View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF1732R-Insertion-5 (Length: 492)
Name: NF1732R-Insertion-5
Description: NF1732R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1732R-Insertion-5 |
 | |
|
| [»] chr7 (5 HSPs) |
| |
|
Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 468; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 468; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 45283516 - 45283033
Alignment:
| Q |
9 |
atagcagcctccgtgaaggcagccaccgacaatgtcattaaggcctttaacatgagtgaaaggctcaccactgagcatggaaaggaaagtggtgccaaga |
108 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
45283516 |
atagcagcctccgtgaaggcagccaccgacaatgtcattaaggcctttaacatgagtgaaaggctcaccactgagtatggaaaggaaaatggtgccaaga |
45283417 |
T |
|
| Q |
109 |
tggctcttaatgactgcaaggacttgatgcaattcgctttggacagtcttgacctctccaccaagtgtgttcatgacaacaacattcaagctgttcatga |
208 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45283416 |
tggctcttaatgactgcaaggacttgatgcaattcgctttggacagtcttgacctctccaccaagtgtgttcatgacaacaacattcaagctgttcatga |
45283317 |
T |
|
| Q |
209 |
ccaaaccgctgatatgagaaattggttgagtgcggttatctcttacagacaagcttgtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaagatc |
308 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45283316 |
ccaaatcgctgatatgaggaattggttgagtgcggttatctcttacagacaagcttgtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaagatc |
45283217 |
T |
|
| Q |
309 |
aaggagcaattccatgttcagagtttggacagcgtacaaaaggttaccgctgttgcccttgacattgtgactggtttgtccgacatcctccagcaattca |
408 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45283216 |
aaggagcaattccatgttcagagtttggacagcgtacaaaaggttaccgctgttgcccttgacattgtgactggtttgtccgacatcctccagcaattca |
45283117 |
T |
|
| Q |
409 |
acttgaagtttgatgtcaaacctgcttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgactgttgacgatcaaggatacccttcatgga |
492 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45283116 |
acttgaagtttgatgtcaaacctgcttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgactgttgacgatcaaggatacccttcatgga |
45283033 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 408; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 45294904 - 45294421
Alignment:
| Q |
9 |
atagcagcctccgtgaaggcagccaccgacaatgtcattaaggcctttaacatgagtgaaaggctcaccactgagcatggaaaggaaagtggtgccaaga |
108 |
Q |
| |
|
||||||||| | || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||| |
|
|
| T |
45294904 |
atagcagccgctgtaaaggcagccactgacaatgtcattaaggcctttaacatgagtgacaggctcaccactgagtatggaaaggaagatggtaccaaga |
45294805 |
T |
|
| Q |
109 |
tggctcttaatgactgcaaggacttgatgcaattcgctttggacagtcttgacctctccaccaagtgtgttcatgacaacaacattcaagctgttcatga |
208 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45294804 |
tggctcttaatgactgcaaggacttgatgcaattcgctttggacagtcttgacctctccaccaagtgtgttcatgacagcaacattcaagctgttcatga |
45294705 |
T |
|
| Q |
209 |
ccaaaccgctgatatgagaaattggttgagtgcggttatctcttacagacaagcttgtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaagatc |
308 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
45294704 |
ccaaaccgctgatatgaggaattggttgagtgcagttatctcttacagacaagcttgtatggaaggatttgacgatgaaaatgacggtgagaagaagatc |
45294605 |
T |
|
| Q |
309 |
aaggagcaattccatgttcagagtttggacagcgtacaaaaggttaccgctgttgcccttgacattgtgactggtttgtccgacatcctccagcaattca |
408 |
Q |
| |
|
||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45294604 |
aaggagcaattagacgttcagagtttggacagcgtacaaaaggttaccgctgttgcccttgacattgtgactggtttgtccgacatcctccagcaattca |
45294505 |
T |
|
| Q |
409 |
acttgaagtttgatgtcaaacctgcttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgactgttgacgatcaaggatacccttcatgga |
492 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45294504 |
acttgaagtttgatatcaaacctgcttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgactgttgatgatcaaggatacccttcatgga |
45294421 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 408; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 45303864 - 45303381
Alignment:
| Q |
9 |
atagcagcctccgtgaaggcagccaccgacaatgtcattaaggcctttaacatgagtgaaaggctcaccactgagcatggaaaggaaagtggtgccaaga |
108 |
Q |
| |
|
||||||||| | || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||| |
|
|
| T |
45303864 |
atagcagccgctgtaaaggcagccactgacaatgtcattaaggcctttaacatgagtgacaggctcaccactgagtatggaaaggaagatggtaccaaga |
45303765 |
T |
|
| Q |
109 |
tggctcttaatgactgcaaggacttgatgcaattcgctttggacagtcttgacctctccaccaagtgtgttcatgacaacaacattcaagctgttcatga |
208 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45303764 |
tggctcttaatgactgcaaggacttgatgcaattcgctttggacagtcttgacctctccaccaagtgtgttcatgacagcaacattcaagctgttcatga |
45303665 |
T |
|
| Q |
209 |
ccaaaccgctgatatgagaaattggttgagtgcggttatctcttacagacaagcttgtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaagatc |
308 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
45303664 |
ccaaaccgctgatatgaggaattggttgagtgcagttatctcttacagacaagcttgtatggaaggatttgacgatgaaaatgacggtgagaagaagatc |
45303565 |
T |
|
| Q |
309 |
aaggagcaattccatgttcagagtttggacagcgtacaaaaggttaccgctgttgcccttgacattgtgactggtttgtccgacatcctccagcaattca |
408 |
Q |
| |
|
||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45303564 |
aaggagcaattagacgttcagagtttggacagcgtacaaaaggttaccgctgttgcccttgacattgtgactggtttgtccgacatcctccagcaattca |
45303465 |
T |
|
| Q |
409 |
acttgaagtttgatgtcaaacctgcttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgactgttgacgatcaaggatacccttcatgga |
492 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45303464 |
acttgaagtttgatatcaaacctgcttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgactgttgatgatcaaggatacccttcatgga |
45303381 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 384; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 45271742 - 45271259
Alignment:
| Q |
9 |
atagcagcctccgtgaaggcagccaccgacaatgtcattaaggcctttaacatgagtgaaaggctcaccactgagcatggaaaggaaagtggtgccaaga |
108 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||| |
|
|
| T |
45271742 |
atagcagcagccgtgaaggcagccactgacaatgtcattaaggcctttaacatgagtgaaaggctcaccactgagtatggaaagaaaaatggtgccaaga |
45271643 |
T |
|
| Q |
109 |
tggctcttaatgactgcaaggacttgatgcaattcgctttggacagtcttgacctctccaccaagtgtgttcatgacaacaacattcaagctgttcatga |
208 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
45271642 |
tggctcttgatgactgcaaagacttgatgcaattcgctttggacagtcttgacctctccaacaactgtgttcgtgacaacaacattgaagctgttcatga |
45271543 |
T |
|
| Q |
209 |
ccaaaccgctgatatgagaaattggttgagtgcggttatctcttacagacaagcttgtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaagatc |
308 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45271542 |
ccaaactgctgatatgaggaattggttgagtgcagttatctcttacaaacaaggttgtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaagatc |
45271443 |
T |
|
| Q |
309 |
aaggagcaattccatgttcagagtttggacagcgtacaaaaggttaccgctgttgcccttgacattgtgactggtttgtccgacatcctccagcaattca |
408 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45271442 |
aaggagcaattccatgttcagagtttgtacagcgtacaaaaggtcacagccgttgcccttgacattgtgactggtttgtctgacatcctccagcaattca |
45271343 |
T |
|
| Q |
409 |
acttgaagtttgatgtcaaacctgcttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgactgttgacgatcaaggatacccttcatgga |
492 |
Q |
| |
|
||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45271342 |
acttgaactttgatatcaaacctccttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgactgttgacgatcaaggatacccttcatgga |
45271259 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 372; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 45275275 - 45274792
Alignment:
| Q |
9 |
atagcagcctccgtgaaggcagccaccgacaatgtcattaaggcctttaacatgagtgaaaggctcaccactgagcatggaaaggaaagtggtgccaaga |
108 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
45275275 |
atagcagccgccgtgaaggcagccactgacaatgtcatgaacgcctttaacatgagtgaaaggctcaccactgagtatggaaaggaaaatggtgccaaga |
45275176 |
T |
|
| Q |
109 |
tggctcttaatgactgcaaggacttgatgcaattcgctttggacagtcttgacctctccaccaagtgtgttcatgacaacaacattcaagctgttcatga |
208 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45275175 |
tggctcttgatgactgcaaggacttgatgcaattcgctttggacagtcttgacctctcaaacaattgtcttagtgacaacaacattcaagctgttcatga |
45275076 |
T |
|
| Q |
209 |
ccaaaccgctgatatgagaaattggttgagtgcggttatctcttacagacaagcttgtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaagatc |
308 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||| |||||||||||||| || || || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
45275075 |
ccaaactgctgatatgaggaattggttgagtgcagtcatatcctacagacaagcctgtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaaaatc |
45274976 |
T |
|
| Q |
309 |
aaggagcaattccatgttcagagtttggacagcgtacaaaaggttaccgctgttgcccttgacattgtgactggtttgtccgacatcctccagcaattca |
408 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45274975 |
aaagagcaattccatgttcagagtttggacagcgtacaaaagatcaccgcggttgcccttgacattgtgactggtttgtccgacatcctccagcaattca |
45274876 |
T |
|
| Q |
409 |
acttgaagtttgatgtcaaacctgcttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgactgttgacgatcaaggatacccttcatgga |
492 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45274875 |
acttgaagtttgatatcaaacctctttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgactgttgacgatcaaggatacccttcatgga |
45274792 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000004; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 186 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 38588718 - 38588624
Alignment:
| Q |
186 |
aacaacattcaagctgttcatgaccaaaccgctgatatgagaaattggttgagtgcggttatctcttacagacaagcttgtatggaaggatttga |
280 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||| ||||| ||||| | || |||||||||||||| |||||||| ||| |||| | || ||||| |||||||| |
|
|
| T |
38588718 |
aacaacattcaagccattcatgatcaaacacctgattttaggaattggttgagtgctgttatctcataccaacaatcatgcatggacggatttga |
38588624 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University