtagtc-aattgtacggattcaaattgattaatatattggttctattttatcatggatttgtctcctat 38220780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 274 - 511
Target Start/End: Original strand, 38156187 - 38156421
Alignment:
Q  274 atgatgaatttgaagatattctaaaattgtatttgacgtgcaatttttctaaggcgaaggaatttcacggactgcatgtcgtgaatgatgaattcgaaga 373  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  38156187 atgatgaatttgaagatattctaaaattgtttttgaagcgcaatttttctaagaagaaggaatttcatggacttcatgttgtgaatgatgaattcgaaga 38156286  T
Q  374 tattctaaaatctttttggaagcgttgctttttgaaacctaatgtagttcactaattttcttttgaagtgtagtcaaattgtacggattcaaattgatta 473  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||   | ||||| ||||||||| || ||    
T  38156287 tattctaaaatcgttttggaagcgttgctttttgaagcctaatgtagttctctaatttttttttgaagtgtagt--tactgtacagattcaaatcgagta 38156384  T
Q  474 atatattggttcttttttatcatggatttgtctcctat 511  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  38156385 atatattggttc-tttttatcatggatttgtctcctat 38156421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 320 - 430
Target Start/End: Original strand, 38220372 - 38220482
Alignment:
Q  320 ttctaaggcgaaggaatttcacggactgcatgtcgtgaatgatgaattcgaagatattctaaaatctttttggaagcgttgctttttgaaacctaatgta 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  38220372 ttctaaggcgaaggaatttcacggactgcatgtcgtgaatgatgaattcgaagatattctaaaatcgttttggaagtgttgctttttgaaacctaatgta 38220471  T
Q  420 gttcactaatt 430  Q
    |||| ||||||    
T  38220472 gttctctaatt 38220482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 320 - 430
Target Start/End: Original strand, 38220481 - 38220591
Alignment:
Q  320 ttctaaggcgaaggaatttcacggactgcatgtcgtgaatgatgaattcgaagatattctaaaatctttttggaagcgttgctttttgaaacctaatgta 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  38220481 ttctaaggcgaaggaatttcacggactgcatgtcgtgaatgatgaattcgaagatattctaaaatcattttggaagtgttgctttttgaaacctaatgta 38220580  T
Q  420 gttcactaatt 430  Q
    |||| ||||||    
T  38220581 gttctctaatt 38220591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 24 - 130
Target Start/End: Original strand, 38443434 - 38443540
Alignment:
Q  24 gagtatgatcatatgtgtcactttttacgaaagcctgcatggttgagggtcttcctcttccctgtccctgttaacaacaacaaggcatcttttgattctt 123  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38443434 gagtatgatcgtatgtgtcacttttcacgaaagcctgcatggttgagggtcttcctcttccctgtccctgttaacaacaacaaggcatcttttgattctt 38443533  T
Q  124 tggcttc 130  Q
    |||||||    
T  38443534 tggcttc 38443540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 217 - 380
Target Start/End: Original strand, 38443690 - 38443853
Alignment:
Q  217 ctaaggacacggttacaaaagctgagatgaagaaatttcgcggactacatgttatggatgatgaatttgaagatattctaaaattgtatttgacgtgcaa 316  Q
    ||||||| ||||| |||||| || |||||||| ||||||  ||||| ||| |  || |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| | | ||    
T  38443690 ctaaggatacggtcacaaaaactaagatgaagcaatttcatggactgcatatcgtgaatgatgaatttgaagatattctaaaactgtttttgaagcgtaa 38443789  T
Q  317 tttttctaaggcgaaggaatttcacggactgcatgtcgtgaatgatgaattcgaagatattcta 380  Q
    |||||| |||  |||||||||||| ||||| ||  ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  38443790 tttttcaaagaagaaggaatttcatggactacacatcgtgaacgatgaattcgaagatattcta 38443853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 44 - 131
Target Start/End: Original strand, 38155940 - 38156027
Alignment:
Q  44 ctttttacgaaagcctgcatggttgagggtcttcctcttccctgtccctgttaacaacaacaaggcatcttttgattctttggcttcc 131  Q
    ||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  38155940 cttttcacgaaagcctgcaaagttgagggtcttcctcttccctctccctattagcaacaacaaggcatcttttaattctttggcttcc 38156027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 329 - 383
Target Start/End: Original strand, 38443718 - 38443772
Alignment:
Q  329 gaaggaatttcacggactgcatgtcgtgaatgatgaattcgaagatattctaaaa 383  Q
    |||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  38443718 gaagcaatttcatggactgcatatcgtgaatgatgaatttgaagatattctaaaa 38443772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 450 - 507
Target Start/End: Original strand, 38443919 - 38443973
Alignment:
Q  450 aattgtacggattcaaattgattaatatattggttcttttttatcatggatttgtctc 507  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||||||   ||||||||||||||| ||||||    
T  38443919 aattgtatggattcaaatttattaatatattgg---ttttttatcatggatctgtctc 38443973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 136 - 206
Target Start/End: Original strand, 38443570 - 38443637
Alignment:
Q  136 actcgctcaattccgttcaagtttctccttttgaagaatattcatctcctcctactacgcctccacctccg 206  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||   || |||| ||| |||||||| |||||| ||||||||||||    
T  38443570 actcgctcaattccgttcatgttcctcc---tgtagaagatttatctcctcttactacacctccacctccg 38443637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University