View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17342_high_1 (Length: 803)

Name: NF17342_high_1
Description: NF17342
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17342_high_1
NF17342_high_1
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (13-785)||(16236454-16237231)
chr2 (13-738)||(32714168-32714898)
chr2 (587-771)||(160868-161050)
chr2 (171-333)||(158887-159049)
chr2 (141-279)||(158745-158883)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (13-785)||(28575213-28575990)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (172-785)||(20633405-20634018)
chr3 (663-785)||(48823436-48823552)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (177-785)||(38835899-38836496)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (202-785)||(18568090-18568666)
chr6 (20-153)||(18567949-18568087)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (281-418)||(5698912-5699049)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 666; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 666; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 785
Target Start/End: Original strand, 16236454 - 16237231
Alignment:
Q  13 agagatgaaggttgtagatatggttgattttaatggtaattgaaattttgaaatgttgaatcaatggttgcgttatgatgt-----agaggatcatgacc 107  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||     ||||||||||||||    
T  16236454 agagatgaaggttgcagatctggttgattttaatggtaattggaattttgaattgttgaatcaatggttgccttatgatgttgttcagaggatcatgacc 16236553  T
Q  108 attgcggtgctggatgagaatgatggaaatgacaagcaaatgtggtcggtttcttctaatgggaaattcacaattgcatcagcttatcatatgctgtcaa 207  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16236554 attgcggtgccggatgagaatgatggaaatgacaagcaaatgtggtcgggttcttctaatggaaaattcacaattgcatcagcttatcatatgctgtcaa 16236653  T
Q  208 attttgacaatgctgcacaagatgagatttggttaaagttgtggaagattagagcacctaaatgtataaaacattttatgtggatgctctaccatgaaag 307  Q
    | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  16236654 aatttgacaatgatgcacaagatgagatttggttaaagttgtggaagattagagcacctgaacgtataaagcattttatgtggatgctctaccatggaag 16236753  T
Q  308 attgttaacaaatttgaggaagcataagatggggattggtaatcctatgtgtaggttctgtcatgatgagattgagtctgaaattcatgttttgagggac 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16236754 attgttaacaaatttgaggaagcataagatggggattggtaatcctatgtgtaggttctgtcatgatgagattgagtctgaaattcatgttttgagggac 16236853  T
Q  408 tctccaaaagccacggcactttggttgtgtgtagtggacaatgctacaagaacaagtttctttgaaggtgatttatctagttggattaaatttaatttgt 507  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  16236854 tgtccaaaagccacggcactttggttgtgtgtagtggacaatgctgcaagaacaagtttctttgaaggtgatttatctaattggattaattttaatttgt 16236953  T
Q  508 ttactaatgtctattggaatcataatgtggagtggagagacttttgggccactgcttgtcacgctatatggaattggagaaacaaggaaactcataatga 607  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16236954 ttactaatgtctattggaatcacaatgtggagtggagagacttttgggccactgcttgtcacgctatatggaattggagaaacaaggaaactcataatga 16237053  T
Q  608 taactaccaaagacctttacatgctaaaaatattattatgagttatgttaatgattatcacaatgcaatagcaaagtctgttattgtgacatctcagccg 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  16237054 taactaccaaagacctttacatgctaaaaatattattatgagttatgttaatgattatcataatgcaatagcaaagtctgttattgtgacatctcagctg 16237153  T
Q  708 agacatttggaggaagtgggatggaaggaaccatcgattgggtgggtcaagatcaatactgacggagcttgtaaggat 785  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  16237154 agacatttggaggaagtgggatggaaggaaccaccgattgggtgggtcaagatcaatactgacggagcgtgtaaggat 16237231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 623; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 738
Target Start/End: Complemental strand, 32714898 - 32714168
Alignment:
Q  13 agagatgaaggttgtagatatggttgattttaatggtaattgaaattttgaaatgttgaatcaatggttgcgttatgatgt-----agaggatcatgacc 107  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||     ||||||||||||||    
T  32714898 agagatgaaggttgcagatctggttgatttttatggtaattggaattttgaattgttgaatcaatggttgccttatgatgttgttcagaggatcatgacc 32714799  T
Q  108 attgcggtgctggatgagaatgatggaaatgacaagcaaatgtggtcggtttcttctaatgggaaattcacaattgcatcagcttatcatatgctgtcaa 207  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32714798 attgcggtgccggatgagaatgatggaaatgacaagcaaatgtggtcgggttcttctaatggaaaattcacaattgcatcagcttatcatatgctgtcaa 32714699  T
Q  208 attttgacaatgctgcacaagatgagatttggttaaagttgtggaagattagagcacctaaatgtataaaacattttatgtggatgctctaccatgaaag 307  Q
    | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  32714698 aatttgacaatgatgcacaagatgagatttggttaaagttgtggaagattagagcacctgaacgtataaagcattttatgtggatgctctaccatggaag 32714599  T
Q  308 attgttaacaaatttgaggaagcataagatggggattggtaatcctatgtgtaggttctgtcatgatgagattgagtctgaaattcatgttttgagggac 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32714598 attgttaacaaatttgaggaagcataagatggggattggtaatcctatgtgtaggttctgtcatgatgagattgagtctgaaattcatgttttgagggac 32714499  T
Q  408 tctccaaaagccacggcactttggttgtgtgtagtggacaatgctacaagaacaagtttctttgaaggtgatttatctagttggattaaatttaatttgt 507  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  32714498 tgtccaaaagccacggcactttggttgtgtgtagtggacaatgctgcaagaacaagtttctttgaaggtgatttatctaattggattaattttaatttgt 32714399  T
Q  508 ttactaatgtctattggaatcataatgtggagtggagagacttttgggccactgcttgtcacgctatatggaattggagaaacaaggaaactcataatga 607  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32714398 ttactaatgtctattggaatcacaatgtggagtggagagacttttgggccactgcttgtcacgctatatggaattggagaaacaaggaaactcataatga 32714299  T
Q  608 taactaccaaagacctttacatgctaaaaatattattatgagttatgttaatgattatcacaatgcaatagcaaagtctgttattgtgacatctcagccg 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  32714298 taactaccaaagacctttacatgctaaaaatattattatgagttatgttaatgattatcataatgcaatagcaaagtctgttattgtgacatctcagctg 32714199  T
Q  708 agacatttggaggaagtgggatggaaggaac 738  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32714198 agacatttggaggaagtgggatggaaggaac 32714168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 61; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 587 - 771
Target Start/End: Original strand, 160868 - 161050
Alignment:
Q  587 aaacaaggaaactcataatgataactaccaaagacctttacatgctaaaaatattattatgagttatgttaatgattatcacaatgcaatagcaaagtct 686  Q
    |||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||  ||||||||||| ||||| | ||| ||||    
T  160868 aaacaaggaaactcataatgataattttcaaagacctttacatgct-aaaatattattttgagttgtgttggtgattatcacattgcaacaacaaggtct 160966  T
Q  687 gttattgtgacatctcagccgagacatttggaggaagtgggatggaaggaaccatcgattgggtgggtcaagatcaatactgacg 771  Q
    | |||    ||||||||||||| || ||| ||| | ||||||| ||||| ||   ||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  160967 gctataactacatctcagccgacacgtttagagaaggtgggattgaagggactgccga-tgggtgggtcaagattaatactgacg 161050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 171 - 333
Target Start/End: Original strand, 158887 - 159049
Alignment:
Q  171 aaattcacaattgcatcagcttatcatatgctgtcaaattttgacaatgctgcacaagatgagatttggttaaagttgtggaagattagagcacctaaat 270  Q
    |||||||||||||| ||| ||||| || || ||||||| ||||| |||| |   ||||||| ||||||||| ||| | ||||||| |||||| ||| ||     
T  158887 aaattcacaattgcttcaacttataatgtgatgtcaaactttgataatgttcttcaagatgtgatttggttgaagctctggaagagtagagctcctcaac 158986  T
Q  271 gtataaaacattttatgtggatgctctaccatgaaagattgttaacaaatttgaggaagcata 333  Q
    |||| |||||||| ||| ||||| ||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  158987 gtattaaacatttcatggggatgttctattatgaaagattgttaacaaattcgaggaagcata 159049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 141 - 279
Target Start/End: Original strand, 158745 - 158883
Alignment:
Q  141 aagcaaatgtggtcggtttcttctaatgggaaattcacaattgcatcagcttatcatatgctgtcaaattttgacaatgctgcacaagatgagatttggt 240  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||| |||  |||| || || ||||||| ||||| |||| ||  ||||||| ||||||||    
T  158745 aagcaaatgtggtcgggttctactaatggaaaattcacaattgcttcaatttataatgtgatgtcaaactttgataatgttgttcaagatgcgatttggt 158844  T
Q  241 taaagttgtggaagattagagcacctaaatgtataaaac 279  Q
    | ||||| ||||||| |||||| ||| || |||| ||||    
T  158845 tgaagttctggaagagtagagctcctcaacgtattaaac 158883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 662; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 662; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 785
Target Start/End: Complemental strand, 28575990 - 28575213
Alignment:
Q  13 agagatgaaggttgtagatatggttgattttaatggtaattgaaattttgaaatgttgaatcaatggttgcgttatgatgt-----agaggatcatgacc 107  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||     ||||||||||||||    
T  28575990 agagatgaaggttgcagatctggttgattttaatggtaattggaattttgaattgttgaatcaatggttgccttatgatgttgttcagaggatcatgacc 28575891  T
Q  108 attgcggtgctggatgagaatgatggaaatgacaagcaaatgtggtcggtttcttctaatgggaaattcacaattgcatcagcttatcatatgctgtcaa 207  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28575890 attgcggtgccggatgagaatgatggaaatgacaagcaaatgtggtcgggttcttctaatggaaaattcacaattgcatcagcttatcatatgctgtcaa 28575791  T
Q  208 attttgacaatgctgcacaagatgagatttggttaaagttgtggaagattagagcacctaaatgtataaaacattttatgtggatgctctaccatgaaag 307  Q
    | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  28575790 aatttgacaatgatgcacaagatgagatttggttaaagttgtggaagattagagcacctgaacgtataaagcattttatgtggatgctctaccatggaag 28575691  T
Q  308 attgttaacaaatttgaggaagcataagatggggattggtaatcctatgtgtaggttctgtcatgatgagattgagtctgaaattcatgttttgagggac 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  28575690 attgttaacaaatttgaggaagcataagatggggattggtaatcctatgtgtaggttctgtcatgatgagattgaggctgaaattcatgttttgagggac 28575591  T
Q  408 tctccaaaagccacggcactttggttgtgtgtagtggacaatgctacaagaacaagtttctttgaaggtgatttatctagttggattaaatttaatttgt 507  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  28575590 tgtccaaaagccacggcactttggttgtgtgtagtggacaatgctgcaagaacaagtttctttgaaggtgatttatctaattggattaattttaatttgt 28575491  T
Q  508 ttactaatgtctattggaatcataatgtggagtggagagacttttgggccactgcttgtcacgctatatggaattggagaaacaaggaaactcataatga 607  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28575490 ttactaatgtctattggaatcacaatgtggagtggagagacttttgggccactgcttgtcacgctatatggaattggagaaacaaggaaactcataatga 28575391  T
Q  608 taactaccaaagacctttacatgctaaaaatattattatgagttatgttaatgattatcacaatgcaatagcaaagtctgttattgtgacatctcagccg 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  28575390 taactaccaaagacctttacatgctaaaaatattattatgagttatgttaatgattatcataatgcaatagcaaagtctgttattgtgacatctcagctg 28575291  T
Q  708 agacatttggaggaagtgggatggaaggaaccatcgattgggtgggtcaagatcaatactgacggagcttgtaaggat 785  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  28575290 agacatttggaggaagtgggatggaaggaaccaccgattgggtgggtcaagatcaatactgacggagcgtgtaaggat 28575213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 546; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 546; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 172 - 785
Target Start/End: Complemental strand, 20634018 - 20633405
Alignment:
Q  172 aattcacaattgcatcagcttatcatatgctgtcaaattttgacaatgctgcacaagatgagatttggttaaagttgtggaagattagagcacctaaatg 271  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |    
T  20634018 aattcacaattgcatcagcttatcatatgctgtcaaattttgacaatgatgcacaagatgagatttggttaaagttgtggaatattagagcacctgaacg 20633919  T
Q  272 tataaaacattttatgtggatgctctaccatgaaagattgttaacaaatttgaggaagcataagatggggattggtaatcctatgtgtaggttctgtcat 371  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20633918 tataaaacattttatgtcgatgctctaccatggaagattgtcaacaaatttgaggaagcataagatggggattggtaatcctatgtgtaggttctgtcat 20633819  T
Q  372 gatgagattgagtctgaaattcatgttttgagggactctccaaaagccacggcactttggttgtgtgtagtggacaatgctacaagaacaagtttctttg 471  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  20633818 gatgagattgagtctgaaattcatgttttgagggactgtccaaaagccacggcactttggttgtgtgtagtggacaatgctgcaagaacaagtttctttg 20633719  T
Q  472 aaggtgatttatctagttggattaaatttaatttgtttactaatgtctattggaatcataatgtggagtggagagacttttgggccactgcttgtcacgc 571  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  20633718 aaggtgatttatctagttggattaaatttaatttgtttactaatgtctattggaataataatgtggagtggagagacttttgggccactgcttgtcacac 20633619  T
Q  572 tatatggaattggagaaacaaggaaactcataatgataactaccaaagacctttacatgctaaaaatattattatgagttatgttaatgattatcacaat 671  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  20633618 tatatggaattggagaaacaaggaaactcataatgataactaccaaagacctttacatgctaaaaatattattatgatttatgttaatgattatcacaat 20633519  T
Q  672 gcaatagcaaagtctgttattgtgacatctcagccgagacatttggaggaagtgggatggaaggaaccatcgattgggtgggtcaagatcaatactgacg 771  Q
    || |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  20633518 gctatagcaaaatttgttattgtgacatctcagccgagacatttggaggaagtgggatggaaggaaccagcgattaggtgggtcaagatcaatactgacg 20633419  T
Q  772 gagcttgtaaggat 785  Q
    ||||||||||||||    
T  20633418 gagcttgtaaggat 20633405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 663 - 785
Target Start/End: Complemental strand, 48823552 - 48823436
Alignment:
Q  663 tatcacaatgcaatagcaaagtctgttattgtgacatctcagccgagacatttggaggaagtgggatggaaggaaccatcgattgggtgggtcaagatca 762  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||      |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  48823552 tatcacaatgctatagcaaagtctgt------gacatctcagccaagacatttagaggaagtgggatggaaggaaccagcgattggatgggtcaagatca 48823459  T
Q  763 atactgacggagcttgtaaggat 785  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  48823458 atactgacggagcttgtaaggat 48823436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 483; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 483; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 177 - 785
Target Start/End: Complemental strand, 38836496 - 38835899
Alignment:
Q  177 acaattgcatcagcttatcatatgctgtcaaattttgacaatgctgcacaagatgagatttggttaaagttgtggaagattagagcacctaaatgtataa 276  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||            ||||||    
T  38836496 acaattgcatcagcttatcatatactgtcaaattttgacaatgctgcacaagatgagatttgattaaagttgtggaagaatac-----------gtataa 38836408  T
Q  277 aacattttatgtggatgctctaccatgaaagattgttaacaaatttgaggaagcataagatggggattggtaatcctatgtgtaggttctgtcatgatga 376  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38836407 aacattttatgtgaatgctctaccatggaagattgttaacaaatttgaggaagcataagatggggattggtaatcctatgtgtaggttctgtcatgatga 38836308  T
Q  377 gattgagtctgaaattcatgttttgagggactctccaaaagccacggcactttggttgtgtgtagtggacaatgctacaagaacaagtttctttgaaggt 476  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  38836307 gattgagtctgaaattcatgttttgagggactgtccaaaagccacggcactttgattgtgtgcagtggacaatgctgcaagaacaagtttctttgaaggt 38836208  T
Q  477 gatttatctagttggattaaatttaatttgtttactaatgtctattggaatcataatgtggagtggagagacttttgggccactgcttgtcacgctatat 576  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  38836207 gatttatctagttggattatatttaatttgtttactaatgtctattggaatcataatgtggagtggagagacttttgggccaccgcttgtcacgctatat 38836108  T
Q  577 ggaattggagaaacaaggaaactcataatgataactaccaaagacctttacatgctaaaaatattattatgagttatgttaatgattatcacaatgcaat 676  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |    
T  38836107 ggaattggagaaacaaggaaactcataatgacaactaccaaagacctttacatgctaaaaatattattatgagttatgttaattattatcacaatgtatt 38836008  T
Q  677 agcaaagtctgttattgtgacatctcagccgagacatttggaggaagtgggatggaaggaaccatcgattgggtgggtcaagatcaatactgacggagct 776  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  38836007 agcaaagtctgttattgtgatatctcagccgagacatttggaggaagtgggatggaaggaaccactgattgcgtgggtcaagatcaatactaacgaagct 38835908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 297; Significance: 1e-166; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 297; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 202 - 785
Target Start/End: Original strand, 18568090 - 18568666
Alignment:
Q  202 tgtcaaattttgacaatgctgcacaagatgagatttggttaaagttgtggaagattagagcacctaaatgtataaaacattttatgtggatgctctacca 301  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||| |||| || ||||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  18568090 tgtcaaattttgacaatgttgcacaagatgagacttagttaaagttgtggaagtttagagtacctgaacgtataaaacattttatgtggaagctctatca 18568189  T
Q  302 tgaaagattgttaacaaatttgaggaagcataagatggggattggtaatcctatgtgtaggttctgtcatgatgagattgagtctgaaattcatgttttg 401  Q
    || ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||  ||    
T  18568190 tggaagattgttaacaaa-ttgaggaagcataagatgtggattggtaatcaaatgtgtaggttttgtcatgatcagattgagtctgaaatttatgtactg 18568288  T
Q  402 agggactctccaaaagccacggcactttggttgtgtgtagtggacaatgctacaagaacaagtttctttgaaggtgatttatctagttggattaaattta 501  Q
    ||||||| || |||||| | |||| ||| ||||||||||||||||  |||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||   ||||||||||||||    
T  18568289 agggactgtctaaaagcgatggcaatttcgttgtgtgtagtggactttgctgcaagaacaagttt-tttgaaggtggtttatcgcattggattaaattta 18568387  T
Q  502 atttgtttactaatgtcta-ttggaatcataatgtggagtggagagacttttgggccactgcttgtcacgctatatggaattggagaaacaaggaaactc 600  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||| |||||||||           |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  18568388 atttgtttactaatgtctactaggaatcataatgtagagtggagaaacttttggg-----------cacgctatttggaattggagaaacaaggaaactc 18568476  T
Q  601 ataatgataactaccaaagacctttacatgctaaaaatattattatgagttatgttaatgattatcacaatgcaatagcaaagtctgtta-------ttg 693  Q
    ||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||| |||||       |||    
T  18568477 ataataataattaccaaacacctttacatgctaaaaatattat--tgagttatgttaacgattatcacaatgcaacaacaaagtttgttattgtgagttg 18568574  T
Q  694 tgacatctcagccgagacatttggaggaagtgggatggaaggaaccatcgattgggtgggtcaagatcaatactgacggagcttgtaaggat 785  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||    
T  18568575 tgacatctcagccgagacatttggcggaagtgggatggaaggtaccaccaattgggtgggtcaagatcaatactaacgatgcttgtaaggat 18568666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 20 - 153
Target Start/End: Original strand, 18567949 - 18568087
Alignment:
Q  20 aaggttgtagatatggttgattttaatggtaattgaaattttgaaatgttgaatcaatggttgcgttatgatgt-----agaggatcatgaccattgcgg 114  Q
    ||||||| |||  |||||||||| ||||| ||| | ||||| || ||||||||||||| ||||| |||||||||     | |||||||||||||||||||    
T  18567949 aaggttgcagagttggttgatttcaatggaaatcggaatttggatatgttgaatcaatagttgccttatgatgttgttcaaaggatcatgaccattgcgg 18568048  T
Q  115 tgctggatgagaatgatggaaatgacaagcaaatgtggt 153  Q
    |||   ||||||||||||| ||| | || ||||||||||    
T  18568049 tgcgtaatgagaatgatggtaatcataaacaaatgtggt 18568087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 54; Significance: 1e-21; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 281 - 418
Target Start/End: Original strand, 5698912 - 5699049
Alignment:
Q  281 ttttatgtggatgctctaccatgaaagattgttaacaaatttgaggaagcataagatggggattggtaatcctatgtgtaggttctgtcatgatgagatt 380  Q
    ||||||||||||  | || |||| ||||||| ||||| ||||||||| |  ||||||||||||||| | ||| |||||||| || |||||||||| ||||    
T  5698912 ttttatgtggattatatatcatggaagattgctaacatatttgaggaggagtaagatggggattggaagtccaatgtgtagtttttgtcatgatgtgatt 5699011  T
Q  381 gagtctgaaattcatgttttgagggactctccaaaagc 418  Q
    |||||||| ||||||||||| || || | |||||||||    
T  5699012 gagtctgagattcatgttttaagagattgtccaaaagc 5699049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University