View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1732_low_35 (Length: 237)

Name: NF1732_low_35
Description: NF1732
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1732_low_35
NF1732_low_35
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (4-221)||(45283299-45283516)
chr7 (4-221)||(45294687-45294904)
chr7 (4-221)||(45303647-45303864)
chr7 (4-221)||(45271525-45271742)
chr7 (4-221)||(45275058-45275275)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 4 - 221
Target Start/End: Original strand, 45283299 - 45283516
Alignment:
Q  4 ctcatatcagcggtttggtcatgaacagcttgaatgttgttgtcatgaacacacttggtggagaggtcaagactgtccaaagcgaattgcatcaagtcct 103  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45283299 ctcatatcagcgatttggtcatgaacagcttgaatgttgttgtcatgaacacacttggtggagaggtcaagactgtccaaagcgaattgcatcaagtcct 45283398  T
Q  104 tgcagtcattaagagccatcttggcaccattttcctttccatgctcagtggtgagcctttcactcatgttaaaggccttaatgacattgtcggtggctgc 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45283399 tgcagtcattaagagccatcttggcaccattttcctttccatactcagtggtgagcctttcactcatgttaaaggccttaatgacattgtcggtggctgc 45283498  T
Q  204 cttcacggaggctgctat 221  Q
    ||||||||||||||||||    
T  45283499 cttcacggaggctgctat 45283516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 4 - 221
Target Start/End: Original strand, 45294687 - 45294904
Alignment:
Q  4 ctcatatcagcggtttggtcatgaacagcttgaatgttgttgtcatgaacacacttggtggagaggtcaagactgtccaaagcgaattgcatcaagtcct 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45294687 ctcatatcagcggtttggtcatgaacagcttgaatgttgctgtcatgaacacacttggtggagaggtcaagactgtccaaagcgaattgcatcaagtcct 45294786  T
Q  104 tgcagtcattaagagccatcttggcaccattttcctttccatgctcagtggtgagcctttcactcatgttaaaggccttaatgacattgtcggtggctgc 203  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  45294787 tgcagtcattaagagccatcttggtaccatcttcctttccatactcagtggtgagcctgtcactcatgttaaaggccttaatgacattgtcagtggctgc 45294886  T
Q  204 cttcacggaggctgctat 221  Q
    ||| || | |||||||||    
T  45294887 ctttacagcggctgctat 45294904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 4 - 221
Target Start/End: Original strand, 45303647 - 45303864
Alignment:
Q  4 ctcatatcagcggtttggtcatgaacagcttgaatgttgttgtcatgaacacacttggtggagaggtcaagactgtccaaagcgaattgcatcaagtcct 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45303647 ctcatatcagcggtttggtcatgaacagcttgaatgttgctgtcatgaacacacttggtggagaggtcaagactgtccaaagcgaattgcatcaagtcct 45303746  T
Q  104 tgcagtcattaagagccatcttggcaccattttcctttccatgctcagtggtgagcctttcactcatgttaaaggccttaatgacattgtcggtggctgc 203  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  45303747 tgcagtcattaagagccatcttggtaccatcttcctttccatactcagtggtgagcctgtcactcatgttaaaggccttaatgacattgtcagtggctgc 45303846  T
Q  204 cttcacggaggctgctat 221  Q
    ||| || | |||||||||    
T  45303847 ctttacagcggctgctat 45303864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 4 - 221
Target Start/End: Original strand, 45271525 - 45271742
Alignment:
Q  4 ctcatatcagcggtttggtcatgaacagcttgaatgttgttgtcatgaacacacttggtggagaggtcaagactgtccaaagcgaattgcatcaagtcct 103  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  45271525 ctcatatcagcagtttggtcatgaacagcttcaatgttgttgtcacgaacacagttgttggagaggtcaagactgtccaaagcgaattgcatcaagtctt 45271624  T
Q  104 tgcagtcattaagagccatcttggcaccattttcctttccatgctcagtggtgagcctttcactcatgttaaaggccttaatgacattgtcggtggctgc 203  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  45271625 tgcagtcatcaagagccatcttggcaccatttttctttccatactcagtggtgagcctttcactcatgttaaaggccttaatgacattgtcagtggctgc 45271724  T
Q  204 cttcacggaggctgctat 221  Q
    ||||||||  ||||||||    
T  45271725 cttcacggctgctgctat 45271742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 166; E-Value: 6e-89
Query Start/End: Original strand, 4 - 221
Target Start/End: Original strand, 45275058 - 45275275
Alignment:
Q  4 ctcatatcagcggtttggtcatgaacagcttgaatgttgttgtcatgaacacacttggtggagaggtcaagactgtccaaagcgaattgcatcaagtcct 103  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45275058 ctcatatcagcagtttggtcatgaacagcttgaatgttgttgtcactaagacaattgtttgagaggtcaagactgtccaaagcgaattgcatcaagtcct 45275157  T
Q  104 tgcagtcattaagagccatcttggcaccattttcctttccatgctcagtggtgagcctttcactcatgttaaaggccttaatgacattgtcggtggctgc 203  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||    
T  45275158 tgcagtcatcaagagccatcttggcaccattttcctttccatactcagtggtgagcctttcactcatgttaaaggcgttcatgacattgtcagtggctgc 45275257  T
Q  204 cttcacggaggctgctat 221  Q
    |||||||| |||||||||    
T  45275258 cttcacggcggctgctat 45275275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University