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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF17330_low_1 (Length: 1090)
Name: NF17330_low_1
Description: NF17330
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF17330_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 921; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 921; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1062
Target Start/End: Complemental strand, 4010096 - 4009025
Alignment:
| Q |
1 |
ttgttgttttttggaaaaggtaagcgagcaattaggaagacatggaataacatttttgaaagaaaaacttttttctacactattagcagaagatgtgaaa |
100 |
Q |
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| T |
4010096 |
ttgttgttttttggaaaaggtaagcgagcaattaggaagacatggaagaacatttttgaaagaaaaacttttttctacactattagcagaagatgtgaaa |
4009997 |
T |
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| Q |
101 |
atccgttcgccaaatgggttgtctaattatactgtgagaaggattggtcgtatgaaggttcttattgttcttgatgatgttaaggaagaaagtcagctag |
200 |
Q |
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| T |
4009996 |
atccgttcgccaaatgggttgtctaattatactgtgagaaggattggtcgtatgaaggttcttattgttcttgatgatgttaaggaagaaggtcagctag |
4009897 |
T |
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| Q |
201 |
agatgttatttggaactcttgattggtttcgatctgatagtagaataattttaacaactagagataagcaagtacttattgctaatgaagttgaagatga |
300 |
Q |
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| T |
4009896 |
agatgttatttagaactcttgattggtttcgatccgatagtagaataattttaacaactagagataagcaagtacttattgctaatgaagttgaagatga |
4009797 |
T |
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| Q |
301 |
tgatctatatcaggttggggtattggactctagtgaagcacttgagcttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtcatcttgaaatggagtactatgat |
400 |
Q |
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| T |
4009796 |
tgatctatatcaggttggggtattggattctagtgaagcacttgagcttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtcatcttgaaatggagtactatgat |
4009697 |
T |
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| Q |
401 |
ctatcaaagaaggtggtcgattatgccaaaggaattccattagttcttgaagttttggctcatctacttcgtggaaaagaca----------ggaaagtc |
490 |
Q |
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| T |
4009696 |
ctatcaaagaaagtggtcgattatgccaaaggaattccattagttcttgaagttttggctcatctacttcgtggaaaagacaaggaagaatgggaaagtc |
4009597 |
T |
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| Q |
491 |
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590 |
Q |
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| T |
4009596 |
agctggacaaacttaaaagactgccgaataaaaaaattcaagatgtaatgaggctcagttatgatgatcttgatcgtttagagcaaaagtattttttaga |
4009497 |
T |
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| Q |
591 |
tattgcatgtttcttcaaagggttgaggttgaaagtggattacatgaaacttttactgaaagattttgaaagtgataatgcagtggctattgggttagaa |
690 |
Q |
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| T |
4009496 |
tattgcatgtttcttcaacgggttgaggttgaaagtggattgcatgaaacttttattgaaagattttgaaagtgataatgcagtggctattgggttagaa |
4009397 |
T |
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| Q |
691 |
aggttaaaagataaatctcttataactatttctgaagataatgttatatctatgcatgacattctacaagaaatgggtcgggaggttgttcgtcaagaat |
790 |
Q |
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| T |
4009396 |
aggttaaaagataaagctcttataacaatttctgaagataatgtaatatctatgcatgacattctacaagaaatgggtcgggaggttgttcgttaagaat |
4009297 |
T |
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| Q |
791 |
ctagtgaagaccctagaaaatgcagtcgattatgggatcctgatattatctatgatgtattgaaaaacgacaaggtataatatatttggcgattttagat |
890 |
Q |
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| T |
4009296 |
ctagtgaagatcctataaaatgcagtcaactatgggatcctgatattatctatgatgtattgaaaaacgacaaggtaaaatatatttggcaattttagat |
4009197 |
T |
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| Q |
891 |
aacatttgtaattttggtaaaaaatattttgattttcttttacatcaatggcagggcactgatgctattagaagcatacgtgtagacttgtcagcaatca |
990 |
Q |
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| T |
4009196 |
aacatttgtcattttggtaaaaagtattttgattttcttttacattaatggcagggcactgatgttattagaagcatacgtgtagacttgtcagcgatca |
4009097 |
T |
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| Q |
991 |
ggaagctgaagttaagccctcatgtatttgctaagatgaccaacctgcaatttttggattttcatgatggaa |
1062 |
Q |
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| T |
4009096 |
ggaagctgaagttaagccctcatgtatttgctaagatgaccaacctgctatttttggattttcatggtggaa |
4009025 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 614; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 176 - 1053
Target Start/End: Original strand, 3955693 - 3956574
Alignment:
| Q |
176 |
gatgttaaggaagaaagtcagctagagatgttatttggaactcttgattggtttcgatctgatagtagaataattttaacaactagagataagcaagtac |
275 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||| |
|
|
| T |
3955693 |
gatgttaaggaagaaaatcaactagagattttatttggaactcttgattggtttcgatctgatagtagaataattgtaacaattagagacaagcaagtac |
3955792 |
T |
|
| Q |
276 |
ttattgctaatgaagttgaagatgatgatctatatcaggttggggtattggactctagtgaagcacttgagcttttcaatttgaatgcctttaaacaaag |
375 |
Q |
| |
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||||| ||||||||||||| |||| ||||| | ||||||||| || | | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
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|
| T |
3955793 |
ttattactaatgaagttga------tgatatatatgaagttggggtactgaattatagcgaagcacttgagcttttcaatttgaatgcctttaatcaaag |
3955886 |
T |
|
| Q |
376 |
tcatcttgaaatggagtactatgatctatcaaagaaggtggtcgattatgccaaaggaattccattagttcttgaagttttggctcatctacttcgtgga |
475 |
Q |
| |
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| T |
3955887 |
tcatcttgaaatggagtactatgagctttcaaagaaggtgatcgattatgccaaaggaattccattagttcttaaagttttggctcatctgcttcgtgga |
3955986 |
T |
|
| Q |
476 |
aaagaca----------ggaaagtcagctggacaaacttgaaagactgccaaataaaaaatttcaagatgtaatgaggctcagttatgatgatcttgatc |
565 |
Q |
| |
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| T |
3955987 |
aaagacaaggaagaatgggaaagtcagctggacaaacttaaaagactgccaaataaaaaatttcaagatgtaatgaggctcagttatgatgatcttgatc |
3956086 |
T |
|
| Q |
566 |
gtttagagcaaaagtattttttagatattgcatgtttcttcaaagggttgaggttgaaagtggattacatgaaacttttactgaaagattttgaaagtga |
665 |
Q |
| |
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|
|
| T |
3956087 |
gtttagagcaaaagtattttttagatattgcatgtttcttcaacgggttgaggttgaaagtggattacatgaaacttttattgaaagattttgaaagtga |
3956186 |
T |
|
| Q |
666 |
taatgcagtggctattgggttagaaaggttaaaagataaatctcttataactatttctgaagataatgttatatctatgcatgacattctacaagaaatg |
765 |
Q |
| |
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| T |
3956187 |
taatgcagtggctgttggtttagaaaggttgaaagataaatctcttataacaatttctgaagataatgttatatccatgcatgacattctacaagaaatg |
3956286 |
T |
|
| Q |
766 |
ggtcgggaggttgttcgtcaagaatctagtgaagaccctagaaaatgcagtcgattatgggatcctgatattatctatgatgtattgaaaaacgacaagg |
865 |
Q |
| |
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| T |
3956287 |
ggtcgggaggttgttcgccaagaatccagtgaagaccctagaaaatgcagtcgattatccaatcctgatattatctatgatgtattgaaaaatgacaagg |
3956386 |
T |
|
| Q |
866 |
tataatatatttggcgattttagataacatttgtaattttggtaaaaaatattttgattttcttttacatcaatggcagggcactgatgctattagaagc |
965 |
Q |
| |
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|| || ||||||||| |||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||| |
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|
| T |
3956387 |
taaaaaatatttggcaattttagataacatttgtctttctggtgaaaaatattttgattttcttttacattaatgacagggtactgatgctattagaagc |
3956486 |
T |
|
| Q |
966 |
atacgtgtagacttgtcagcaatcaggaagctgaagttaagccctcatgtatttgctaagatgaccaacctgcaatttttggattttc |
1053 |
Q |
| |
|
||| || ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
3956487 |
ataagtctagacttgtcagcaagtaggaaactgaagttaagccccaatgtatttgataagatgaccaacctgcagtttttggattttc |
3956574 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 589; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 1056
Target Start/End: Complemental strand, 3801657 - 3800609
Alignment:
| Q |
30 |
aattaggaagacatggaataacatttttgaaagaaaaacttttttctacactattagcagaagatgtgaaaatccgttcgccaaatgggttgtctaatta |
129 |
Q |
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|
|
| T |
3801657 |
aattaggaaggcgtggaataacaatttaaaaagaaaagcttttttctaacctattaaatgaagatgtgaaaatcgattcaccaaatgggttgtctaataa |
3801558 |
T |
|
| Q |
130 |
tactgtgagaaggattggtcgtatgaaggttcttattgttcttgatgatgttaaggaagaaagtcagctagagatgttatttggaactcttgattggttt |
229 |
Q |
| |
|
|| | ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
3801557 |
tattcatagaaggattggccgtatgaaggttcttattgatcttgatgatattaaggaagaaggtctgctagagatgttatttggaactcttgattggttt |
3801458 |
T |
|
| Q |
230 |
cgatctgatagtagaataattttaacaactagagataagcaagtacttattgctaatgaagttgaagatgatgatctatatcaggttggggtattggact |
329 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| | || |||||||||||| |||||||||||||||| | |
|
|
| T |
3801457 |
caatctgatagtagaataattgtaacaagtagagataagcaagtacttattcctaatgaagtgtatgacgatgatctatatgaggttggggtattggatt |
3801358 |
T |
|
| Q |
330 |
ctagtgaagcacttgagcttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtcatcttgaaatggagtactatgatctatcaaagaaggtggtcgattatgccaa |
429 |
Q |
| |
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|
|
| T |
3801357 |
ctagtgaagcacttgagcttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtcatcctgaaatggagtactatgagctatcaaagagggtgatcgaatatgccaa |
3801258 |
T |
|
| Q |
430 |
aggaattccattagttcttgaagttttggctcatctacttcgtggaaaagaca----------ggaaagtcagctggacaaacttgaaagactgccaaat |
519 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||| | |||||||| ||| ||||||||| |||||||||||| | |
|
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| T |
3801257 |
aggagttccattagttcttaaagttttggctcatatgcttcgtggaaaatgtaaagaagtatgggaaagtctgctagacaaacttaaaagactgccaatt |
3801158 |
T |
|
| Q |
520 |
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619 |
Q |
| |
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|
|
| T |
3801157 |
caagaagttcatgatgtaatgagactcagttatgatgatcttgatcatttagagaaaaagtattttttagatattgcatgtttcttcaatgggttgaatt |
3801058 |
T |
|
| Q |
620 |
tgaaagtggattacatgaaacttttactgaaagattttgaaagtgataatgcagtggctattgggttagaaaggttaaaagataaatctcttataactat |
719 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
3801057 |
tgaaagtggattacatgaaaattttactgaaagattgtgaaagtgataattcagtggctgttgggttagaaaggttaaaagataaagctcttataactat |
3800958 |
T |
|
| Q |
720 |
ttctgaagataatgttatatctatgcatgacattctacaagaaatgggtcgggaggttgttcgtcaagaatctagtgaagaccctagaaaatgcagtcga |
819 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3800957 |
ttct--cgataatgttatatctatgcatgacattctatgagaaatgggtcgggaggttgttcgccaagaatatagtgaagaccctagaaaatgcagtcat |
3800860 |
T |
|
| Q |
820 |
ttatgggatcctgatattatctatgatgtattgaaaaacgacaaggtataatatatttggcgattttagataacatttgtaattttggtaaaaaatat-- |
917 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||| |||| ||||||||| ||| |||||||| |||||||| |
|
|
| T |
3800859 |
ttatgggatcctgatattatctatgatgtattgaaaaatgacaaggtaaaaaatatttggctatttcagataacatatgttattttggttaaaaatatgg |
3800760 |
T |
|
| Q |
918 |
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1005 |
Q |
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|
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| T |
3800759 |
ctttcaatgattgaaatttttcttttacgttaatggtagggtactgatgctattagaagcatacgtgtagacttgtcatcatttaggaagctgaagttaa |
3800660 |
T |
|
| Q |
1006 |
gccctcatgtatttgctaagatgaccaacctgcaatttttggattttcatg |
1056 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||| |
|
|
| T |
3800659 |
gccctcatgtatttgctaagatgaccaacttgcgatatttggattttcatg |
3800609 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 533; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1053
Target Start/End: Complemental strand, 4025326 - 4024257
Alignment:
| Q |
1 |
ttgttgttttttggaaaaggtaagcgagcaattaggaagacatggaataacatttttgaaagaaaaacttttttctacactattagcagaagatgtgaaa |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4025326 |
ttgttgttttttggcaaaggtaagtgaagaattaggaagacatggaataacatttttgaaagaaaaacttttttctagactattagcagaagatgtgaaa |
4025227 |
T |
|
| Q |
101 |
atccgttcgccaaatgggttgtctaattatactgtgagaaggattggtcgtatgaaggttcttattgttcttgatgatgttaaggaagaaagtcagctag |
200 |
Q |
| |
|
||| ||| |||||||||||||||| ||||| || |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||| |
|
|
| T |
4025226 |
atcgattcaccaaatgggttgtctagttatattgagagaaggattggccgtatgaaggtccttattgttcttgatgacgttaaggaagaaggtcagatag |
4025127 |
T |
|
| Q |
201 |
agatgttatttggaactcttgattggtttcgatctgatagtagaataattttaacaactagagataagcaagtacttattgctaatgaagttgaagatga |
300 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||| |||||| | ||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||| ||| |
|
|
| T |
4025126 |
agatgttatttggaacacttgattggcttctatctgatagtaggataattgtcacaactagagacatgcaagtacttatttgtaatgaagttgatcatg- |
4025028 |
T |
|
| Q |
301 |
tgatctatatcaggttggggtattggactctagtgaagcacttgagcttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtcatcttgaaatggagtactatgat |
400 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||| || ||||| ||| |
|
|
| T |
4025027 |
-----tatatgaggttggggtattggattctagtgaagcacttgagcttttcaacttgaatgcatttaaacaacgtcatcttgaaacggtgtactttgag |
4024933 |
T |
|
| Q |
401 |
ctatcaaagaaggtggtcgattatgccaaaggaattccattagttcttgaagttttggctcatctacttcgtggaaaagaca----------ggaaagtc |
490 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||| | | |||||||| |
|
|
| T |
4024932 |
ctatcaaagaaggtgatcgattatgccaaaggaattccattagttcttaaagttttggctcatatgcttcgtggaaaaaataaagaagtatgggaaagtc |
4024833 |
T |
|
| Q |
491 |
agctggacaaacttgaaagactgccaaataaaaaatttcaagatgtaatgaggctcagttatgatgatcttgatcgtttagagcaaaagtattttttaga |
590 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||| ||||||||||| | ||||| |||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
4024832 |
agctagacaaacttaaaagactgccagttcaaaaagttcatgatgtaatgagactaagttatgatgatcttgatcgtttagagaaaaagtattttttaga |
4024733 |
T |
|
| Q |
591 |
tattgcatgtttcttcaaagggttgaggttgaaagtggattacatgaaacttttactgaaagattttgaaagtgataatgcagtggctattgggttagaa |
690 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||| |||||||| |||| |||||| |
|
|
| T |
4024732 |
tattgcatgtttcttcaacgggttgaatttgaaagtggattacatgaaacttttattgaaagattgtgaaagcgataattcagtggctgttggtttagaa |
4024633 |
T |
|
| Q |
691 |
aggttaaaagataaatctcttataactatttctgaagataatgttatatctatgcatgacattctacaagaaatgggtcgggaggttgttcgtcaagaat |
790 |
Q |
| |
|
||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
4024632 |
aggttgagagataaagctcttataactatttctgaagataatattatatctatgcatgacattctacaagaaatgggtcgggaggttgttcgccaagaat |
4024533 |
T |
|
| Q |
791 |
ctagtgaagaccctagaaaatgcagtcgattatgggatcctgatattatctatgatgtattgaaaaacgacaaggtataatatatttggcgattttagat |
890 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| || | |||||||||| |||| ||||||||| || ||| | | ||||||| |
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| T |
4024532 |
ctagtgcagaccctagaaaacgcagtcgattatgggatcatgatgacatttgtgatgtattggaaaatgacaaggta-aacataatacgtatttttagac |
4024434 |
T |
|
| Q |
891 |
aacatttgtaattttggtaaaaaat-------------attttga--ttttcttttacatcaatggcagggcactgatgctattagaagcatacgtgtag |
975 |
Q |
| |
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| T |
4024433 |
gacgtttgtcattttggctaaaaatacggctttaactaattttaaatttttctcttacattcatg-cagggtactgatgttattagaagcataagtgtag |
4024335 |
T |
|
| Q |
976 |
acttgtcagcaatcaggaagctgaagttaagccctcatgtatttgctaagatgaccaacctgcaatttttggattttc |
1053 |
Q |
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acttgtcaggaagaagaaagctgatgttaagctctcatgcatttgctaagatgaccaacctgcaatttttggattttc |
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T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
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Target Start/End: Original strand, 3919919 - 3920833
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350 |
Q |
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Q |
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3920118 |
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640 |
Q |
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3920318 |
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T |
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Q |
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T |
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Q |
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T |
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Q |
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| T |
3920618 |
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Q |
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T |
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gcaatttttggatttt |
1052 |
Q |
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ccaatttttggatttt |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #6
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Query Start/End: Original strand, 4 - 1051
Target Start/End: Complemental strand, 4002396 - 4001320
Alignment:
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T |
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T |
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gtgaagaccctagaaaatgcagtcgattatgggatcctgatattatctatgatgtattgaaaaacgacaaggtataatatat-ttggcgattttaga--- |
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Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 447; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 40 - 1052
Target Start/End: Complemental strand, 3987056 - 3986022
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|
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T |
|
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Q |
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acttgcacttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtcatcttgaaactgagtttgatgaaatatcaaagagggtggtcaattatgccaaaggaaatcca |
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T |
|
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ttagttcttgaagttttggctcatctacttcgtggaaaagaca----------ggaaagtcagctggacaaacttgaaagactgccaaataaaaaatttc |
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Q |
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T |
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T |
|
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aatgttatatctatgcatgacattctacaagaaatgggtcgggaggttgttcgtcaagaatctagtgaagaccctagaaaatgcagtcgattatgggatc |
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Q |
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T |
|
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ctgatattatctatgatgtattgaaaaacgacaaggtataatatatttggcgattttagataacatttgtaattttggtaaaaaat-------------a |
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Q |
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T |
|
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ttttg-attttcttttacatcaatggcagggcactgatgctattagaagcatacgtgtagacttgtcagcaatcaggaagctgaagttaagccctcatgt |
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Q |
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T |
|
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atttgctaagatgaccaacctgcaatttttggatttt |
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Target: chr4; HSP #8
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Target Start/End: Original strand, 3933143 - 3934054
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| |
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caatttgaatgcctttaaacaaagtcatcttgaaatggagtactatgatctatcaaagaaggtggtcgattatgccaaaggaattccattagttcttgaa |
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caatttgaatgcctttaaacaaagtcatcttgaaatggagtactatgagctatcagagagggtgatcgaatatgccaaaggagttccattagttcttaaa |
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452 |
gttttggctcatctacttcgtggaaaagaca----------ggaaagtcagctggacaaacttgaaagactgccaaataaaaaatttcaagatgtaatga |
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ggctcagttatgatgatcttgatcgtttagagcaaaagtattttttagatattgcatgtttcttcaaagggttgaggttgaaagtggattacatgaaact |
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Q |
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tttactgaaagattttgaaagtgataatgcagtggctattgggttagaaaggttaaaagataaatctcttataactatttctgaagataatgttatatct |
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Q |
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tttattgaaagattgtgatagtgataattacgtggctggtgggttagaaacgttgaaagataaagctcttataactatttctgaagataatgttatatct |
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atgcatgacattctacaagaaatgggtcgggaggttgttcgtcaagaatctagtgaagaccctagaaaatgcagtcgattatgggatcctgatattatct |
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atggcagggcactgatgctattagaagcatacgtgtagacttgtcagcaatcaggaagctgaagttaagccctcatgtatttgctaagatgaccaacctg |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #9
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Target Start/End: Complemental strand, 3817545 - 3816823
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Q |
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atgaaggttcttatcgttcttgatgatgtcaagga-gacagatcagctcgagatgttatttggaactcttgattggtttcaatctgatagtagaataatt |
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T |
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ttaacaactagagataagcaagtacttattgctaatgaagttgaagatgatgatctatatcaggttggggtattggactctagtgaagcacttgagcttt |
350 |
Q |
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| T |
3817446 |
ctaacatccagagataagcaagtactaaggaataatgaagttgaagatgatgatatatatgaggttggggtattggattctagtgaagcacttgtgcttt |
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T |
|
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351 |
tcaatttgaatgcctttaaacaaagtcatcttgaaatggagtactatgatctatcaaagaaggtggtcgattatgccaaaggaattccattagttcttga |
450 |
Q |
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| T |
3817346 |
tcaattcgaatgcctttaaacaaagtcatcttgaaatggagtactatgagctatcaaagagtgtggtcaattatgccaaagggattccgttagttcttaa |
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T |
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451 |
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540 |
Q |
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T |
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541 |
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640 |
Q |
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| T |
3817146 |
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T |
|
| Q |
641 |
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740 |
Q |
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atttattgaaagattgtgatagtgataattacgtggctggtgggttagaaacgttgaaagataaagctcttataactatttctgaagataatgttatatc |
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T |
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741 |
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840 |
Q |
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T |
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Q |
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T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 867
Target Start/End: Complemental strand, 3810116 - 3809237
Alignment:
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T |
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101 |
atccgttcgccaaatgggttgtctaattatactgtgagaaggattggtcgtatgaaggttcttattgttcttgatgatgttaaggaagaaagtcagctag |
200 |
Q |
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| T |
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T |
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201 |
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300 |
Q |
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| T |
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T |
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397 |
Q |
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T |
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gatctatcaaagaaggtggtcgattatgccaaaggaattccattagttcttgaagttttggctcatctacttcgtggaaaagaca----------ggaaa |
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Q |
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T |
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Q |
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T |
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Q |
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| T |
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gaaaggttaaaagataaatctcttataactatttctgaagataatgttatatctatgcatgacattctacaagaaatgggtcgggaggttgttcgtcaag |
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Target: chr4; HSP #11
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Query Start/End: Original strand, 43 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 4218701 - 4218266
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Q |
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T |
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gaataattttaacaactagagataagcaagtacttattgctaatgaagttgaagatgatgatctatatcaggttggggtattggactctagtgaagcact |
342 |
Q |
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|
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Q |
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gttcttgaagttttggctcatctacttcgtggaaaa |
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| |
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|
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Target: chr4; HSP #12
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Target Start/End: Complemental strand, 4218196 - 4217897
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #13
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Query Start/End: Original strand, 339 - 828
Target Start/End: Complemental strand, 4018479 - 4017980
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Q |
| |
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T |
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Q |
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T |
|
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Q |
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T |
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taatgttatatctatgcatgacattctacaagaaatgggtcgggaggttgttcgtcaagaatctagtgaagaccctagaaaatgcagtcgattatgggat |
828 |
Q |
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| T |
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Back To:
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Target: chr4; HSP #14
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Target Start/End: Original strand, 3963629 - 3964164
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caagatgtaatgaggctcagttatgatgatcttgatcgtttagagcaaaagtattttttagatattgcatgtttcttcaaagggttgaggttgaaagtgg |
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attacatgaaacttttactgaaagattttgaaagtgataatgcagtggctattgggttagaaaggttaaaagataaatctcttataactatttctgaaga |
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Q |
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actacctaaaactattgtggaaagattctgaaagtgataattcagtagccagtgggttagaaaggttgaaagataaagatcttgtttctgtttctaaaca |
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|
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taatgttatatctatgcatgacattctacaagaaatgggtcgggaggttgttcgtcaagaatctagtgaagaccctagaaaatgcagtcgattatgggat |
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Q |
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taatgttatatctatgcatggaattatacaagacatgggtagggagattgttcgccaagaatcaagtggagaccctggaagccgtagtcgattatgggat |
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T |
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829 |
cctgatattatctatgatgtattgaaaaacgacaaggta |
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Q |
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Target: chr4; HSP #15
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Query Start/End: Original strand, 923 - 1052
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Target Start/End: Original strand, 3954498 - 3954611
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caatgaggaagctcgagttaagccctcgtgtatttgataagatgaccaaacttcgatttttgtatttt |
3809046 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 985 - 1038
Target Start/End: Complemental strand, 3816694 - 3816640
Alignment:
| Q |
985 |
caatcaggaagctgaagttaagccctcatgta-tttgctaagatgaccaacctgc |
1038 |
Q |
| |
|
|||| ||| ||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3816694 |
caatgagggagctgaagttaagccgtcatgtattttgataagatgaccaacctgc |
3816640 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 649; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 649; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 1058
Target Start/End: Complemental strand, 13398049 - 13396981
Alignment:
| Q |
2 |
tgttgttttttggaaaaggtaagcgagcaattaggaagacatggaataacatttttgaaagaaaaacttttttctacactattagcagaagatgtgaaaa |
101 |
Q |
| |
|
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|
| T |
13398049 |
tgttgttttttggcaaaggtgagtgaagaattaggaaggcatggaatagcgtttttaaaagaaaagcttgtttctacactattagcagaagatgtaaaaa |
13397950 |
T |
|
| Q |
102 |
tccgttcgccaaatgggttgtctaattatactgtgagaaggattggtcgtatgaaggttcttattgttcttgatgatgttaaggaagaaagtcagctaga |
201 |
Q |
| |
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|| ||| ||||||||||| ||| ||||| | |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| || |
|
|
| T |
13397949 |
tcgattcatcaaatgggttgcctagttatattcagagaaggattggccatatgaaggttcttattgttcttgatgatgttacggaagaaggtcagctgga |
13397850 |
T |
|
| Q |
202 |
gatgttatttggaactcttgattggtttcgatctgatagtagaataattttaacaactagagataagcaagtacttattgctaatgaagttgaagatgat |
301 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
13397849 |
gatgttatttggaactcttgattggtttcgatctgatagtagaataattataacaaccagggataagcaagtacttattgctaatgaagttgttgatgat |
13397750 |
T |
|
| Q |
302 |
gatc---tatatcaggttggggtattggactctagtgaagcacttgagcttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtcatcttgaaatggagtactatg |
398 |
Q |
| |
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||| ||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |
|
|
| T |
13397749 |
gatgctttatatgaggttagggtattggattctagtgaagcacttgcgcttttcaatttgaatgcctttaaacaaagtcatcttgaaaacgagttttatg |
13397650 |
T |
|
| Q |
399 |
atctatcaaagaaggtggtcgattatgccaaaggaattccattagttcttgaagttttggctcatctacttcgtggaaaagaca----------ggaaag |
488 |
Q |
| |
|
|| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||| | | |||||| |
|
|
| T |
13397649 |
atgtatcaaagagggtggtcgattatgccaaaggaatcccattagttcttaaagttttggctcatatgcttcgtggaaagaataaagaactatgggaaag |
13397550 |
T |
|
| Q |
489 |
tcagctggacaaacttgaaagactgccaaataaaaaatttcaagatgtaatgaggctcagttatgatgatcttgatcgtttagagcaaaagtatttttta |
588 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||| |||||||||||| | ||||| |||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
13397549 |
tcagctagacaaacttaaaagactgccaattcaaaaagttcatgatgtaatgagactcagttttgatgatcttgatcgtttagagcagaagtatttttta |
13397450 |
T |
|
| Q |
589 |
gatattgcatgtttcttcaaagggttgaggttgaaagtggattacatgaaacttttactgaaagattttgaaagtgataatgcagtggctattgggttag |
688 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| | || ||||||||||||| |
|
|
| T |
13397449 |
gatattgcatgtttcttcaacgggatgagtttgaaagtggagtacatgaaacttttattgaaagattatgaaagtgataattctgtagctattgggttag |
13397350 |
T |
|
| Q |
689 |
aaaggttaaaagataaatctcttataactatttctgaagataatgttatatctatgcatgacattctacaagaaatgggtcgggaggttgttcgtcaaga |
788 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
13397349 |
aaaggttgaaagataaagctcttataactatttctaaagataatgttatatctatgcatgacattctacaggaaatgggtcgcgaggttgttcgccaaga |
13397250 |
T |
|
| Q |
789 |
atctagtgaagaccctagaaaatgcagtcgattatgggatcctgatattatctatgatgtattgaaaaacgacaaggtataatatatttggcgattttag |
888 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| || | ||||||| ||||||| |
|
|
| T |
13397249 |
atctagtgaagaccctagaaaatgcagtcgattatgggatcctgatattatctacgatgtattgaaaaatgacaaggta-aaaaaatttggcaattttag |
13397151 |
T |
|
| Q |
889 |
ataacatttgtaattttggtaaaaaatattttgattttcttttacatcaatggcagggcactgatgctattagaagcatacgtgtagacttgtcagcaat |
988 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
13397150 |
ataacatttgtcattttggtaaaaaatattttgattttcttttataataatgacagggtactgatgctattagaagcataagtgtagacttgtcagcaat |
13397051 |
T |
|
| Q |
989 |
caggaagctgaagttaagccctcatgtatttgctaagatgaccaacctgcaatttttggattttcatgat |
1058 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
13397050 |
taggaagctgaagttaagcccgcctgtatttgataagatgaccaacctgaaatttttgtattttcatgat |
13396981 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000004; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 688 - 867
Target Start/End: Complemental strand, 7074914 - 7074735
Alignment:
| Q |
688 |
gaaaggttaaaagataaatctcttataactatttctgaagataatgttatatctatgcatgacattctacaagaaatgggtcgggaggttgttcgtcaag |
787 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| || | | || |||| |||||||||||| ||||||||| | | ||||| ||||||| |||| |
|
|
| T |
7074914 |
gaaaggctaaaagataaagctcttgtaactatttctcaacaaagcattgtatcaatgcatgacattatacaagaaacagctagggagattgttcgccaag |
7074815 |
T |
|
| Q |
788 |
aatctagtgaagaccctagaaaatgcagtcgattatgggatcctgatattatctatgatgtattgaaaaacgacaaggta |
867 |
Q |
| |
|
||||| |||||| ||| |||| | || ||| ||| |||||||||| || ||| ||||||||||| | ||||||||| |
|
|
| T |
7074814 |
aatctgttgaagaacctggaaaccgaagccgactattggatcctgatgacatttatcatgtattgaaagatgacaaggta |
7074735 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 147 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 7081508 - 7081381
Alignment:
| Q |
147 |
gtcgtatgaaggttcttattgttcttgatgatgttaaggaagaaagtcagctagagatgttatttggaactcttgattggtttcgatctgatagtagaat |
246 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||| | || |||| || ||| ||||||| |||||||||||| || | | ||||||||| |
|
|
| T |
7081508 |
gtcgtatgaaggttcttgttgttcttgacgatgtcaaggatccacaacaattagaaattttaattggaacacttgattggtttggaacaggtagtagaat |
7081409 |
T |
|
| Q |
247 |
aattttaacaactagagataagcaagta |
274 |
Q |
| |
|
||| ||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
7081408 |
cattgtaacaactaaagataagcaagta |
7081381 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 140 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 7092901 - 7092768
Alignment:
| Q |
140 |
aggattggtcgtatgaaggttcttattgttcttgatgatgttaaggaagaaagtcagctagagatgttatttggaactcttgattggtttcgatctgata |
239 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || | | || |||| | ||| ||||||| ||||||||||| || | |||| |
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|
| T |
7092901 |
aggattcgtcgtatgaaggttcttattgttcttgacgatgtcaatgattcacgacaagtagaaactttaattggaacacttgattggttaggaacagata |
7092802 |
T |
|
| Q |
240 |
gtagaataattttaacaactagagataagcaagt |
273 |
Q |
| |
|
||||||| ||| ||||||||| |||||| ||||| |
|
|
| T |
7092801 |
gtagaatcattataacaactaaagataaacaagt |
7092768 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 377 - 424
Target Start/End: Original strand, 7031024 - 7031071
Alignment:
| Q |
377 |
catcttgaaatggagtactatgatctatcaaagaaggtggtcgattat |
424 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
7031024 |
catctcgaaatggagtactatgagctatcaaagaagatggtcgattat |
7031071 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 345 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 7075264 - 7075182
Alignment:
| Q |
345 |
agcttttcaatttgaatgcctttaa---acaaagtcatcttgaaatggagtactatgatctatcaaagaaggtggtcgattat |
424 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||| |||||| |
|
|
| T |
7075264 |
agcttttcaacttgcatgcctttaataaacaaaagcatcttgaaatggagtactataagctatcaaagaaaatggtggattat |
7075182 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 152 - 183
Target Start/End: Original strand, 7036514 - 7036545
Alignment:
| Q |
152 |
atgaaggttcttattgttcttgatgatgttaa |
183 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7036514 |
atgaaggttcttattgttcttgatgatgttaa |
7036545 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 685 - 763
Target Start/End: Original strand, 7037045 - 7037123
Alignment:
| Q |
685 |
ttagaaaggttaaaagataaatctcttataactatttctgaagataatgttatatctatgcatgacattctacaagaaa |
763 |
Q |
| |
|
||||| ||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| || | | | || |||| |||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
7037045 |
ttagacaggctaaaagataaagctcttgtaactatttctcaataaattattgtatcaatgcatgacattatacaagaaa |
7037123 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000003; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 218 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 42858726 - 42858671
Alignment:
| Q |
218 |
cttgattggtttcgatctgatagtagaataattttaacaactagagataagcaagt |
273 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||| ||||||||| || ||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
42858726 |
cttgattggtttggatctggtagtagaatcatcgtaacaaccagagataagcaagt |
42858671 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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