View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1733-Insertion-1 (Length: 410)

Name: NF1733-Insertion-1
Description: NF1733
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1733-Insertion-1
NF1733-Insertion-1
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (17-357)||(25880583-25880925)
chr3 (10-357)||(42588681-42589027)
chr3 (8-173)||(25880386-25880551)
chr3 (10-347)||(54544878-54545214)
chr3 (10-347)||(5819523-5819859)
chr3 (8-139)||(25878030-25878161)
chr3 (148-355)||(25880166-25880369)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (10-357)||(2002616-2002962)
chr4 (10-347)||(42269636-42269972)
chr4 (10-347)||(48698069-48698405)
chr4 (10-347)||(30946431-30946767)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (10-357)||(24594729-24595075)
chr8 (10-347)||(9440339-9440675)
chr8 (363-410)||(24594580-24594627)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (10-357)||(1472703-1473048)
chr6 (10-347)||(26977141-26977477)
chr6 (10-347)||(27874957-27875293)
chr6 (37-118)||(21965153-21965234)
chr6 (293-347)||(18967118-18967171)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (10-347)||(34355743-34356079)
chr5 (10-347)||(41722143-41722479)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (10-151)||(7506019-7506160)
chr7 (148-357)||(7505001-7505209)
chr7 (270-345)||(2324357-2324432)
chr7 (363-410)||(7504852-7504899)
[»] scaffold0074 (1 HSPs)
scaffold0074 (10-347)||(28283-28619)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (10-163)||(829212-829365)
chr2 (10-163)||(28714816-28714969)
chr2 (270-347)||(829471-829548)
chr2 (12-99)||(13841413-13841500)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 232; Significance: 1e-128; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 17 - 357
Target Start/End: Original strand, 25880583 - 25880925
Alignment:
Q  17 tcgagcaccttatgcatcatcggtgggaagccttatgtaagccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagcaattagttgatttatg 116  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  25880583 tcgagtaccttatgcatcagcggtgggaaaccttatgtatgccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagcaattagtcgatttatg 25880682  T
Q  117 gcggatcctgataaagagcattgagatgttattaaaagaatcctgagatatataaaaaaggaaacctc--aagttgcattatgtttcagattggaattta 214  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  25880683 gcggatcctggtaaagagcattgagatgttattaaaagaatcgtgagatatataaaaaaggaaacctcagatgttgcattatgtttcagattggaattta 25880782  T
Q  215 tcgtaatgggttatgtagattcagattttgcaggagatcttgatatnnnnnnnntatctactactggttatgtgctaccacttgcaggaggagcaataag 314  Q
    | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||| ||||||||| |   |||||||||||||||||||||    
T  25880783 ttgtaaagggttatgtagattcagattttgcaggagatcttgataaaaaaaaaaaatctactaccggttatgtgttcatacttgcaggaggagcaataag 25880882  T
Q  315 ttggttgtcaaaattacaaactgttgtagctctatctactaca 357  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  25880883 ttggttgtcaaaattacaaattgttgtcgctctatctactaca 25880925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 10 - 357
Target Start/End: Original strand, 42588681 - 42589027
Alignment:
Q  10 aaatgtctcgagcaccttatgcatcatcggtgggaagccttatgtaagccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagcaattagttg 109  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||| |    
T  42588681 aaatgtctcgagtaccctatgcatcagtggtgggaagccttatgtatgccatgatatgtacaaggccagacattgcacaagcagtgggagcggttagtcg 42588780  T
Q  110 atttatggcggatcctgataaagagcattgagatgttattaaaagaatcctgagatatataaaaaaggaaacct-caagttgcattatgtttca---gat 205  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||| |||| | |||| |||||||||||||||||  |||||||| | |  | |||||||||||| |||   |||    
T  42588781 atttatggcggatcctggtaaagaacattgggatgctgttaagagaatcctgagatatat--aaaaggaaccttagatgttgcattatgtgtcagaggat 42588878  T
Q  206 tggaatttatcgtaatgggttatgtagattcagattttgcaggagatcttgatatnnnnnnnntatctactactggttatgtgctaccacttgcaggagg 305  Q
    |||||||||| || |  |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||          ||||||| ||||||||||| |  |||||||||||||    
T  42588879 tggaatttattgtcaaaggttatgttgattcagattttgcaggtgatcttgata---aaagaagatctactgctggttatgtgttcacacttgcaggagg 42588975  T
Q  306 agcaataagttggttgtcaaaattacaaactgttgtagctctatctactaca 357  Q
    |||  ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  42588976 agcggtaagttggttgtcaaaattacaatctgtcgtagctctatctactaca 42589027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 7e-65
Query Start/End: Original strand, 8 - 173
Target Start/End: Original strand, 25880386 - 25880551
Alignment:
Q  8 gaaaatgtctcgagcaccttatgcatcatcggtgggaagccttatgtaagccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagcaattagt 107  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  25880386 gaaaatgtctcgagtaccttatgcatcagcggtgggaagccttatgtatgccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtggaagtaattagt 25880485  T
Q  108 tgatttatggcggatcctgataaagagcattgagatgttattaaaagaatcctgagatatataaaa 173  Q
     |||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  25880486 cgatttatggcggatcctggtaaagagcattgggatggtatcaaaagaatcctgagatatataaaa 25880551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 10 - 347
Target Start/End: Original strand, 54544878 - 54545214
Alignment:
Q  10 aaatgtctcgagcaccttatgcatcatcggtgggaagccttatgtaagccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagcaattagttg 109  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| |    
T  54544878 aaatgtctcgagtaccgtatgcatcggcggtgggaagccttatgtatgccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagtggttagtcg 54544977  T
Q  110 atttatggcggatcctgataaagagcattgagatgttattaaaagaatcctgagatatataaaaaaggaaacctca--agttgcattatgtttc---aga 204  Q
     |||||||||||||| | ||||||||||||  ||||| |||| |||||| |||| || || |||   | |||||||   |||||  ||||||||    ||    
T  54544978 gtttatggcggatccgggtaaagagcattggaatgttgttaagagaatcatgaggtacattaaa---ggaacctcaggtgttgcggtatgtttcggagga 54545074  T
Q  205 ttggaatttatcgtaatgggttatgtagattcagattttgcaggagatcttgatatnnnnnnnntatctactactggttatgtgctaccacttgcaggag 304  Q
    |  || || |  || | ||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||          ||||||||||||||||||| |  ||||||| ||||    
T  54545075 tcagagttaactgtcaggggttatgttgattcagattttgcaggtgatcatgata---aaagaaaatctactactggttatgtgttcacacttgccggag 54545171  T
Q  305 gagcaataagttggttgtcaaaattacaaactgttgtagctct 347  Q
    ||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  54545172 gagcagtaagttggttgtccaagttacaaactgttgtagctct 54545214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 10 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 5819859 - 5819523
Alignment:
Q  10 aaatgtctcgagcaccttatgcatcatcggtgggaagccttatgtaagccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagcaattagttg 109  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| |    
T  5819859 aaatgtctcgagtaccgtatgcatcggcggtgggaagccttatgtatgccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagtggttagtcg 5819760  T
Q  110 atttatggcggatcctgataaagagcattgagatgttattaaaagaatcctgagatatataaaaaaggaaacctca--agttgcattatgtttc---aga 204  Q
     |||||||||||||| | ||||||||||||  ||| | |||| |||||| |||| || || |||   | |||||||   |||||  ||||||||    ||    
T  5819759 gtttatggcggatccgggtaaagagcattggaatgctgttaagagaatcatgaggtacattaaa---ggaacctcaggtgttgcggtatgtttcggagga 5819663  T
Q  205 ttggaatttatcgtaatgggttatgtagattcagattttgcaggagatcttgatatnnnnnnnntatctactactggttatgtgctaccacttgcaggag 304  Q
    |  || || |  || | ||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||          ||||||||||||||||||| |  | ||||||||||    
T  5819662 tcagagttaactgtcaggggttatgttgattcagattttgcaggtgatcatgata---aaagaaaatctactactggttatgtgttcacgcttgcaggag 5819566  T
Q  305 gagcaataagttggttgtcaaaattacaaactgttgtagctct 347  Q
    ||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  5819565 gagcagtaagttggttgtccaagttacaaactgttgtagctct 5819523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 8 - 139
Target Start/End: Original strand, 25878030 - 25878161
Alignment:
Q  8 gaaaatgtctcgagcaccttatgcatcatcggtgggaagccttatgtaagccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagcaattagt 107  Q
    ||||||||||| || ||| ||||||||| | |||||||| |||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  25878030 gaaaatgtctcaagtaccctatgcatcagcagtgggaagtcttatgtatgacatgatatgtacaagactagacattgcacaagcagtgagaacaattagt 25878129  T
Q  108 tgatttatggcggatcctgataaagagcattg 139  Q
     |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  25878130 cgatttatggcggatcctggtaaagagcattg 25878161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 148 - 355
Target Start/End: Original strand, 25880166 - 25880369
Alignment:
Q  148 ttaaaagaatcctgagatatataaaaaaggaaacctcaa--gttgcattatgtttcagattggaatttatcgtaatgggttatgtagattcagattttgc 245  Q
    |||| |||||||||||||||||||||   | ||||||||  |||| ||||||||||  || ||||||||| || | ||||| |||  |||||||||||      
T  25880166 ttaagagaatcctgagatatataaaa---ggaacctcaaatgttgtattatgtttctaatcggaatttattgtcaagggttttgttaattcagattttat 25880262  T
Q  246 aggagatcttgatatnnnnnnnntatctactactggttatgtgctaccacttgcaggaggagcaataagttggttgtcaaaattacaaactgttgtagct 345  Q
    ||| |||| |||||         |||||| ||| ||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||     
T  25880263 aggtgatcgtgata---aaagaatatctaataccggttatgtgttcacacttgcaagaggagcaataagttggttgtcaaaattacaaattgtcgtagcc 25880359  T
Q  346 ctatctacta 355  Q
    ||||||||||    
T  25880360 ctatctacta 25880369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 163; Significance: 6e-87; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 6e-87
Query Start/End: Original strand, 10 - 357
Target Start/End: Original strand, 2002616 - 2002962
Alignment:
Q  10 aaatgtctcgagcaccttatgcatcatcggtgggaagccttatgtaagccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagcaattagttg 109  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||| |    
T  2002616 aaatgtctcgagtaccctatgcatcagtggtgggaagccttatgtatgccatgatatgtacaaggccagacattgcacaagcagtgggagcggttagtcg 2002715  T
Q  110 atttatggcggatcctgataaagagcattgagatgttattaaaagaatcctgagatatataaaaaaggaaacct-caagttgcattatgtttca---gat 205  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| | |||| |||||||||||||||||  |||||||| | |  | ||||||||||||||||   |||    
T  2002716 atttatggcggatcctggtaaagagcattgggatgctgttaagagaatcctgagatatat--aaaaggaaccttagatgttgcattatgtttcagaggat 2002813  T
Q  206 tggaatttatcgtaatgggttatgtagattcagattttgcaggagatcttgatatnnnnnnnntatctactactggttatgtgctaccacttgcaggagg 305  Q
    |||||||||| || |  |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||          ||||||||||||||||||| |  |||||||||||||    
T  2002814 tggaatttattgtcaaaggttatgttgattcagattttgcaggtgatcttgata---aaagaagatctactactggttatgtgttcacacttgcaggagg 2002910  T
Q  306 agcaataagttggttgtcaaaattacaaactgttgtagctctatctactaca 357  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  2002911 agcagtaagttggttgtcaaaattacaatctgtcgtagctctatctactaca 2002962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 10 - 347
Target Start/End: Original strand, 42269636 - 42269972
Alignment:
Q  10 aaatgtctcgagcaccttatgcatcatcggtgggaagccttatgtaagccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagcaattagttg 109  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| |    
T  42269636 aaatgtctcgagtaccgtatgcatcggcggtgggaagccttatgtatgccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagtggttagtcg 42269735  T
Q  110 atttatggcggatcctgataaagagcattgagatgttattaaaagaatcctgagatatataaaaaaggaaacctca--agttgcattatgtttc---aga 204  Q
     |||||||||||||| | ||||||||||||  ||| | |||| |||||| |||| || || |||   | |||||||   |||||  ||||||||    ||    
T  42269736 gtttatggcggatccgggtaaagagcattggaatgctgttaagagaatcatgaggtacattaaa---ggaacctcaggtgttgcggtatgtttcggagga 42269832  T
Q  205 ttggaatttatcgtaatgggttatgtagattcagattttgcaggagatcttgatatnnnnnnnntatctactactggttatgtgctaccacttgcaggag 304  Q
    |  || || |  || | ||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||          ||||||||||||||||||| |  | ||||||||||    
T  42269833 tcagagttaactgtcaggggttatgttgattcagattttgcaggtgatcatgata---aaagaaaatctactactggttatgtgttcacgcttgcaggag 42269929  T
Q  305 gagcaataagttggttgtcaaaattacaaactgttgtagctct 347  Q
    ||||| ||||||||||||| || |||||||| |||||||||||    
T  42269930 gagcagtaagttggttgtccaagttacaaacggttgtagctct 42269972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 10 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 48698405 - 48698069
Alignment:
Q  10 aaatgtctcgagcaccttatgcatcatcggtgggaagccttatgtaagccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagcaattagttg 109  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| |    
T  48698405 aaatgtctcgagtaccgtatgcatcggcggtgggaagccttatgtatgccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagtggttagtcg 48698306  T
Q  110 atttatggcggatcctgataaagagcattgagatgttattaaaagaatcctgagatatataaaaaaggaaacctca--agttgcattatgtttc---aga 204  Q
     |||||||||||||| | ||||||||||||  ||| | |||| |||||| |||| || || |||   | |||||||   |||||  ||||||||    ||    
T  48698305 gtttatggcggatccgggtaaagagcattggaatgctgttaagagaatcatgaggtacattaaa---ggaacctcaggtgttgcggtatgtttcggagga 48698209  T
Q  205 ttggaatttatcgtaatgggttatgtagattcagattttgcaggagatcttgatatnnnnnnnntatctactactggttatgtgctaccacttgcaggag 304  Q
    |  || || |  || | ||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||          ||||||||||||||||||| |  | ||||||||||    
T  48698208 tcagagttaactgtcaggggttatgttgattcagattttgcaggtgatcatgata---aaagaaaatctactactggttatgtgttcacgcttgcaggag 48698112  T
Q  305 gagcaataagttggttgtcaaaattacaaactgttgtagctct 347  Q
    ||||| ||||||||||||| || |||||||| |||||||||||    
T  48698111 gagcagtaagttggttgtccaagttacaaacggttgtagctct 48698069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 10 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 30946767 - 30946431
Alignment:
Q  10 aaatgtctcgagcaccttatgcatcatcggtgggaagccttatgtaagccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagcaattagttg 109  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| |    
T  30946767 aaatgtctcgagtaccgtatgcatcggcggtgggaagccttatgtatgccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagtggttagtcg 30946668  T
Q  110 atttatggcggatcctgataaagagcattgagatgttattaaaagaatcctgagatatataaaaaaggaaacctca--agttgcattatgtttc---aga 204  Q
     |||||||||||||| | ||||||||||||  ||| | |||| |||||| |||| || || |||   | |||||||   |||||  ||||||||    ||    
T  30946667 gtttatggcggatccgggtaaagagcattggaatgctgttaagagaatcatgaggtacattaaa---ggaacctcaggtgttgcggtatgtttcggagga 30946571  T
Q  205 ttggaatttatcgtaatgggttatgtagattcagattttgcaggagatcttgatatnnnnnnnntatctactactggttatgtgctaccacttgcaggag 304  Q
    |  || || |  || | ||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||          ||||||||||||||||||| |  | ||| ||||||    
T  30946570 tcagagttaactgtcaggggttatgttgattcagattttgcaggtgatcatgata---aaagaaaatctactactggttatgtgttcacgcttacaggag 30946474  T
Q  305 gagcaataagttggttgtcaaaattacaaactgttgtagctct 347  Q
    ||||| ||||||||||||| || |||||||| |||||||||||    
T  30946473 gagcagtaagttggttgtccaagttacaaacggttgtagctct 30946431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 155; Significance: 4e-82; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 10 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 24595075 - 24594729
Alignment:
Q  10 aaatgtctcgagcaccttatgcatcatcggtgggaagccttatgtaagccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagcaattagttg 109  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||| |    
T  24595075 aaatgtctcgagtaccctatgcatcagcggtgggaagccttatgtatgccatgatatttacaaggccagacattgcacaagcagtgggagcggttagtcg 24594976  T
Q  110 atttatggcggatcctgataaagagcattgagatgttattaaaagaatcctgagatatataaaaaaggaaacct-caagttgcattatgtttca---gat 205  Q
    ||||||||||||||||| |||| | ||||| |||||| |||| |||||||||||||||||  |||||||| | |  | ||||||||||||||||   |||    
T  24594975 atttatggcggatcctggtaaaaaacattgggatgttgttaagagaatcctgagatatat--aaaaggaaccttagatgttgcattatgtttcagaggat 24594878  T
Q  206 tggaatttatcgtaatgggttatgtagattcagattttgcaggagatcttgatatnnnnnnnntatctactactggttatgtgctaccacttgcaggagg 305  Q
    |||||||||| || |  |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||          ||||||||||||||||||| |  |||||||||||||    
T  24594877 tggaatttattgtcaaaggttatgttgattcagattttgcaggtgatcttgata---aaagaagatctactactggttatgtgttcacacttgcaggagg 24594781  T
Q  306 agcaataagttggttgtcaaaattacaaactgttgtagctctatctactaca 357  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  24594780 agcgataagttgattgtcaaaattacaatctgtcgtagctctatctactaca 24594729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 10 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 9440675 - 9440339
Alignment:
Q  10 aaatgtctcgagcaccttatgcatcatcggtgggaagccttatgtaagccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagcaattagttg 109  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| |    
T  9440675 aaatgtctcgagtaccgtatgcatcggcggtgggaagccttatgtatgccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagtggttagtcg 9440576  T
Q  110 atttatggcggatcctgataaagagcattgagatgttattaaaagaatcctgagatatataaaaaaggaaacctca--agttgcattatgtttc---aga 204  Q
     |||||||||||||| | ||||||||||||  ||| | |||| |||||| |||| || || |||   | |||||||   |||||  ||||||||    ||    
T  9440575 gtttatggcggatccgggtaaagagcattggaatgctgttaagagaatcatgaggtacattaaa---ggaacctcaggtgttgcggtatgtttcggagga 9440479  T
Q  205 ttggaatttatcgtaatgggttatgtagattcagattttgcaggagatcttgatatnnnnnnnntatctactactggttatgtgctaccacttgcaggag 304  Q
    |  || || |  || | ||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||          ||||||||||||||||||| |  | ||||||||||    
T  9440478 tcagagttaactgtcaggggttatgttgattcagattttgcaggtgatcatgata---aaagaaaatctactactggttatgtgttcacgcttgcaggag 9440382  T
Q  305 gagcaataagttggttgtcaaaattacaaactgttgtagctct 347  Q
    ||||| ||||||||||||| || |||||||| |||||||||||    
T  9440381 gagcagtaagttggttgtccaagttacaaacggttgtagctct 9440339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 363 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 24594627 - 24594580
Alignment:
Q  363 ttgtgacggtcagagtgaatttcacattgcaaggaatccggtctttca 410  Q
    ||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  24594627 ttgtgacagtcagagtgcattgcacattgcaaggaatccagtctttca 24594580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 155; Significance: 4e-82; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 10 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 1473048 - 1472703
Alignment:
Q  10 aaatgtctcgagcaccttatgcatcatcggtgggaagccttatgtaagccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagcaattagttg 109  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||  ||||| |    
T  1473048 aaatgtctcgagtaccctatgcatcagcggtgggaagccttatgtatgccatgatatgtacaaggtcagacattgcacaagcagtgggagcggttagtcg 1472949  T
Q  110 atttatggcggatcctgataaagagcattgagatgttattaaaagaatcctgagatatataaaaaaggaaacct-caagttgcattatgtttca---gat 205  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| | |||| |||||||||||||||||  |||||||| | |  | ||||||||||||||||   |||    
T  1472948 atttatggcggatcctggtaaagagcattgggatgctgttaagagaatcctgagatatat--aaaaggaaccttagatgttgcattatgtttcagaggat 1472851  T
Q  206 tggaatttatcgtaatgggttatgtagattcagattttgcaggagatcttgatatnnnnnnnntatctactactggttatgtgctaccacttgcaggagg 305  Q
    ||||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||          ||||||||||||||||||| |  |||||||||||||    
T  1472850 tggaatttatcgtcaaaggttatgttgattcagattttgcaggtgatcttgata---aaagaagatctactactggttatgtgttcacacttgcaggagg 1472754  T
Q  306 agcaataagttggttgtcaaaattacaaactgttgtagctctatctactaca 357  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| || ||| |||||||| |||||||||    
T  1472753 agcagtaagttggttgtcaaaattac-aattgtcgtagctctctctactaca 1472703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 10 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 26977477 - 26977141
Alignment:
Q  10 aaatgtctcgagcaccttatgcatcatcggtgggaagccttatgtaagccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagcaattagttg 109  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| |    
T  26977477 aaatgtctcgagtaccgtatgcatcggcggtgggaagccttatgtatgccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagtggttagtcg 26977378  T
Q  110 atttatggcggatcctgataaagagcattgagatgttattaaaagaatcctgagatatataaaaaaggaaacctca--agttgcattatgtttc---aga 204  Q
     |||||||||||||| | ||||||||||||  ||| | |||| |||||| |||| || || |||   | |||||||   |||||  ||||||||    ||    
T  26977377 gtttatggcggatccgggtaaagagcattggaatgctgttaagagaatcatgaggtacattaaa---ggaacctcaggtgttgcggtatgtttcggagga 26977281  T
Q  205 ttggaatttatcgtaatgggttatgtagattcagattttgcaggagatcttgatatnnnnnnnntatctactactggttatgtgctaccacttgcaggag 304  Q
    |  || || |  || | ||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||          ||||||||||||||||||| |  | ||||||||||    
T  26977280 tcagagttaactgtcaggggttatgttgattcagattttgcaggtgatcatgata---aaagaaaatctactactggttatgtgttcacgcttgcaggag 26977184  T
Q  305 gagcaataagttggttgtcaaaattacaaactgttgtagctct 347  Q
    ||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  26977183 gagcagtaagttggttgtccaagttacaaactgttgtagctct 26977141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 10 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 27875293 - 27874957
Alignment:
Q  10 aaatgtctcgagcaccttatgcatcatcggtgggaagccttatgtaagccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagcaattagttg 109  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| |    
T  27875293 aaatgtctcgagtaccgtatgcatcggcggtgggaagccttatgtatgccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagtggttagtcg 27875194  T
Q  110 atttatggcggatcctgataaagagcattgagatgttattaaaagaatcctgagatatataaaaaaggaaacctca--agttgcattatgtttc---aga 204  Q
     |||||||||||||| | ||||||||||||  ||| | |||| |||||| |||| || || |||   | |||||||   |||||  ||||||||    ||    
T  27875193 gtttatggcggatccgggtaaagagcattggaatgctgttaagagaatcatgaggtacattaaa---ggaacctcaggtgttgcggtatgtttcggagga 27875097  T
Q  205 ttggaatttatcgtaatgggttatgtagattcagattttgcaggagatcttgatatnnnnnnnntatctactactggttatgtgctaccacttgcaggag 304  Q
    |  || || |  || | ||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||          ||||||||||||||||||| |  | ||||||||||    
T  27875096 tcagagttaactgtcaggggttatgttgattcagattttgcaggtgatcatgata---aaagaaaatctactactggttatgtgttcacgcttgcaggag 27875000  T
Q  305 gagcaataagttggttgtcaaaattacaaactgttgtagctct 347  Q
    ||||| ||||||||||||| || |||||||| |||||||||||    
T  27874999 gagcagtaagttggttgtccaagttacaaacggttgtagctct 27874957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 37 - 118
Target Start/End: Original strand, 21965153 - 21965234
Alignment:
Q  37 cggtgggaagccttatgtaagccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagcaattagttgatttatggc 118  Q
    |||| |||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| | ||||||||    
T  21965153 cggttggaagccttatgtatgtcatgatatgtaaaagaccagacattgcacaagcagtgggagtagttagtcggtttatggc 21965234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 293 - 347
Target Start/End: Original strand, 18967118 - 18967171
Alignment:
Q  293 cacttgcaggaggagcaataagttggttgtcaaaattacaaactgttgtagctct 347  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| || || |||| |||||||||||||||    
T  18967118 cacttgcaggaggagcagtaagttggttatccaagttac-aactgttgtagctct 18967171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 92; Significance: 1e-44; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 10 - 347
Target Start/End: Original strand, 34355743 - 34356079
Alignment:
Q  10 aaatgtctcgagcaccttatgcatcatcggtgggaagccttatgtaagccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagcaattagttg 109  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| |    
T  34355743 aaatgtctcgagtaccgtatgcatcggcggtgggaagccttatgtatgccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagtggttagtcg 34355842  T
Q  110 atttatggcggatcctgataaagagcattgagatgttattaaaagaatcctgagatatataaaaaaggaaacctca--agttgcattatgtttc---aga 204  Q
     |||||||||||||| | ||||||||||||  ||| | |||| |||||| |||| || || |||   | ||||| |   |||||| ||||||||    ||    
T  34355843 gtttatggcggatccgggtaaagagcattggaatgctgttaagagaatcatgaggtacattaaa---ggaaccttaggtgttgcagtatgtttcggagga 34355939  T
Q  205 ttggaatttatcgtaatgggttatgtagattcagattttgcaggagatcttgatatnnnnnnnntatctactactggttatgtgctaccacttgcaggag 304  Q
    |  || || |  || | ||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||          ||||||||||||||||||| |  | ||||||||||    
T  34355940 tcagagttaactgtcaggggttatgttgattcagattttgcaggtgatcatgata---aaagaaaatctactactggttatgtgttcacgcttgcaggag 34356036  T
Q  305 gagcaataagttggttgtcaaaattacaaactgttgtagctct 347  Q
    ||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  34356037 gagcagtaagttggttgtccaagttacaaactgttgtagctct 34356079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 10 - 347
Target Start/End: Original strand, 41722143 - 41722479
Alignment:
Q  10 aaatgtctcgagcaccttatgcatcatcggtgggaagccttatgtaagccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagcaattagttg 109  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| |    
T  41722143 aaatgtctcgagtaccgtatgcatcggcggtgggaagccttatgtatgccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagtggttagtcg 41722242  T
Q  110 atttatggcggatcctgataaagagcattgagatgttattaaaagaatcctgagatatataaaaaaggaaacctca--agttgcattatgtttc---aga 204  Q
     |||||||||||||| | ||||||||||||  ||| | |||| |||||| |||| || || |||   | |||||||   |||||  ||||||||    ||    
T  41722243 gtttatggcggatccgggtaaagagcattggaatgctgttaagagaatcatgaggtacattaaa---ggaacctcaggtgttgcggtatgtttcggagga 41722339  T
Q  205 ttggaatttatcgtaatgggttatgtagattcagattttgcaggagatcttgatatnnnnnnnntatctactactggttatgtgctaccacttgcaggag 304  Q
    |  || || |  || | ||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||          ||||||||||||||||||| |  | ||||||||||    
T  41722340 tcagagttaactgtcaggggttatgttgattcagattttgcaggtgatcatgata---aaagaaaatctactactggttatgtgttcacgcttgcaggag 41722436  T
Q  305 gagcaataagttggttgtcaaaattacaaactgttgtagctct 347  Q
    ||||| ||||||||||||| || |||||||| |||||||||||    
T  41722437 gagcagtaagttggttgtccaagttacaaacggttgtagctct 41722479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 90; Significance: 2e-43; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 10 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 7506160 - 7506019
Alignment:
Q  10 aaatgtctcgagcaccttatgcatcatcggtgggaagccttatgtaagccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagcaattagttg 109  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||   ||||      
T  7506160 aaatgtctcgagtaccctatgcatcagcggtgggaagccttatgtatgccatgatatgtacaaggccagacattgcacaagcagtgggagcggctagtca 7506061  T
Q  110 atttatggcggatcctgataaagagcattgagatgttattaa 151  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||    
T  7506060 atttatggcggatcctggtaaagagcattgggatgttgttaa 7506019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 148 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 7505209 - 7505001
Alignment:
Q  148 ttaaaagaatcctgagatatataaaaaaggaaacctcaa-gttgcattatgtttcaga---ttggaatttatcgtaatgggttatgtagattcagatttt 243  Q
    |||| |||||||||||||||||||||  |||| | |  | ||||||||||||||||||   ||||||||||| || |  |||||||| ||||||||||||    
T  7505209 ttaagagaatcctgagatatataaaa--ggaaccttagatgttgcattatgtttcagaggattggaatttattgtcaaaggttatgttgattcagatttt 7505112  T
Q  244 gcaggagatcttgatatnnnnnnnntatctactactggttatgtgctaccacttgcaggaggagcaataagttggttgtcaaaattacaaactgttgtag 343  Q
    ||||| ||||||||||          ||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||  ||| ||||    
T  7505111 gcaggtgatcttgataaaagaag---atctactactggttatgtgttcacacttgcaggaggagcggtaagttgattgtcaaaattacaatttgtcgtag 7505015  T
Q  344 ctctatctactaca 357  Q
    ||||||||||||||    
T  7505014 ctctatctactaca 7505001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 270 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 2324432 - 2324357
Alignment:
Q  270 atctactactggttatgtgctaccacttgcaggaggagcaataagttggttgtcaaaattacaaactgttgtagct 345  Q
    |||||||||| |||||||| |  |||||||||||||||   |||||| ||| || || ||||||||||||||||||    
T  2324432 atctactactagttatgtgttcacacttgcaggaggagttgtaagttagttatccaagttacaaactgttgtagct 2324357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 363 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 7504899 - 7504852
Alignment:
Q  363 ttgtgacggtcagagtgaatttcacattgcaaggaatccggtctttca 410  Q
    ||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  7504899 ttgtgacagtcagagtgcattgcacattgcaaggaatccagtctttca 7504852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0074 (Bit Score: 88; Significance: 4e-42; HSPs: 1)
Name: scaffold0074
Description:

Target: scaffold0074; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 10 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 28619 - 28283
Alignment:
Q  10 aaatgtctcgagcaccttatgcatcatcggtgggaagccttatgtaagccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagcaattagttg 109  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| |    
T  28619 aaatgtctcgagtaccgtatgcatcggcggtgggaagccttatgtatgccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagtggttagtcg 28520  T
Q  110 atttatggcggatcctgataaagagcattgagatgttattaaaagaatcctgagatatataaaaaaggaaacctc--aagttgcattatgtttca---ga 204  Q
     |||||||||||||| | ||||||||||||  ||| | |||| |||||| |||| || || |||   | ||||||  | |||||| |||||||||   ||    
T  28519 gtttatggcggatccgggtaaagagcattggaatgctgttaagagaatcatgaggtacattaaa---ggaacctcggatgttgcaatatgtttcagagga 28423  T
Q  205 ttggaatttatcgtaatgggttatgtagattcagattttgcaggagatcttgatatnnnnnnnntatctactactggttatgtgctaccacttgcaggag 304  Q
    |  || || |  || | ||||||||| ||||||||||||| ||| |||| |||||          ||||||||||| ||||||| |  ||||| ||||||    
T  28422 tcagagttaactgtcaggggttatgttgattcagattttgtaggtgatcatgata---aaagaaaatctactactgattatgtgttcacactttcaggag 28326  T
Q  305 gagcaataagttggttgtcaaaattacaaactgttgtagctct 347  Q
    ||||| |||||||||| || || ||||||||||||||||||||    
T  28325 gagcagtaagttggttatccaagttacaaactgttgtagctct 28283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 86; Significance: 5e-41; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 10 - 163
Target Start/End: Original strand, 829212 - 829365
Alignment:
Q  10 aaatgtctcgagcaccttatgcatcatcggtgggaagccttatgtaagccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagcaattagttg 109  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| |    
T  829212 aaatgtctcgagtaccgtatgcatcggcggtgggaagccttatgtatgccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagtggttagtcg 829311  T
Q  110 atttatggcggatcctgataaagagcattgagatgttattaaaagaatcctgag 163  Q
     |||||||||||||| | ||||||||||||  ||||| |||| |||||| ||||    
T  829312 gtttatggcggatccgggtaaagagcattggaatgttgttaagagaatcatgag 829365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 10 - 163
Target Start/End: Original strand, 28714816 - 28714969
Alignment:
Q  10 aaatgtctcgagcaccttatgcatcatcggtgggaagccttatgtaagccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggagcaattagttg 109  Q
    |||||||||||  ||| ||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||  ||||||||   ||||| |    
T  28714816 aaatgtctcgaataccgtatgcatcggcggtgggaagccttatgtatgccatgatatgtacaagatcagagattgcacaattagtgggagtggttagtcg 28714915  T
Q  110 atttatggcggatcctgataaagagcattgagatgttattaaaagaatcctgag 163  Q
     |||||| | |||||| |||||||||||||  ||||| |||| |||||| ||||    
T  28714916 gtttatgacagatccttataaagagcattggaatgttgttaagagaatcatgag 28714969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 270 - 347
Target Start/End: Original strand, 829471 - 829548
Alignment:
Q  270 atctactactggttatgtgctaccacttgcaggaggagcaataagttggttgtcaaaattacaaactgttgtagctct 347  Q
    ||||||||||||||||||| |  | ||||||||||||||| |||||||||| || || ||||||||||||||||||||    
T  829471 atctactactggttatgtgttcacgcttgcaggaggagcagtaagttggttatccaagttacaaactgttgtagctct 829548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 12 - 99
Target Start/End: Complemental strand, 13841500 - 13841413
Alignment:
Q  12 atgtctcgagcaccttatgcatcatcggtgggaagccttatgtaagccatgatatgtacaagaccagacattgcacaagcagtgggag 99  Q
    |||||||||| ||| |||||||    ||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| | |||||  ||||||||    
T  13841500 atgtctcgagtaccgtatgcattgatggtggaaagccttatgtattccatgatatgtacaagaccagacactacacaaatagtgggag 13841413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University