View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17331_low_1 (Length: 1002)

Name: NF17331_low_1
Description: NF17331
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17331_low_1
NF17331_low_1
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (109-990)||(42899010-42899912)
chr2 (3-117)||(42900836-42900950)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (688-737)||(5787617-5787666)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (688-751)||(36990837-36990900)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 785; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 785; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 109 - 990
Target Start/End: Complemental strand, 42899912 - 42899010
Alignment:
Q  109 atataagaaatgaaaagaaaaatatttgattccgaatggtcccttccctttgggaagaatagtgacagtatttcacatacaaaaaggataaaataaagtt 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  42899912 atataagaaatgaaaagaaaaatatttgattccgaatggtcccttccctttgggaagaatagtgacagtatttcacgtacaaaaaggataaaataaattt 42899813  T
Q  209 taaattatgaagacnnnnnnn------------gaaagatatatacaccaaactaattaccttcccatggtttttgggaatggttttcttgatgattgga 296  Q
    ||||||||||||||                   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42899812 taaattatgaagacaaaaaaaagggcaaaaaaagaaagatatatacaccaaactaattaccttcccatggtttttgggaatggttttcttgatgattgga 42899713  T
Q  297 gttggaagagttcatgcaacttcccataccagcaatggtgaggatatcactatcagagagtggtttaagacctaagaaatctcttgtaaatgcattgttt 396  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42899712 gttggaagggttcatgcaacttcccataccagcaatggtgaggatatcactatcagagagtggtttaagacctaagaaatctcttgtaaatgcattgttt 42899613  T
Q  397 cctcca---------tcgtcatcattggtggttgtttttgtaatatcattatcaccatcatgattgatattatgatcttgatttgaatgaagaatatttc 487  Q
    ||||||         ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42899612 cctccagcggcaacatcgtcatcattggtggttgtttttggaatatcattatcaccatcatgattgatattatgatcttgatttgaatgaagaatatttc 42899513  T
Q  488 cagcaaaagtatcctcaaaagaagttccatgaaatccagaagaagagaaagagttgtttatcatttggtcttcacatgaggacaaattcaaactaaaatt 587  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42899512 cagcaaaagtatcctcaaaagaagttccatgaaatccagaagaagagaaagagttgtttatcatttggtcttcacatgaggacaaattcaaactaaaatt 42899413  T
Q  588 accatttgagtttatcatgttgttggtggcagagtcaacaatagacacgtgaccctgttggtgggtcccactcatcatggactgtgatgagcatgagctg 687  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42899412 accatttgagtttatcatgttgttggtggcagagtcaacaatagacacgtgaccctgttggtgggtcccactcatcatggactgtgatgagcatgagctg 42899313  T
Q  688 gttgcacccatctgagctgctttctgtaacaatgctgtagctgacatgtgaggtgaagctgcagatgatggttggtaggatggaagtgtaggagtaggac 787  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  42899312 gttgcacccatctgagctgctttctgtaacaatgctgtagctgacatgtgaggtgaagctgcagatgatggttggtaggatggaagtgtagaagtaggac 42899213  T
Q  788 catttctagggttagggttttcataaaggtgtagatcttgatccaaacttgaatagtttgaagagagatcaatggatgattgacaaagccaagagggtat 887  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42899212 catttctagggttagggttttcataaaggtgtagatcttgatccaaacttgaatagtttgaagagagatcaatggatgattgacaaagccaagagggtat 42899113  T
Q  888 ttgtacttcttgttctggccttaacatgttgaaactttgatgctctttcttcaatgtgaagccttggatatcttgtgtttggagattgttcatgttgtga 987  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  42899112 ttgtacttcttgttctggccttaacatgttgaaactttgatgctctttcttcaatgtgaagccttggatatcttgagtttggagattgttcatgttgtga 42899013  T
Q  988 tga 990  Q
    |||    
T  42899012 tga 42899010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 7e-58
Query Start/End: Original strand, 3 - 117
Target Start/End: Complemental strand, 42900950 - 42900836
Alignment:
Q  3 taggtttctatgtacacattaattactcttacttgcatatttgtattacatcacacacaccttagaaatattatggtcatgcatgttttgtaaaataaca 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42900950 taggtttctatgtacacattaattactcttacttgcatatttgtattacatcacacacaccttagaaatattatggtcatgcatgttttgtaaaataaca 42900851  T
Q  103 agatatatataagaa 117  Q
    |||||||||||||||    
T  42900850 agatatatataagaa 42900836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000006; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 688 - 737
Target Start/End: Original strand, 5787617 - 5787666
Alignment:
Q  688 gttgcacccatctgagctgctttctgtaacaatgctgtagctgacatgtg 737  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  5787617 gttgcacccatttgagctgctttctgcaacaatgcagtagctgacatgtg 5787666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000009; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 688 - 751
Target Start/End: Complemental strand, 36990900 - 36990837
Alignment:
Q  688 gttgcacccatctgagctgctttctgtaacaatgctgtagctgacatgtgaggtgaagctgcag 751  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||| |||||| || ||||||||||||||||||| |||||    
T  36990900 gttgcacccatttgagcagctttttgtagcaatgcagtggctgacatgtgaggtgaagttgcag 36990837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University