View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17340_low_1 (Length: 421)

Name: NF17340_low_1
Description: NF17340
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17340_low_1
NF17340_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (11-411)||(8424298-8424699)
[»] scaffold0141 (1 HSPs)
scaffold0141 (11-411)||(16950-17349)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (20-209)||(11888595-11888784)
chr5 (69-232)||(5180959-5181122)
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (11-321)||(43404635-43404945)
chr1 (36-273)||(41113624-41113861)
chr1 (85-257)||(34107198-34107370)
chr1 (67-288)||(52315192-52315412)
chr1 (36-148)||(43698630-43698742)
chr1 (69-273)||(48769006-48769210)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (67-288)||(41309029-41309250)
chr4 (85-286)||(34161749-34161950)
chr4 (199-273)||(39734970-39735044)
chr4 (131-273)||(39316861-39317003)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (69-255)||(28090812-28090998)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 342; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 8424699 - 8424298
Alignment:
Q  11 cataggaatcattttccacattgatagaaaccttagattgtgcaacttgttccaagctaactatctccttagacaccttatcaacaatttccgcactatc 110  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |     
T  8424699 cataggaatcattttccacattgacagaaaccttagattgtgcaacttgttccaaactaactatctccttagacaccctatcaacaatttccgtactcta 8424600  T
Q  111 caacaaagtaacattggaaatgtgattaggatccttgttatctaaccttacctcccctgaaggaagttcaccatcttcaagtagcaggtcaaaagagttg 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8424599 caacaaagtaacattggaaatgtgattaggatccttgttagctaaccttacctcccctgaaggaagttcaccatcttcaagtagcaggtcaaaagagttg 8424500  T
Q  211 tgaagaggtggtgttgaagagttaccactcttctgggttgctgcaatgtcagccacatccacaacacatccttccttagatggcccctcatgatcagagt 310  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8424499 tgaagaggctgtgttgaagagttaccactcttctgggttgctgcaatgtcagccacatccacaacacatccttccttagatggcccctcatgatcagagt 8424400  T
Q  311 tattcaaatcaacccattttgtgtttttaaccaaaacatcaacagggtcagtaacctgtgtgggagca-cagacatcgtgcttgtgactgttggattgaa 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8424399 tattcaaatcaacccattttgtgttttaaaccaaaacctcaacagggtcagtaacatgtgtgggagcaccagacatcgtgcttgtgaatgttggattgaa 8424300  T
Q  410 gg 411  Q
    ||    
T  8424299 gg 8424298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0141 (Bit Score: 311; Significance: 1e-175; HSPs: 1)
Name: scaffold0141
Description:

Target: scaffold0141; HSP #1
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 11 - 411
Target Start/End: Original strand, 16950 - 17349
Alignment:
Q  11 cataggaatcattttccacattgatagaaaccttagattgtgcaacttgttccaagctaactatctccttagacaccttatcaacaatttccgcactatc 110  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||    
T  16950 catatgaatcattttccacactgatagaagccttagattgtgcaacttgttccaaactaactatctccttagataccctatcaacaatttccgcactctc 17049  T
Q  111 caacaaagtaacattggaaatgtgattaggatccttgttatctaaccttacctcccctgaaggaagttcaccatcttcaagtagcaggtcaaaagagttg 210  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17050 caacaaagtaacattagaaatgtgattaggatccttgttagctgaccttacctcccctgaaggaagttcaccatcttcaagtagcaggtcaaaagagttg 17149  T
Q  211 tgaagaggtggtgttgaagagttaccactcttctgggttgctgcaatgtcagccacatccacaacacatccttccttagatggcccctcatgatcagagt 310  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  17150 tgaagaggcggtgttgaagagttaccactcttctaggttgctgcaatgtcagccacatccacaacacatccttccttagatggcccctcatggttagagt 17249  T
Q  311 tattcaaatcaacccattttgtgtttttaaccaaaacatcaacagggtcagtaacctgtgtgggagca-cagacatcgtgcttgtgactgttggattgaa 409  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  17250 aattcaaatcaacccattttgtgtttttaaccaaaacctcaacagggtcagtaac--gtgtgggagcaccagacatcgtacttgtgaatgttggattgaa 17347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 154; Significance: 1e-81; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 20 - 209
Target Start/End: Original strand, 11888595 - 11888784
Alignment:
Q  20 cattttccacattgatagaaaccttagattgtgcaacttgttccaagctaactatctccttagacaccttatcaacaatttccgcactatccaacaaagt 119  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  11888595 cattttccacattgacagaaaccttagattgtgcaacttgtttgaaactaactatctccttagacaccctatcaacaatttccgcactctccaactaagt 11888694  T
Q  120 aacattggaaatgtgattaggatccttgttatctaaccttacctcccctgaaggaagttcaccatcttcaagtagcaggtcaaaagagtt 209  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11888695 aacattggaaatgtgattagggtccttgttagctaaccttacctcccctgaaggaagttcaccatcttcaagtagcaggtcaaaagagtt 11888784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 69 - 232
Target Start/End: Original strand, 5180959 - 5181122
Alignment:
Q  69 aactatctccttagacaccttatcaacaatttccgcactatccaacaaagtaacattggaaatgtgattaggatccttgttatctaaccttacctcccct 168  Q
    |||||||||||| || |||| ||||||||| || | ||| || | ||||  |||| | ||| ||||||||| |||||||| | ||| | || ||||||||    
T  5180959 aactatctccttggatacctgatcaacaatatcagtactttcaaccaaatcaacagtagaattgtgattagtatccttgtcagctagcattgcctcccct 5181058  T
Q  169 gaaggaagttcaccatcttcaagtagcaggtcaaaagagttgtgaagaggtggtgttgaagagt 232  Q
     ||||| ||||||  ||||| ||||| |  |||||||| ||||||||||||  |||||||||||    
T  5181059 aaaggaggttcactttcttcgagtaggatatcaaaagaattgtgaagaggtaatgttgaagagt 5181122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 107; Significance: 2e-53; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 11 - 321
Target Start/End: Original strand, 43404635 - 43404945
Alignment:
Q  11 cataggaatcattttccacattgatagaaaccttagattgtgcaacttgttccaagctaactatctccttagacaccttatcaacaatttccgcactatc 110  Q
    |||||| ||||||||||||||| | |||||||||||| |||||| |||| ||||| | | ||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||    
T  43404635 cataggtatcattttccacattaacagaaaccttagagtgtgcatcttggtccaaacgatctatctctttagataccttttcaacaatttccgcactttc 43404734  T
Q  111 caacaaagtaacattggaaatgtgattaggatccttgttatctaaccttacctcccctgaaggaagttcaccatcttcaagtagcaggtcaaaagagttg 210  Q
     |||||||| |||  ||||  |||||||||||| |||| | ||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||| ||| || ||||||| | |||    
T  43404735 taacaaagtgacagaggaagcgtgattaggatctttgtcagctaacctcacctcccctaaaggaagttcacaatcttcatgtaacaagtcaaaaaatttg 43404834  T
Q  211 tgaagaggtggtgttgaagagttaccactcttctgggttgctgcaatgtcagccacatccacaacacatccttccttagatggcccctcatgatcagagt 310  Q
    || |||||| ||||||||| || |  || ||| ||| ||||| |||| |||||||||||||||  |   |||||||| ||||||||||| ||||||||      
T  43404835 tggagaggtagtgttgaagggtcaatacccttttggattgctacaatctcagccacatccacattatccccttccttggatggcccctcctgatcagaaa 43404934  T
Q  311 tattcaaatca 321  Q
     ||||||||||    
T  43404935 aattcaaatca 43404945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 36 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 41113861 - 41113624
Alignment:
Q  36 agaaaccttagattgtgcaacttgttccaagctaactatctccttagacaccttatcaacaatttccgcactatccaacaaagtaacattggaaatgtga 135  Q
    |||| ||||||| |||||||||||   ||| ||||| |||||||  || |||||||||||||||||  ||||||| | |||||| | ||| ||||| |||    
T  41113861 agaatccttagagtgtgcaacttgactcaaactaacaatctcctcggataccttatcaacaatttcaacactatcaaccaaagtgatattagaaatttga 41113762  T
Q  136 ttaggatccttgttatctaaccttacctcccctgaaggaagttcaccatcttcaagtagcaggtcaaaagagttgtgaagaggtggtgttgaagagttac 235  Q
    |||||||||||||   |||||    |||||||||||||||||||||  |||||   ||  | ||||||||| |||||||||| |  ||||| |||||||     
T  41113761 ttaggatccttgtctactaactcggcctcccctgaaggaagttcactttcttcgtataataagtcaaaagaattgtgaagagataatgttggagagttaa 41113662  T
Q  236 cactcttctgggttgctgcaatgtcagccacatccaca 273  Q
     |||||||||| ||| |||||| |||| ||||||||||    
T  41113661 gactcttctggattgttgcaatctcaggcacatccaca 41113624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 85 - 257
Target Start/End: Original strand, 34107198 - 34107370
Alignment:
Q  85 accttatcaacaatttccgcactatccaacaaagtaacattggaaatgtgattaggatccttgttatctaaccttacctcccctgaaggaagttcaccat 184  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| | |||||| || || ||||| ||||||||||||||||  |||||   | ||| |||||||||||||| ||  |    
T  34107198 accttatcaacaatttcagcactatcaatcaaagtgactttagaaatatgattaggatccttgtgttctaattgtgccttccctgaaggaagttaacttt 34107297  T
Q  185 cttcaagtagcaggtcaaaagagttgtgaagaggtggtgttgaagagttaccactcttctgggttgctgcaat 257  Q
    ||||| ||| ||  |||||||| || ||||||| |  ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  34107298 cttcacgtaacaaatcaaaagaattatgaagagataatgttgaagagttaccactcttcttgattgctgcaat 34107370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 67 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 52315412 - 52315192
Alignment:
Q  67 ctaactatctccttagacaccttatcaacaatttccgcactatccaacaaagtaacattggaaatgtgattaggatccttgttatctaaccttacctccc 166  Q
    |||||||||||||  || ||||||||||||||||| |||||||| | |||||  ||||| ||| | ||||| |||||||||| | |||||    ||||||    
T  52315412 ctaactatctcctcggataccttatcaacaatttcagcactatcaaccaaagcgacattagaagtttgattgggatccttgtcaactaactaagcctccc 52315313  T
Q  167 ctgaaggaagttcaccatcttcaagtagcaggtcaaaagagttgtgaagaggtggtgttgaagagttaccactcttctgggttgctgcaatgtcagccac 266  Q
    |||||||||||||||  ||||||  ||  | ||||||||| || |||| || |  ||||| || ||||  |||||  ||| |||||||||| |||| |||    
T  52315312 ctgaaggaagttcactttcttcatataataagtcaaaagaatt-tgaatagataatgttggagggttaagactctcttggattgctgcaatctcaggcac 52315214  T
Q  267 atccacaacacatccttcctta 288  Q
    |||||||  || ||||||||||    
T  52315213 atccacattacctccttcctta 52315192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 36 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 43698742 - 43698630
Alignment:
Q  36 agaaaccttagattgtgcaacttgttccaagctaactatctccttagacaccttatcaacaatttccgcactatccaacaaagtaacattggaaatgtga 135  Q
    |||| ||||||| |||||||||||   ||| ||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||  ||||||| | |||||| || || ||||| |||    
T  43698742 agaatccttagagtgtgcaacttgactcaaactaactatcgcctcagataccttatcaacaatttcaacactatcaaccaaagtgaccttagaaatttga 43698643  T
Q  136 ttaggatccttgt 148  Q
    |||||||||||||    
T  43698642 ttaggatccttgt 43698630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 69 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 48769210 - 48769006
Alignment:
Q  69 aactatctccttagacaccttatcaacaatttccgcactatccaacaaagtaacattggaaatgtgattaggatccttgttatctaaccttacctcccct 168  Q
    |||||||||||| || |||||||||| ||||   ||||| ||  |||||||  |||||||| |||||||||||||||| |   |||    |  |||||||    
T  48769210 aactatctccttggaaaccttatcaataattgttgcactttcagacaaagtgtcattggaattgtgattaggatccttatatgctagttgtgtctcccct 48769111  T
Q  169 gaaggaagttcaccatcttcaagtagcaggtcaaaagagttgtgaagaggtggtgttgaagagttaccactcttctgggttgctgcaatgtcagccacat 268  Q
    |||||||||||||  |||||| |||     ||||||||||||||||||| |  ||||||| ||||||||||||| ||| ||| |||| | |||| |||||    
T  48769110 gaaggaagttcacattcttcatgtaaagtatcaaaagagttgtgaagagatcatgttgaaaagttaccactcttttggattgttgcagtctcaggcacat 48769011  T
Q  269 ccaca 273  Q
    |||||    
T  48769010 ccaca 48769006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 70; Significance: 2e-31; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 67 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 41309250 - 41309029
Alignment:
Q  67 ctaactatctccttagacaccttatcaacaatttccgcactatccaacaaagtaacattggaaatgtgattaggatccttgttatctaaccttacctccc 166  Q
    |||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||| | ||| || || || |||||||||||| |||||||||    |||   | ||||||    
T  41309250 ctaactatttcctcagataccttatcaacaatttcagcactatcaatcaaggtgactttagaaatgtgattaagatccttgtctgataattgtgcctccc 41309151  T
Q  167 ctgaaggaagttcaccatcttcaagtagcaggtcaaaagagttgtgaagaggtggtgttgaagagttaccactcttctgggttgctgcaatgtcagccac 266  Q
    |||||||||||||||  |||||| ||| ||  |||||||| || ||||||| |  ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||| |||    
T  41309150 ctgaaggaagttcactttcttcatgtaacaaatcaaaagaattatgaagagataatgttgaagagttaccactcttctggattgttgcaatctcaggcac 41309051  T
Q  267 atccacaacacatccttcctta 288  Q
    ||||| |  || ||||||||||    
T  41309050 atccatattacctccttcctta 41309029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 85 - 286
Target Start/End: Original strand, 34161749 - 34161950
Alignment:
Q  85 accttatcaacaatttccgcactatccaacaaagtaacattggaaatgtgattaggatccttgttatctaaccttacctcccctgaaggaagttcaccat 184  Q
    ||||||| ||||||||| |||| ||| | |||||| ||||| ||||| |||||||||||||||| |  ||||    ||||||||||||||| |||||  |    
T  34161749 accttattaacaatttcagcaccatcaaccaaagtgacattagaaatttgattaggatccttgtcaagtaactgagcctcccctgaaggaatttcacttt 34161848  T
Q  185 cttcaagtagcaggtcaaaagagttgtgaagaggtggtgttgaagagttaccactcttctgggttgctgcaatgtcagccacatccacaacacatccttc 284  Q
    ||||   ||  | ||||||||| |||||||||| |  ||||| || ||||  ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||  || ||||||    
T  34161849 cttcgtataataagtcaaaagaattgtgaagagataatgttggagggttaagactctcctgggttgctgcaatctcaggcacatccacattacctccttc 34161948  T
Q  285 ct 286  Q
    ||    
T  34161949 ct 34161950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 199 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 39735044 - 39734970
Alignment:
Q  199 tcaaaagagttgtgaagaggtggtgttgaagagttaccactcttctgggttgctgcaatgtcagccacatccaca 273  Q
    ||||| || |||||||||| |  ||||||||  | |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  39735044 tcaaatgaattgtgaagagataatgttgaagtatcaccactcttctgggttgctgcaatctcagcctcatccaca 39734970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 131 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 39317003 - 39316861
Alignment:
Q  131 tgtgattaggatccttgttatctaaccttacctcccctgaaggaagttcaccatcttcaagtagcaggtcaaaagagttgtgaagaggtggtgttgaaga 230  Q
    ||||||||| |||||||| | ||| | || |||||||| ||||||||||||  |||||| |||| |  |||||||   ||||||||| |  |||||||||    
T  39317003 tgtgattagtatccttgtcaactagcattgcctcccctaaaggaagttcactttcttcatgtagaatatcaaaaggactgtgaagagataatgttgaaga 39316904  T
Q  231 gttaccactcttctgggttgctgcaatgtcagccacatccaca 273  Q
    ||  |  ||||||||| |||||||| | |||| ||| ||||||    
T  39316903 gtctcgcctcttctggattgctgcattctcaggcacttccaca 39316861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000003; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 69 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 28090998 - 28090812
Alignment:
Q  69 aactatctccttagacaccttatcaacaatttccgcactatccaacaaagtaacattggaaatgtgattaggatccttgttatctaaccttacctcccct 168  Q
    |||||||||||| || |||| ||||||||| || | ||| ||   ||||  |||| | ||| ||||||||| |||||||| | ||| | || | ||||||    
T  28090998 aactatctccttggatacctgatcaacaatatcagtactttcagccaaaacaacagtagaattgtgattagtatccttgtcagctagcattgcttcccct 28090899  T
Q  169 gaaggaagttcaccatcttcaagtagcaggtcaaaagagttgtgaagaggtggtgttgaagagttaccactcttctgggttgctgca 255  Q
     ||||||||||||  ||||| ||||| |  |||||||| ||||||||||||  |||||||||||  || ||||||||| ||||||||    
T  28090898 aaaggaagttcactttcttcgagtaggatatcaaaagaattgtgaagaggtaatgttgaagagtctcccctcttctggattgctgca 28090812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University