View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1734-Insertion-6 (Length: 852)

Name: NF1734-Insertion-6
Description: NF1734
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1734-Insertion-6
NF1734-Insertion-6
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (8-852)||(28519740-28520584)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 693; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 693; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 852
Target Start/End: Complemental strand, 28520584 - 28519740
Alignment:
Q  8 gagtcttctacttattcaagaggaaatgttcaggaaacaacgggcaaaaactttttgattgtgtgatgatgatataaattctaaatttttccatgcggct 107  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  28520584 gagtcttctacttattcaagagaaaacgttcaggaaacaacgggcaaaaactttttgattgtgtgatggtgatatgaattctaaatttttccatgcggct 28520485  T
Q  108 gccacctacagaaagcaacataataagatcaagaagttgataaatggtgaggatattgaattgacttgaaatgaagggttatgtgaactcgcctattttt 207  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  28520484 gccacctatagaaagcaacataataagatcaagaagttgataaatgatgaggatattgaagtgacttgaaatgaggggttatgtgaactcgcctattttt 28520385  T
Q  208 ccaatatttttgctgccataattgtgagcaagaaccggttttacaagatgtccaaacttttctgaacatggaggataaccaaatgcttatcgctcctttt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28520384 ccaatatttttgctgccataattgtgagcaagaaccgattttacaagatgtccaaacgtgtctgaacatggaggataaccaaatgcttatcgctcctttt 28520285  T
Q  308 aatgatgtcgagttttctgaagcaattaaacaaccaggctttgttgtaggaagatccattacagataatgtctttgtcgccttagaaatcatacattatt 407  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  28520284 aatgatgtcgagttttctgaagcggttaaaaaatcaggctttgttgcaggaagatccattacagaaaatgtgtttgtcgccttagaaatcatatattatt 28520185  T
Q  408 tgaagtgcaggactcgaggtaagaaaggggaagcaacattaaaaatagatattagcaaaccatatgatcgtgttgattggaattatttgtttagcatttt 507  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  28520184 tgaagtgcaagactcgaggtaagaaaggggaagcaacattaaaaatagatattagcaaatcatatgatcgtgttgaatggaattatttttttagaatttt 28520085  T
Q  508 ggacaggatgggtttcaactcagtgtggattacatgtgcgttactacaataacttaccatgttctgatcaatgataacaaagtaggtcctatacatccaa 607  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  28520084 ggaaaggatgggtttcaactcagtgtggattacatgtgtgttactacagtaagttaccatgttctgatcaatgataacaaagtaggtctaatacatccaa 28519985  T
Q  608 ggagaggtataagtcaaggtgacccttttcaccgtatgtgtttattatttgtgatgaaggtatgactgctctgatcaaacaagctgaacaaaatagaatt 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  28519984 ggagaggtataagtcaaggtgacccttttcaccatatgtgtttattatttgtgatgaaggtatgactgctctgatcaaacaagctgaacgaaatagaatt 28519885  T
Q  708 ctccatggagttcaggtttgccgaagagcgcccactattagtcatctcttatatgcaaatcatagctttcttttgtttagagcaaatgattctgaaacaa 807  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  28519884 ctccatggagttcaggtttgccgaagagcgcccactattagtcatctcttattttcaaatgatagctttcttttatttagagcaaatgagtctgaaacaa 28519785  T
Q  808 agatttgaaagatattctggatacttttgctaaagcctcatgtca 852  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28519784 agatttgaaaggtattctggatacttttgctaaagcctcatgtca 28519740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University