View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17351_low_2 (Length: 871)

Name: NF17351_low_2
Description: NF17351
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17351_low_2
NF17351_low_2
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (17-855)||(41835047-41835879)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 681; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 681; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 855
Target Start/End: Complemental strand, 41835879 - 41835047
Alignment:
Q  17 atggtaagaaaaggtcattattgtaaggagcaagccttatcaagtatatatggtttaggttcgacgtacaattacatttaacaatgtaaaggaacaactc 116  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  41835879 atggtaagaaaaagtcattattgtaaggatt--gccttatcaaatatatatggtttaggttcgacgtgcaattacatttaacaatgtaaaggaacaacac 41835782  T
Q  117 tctaagttttatctagatctaacaacaacgtaatggttataaagtcatggcaaacactaaggattgaccaattgaaaagcaaagaatgtaatagtatccg 216  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41835781 t-taagttttatctagatctaacaacaacgtaacggttataaagtcatggcaaacattaaggattgaccaattgaaaagcaaagaatgtaatagtatccg 41835683  T
Q  217 ggaactaaccactgtaaatagtaagttcacccctaggtataaa-tcacatctcacataaatcatgtctgcaccatgccttactttgacatcaaataatct 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41835682 ggaactaaccactgtaaatagtaagttcacccctaggtataaaatcacatctcacataaatcatgtctgcaccatgccttactttgacatcaaataatct 41835583  T
Q  316 ttgcatgtgcatccccacatttgaagaagtagcacaataagtggtgtagagaccacatcaatagttcagaggcttaaccttgagtttcatacatcaaaat 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41835582 ttgcatgtgcatccccacatttgaagaagtagcacaataagtggtgtagagaccacatcaatagttcagaggcttaaccttgagtttcatacatcaaaat 41835483  T
Q  416 tgatattttctcataaccattgaagttataatccaacatagatgatttgcaattctggtgcgagaagaaaatctcatcatatgcacttcgcttgttctca 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41835482 tgatattttctcataaccattgaagttataatccaacatagatgattagcaattctggtgcaagaagaaaatctcatcatatgcacttcgcttgttctca 41835383  T
Q  516 tggaagttccatgtttgtagtacccatatattatataatccaaaagagaggattcacaattcttgtgcaagacaaaatttcaaatttcaaatttaaatag 615  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  41835382 tggaagttccatgtttgtagtacccatatattatataatccaaaagagaggattcacagttcttgtgcaagacaatatctcaaatttcaaatttaaatag 41835283  T
Q  616 caggataagatagtttatctcactttcatcttgtttgcaacctgccttac-ttttgcatcatagcgtcattttaggtacatcctcgtcttttgaagaaga 714  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  41835282 caggataagatagtttatctcactttcatcttgtttgcaacctgccttactttttgcatcatagcgtcattttaggtacattctcgttttttgaagaaga 41835183  T
Q  715 atcgaatgaaaagtggtgtcgagattccatcactagcttatctgattaacc----ttatttatgtttcatatatgaaaattagagtctagtgcaaggcca 810  Q
    ||||||||||||||||||||         |||||||||||| |||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  41835182 atcgaatgaaaagtggtgtc---------tcactagcttatttgattaaccttatttatttatgtttcatatatgaaaattagagtctagtgcagggcca 41835092  T
Q  811 caaaatctagccgtcatataggacaccaaaatcacataagagagc 855  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  41835091 caaaaactagccatcatataggacactaaaatcacataagagagc 41835047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University